View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4859-Insertion-3 (Length: 685)

Name: NF4859-Insertion-3
Description: NF4859
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4859-Insertion-3
NF4859-Insertion-3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-685)||(44262044-44262726)
[»] chr6 (56 HSPs)
chr6 (95-685)||(24934533-24935128)
chr6 (121-685)||(21160189-21160758)
chr6 (82-631)||(29949422-29949970)
chr6 (102-623)||(30135059-30135580)
chr6 (306-685)||(24942066-24942450)
chr6 (119-685)||(24738757-24739328)
chr6 (82-625)||(29953219-29953761)
chr6 (109-685)||(30053293-30053875)
chr6 (119-631)||(30149453-30149964)
chr6 (110-685)||(24897943-24898523)
chr6 (274-628)||(30577485-30577838)
chr6 (110-523)||(15726742-15727154)
chr6 (127-524)||(15714562-15714958)
chr6 (375-521)||(29366238-29366384)
chr6 (110-599)||(30029306-30029794)
chr6 (188-283)||(24942447-24942542)
chr6 (360-521)||(29348401-29348561)
chr6 (376-508)||(29898126-29898254)
chr6 (391-560)||(29887294-29887463)
chr6 (409-508)||(30118592-30118691)
chr6 (406-560)||(28926395-28926549)
chr6 (550-628)||(30154429-30154507)
chr6 (466-623)||(30029072-30029229)
chr6 (366-614)||(16701964-16702211)
chr6 (397-620)||(24263591-24263814)
chr6 (409-508)||(29905688-29905787)
chr6 (12-81)||(24936374-24936444)
chr6 (391-521)||(29835251-29835381)
chr6 (391-521)||(29866685-29866815)
chr6 (391-521)||(29894589-29894719)
chr6 (466-604)||(30154564-30154702)
chr6 (466-614)||(24271855-24272003)
chr6 (408-560)||(24730852-24731004)
chr6 (397-521)||(29073799-29073923)
chr6 (397-521)||(29078563-29078687)
chr6 (397-521)||(29106372-29106496)
chr6 (393-521)||(29929309-29929437)
chr6 (406-521)||(29357827-29357942)
chr6 (397-559)||(30126894-30127056)
chr6 (456-623)||(30061893-30062060)
chr6 (400-614)||(29882378-29882592)
chr6 (400-614)||(29909534-29909748)
chr6 (409-521)||(24890097-24890209)
chr6 (397-521)||(29211232-29211356)
chr6 (454-521)||(30060058-30060125)
chr6 (361-523)||(29889764-29889925)
chr6 (128-291)||(24271536-24271698)
chr6 (418-521)||(29116297-29116400)
chr6 (550-628)||(16517623-16517701)
chr6 (119-294)||(16701717-16701892)
chr6 (196-291)||(29894818-29894913)
chr6 (229-291)||(29085283-29085345)
chr6 (451-521)||(29099379-29099449)
chr6 (110-163)||(24263305-24263358)
chr6 (220-276)||(24889909-24889965)
chr6 (231-291)||(29211067-29211127)
[»] scaffold0110 (1 HSPs)
scaffold0110 (119-685)||(43431-44002)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (172-631)||(24226746-24227204)
chr3 (466-623)||(24219143-24219300)
chr3 (119-298)||(11991570-11991749)
chr3 (194-523)||(16351084-16351412)
chr3 (195-524)||(33997973-33998301)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (119-509)||(9782587-9782983)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (127-560)||(17251310-17251742)
chr1 (114-307)||(19490499-19490692)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (180-630)||(8651193-8651644)
chr7 (550-630)||(13093526-13093605)
[»] scaffold0572 (1 HSPs)
scaffold0572 (327-629)||(3161-3462)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (119-523)||(125685-126088)
[»] scaffold2177 (1 HSPs)
scaffold2177 (119-290)||(171-341)
[»] scaffold0429 (1 HSPs)
scaffold0429 (327-522)||(6231-6425)
[»] scaffold0014 (6 HSPs)
scaffold0014 (326-629)||(121249-121551)
scaffold0014 (110-242)||(121033-121165)
scaffold0014 (110-294)||(137636-137820)
scaffold0014 (384-521)||(104564-104701)
scaffold0014 (384-503)||(137428-137547)
scaffold0014 (119-298)||(140518-140697)
[»] scaffold0308 (1 HSPs)
scaffold0308 (196-629)||(8923-9355)
[»] scaffold0652 (1 HSPs)
scaffold0652 (326-599)||(1064-1336)
[»] scaffold0573 (1 HSPs)
scaffold0573 (406-560)||(4134-4288)
[»] scaffold0237 (1 HSPs)
scaffold0237 (454-614)||(22286-22446)
[»] scaffold0177 (2 HSPs)
scaffold0177 (326-629)||(27281-27583)
scaffold0177 (119-242)||(27667-27790)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (129-294)||(15062448-15062613)
[»] scaffold0086 (2 HSPs)
scaffold0086 (110-165)||(30871-30926)
scaffold0086 (469-556)||(31225-31312)
[»] scaffold0654 (1 HSPs)
scaffold0654 (466-629)||(1128-1291)
[»] scaffold0051 (3 HSPs)
scaffold0051 (110-246)||(42871-43007)
scaffold0051 (327-443)||(43088-43203)
scaffold0051 (419-523)||(47764-47868)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 621; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 621; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 685
Target Start/End: Original strand, 44262044 - 44262726
Alignment:
Q  8 ctttgaaactggaaaaatagaagcatataatcattaacttgatatcattagtcattagattattacaccatgtgacttgaacacatgtcacctggtttta 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44262044 ctttgaaactggaaaaatagaagcatataatcattaacttgatatcattagtcattagattattacaccatgtgacttgaacacatgtcacctggtttta 44262143  T
Q  108 cattacaatatacctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagtta 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44262144 cattacaatatacctctaacaatcatttcacgaagaagtttcaccgtcttatcattcttgccattttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagtta 44262243  T
Q  208 cagcattaggggtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattgaccatcacactata 307  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  44262244 cagcattaggggtgcaactgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattgaccatcacactgta 44262343  T
Q  308 cattttaacatctaaatgatagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtat 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44262344 cattttaacatctaaatgatagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagt-cttccatttttgcatagtccgtcaacaagtat 44262442  T
Q  408 agtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44262443 agtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaat 44262542  T
Q  508 aaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgatttgcaaagtccat 607  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44262543 aaggaattgtaagtgataacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcctgatttgcaaagtccat 44262642  T
Q  608 caataagtgaattgtatgtta------caggagccatgttttttatttgcagttctttgaagagattgacggcttcatccacca 685  Q
    |||||||||||||||||||||      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44262643 caataagtgaattgtatgttatagtatcgggagccatgttttttatttgcagttctttgaagagattgacggcttcatccacca 44262726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 390; Significance: 0; HSPs: 56)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 95 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 24935128 - 24934533
Alignment:
Q  95 tcacctggttttacattacaatatacctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataaga 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||||||||||| | ||||    
T  24935128 tcacctggttttacattacaatatacctctagcaatcatttcacgtagaagtttcaccgccttatcattcttatcgttctcgaacaaagcacggacaaga 24935029  T
Q  195 gtttcgtaagttacagcattaggggtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattga 294  Q
    ||||| ||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24935028 gtttcataagttacagcatcaggtatgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacagtgcttcatcaaacaagccctctttacaaagcccattga 24934929  T
Q  295 ccatcacactatacattttaacatctaaatgatagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtc 394  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24934928 ccatcacattatacattttaacatctaaatgatagcccttaataagaagatcctgataaaccgcttgtgcatccttaagt-cttccatttttgcatagtc 24934830  T
Q  395 cgtcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgca 494  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24934829 catcaacaagtatagtgtaagtataaatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttattaatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgca 24934730  T
Q  495 caaagcatccaataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgat 594  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| ||||||| ||||| ||  ||    
T  24934729 caaagcatccaataaggaactgtaagtgatcacatcggcaggttggcctctattatgcatctcatttacaagatcccaagcatcagagattctcccatat 24934630  T
Q  595 ttgcaaagtccatcaataagtgaattgtatgttac------aggagccatgttttttatttgcagttctttgaagagattgacggcttcatccacca 685  Q
    |||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||      |||||||||  ||||    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24934629 ttgagaagaccatcgataagtgaattgtatgttacagtattaggagccatacttttggaatgcatttctttgaagagattaacggcttcatccacca 24934533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 121 - 685
Target Start/End: Original strand, 21160189 - 21160758
Alignment:
Q  121 ctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttacagcattaggggt 220  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||||||    
T  21160189 ctctaacaatcattttacgaagaagttccactgccttatcattcatgtcgttttcaaacaaagcacggataagaatttcgaaagttacaggattaggggt 21160288  T
Q  221 gcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattgaccatcacactatacattttaacatct 320  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||||| | ||| ||||||| |||||||||||| ||||| | ||| ||| |||||||  | || |||    
T  21160289 gcaaccattgtctttcatttttgacagtaaggataatgctttatcgaacaagctctctttacaaaggccattaatcataacagtatacatcctcacgtct 21160388  T
Q  321 aaatgatagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtatac 420  Q
    ||||||||||| ||||| | |||| ||||||| ||| |||| || |||||||||| |||||||||||||||  || ||||||||||| ||||| |||||     
T  21160389 aaatgatagcctttaatcaaaagaatctgatagacctcttgcgcgtccttaagtc-ttccatttttgcataaaccatcaacaagtattgtgtatgtatat 21160487  T
Q  421 atatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaag 520  Q
    ||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21160488 atatacggctgaattccttggtcttttatcttcgtaaataatgtgattgccatgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaag 21160587  T
Q  521 tgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgatttgcaaagtccatcaataagtgaatt 620  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| ||||||| ||||| ||  |||||  ||| ||||| |||||||||||    
T  21160588 tgatcacatcagcaggttggcctctattatgcatctcatttacaagatcccaagcatcagagattctcccatatttgagaagaccatcgataagtgaatt 21160687  T
Q  621 gtatgtta------caggagccatgttttttatttgcagttctttgaagagattgacggcttcatccacca 685  Q
    ||||||||      ||||||||||||||||||  |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  21160688 gtatgttacaatatcaggagccatgttttttaaatgcatttctttaaagagattaacggcttcatccacca 21160758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 282; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 82 - 631
Target Start/End: Original strand, 29949422 - 29949970
Alignment:
Q  82 acttgaacacatgtcacctggttttacattacaatatacctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaa 181  Q
    |||||||  ||| |||||| ||||||||||| | || ||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||  |||||| |||||    
T  29949422 acttgaaagcatctcacctagttttacattatagtagacctctaacaatcatttcacgaagaagtttaacagccttatcattcttgttgttttcgaacaa 29949521  T
Q  182 agcacgaataagagtttcgtaagttacagcattaggggtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctcttta 281  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||| || || ||||||    
T  29949522 agcacaaataagagtttggtaagttatcgcatttggggtgcaaccattgtcttccatttttgacagtaaggacaatgcctcgtcaaataaaccttcttta 29949621  T
Q  282 caaagcccattgaccatcacactatacattttaacatctaaatgatagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttcca 381  Q
    |||| | |||| ||||||||| |||||||   ||||| |||| |||| |||||| | |||||||  ||||||| | |||||||||||| ||||| |||||    
