View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4854_low_1 (Length: 947)

Name: NF4854_low_1
Description: NF4854
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4854_low_1
NF4854_low_1
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (39-797)||(14176219-14176983)
chr4 (39-797)||(28608892-28609658)
chr4 (793-895)||(14174429-14174531)
chr4 (793-898)||(28611344-28611449)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (39-797)||(12932949-12933713)
chr8 (793-898)||(12931158-12931263)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (39-797)||(15298739-15299503)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (40-480)||(38994875-38995314)
chr5 (804-887)||(38994541-38994624)
chr5 (794-888)||(38996936-38997029)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (793-898)||(51303146-51303251)
chr3 (793-881)||(24876579-24876667)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 706; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 706; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 797
Target Start/End: Original strand, 14176219 - 14176983
Alignment:
Q  39 agatctccatctgttcctttgggctttgacattcctgagagagtatggtccggacatgatataagttactctcacctgacggtatttggatgcaaagcct 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14176219 agatctccatctgttcctttgggctttgacattcctgagagagtatggtccggacatgatataagttactctcacctgaaggtatttggatgcaaagcct 14176318  T
Q  139 ttgctcatgtaaataaggagcatagacaaaaacttgatgataaagccattccttgcatatttgtgggctatggagatgaggaatttggctataggttatg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14176319 ttgctcatgtaaataaggagcatagacaaaaacttgatgataaagccattccttgcatatttgtgggctatggagatgaggaatttggctacaggttatg 14176418  T
Q  239 ggatccagagaagagaagaattattagaagcagagatgtagtgtttcatgagcaagaaactatgtcagattctgctattctagaaacacctaaacgttat 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14176419 ggatccagagaagagaagaattattagaagcagagatgtagtgtttcatgagcaagaaactatgtcagattctgctattctagaaacacctaaacgttat 14176518  T
Q  339 ggtaaggttgatcttacacttaccactcctcctgtaagagttgtcacagaagggggatatcttgatgaagaccctagggttgatggtgagccagtagttg 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14176519 ggtaaggttgatcttacacttaccactcctcctgtaagagttgccacagaagggggagatcttgatgaagaccctggggttgatggtgagccagtagttg 14176618  T
Q  439 aagatggtgatgatgaagatgttcaggatggagagcaatccccaacatctcagctcaggagatcaagcagagatcatca------taccaggtaccctag 532  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||    
T  14176619 aagatggtgatgatgaagatgttcaagatggagagcaatccacaacatctcatctcaggagatcaagcagagatcatcatccatctaccaggtaccctag 14176718  T
Q  533 ttcggagtacatcctcatcactgatgagggggagccggaaagtttcgatgaagttcaaactcataaggataaaatccaatggatgaaagcaatgcaagaa 632  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14176719 ttcggagtacatcctcatcactgatgagggggagccggaaagtttcgatgaagttcaaactcataaggataaaatccaatggatgaaagcaatgcaagaa 14176818  T
Q  633 gagatggattcattgcagaaaaatgatacttatgaacttgtgaaacttcctgaaggcagaaaagccttgaaaaataaatgggtgttcaagctcaagaaag 732  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14176819 gagatggattcattgcagaaaaatgatacttatgaacttgtgaaacttcctgaaggcagaaaagccttgaagaataaatgggtgttcaagctcaagaaag 14176918  T
Q  733 atggtgacaagctagtgaagtacaaagctcgcttagtcgtaaaaggttttggacaaaagcgagga 797  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14176919 atggtgacaagctagtgaagtacaaagctcgcttagtcgtaaaaggttttggacaaaagcgagga 14176983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 680; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 797
Target Start/End: Complemental strand, 28609658 - 28608892
Alignment:
Q  39 agatctccatctgttcctttgggctttgacattcctgagagagtatggtccggacatgatataagttactctcacctgacggtatttggatgcaaagcct 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28609658 agatctccatctgttcctttgggctttgatattcctgagagagtatggtccggacatgatataagttactctcacctgaaggtatttggatgcaaagcct 28609559  T
Q  139 ttgctcatgtaaataaggagcatagacaaaaa-cttgatgataaagccattccttgcatatttgtgggctatggagatgaggaatttggctataggttat 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28609558 ttgctcatgtaaataaggagcatagacaaaaaacttgatgataaagccattccttgcatatttgtgggctatggagatgaggaatttggctacaggttat 28609459  T
