View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4850_low_39 (Length: 287)

Name: NF4850_low_39
Description: NF4850
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4850_low_39
NF4850_low_39
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (25-287)||(6287687-6287949)
chr8 (25-275)||(6273436-6273686)
chr8 (37-275)||(6362122-6362360)
chr8 (37-275)||(7457978-7458216)
chr8 (37-275)||(7470380-7470618)
chr8 (40-275)||(6351240-6351475)
chr8 (43-272)||(6320333-6320562)
chr8 (40-272)||(6330792-6331024)
chr8 (25-275)||(6409116-6409366)
chr8 (43-268)||(6423160-6423385)
chr8 (25-275)||(6389867-6390114)
chr8 (41-275)||(6368901-6369132)
chr8 (37-91)||(6262239-6262293)
chr8 (34-89)||(6449683-6449738)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (29-216)||(42692157-42692344)
chr2 (29-109)||(42689611-42689691)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (40-91)||(9606276-9606327)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 25 - 287
Target Start/End: Original strand, 6287687 - 6287949
Alignment:
Q  25 atgtaaccaccgtacggatattgtccaaaattaacagccgcatgaagtgccgaagcaatccatatgaggatggtgcaagcctcaatcaactccttacggg 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6287687 atgtaaccaccgtacggatattgtccaaaattaacagccgcatgaagtgccgaagcaatccatatgaggatggtgcaagcctcaatcaactccttacggg 6287786  T
Q  125 tttgcatcttaaaccaccatttagcatctttcaagtcaccgtgaccaacctctacaagttctttccaaaatgcttggagttcagaatcttgtgcaatatt 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6287787 tttgcatcttaaaccaccatttagcatctttcaagtcaccgtgacctacctctacaagttctttccagaatgcttggagttcagaatcttgtgcaatatt 6287886  T
Q  225 tgcatctgacttgtagtagaaatacacatattcttcaacccatgacttaattgctgttcatat 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6287887 tgcatctgacttgtagtagaaatacacatattcttcaacccatgacttaattgctgtccatat 6287949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 25 - 275
Target Start/End: Original strand, 6273436 - 6273686
Alignment:
Q  25 atgtaaccaccgtacggatattgtccaaaattaacagccgcatgaagtgccgaagcaatccatatgaggatggtgcaagcctcaatcaactccttacggg 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||  |||||||||||  | || |    
T  6273436 atgtaaccaccgtacggatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatatgagggtagtgcaagagtcaatcaactctgtgcgag 6273535  T
Q  125 tttgcatcttaaaccaccatttagcatctttcaagtcaccgtgaccaacctctacaagttctttccaaaatgcttggagttcagaatcttgtgcaatatt 224  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6273536 tttgcatcttaacccaccatttagcatttttcaagtcaccgtgaccaacctctacaagttctttccaaaatgcttggagttcagaatcttgtccaatatt 6273635  T
Q  225 tgcatctgacttgtagtagaaatacacatattcttcaacccatgacttaat 275  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6273636 tgcatctgacttgtagtagaaattcacatattcttcaacccatgacttaat 6273686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 37 - 275
Target Start/End: Original strand, 6362122 - 6362360
Alignment:
Q  37 tacggatattgtccaaaattaacagccgcatgaagtgccgaagcaatccatatgaggatggtgcaagcctcaatcaactccttacgggtttgcatcttaa 136  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  6362122 tacggatattgtccaaaattaactgctgcatgaagtgctgaagcaatccatatgagggtggtgcaagcttcaatcaactcctcacgagtttgcatcttaa 6362221  T
Q  137 accaccatttagcatctttcaagtcaccgtgaccaacctctacaagttctttccaaaatgcttggagttcagaatcttgtgcaatatttgcatctgactt 236  Q
    |||||||| ||||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  6362222 accaccatgtagcattcttcaagtcaccatgaccgacctctacaagttctttccagaatgcttggagttcagaatcttgtgcaatagatgcatctgactt 6362321  T
Q  237 gtagtagaaatacacatattcttcaacccatgacttaat 275  Q
    |||||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||    
T  6362322 gtagtagaaattgacatattcatcaacccatgatttaat 6362360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 9e-73