T  29949622 caaaactcattaaccatcacattatacatcgaaacatttaaaggataacccttagtcagaagatcatgataaatctcttgtgcatcctcaagtc-ttcca 29949720  T
Q  382 tttttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacct 481  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||  || |||||||||||||    
T  29949721 tttttgcatagtccatcaacaagtatagtgtatgtatacatatttggctgaattccttggtcttttatcttttttaataatgcaatcgccttgtcaacct 29949820  T
Q  482 gatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaaacatcaga 581  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||  | | ||||||||||||||||||    
T  29949821 gatggtttttgcataaagcatctaataaagaattgtaagtgatcacattagcaggttggcctatatcatgcatctcgacaagaagatcccaaacatcaga 29949920  T
Q  582 tattcttcccgatttgcaaagtccatcaataagtgaattgtatgttacag 631  Q
     ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  29949921 gattctccctgatttgcaaagtccatcaataagagaattgtatgatacag 29949970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 102 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 30135580 - 30135059
Alignment:
Q  102 gttttacattacaatatacctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgt 201  Q
    |||||| |||||| || ||||||| |||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||  | ||||  || |||||||| |||| | ||||||    
T  30135580 gttttagattacagtagacctctatcaatcatttcacaaagaagtttcactgccttatcattcttaacatttttgaataaagcacggataacaatttcgt 30135481  T
Q  202 aagttacagcattaggggtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattgaccatcac 301  Q
    |||||||| ||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  30135480 aagttacaacatcaggggtgcaattgttgtgttccatttttgacaatatggacaatgcttcatcaaacaaaccctctttacagagccaattaaccatcac 30135381  T
Q  302 actatacattttaacatctaaatgatagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaac 401  Q
    | |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||||||||| ||| |||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||    
T  30135380 attatacattataacatctaaatgatatcccttaatcagaagatcttgataaaccgcttttgcatccttaagt-tttccatttttgcatattccatcaac 30135282  T
Q  402 aagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtc-aacctgatggtttttgcacaaagc 500  Q
    |||||  ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30135281 aagtaatgtgtatgtatacaaatttggctgaataccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaaacctgatggtttttgcacaaagc 30135182  T
Q  501 atccaataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgatttgcaa 600  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| ||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| |||||    
T  30135181 atccaataaagaattgtaagtgatcacattagcaggttgacctctttcatgcatctcatctataagatcccaaacatcagaggttctccccgatatgcaa 30135082  T
Q  601 agtccatcaataagtgaattgta 623  Q
    |||||||||||||| ||| ||||    
T  30135081 agtccatcaataagcgaagtgta 30135059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 306 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 24942450 - 24942066
Alignment:
Q  306 tacattttaacatctaaatgatagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagt 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24942450 tacattttaacatctaaatgatagcccttaaaaagaagatactgataaaccgcttgtgcatgcttaaatc-ttccatttttgcatagtccatcaacaagt 24942352  T
Q  406 atagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatcca 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24942351 atagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcattaataatgtaattgccttgtcaacctgatggtttttgaacaaagcatcca 24942252  T
Q  506 ataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgatttgcaaagtcc 605  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24942251 ataaggaattgtacgtgatcacatcagcaggttggcctctattatgcatctcatctataagatcccaaacatcagagattcttcccgatttgcaaagtcc 24942152  T
Q  606 atcaataagtgaattgtatgtta------caggagccatgttttttatttgcagttctttgaagagattgacggcttcatccacca 685  Q
    ||||||||| ||| |||||  ||      |||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24942151 atcaataagcgaactgtatactataatatcaggagccatgtttcttatatgcaattctttgaagagattgacggcttcatccacca 24942066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 119 - 685
Target Start/End: Original strand, 24738757 - 24739328
Alignment:
Q  119 acctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttacagcattaggg 218  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||||    
T  24738757 acctctagcaatcatttcacgaagaagttccactgccttatcattcatgtcgttttcaaacaaagcacggataagaatttcgaaagttacaggattaggg 24738856  T
Q  219 gtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattgaccatcacactatacattttaacat 318  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||| ||||| |||||| ||||| | ||  ||| |||||||  | || |    
T  24738857 gtgcaaccattgtcttccatttttgacagtaaggacaatgctttatcgaacaagctctcttaacaaaggccattaatcagaacagtatacatcctcacgt 24738956  T
Q  319 ctaaatgatagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtat 418  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||| ||||||||||| |||| || ||||| |||| |||||||||||||||  || ||||||||||| ||||| ||||    
T  24738957 ctaaatgatagcctttaatcaaaagaatctgataaacctcttgcgcgtccttgagtc-ttccatttttgcataaaccatcaacaagtattgtgtatgtat 24739055  T
Q  419 acatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgta 518  Q
    | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24739056 atatatccggctgaattccttggtctttgatcttcgtaagtaatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgta 24739155  T
Q  519 agtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgatttgcaaagtccatcaataagtgaa 618  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| ||||| | ||||| || ||||||  ||| ||||| |||||||||    
T  24739156 agtgatcacatcagcaggttggcctctattatgcatctcatttacaagatcccaagcatcaaagattctcccagatttgtgaagaccatcgataagtgaa 24739255  T
Q  619 ttgtatgttac------aggagccatgttttttatttgcagttctttgaagagattgacggcttcatccacca 685  Q
     ||||||||||      |||||||||  ||||    |||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  24739256 ctgtatgttacagtattaggagccatacttttggaatgcatttctttgaggagattaacggcttcatccacca 24739328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 82 - 625
Target Start/End: Original strand, 29953219 - 29953761
Alignment:
Q  82 acttgaacacatgtcacctggttttacattacaatatacctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaa 181  Q
    |||||||  ||| |||||| ||||||||||| | || ||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||  |||||| |||||    
T  29953219 acttgaaagcatctcacctagttttacattatagtagacctctaacaatcatttcacgaagaagtttaacagccttatcattcttgttgttttcgaacaa 29953318  T
Q  182 agcacgaataagagtttcgtaagttacagcattaggggtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctcttta 281  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||  ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||| || || ||||||    
T  29953319 agcacaaataagagtttggtaagttatcgcatctggggtgcaaccattgtcttccatttttgacagtaaggacaatgcctcgtcaaataaaccttcttta 29953418  T
Q  282 caaagcccattgaccatcacactatacattttaacatctaaatgatagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttcca 381  Q
    |||| | |||| ||||||||| |||||||   ||||| |||| |||| |||||| | |||||||  ||||||| | || ||||||||  ||||| |||||    
T  29953419 caaaactcattaaccatcacattatacatcgaaacatttaaaggataacccttagtcagaagatcatgataaatctctcgtgcatccgcaagtc-ttcca 29953517  T
Q  382 tttttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacct 481  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||  || |||||||||||||    
T  29953518 tttttgcatagcccatcaacaagtatagtgtatgtatacatatttggctgaatcccttggtctttcatcttctttaataatgcaatcgccttgtcaacct 29953617  T
Q  482 gatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaaacatcaga 581  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| | | ||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29953618 gatggtttttgcacaaagcatccaataaagaattgtaagtgatcacattaaccggttgacatctattatgcatctcatctataagatcccaaacatcaga 29953717  T
Q  582 tattcttcccgatttgcaaagtccatcaataagtgaattgtatg 625  Q
     || || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29953718 gatgctccctgatttgcaaagtccatcaataagagaattgtatg 29953761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 109 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 30053875 - 30053293
Alignment:
Q  109 attacaatatacctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttac 208  Q
    |||||| || || |||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  30053875 attacagtagacgtctaacaatcatttcacgaagaagtgtcagcgccttatcattcttgtcgttttcgaacaaagcacaaataagagtttcgtatgttac 30053776  T
Q  209 agcattaggggtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagccca-ttgaccatcacactata 307  Q
    ||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||| || | ||||||| ||||    
T  30053775 agcatcaggcatgcaaccgttgtcttccatttgtgagagtaaggacaatgcttcatcgaaaaaaccctctttacaaagcccatttaatcatcacattata 30053676  T
Q  308 cattttaacatctaaatgatagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtat 407  Q
    |||| ||| || |||  | |||||||||   ||||||| |||||||| |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  30053675 cattctaatatttaatgggtagcccttacatagaagatcctgataaatcctttgtgcatccttaagt-cttccatttttgcatagtccatcaacaagtgt 30053577  T
Q  408 agtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaat 507  Q
     ||||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| || |  ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  |||    
T  30053576 tgtgtatgtaaacatatctggctgaattccttcgtctttcatcttcgttaacaacgcaattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaatccatataat 30053477  T
Q  508 aaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgatttgcaaagtccat 607  Q
    || |||||||||||||| | || ||| ||||| ||   |||||  || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30053476 aaagaattgtaagtgattatattagctggttgaccacaattataaatatcatctataagatcccaaacatcagagattcttcccgatttgcaaagtccat 30053377  T
Q  608 caataagtgaattgtatgttac------aggagccatgttttttatttgcagttctttgaagagattgacggcttcatccacca 685  Q
    ||||||||||| ||||||| ||      ||||| |||||||||||  |||| ||||||||| || || || |||||||||||||    
T  30053376 caataagtgaactgtatgtaacagtattaggagtcatgttttttaaatgcatttctttgaaaagtttcacagcttcatccacca 30053293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 119 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 30149964 - 30149453
Alignment:
Q  119 acctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttacagcattaggg 218  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||  || || ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||| |||     
T  30149964 acctctagcaatcatttcacgaataaatttcaccgccttatcatttctgtcgctttcaaacaaagcacgaataataatttcataagttacaccatcagga 30149865  T
Q  219 gtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattgaccatcacactatacattttaacat 318  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||||| || || || ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||| ||| |||    
T  30149864 gtgcaaccgttgtctttcatttttgagagtaaggacaatgcttcatcgaaaaacccttctttacaaagcccattaatcatcacagtatacatcttagcat 30149765  T
Q  319 ctaaatgatagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtat 418  Q
    ||||||||||||| |||||   ||||| | |||||||  |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||| | ||    
T  30149764 ctaaatgatagcctttaatcgtaagatcccgataaacttcttgtgcatcctcaagt-cttccgtttttgcatagtccaacaaaaagtatagtgtatgaat 30149666  T
Q  419 acatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgta 518  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||    
T  30149665 acatacttggctgaattccctggtctttgatcttttttaataatgcaattgccctgtcaacctgatggtttttgcacaatccatcaaataaagaattgta 30149566  T
