View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4863-Insertion-2 (Length: 1019)

Name: NF4863-Insertion-2
Description: NF4863
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4863-Insertion-2
NF4863-Insertion-2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-1017)||(47438-48445)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 937; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 937; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1017
Target Start/End: Complemental strand, 48445 - 47438
Alignment:
Q  8 atttagtgttgacattcagtatggtgagctaaaattaagtatgaatgtagtgatattattagctttcatatgtgtttctagagcatctaaaacttcttct 107  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  48445 atttagtgttgaaattcagtatggtgagctaaaattaagtatgaatgtagtgatattattagctttcatatgtgtttctagagcatctaaa-cttcttcc 48347  T
Q  108 ccttggtgaattgtattttacttacaactttctactactaagtttggtataatacaaggcaatcatgcacttcttctaacattccaaaggtctaaatctg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48346 ccttggtgaattgtattttacttacaactttctactactaagtttggtattatacaaggcaatcatgcacttcttctaacattccaaaggtctaaatctg 48247  T
Q  208 aaaatttgaaaacctcctatgaatatttttcatccaaagcttagtgaagctcaattgaaaagcttgttattgcgaaaaacactaacctcgtaataatttg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48246 aaaatttgaaaacctcctatgaatatttttcatccaaagcttagtgaagctcaattgaaaagcttgttattgcgaaaaacactaacctcgtaataatttg 48147  T
Q  308 tgtagtggtagtcttaaatgtgaaattttgacgacttacaattttgttatttatcaggtaacaaagacattcacatatgtacatctgttgcagttgatag 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48146 tgtagtggtagtcttaaatgtgaaattttgacgacttacaattttgttatttatcaggtaacaaagacattcacatatgtacatctgttgcagttgatag 48047  T
Q  408 gcattgtacttatcgacgtttttaccgggacgagccaatagtttcaacaatatatgatgatagattaaaactacttgagcatgtgagttgtttttgctca 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48046 gcattgtacttatcgacgtttttaccgggacgagccaatagtttcaacaatatatgatgatagattaaaactacttgagcatgtgagttgtttttgctca 47947  T
Q  508 cagtgtctttttcgtcaatgcaattttgcaaaatgcatatattatggttcgcatagattaattatattgtgtttttcttattattatgtctactctttgt 607  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47946 caatgtctttttcgtcaatgcaattttgcaaaatgcatatattatggttcgcatagattaattatattgtgtttttcttattattatgtctactctttgt 47847  T
Q  608 ataggttagtcaacaagataatggctacaaagatagcttgatgttgtttgttaaagatttaggacctactgcccaaaatatagctaaaagaaaattactt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47846 ataggttagtcaacaagataatggctacaaagatagcttgatgttgtttgttaaagatttaggacctactgcccaaaatatagctaaaagaaaattactt 47747  T
Q  708 ggatgtgaaattcgtactgcatccgctttttctcctgcaagctatatgtcgatgtctcaaaatcccttgaataaaatgagaagcttcaagggaaagacta 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47746 ggatgtgaaattcgtactgcatccgctttttctcctgcaagctatatgtcgatgtctcaaaatcccttgaataaaatgagaagcttcaagggaaagacta 47647  T
Q  808 aactagagattgaaggtgaaggaaaaaagattgaagggtcttcttgttctaattatctagattcaactaattgtgtagaaaaatttaaatcgctctaatt 907  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  47646 atctagagattgacggtgaaggaaaaaagattgaagggtcttcttgttctaattatctagattcaactaattgtgtagaaaaattt-aatcgctctaatt 47548  T
Q  908 gtggatccaaagaatctggcaaaaagtctaggacgacattgggacaagaatcaaga--cactatcactgtcaacttcaagataaatgtcaaacaaatatt 1005  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47547 gtggatccaaagaatctgacaaaaagtctaggacgacatt-ggacaagaatcaagaacaactatcactgtcaac-tcaagataaatgtcaaacaaatatt 47450  T
Q  1006 ttagagtcaagg 1017  Q
    ||||||||||||    
T  47449 ttagagtcaagg 47438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University