View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4854-Insertion-10 (Length: 345)

Name: NF4854-Insertion-10
Description: NF4854
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4854-Insertion-10
NF4854-Insertion-10
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (8-345)||(26646567-26646904)
chr3 (31-345)||(19989099-19989416)
chr3 (34-345)||(19955658-19955969)
chr3 (37-345)||(19818143-19818451)
chr3 (32-342)||(19811861-19812171)
chr3 (115-345)||(19848651-19848881)
chr3 (115-345)||(20036830-20037060)
chr3 (11-345)||(20045683-20046017)
chr3 (106-342)||(19853167-19853403)
chr3 (49-345)||(20016423-20016719)
chr3 (36-320)||(24840223-24840507)
chr3 (199-345)||(19950872-19951018)
chr3 (36-320)||(26651618-26651902)
chr3 (102-345)||(19838035-19838278)
chr3 (204-330)||(20005224-20005350)
chr3 (103-320)||(19943371-19943588)
chr3 (223-323)||(19857842-19857943)
chr3 (278-315)||(17114717-17114754)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (32-345)||(1716792-1717108)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (34-342)||(9814620-9814928)
chr5 (115-342)||(26355154-26355381)
chr5 (198-319)||(38435381-38435502)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (209-345)||(22652312-22652448)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (272-345)||(6397962-6398035)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 345
Target Start/End: Original strand, 26646567 - 26646904
Alignment:
Q  8 cttttgagtttaaacaatcatcgccatcttctgtttttgaaccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttcactggttggcgtcgcccacgcgccaaatg 107  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26646567 cttttgagtttaaacaatcatcaccgtcttctgtttttgaaccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttcactggttggcgtcgcccacgcgccaaatg 26646666  T
Q  108 ggttagatgggttgatcaacttaaactcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26646667 ggttagatgggttgatcaacttaaactcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaa 26646766  T
Q  208 aatcatgacttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatca 307  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26646767 aatcatgacttgctatatggggtagttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatca 26646866  T
Q  308 tggttttggggggttatcctgttattggggatcctgtt 345  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26646867 tggttttggggggttatcctattattggggatcctgtt 26646904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 31 - 345
Target Start/End: Original strand, 19989099 - 19989416
Alignment:
Q  31 ccatcttctgtttttgaaccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttcactggttggcgtcgccc---acgcgccaaatgggttagatgggttgatcaac 127  Q
    ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||   |   |  |||||||||   |||||||||||||    
T  19989099 ccatcttctctttttgacccagaggagtggcctttgaaaatcaacttcattggatggccacgccccgtaacagaaaaatgggtttattgggttgatcaac 19989198  T
Q  128 ttaaactcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaatcatgacttgctatatgg 227  Q
    |||||| ||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | || | |||  ||||| | ||| ||||| ||||||||| |||    
T  19989199 ttaaacccaaatttgaatatgtgtggaagaaagttggcatctttgaagctattatgagtaccaagtgttgcataaagaaagatcataacttgctatttgg 19989298  T
Q  228 ggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttggggggttatcct 327  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||  || | |||||||| |||||||| |||||||| ||| | |||||||| |||||||| |||    
T  19989299 ggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaacacatttgtttttccatttggtgaggcaactatcactttggaagatgttatggttttagggggttaccct 19989398  T
Q  328 gttattggggatcctgtt 345  Q
     || |||| |||||||||    
T  19989399 attcttggtgatcctgtt 19989416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 34 - 345
Target Start/End: Original strand, 19955658 - 19955969
Alignment:
Q  34 tcttctgtttttgaaccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttcactggttggcgtcgcccacgcgccaaatgggttagatgggttgatcaacttaaac 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||||| | | |||     |||||||||   |||||| || |||||||||    