Q  519 agtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgatttgcaaagtccatcaataagtgaa 618  Q
    |||||| |  || |  ||||| ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||| |||    
T  30149565 agtgattatgtcggttggttgacctctatcatgcatctcatctataaaatcccaaacatcagatactctccctaatttgcaaagtccatcaataagggaa 30149466  T
Q  619 ttgtatgttacag 631  Q
    |||||||||||||    
T  30149465 ttgtatgttacag 30149453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 110 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 24898523 - 24897943
Alignment:
Q  110 ttacaatatacctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttaca 209  Q
    ||||| || |||||||  || ||||||| | || |||||||| |||||||||||| || ||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  24898523 ttacagtagacctctagaaagcatttcacggaggagtttcacggccttatcattcatgtcgtttttgaacaaagcacggataagagttttgtaagttaca 24898424  T
Q  210 gcattaggggtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattgaccatcacactataca 309  Q
     ||| ||| |||||||| |||||||||||||  |||| ||   ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| ||| ||    
T  24898423 acatcaggtgtgcaaccattgtcttccatttcggacagtacaaacaatgcttcgtcaaacaagccctctttacaaagcccattaatcatgacattatgca 24898324  T
Q  310 ttttaacatctaaatgatagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatag 409  Q
    |   | |||  ||||||||||||||||  | ||||| | |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || |    
T  24898323 tgcaagcattaaaatgatagcccttaaccataagatcccgataaacctcttgtgcatccttaagtc-ttccatttttgcatagtccatcaacaagcattg 24898225  T
Q  410 tgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataa 509  Q
    |||| ||  |||||| ||| | ||||||  |||||||||||||| | ||||| |  |||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||    
T  24898224 tgtatgtgaacatatctggttcaattccccggtctttgatcttcttcaataacgcaattgccttgtcaacttgatggtttttaaacaatgcatccaataa 24898125  T
Q  510 ggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgatttgcaaagtccatca 609  Q
     ||  ||||| |||| |  |||||  |||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  24898124 cgaggtgtaaatgattatgtcagcttgttgacctctatcatgcatatcatctataagatcccaaacatcagatattttccccgatttgcaaagtccatca 24898025  T
Q  610 ataagtgaattgtatgtta------caggagccatgttttttatttgcagttctttgaagagattgacggcttcatccacca 685  Q
    ||||||||| |||||| ||      ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24898024 ataagtgaactgtatgctacaatatcaggagccatgttttttaaatgcaattctttgaagagattgacagcttcatccacca 24897943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 274 - 628
Target Start/End: Original strand, 30577485 - 30577838
Alignment:
Q  274 cctctttacaaagcccattgaccatcacactatacattttaacatctaaatgatagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaag 373  Q
    ||||| ||||||||||||| | ||||||| | |||| | ||||||||||| ||||||||||||| |||||||  ||| ||| | ||||||||||||||||    
T  30577485 cctctctacaaagcccattaatcatcacagtgtacagtctaacatctaaacgatagcccttaatcagaagatcatgaaaaatctcttgtgcatccttaag 30577584  T
Q  374 tccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgcctt 473  Q
    | |||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| |||  ||||||||||| || ||||| |||||||||||| || |||| | | |||||| |    
T  30577585 t-cttccatttttgcacagtccatcaacaagtatattgtatgtaaccatatttggctcaaatcctttgtctttgatctttgtaaatattctaattgccgt 30577683  T
Q  474 gtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaa 573  Q
    |||||  |||    ||||||||||| |||  ||||| ||| |||| ||||| |||| ||| |   | ||| ||  | |||||||||||||||||||||||    
T  30577684 gtcaaaatgaccacttttgcacaaaacatttaataaagaactgtatgtgatcacattagctgaccgacctgtagcacgcatctcatctataagatcccaa 30577783  T
Q  574 acatcagatattcttcccgatttgcaaagtccatcaataagtgaattgtatgtta 628  Q
    |||| ||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||| | | |||||||||    
T  30577784 acataagagattcttcccaatttgccaagtccgtcaataagggtactgtatgtta 30577838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 110 - 523
Target Start/End: Original strand, 15726742 - 15727154
Alignment:
Q  110 ttacaatatacctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttaca 209  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||| | ||||||| | | |||||||||||||   | |||| ||| | ||||||  |||  | ||| |||||||||    
T  15726742 ttacaatagacctctagcaatcatttcacgtagaagttgctctgccttatcattctcatcatttttaaagagagcacggttaattggttcataagttaca 15726841  T
Q  210 gcattaggggtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattgaccatcacactataca 309  Q
    ||||  ||  ||||||| |||||||||||||||||||  | || |   || |||||||| ||||||| |  |||||| ||||||| ||| | ||||||      
T  15726842 gcatctggaatgcaaccattgtcttccatttttgacagcagggtcgtagcttcatcaaataagccctttgaacaaagaccattgatcataatactatatg 15726941  T
Q  310 ttttaacatctaaatgatagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatag 409  Q
    |   ||||| ||||| |||||| ||||| | |||||  ||| ||| |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||| || | |||||||     
T  15726942 tgcaaacatttaaattatagcctttaatcaaaagatcttgaaaaatcacttgtgcatccttaagtc-ttccttgtttgcatagtccatcgataagtatac 15727040  T
Q  410 tgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataa 509  Q
    | || |||||||||| ||  ||||| || ||||||||||| ||| | | ||||   |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | |||    
T  15727041 tatatgtatacatatctgattgaatgccctggtctttgattttcttgactaatacaattgccttgtcaacgtgatggtttttgcataaagcatctattaa 15727140  T
Q  510 ggaattgtaagtga 523  Q
     |||||||||||||    
T  15727141 cgaattgtaagtga 15727154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 127 - 524
Target Start/End: Original strand, 15714562 - 15714958
Alignment:
Q  127 caatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttacagcattaggggtgcaacc 226  Q
    ||||||||||| | ||||||||| | |||||||||||||   | |||| ||| | |||||| ||||  ||||| |||||||||||||  ||  |||||||    
T  15714562 caatcatttcacgcagaagtttctctgccttatcattctcatcatttttaaagagagcacggataattgtttcataagttacagcatctggaatgcaacc 15714661  T
Q  227 gttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattgaccatcacactatacattttaacatctaaatga 326  Q
     |||||||||||||||||||  | || || ||| |||||||| |||||||||  |||||| ||||||| ||| | ||| ||  |   ||||  ||||| |    
T  15714662 attgtcttccatttttgacagcagggtcactgcttcatcaaataagccctctaaacaaagaccattgatcataatactctatgtccaaacagttaaatta 15714761  T
Q  327 tagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatattt 426  Q
    |||||  |||| | |||||  | | ||| ||||||||| | | ||||| ||||| | |||||||||||| || | ||| ||  |||| ||   |||||||    
T  15714762 tagcctataatcaaaagatgtttaaaaatcacttgtgcgttcctaagt-cttccttctttgcatagtccatcgataaggatgttgtatgtggtcatattt 15714860  T
Q  427 ggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagtgat 524  Q
    || | |||||||||||||||||||||| | |  || |  |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  15714861 ggttcaattccttggtctttgatcttcttgaccaaagcaattgccttgtcaacgtgatgatttttgcataaagcatgcaataaggaattgtatgtgat 15714958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 375 - 521
Target Start/End: Original strand, 29366238 - 29366384
Alignment:
Q  375 ccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttg 474  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| | | | ||||| ||| | |||| ||| ||||||||||  ||||| ||||||||||| || |  |||||||||    
T  29366238 ccttccatttttgcatagtccatcaactaatgttgtgtatgtacaaatatctggttgaattccttcatctttcatcttcgttaacaacgcaattgccttg 29366337  T
Q  475 tcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagt 521  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||    
T  29366338 tcaacctgatggtttttgcataaagcatccaatatagaattgtaagt 29366384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 110 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 30029794 - 30029306
Alignment:
Q  110 ttacaatatacctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttaca 209  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||  |||||||||| | ||| ||||  ||||||| ||| |||| | ||||| |||||   |||||||||||| |    
T  30029794 ttacaatagacctctagcaatcatttcacaaagaagtttctctgccatatctatcttgccttttccaaatagagcacaaataattatttcgtaagttata 30029695  T
Q  210 gcattaggggtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattgaccatcacactataca 309  Q
    |||| ||| | |||||| || |||||||||||||| |  |||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| ||| |||||     
T  30029694 gcatcaggagcgcaaccattctcttccatttttgaaagcaaggtcaatacttcatcaaacaagccctctttacaaaggccactgatcataacagtatacg 30029595  T
Q  310 ttttaacatctaaatgatagcccttaataagaag-attctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtata 408  Q
    |    ||||||| |||||| || ||||| ||||| || |||| ||||| || | |||| |||||| ||||||   |||||| | ||| ||||  || | |    
T  30029594 tcaagacatctagatgataacctttaattagaagtatcctga-aaacctctagcgcattcttaag-ccttccgcctttgcacaatccatcaattagaaca 30029497  T
Q  409 gtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaata 508  Q
    ||||| || | || || || |||||| ||    || || || || || || ||    |||||||||||||  | |||||||||||||||| | || | ||    
T  30029496 gtgtatgtgtgcacatctgcctgaataccccaatcattaatttttgtaaagaactcaattgccttgtcaagattatggtttttgcacaaaccgtctatta 30029397  T
Q  509 aggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgatttgca 599  Q
    ||||| |||| ||||  |||| ||| ||||||||| |||  ||||||||||||||||||| |||| ||||||  |||||||| ||||||||    
T  30029396 aggaagtgtatgtgaccacattagctggttggcctctatcgtgcatctcatctataagataccaagcatcagcgattcttccagatttgca 30029306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 188 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 24942542 - 24942447
Alignment:
Q  188 aataagagtttcgtaagttacagcattaggggtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttaca 283  Q
    |||||||| |||  ||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  24942542 aataagagcttcaaaagttacatgattaggggtgcaaccattgtcttccatttttgacactaaggacaatgcttcatcaaacaagccctttttaca 24942447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 360 - 521
Target Start/End: Original strand, 29348401 - 29348561
Alignment:
Q  360 tgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaat 459  Q
    ||||||||||| |||| |||||  ||| || | ||| |||| ||| |||||||| || ||||||| ||| ||||||||||  ||||| |||||||||||     
T  29348401 tgtgcatcctttagtc-ttccacctttacacaatccatcaataagaatagtgtatgtgtacatatctggttgaattccttcatctttcatcttcgttaac 29348499  T
Q  460 aatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagt 521  Q
    || |  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||    
T  29348500 aacgcaattgccttgtcaacctgatggtttttgcataaagcatccaatatagaattgtaagt 29348561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 376 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 29898254 - 29898126
Alignment:
Q  376 cttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgt 475  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||| ||| | |||| |||||||||||    |||||| ||||| ||||| || |||||||||||||    
T  29898254 cttccatttttccatagtccatcaacaagtgttgtgtatgtacaaatatctggctgaattc----gtctttaatctttgttaacaacgtgattgccttgt 29898159  T
Q  476 caacctgatggtttttgcacaaagcatccaata 508  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  29898158 caacctgatggtttttgcataaagcattcaata 29898126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 391 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 29887463 - 29887294
Alignment:
Q  391 agtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttt 490  Q
    ||||| |||| ||| |||||||| || |||||||||||  |||| || |||||||| |  || |||||||| |  |||||||||||||||||||||||||    
T  29887463 agtccatcaataagaatagtgtatgtgtacatatttggtcgaataccctggtctttcaaatttgttaataacgcaattgccttgtcaacctgatggtttt 29887364  T
