View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4857-Insertion-6 (Length: 669)

Name: NF4857-Insertion-6
Description: NF4857
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4857-Insertion-6
NF4857-Insertion-6
[»] chr8 (26 HSPs)
chr8 (8-367)||(4887679-4888027)
chr8 (9-412)||(4738956-4739348)
chr8 (152-386)||(4691334-4691568)
chr8 (140-380)||(4773964-4774204)
chr8 (154-412)||(4752104-4752362)
chr8 (143-410)||(4920865-4921132)
chr8 (156-412)||(4683282-4683538)
chr8 (154-404)||(4728239-4728489)
chr8 (140-361)||(4705541-4705762)
chr8 (153-412)||(4717652-4717911)
chr8 (158-348)||(4792222-4792412)
chr8 (159-387)||(4871792-4872020)
chr8 (159-412)||(10449314-10449564)
chr8 (153-412)||(21437341-21437600)
chr8 (161-412)||(4910813-4911061)
chr8 (153-328)||(4827305-4827480)
chr8 (159-412)||(4898490-4898740)
chr8 (159-328)||(4847386-4847555)
chr8 (159-328)||(4802107-4802276)
chr8 (429-501)||(4683132-4683204)
chr8 (429-496)||(4691141-4691208)
chr8 (9-67)||(4683605-4683658)
chr8 (9-67)||(4752431-4752484)
chr8 (3-68)||(4773841-4773901)
chr8 (8-67)||(4792119-4792173)
chr8 (458-499)||(4774347-4774388)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 203; Significance: 1e-110; HSPs: 26)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 8 - 367
Target Start/End: Original strand, 4887679 - 4888027
Alignment:
Q  8 gttagaagttgtgcctgcatcaatatttaaattttatctctatcaaagttaactgtgaaa-taaagcacgattatcgttttaaatattacttcactaaaa 106  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| ||| |||| |||||||||||||||||| ||||||     
T  4887679 gttagaagttgtgcctgcattaatatttaaattttatctctatcaaagttaacactgaaaataatgcaggattctcgttttaaatattacttaactaaa- 4887777  T
Q  107 cctatattgatcatgttgttctcnnnnnnnnnctttaactagaaaacaatgtctaacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaa 206  Q
    |  | |||||  |||||||| |           |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4887778 ctaaaattgaatatgttgtttt-----------tttaactttaatacaatgtctaacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaa 4887866  T
Q  207 agcatcttaacggcaacttcagtttgatcttgtagagtgccaaagtaaacttttccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttgtcagtaattt 306  Q
    ||||||||||| || |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  4887867 agcatcttaacagcgacttgagtttgatcctgtagaatgccaaagtaaacttttccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttatcagtaatat 4887966  T
Q  307 tgagaatttcagtataactgaacttttgttgctttgatttcattgaacccctttccttaga 367  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4887967 tgagaatttcagtgtaactgaacttttgatgttttgatttcattgaacccctttccttaga 4888027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 9 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 4739348 - 4738956
Alignment:
Q  9 ttagaagttgtgcctgcatcaatatttaaattttatctctatcaaagttaactgtgaaa-taaagcacgattatcgttttaaatattacttcactaaaac 107  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||  ||| ||||||||||||||| || |||||||     
T  4739348 ttagaagttgtgtctgcattaatatttaaattttatccctatcaaagttaactgtgaaaataatgcagaattctcgttttaaatattaattaactaaaat 4739249  T
Q  108 ctatattgatcatgttgttctcnnnnnnnnnctttaactagaaaacaatgtctaacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaaa 207  Q
      | |||||| |||||||| |            ||| || |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4739248 aaaaattgattatgttgtttt------------ttatcttgaatgtaatgtctaacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgagggtgaaa 4739161  T
Q  208 gcatcttaacggcaacttcagtttgatcttgtagagtgccaaagtaaacttttccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttgtcagtaatttt 307  Q
    |  ||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||    
T  4739160 ggctcttaacagcgacttgagtttgatcttgtagagtgccaaagtaaacttttccaaatcctccttctccaatagtagttttgaagttatcagtaatgtt 4739061  T