T  19955658 tcttctgtttttgaaccaaaggagcttcctttgaaaatcaacttcactggctggcgcctcacacaaaagaaatgggtttcttgggttcataaacttaaac 19955757  T
Q  134 tcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaatcatgacttgctatatggggttgt 233  Q
      || |||||| | || |||| ||||||||| |||||||| || |||||| | || |  |||  ||| ||||||||| |  ||||||||| ||| |||||    
T  19955758 aaaagtatgaatctgtttggaggaaagttggaatctttgatgctataatgagtactaaatgctacattcataaaaataaaaacttgctatttggagttgt 19955857  T
Q  234 tgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttggggggttatcctgttatt 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | |||||||| ||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  19955858 tgagaaatggtgttgtgagacaaatacatttgtgtttccatttggtgaggcaacaatcactttggaagatgtcatggttttggggggttaccctgtcatt 19955957  T
Q  334 ggggatcctgtt 345  Q
    || ||| |||||    
T  19955958 ggtgattctgtt 19955969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 37 - 345
Target Start/End: Original strand, 19818143 - 19818451
Alignment:
Q  37 tctgtttttgaaccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttcactggttggcgtcgcccacgcgccaaatgggttagatgggttgatcaacttaaactca 136  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||  | |||| ||| ||||| |  | ||  |  |||||| |||| ||||||||| |||||||||  |    
T  19818143 tctgtttttgatccaaatgagtgtcctttgaaaatacatttcaatggatggcgccaacaacaagagaaatggtttagttgggttgatgaacttaaaccaa 19818242  T
Q  137 aatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaatcatgacttgctatatggggttgttga 236  Q
    | |||||| | ||||||||||||| | | |||||||| || || ||| | || |  |||  ||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||    
T  19818243 agtatgaatctgtgtggaagaaagctagaatctttgatgctattatgagtactaaatgctacattcataaaaatcaaaacttgctatttggggttgttga 19818342  T
Q  237 gaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttggggggttatcctgttattggg 336  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||  || | |||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| | |||||     
T  19818343 gaaatggtgttgtgagactaacacctttgtttttccatttggtgaggcaactatcactttggaggatgtcatagttttggggggttatcctatcattggt 19818442  T
Q  337 gatcctgtt 345  Q
    |||||||||    
T  19818443 gatcctgtt 19818451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 32 - 342
Target Start/End: Original strand, 19811861 - 19812171
Alignment:
Q  32 catcttctgtttttgaaccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttcactggttggcgtcgcccacgcgccaaatgggttagatgggttgatcaacttaa 131  Q
    |||||||| ||||||| | ||| ||||| |||||||||||| | |||| ||| ||||||| |||||  |  || |||||||||||||||||| | |||||    
T  19811861 catcttctttttttgatcaaaatgagtgtcctttgaaaatccatttcagtggatggcgtcacccacaagagaagtgggttagatgggttgatgagcttaa 19811960  T
Q  132 actcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaatcatgacttgctatatggggtt 231  Q
    ||  || |||||| |  |||||||||||| | | |||||||| || || ||| | || | ||| | |||||  |||||||   | ||||| | |||||||    
T  19811961 accaaagtatgaatctttgtggaagaaagctagaatctttgatgctattatgagtaccaagtgtcacatactcaaaaatctaaaattgctctttggggtt 19812060  T
Q  232 gttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttggggggttatcctgtta 331  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||  || | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |    
T  19812061 gttgagaaatggtgttgtgagactaacacctttgtttttccatttggtgaagcaactatcactttggaggatattatggttttggggggttaccctatca 19812160  T
Q  332 ttggggatcct 342  Q
    |||| ||||||    
T  19812161 ttggtgatcct 19812171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 115 - 345
Target Start/End: Original strand, 19848651 - 19848881
Alignment:
Q  115 tgggttgatcaacttaaactcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaatcatg 214  Q
    |||||| || |||||||||  || |||||| | ||||||||||||||||| |||||||| || || |||| ||| | ||||  | || ||||||||||      
T  19848651 tgggttcataaacttaaacaaaactatgaatctgtgtggaagaaagttggaatctttgatgctattatggccactaagtgctacttaaataaaaatcaaa 19848750  T
Q  215 acttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggtttt 314  Q
    ||||||||  |||||| |||||||||||||||  | | ||||||||||||||| || |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |    