Q  491 tgcacaaagcatccaataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatc 560  Q
    |||| |||||||| ||||| ||| ||||||| || | |||||  ||||| ||| ||| ||||||||||||    
T  29887363 tgcataaagcatctaataaagaactgtaagtaattatatcaggtggttgacctctatcatgcatctcatc 29887294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 409 - 508
Target Start/End: Original strand, 30118592 - 30118691
Alignment:
Q  409 gtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaata 508  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||  ||||||| |  || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  30118592 gtgtatgtgtacatatttggttgaattcccaggtctttcaattttgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatagtttttgcataaagcatccaata 30118691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 406 - 560
Target Start/End: Original strand, 28926395 - 28926549
Alignment:
Q  406 atagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatcca 505  Q
    |||||||| || ||||||||||| ||||  || |||||||| |  || ||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  28926395 atagtgtatgtgtacatatttggttgaagaccctggtctttcaattttgttaataatgcaattgccttgtcaacatgatggtttttgcataaagcatcca 28926494  T
Q  506 ataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatc 560  Q
    |||  ||| ||||||| || | |||||  ||||| ||| ||| ||||||||||||    
T  28926495 atagagaactgtaagtaattatatcaggtggttgacctctatcatgcatctcatc 28926549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 550 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 30154507 - 30154429
Alignment:
Q  550 tgcatctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgatttgcaaagtccatcaataagtgaattgtatgtta 628  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||    
T  30154507 tgcatctcatctataagataccaaacatcagagattctccccgatttgcaaagcccgtcaataagggaattgtatgtta 30154429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 466 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 30029229 - 30029072
Alignment:
Q  466 attgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataa 565  Q
    |||||||||||||  | ||||||||||||||| || |||| ||||||| |||| ||||| |||| ||| | ||| ||| ||| |  ||||||||| ||||    
T  30029229 attgccttgtcaagattatggtttttgcacaacgcgtccattaaggaagtgtacgtgatcacattagctgcttgacctctatcacacatctcatcaataa 30029130  T
Q  566 gatcccaaacatcagatattcttcccgatttgcaaagtccatcaataagtgaattgta 623  Q
    ||||| ||||||  || |||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||    
T  30029129 gatccaaaacatacgaaattcttccggatttacaaagtccataaataagagaattgta 30029072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 366 - 614
Target Start/End: Original strand, 16701964 - 16702211
Alignment:
Q  366 tccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtg 465  Q
    |||||||||| |||| | |||||||||||| ||||||||| || | || || | ||||| ||| ||||| ||||||||||| |  ||  | |  ||||      
T  16701964 tccttaagtc-ttccttgtttgcatagtccatcaacaagtgtattatatgtgtgcatatctggttgaatgccttggtctttaaaattgttgaccaatgca 16702062  T
Q  466 attgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataa 565  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||  |||||||||||||||||||| ||||  | |||||||||| ||| | |||||| ||| | ||    
T  16702063 attgccttgtcaacatgatggtttttacataaagcatgtaataaggaattgtaagtgattacattgggaggttggcctctatcacgcatctgatcaagaa 16702162  T
Q  566 gatcccaaacatcagatattcttcccgatttgcaaagtccatcaataag 614  Q
    | | |||| ||| ||| | ||| || |||||||| | ||||||||||||    
T  16702163 gcttccaagcatgagaaagtctcccagatttgcagaatccatcaataag 16702211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 397 - 620
Target Start/End: Original strand, 24263591 - 24263814
Alignment:
Q  397 tcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcaca 496  Q
    |||| ||| |||||||| || |||||||||||  |||| || |||||||| |  ||  |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  24263591 tcaataagaatagtgtatgtgtacatatttggtcgaataccctggtctttcaattttattaataatgcaattgccttgtcaaccagatggtttttgcata 24263690  T
Q  497 aagcatccaataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgattt 596  Q
    | ||||||||||  ||| |||| ||||| | |||||   |||| |||  || |||||||  ||| ||||| ||| || |||  ||||||||||| |||||    
T  24263691 aggcatccaatatagaactgtacgtgattatatcaggttgttgccctcgatcatgcatcaaatcgataagttccaaagcatatgatattcttccagattt 24263790  T
Q  597 gcaaagtccatcaataagtgaatt 620  Q
    ||| | |||||||||||| |||||    
T  24263791 gcacaatccatcaataagggaatt 24263814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 409 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 29905787 - 29905688
Alignment:
Q  409 gtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaata 508  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||| ||  ||||||| |  || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  29905787 gtgtatgtgtacatatttggttgaatacccaggtctttcaattttgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatagtttttgcataaagcatccaata 29905688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 12 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 24936444 - 24936374
Alignment:
Q  12 gaaactggaaaaatagaagcatataatcattaacttgatatcattagtcattaga-ttattacaccatgtg 81  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  24936444 gaaactggaaaaattgaagcttataatcattaacttgatatcattagtcattagatttattacacaatgtg 24936374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 391 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 29835381 - 29835251
Alignment:
Q  391 agtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttt 490  Q
    ||||| |||| ||| |||||||| || |||||||||||  |||| || |||||||| |  || |||||||| |  |||||||||||||||||||||||||    
T  29835381 agtccatcaataagaatagtgtatgtgtacatatttggtcgaataccctggtctttcaattttgttaataacgcaattgccttgtcaacctgatggtttt 29835282  T
Q  491 tgcacaaagcatccaataaggaattgtaagt 521  Q
    |||| |||||||||||||  ||| |||||||    
T  29835281 tgcataaagcatccaatatagaactgtaagt 29835251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 391 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 29866815 - 29866685
Alignment:
Q  391 agtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttt 490  Q
    ||||| |||| ||| |||||||| || |||||||||||  |||| || |||||||| |  || |||||||| |  |||||||||||||||||||||||||    
T  29866815 agtccatcaataagaatagtgtatgtgtacatatttggtcgaataccctggtctttcaaatttgttaataacgcaattgccttgtcaacctgatggtttt 29866716  T
Q  491 tgcacaaagcatccaataaggaattgtaagt 521  Q
    |||| |||||||||||||  ||| |||||||    
T  29866715 tgcataaagcatccaatatagaactgtaagt 29866685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 391 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 29894719 - 29894589
Alignment:
Q  391 agtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttt 490  Q
    ||||| |||| ||| |||||||| || |||||||||||  |||| || |||||||| |  || |||||||| |  |||||||||||||||||||||||||    
T  29894719 agtccatcaataagaatagtgtatgtgtacatatttggtcgaataccctggtctttcaattttgttaataacgcaattgccttgtcaacctgatggtttt 29894620  T
Q  491 tgcacaaagcatccaataaggaattgtaagt 521  Q
    |||| |||||||||||||  ||| |||||||    
T  29894619 tgcataaagcatccaatatagaactgtaagt 29894589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 466 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 30154702 - 30154564
Alignment:
Q  466 attgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataa 565  Q
    |||||||||||||  | |||||||||||||||| | || | ||||||| |||| ||||  |||| ||| ||||||||| |||  ||||||||||||||||    
T  30154702 attgccttgtcaagattatggtttttgcacaaaccgtctattaaggaagtgtatgtgaccacattagctggttggcctctatcgtgcatctcatctataa 30154603  T
Q  566 gatcccaaacatcagatattcttcccgatttgcaaagtc 604  Q
    ||| |||| ||||||  |||||||| |||||||| ||||    
T  30154602 gataccaagcatcagcgattcttccagatttgcacagtc 30154564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 466 - 614
Target Start/End: Original strand, 24271855 - 24272003
Alignment:
Q  466 attgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataa 565  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||| |||| ||||| | |||||   |||| |||  || ||||||||||||  |||    
T  24271855 attgccttgtcaacctgatggtttttgcataaatcatccaatatagaactgtacgtgattatatcaggttgttgccctcgatcatgcatctcatcgttaa 24271954  T
Q  566 gatcccaaacatcagatattcttcccgatttgcaaagtccatcaataag 614  Q
    | ||| || |||  ||||||||||| |||||||| | ||||||||||||    
T  24271955 gttccaaagcatatgatattcttccagatttgcacaatccatcaataag 24272003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 408 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 24731004 - 24730852
Alignment:
Q  408 agtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaat 507  Q
    |||||| || ||||||| |||  |||| || |||||||| |  || ||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  24731004 agtgtatgtgtacatatctggtcgaataccctggtctttcaaatttgttaataatgcaattgccttgtcaacatgatggtttttgcataaagcatccaat 24730905  T
Q  508 aaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatc 560  Q
    |  ||||||||||| || | || ||  ||||| ||| ||| ||||||||||||    
T  24730904 atagaattgtaagttattatattaggtggttgacctctatcatgcatctcatc 24730852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 397 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 29073923 - 29073799
Alignment:
Q  397 tcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcaca 496  Q
    |||| ||| |||||||| || | |||| ||||  |||| ||||||||||| |  || ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  29073923 tcaataagaatagtgtatgtgtgcatagttggtcgaataccttggtctttcaattttgttaataatgcaattgccttgtcaacctgatggtttttgcata 29073824  T
Q  497 aagcatccaataaggaattgtaagt 521  Q
    ||||||||||||  ||| |||||||    
T  29073823 aagcatccaatatagaactgtaagt 29073799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 397 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 29078687 - 29078563
Alignment:
Q  397 tcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcaca 496  Q
    |||| ||| |||||||| || | |||| ||||  |||| ||||||||||| |  || ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  29078687 tcaataagaatagtgtatgtgtgcatagttggtcgaataccttggtctttcaattttgttaataatgcaattgccttgtcaacctgatggtttttgcata 29078588  T
Q  497 aagcatccaataaggaattgtaagt 521  Q
    ||||||||||||  ||| |||||||    
T  29078587 aagcatccaatatagaactgtaagt 29078563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 397 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 29106496 - 29106372
Alignment:
Q  397 tcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcaca 496  Q
    |||| ||| |||||||| || | |||| ||||  |||| ||||||||||| |  || ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  29106496 tcaataagaatagtgtatgtgtgcatagttggtcgaataccttggtctttcaattttgttaataatgcaattgccttgtcaacctgatggtttttgcata 29106397  T
Q  497 aagcatccaataaggaattgtaagt 521  Q
    ||||||||||||  ||| |||||||    
T  29106396 aagcatccaatatagaactgtaagt 29106372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 393 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 29929437 - 29929309
Alignment:
Q  393 tccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttg 492  Q
    |||||||| ||| |||||||| || |||| | |||| ||||| || ||||||||||  |||||||| ||||  ||||| ||||||||||||||| |||||    
T  29929437 tccgtcaataagaatagtgtatgtgtacacacttggttgaataccctggtctttgaatttcgttaacaatgcaattgctttgtcaacctgatgggttttg 29929338  T
Q  493 cacaaagcatccaataaggaattgtaagt 521  Q
    || |||||||| ||||  |||||||||||    
T  29929337 cataaagcatctaatatagaattgtaagt 29929309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 406 - 521
Target Start/End: Original strand, 29357827 - 29357942
Alignment:
Q  406 atagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatcca 505  Q