Q  238 gggatccagagaagagaagaattattagaagcagagatgtagtgtttcatgagcaagaaactatgtcagattctgctattctagaaacacctaaacgtta 337  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28609458 gggatccagagaagagaagaattattagaagcagagatgtagtgtttcataagcaagaaactatgtcagattctgctattctagaaacacctaaacgtta 28609359  T
Q  338 tggtaaggttgatcttacacttaccactcctcctgtaagagttgtcacagaagggggatatcttgatgaagaccctagggttgatggtgagccagtagtt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28609358 tggtaaggttgatcttacacttaccactcctcctgtaagagttgccacagaagggggagatcttgatgaagaccctggggttgatggtgagccagtagtt 28609259  T
Q  438 gaagatggtgatgatgaagatgttcaggatggagagcaatccccaacatctcagctcaggagatcaagcagagatcatca------taccaggtacccta 531  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||      ||||||||||||||    
T  28609258 gaagatggtgatgatgaagatgttcaagatggagagcaatccacaacatctcatctcaggagattaagcagagatcatcatccatctaccaggtacccta 28609159  T
Q  532 gttcggagtacatcctcatcactgatgagggggagccggaaagtttcgatgaagttcaaactcataaggataaaatccaatggatgaaagcaatgcaaga 631  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28609158 gttcggagtacatcctcatcactgatgagggggagccggaaagtttcgatgaagttcaaactcataaggataaaatccaatggatgaaagcaatgcaaga 28609059  T
Q  632 agagatggattcattgcag-aaaaatgatacttatgaacttgtgaaacttcctgaaggcagaaaagccttgaaaaataaatgggtgttcaagctcaagaa 730  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  28609058 agagatggattcattgcagaaaaaatgatacttatgaacttgtgaaacttcctgaaggcagaaaagccttgaagaataaatgggtgttcaagctcaagaa 28608959  T
Q  731 agatggtgacaagctagtgaagtacaaagctcgcttagtcgtaaaaggttttggacaaaagcgagga 797  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28608958 agatggtgacaagctagtgaagtacaaagctcgcttagtcgtaaaaggttttggacaaaagcgagga 28608892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 793 - 895
Target Start/End: Original strand, 14174429 - 14174531
Alignment:
Q  793 gaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacacgaagccagataaggtgacggatgaagactggaaaaagtctcatcgga 892  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14174429 gaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacacgaagccagataaggtgacggatgaagactggaaaaagtctcatcgga 14174528  T
Q  893 agg 895  Q
    |||    
T  14174529 agg 14174531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 793 - 898
Target Start/End: Complemental strand, 28611449 - 28611344
Alignment:
Q  793 gaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacacgaagccagataaggtgacggatgaagactggaaaaagtctcatcgga 892  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28611449 gaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacacaaagccagataaggttacggatgaagactggaaaaagtctcatcgga 28611350  T
Q  893 aggctg 898  Q
    ||||||    
T  28611349 aggctg 28611344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 698; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 698; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 797
Target Start/End: Original strand, 12932949 - 12933713
Alignment:
Q  39 agatctccatctgttcctttgggctttgacattcctgagagagtatggtccggacatgatataagttactctcacctgacggtatttggatgcaaagcct 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12932949 agatctccatctgttcctttgggctttgacattcctgagagagtatggtccggacatgatataagttactctcacctgaaggtatttggatgcaaagcct 12933048  T
Q  139 ttgctcatgtaaataaggagcatagacaaaaacttgatgataaagccattccttgcatatttgtgggctatggagatgaggaatttggctataggttatg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12933049 ttgctcatgtaaataaggagcatagacaaaaacttgatgataaagccattccttgcatatttgtgggctatggagatgaggaatttggctataggttatg 12933148  T
Q  239 ggatccagagaagagaagaattattagaagcagagatgtagtgtttcatgagcaagaaactatgtcagattctgctattctagaaacacctaaacgttat 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  12933149 ggatccagagaagagaagaattattagaagcagagatgtagtgtttcatgagcaagaaactatgtcagattctactattctagaaacacctaaacgttat 12933248  T
Q  339 ggtaaggttgatcttacacttaccactcctcctgtaagagttgtcacagaagggggatatcttgatgaagaccctagggttgatggtgagccagtagttg 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12933249 ggtaaggttgatcttacacttaccactcctcctgtaagagttgccacagaagggggagatcttgatgaagaccctggggttgatggtgagccagtagttg 12933348  T