T  19848751 acttgctagttggggtagttgagaaatggtgtcctaatacaaatacctttgtgttttcctttggtgaagcaacaatcactttggaggatatcatggttct 19848850  T
Q  315 ggggggttatcctgttattggggatcctgtt 345  Q
     ||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  19848851 agggggttatcctgttcttggtgatcctgtt 19848881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 115 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 20037060 - 20036830
Alignment:
Q  115 tgggttgatcaacttaaactcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaatcatg 214  Q
    |||||| || |||||||||  || |||||| | ||||||||||||||||| |||||||| || || |||| ||| | |||   |||||||||| ||||      
T  20037060 tgggttcataaacttaaacaaaactatgaatctgtgtggaagaaagttggaatctttgatgctattatggccactaagtgttacatacataaagatcaaa 20036961  T
Q  215 acttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggtttt 314  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||| |||||| || ||||||||||||||||  | | ||||||||||||||||||| |    
T  20036960 acttgctatatggggttgtggagaaatggtgttccaagacaaatacatttgtgttttcctttggtgaagcaacagtcattttggaggatatcatggttct 20036861  T
Q  315 ggggggttatcctgttattggggatcctgtt 345  Q
     || |||||||||||| |||| |||||||||    
T  20036860 aggaggttatcctgttcttggtgatcctgtt 20036830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 11 - 345
Target Start/End: Original strand, 20045683 - 20046017
Alignment:
Q  11 ttgagtttaaacaatcatcgccatcttctgtttttgaaccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttcactggttggcgtcgcccacgcgccaaatgggt 110  Q
    |||||||||| ||||  ||  |||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |     ||||||||    
T  20045683 ttgagtttaaccaattttcatcatcttttgattttgaaccaaaggaatggcctttgaaaatcaacttcactgggtggcgccaccctcaacaaaaatgggt 20045782  T
Q  111 tagatgggttgatcaacttaaactcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaat 210  Q
    ||| ||| ||||| |||| ||||  |||| |||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||  | ||| |||  |||| | |||||||    
T  20045783 tagttggcttgataaactcaaaccaaaatttgaatcggtgtggaaggaagttggaatctttgaagctattatgaactcaaagtgttgcattcttaaaaat 20045882  T
Q  211 catgacttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatgg 310  Q
    ||  |||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| |  || ||||||||||  |||| || || |||||||||||||| |    
T  20045883 cagaacttactacaaggggttgtggagaaatggtgttgtgatacaaatacatttatttttccctttggtgagacaacaataaccttggaggatatcattg 20045982  T
Q  311 ttttggggggttatcctgttattggggatcctgtt 345  Q
    ||||||| ||||| ||| | ||||| |||| ||||    
T  20045983 ttttgggaggttaccctatcattggcgatcatgtt 20046017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 106 - 342
Target Start/End: Original strand, 19853167 - 19853403
Alignment:
Q  106 tgggttagatgggttgatcaacttaaactcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacata 205  Q
    |||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| || | |||||||||||||| |||||||| || || ||| | || | | || ||||| | |    
T  19853167 tgggttaagtgggttgatcaacttcaactcaaatatgaatcactatggaagaaagttggaatctttgatgctattatgagtactaagagctgcataaaga 19853266  T
Q  206 aaaatcatgacttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatat 305  Q
    || ||||  ||||| ||| |||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||| |  | |||||||||||||| || |||||||||||| |    
T  19853267 aagatcaaaacttgttatgtggggttgttgacaaatggtgttctgagaccaatacatttgtgttcccatttggtgaagcaacaataactttggaggatgt 19853366  T
Q  306 catggttttggggggttatcctgttattggggatcct 342  Q
     ||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||||    
T  19853367 tatggttttggggggttaccctatcattggtgatcct 19853403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 49 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 20016719 - 20016423
Alignment:
Q  49 ccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttcactggttggcgtcgcccacgcgccaaatgggttagatgggttgatcaacttaaactcaaatatgaaacag 148  Q
    |||||||||| |||||||||  |  | |||||||| ||||| | |||||  | |||||||||| | ||||||||||| ||||||   || |||||| | |    
T  20016719 ccaaaggagtcgcctttgaagtttcatttcactgggtggcgccacccacaagacaaatgggtttgttgggttgatcagcttaaaacaaagtatgaatctg 20016620  T
