View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF4854-Insertion-4 (Length: 777)
Name: NF4854-Insertion-4
Description: NF4854
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4854-Insertion-4 |
 | |
|
| [»] chr5 (3 HSPs) |
| |
|
| [»] chr4 (1 HSPs) |
| |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 748; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 748; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 777
Target Start/End: Original strand, 16443718 - 16444489
Alignment:
| Q |
6 |
catgttcttgtggccatttttctttgagggccggtaaaacttcgttgatatacatcattctagtgacttctctgtttatagaaatgattggttttgtttc |
105 |
Q |
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| T |
16443718 |
catgttcttgtggccatttttctttgagggccggtaaaacttcgttgatatacatcattctagtgacttctctgtttatagaaatgattggttttgtttc |
16443817 |
T |
|
| Q |
106 |
aagtgtcccggcaggcctattgatgctagacctttgtgctgctaccttgtgaactataggaaagcaaccaatttttcctgagaatgtctcgttaccatca |
205 |
Q |
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|
| T |
16443818 |
aagtgtcccggcaggcctattgatgctagacctttgtgctgctaccttgtgaactataggaaagcaaccaatttttcctgagaatgtctcgttaccatca |
16443917 |
T |
|
| Q |
206 |
tcatcaaatcttggcctagccacgacaactaaaaacattaccttaccaatgtaatttttgttcctacacatacgatgtggctcatcctcatctccaagaa |
305 |
Q |
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|
| T |
16443918 |
tcatcaaatcttggcctagccacgacaactaaaaacattaccttaccaatgtaatttttgttcctacacatacgatgtggctcatcctcatctccaagaa |
16444017 |
T |
|
| Q |
306 |
ggtaatagctggatgactttttggttatgtagaaccatttttcatctatgtgaacaacattatacataggtttaaacactggatcatgtggtatgctact |
405 |
Q |
| |
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| T |
16444018 |
ggtaatagctggatgactttttggttatgtagaaccatttttcatctatgtgaacaacattatacataggtttaaacactggatcatgtggtatgctact |
16444117 |
T |
|
| Q |
406 |
ctcctcaagcatatccaagcagaattcaatacgagctttcttattactatcattcaaatatggtttcaacacattcgaatgtcggcgtaagaccccttct |
505 |
Q |
| |
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| T |
16444118 |
ctcctcaagcatatccaagcagaattcaatacgagctttcttattactatcattcaaatatggtttcaacacattcgaatgtcggcgtaagaccccttct |
16444217 |
T |
|
| Q |
506 |
tttatgtatttcagcaaagttgtcttggttttgagacccaagacagtttgtaaagatcgaagagtgctacgcttagctaacgaaacattgcgcattttgt |
605 |
Q |
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|
| T |
16444218 |
tttatgtatttcagcaaagttgtcttggttttgagacccaagacagtttgtaaagatcgaagagtgctacgcttagctaacgaaacattgcgcattttgt |
16444317 |
T |
|
| Q |
606 |
caaaatctatttggatcctttttcgaccacaattttttgttttcttatgacacggatcagctgnnnnnnnnatttgcctccaaatccgataaataacatc |
705 |
Q |
| |
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|
|
| T |
16444318 |
caaaatctatttggatcctttttcgaccacaattttttgttttcttatgacacggatcagctgttttttttatttgcctccaaatccgataaataacatc |
16444417 |
T |
|
| Q |
706 |
tttggagactgaaaaataagatgccaatgttttgacaatccctttacaaagttttccattataacttgtatt |
777 |
Q |
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| T |
16444418 |
tttggagactgaaaaataagatgccaatgttttgacaatccctttacaaagttttccattataacttgtatt |
16444489 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 744; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 777
Target Start/End: Complemental strand, 7304467 - 7303696
Alignment:
| Q |
6 |
catgttcttgtggccatttttctttgagggccggtaaaacttcgttgatatacatcattctagtgacttctctgtttatagaaatgattggttttgtttc |
105 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7304467 |
catgttcttgtggccatttttctttgagggccggtaaaacttcgttgatatacatcattctagtgacttctctgtttatagaaatgattggttttgtttc |
7304368 |
T |
|
| Q |
