View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF4855-Insertion-1 (Length: 991)
Name: NF4855-Insertion-1
Description: NF4855
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4855-Insertion-1 |
 | |
|
| [»] chr2 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 896; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 896; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 991
Target Start/End: Complemental strand, 33632249 - 33631268
Alignment:
| Q |
8 |
ctgaggaactgagttttatgactccggctgacacttacattccacaaataccaatatgtatgaataatgaaggcgtgcaaccttcagggttaggaagcca |
107 |
Q |
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| T |
33632249 |
ctgaggaactgagttttatgactccggctgacacttacattccacaaataccaatatgtatgaataatgaaggcgtgcaaccttcagggttaggaagcca |
33632150 |
T |
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| Q |
108 |
aaacaaggaaacagctcctgttcacaactttgaaagcatccttccagccttgccacccagttttgcgtcattcctgatggattactctggtctcaatcct |
207 |
Q |
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| T |
33632149 |
aaacaaggaaacagctcctgttcacaactttgaaagcatccttccagccttgccacccagttttgcgtcattcctgatggattactctggtctcaatcct |
33632050 |
T |
|
| Q |
208 |
ggttggcgaacttttttgctttaaactatttgttctgatttctaccacatcatatttcatctgaatacaatgatatcttgcagctcaaccaactgttaca |
307 |
Q |
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| T |
33632049 |
ggttggcgaacttttttgctttaaactatttgttctgatttctaccacatcatatttcatctgaatacaataatatcttgcagctcaaccaactgttaca |
33631950 |
T |
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| Q |
308 |
gaggagaatgatctcaagtcccaaatagcggtacaaattttggatttcacattttgattagatgttatgttactatctgatgctttaatcaccacataac |
407 |
Q |
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| T |
33631949 |
gaggagaatgatctcaagtcccaaatagcggtacaaattttggatttcgcattttgattagatgttatgttacaatctgatgctttaatcaccacataac |
33631850 |
T |
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| Q |
408 |
attgatatgatgctcatcatgatatataagctttctctaagttgtgaatatttgagaagtacatcttattaactgattatttgttactcctgatattctt |
507 |
Q |
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|
| T |
33631849 |
attgatatgatgctcatcatgatatataagctttctctaagttgtgaatatttgagaagtacatcttattaactgattatttgttactcctgatattctt |
33631750 |
T |
|
| Q |
508 |
ttcctttgatgcagaaatacatggaagattcttccttccaaggtagcacgtttcttattgcttctctctcttacattgattaaacatgacgcaccatttt |
607 |
Q |
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| T |
33631749 |
ttcctttgatgcagaaatacatggaagattcttccttccaaggtagcacgtttcttattgcttctctctcttacattgattaaacatgacgcaccatttt |
33631650 |
T |
|
| Q |
608 |
atttatttagttcttgtcnnnnnnncacttccattctagagtggaatattagtaaaaaatcattaatcttctttggtctgaatataaagttttgtatgca |
707 |
Q |
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| T |
33631649 |
atttatttagttcttgtctttttttcacttccattctagagtggaacatgagtaaaaaatcattaatcttctttggtctgaatataaagttttgtatgca |
33631550 |
T |
|
| Q |
708 |
tcctgtactttgtatgttccttgtatgtataggtaaaagtttttaatcacacttctgatgcatgcgcattattagatgcatgtgcatgctacatacattt |
807 |
Q |
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| T |
33631549 |
tcctgtactttttatgttccttgtatgtataggtaaaagtttttaatcacacttctgatgcatgcgcattattagatgcatgtgcatgctacatacattt |
33631450 |
T |
|
| Q |
808 |
attttcttaatattgtatggcgatggtctacttaaatttgaagtccaaaatactgatgtaccattttgatgctgttagatatgctggtcaaggtggagaa |
907 |
Q |
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| T |
33631449 |
gttttcttaatattgtatggcgatggtctacttaaatttgaagtccaaaatactgatgtaccattttgatgttgttagatatgctggtcaaggtggagaa |
33631350 |
T |
|
| Q |
908 |
agttatcagcaaaattggggggtgatatgtccctctagtagtccagggcattgggaaatgaacacaccgaac-actcagcatccc |
991 |
Q |
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|
|
| T |
33631349 |
agttatcagcgaaatt-gggggtgatatgtccctctagtagtccagggcatt-ggaaatg-acacaccgaacaactcagcatccc |
33631268 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 567; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 567; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 961
Target Start/End: Original strand, 29193744 - 29194677
Alignment:
| Q |
11 |
aggaactgagttttatgactccggctgacacttacattccacaaataccaatatgtatgaataatgaaggcgtgcaaccttcagggttaggaagccaaaa |
110 |
Q |
| |
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|
| T |
29193744 |
aggaactgagttttatgactcctgctgacacttacattccacaaatgccaatatgtatgacaaatgaaggagtgcaaccttcagggttaggaagccaaaa |
29193843 |
T |
|
| Q |
111 |
caaggaaacagctcctgttcacaactttgaaagcatccttccagccttgccacccagttttgcgtcattcctgatggattactctggtctcaatcctggt |
210 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
29193844 |
caaggaaacagctcctgttcacaactttgaaaacatccttccagctttgccacccagttttgcctcattcctgatggattgctctggtctcaatcatggt |
29193943 |
T |
|
| Q |
211 |
tggcgaacttttttgctttaaactatttgttctgatttctaccacatcatatttcatctgaatacaatgatatcttgcagctcaaccaactgttacagag |
310 |
Q |
| |
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||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