Q  149 tgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaatcatgacttgctatatggggttgttgagaaatggtgttg 248  Q
    |||||||| | ||||| |||||||| || || ||| |||| | ||| |||||||  | ||||||  |||||||||||| |||||  |||||||||||||     
T  20016619 tgtggaagcaggttggaatctttgatgctattatgagcaccaagtgtcgcatactgagaaatcaaaacttgctatatgaggttgcggagaaatggtgttc 20016520  T
Q  249 tgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttggggggttatcctgttattggggatcctgtt 345  Q
    | |||||||||| |||||| || | |||| |||||| || || |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  20016519 taagacaaatacatttgtgtttccatttgctgaagctacaatcactttggaggatattatggttttgggtggttaccctgtcattggcgatcctgtt 20016423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 36 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 24840507 - 24840223
Alignment:
Q  36 ttctgtttttgaaccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttcactggttggcgtcgcccacgcgccaaatgggttagatgggttgatcaacttaaactc 135  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| | |||| ||| ||||    |||||  |  |||||| |||  ||||||||| ||||| | |||    
T  24840507 ttctgtttctgaagcaaaggagtggcctttgaaaatccatttcaatgggtggcactacccacatgagaaatggattaagtgggttgatgaacttcagctc 24840408  T
Q  136 aaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaatcatgacttgctatatggggttgttg 235  Q
    ||||||||| | |||||||| |||| | ||||||||||| | |||||| | || | | || |||||  |||||| || |||||| | | |||||||||||    
T  24840407 aaatatgaatcggtgtggaaaaaagcttgcatctttgaacctataatgagtactaagagctgcataattaaaaaccaagacttggtttgtggggttgttg 24840308  T
Q  236 agaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttgggggg 320  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||   |||||||||||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||    
T  24840307 agaaatggtgttgtgaaacaaacaccttcgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactttggaggatgtcattgttttgggggg 24840223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 199 - 345
Target Start/End: Original strand, 19950872 - 19951018
Alignment:
Q  199 atacataaaaatcatgacttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttgg 298  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||| || | |||||||| |||||||| |||||||    
T  19950872 atacataaaaatcataacttgctttttggggttgttgagaaatggtgtactgagaccaatacatttgtgtttccatttggtgaggcaactatcactttgg 19950971  T
Q  299 aggatatcatggttttggggggttatcctgttattggggatcctgtt 345  Q
    ||||| | ||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||    
T  19950972 aggatgttatggttttggggggttaccctgttcttggtgatcctgtt 19951018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 36 - 320
Target Start/End: Original strand, 26651618 - 26651902
Alignment:
Q  36 ttctgtttttgaaccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttca-ctggttggcgtcgcccacgcgccaaatgggttagatgggttgatcaacttaaact 134  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||   |||| ||||| |||||  ||||| | | ||||||||||  ||||||||||||||||| |     
T  26651618 ttctgtttttaaaccaaaggaatggcctttgaaaatccgtttcaactggt-ggcgttacccacacacgaaatgggttaagtgggttgatcaacttaagcc 26651716  T
Q  135 caaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaatcatgacttgctatatggggttgtt 234  Q
    ||| |||||| |||||||||| ||||  |||||||||||| | |||||| | || | | ||||| ||   |||||||| |||||| | |||||| ||  |    
T  26651717 caagtatgaatcagtgtggaaaaaagccggcatctttgaacctataatgagtactaagagccgcgtaatgaaaaatcaagacttggtttatgggatttct 26651816  T
Q  235 gagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttgggggg 320  Q
    |||||||||||| |||||||||||  ||||||  || | |||||||| ||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||    
T  26651817 gagaaatggtgtagtgagacaaattgctttgtttttccttttggtgaggcaacaatcactttggaggatgtcattgttttgggggg 26651902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 102 - 345
Target Start/End: Original strand, 19838035 - 19838278
Alignment:
Q  102 caaatgggttagatgggttgatcaacttaaactcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcata 201  Q
    |||||||||| | ||||||||| | |||||||  || |||||| | || |||| ||||||||| |||||||| || |||||| | || |  |||  |||     
T  19838035 caaatgggtttgttgggttgataagcttaaaccaaagtatgaatctgtttggaggaaagttggaatctttgatgctataatgagtactaaatgctacatt 19838134  T