106 |
aagtgtcccggcaggcctattgatgctagacctttgtgctgctaccttgtgaactataggaaagcaaccaatttttcctgagaatgtctcgttaccatca |
205 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
7304367 |
aagtgtcccggcaggcctattgatgctagacctttgtgctgctaccttgtgaactataggaaagcaaccaatttttcctgagaatgtctcgttaccatca |
7304268 |
T |
|
| Q |
206 |
tcatcaaatcttggcctagccacgacaactaaaaacattaccttaccaatgtaatttttgttcctacacatacgatgtggctcatcctcatctccaagaa |
305 |
Q |
| |
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|
|
| T |
7304267 |
tcatcaaatcttggcctagccacgacaactaaaaacattaccttaccaatgtaatttttgttcctacacatacgatgtggctcatcctcatctccaagaa |
7304168 |
T |
|
| Q |
306 |
ggtaatagctggatgactttttggttatgtagaaccatttttcatctatgtgaacaacattatacataggtttaaacactggatcatgtggtatgctact |
405 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
7304167 |
ggtaatagctggatgactttttggttatgtagaatcatttttcatctatgtgaacaacattatacataggtttaaacactggatcatgtggtatgctact |
7304068 |
T |
|
| Q |
406 |
ctcctcaagcatatccaagcagaattcaatacgagctttcttattactatcattcaaatatggtttcaacacattcgaatgtcggcgtaagaccccttct |
505 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7304067 |
ctcctcaagcatatccaagcagaattcaatacgagctttcttattactatcattcaaatatggtttcaacacattcgaatgtcggcgtaagaccccttct |
7303968 |
T |
|
| Q |
506 |
tttatgtatttcagcaaagttgtcttggttttgagacccaagacagtttgtaaagatcgaagagtgctacgcttagctaacgaaacattgcgcattttgt |
605 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7303967 |
tttatgtatttcagcaaagttgtcttggttttgagacccaagacagtttgtaaagatcgaagagtgctacgcttagctaacgaaacattgcgcattttgt |
7303868 |
T |
|
| Q |
606 |
caaaatctatttggatcctttttcgaccacaattttttgttttcttatgacacggatcagctgnnnnnnnnatttgcctccaaatccgataaataacatc |
705 |
Q |
| |
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|
|
| T |
7303867 |
caaaatctatttggatcctttttcgaccacaattttttgttttcttatgacacggatcagctgttttttttatttgcctccaaatccgataaataacatc |
7303768 |
T |
|
| Q |
706 |
tttggagactgaaaaataagatgccaatgttttgacaatccctttacaaagttttccattataacttgtatt |
777 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7303767 |
tttggagactgaaaaataagatgccaatgttttgacaatccctttacaaagttttccattataacttgtatt |
7303696 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 544; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 773
Target Start/End: Original strand, 40287090 - 40287853
Alignment:
| Q |
10 |
ttcttgtggccatttttctttgagggccggtaaaacttcgttgatatacatcattctagtgacttctctgtttatagaaatgattggttttgtttcaagt |
109 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40287090 |
ttctcgtggccatttttctttgattgccggtaaaacttcgtcgatatacatctttcgagtgacttctctatttatagaagtgattggttttgtttcaagt |
40287189 |
T |
|
| Q |
110 |
gtcccggcaggcctattgatgctagacctttgtgctgctaccttgtgaactataggaaagcaaccaatttttcctgagaatgtctcgttaccatcatcat |
209 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| |
|
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| T |
40287190 |
gtcccggcaggtctattgatgctagacctttgtgctggtaccttgtgaactattggaaagcaaccaatttttcctgagaaggtctcattaccatcaccat |
40287289 |
T |
|
| Q |
210 |
caaatcttggcctagccacgacaactaaaaacattaccttaccaatgtaatttttgttcctacacatacgatgtggctcatcctcatctccaagaaggta |
309 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
40287290 |
caaatcttggcctagccacaacaactaaaaacatgaccttaccgatgtaatttttgttcctacacatacgatgtggctcatcctcatcagcaagaaggta |
40287389 |
T |
|
| Q |
310 |
atagctggatgactttttggttatgtagaaccatttttcatctatgtgaacaacattatacataggtttaaacactggatcatgtggtatgctactctcc |
409 |
Q |
| |
|
|||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40287390 |