Q  308 gagaatttcagtataactgaacttttgttgctttgatttcattgaacccctttccttagagtttgaagacgtagctacagcaatgataaagaaaattgaa 407  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||  ||||||| |||||||||    
T  4739060 gagaatttcagaataactgaatttttggtgttttgatttcattgaacccctttccttagaatttgaagacgtaagtacagctgtgataaataaaattgaa 4738961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 152 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 4691568 - 4691334
Alignment:
Q  152 acaatgtctaacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaaagcatcttaacggcaacttcagtttgatcttgtagagtgccaaag 251  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  4691568 acaatgtctaacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaaagcctcttaacagcaacttgagtttgatcttgtagaatgccaaag 4691469  T
Q  252 taaacttttccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttgtcagtaattttgagaatttcagtataactgaacttttgttgctttgatttcattg 351  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  | || || || ||||||||||    
T  4691468 taaacttttccaaatcctccttctccaatagtagttttgaagttatcagtaatgttgagaatttcagtataactgaatctctgatgtttggatttcattg 4691369  T
Q  352 aacccctttccttagagtttgaagacgtagctaca 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4691368 aacccctttccttagagtttgaagacgtaactaca 4691334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 140 - 380
Target Start/End: Original strand, 4773964 - 4774204
Alignment:
Q  140 tttaactagaaaacaatgtctaacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaaagcatcttaacggcaacttcagtttgatcttgt 239  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  4773964 tttaacttgaatacaatgtctaacctctgcttcaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaaagcatcttaacagcgacttcagtttgatcttgt 4774063  T
Q  240 agagtgccaaagtaaacttttccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttgtcagtaattttgagaatttcagtataactgaacttttgttgct 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||  |||| || |    
T  4774064 agagtgccaaagtaaacttttccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttatcagtaatattgacaatttcagtataactgaatctttgatgtt 4774163  T
Q  340 ttgatttcattgaacccctttccttagagtttgaagacgta 380  Q
    |||||||  ||||| |||| | |||||||||||||||||||    
T  4774164 ttgattttgttgaagccctattcttagagtttgaagacgta 4774204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 154 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 4752362 - 4752104
Alignment:
Q  154 aatgtctaacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaaagcatcttaacggcaacttcagtttgatcttgtagagtgccaaagta 253  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4752362 aatgtctaacctccgaatgaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaaagcctcttaacaatgacttcagtttgatcttgtagaatgccaaagta 4752263  T
Q  254 aacttttccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttgtcagtaattttgagaatttcagtataactgaacttttgttgctttgatttcattgaa 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||| |||| ||||| || |||||||||||||||    
T  4752262 aacttttccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttatcagtaatattgagaatttcagaataattgaaattttggtgttttgatttcattgaa 4752163  T
Q  354 cccctttccttagagtttgaagacgtagctacagcaatgataaagaaaattgaatgaaa 412  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||| |||||||  | ||||| ||||| ||||||||    
T  4752162 cccctttccttagaatttgaaggcgtaactacagctgtaataaataaaatcgaatgaaa 4752104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 143 - 410
Target Start/End: Original strand, 4920865 - 4921132
Alignment:
Q  143 aactagaaaacaatgtctaacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaaagcatcttaacggcaacttcagtttgatcttgtaga 242  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||| || |||| ||||||||||||||||    
T  4920865 aacttgaatacaatggctaacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgatagcgaaagcctcttaacagctacttgagtttgatcttgtaga 4920964  T
Q  243 gtgccaaagtaaacttttccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttgtcagtaattttgagaatttcagtataactgaacttttgttgctttg 342  Q