Q  202 cataaaaatcatgacttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggagg 301  Q
    ||||||||| |  ||||| ||| ||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| || | |||||||| ||||| || |||||||| |    
T  19838135 cataaaaataaaaacttgttatttgaagttgttgagaaatggtgctgtgagaccaatacatttgtgtttccatttggtgaggcaacaatcactttggaag 19838234  T
Q  302 atatcatggttttggggggttatcctgttattggggatcctgtt 345  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||    
T  19838235 atgtcatggttttggggggttaccctgtcattggtgattctgtt 19838278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 204 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 20005350 - 20005224
Alignment:
Q  204 taaaaatcatgacttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggat 303  Q
    ||||||||| |||||| | | |||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||   |||||||||||||| || |||||||| |||    
T  20005350 taaaaatcaagacttggtttgtgggattgttgagaaatggtgttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactttggaagat 20005251  T
Q  304 atcatggttttggggggttatcctgtt 330  Q
     |||| |||||||||||||||||||||    
T  20005250 gtcattgttttggggggttatcctgtt 20005224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 103 - 320
Target Start/End: Original strand, 19943371 - 19943588
Alignment:
Q  103 aaatgggttagatgggttgatcaacttaaactcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatac 202  Q
    ||||||||||  ||||||||  ||||||| | |||||||||| |||| ||||| |||| | | ||||||||| | |||||| | |  | | || |||||     
T  19943371 aaatgggttaagtgggttgacgaacttaagcccaaatatgaatcagtatggaaaaaagctagaatctttgaacctataatgagtattaagagctgcataa 19943470  T
Q  203 ataaaaatcatgacttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggagga 302  Q
     ||||||||| |||||| | | |||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||   |||||||||||||| || |||||||| ||    
T  19943471 ttaaaaatcaagacttggtttgtgggattgttgagaaatggtgttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactttggaaga 19943570  T
Q  303 tatcatggttttgggggg 320  Q
    | |||| |||||||||||    
T  19943571 tgtcattgttttgggggg 19943588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 223 - 323
Target Start/End: Original strand, 19857842 - 19857943
Alignment:
Q  223 tatggggttgttgagaaatggtgttgtgagaca-aatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttggggggt 321  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||| || ||| || |||||||||||||||| |||||| | |||||| |  ||||||||||||||    
T  19857842 tatggggttgttgacaaatggtgttctgagacccaatacattcgtgtttccctttggtgaagcaacaattactatagaggatgttgtggttttggggggt 19857941  T
Q  322 ta 323  Q
    ||    
T  19857942 ta 19857943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 278 - 315
Target Start/End: Original strand, 17114717 - 17114754
Alignment:
Q  278 gtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttg 315  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  17114717 gtgaagcaaccataactttggaggatatcatggttttg 17114754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 32 - 345
Target Start/End: Original strand, 1716792 - 1717108
Alignment:
Q  32 catcttctgtttttgaaccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttcactggttggcgtcgcccacgcgccaaatgggttagatgggttgatcaacttaa 131  Q
    |||||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||||| | |||| ||| ||||| |  | |  | | ||||||| ||  ||||||||| |||||||    
T  1716792 catcttttgtttctgaaccaaatgattggcctttgaaaatccatttcaatgggtggcgccaacaaaactcaaaatgggataagtgggttgatgaacttaa 1716891  T
Q  132 actcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgc---atacataaaaatcatgacttgctatatggg 228  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||| ||    ||| | ||||||||  ||||| ||||||||    
T  1716892 actcaaacatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagctataatgagcaccaagtgtcgtcgtataaagaaaaatcaaaacttgttatatggg 1716991  T
Q  229 gttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttggggggttatcctg 328  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||    
T  1716992 attgttgaaaaatggtgttgtgagacaaatacatttgtgtttccttttggtgaagccacaatcactttggaggatattatggttttaggggattaccctg 1717091  T