atagtttgatgactttttcgttatatagaaccatttttcatcaatgtgaacaacattatacataggcttaaacactggatcatgtggtatgctactctcc |
40287489 |
T |
|
| Q |
410 |
tcaagcatatccaagcagaattcaatacgagctttcttattactatcattcaaatatggtttcaacacattcgaatgtcggcgtaagaccccttctttta |
509 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40287490 |
tcaagcatatccaagcagaattcaatacgagctttcaaattattatcattcaaatatggtttgagcacattcgaatgtcggcgtaagaccccttctttta |
40287589 |
T |
|
| Q |
510 |
tgtatttcagcaaagttgtcttggttttgagacccaagacagtttgtaaagatcgaagagtgctacgcttagctaacgaaacattgcgcattttgtcaaa |
609 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| || |
|
|
| T |
40287590 |
tgtacttcagcaaagttgtcttggttttaagccccaagacagtttgtaaagatcgaagagtgctacgcttagctaatgaagcattgcgcattttgtcgaa |
40287689 |
T |
|
| Q |
610 |
atctatttggatcctttttcgaccacaattttttgttttcttatgacacggatcagctgnnnnnnnnatttgcctccaaatccgataaataacatctttg |
709 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
40287690 |
atctatttggatcctttttcgaccacaattttttgatttcttatgacacggatcacccgttttttttacttgcctccaaatccgataaatgacatcttga |
40287789 |
T |
|
| Q |
710 |
gagactgaaaaataagatgccaatgttttgacaatccctttacaaagttttccattataacttg |
773 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
40287790 |
gagactgaaaaataagatgtcaatgttctgacaatcccacgacaaagtttaccattataacttg |
40287853 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 736; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 736; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 777
Target Start/End: Complemental strand, 6124645 - 6123874
Alignment:
| Q |
6 |
catgttcttgtggccatttttctttgagggccggtaaaacttcgttgatatacatcattctagtgacttctctgtttatagaaatgattggttttgtttc |
105 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6124645 |
catgttcttgtggccatttttctttgagggccggtaaaacttcgttgatatacatcattctagtgacttctctgtttatagaaatgattggttttgtttc |
6124546 |
T |
|
| Q |
106 |
aagtgtcccggcaggcctattgatgctagacctttgtgctgctaccttgtgaactataggaaagcaaccaatttttcctgagaatgtctcgttaccatca |
205 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6124545 |
aagtgtcccggcaggcctattgatgctagacctttgtgctgctaccttgtgaactataggaaagcaaccaatttttcctgagaatgtctcgttaccatca |
6124446 |
T |
|
| Q |
206 |
tcatcaaatcttggcctagccacgacaactaaaaacattaccttaccaatgtaatttttgttcctacacatacgatgtggctcatcctcatctccaagaa |
305 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6124445 |
tcatcaaatcttggcctagccacgacaactaaaaacattaccttaccaatgtaatttttgttcctacacatacgatgtggctcatcctcatctccaagaa |
6124346 |
T |
|
| Q |
306 |
ggtaatagctggatgactttttggttatgtagaaccatttttcatctatgtgaacaacattatacataggtttaaacactggatcatgtggtatgctact |
405 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6124345 |
ggtaatagctggatgactttttggttatgtagaaccatttttcatctatgtgaacaacattatacataggtttaaacactggatcatgtggtatgctact |
6124246 |
T |
|
| Q |
406 |
ctcctcaagcatatccaagcagaattcaatacgagctttcttattactatcattcaaatatggtttcaacacattcgaatgtcggcgtaagaccccttct |
505 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6124245 |
ctcctcaagcatatccaagcagaattcaatacgagctttcttattactatcattcaaatatggtttcaacacattcgaatgtcggcgtaagaccccttct |
6124146 |
T |
|
| Q |
506 |
tttatgtatttcagcaaagttgtcttggttttgagacccaagacagtttgtaaagatcgaagagtgctacgcttagctaacgaaacattgcgcattttgt |
605 |
Q |
| |
|
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6124145 |
tttatgaatttaagcaaagttgtcttggttttgagacccaagacagtttgtaaagatcgaagaatgctacgcttagctaacgaaacattgcgcattttgt |
6124046 |
T |
|
| Q |
606 |
caaaatctatttggatcctttttcgaccacaattttttgttttcttatgacacggatcagctgnnnnnnnnatttgcctccaaatccgataaataacatc |
705 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6124045 |