    |||||||| || ||||||||||| ||||| || |||| ||| ||||  |||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29357827 atagtgtatgtgtacatatttggttgaataccctggtttttcatctgtgttaataacgcaattgcattgtcaacctgatggtttttgcataaagcatcca 29357926  T
Q  506 ataaggaattgtaagt 521  Q
    |||  ||| |||||||    
T  29357927 atatagaactgtaagt 29357942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 397 - 559
Target Start/End: Original strand, 30126894 - 30127056
Alignment:
Q  397 tcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcaca 496  Q
    |||| ||| |||||||| || |||| | |||| ||||| || |||| ||| |  |||||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  30126894 tcaataagaatagtgtatgtgtacacacttggttgaataccctggtttttaaatttcgttaacaatgcaattgctttgtcaacctgatggtttttgcata 30126993  T
Q  497 aagcatccaataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcat 559  Q
    ||||||||||||  ||||||||| | || | |||||  ||||| ||| ||| |||||||||||    
T  30126994 aagcatccaatatagaattgtaaataattatatcaggtggttgacctctatcatgcatctcat 30127056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 456 - 623
Target Start/End: Original strand, 30061893 - 30062060
Alignment:
Q  456 taataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatc 555  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||  |||||| |||||||||||||  ||||||||||| || | || ||  ||||| ||| ||| |||||||    
T  30061893 taataatgtgattgccttgtcaagatgatggcgtttgcataaagcatccaatatagaattgtaagtaattatattaggtggttgacctctatcatgcatc 30061992  T
Q  556 tcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgatttgcaaagtccatcaataagtgaattgta 623  Q
    ||||| |  || | | || ||| ||| ||| | |||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||    
T  30061993 tcatcgactagcttcaaagcataagagattttccccgatttacaaaaaccatcaataagggaattgta 30062060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 400 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 29882592 - 29882378
Alignment:
Q  400 acaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaag 499  Q
    ||||| |||||||| || | ||||| |||  |||| |||||| |||| |  || ||||||||||  ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||    
T  29882592 acaagaatagtgtatgtgttcatatctggtcgaataccttggcctttcaattttgttaataatgcaattgctttgtcaacatgatgttttttgcataaag 29882493  T
Q  500 catccaataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgatttgca 599  Q
    |||||||||  |||||||| || || | |||||   |||| |||  || |||||||||||| | ||| ||| || |||  ||||||||||| ||||||||    
T  29882492 catccaatatagaattgtaggtaattatatcaggttgttgccctcgatcatgcatctcatcgacaagttccaaagcatatgatattcttccagatttgca 29882393  T
Q  600 aagtccatcaataag 614  Q
     | |||||| |||||    
T  29882392 caatccatcgataag 29882378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 400 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 29909748 - 29909534
Alignment:
Q  400 acaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaag 499  Q
    ||||| |||||||| || | ||||| |||  |||| |||||| |||| |  || ||||||||||  ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||    
T  29909748 acaagaatagtgtatgtgttcatatctggtcgaataccttggcctttcaattttgttaataatgcaattgctttgtcaacatgatgttttttgcataaag 29909649  T
Q  500 catccaataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgatttgca 599  Q
    |||||||||  |||||||| || || | |||||   |||| |||  || |||||||||||| | ||| ||| || |||  ||||||||||| ||||||||    
T  29909648 catccaatatagaattgtaggtaattatatcaggttgttgccctcgatcatgcatctcatcgacaagttccaaagcatatgatattcttccagatttgca 29909549  T
Q  600 aagtccatcaataag 614  Q
     | |||||| |||||    
T  29909548 caatccatcgataag 29909534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 409 - 521
Target Start/End: Original strand, 24890097 - 24890209
Alignment:
Q  409 gtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaata 508  Q
    ||||| || ||||||| |||  |||| || |||||||| |  || ||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  24890097 gtgtatgtgtacatatctggtcgaataccctggtctttcaaatttgttaataatgcaattgccttgtcaacatgatggtttttgcataaagcatccaata 24890196  T
Q  509 aggaattgtaagt 521  Q
      ||| |||||||    
T  24890197 tagaactgtaagt 24890209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 397 - 521
Target Start/End: Original strand, 29211232 - 29211356
Alignment:
Q  397 tcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcaca 496  Q
    |||| ||| |||||||| || | |||||||||  |||| ||||||||||| |  || ||||||||||  | ||||||||||||| ||||| ||||||| |    
T  29211232 tcaataagaatagtgtatgtgtgcatatttggtcgaataccttggtctttcaattttgttaataatgcaactgccttgtcaacccgatgggttttgcata 29211331  T
Q  497 aagcatccaataaggaattgtaagt 521  Q
    ||||||||||||  ||| |||||||    
T  29211332 aagcatccaatatagaactgtaagt 29211356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #45
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 454 - 521
Target Start/End: Original strand, 30060058 - 30060125
Alignment:
Q  454 gttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagt 521  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||  |||||||||||    
T  30060058 gttaataatgcaattgccttgtcaacctgatggtttttgcataaagcatttaatatagaattgtaagt 30060125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #46
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 361 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 29889925 - 29889764
Alignment:
Q  361 gtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaata 460  Q
    |||||||||| |||| |||||  |||||| | ||| |||| ||| |||||||| || |||| |||||| ||||| |  |||||||| |  |||||| | |    
T  29889925 gtgcatcctttagtc-ttccacctttgcacaatccatcaataagaatagtgtatgtttacacatttggttgaatactctggtctttaaatttcgttgaca 29889827  T
Q  461 atgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagtga 523  Q
    |||  ||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||    
T  29889826 atgcaattgttttgtcaacctgatgggttttgcataaagcatctaatatagaattgtaagtga 29889764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #47
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 128 - 291
Target Start/End: Original strand, 24271536 - 24271698
Alignment:
Q  128 aatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttacagcattaggggtgcaaccg 227  Q
    |||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| |   |||| ||||||| || ||| || |   |||| |||||||||||||| ||  ||||||      
T  24271536 aatcatttcacgaagaagtt-ctccgccttatcattttcatcgttatcaaacagagaacggatgattatttcataagttacagcatttggaatgcaacaa 24271634  T
Q  228 ttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccat 291  Q
    ||||||| |||||||||||  || | || ||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  24271635 ttgtctttcatttttgacaacaaagtcattgcttcatcaaacaagcccttgttacaaaacccat 24271698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #48
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 418 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 29116400 - 29116297
Alignment:
Q  418 tacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgt 517  Q
    ||||||||||| ||||| || | |||||| |  |||||||| ||||  ||||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||  |||||||    
T  29116400 tacatatttggttgaatacccttgtctttcaatttcgttaacaatgcaattgctttgtcaacttgatggattttgcataaagcatctaatatagaattgt 29116301  T
Q  518 aagt 521  Q
    ||||    
T  29116300 aagt 29116297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #49
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 550 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 16517701 - 16517623
Alignment:
Q  550 tgcatctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgatttgcaaagtccatcaataagtgaattgtatgtta 628  Q
    ||||||||||| ||| |||| ||||||||||| | ||| ||   ||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  16517701 tgcatctcatccatatgatcacaaacatcagagaatctccctcgtttgcaaagtaaatcaataagtgaattgtatgtta 16517623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #50
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 294
Target Start/End: Original strand, 16701717 - 16701892
Alignment:
Q  119 acctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttacagcattaggg 218  Q
    |||||||||||||| |||| | | ||||||| | || ||||||||||   | |||||||| | |||  ||||||  ||||  ||||||||| ||| |||     
T  16701717 acctctaacaatcaattcacgtacaagtttctctgctttatcattctcatccttttcaaatagagcgtgaataatggtttgataagttacaacatcaggt 16701816  T
Q  219 gtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattga 294  Q
     |||| || |||||||||||||||||||  |||| |   || ||||||| ||||||||||  |||||| |||||||    
T  16701817 atgcatccattgtcttccatttttgacagcaaggtctcagcttcatcaagcaagccctctaaacaaagaccattga 16701892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #51
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 196 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 29894913 - 29894818
Alignment:
Q  196 tttcgtaagttacagcattaggggtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccat 291  Q
    |||| |||||||||||||  ||  ||||||  ||||||| |||||||||||  || | |||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  29894913 tttcataagttacagcatctggaatgcaactattgtctttcatttttgacaacaaagtcaatgcttcatcaaacaagcccttgttacaaaacccat 29894818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #52
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 229 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 29085345 - 29085283
Alignment:
Q  229 tgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccat 291  Q
    |||||| |||||||||||  || |||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  29085345 tgtctttcatttttgacaacaaagacaatgcttcatcaaacaagcccttcttacaaaacccat 29085283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #53
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 451 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 29099449 - 29099379
Alignment:
Q  451 ttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagt 521  Q
    |||||||| ||||  ||||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||  |||||||||||    
T  29099449 ttcgttaacaatgcaattgctttgtcaacttgatgggttttgcataaagcatctaatatagaattgtaagt 29099379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #54
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 110 - 163
Target Start/End: Original strand, 24263305 - 24263358
Alignment:
Q  110 ttacaatatacctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcatt 163  Q
    |||||||| ||||||   |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  24263305 ttacaatagacctcttgtaatcatttcacgaagaagtttctccgccttatcatt 24263358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #55
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 220 - 276
Target Start/End: Original strand, 24889909 - 24889965
Alignment:
Q  220 tgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccct 276  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||  |||| |||||| | |||||| |||||||    
T  24889909 tgcaaccattgtcttccatttttgacagcaaggccaatgctttatcaaagaagccct 24889965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #56
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 231 - 291
Target Start/End: Original strand, 29211067 - 29211127
Alignment:
Q  231 tcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccat 291  Q
    ||||||||||||||||  |||| | |||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  29211067 tcttccatttttgacagcaaggccgatgcttcatcaaacaagcccttcttacaaaacccat 29211127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0110 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: scaffold0110
Description:

Target: scaffold0110; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 119 - 685
Target Start/End: Original strand, 43431 - 44002