Q  439 aagatggtgatgatgaagatgttcaggatggagagcaatccccaacatctcagctcaggagatcaagcagagatcatca------taccaggtaccctag 532  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||    
T  12933349 aagatggtgatgatgaagatgttcaagatggagagcaatccacaacatctcatctcaggagatcaagcagagatcatcatccatctaccaggtaccctag 12933448  T
Q  533 ttcggagtacatcctcatcactgatgagggggagccggaaagtttcgatgaagttcaaactcataaggataaaatccaatggatgaaagcaatgcaagaa 632  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12933449 ttcggagtacatcctcatcactgatgagggggagccggacagtttcgatgaagttcaaactcataaagataaaatccaatggatgaaagcaatgcaagaa 12933548  T
Q  633 gagatggattcattgcagaaaaatgatacttatgaacttgtgaaacttcctgaaggcagaaaagccttgaaaaataaatgggtgttcaagctcaagaaag 732  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12933549 gagatggattcattgcagaaaaatgatacttatgaacttgtgaaacttcctgaaggcagaaaagccttgaagaataaatgggtgttcaagctcaagaaag 12933648  T
Q  733 atggtgacaagctagtgaagtacaaagctcgcttagtcgtaaaaggttttggacaaaagcgagga 797  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12933649 atggtgacaagctagtgaagtacaaagctcgcttagtcgtaaaaggttttggacaaaagcgagga 12933713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 793 - 898
Target Start/End: Original strand, 12931158 - 12931263
Alignment:
Q  793 gaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacacgaagccagataaggtgacggatgaagactggaaaaagtctcatcgga 892  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12931158 gaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacacgaagccagataaggtgacggatgaagactggaaaaagtctcatcgga 12931257  T
Q  893 aggctg 898  Q
    ||||||    
T  12931258 aggctg 12931263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 590; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 590; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 797
Target Start/End: Original strand, 15298739 - 15299503
Alignment:
Q  39 agatctccatctgttcctttgggctttgacattcctgagagagtatggtccggacatgatataagttactctcacctgacggtatttggatgcaaagcct 138  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| |||||||| |||||||    
T  15298739 agatcttcatctattcctttgggctttgacattcctgagagagtacggtccggacatgatataagttactttcacttgaaggtgtttggatgtaaagcct 15298838  T
Q  139 ttgctcatgtaaataaggagcatagacaaaaacttgatgataaagccattccttgcatatttgtgggctatggagatgaggaatttggctataggttatg 238  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15298839 ttgttcatgtaaataaggagcatagacaaaaacttgatgataaagccattccttgcatatgtgcgggctatggagatgaggaatttggctacaggttatg 15298938  T
Q  239 ggatccagagaagagaagaattattagaagcagagatgtagtgtttcatgagcaagaaactatgtcagattctgctattctagaaacacctaaacgttat 338  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15298939 ggatccagagaagagaagaattattagaagcagagatgtagtgtttcatgagcaagaaactatgtcagattctgctattccagaaacacctaaacgttat 15299038  T
Q  339 ggtaaggttgatcttacacttaccactcctcctgtaagagttgtcacagaagggggatatcttgatgaagaccctagggttgatggtgagccagtagttg 438  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||    
T  15299039 ggtaaggttgatcttacagttaccactcctcctgtaagagttgccacagaagggggagatcttgatgaagaccctggggttaatggtgagttagtagttg 15299138  T
Q  439 aagatggtgatgatgaagatgttcaggatggagagcaatccccaacatctcagctcaggagatcaagcagagatcatca------taccaggtaccctag 532  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||      |||||||||||||||    
T  15299139 aagatggtgatgaggaagatgttcaggatggagagcaatgcccaacatctcagctcaagagatcaagcagagatcatcatccatctaccaggtaccctag 15299238  T
Q  533 ttcggagtacatcctcatcactgatgagggggagccggaaagtttcgatgaagttcaaactcataaggataaaatccaatggatgaaagcaatgcaagaa 632  Q
    || ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15299239 tttggagtacattctcatcactgttgagggggagccgaaaagttttgatgaagttcaaactcataaggataaaatccaatggatgaaagcaatgtaagaa 15299338  T
Q  633 gagatggattcattgcagaaaaatgatacttatgaacttgtgaaacttcctgaaggcagaaaagccttgaaaaataaatgggtgttcaagctcaagaaag 732  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15299339 gagatggattccttgcagaaaaatgatacttatgaacttgtgaagcttcctgaaatcagaaaagccttaaagaataaatgggtgttcaagctcaagaaag 15299438  T