caaaatctatttggatcctttttcgaccacaattttttgttttcttatgacacggatcagctgttttttttatttgcctccaaatccgataaataacatc |
6123946 |
T |
|
| Q |
706 |
tttggagactgaaaaataagatgccaatgttttgacaatccctttacaaagttttccattataacttgtatt |
777 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6123945 |
tttggagactgaaaaataagatgccaatgttttgacaatccctttacaaagttttccattataacttgtatt |
6123874 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 548; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 548; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 773
Target Start/End: Complemental strand, 24742431 - 24741668
Alignment:
| Q |
10 |
ttcttgtggccatttttctttgagggccggtaaaacttcgttgatatacatcattctagtgacttctctgtttatagaaatgattggttttgtttcaagt |
109 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24742431 |
ttctcgtggccatttttctttgattgccggtaaaacttcgtcgatatacatctttcgagtgacttctctatttatagaagtgattggttttgtttcaagt |
24742332 |
T |
|
| Q |
110 |
gtcccggcaggcctattgatgctagacctttgtgctgctaccttgtgaactataggaaagcaaccaatttttcctgagaatgtctcgttaccatcatcat |
209 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| |
|
|
| T |
24742331 |
gtcccggcaggtctattgatgctagacctttgtgctggtaccttgtgaactattggaaagcaaccaatttttcctgagaaggtctcattaccatcaccat |
24742232 |
T |
|
| Q |
210 |
caaatcttggcctagccacgacaactaaaaacattaccttaccaatgtaatttttgttcctacacatacgatgtggctcatcctcatctccaagaaggta |
309 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
24742231 |
caaatcttggcctagccacaacaactaaaaacatgaccttaccgatgtaatttttgttcctacacatacgatgtggctcatcctcatcagcaagaaggta |
24742132 |
T |
|
| Q |
310 |
atagctggatgactttttggttatgtagaaccatttttcatctatgtgaacaacattatacataggtttaaacactggatcatgtggtatgctactctcc |
409 |
Q |
| |
|
|||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24742131 |
atagtttgatgactttttcgttatatagaaccatttttcatcaatgtgaacaacattatacataggcttaaacacttgatcatgtggtatgctactctcc |
24742032 |
T |
|
| Q |
410 |
tcaagcatatccaagcagaattcaatacgagctttcttattactatcattcaaatatggtttcaacacattcgaatgtcggcgtaagaccccttctttta |
509 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24742031 |
tcaagcatatccaagcagaattcaatacgagctttcaaattattatcattcaaatatggtttgagcacattcgaatgtcggcgtaagaccccttctttta |
24741932 |
T |
|
| Q |
510 |
tgtatttcagcaaagttgtcttggttttgagacccaagacagtttgtaaagatcgaagagtgctacgcttagctaacgaaacattgcgcattttgtcaaa |
609 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| || |
|
|
| T |
24741931 |
tgtacttcagcaaagttgtcttggttttaagccccaagacagtttgtaaagatcgaagagtgctacgcttagctaatgaagcattgcgcattttgtcgaa |
24741832 |
T |
|
| Q |
610 |
atctatttggatcctttttcgaccacaattttttgttttcttatgacacggatcagctgnnnnnnnnatttgcctccaaatccgataaataacatctttg |
709 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
24741831 |
atctatttggatcctttttcgaccacaattttttgatttcttatgacacggatcacccgttttttttacttgcctccaaatccgataaatgacatcttga |
24741732 |
T |
|
| Q |
710 |
gagactgaaaaataagatgccaatgttttgacaatccctttacaaagttttccattataacttg |
773 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24741731 |
gagactgaaaaataagatgccaatgttctgacaatcccacgacaaagttttccattataacttg |
24741668 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 490; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 4203165 - 4202428
Alignment:
| Q |
10 |
ttcttgtggccatttttctttgagggccggtaaaacttcgttgatatacatcattctagtgacttctctgtttatagaaatgattggttttgtttcaagt |
109 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||| || || ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4203165 |
ttctcgtggccatttttcttcgattgctggtaaaacttcgtcgatatacatctttcgagtgacttctctatttatagaagtgattggttttgtttcaagt |