     |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  |||  |||||||    
T  4920965 atgccgaagtaaacttttccaaaacctccttctccaagaatggttttgaagttatcagtaatattgagaatttcagtataactgaatctttcatgctttg 4921064  T
Q  343 atttcattgaacccctttccttagagtttgaagacgtagctacagcaatgataaagaaaattgaatga 410  Q
    || |||||||||||||||  ||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4921065 atatcattgaacccctttttttagaatttgaagacgtaactacagcagtgataaagaaaattgaatga 4921132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 156 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 4683538 - 4683282
Alignment:
Q  156 tgtctaacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaaagcatcttaacggcaacttcagtttgatcttgtagagtgccaaagtaaa 255  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  |||||| || |||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4683538 tgtctaacctctgattgaaattcattataaccttgcatcgatgatggtgaaagccgcttaacagcgacttgagtttggtcttgtagagtgccaaagtaaa 4683439  T
Q  256 cttttccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttgtcagtaattttgagaatttcagtataactgaacttttgttgctttgatttcattgaacc 355  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||     
T  4683438 cttttccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttatcggtaatattgacaatttcagtgtaactgaatttttgatgttttgatttcattgaact 4683339  T
Q  356 cctttccttagagtttgaagacgtagctacagcaatgataaagaaaattgaatgaaa 412  Q
    ||||| |||||| ||||||| |||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||    
T  4683338 ccttttcttagaatttgaaggcgtaactacagctgtgataaataaaattgaatgaaa 4683282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 154 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 4728489 - 4728239
Alignment:
Q  154 aatgtctaacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaaagcatcttaacggcaacttcagtttgatcttgtagagtgccaaagta 253  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  4728489 aatgtctaacctctgattgaaactccttataaccttgcattgatgatggtgaaagcctcttaaccgcgacttgagtttgatcttgtagaatgccaaagta 4728390  T
Q  254 aacttttccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttgtcagtaattttgagaatttcagtataactgaacttttgttgctttgatttcattgaa 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| || || ||||||||||||    
T  4728389 aacttttccaaatcctccttctccaataacagttttgaagttatcagtaatgttgagaatttcagaataactgaatttttggtgtttggatttcattgaa 4728290  T
Q  354 cccctttccttagagtttgaagacgtagctacagcaatgataaagaaaatt 404  Q
    |||||||| || || | |||||||| ||| |||||  ||||||| ||||||    
T  4728289 cccctttcatttgaatatgaagacgcagccacagctgtgataaataaaatt 4728239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 150; E-Value: 6e-79
Query Start/End: Original strand, 140 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 4705762 - 4705541
Alignment:
Q  140 tttaactagaaaacaatgtctaacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaaagcatcttaacggcaacttcagtttgatcttgt 239  Q
    |||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||    
T  4705762 tttaactagaatgctatgtccaacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaaagcatcttaacagcgacttgagtttgatcttgt 4705663  T
Q  240 agagtgccaaagtaaacttttccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttgtcagtaattttgagaatttcagtataactgaacttttgttgct 339  Q
    ||| ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||| || |    
T  4705662 agaatgccaaaataaactgttccaaaacctccttctccaataatagtttggaagttatcagtaatattgagaatttcagtataagtgaatttttggtgtt 4705563  T
Q  340 ttgatttcattgaacccctttc 361  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  4705562 ttgatttcattgaacccctttc 4705541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 148; E-Value: 9e-78
Query Start/End: Original strand, 153 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 4717911 - 4717652
Alignment:
Q  153 caatgtctaacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaaagcatcttaacggcaacttcagtttgatcttgtagagtgccaaagt 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| || |||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  4717911 caatgtctaacctctgattgaaattccttataaccttgctttgatgatggtgaaagcctcttaacagcgacttgagtttgatcttttagaatgccaaagt 4717812  T
Q  253 aaacttttccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttgtcagtaattttgagaatttcagtataactgaacttttgttgctttgatttcattga 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||    
T  4717811 aaacttttccaaatcctccttctccaatgatagttttgaagttatccgtaattttaagaatttcggtataactgaatttttggtgttttgatttcattga 4717712  T
Q  353 acccctttccttagagtttgaagacgtagctacagcaatgataaagaaaattgaatgaaa 412  Q
    |||| | |  ||||| |||| ||||||| || || |  ||||||| |||||| |||||||    
T  4717711 acccttattattagaatttggagacgtatcttcatctgtgataaataaaattcaatgaaa 4717652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 158 - 348
Target Start/End: Original strand, 4792222 - 4792412
Alignment:
Q  158 tctaacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaaagcatcttaacggcaacttcagtttgatcttgtagagtgccaaagtaaact 257  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||    
T  4792222 tctaacctctgattgaaattctttataaccttgcattgatgatggtgaaagcatcttaatagcaacttgagtttgatcttgaagagtgccaagataaact 4792321  T
Q  258 tttccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttgtcagtaattttgagaatttcagtataactgaacttttgttgctttgatttca 348  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| || ||||||||||    
T  4792322 tttccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttatcagtaatattgagaatttcagtataactgaatctttgatgttttgatttca 4792412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 159 - 387
Target Start/End: Original strand, 4871792 - 4872020
Alignment:
Q  159 ctaacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaaagcatcttaacggcaacttcagtttgatcttgtagagtgccaaagtaaactt 258  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||| ||||||| |||  ||||||||| | |||||| ||||||||    
T  4871792 ctaacctcagattgaaattccttataaccttgctttgatgatgttgaaagaattttaacagcaacttgagtgagatcttgtaaaatgccaatgtaaactt 4871891  T
Q  259 ttccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttgtcagtaattttgagaatttcagtataactgaacttttgttgctttgatttcattgaacccct 358  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||  |||| |||||||||||||||  | || |    
T  4871892 ttccaaatcctccttctccaataattgttttgaagttatcagtaatattgagaatttcggtgtaactgaatatttgatgctttgatttcatttcatcctt 4871991  T
Q  359 ttccttagagtttgaagacgtagctacag 387  Q
    || |||||| ||||| |||||||||||||    
T  4871992 tttcttagaatttgacgacgtagctacag 4872020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 159 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 10449564 - 10449314
Alignment:
Q  159 ctaacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaaagcatcttaacggcaacttcagtttgatcttgtagagtgccaaagtaaactt 258  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||| |  || || || ||||  || |||||||||| | |||||| ||||||||    
T  10449564 ctaacctcagattgaaattccttataaccttgctttgatgattttgaaagaaattttacagctacttgggtctgatcttgtaaaatgccaatgtaaactt 10449465  T
Q  259 ttccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttgtcagtaattttgagaatttcagtataactgaacttttgttgctttgatttcattgaacccct 358  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||| || |    
T  10449464 ttccaaatcctccttctccaataatagttttgaggttatcagtaatattgagaatttcagtgtaactgaatgtttgatgctttgatttcattgaatcctt 10449365  T
Q  359 ttccttagagtttgaagacgtagctacagcaatgataaagaaaattgaatgaaa 412  Q
    || |||||| |||||  | ||||||||||   ||||||||||||||||||||||    
T  10449364 tttcttagattttgaccatgtagctacag---tgataaagaaaattgaatgaaa 10449314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 153 - 412
Target Start/End: Original strand, 21437341 - 21437600
Alignment:
Q  153 caatgtctaacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaaagcatcttaacggcaacttcagtttgatcttgtagagtgccaaagt 252  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| || || || |||| |||  |||| |||| | |||||| ||    
