View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4855-Insertion-2 (Length: 987)

Name: NF4855-Insertion-2
Description: NF4855
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4855-Insertion-2
NF4855-Insertion-2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-987)||(1113888-1114872)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (299-904)||(17377015-17377622)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 911; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 911; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 987
Target Start/End: Original strand, 1113888 - 1114872
Alignment:
Q  8 taacattcattcacaatctccaaattctgagaccatgcggtaacccattcattgttatgtgatagaaatttcaatgttgaatcattttgaagaagtttga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1113888 taacattcattcacaatctccaaattctgagaccatgcggtaacccattcattgttatgtgatagaaatttcaatgttgaatcattttgaagaagtttga 1113987  T
Q  108 actgtgaacattctgtggaattgtgcacacaatcccc-caaacaaactgaaactcagtaagtaaatcattcattcatcagtatttcattaccaatgtatc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1113988 actgtgaacattctgtggaattgtgcacacaatccccccaaacaaactgaaactcagtaagtaaatcattcattcatcattatttcattaccaatgtatc 1114087  T
Q  207 attttctcattgctagattcactcatactcatagaacccttcacagacacaatactttttctcttttctctgttgtttgcaacacagatcaacataaagg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1114088 attttctcattgctagattcactcatactcatagaacccttcacagacacaatactttttctcttttctctgttgtttgcaacacagatcaacataaagg 1114187  T
Q  307 tggcacctttacattgttaagtctcataaactcatgtgggttgtcccctgaaaaagcccttaaactttcaacaaggttgcaactcataaaccctaatggc 406  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1114188 tgacacctttacattgttaagtctcataaactcatgtgggttgtcccctgaaaaagcccttaaactttcaacaaggttgcaactcataaaccctaatggc 1114287  T
Q  407 ccaaatgctgttattcaacttttcagaagctatggtttctctgattctcagttatcaagccttgttaagaaacacccttttgtacttttatcaaaatctg 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1114288 ccaaatgctgttattcaacttttcagaagctatggtttctctgattctcagttatcaagccttgttaagaaacacccttttgtacttttatcaaaatctg 1114387  T
Q  507 ataagacacttttgccaaagctcaagtttttgcaatccattggggctgcaaccattgatttccccaaaatcttgattggtgacaagtttttgacagcaag 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1114388 ataagacacttttgccaaagctcaagtttttgcaatccattggggcttcaaccattgatttccccaaaatcttgattggtgacaagtttttgacagcaag 1114487  T
Q  607 cttagagaaaacaataatacctcgttacaagattcttaaaagcctagtttgcgatgataaaaaggtagttttagctttgaggcgtggatcatggaacttt 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1114488 cttagagaaaacaataatacctcgttacaagattcttaaaagcctagtttgcgatgataaaaaggtagttttagctttgaggcgtggatcatggaacttt 1114587  T
Q  707 tataatgattccatggttaatgattctgttccgaacattgaggttttgaggaagcttggtgtacctcaaagttctatttccagtttggtatccaattttc 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1114588 tataatgattccatggttaatgattctgttccgaacattgaggttttgaggaagcttggtgtacctcaaagttctatttccagtttggtatccaattttc 1114687  T
Q  807 cttgtgtagcattcaccgaggcattctagatttgttgaggctgttaattcagtcaaagaaatggggtttgatccttcgaagttgtattttgttttggcga 906  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1114688 cttgtgtagcattcacc-aagcattctagatttgttgaggctgttaattcagtcaaagaaatggggtttgatccttcgaagttgtattttgttttggcga 1114786  T
Q  907 ttcgagtgattgt-agtatggacaaagaaatttgggaatcaaa--tttagattttcgag-agtgcggctggtc-agagatatttgt 987  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||    
T  1114787 ttcgagtgattgtaagtatggacaaagaaatttgggaatcaaaatttaagattttcgagaagtggggctggtcaagagatatttgt 1114872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 132; Significance: 5e-68; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 299 - 904
Target Start/End: Complemental strand, 17377622 - 17377015
Alignment:
Q  299 cataaaggtggcacctttacattgttaagtctcataaactcatgtgggttgtcccctgaaaaagcccttaaactttcaacaaggttgcaactcataaacc 398  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| ||  ||  | || ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | ||  |||||| ||| || |||||    
T  17377622 cataaaggtgacacctttacagtgtcaaaccttgttaattcatgtgagttgtcccctgaaacagcccttaaactcttaaacaggttgaaacccaaaaacc 17377523  T
Q  399 ctaatggcccaaatgctgttattcaacttttcagaagctatggtttctctgattctcagttatcaagccttgttaagaaacacccttttgtacttttat- 497  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| | || | ||||||||| |||||||| || ||||  | |  ||| |||||||||||||||||||||||||     
T  17377522 ctaatgccccaaatgctgttattcaacttctaaggaactatggtttttctgattcccaattatgtatctatgtaaagaaacacccttttgtacttttatg 17377423  T
Q  498 caaaatctgataagacacttttgccaaagctcaagtttttgcaatccattggggctgcaaccattgatttccccaaaatcttgattggtgaca---agtt 594  Q
    ||||||| || ||||| |||||||| || ||| | |||||||  |||||||||| | ||| || |||| ||||||||||  | ||| |  |||   | ||    
T  17377422 caaaatc-gaaaagacccttttgcctaaactcgattttttgcgttccattggggtttcaaacactgatctccccaaaatactaattaggaacacttactt 17377324  T
Q  595 tttgacagcaagcttagagaaaacaataatacctcgttacaagattcttaaaagcctagtttgcgatgataaaaaggtagttttagctttgaggcgtgga 694  Q
    ||||||  ||||||| |||||| | || || ||||| ||  || |  ||| |||  | ||| || |||||||| ||||||||| | |||||| |||||||    
T  17377323 tttgacttcaagcttggagaaatccattatccctcgctatgaggtcattagaagtttcgttcgcaatgataaagaggtagtttcaactttgaagcgtgga 17377224  T
Q  695 tcatggaacttttataatgattccatggttaatgattctgttccgaacattgaggttttgaggaagcttggtgtacctcaaagttctatttccagtttgg 794  Q
     |||||  |    | |||| ||  || || |||||| | |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | |||| |||| |||||     |||    
T  17377223 acatggggcacacacaatgcttggattgtaaatgatgcagttcagaatattgaggttttgaggaagcttggtgtgcttcaaggttccatttctctactgg 17377124  T
Q  795 tatccaattttccttgtgtagcattcaccgaggcattctagatttgttgaggctgttaattcagtcaaagaaatggggtttgatccttcgaagttgtatt 894  Q
    |||||||||||||   |||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||    
T  17377123 tatccaattttcccaatgtagcattcgcc-aggcattctagatttgttaaggctgttaattcagtcaaagaaatggggtttgatcctttgatgtcttatt 17377025  T
Q  895 ttgttttggc 904  Q
    ||||||||||    
T  17377024 ttgttttggc 17377015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University