Alignment:
Q  119 acctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttacagcattaggg 218  Q
    ||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||| |||     
T  43431 acctctagcaatcatttcacgaatcagtttcaccgccttatcatttctgttgttttcaaacaaagcacgaataataatttcataagttacaccatcagga 43530  T
Q  219 gtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattgaccatcacactatacattttaacat 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| | ||||||| |||| ||  || |||    
T  43531 gtgcaaccgttgtcttccatttttgagagtaaggacaatgcttcatcaaaaaacccttctttacaaagcccattaatcatcacagtatatatcctagcat 43630  T
Q  319 ctaaatgatagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtat 418  Q
    |||||||||||   ||| | ||||||  |||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  43631 ctaaatgataggtgttattcagaagaacctgataaacctcttgtgcatccctaagt-tttccatttttgcacagtccatcaacaagtatagtgtatgtat 43729  T
Q  419 acatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgta 518  Q
    | |||| | |||||||||||||||  |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||| ||||    
T  43730 agatatctagctgaattccttggttcttgatcttcgttaacaaagtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaatccatctaataaagaactgta 43829  T
Q  519 agtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgatttgcaaagtccatcaataagtgaa 618  Q
    |||||| |  |  || ||||| ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||| |  |||    
T  43830 agtgataatgttcgctggttgacctctatcatgcatctcatctataaaatcccaagcatcagacattctccctaatttgcaaagtccatcaattaaggaa 43929  T
Q  619 ttgtatgttac------aggagccatgttttttatttgcagttctttgaagagattgacggcttcatccacca 685  Q
    |||||||||||      |||| |||| |||||    |||| ||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  43930 ttgtatgttacagtgttaggaaccatatttttggaatgcatttctttgaagagattaactgcttcatccacca 44002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 172 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 24227204 - 24226746
Alignment:
Q  172 tttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttacagcattaggggtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaa 271  Q
    |||||||||||||||||||   | |||| ||||||||| ||| ||| |||||   |||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||| || ||    
T  24227204 tttcaaacaaagcacgaatggtaatttcataagttacaccatcaggagtgcacttgttgtcttccatttttgagagtaaggacaatgcttcatccaaaaa 24227105  T
Q  272 gccctctttacaaagcccattgaccatcacactatacattttaacatctaaatgatagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatcctta 371  Q
     || ||||||||||||||||| | ||||||| |||| ||  || ||||||| |||||||| ||| | ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||    
T  24227104 cccttctttacaaagcccattaatcatcacagtatatatcctagcatctaactgatagcctttattcagaagatcctgataaacctcttgtgcatcccta 24227005  T
Q  372 agtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgcc 471  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |  |||||||||||||| ||||||||||||    
T  24227004 agtc-ttccatttttgcacagtccatcaacaagtatagtgtatgtatagatatttggccgaattccttgattcttgatcttcgttaacaatgtgattgcc 24226906  T
Q  472 ttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatccc 571  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||||| |  | ||| ||||| ||| ||| |||||||||| |||| | |||||    
T  24226905 ttgtcaacctgatggtttttgcacaatccatctaataaagaattgtaagtgattatgttagctggttgacctctatcatgcatctcacctatgaaatccc 24226806  T
Q  572 aaacatcagatattcttcccgatttgcaaagtccatcaataagtgaattgtatgttacag 631  Q
    |||||||| ||||||| |  |||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||    
T  24226805 aaacatcatatattctccttgatttgcaaagtccatcaattagggaattgtatgctacag 24226746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 466 - 623
Target Start/End: Original strand, 24219143 - 24219300
Alignment:
Q  466 attgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataa 565  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || | || ||  ||||| ||| ||| |||||||||  | ||||    
T  24219143 attgccttgtcaacatgatggtttttgcataaagcatccaataaagaattgtaagtaattatattaggtggttgacctctatcatgcatctctccgataa 24219242  T
Q  566 gatcccaaacatcagatattcttcccgatttgcaaagtccatcaataagtgaattgta 623  Q
    | | | || |||  || ||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||    
T  24219243 gtttcaaagcatatgagattcttcccgatttgcacaaaccatcaataagggaattgta 24219300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 119 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 11991749 - 11991570
Alignment:
Q  119 acctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttacagcattaggg 218  Q
    ||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||| |||||||   | || | ||| | |||  | || |||||||| ||||||||||||| |||     
T  11991749 acctctagcaatcatttcacgcagaagtttctccgccttttcattctcatctttatgaaagagagcctggatgagagtttcataagttacagcatcagga 11991650  T
Q  219 gtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattgaccat 298  Q
     ||  ||| ||||| |||||||||||||  |||| |  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11991649 atgataccattgtcatccatttttgacaacaaggcctctgcttcatcaaacaagccctctttacaaagtccattgaccat 11991570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 194 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 16351412 - 16351084
Alignment:
Q  194 agtttcgtaagttacagcattaggggtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattg 293  Q
    |||||| ||||||||||||| |||  ||  ||| ||||| |||||||||||||  |||  |  ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  16351412 agtttcataagttacagcatcaggaatgataccattgtcctccatttttgacaacaagacctctgcttcatcaaacaagccttctttacaaagtccattg 16351313  T
Q  294 accatcacactatacattttaacatctaaatgatagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagt 393  Q
    | ||| | | ||||| |   | ||| ||  | ||| |||||||| | ||||| |||| ||||  ||||||||| ||| |||  | ||   ||||||||||    
T  16351312 atcataatattatacgtccaagcatttacgttataacccttaatcaaaagatcctgaaaaacatcttgtgcattcttgagttgt-cctcctttgcatagt 16351214  T
Q  394 ccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgc 493  Q
    || |||| ||||||| |||| ||  |||||||||| ||||| || || ||||| || ||| | | |||||  || ||||||||||| || ||||||||||    
T  16351213 ccatcaataagtatattgtatgtgcacatatttggttgaatgccatgttctttaattttcttaactaatgcaatagccttgtcaacatgttggtttttgc 16351114  T
Q  494 acaaagcatccaataaggaattgtaagtga 523  Q
    | ||| |||| |  || |||||||||||||    
T  16351113 agaaaacatctatcaaagaattgtaagtga 16351084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 195 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 33998301 - 33997973
Alignment:
Q  195 gtttcgtaagttacagcattaggggtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattga 294  Q
    ||||| ||| ||||||||| |||  ||||| | |||||||||||| |||| |  ||||  | ||| ||||||||||| ||||  |||||||||||||| |    
T  33998301 gtttcataacttacagcatcaggaatgcaagcattgtcttccattcttgataacaaggcaagtgcttcatcaaacaaacccttcttacaaagcccattta 33998202  T
Q  295 ccatcacactatacattttaacatctaaatgatagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtc 394  Q
     ||| ||| ||||| |   ||||  || ||||||||| | | | | ||  | |||| ||| ||| | |||||||| ||||| |||||| |||||||||||    
T  33998201 tcataacattatacgtccaaacagttatatgatagccttcagttaaaatctcctgaaaaatcacatatgcatcctcaagtc-ttccatctttgcatagtc 33998103  T
Q  395 cgtcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaa-taatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgc 493  Q
    | ||||  ||| |||| || ||  | | |||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||  ||||| ||||||| ||| |  ||||| |||||||    
T  33998102 catcaattagtgtagtatatgtgcaaacatttggctgaataccttggtctttaat-ttccttaaccaatgtaattgcctggtcgagatgatgatttttgc 33998004  T
Q  494 acaaagcatccaataaggaattgtaagtgat 524  Q
    | ||||||| |||||| ||||| ||||||||    
T  33998003 ataaagcatgcaataaagaattataagtgat 33997973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 172; Significance: 4e-92; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 119 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 9782983 - 9782587
Alignment:
Q  119 acctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttacagcattaggg 218  Q
    ||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | | || |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||| |||     
T  9782983 acctctagcaatcatttcacaaagaagtttcaccgccttatcattttggtcgctttcaaacaaagcacgaatacgagtttcataagttactgcatcagga 9782884  T
Q  219 gtg-------caaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattgaccatcacactatacatt 311  Q
    |||       |||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| ||||| || || ||||||||||| |||||||| | ||||||| |||||||     
T  9782883 gtgaggagtgcaaccgatgtcttccatttttgagagtaaggacaatgcttcatcgaaaaaaccctctttacagagcccattaatcatcacagtatacatc 9782784  T
Q  312 ttaacatctaaatgatagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatagtg 411  Q
     || ||||||||||||| || |||||   ||||| | ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  9782783 ctagcatctaaatgataacctttaatcgtaagatcccgataaaccctttgtgcatccttaagtc-ttccatttttgcacagtccatcaacaagtatagtg 9782685  T
Q  412 taagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataa 509  Q
    || ||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||||| ||||| || |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9782684 tatgtacacatatctggctgaattccttcgtctttcatctttgttaacaacgcaattgccttgtcaacctgatggattttgcacaaagcatccaataa 9782587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 106; Significance: 1e-52; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 127 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 17251742 - 17251310
Alignment:
Q  127 caatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttacagcattaggggtgcaacc 226  Q
    ||||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||| || | |||||||| ||||||  |||||  ||||| |||| || ||||| |||    || ||    
T  17251742 caatcatttcacgaagaagtttctcagccttgtcattcatgtctttttcaaagaaagcattaataattgtttcataagctatagcatcaggaacacagcc 17251643  T
Q  227 gttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattgaccatcacactatacattttaacatctaaatga 326  Q
     |||||||||||||||||||  |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||||  ||  |||||||| || |    
T  17251642 tttgtcttccatttttgacagcaaggtcaatgcttcatcaaacaagctctctttacaaagcccattgatcataatactatatgttacaacatctacatta 17251543  T
Q  327 tagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatattt 426  Q
    | ||| || || | ||||| |||| |||||   || |||||  |||||| | |||| |||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  17251542 tggcctttcatcaaaagatcctgaaaaaccttctgagcatctgtaagtc-taccatctttgcaaagtccatcaacaagtatattgtatgtatacatattt 17251444  T
Q  427 ggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagtgatga 526  Q
    | |||||| ||||| ||||| || ||| ||| |||||  |||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| |  || ||| ||||||| || |    
T  17251443 gcctgaataccttgatctttaattttctttagtaatgcaattgccttatcaacttgatggcttttgcacaaagcatctatcaaagaagtgtaagttatta 17251344  T
Q  527 catcagcaggttggcctatattatgcatctcatc 560  Q
    ||| ||  ||||| ||| ||| ||||||||||||    
T  17251343 cattaggtggttgacctctatcatgcatctcatc 17251310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 114 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 19490692 - 19490499
Alignment:
Q  114 aatatacctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttacagcat 213  Q
    |||| ||||||  ||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||   || ||| |||| | |||||||||||   |||| ||||||| |||||    
T  19490692 aatagacctctggcaatcatttcacgaagaagtttttcagccttatcattcacaccttttccaaagagagcacgaataattatttcataagttatagcat 19490593  T