29193944 |
tggtgaacttttttgctttaaactatttgttctggtttctatcacatcatatttcatctgaatacaataatatattgcagctcaaccaactgttacagag |
29194043 |
T |
|
| Q |
311 |
gagaatgatctcaagtcccaaatagcggtacaaattttggatttcacattttgattagatgttatgttactatctgatgctttaatcaccacataacatt |
410 |
Q |
| |
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| T |
29194044 |
gagaatgatctcaagtcccaaatagcggtacatattttggttttcacattttgcttagatgttatgttactatctgatgctttgatcaccacatgtcatt |
29194143 |
T |
|
| Q |
411 |
gatatgatgctcatcatgatatataagctttctctaagttgtgaatatttgagaagtacatcttattaactgattatttgttactcctgatattcttttc |
510 |
Q |
| |
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|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
29194144 |
gatatgatgctcattgtgatatataagctttctctaagttatgaatatttgagaagtacatcttcttaactgattatttgttacttctgatattcttttc |
29194243 |
T |
|
| Q |
511 |
ctttgatgcagaaatacatggaagattcttccttccaaggtagcac-----gtttcttattgcttctctctcttacattgattaaacatgacgcaccatt |
605 |
Q |
| |
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| T |
29194244 |
ctttgatgcagaaatacatggaagattcttccttccaaggtagcactccctctttcttatttcttctctctcttacattgattaaacatgtcgcgccatt |
29194343 |
T |
|
| Q |
606 |
ttatttatttagttcttgtcnnnnnnncacttccattctagagtggaatattagtaaaaaatcattaatcttctttggtctgaatataaagttttgtatg |
705 |
Q |
| |
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|||| ||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| || | | |||||| | |||||||||||| |||||||||||||||| || |
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| T |
29194344 |
ttatatatttagttcttgtctttttttctcttcaattctagagtggaacatgaatgaaaaattctgaatcttctttggcttgaatataaagttttg-ata |
29194442 |
T |
|
| Q |
706 |
catcctgtactttgtatgttccttgtatgtataggtaaaagtttttaatcacacttctgatgcatgcgcattattagatgcatgtgcatgctacatacat |
805 |
Q |
| |
|
||| |||||||| |||||||||| |||| || |||||||| |||| ||| |||||||||||| ||| || ||||| || ||| |
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|
| T |
29194443 |
tatcatgtactttttatgttccttaaatgtgta--taaaagttgttaagcacgcttctgatgcat-------------tgcttg----tgctatatccat |
29194523 |
T |
|
| Q |
806 |
ttattttcttaatattgtatggcgatggtctacttaaatttgaagtccaaaatactgatgtaccattttgatgctgttagatatgctggtcaaggtggag |
905 |
Q |
| |
|
|| ||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29194524 |
tt-tttggttaatattgtatggtgatggtttacttaaatttgaagtccaaaatactaatgtaccattttcatgttgttagatatgctggtcaaggtggag |
29194622 |
T |
|
| Q |
906 |
aaagttatcagcaaaattggggggtgatatgtccctctagtagtccagggcattgg |
961 |
Q |
| |
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|||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29194623 |
aaagttatcagcgaaatt-gggggtgatatgtccctctagtagtccagggcattgg |
29194677 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 357 - 624
Target Start/End: Original strand, 26658944 - 26659213
Alignment:
| Q |
357 |
cattttgattagatgttatgttactatctgatgctttaatcaccacataacattgatatgatgctcatcatgatatataagctttctctaagttgtgaat |
456 |
Q |
| |
|
||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
26658944 |
cattttgcttacatgttatgttactatctgaggctttgatcaccacatgacattgatatgatgctcattatgatatacaagctttctctaagttatgaat |
26659043 |
T |
|
| Q |
457 |
atttgagaagtacatcttattaactgattatttgttactcctgatattcttttcctttgatgcagaaatacatggaagattcttccttccaaggtagcac |
556 |
Q |
| |
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|||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26659044 |
atttgagaagtacatc---ttaattgattatttgttgctcttgatattcttttcctttgatgcagaaatacatggaagattcttccttccaaggtagcac |
26659140 |
T |
|
| Q |
557 |
-----gtttcttattgcttctctctcttacattgattaaacatgacgcaccattttatttatttagttcttgt |
624 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||| |||||||||| || | | |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26659141 |
tccctctttcttattgtttctctctcttaccttgattaaacgtgtcacgccattttatttatttagttcttgt |
26659213 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 670 - 770
Target Start/End: Original strand, 26659277 - 26659379
Alignment:
| Q |
670 |
ttaatcttctttggtctgaatataaagttttgtatgcatcctgtactttgtatgttccttgta--tgtataggtaaaagtttttaatcacacttctgatg |
767 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
26659277 |
ttaatcttctttggcttgaatctaatgttttgtatgcatcctgtactttttatgttccttatatgtgtataggtaaaagttgttaatcacgcttctgatg |
26659376 |
T |
|
| Q |
768 |
cat |
770 |
Q |
| |
|
||| |
|
|
| T |
26659377 |
cat |
26659379 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 898 - 945
Target Start/End: Original strand, 26663215 - 26663261
Alignment:
| Q |
898 |
aggtggagaaagttatcagcaaaattggggggtgatatgtccctctag |
945 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| |
|
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| T |
26663215 |
aggtggagaaagttatcagcgaaatt-gggggtgatatgtctctctag |
26663261 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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