Query Start/End: Original strand, 37 - 275
Target Start/End: Original strand, 7457978 - 7458216
Alignment:
Q  37 tacggatattgtccaaaattaacagccgcatgaagtgccgaagcaatccatatgaggatggtgcaagcctcaatcaactccttacgggtttgcatcttaa 136  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||| ||||| ||||||||||||    
T  7457978 tacgcatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatatgagaatggtgcaagcttctttcaactccgtacggttttgcatcttaa 7458077  T
Q  137 accaccatttagcatctttcaagtcaccgtgaccaacctctacaagttctttccaaaatgcttggagttcagaatcttgtgcaatatttgcatctgactt 236  Q
    |||||||| | ||||   | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| || |||||| |||||    
T  7458078 accaccatgttgcattcctaaagtcaccatgacccacctctacaagttctttccaaaatgcttggagttcagaatctttcacaacatctgcatcagactt 7458177  T
Q  237 gtagtagaaatacacatattcttcaacccatgacttaat 275  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  7458178 gtagtagaaattcacatattcatcaacccatgacttaat 7458216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 37 - 275
Target Start/End: Original strand, 7470380 - 7470618
Alignment:
Q  37 tacggatattgtccaaaattaacagccgcatgaagtgccgaagcaatccatatgaggatggtgcaagcctcaatcaactccttacgggtttgcatcttaa 136  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||| ||||| || |||||||||    
T  7470380 tacgcatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatatgagaatggtgcaagcttctttcaactccgtacggtttggcatcttaa 7470479  T
Q  137 accaccatttagcatctttcaagtcaccgtgaccaacctctacaagttctttccaaaatgcttggagttcagaatcttgtgcaatatttgcatctgactt 236  Q
    |||||||| | ||||   | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| || |||||| |||||    
T  7470480 accaccatgttgcattcctaaagtcaccatgacccacctctacaagttctttccaaaatgcttggagttcagaatctttcacaacatctgcatcagactt 7470579  T
Q  237 gtagtagaaatacacatattcttcaacccatgacttaat 275  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  7470580 gtagtagaaattcacatattcatcaacccatgacttaat 7470618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 40 - 275
Target Start/End: Original strand, 6351240 - 6351475
Alignment:
Q  40 ggatattgtccaaaattaacagccgcatgaagtgccgaagcaatccatatgaggatggtgcaagcctcaatcaactccttacgggtttgcatcttaaacc 139  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  6351240 ggatattgtccgaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatataaggatggtggaagcttcgatcaactcttcacgggtttgcatcttaaacc 6351339  T
Q  140 accatttagcatctttcaagtcaccgtgaccaacctctacaagttctttccaaaatgcttggagttcagaatcttgtgcaatatttgcatctgacttgta 239  Q
    ||||| | ||||  |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    ||||| ||||||||    
T  6351340 accatgtggcattcttcaggtcaccatgaccaacctctacaagttccttccagaatgcttggagttcagcatcttgtgcaatggcagcatcagacttgta 6351439  T
Q  240 gtagaaatacacatattcttcaacccatgacttaat 275  Q
     ||||||| |||||||||  ||||||||||||||||    
T  6351440 atagaaattcacatattcaccaacccatgacttaat 6351475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 43 - 272
Target Start/End: Original strand, 6320333 - 6320562
Alignment:
Q  43 tattgtccaaaattaacagccgcatgaagtgccgaagcaatccatatgaggatggtgcaagcctcaatcaactccttacgggtttgcatcttaaaccacc 142  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||  |||||||||||||||||||    
T  6320333 tattgaccaaaattaacagctgcatgatgtgctgaagcaatccatatgaggatagtgcaagcttcaatcaactctgtacaagtttgcatcttaaaccacc 6320432  T
Q  143 atttagcatctttcaagtcaccgtgaccaacctctacaagttctttccaaaatgcttggagttcagaatcttgtgcaatatttgcatctgacttgtagta 242  Q
    || ||||||  ||||| ||||| ||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||| |    ||||||||||||||||    
T  6320433 atgtagcattcttcaaatcaccatgacccacctctacaacttctctccaaaatgcttgcagttcagaatcttgcgcaacagcaacatctgacttgtagta 6320532  T