Q  214 taggggtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattgaccatcacactata 307  Q
     |||  |||| || ||| |||||||||||||||  |||| |||||| ||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  19490592 caggaatgcagcctttggcttccatttttgacagcaaggtcaatgcttcatccaacaaactttctttacaaagcccattgatcataacattata 19490499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 96; Significance: 1e-46; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 180 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 8651644 - 8651193
Alignment:
Q  180 aaagcacgaataagagtttcgtaagttacagcattaggggtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctt 279  Q
    |||||||||| || | ||||  |||||||| ||| |||  |||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| || ||||  ||||||| |||||    
T  8651644 aaagcacgaacaataatttcacaagttacaccatcaggattgcacccgttgtcttccatttttgagagtaaggacaacgcttcatataacaagctctctt 8651545  T
Q  280 tacaaagcccattgaccatcacacta---tacattttaacatctaaatgatagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtcc 376  Q
    ||||||||||| | | ||||| | ||   |||||  |||| || ||| ||||||| |||||   ||||||| |||||||  |||| |  || | |||||     
T  8651544 tacaaagcccagtaatcatcatagtactgtacatcctaacttcaaaacgatagcctttaatcgtaagattcggataaacttcttgcgtgtcttgaagtc- 8651446  T
Q  377 ttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtc 476  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||  |  |||||| ||| | |||||  ||||||||||||||| | |||||||  |||||| |||     
T  8651445 ttccatttttgcatagtccatcaacaagtagtgtgtatatgaacatatatggttcaattctatggtctttgatcttcttcaataatgcaattgccatgta 8651346  T
Q  477 aacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaaaca 576  Q
    ||||| |||||||||| |||| ||||| ||||| ||| |||||||||| |  |||||  |||| | | ||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  8651345 aaccttatggtttttgaacaatgcatcaaataaagaagtgtaagtgattatgtcagcttgttgacatctatcatgcat-tcatctataagatccaaaaca 8651247  T
Q  577 tcagatattcttcccgatttgcaaagtccatcaataagtgaattgtatgttaca 630  Q
     || ||||| |  |||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||    
T  8651246 acatatattttctccgatttgcaaagtccatgaataagcgaactgtaggttaca 8651193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 550 - 630
Target Start/End: Original strand, 13093526 - 13093605
Alignment:
Q  550 tgcatctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgatttgcaaagtccatcaataagtgaattgtatgttaca 630  Q
    ||||||||||| ||| |||| ||||||||| | | |||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13093526 tgcatctcatccata-gatcacaaacatcatagaatctctctgatttgcaaagtccatcaataagtgaattgtatgttaca 13093605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0572 (Bit Score: 79; Significance: 1e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0572
Description:

Target: scaffold0572; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 327 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 3462 - 3161
Alignment:
Q  327 tagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatattt 426  Q
    ||||| ||||| | ||||| |||| ||| |||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||| || | ||||||| |||| || ||||||| |    
T  3462 tagcctttaatcaaaagatcctgaaaaatcacttgtgcatccttaag-ccttccttgtttgcatagtccatcgataagtatattgtatgtgtacatatct 3364  T
Q  427 ggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagtgatga 526  Q
     | ||||| ||||||||||| || ||| | | |||||  || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||| |    
T  3363 agttgaatgccttggtctttaattttcttgactaatgcaatagccttgtcaacatgatggtttttgcataaagcatctattaatgaattgtaagtgatta 3264  T
Q  527 catcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgatttgcaaagtccatcaataagtgaattgtatgt 626  Q
     |||||| ||||| ||  ||| | |||||||||| | ||| |||||| |||  || ||||| || |||||||| |  |||||||| || |||||||| ||    
T  3263 tatcagctggttgaccactatcacgcatctcatcaacaagctcccaagcataggagattctcccagatttgcacaaaccatcaattagagaattgtaagt 3164  T
Q  627 tac 629  Q
    |||    
T  3163 tac 3161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 65; Significance: 3e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 119 - 523
Target Start/End: Original strand, 125685 - 126088
Alignment:
Q  119 acctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttacagcattaggg 218  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||   | || | ||| ||||| || || | |||||| ||||||||||||| |||     
T  125685 acctctagcaatcatttcacgaagaagtttctccgccttttcattctcatctttatgaaagaaagcccggatgatagtttcataagttacagcatcagga 125784  T
Q  219 gtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattgaccatcacactatacattttaacat 318  Q
     |    || |||||||||||||||||||  |||  |   || |||||||| || ||| |||||||||| ||||||| ||| | | ||||| ||| |||||    
T  125785 attatgccattgtcttccatttttgacagcaagacctccgcttcatcaaataaacccactttacaaagtccattgatcataatattatacgtttgaacat 125884  T
Q  319 ctaaatgatagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtat 418  Q
    ||| |  ||| ||||| || | |||||  ||| ||||  || ||||||  | ||||| | ||   |||||||||||| |||| ||||||| |||| ||      
T  125885 ctagactataacccttgatcaaaagatcttgaaaaacatctcgtgcattatgaagtcgt-cctcctttgcatagtccatcaataagtatattgtatgtgc 125983  T
Q  419 acatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgta 518  Q
    |||||| ||| ||||| ||||| |||||||| ||| | | |||||  || |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||    
T  125984 acatatctggttgaatgccttgatctttgattttcttaactaatgcaatagccttgtcaatctgatggtttttgcataaagcatctattaaggaattgta 126083  T
Q  519 agtga 523  Q
    |||||    
T  126084 agtga 126088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold2177 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold2177
Description:

Target: scaffold2177; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 119 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 341 - 171
Alignment:
Q  119 acctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttacagcattaggg 218  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||  ||| | |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| | |     
T  341 acctctatcaatcatttcatgaagaatcttctctgccttatcattcttgcggtttttgaacaaagcacgaataatagtttcataagttacaacatcatga 242  T
Q  219 gtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagccca 290  Q
    ||  |||| || ||||||||||   ||| |||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  241 gtcaaaccattttcttccatttgcaaca-taagtacaatgcttcatcaaacaaaccctctctacaaagccca 171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0429 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0429
Description:

Target: scaffold0429; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 327 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 6425 - 6231
Alignment:
Q  327 tagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatattt 426  Q
    ||||| ||||| | ||||| |||| ||| |||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||| || | ||||||| |||| || |||||||||    
T  6425 tagcctttaatcaaaagatcctgaaaaatcacttgtgcatccttaag-ccttccttgtttgcatagtccatcgataagtatattgtatgtgtacatattt 6327  T
Q  427 ggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagtg 522  Q
     | ||||| ||||||||||| || ||| | | ||||   || ||||||||||| |||||||||||||| || ||||| | ||| ||||||||||||    
T  6326 agttgaatgccttggtctttaattttcttgactaatacaatagccttgtcaacatgatggtttttgcataatgcatctattaaagaattgtaagtg 6231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 56; Significance: 7e-23; HSPs: 6)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 326 - 629
Target Start/End: Original strand, 121249 - 121551
Alignment:
Q  326 atagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatatt 425  Q
    |||||| ||||| | ||||| |||| ||| ||||||||||| || ||||| |||| | |||||||||||| || | ||||||| |||| || |  |||||    
T  121249 atagcctttaatcaaaagatcctgaaaaatcacttgtgcattctcaagtc-ttccttctttgcatagtccatcgataagtatattgtatgtgttaatatt 121347  T
Q  426 tggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagtgatg 525  Q
     || ||||| || || ||||| || ||| | |  ||||  |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||     
T  121348 gggttgaatgccctgatctttaattttcttgaccaatgcaattgccttgtcaacttgatgatttttgcataaagcatgcaataaggaattgtatgtgata 121447  T
Q  526 acatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgatttgcaaagtccatcaataagtgaattgtatg 625  Q
    | ||  |||||||| ||| ||| |||||||| ||| | ||| |||||  ||| ||| ||||| || |||||||| |   |||||||||| ||| |||| |    
T  121448 atattggcaggttgacctctatcatgcatctgatcaagaagctcccatgcatgagagattctccctgatttgcacaaagcatcaataagagaactgtaag 121547  T
Q  626 ttac 629  Q
    ||||    
T  121548 ttac 121551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 110 - 242
Target Start/End: Original strand, 121033 - 121165
Alignment:
Q  110 ttacaatatacctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttaca 209  Q
    |||||| | |||||||  |||||||||| | ||||||||| | |||||||||||||   | |||| ||| | |||   ||||| |||||| |||||||||    
T  121033 ttacaacagacctctagtaatcatttcacgtagaagtttctctgccttatcattctcatcatttttaaaaagagcgtaaataatagtttcataagttaca 121132  T
Q  210 gcattaggggtgcaaccgttgtcttccattttt 242  Q
     ||| ||| |||||||| |||||||||||||||    
T  121133 acatcaggagtgcaaccattgtcttccattttt 121165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 110 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 137820 - 137636
Alignment:
Q  110 ttacaatatacctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttaca 209  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| |   | || | ||| | ||  || |||| |||||| |||||||||    
T  137820 ttacaatagacctctagcaaccatttcacgaagaagtttctccgccttttcattgtaatctttataaaagagagagcggataatagtttcataagttaca 137721  T
Q  210 gcattaggggtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattga 294  Q
     |||||||  ||  | | || || |||||||||||||  |||| |  ||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  137720 acattaggattgatatcattatcctccatttttgacaacaaggcctctgctttatcaaacaagccctctttacaaagtccattga 137636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 384 - 521
Target Start/End: Original strand, 104564 - 104701
Alignment:
Q  384 tttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctga 483  Q
    ||||||||  || |||| ||||||| |||| || ||||||| ||| ||||| ||||||||||| || ||| | | |||||| || || |||||||  |||    
T  104564 tttgcataacccatcaataagtatattgtatgtgtacatatctggttgaatgccttggtctttaattttcttgactaatgtcatagctttgtcaagatga 104663  T
Q  484 tggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagt 521  Q
    | ||||||||| |||||||| | ||| ||| |||||||    
T  104664 ttgtttttgcataaagcatctattaaagaactgtaagt 104701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 384 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 137547 - 137428
Alignment:
Q  384 tttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctga 483  Q
    ||||||||  || |||| ||||||| |||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||| | | |||||  || || |||||||  |||    
T  137547 tttgcataacccatcaataagtatattgtatgtgtacatatttggttgaatgccttggtctttaattttcttgactaatgcaatagctttgtcaagatga 137448  T
Q  484 tggtttttgcacaaagcatc 503  Q
    | ||||||||| ||||||||    
T  137447 ttgtttttgcataaagcatc 137428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 140697 - 140518
Alignment:
Q  119 acctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttacagcattaggg 218  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||   | || | ||| | ||| || || | |||| | ||||||||||||| |||     
T  140697 acctctagcaatcatttcacgaagaagtttctccgcctgttcattctcatctttatgaaagagagcccggatgatagttacataagttacagcatcagga 140598  T
Q  219 gtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattgaccat 298  Q