Q  733 atggtgacaagctagtgaagtacaaagctcgcttagtcgtaaaaggttttggacaaaagcgagga 797  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15299439 atagtgacaagctagtgaaatacaaagctctcttagtcgtaaaaggttttggacaaaagcgagga 15299503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 40 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 38995314 - 38994875
Alignment:
Q  40 gatctccatctgttcctttgggctttgacattcctgagagagtatggtccggacatgatataagttactctcacctgacggtatttggatgcaaagcctt 139  Q
    ||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||    ||||||||||||||||| | |||  ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  38995314 gatctacatatgttcctttggactttgacattcctgaaaaagtatgtgttggacatgatataagttattttcatttgaaggtgttttgatgcaaagcctt 38995215  T
Q  140 tgctcatgtaaataaggagcatagacaaaaacttgatgataaagccattccttgcatatttgtgggctatggagatgaggaatttggctataggttatgg 239  Q
     |||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | |||||||    
T  38995214 ggctcatgtaagtaaggagcgtaga-aaaaacttgatgataaagccattccttgtatatttgtggggtatggagatgaggaatttggctgcacgttatgg 38995116  T
Q  240 gatccagag-aagagaagaattattagaagcagagatgtagtgtttcatgagcaagaaactatgtcagattctgctattctagaaacacctaaacgttat 338  Q
    |||||| |  ||||||||||| |||||||| | ||| ||| ||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||||  ||||||||||| |    |    
T  38995115 gatccaaaataagagaagaatcattagaagtaaagacgtattgtttcatgagcaagaaactatgacaaatt-tactattcctgaaacacctaagcacggt 38995017  T
Q  339 ggtaaggttgatcttacacttaccactcctcctgtaagagttgtcacagaagggggatatcttgatgaagaccctagggttgatggtgagccagtagttg 438  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| || |||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||  | |||    
T  38995016 ggtaaggttgaccttacactaaccactcctcctataagagttgccaaagaagggggagatcttgattaaaaccctagggttgatggtgagccaacaattg 38994917  T
Q  439 aagatggtgatgatgaagatgttcaggatggagagcaatccc 480  Q
    ||||||||||||| ||| | |   ||||||||||||||||||    
T  38994916 aagatggtgatgacgaaaaaggataggatggagagcaatccc 38994875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 804 - 887
Target Start/End: Complemental strand, 38994624 - 38994541
Alignment:
Q  804 ttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacacgaagccagataaggtgacggatgaagactggaaaaagtctca 887  Q
    |||| ||||||||||||||| || |||||||||||| |||| |||| |||| || ||||  ||||||||||  ||| |||||||    
T  38994624 ttacaacaaggatatgtatgttcatgtagaaaagggggacatgaagtcagacaaagtgatagatgaagactaaaaagagtctca 38994541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 794 - 888
Target Start/End: Complemental strand, 38997029 - 38996936
Alignment:
Q  794 aggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacacgaagccagataaggtgacggatgaagactggaaaaagtctcat 888  Q
    |||||||| ||||  ||| |||||||||||| |||||||||||||||| || ||| | ||| || ||||| ||| || |||| ||||||||||||    
T  38997029 aggatataatttataacatggatatgtatgaccctgtagaaaagggaggcatgaa-ctagacaaagtgactgataaaaactgaaaaaagtctcat 38996936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 86; Significance: 1e-40; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 793 - 898
Target Start/End: Original strand, 51303146 - 51303251
Alignment:
Q  793 gaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacacgaagccagataaggtgacggatgaagactggaaaaagtctcatcgga 892  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  51303146 gaggatatactttactgcaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacactaagccatataaggtgacaaatgaagactggaaaaagtctcatcgga 51303245  T
Q  893 aggctg 898  Q
    ||||||    
T  51303246 aggctg 51303251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 793 - 881
Target Start/End: Complemental strand, 24876667 - 24876579
Alignment:
Q  793 gaggatatactttactacaaggatatgtatgatcctgtagaaaagggagacacgaagccagataaggtgacggatgaagactggaaaaa 881  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  | ||| ||||||||||||||||    
T  24876667 gaggatatactttactgcaatgatacatatgatcctgcagaaaagggagacacggagccagataaaattacgaatgaagactggaaaaa 24876579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University