4203066 |
T |
|
| Q |
110 |
gtcccggcaggcctattgatgctagacctttgtgctgctaccttgtgaactataggaaagcaaccaatttttcctgagaatgtctcgttaccatcatcat |
209 |
Q |
| |
|
|||||| ||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||| |
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| T |
4203065 |
gtcccgataggtctattgatgctagacctttgtgttggtaccttgtgaactattggaaaacaaccaatttttcatgagaaggtctcattatcatcatcat |
4202966 |
T |
|
| Q |
210 |
caaatcttggcctagccacgacaactaaaaacattaccttaccaatgtaatttttgttcctacacatacgatgtggctcatcctcatctccaagaaggta |
309 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4202965 |
caaatcttggcctagccacaacaactaaaaacatgaccttaccgatgtaatttttgttcctacacatacgatgtggctcatcctcatctacaagaaggta |
4202866 |
T |
|
| Q |
310 |
atagctggatgactttttggttatgtagaaccatttttcatctatgtgaacaacattatacataggtttaaacactggatcatgtggtatgctactctcc |
409 |
Q |
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|
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| T |
4202865 |
atagttcgatgactttttcgttatgtagaaccatttttcatcaatgtaaacaacattatacatatgcttaaacactggatcatgtggtatgctactctcc |
4202766 |
T |
|
| Q |
410 |
tcaagcatatccaagcagaattcaatacgagctttcttattactatcattcaaatatggtttcaacacattcgaatgtcggcgtaagaccccttctttta |
509 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
4202765 |
tcaagcatatccaagcagaattcaatacgagctttcaaattattatcattcaaatatggtttgagcacattcgaatgtcggcgtaagaccccttctttta |
4202666 |
T |
|
| Q |
510 |
tgtatttcagcaaagttgtcttggttttgagacccaagacagtttgtaaagatcgaagagtgctacgcttagctaacgaaacattgcgcattttgtcaaa |
609 |
Q |
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| T |
4202665 |
tgcacttcagcaaagttgtcttggttttaagccccaagacagtttgtaaagattgaaaagtgctacgcttagctaatgaagcattgcacattttgtcgaa |
4202566 |
T |
|
| Q |
610 |
atctatttggatcctttttcgaccacaattttttgttttcttatgacacggatcagctgnnnnnnnnatttgcctccaaatccgataaataacatctttg |
709 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4202565 |
atctatttggatcctttttcgaccacaattttttgatttcttatgacacggatcacccgttttttttacttgcctccatatccgataaatgacatcttga |
4202466 |
T |
|
| Q |
710 |
gagactgaaaaataagatgccaatgttttgacaatccc |
747 |
Q |
| |
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| T |
4202465 |
gagactgaaaaataagatgccaatgttctgacaatccc |
4202428 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 172 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 8186901 - 8186655
Alignment:
| Q |
172 |
accaatttttcctgagaatgtctcgttaccatcatcatcaaatcttggcctagccacgacaactaaaaacattaccttaccaatgtaatttttgttccta |
271 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| || ||||| || || |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| || | |
|
|
| T |
8186901 |
accaatttttcctgaaaaagtctcttttccttcatcatcaaatctaggtctagccactgcaactaaaaacatgaccttaccaaggtaatttttattgttg |
8186802 |
T |
|
| Q |
272 |
cacatacgatgtggctcatcctcatctccaagaaggtaatagctggatgactttttggttatgtagaaccatttttcatctatgtgaacaacattataca |
371 |
Q |
| |
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| | || | |||||||||||| ||| ||| |||||||||| | | |||||||| || ||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
8186801 |
gatgtgcggtatggctcatcctcgtctgcaataaggtaatagtttgcggactttttagtcatgtaaaatcatttctcatctatgtgcacaacattataca |
8186702 |
T |
|
| Q |
372 |
taggtttaaacactggatcatgtggtatgctactctcctcaagcata |
418 |
Q |
| |
|
| | ||||| |||| |||| || |||||| | |||||||||||| |
|
|
| T |
8186701 |
tggacttaaattgtggaacatgaggaatgctagtttcctcaagcata |
8186655 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 222 - 418
Target Start/End: Original strand, 8191378 - 8191574
Alignment:
| Q |
222 |
tagccacgacaactaaaaacattaccttaccaatgtaatttttgttcctacacatacgatgtggctcatcctcatctccaagaaggtaatagctgga-tg |
320 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| || | | | || | |||||||||||||||| |||||| ||||||| | | || |
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| T |
8191378 |
tagccactacaactaaaaacatgaccttaccaaggtaatttttattgttggatgtgcggtatggctcatcctcatctgcaagaaagtaatagtttgcgtg |
8191477 |
T |
|
| Q |
321 |
actttttggttatgtagaaccatttttcatctatgtgaacaacattatacataggtttaaacactggatcatgtggtatgctactctcctcaagcata |
418 |
Q |
| |
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| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||| |||| || |||||| | |||||||||||| |
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|
| T |
8191478 |
a-tttttagtcatgtaaaaccatttctcatctatgtgcacaacattatacatggacttaaattgtggaccatgaggaatgctagtttcctcaagcata |
8191574 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 505; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 505; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 773
Target Start/End: Original strand, 10368503 - 10369271
Alignment:
| Q |
6 |
catgttcttgtggccatttttctttgagggccggtaaaacttcgttgatatacatcattctagtgacttctctgtttatagaaatgattggttttgtttc |
105 |
Q |
| |
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|||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |
|
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| T |
10368503 |
catgttctcgtggccatttttcttagattgccggtaaaacttcgtcgatatacatcttttgagtgacttctctatttatagaagtgattggtttcgtttc |
10368602 |
T |
|
| Q |
106 |
aagtgtcccggcaggcctattgatgctagacctttgtgctgctaccttgtgaactataggaaagcaaccaatttttcctgagaatgtctcgttaccatca |
205 |
Q |
| |
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| T |
10368603 |
aagtgtcccgacatgtctattgatgctagacctttgtgttggtaccttgtgaactataggaaagcaaccaatttttcctgagaaggtctcattaccatca |
10368702 |
T |
|
| Q |
206 |
tcatcaaatcttggcctagccacgacaactaaaaacattaccttaccaatgtaatttttgttcctacacatacgatgtggctcatcctcatctccaagaa |
305 |
Q |
| |
|
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| T |
10368703 |
tcgtcaaatcttggcctagccacaacaactaaaaacatgaccttaccaatgtaatttttgttcctacacatacgatgtggctaatcctcatttgcaagaa |
10368802 |
T |
|
| Q |
306 |
ggtaatagctggatgactttttggttatgtagaaccatttttcatctatgtgaacaacattatacataggtttaaacactggatcatgtggtatgctact |
405 |
Q |
| |
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| T |
10368803 |
ggtaatagttcgatgaaaatttggttatttagaaccatttttcatctacgtgaacaacattatacataggcttaaacactggatcatgtggtatgctact |
10368902 |
T |
|
| Q |
406 |
ctcctcaagcatatccaagcagaattcaatacgagctttcttattactatcattcaaatatggtttcaacacattcgaatgtcggcgtaagaccccttct |
505 |
Q |
| |
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| T |
10368903 |
ctcctcaaccatttccaagcagaattcaatacgaactttcatattattatcattcaaatatggtttgagcacattcgaatgtcggcgtaagaccccttct |
10369002 |
T |
|
| Q |
506 |
tttatgtatttcagcaaagttgtcttggttttgagacccaagacagtttgtaaagatcgaagagtgctacgcttagctaacgaaacattgcgcattttgt |
605 |
Q |
| |
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| T |
10369003 |
tttatgtaattcagcaaagttgtcttggttttaagccccaagacagtttgtaaagatcgaagagtgctacgcttagctaatgaaacattgcacattttgt |
10369102 |
T |
|
| Q |
606 |
caaaatctatttggatcctttttcgaccacaattttttgttttcttatgacacggatcagctg-nnnnnnnnatttgcctccaaatccgataaataacat |
704 |
Q |
| |
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|
| T |
10369103 |
ggaaatctattttgatcctttttcgaccacaattttttgttttcttatgacacggatcacccgtttttttttatttgcctccaaatccgataaaggacat |
10369202 |
T |
|
| Q |
705 |