T  21437341 caatgactaacctcagattgaaattccttataaccttgctttgatgattttgaaagcatttttaccgctacttgagtgcgatcatgtaaaatgccaatgt 21437440  T
Q  253 aaacttttccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttgtcagtaattttgagaatttcagtataactgaacttttgttgctttgatttcattga 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||  |    
T  21437441 aaacttttccaaatcctccttctccaataactgttttgaagttatcagtaatattgagaatttcagtgtaactgaatgtttgatgctttgatttcatcca 21437540  T
Q  353 acccctttccttagagtttgaagacgtagctacagcaatgataaagaaaattgaatgaaa 412  Q
    || ||||| |||||| |||||  ||||||||||  || ||||||| ||| ||||||||||    
T  21437541 acgccttttcttagaatttgagcacgtagctactacattgataaataaagttgaatgaaa 21437600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 161 - 412
Target Start/End: Original strand, 4910813 - 4911061
Alignment:
Q  161 aacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaaagcatcttaacggcaacttcagtttgatcttgtagagtgccaaagtaaactttt 260  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| |||||| || || || || |||| ||| |||||||||| | | |||| ||||||||||    
T  4910813 aacctctgattgaaattccttgtaaccttggtttgatgatgttgaaagaatttttacagctacttgagtgtgatcttgtaaaattccaacgtaaactttt 4910912  T
Q  261 ccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttgtcagtaattttgagaatttcagtataactgaacttttgttgctttgatttcattgaaccc-ctt 359  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||  || |||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  4910913 ccaaatcctccttctccaataacagttttaaagttatcagtaatattgagaatttcagagtagctgaacatttgatgctttgatttcattgaaccctctt 4911012  T
Q  360 tccttagagtttgaagacgtagctacagcaatgataaagaaaattgaatgaaa 412  Q
    ||| |||| |||||  ||||||||||||   |||| |||||||||||||||||    
T  4911013 tcc-tagaatttgaccacgtagctacag---tgatcaagaaaattgaatgaaa 4911061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 153 - 328
Target Start/End: Original strand, 4827305 - 4827480
Alignment:
Q  153 caatgtctaacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaaagcatcttaacggcaacttcagtttgatcttgtagagtgccaaagt 252  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||  | ||||| | | |||| ||    
T  4827305 caatttctaacctctgattgaaattctttataaccttgcattgaggatggtgaaagcatcttaacagcaacttgagttttgttttgtaaaattccaaggt 4827404  T
Q  253 aaacttttccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttgtcagtaattttgagaatttcagtataactgaa 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||| || |||||||||||||| ||||||||    
T  4827405 aaacttttccaaatcctccttctccaatagtagttttgaagttattagtgatattgagaatttcagtgtaactgaa 4827480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 159 - 412
Target Start/End: Original strand, 4898490 - 4898740
Alignment:
Q  159 ctaacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaaagcatcttaacggcaacttcagtttgatcttgtagagtgccaaagtaaactt 258  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||||| || || || |||| ||| |||||||||| |  ||||| ||||||||    
T  4898490 ctaacctcagattgaaattacttataaccttgctttgatgattttgaaagcatttttacagccacttgagtgtgatcttgtaaaaagccaatgtaaactt 4898589  T
Q  259 ttccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttgtcagtaattttgagaatttcagtataactgaacttttgttgctttgatttcattgaacccct 358  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||  ||||||||  |||| | ||||||||||||||||| |||    
T  4898590 ttccaaatcctccttctccagtaatagttttgaagttattcgtaatattgagaatttcagcgtaactgaatgtttgattctttgatttcattgaacgcct 4898689  T
Q  359 ttccttagagtttgaagacgtagctacagcaatgataaagaaaattgaatgaaa 412  Q
    || |||||| ||| |  ||||||||   | | |||||| |||||||||||||||    
T  4898690 tttcttagaatttaagcacgtagct---gaagtgataaggaaaattgaatgaaa 4898740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 159 - 328
Target Start/End: Original strand, 4847386 - 4847555
Alignment:
Q  159 ctaacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaaagcatcttaacggcaacttcagtttgatcttgtagagtgccaaagtaaactt 258  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | ||||||||| || || || |||| ||| |||||||||| | |||||| ||||||||    