Q  243 gaaatacacatattcttcaacccatgactt 272  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6320533 gaaattcacatattcttcaacccatgactt 6320562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 40 - 272
Target Start/End: Original strand, 6330792 - 6331024
Alignment:
Q  40 ggatattgtccaaaattaacagccgcatgaagtgccgaagcaatccatatgaggatggtgcaagcctcaatcaactccttacgggtttgcatcttaaacc 139  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||  ||||||||||||||||    
T  6330792 ggatattgaccaaaattaacagctgcatgatgtgctgaagcaatccatatgaggatagtgcaagcttcaatcaactctgtacaagtttgcatcttaaacc 6330891  T
Q  140 accatttagcatctttcaagtcaccgtgaccaacctctacaagttctttccaaaatgcttggagttcagaatcttgtgcaatatttgcatctgacttgta 239  Q
    ||||| ||||||  ||||| ||||| ||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||| |   ||||||||| ||||    
T  6330892 accatgtagcattcttcaaatcaccatgacccacctctacaacttctctccaaaatgcttgcagttcagaatcttgcgcaacagcagcatctgacgtgta 6330991  T
Q  240 gtagaaatacacatattcttcaacccatgactt 272  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  6330992 gtagaaactcacatattcttcaacccatgactt 6331024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 25 - 275
Target Start/End: Original strand, 6409116 - 6409366
Alignment:
Q  25 atgtaaccaccgtacggatattgtccaaaattaacagccgcatgaagtgccgaagcaatccatatgaggatggtgcaagcctcaatcaactccttacggg 124  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||  |||||||||||   ||| |    
T  6409116 atgtatccaccgtaaggatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagccatccaaatgagggtggtgcaagtttcaatcaactctgcacgag 6409215  T
Q  125 tttgcatcttaaaccaccatttagcatctttcaagtcaccgtgaccaacctctacaagttctttccaaaatgcttggagttcagaatcttgtgcaatatt 224  Q
    ||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| || || || ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| | ||||| |      
T  6409216 ttttcatcttaaaccaccatgttgcatccttcaagtcaccatggcccacttctacaagttctttccagaatgcttggagctcggaatcatctgcaacagc 6409315  T
Q  225 tgcatctgacttgtagtagaaatacacatattcttcaacccatgacttaat 275  Q
    |||||||  |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  6409316 tgcatctagcttgtaatagaaatttacatattcttcaacccatgacttaat 6409366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 43 - 268
Target Start/End: Original strand, 6423160 - 6423385
Alignment:
Q  43 tattgtccaaaattaacagccgcatgaagtgccgaagcaatccatatgaggatggtgcaagcctcaatcaactccttacgggtttgcatcttaaaccacc 142  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  6423160 tattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatataaggatggtggaagcttcgatcaactccgcacgagtttgcatcttaaaccacc 6423259  T
Q  143 atttagca-tctttcaagtcaccgtgaccaacctctacaagttctttccaaaatgcttggagttcagaatcttgtgcaatatttgcatctgacttgtagt 241  Q
    || | ||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    |||||||| |||||||    
T  6423260 atgtggcactcttt-aagtcaccatgacccacctctacaagttccttccagaatgcttggagttcagcatcttgtgcaatggcagcatctgatttgtagt 6423358  T
Q  242 agaaatacacatattcttcaacccatg 268  Q
    |||||  |||||||||| |||||||||    
T  6423359 agaaactcacatattctccaacccatg 6423385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 25 - 275
Target Start/End: Original strand, 6389867 - 6390114
Alignment:
Q  25 atgtaaccaccgtacggatattgtccaaaattaacagccgcatgaagtgccgaagcaatccatatgaggatggtgcaagcctcaatcaactccttacggg 124  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||  |||| |    
T  6389867 atgtatccaccgtacggatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatatgagggtggtgcaagtttcaatcaactctgtacgag 6389966  T
Q  125 tttgcatcttaaaccaccatttagcatctttcaagtcaccgtgaccaacctctacaagttctttccaaaatgcttggagttcagaatcttgtgcaatatt 224  Q
    ||| ||  |||| ||||   ||| ||   ||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||| | |  || ||     