ctttggagactgaaaaataagatgccaatgttttgacaatccctttacaaagttttccattataacttg |
773 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10369203 |
cttgagagactgaaaaataagatgtcaatgttctgacaatcccacgacaaagttttccattataacttg |
10369271 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 172 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 45488984 - 45488694
Alignment:
| Q |
172 |
accaatttttcctgagaatgtctcgttaccatcatcatcaaatcttggcctagccacgacaactaaaaacattaccttaccaatgtaatttttgttccta |
271 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || | |
|
|
| T |
45488984 |
accaatttttcctgaaaatgtctcttttccttcatcatcaaatctaggtctagccactgcaactaaaaacattaccttaccaaggtaatttttattgttg |
45488885 |
T |
|
| Q |
272 |
cacatacgatgtggctcatcctcatctccaagaaggtaatagctggatgactttttggttatgtagaaccatttttcatctatgtgaacaacattataca |
371 |
Q |
| |
|
| | || | ||||| || ||||||| |||||||||||||| | | | |||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |
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|
| T |
45488884 |
gatgtgcggtatggcttattctcatctgcaagaaggtaatagtttgcggtctttttagtcatgtaaaaccatttctcatctatgtgcacaacattataca |
45488785 |
T |
|
| Q |
372 |
taggtttaaacactggatcatgtggtatgctactctcctcaagcatatccaagcagaattcaatacgagctttcttattactatcattcaa |
462 |
Q |
| |
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| | ||||| ||| ||||| || |||||| | || |||||||| |||||| |||| | ||||||||| |||||||||| ||||| |
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|
| T |
45488784 |
tggacttaaattgtgggtcatgaggaatgctagtttcatcaagcatggacaagcaaaatttgagtcgagctttcatattactatctttcaa |
45488694 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 162; Significance: 5e-86; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 520 - 773
Target Start/End: Original strand, 25996666 - 25996919
Alignment:
| Q |
520 |
caaagttgtcttggttttgagacccaagacagtttgtaaagatcgaagagtgctacgcttagctaacgaaacattgcgcattttgtcaaaatctatttgg |
619 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
25996666 |
caaagttgtcttggttttaagccccaagacagtttgtaaagatcgaagagtgctacgcttagctaatgaagcattgcgcattttgtcgaaatctatttgg |
25996765 |
T |
|
| Q |
620 |
atcctttttcgaccacaattttttgttttcttatgacacggatcagctgnnnnnnnnatttgcctccaaatccgataaataacatctttggagactgaaa |
719 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
25996766 |
atcctttttcgaccacaattttttgatttcttatgacacggatcacccgttttttttacttgcctccaaatccgataaatgacatcttgagagactgaaa |
25996865 |
T |
|
| Q |
720 |
aataagatgccaatgttttgacaatccctttacaaagttttccattataacttg |
773 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25996866 |
aataagatgccaatgttctgacaatctcacgacaaagttttccattataacttg |
25996919 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 335 - 399
Target Start/End: Original strand, 8696239 - 8696303
Alignment:
| Q |
335 |
tagaaccatttttcatctatgtgaacaacattatacataggtttaaacactggatcatgtggtat |
399 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| || ||||||| || |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
8696239 |
tagaaccatttttcgtcaatgtgaataatattatacatacttttaaacattggatcatgtggtat |
8696303 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 335 - 399
Target Start/End: Original strand, 34224028 - 34224092
Alignment:
| Q |
335 |
tagaaccatttttcatctatgtgaacaacattatacataggtttaaacactggatcatgtggtat |
399 |
Q |
| |
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|
|
| T |
34224028 |
tagaaccatttttcgtcaatgtgaataatattatacatacttttaaacattggatcatgtggtat |
34224092 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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