View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4850_low_3 (Length: 746)

Name: NF4850_low_3
Description: NF4850
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4850_low_3
NF4850_low_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-715)||(34934785-34935497)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 605; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 605; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 715
Target Start/End: Original strand, 34934785 - 34935497
Alignment:
Q  1 tttgacgactatgacgaagcaacaccaccaccaccccctaagggtcttgacacctgcaacggaatatttctaacctatagtttgaattcaagggagaagg 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34934785 tttgacgactatgacgtagcaacaccaccaccaccacctaagggtcttgacacctgcaacggaatatttctaacctatagtttgaattcaagggagaagg 34934884  T
Q  101 aatggccccacgtaaaaaatgtggcgaaacaagcgtgggcgtttaaagctgaagcgtcgttgacgaatgttggagatgaggaattgaaaggttggcagat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34934885 aatggccccacgtaaaaaatgtggcgaaacaagcgtgggcgtttaaagctgaagcgtcattgacgaatgttggagatgaggaattgaaaggttggcagat 34934984  T
Q  201 gtatattgggtttcagcataaggaggttcttgtttcagccgatggggctgttccggttgactcggaagattttccggctgaggtagggaatggcactaca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34934985 gtatattgggtttcagcataaggaggttcttgtttcagccgatggggctgttccggttgactcggaagattttccggctgaggtagggaatggcactaca 34935084  T
Q  301 attgctgggagtgctatgatggatttgaagactgcaatttcaacagctaatgattggaatcaaatcgctgttaggattcagatgagtgggactcagtttg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34935085 attgctgggagtgctatgatggatttgaagactgcaatttcaacagctaatgattggaatcaaatcgctgttaggattcagatgagtgggactcagtttg 34935184  T
Q  401 gacttggtaaaagtggtaaacctatgcctaaaactattaagcttgttaatgatggcttcaaatgccccaaccctagtcgtcaaggtattttatatctatt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34935185 gacttggtaaaagtggtaaacctatgcctaaaactattaagcttgttaatgatggcttcaaatgccccaaccctagtcgtcaaggtattttatatttatt 34935284  T
Q  501 atctcttcatgcatgcatgcctcatttcatgtttatatatgtataattttcacctctattatgcttgtctcatatcatgcttgttaatgatgtctcatat 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34935285 atctcttcatgcatgcatgcctcatttcatgtttatata--tataattttcacctctatt-----------atatcatgcttgttaatgatgtctcatat 34935371  T
Q  601 gtgtattaaccactttaccattttataat------------gaattgcatgtttatttttattcaacttttgttatatgaaaaaattaccatgtttgtaa 688  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34935372 gtgtattaaccactttaccattttataatggttgattaaacgaattgcatgtttatttttatttaactttt-ttatatgaaaaaattaccatgtttgtaa 34935470  T
Q  689 gttttttcccttctattttgactattg 715  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||    
T  34935471 gttttttccctcctattttgactattg 34935497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University