     ||  ||| ||||| |||||||| ||||  ||||    | | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  140597 atgataccattgtcatccattttagacatcaaggcatctacttcatcaaacaacccctctttacaaagtccattgaccat 140518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0308 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0308
Description:

Target: scaffold0308; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 196 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 9355 - 8923
Alignment:
Q  196 tttcgtaagttacagcattaggggtgcaaccgttgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattgac 295  Q
    ||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||  |  | ||| || ||||||| ||||||||||  |||||| |||||||     
T  9355 tttcgaaagttacagcattaggaatgcaaccattgtcttccatttttgacaacagagccaaagcttcatcaagcaagccctctaaacaaagaccattgat 9256  T
Q  296 catcacactatacattttaacatctaaatgatagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtcc 395  Q
    ||| | | ||||  |    ||   |||||  ||||| ||||| | |||||  ||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||    
T  9255 cataatattatatgtccatactgttaaattgtagcctttaatgaaaagatcttgaaaaatcacttgtgcgtccttaagt-cttccttgtttgcatagtcc 9157  T
Q  396 gtcaacaagtatagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcac 495  Q
     || | ||||||| |||| || ||||||||||| |||||  || ||||||| |  ||| | |  |||   |||||||||||||| ||| ||||||| ||     
T  9156 atcgataagtatattgtatgtgtacatatttggttgaatgtctcggtctttaagtttcttgaccaattcaattgccttgtcaacatgacggtttttacat 9057  T
Q  496 aaagcatccaataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgatt 595  Q
    | ||| |  ||||| ||| || ||||||| ||||  |||||||| ||| ||| |||||||||||| |  |  |||||| ||| ||| ||||| || ||||    
T  9056 agagcgtgtaataatgaactgaaagtgattacattggcaggttgacctctatcatgcatctcatcaagcaactcccaagcatgagaaattctccctgatt 8957  T
Q  596 tgcaaagtccatcaataagtgaattgtatgttac 629  Q
    |||| |  ||||||||||| ||| |||| |||||    
T  8956 tgcacaaaccatcaataagagaactgtaagttac 8923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0652 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0652
Description:

Target: scaffold0652; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 326 - 599
Target Start/End: Original strand, 1064 - 1336
Alignment:
Q  326 atagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatatt 425  Q
    |||||| ||||| | ||||| |||| ||| ||||||||||| || ||||| |||| | |||||||||||| || | ||||||| |||| || |  |||||    
T  1064 atagcctttaatcaaaagatcctgaaaaatcacttgtgcattctcaagtc-ttccttctttgcatagtccatcgataagtatactgtatgtgttaatatt 1162  T
Q  426 tggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagtgatg 525  Q
     || ||||| || || ||||| || ||| | |  ||||  |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |  || |||||||||||||||||     
T  1163 gggttgaatgccctgatctttaattttcttgaccaatgcaattgccttgtcaacttgatgatttttacataaagcgtgtaagaaggaattgtaagtgatc 1262  T
Q  526 acatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgatttgca 599  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| |||||||| ||| | ||| |||||  ||| ||| ||||| || ||||||||    
T  1263 acatcggcaggttgacctctatcatgcatctgatcaagaagctcccatgcatgagaaattctccctgatttgca 1336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0573 (Bit Score: 47; Significance: 2e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0573
Description:

Target: scaffold0573; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 406 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 4288 - 4134
Alignment:
Q  406 atagtgtaagtatacatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatcca 505  Q
    |||||||| || ||||||||||| ||||  || |||||||| |  || ||||||||||  |||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||    
T  4288 atagtgtatgtgtacatatttggttgaagaccctggtctttcaattttgttaataatgcaattgccttgtcacctggatggtttttgcataaagcatcca 4189  T
Q  506 ataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatc 560  Q
    |||  ||| ||||||| || | |||||  ||||| ||| ||| ||||||||||||    
T  4188 atagagaactgtaagtaattatatcaggtggttgacctctatcatgcatctcatc 4134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0237 (Bit Score: 45; Significance: 3e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0237
Description:

Target: scaffold0237; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 454 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 22446 - 22286
Alignment:
Q  454 gttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgca 553  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||||| || | |||||   |||| |||  || |||||    
T  22446 gttaataatgtaattgctttgtccacatgatgttttttgcataaagcatccaatatagaattgtaagtaattatatcaggttgttgccctcgataatgca 22347  T
Q  554 tctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgatttgcaaagtccatcaataag 614  Q
    ||||||| | ||| ||| || |||  ||||||||||| |||||||| | |||||| |||||    
T  22346 tctcatcgacaagttccaaagcatatgatattcttccagatttgcacaatccatcgataag 22286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0177 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0177
Description:

Target: scaffold0177; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 326 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 27583 - 27281
Alignment:
Q  326 atagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatatt 425  Q
    |||||| ||||| | ||||| |||| ||| ||||||||||| || || || |||| | |||||||||||| || | ||||||| |||| || |  |||||    
T  27583 atagcctttaatcaaaagatcctgaaaaatcacttgtgcattctcaaatc-ttccttctttgcatagtccatcgataagtatattgtacgtgttaatatt 27485  T
Q  426 tggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagtgatg 525  Q
    ||| ||||| ||||||||||| || ||| | |  ||||  | |||||||||||| || |||||||| || ||||||| ||| |||||  |||| |||||     
T  27484 tggttgaatgccttggtctttaattttcttgaccaatgcaactgccttgtcaacttggtggtttttacataaagcatgcaagaaggaggtgtatgtgatt 27385  T
Q  526 acatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataagatcccaaacatcagatattcttcccgatttgcaaagtccatcaataagtgaattgtatg 625  Q
    ||||| |||||||| ||| ||  |||||||| ||| | ||| |||||  ||| ||| |||||  | |||||||| |  |||||||| || ||| |||| |    
T  27384 acatcggcaggttgacctctagcatgcatctgatcaagaagctcccatgcatgagagattctctctgatttgcacaaaccatcaatgagagaactgtaag 27285  T
Q  626 ttac 629  Q
    ||||    
T  27284 ttac 27281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0177; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 27790 - 27667
Alignment:
Q  119 acctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttacagcattaggg 218  Q
    ||||||| ||||||||||| | ||||||||| | || ||||  ||||   | |||| ||| | ||| ||||||| |||||| ||||||||| ||| |||     
T  27790 acctctagcaatcatttcacgtagaagtttctctgctttatggttctcatcatttttaaaaagagcgcgaataatagtttcataagttacaacatcagga 27691  T
Q  219 gtgcaaccgttgtcttccattttt 242  Q
    |||||||| || ||||||||||||    
T  27690 gtgcaaccattatcttccattttt 27667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 129 - 294
Target Start/End: Original strand, 15062448 - 15062613
Alignment:
Q  129 atcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttacagcattaggggtgcaaccgt 228  Q
    ||||||||| ||||||||||| | || |||||||| |   | |||||||| | || | |||||||  |||||||||||| |||||||||  ||||||| |    
T  15062448 atcatttcacgaagaagtttctctgctttatcattttcatctttttcaaagagagaatgaataagtatttcgtaagttatagcattaggaatgcaaccat 15062547  T
Q  229 tgtcttccatttttgacactaaggacaatgcgtcatcaaacaagccctctttacaaagcccattga 294  Q
    |||||| |||||||||||  | || |||| | |||||||| |||||||  |||||||  |||||||    
T  15062548 tgtctttcatttttgacagcatggccaatccttcatcaaagaagcccttgttacaaaatccattga 15062613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0086 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 2)
Name: scaffold0086
Description:

Target: scaffold0086; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 110 - 165
Target Start/End: Original strand, 30871 - 30926
Alignment:
Q  110 ttacaatatacctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattct 165  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||    
T  30871 ttacaatagacctctaacaatcatttcacgaagaagtttctccgccttttcattct 30926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0086; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 469 - 556
Target Start/End: Original strand, 31225 - 31312
Alignment:
Q  469 gccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatct 556  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || |||||||  ||||||||| | |||||||| ||||  | | |||||||| ||| ||||||||    
T  31225 gccttgtcaacatgatggtttttacataaagcatgtaataaggaagtataagtgattacattgggacgttggcctctatcatgcatct 31312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0654 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0654
Description:

Target: scaffold0654; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 466 - 629
Target Start/End: Original strand, 1128 - 1291
Alignment:
Q  466 attgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgtaagtgatgacatcagcaggttggcctatattatgcatctcatctataa 565  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |  || ||||||||||||||||| ||||  ||| |||| ||| ||| |||||||| ||| | ||    
T  1128 attgccttgtcaacttgatggtttttacataaagcgtgtaagaaggaattgtaagtgatcacatttgcatgttgacctctatcatgcatctaatcaagaa 1227  T
Q  566 gatcccaaacatcagatattcttcccgatttgcaaagtccatcaataagtgaattgtatgttac 629  Q
    | |||||  ||| ||| ||| | || | |||||| |  |||||||| || |||||||| |||||    
T  1228 gctcccatgcatgagaaattttccctgctttgcacaaaccatcaatgagagaattgtaagttac 1291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0051 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 3)
Name: scaffold0051
Description:

Target: scaffold0051; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 110 - 246
Target Start/End: Original strand, 42871 - 43007
Alignment:
Q  110 ttacaatatacctctaacaatcatttcatgaagaagtttcaccgccttatcattcttgccgttttcaaacaaagcacgaataagagtttcgtaagttaca 209  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||| | || |||||| | ||| | || |||||  | |||||||| | |||||||||||  |||||  ||||||||    
T  42871 ttacagtagacctctaacaatcatttcacgtagtagtttctctgccctttcgttcttatcattttcaaagagagcacgaataattgtttcacaagttaca 42970  T
Q  210 gcattaggggtgcaaccgttgtcttccatttttgaca 246  Q
    |||| |||    || || |||||||||||||||||||    
T  42971 gcatcaggaacacatccattgtcttccatttttgaca 43007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0051; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 327 - 443
Target Start/End: Original strand, 43088 - 43203
Alignment:
Q  327 tagcccttaataagaagattctgataaaccacttgtgcatccttaagtccttccatttttgcatagtccgtcaacaagtatagtgtaagtatacatattt 426  Q
    ||||| ||||| | ||||| |||| ||| |||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||| |||| ||||||| |||| || ||||| | |    
T  43088 tagcctttaatcaaaagatcctgaaaaatcacttgtgcatccttaag-ccttccttgcttgcatagtccatcaataagtatattgtatgtgtacatgtct 43186  T
Q  427 ggctgaattccttggtc 443  Q
     | ||||| ||||||||    
T  43187 agttgaatgccttggtc 43203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0051; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 419 - 523
Target Start/End: Original strand, 47764 - 47868
Alignment:
Q  419 acatatttggctgaattccttggtctttgatcttcgttaataatgtgattgccttgtcaacctgatggtttttgcacaaagcatccaataaggaattgta 518  Q
    |||||| ||| ||||| ||||| |||||||| ||  | | |||||  || |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||  | ||| ||||||||    
T  47764 acatatctggttgaatcccttgatctttgattttattaactaatgcaatagccttgtcaacctgatagtttttgcataaagaatttattaaagaattgta 47863  T
Q  519 agtga 523  Q
    |||||    
T  47864 agtga 47868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University