T  6389967 tttccaatttaacccac---ttatcagtcttcgagtcaccatgacccacttctacaagttctttccaaaatgctttgagttcctcatcatctttaacatc 6390063  T
Q  225 tgcatctgacttgtagtagaaatacacatattcttcaacccatgacttaat 275  Q
    |  ||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  6390064 tttatctgacttgtagtagaaattgacatattcatcaacccatgacttaat 6390114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 41 - 275
Target Start/End: Original strand, 6368901 - 6369132
Alignment:
Q  41 gatattgtccaaaattaacagccgcatgaagtgccgaagcaatccatatgaggatggtgcaagcctcaatcaactccttacgggtttgcatcttaaacca 140  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||  |||| |||| ||  |||| |||    
T  6368901 gatattgtccaaaattaacagctgcatgaagtgctgaagcaatccatatgagggtggtgcaagtttcaatcaactctgtacgagtttccaatttaaccca 6369000  T
Q  141 ccatttagcatctttcaagtcaccgtgaccaacctctacaagttctttccaaaatgcttggagttcagaatcttgtgcaatatttgcatctgacttgtag 240  Q
    |   ||| ||   ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||| | |  || || |  |||||||| |||     
T  6369001 c---ttatcagtcttcaagtcaccatgacctacttctacaagttctttccaaaatgctttgagttcctcatcatctttaacatctttatctgactcgtaa 6369097  T
Q  241 tagaaatacacatattcttcaacccatgacttaat 275  Q
    |||||||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  6369098 tagaaattgacatattcatcaacccatgacttaat 6369132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 37 - 91
Target Start/End: Original strand, 6262239 - 6262293
Alignment:
Q  37 tacggatattgtccaaaattaacagccgcatgaagtgccgaagcaatccatatga 91  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| |||||||||    
T  6262239 tacggatattgtccaaaattaacagctgcatgaagagctgaagcagtccatatga 6262293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 34 - 89
Target Start/End: Original strand, 6449683 - 6449738
Alignment:
Q  34 ccgtacggatattgtccaaaattaacagccgcatgaagtgccgaagcaatccatat 89  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||| |||||||    
T  6449683 ccgtaaggatattgtccgaaattaacagctgcatgaagagcagaagcagtccatat 6449738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 44; Significance: 4e-16; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 29 - 216
Target Start/End: Original strand, 42692157 - 42692344
Alignment:
Q  29 aaccaccgtacggatattgtccaaaattaacagccgcatgaagtgccgaagcaatccatatgaggatggtgcaagcctcaatcaactccttacgggtttg 128  Q
    |||| ||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||   | |||||| | || |  | ||| | ||| | |||    
T  42692157 aacctccgtaggaatactgtccaaaattaacagctgcatgaagagctgaagcaatccatatgacagtagtgcaaacttcgactagctcttcacgagcttg 42692256  T
Q  129 catcttaaaccaccatttagcatctttcaagtcaccgtgaccaacctctacaagttctttccaaaatgcttggagttcagaatcttgt 216  Q
    |||||||  |||||||    | | ||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||||||||||||    
T  42692257 catcttaggccaccatggctcgtttttcttatcaccgtgaccaacctctacgagttctttccaccaagcttggagttcagaatcttgt 42692344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 42689691 - 42689611
Alignment:
Q  29 aaccaccgtacggatattgtccaaaattaacagccgcatgaagtgccgaagcaatccatatgaggatggtgcaagcctcaa 109  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || || || |||||  ||||||||| ||| |||||||| ||||    
T  42689691 aaccgccgtaaggatattgtccaaaattaacagctgcgtggagggctgaagccgtccatatgatgatagtgcaagcttcaa 42689611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 40 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 9606327 - 9606276
Alignment:
Q  40 ggatattgtccaaaattaacagccgcatgaagtgccgaagcaatccatatga 91  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| |||||||||    
T  9606327 ggatattgtccaaaattaacagctgcatgaagagcagaagcagtccatatga 9606276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University