Q  329 ttattggggatcctgtt 345  Q
    | ||||| |||||||||    
T  1717092 tcattggtgatcctgtt 1717108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 34 - 342
Target Start/End: Original strand, 9814620 - 9814928
Alignment:
Q  34 tcttctgtttttgaaccaaaggagtggcctttgaaaatcaacttcactggttggcgtcgcccacgcgccaaatgggttagatgggttgatcaacttaaac 133  Q
    |||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||| || | |||| ||| ||||||  |||||  |  |||||| ||   |||||||||||||||||||    
T  9814620 tcttatgtgtttgatccaaatgagtggcctttgaaattccatttcaatggatggcgttacccacaagagaaatggatttattgggttgatcaacttaaac 9814719  T
Q  134 tcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaatcatgacttgctatatggggttgt 233  Q
      || |||||| |  ||||||||||||| || |||||||| || |||||| | || | ||||||||||   ||| ||||  |||||||||||||||||||    
T  9814720 caaagtatgaatctttgtggaagaaagtaggtatctttgatgctataatgagtaccaagtgccgcataatgaaagatcaaaacttgctatatggggttgt 9814819  T
Q  234 tgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttggggggttatcctgttatt 333  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| |||||| || | |||||||| || || |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||     
T  9814820 tgagaaatggtgttgtaagacgaatacatttgtgtttccgtttggtgaggcgacgattagtttggaggatgttatggttttggggggttatcctgtcatc 9814919  T
Q  334 ggggatcct 342  Q
    || ||||||    
T  9814920 ggtgatcct 9814928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 115 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 26355381 - 26355154
Alignment:
Q  115 tgggttgatcaacttaaactcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatacataaaaatcatg 214  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| | || |||||||||| ||| || ||||| || |||||| | || |  ||||||||||  ||||||||      
T  26355381 tgggttgatcaacttaagctcaaatatgaaccggtttggaagaaagctgggatttttgatgctataatgagtaccaaatgccgcatactgaaaaatcaaa 26355282  T
Q  215 acttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggtttt 314  Q
    ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| || | |||||||| || ||  |   |||||||||| | |||||| |    
T  26355281 acttgctttacggggttgtggagaaatggtgttgtgagactaatacatttgtgtttccgtttggtgaggcgacggtaggtttggaggatgttatggttct 26355182  T
Q  315 ggggggttatcctgttattggggatcct 342  Q
     |||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  26355181 tgggggttaccctgtcattggtgatcct 26355154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 198 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 38435502 - 38435381
Alignment:
Q  198 catacataaaaatcatgacttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttg 297  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| || |  |||||| |||||| || |||||     
T  38435502 catacataaaaatcataacttgttatttagggttgttgagaaatggtgttgtaagaccaatacatttgtgtttccacttggtgtagcaacaatcactttt 38435403  T
Q  298 gaggatatcatggttttggggg 319  Q
    || |||||||||||||||||||    
T  38435402 gaagatatcatggttttggggg 38435381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 49; Significance: 5e-19; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 209 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 22652448 - 22652312
Alignment:
Q  209 atcatgacttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggaggatatcat 308  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||| || | |||||||| |||||||| || || || ||| | ||    
T  22652448 atcataacttgctatttggggttgttgagaaatggtgctgtgagacaaactcatttgtgtttccatttggtgaggcaactatcaccttagaagatgttat 22652349  T
Q  309 ggttttggggggttatcctgttattggggatcctgtt 345  Q
    | |||| | |||||| |||||| |||| |||||||||    
T  22652348 gattttagagggttaccctgttcttggtgatcctgtt 22652312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 272 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 6398035 - 6397962
Alignment:
Q  272 cctttggtgaagcaactattactttggaggatatcatggttttggggggttatcctgttattggggatcctgtt 345  Q
    |||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||  || ||| | | |||||||||||||    
T  6398035 cctttggtgaggcaacaataactttggaggatatcattgtcttgggggtctaccctatcactggggatcctgtt 6397962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University