T  4847386 ctaacctctgattgaaattccttataaccttgcttcgatgaagttgaaagcatttttacagctacttgagtgtgatcttgtaaaatgccaatgtaaactt 4847485  T
Q  259 ttccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttgtcagtaattttgagaatttcagtataactgaa 328  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||    
T  4847486 ttccaaatcctccttctccaattatagttttgaagttatcagtaatattgagaatttcattgtaactgaa 4847555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 159 - 328
Target Start/End: Original strand, 4802107 - 4802276
Alignment:
Q  159 ctaacctctgattgaaattccttataaccttgcattgatgatggtgaaagcatcttaacggcaacttcagtttgatcttgtagagtgccaaagtaaactt 258  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| | ||||||||| || || || | || |||  ||||||||| | |||| | ||||||||    
T  4802107 ctaacctctgattgaaattccttatacccttgcttcgatgaagttgaaagcatttttacagctaattgagtgcgatcttgtaaaatgccgatgtaaactt 4802206  T
Q  259 ttccaaatcctccttctccaataatagttttgaagttgtcagtaattttgagaatttcagtataactgaa 328  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||    
T  4802207 ttccgaatcctccttctccaattatagttttgaagttatcagtaatattgagaatttcattgtaactgaa 4802276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 429 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 4683204 - 4683132
Alignment:
Q  429 tatagctaaagttttatggagaatcgattctaaaatatgttaagagcaaaaaatgatttcataaataagtact 501  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||   |||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||    
T  4683204 tatagctaaagttttatggagagtcgactctaattcatgttatgagaaaaatatgatttcataaataaatact 4683132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 429 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 4691208 - 4691141
Alignment:
Q  429 tatagctaaagttttatggagaatcgattctaaaatatgttaagagcaaaaaatgatttcataaataa 496  Q
    |||||||||||||||||||||| | || ||||| |||||||  ||| ||| |||||||||||||||||    
T  4691208 tatagctaaagttttatggagagttgactctaatatatgttgtgagaaaataatgatttcataaataa 4691141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 9 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 4683658 - 4683605
Alignment:
Q  9 ttagaagttgtgcctgcatcaatatttaaattttatctctatcaaagttaactgtgaaa 67  Q
    |||||||||||||||||||     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4683658 ttagaagttgtgcctgcat-----tttaaattttatctctaccaaagttaactgtgaaa 4683605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 9 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 4752484 - 4752431
Alignment:
Q  9 ttagaagttgtgcctgcatcaatatttaaattttatctctatcaaagttaactgtgaaa 67  Q
    |||||||||||||||||||     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4752484 ttagaagttgtgcctgcat-----tttaaattttatctctaccaaagttaactgtgaaa 4752431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 68
Target Start/End: Original strand, 4773841 - 4773901
Alignment:
Q  3 caacagttagaagttgtgcctgcatcaatatttaaattttatctctatcaaagttaactgtgaaat 68  Q
    |||| ||||||||||||||||||||     |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  4773841 caactgttagaagttgtgcctgcat-----tttaaattttatatctatcaaagttaactatgaaat 4773901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 67
Target Start/End: Original strand, 4792119 - 4792173
Alignment:
Q  8 gttagaagttgtgcctgcatcaatatttaaattttatctctatcaaagttaactgtgaaa 67  Q
    ||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  4792119 gttagaagttgtgcctgcat-----tttaaattttatctctaccaaagttaagtgtgaaa 4792173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 458 - 499
Target Start/End: Original strand, 4774347 - 4774388
Alignment:
Q  458 ctaaaatatgttaagagcaaaaaatgatttcataaataagta 499  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4774347 ctaatatatgttatgagcaaaaaattatttcataaataagta 4774388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University