View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4863-Insertion-3 (Length: 793)

Name: NF4863-Insertion-3
Description: NF4863
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4863-Insertion-3
NF4863-Insertion-3
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (337-785)||(26060124-26060570)
chr3 (337-785)||(4357595-4358041)
chr3 (337-785)||(21633544-21633980)
chr3 (339-785)||(26059686-26060133)
chr3 (392-785)||(26060559-26060952)
chr3 (339-785)||(4358032-4358479)
chr3 (392-785)||(4357213-4357606)
chr3 (10-238)||(43714344-43714571)
chr3 (339-785)||(21633971-21634418)
chr3 (508-785)||(21633280-21633555)
chr3 (337-633)||(26059412-26059697)
chr3 (337-633)||(4358468-4358754)
chr3 (415-633)||(21634474-21634696)
chr3 (392-500)||(21632779-21632887)
chr3 (408-474)||(36523345-36523411)
chr3 (575-667)||(36523587-36523679)
chr3 (337-374)||(21634407-21634444)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (337-785)||(34996908-34997353)
chr5 (337-785)||(20400315-20400762)
chr5 (392-785)||(34996525-34996919)
chr5 (392-782)||(20400754-20401144)
chr5 (508-785)||(17842854-17843129)
chr5 (339-785)||(34997344-34997792)
chr5 (337-633)||(20400041-20400326)
chr5 (337-633)||(34997781-34998066)
chr5 (415-633)||(17843185-17843402)
chr5 (426-474)||(13549967-13550015)
chr5 (337-374)||(17843118-17843155)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (337-785)||(46364888-46365335)
chr7 (339-785)||(46364450-46364897)
chr7 (392-785)||(46365324-46365717)
chr7 (337-633)||(46364175-46364461)
chr7 (409-548)||(44885611-44885750)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (337-785)||(37086374-37086820)
chr4 (337-785)||(36032447-36032892)
chr4 (339-785)||(37086811-37087258)
chr4 (339-785)||(36032009-36032456)
chr4 (392-785)||(36032881-36033274)
chr4 (392-785)||(37085992-37086385)
chr4 (598-785)||(18122190-18122375)
chr4 (337-633)||(18122364-18122650)
chr4 (337-633)||(36031732-36032020)
chr4 (415-633)||(37087307-37087528)
chr4 (337-374)||(37087247-37087284)
[»] chr1 (30 HSPs)
chr1 (339-785)||(37397861-37398305)
chr1 (337-785)||(4291550-4291996)
chr1 (415-785)||(41777682-41778050)
chr1 (339-785)||(37398296-37398743)
chr1 (337-763)||(4291133-4291561)
chr1 (337-785)||(50987907-50988356)
chr1 (339-785)||(41778041-41778488)
chr1 (392-785)||(4291985-4292378)
chr1 (392-785)||(33208902-33209297)
chr1 (400-785)||(37397485-37397870)
chr1 (392-763)||(41777234-41777605)
chr1 (392-785)||(7715807-7716201)
chr1 (337-636)||(33209286-33209584)
chr1 (527-785)||(50987662-50987918)
chr1 (415-633)||(37398800-37399020)
chr1 (337-633)||(41778477-41778766)
chr1 (337-633)||(7715527-7715818)
chr1 (415-633)||(4290845-4291066)
chr1 (337-633)||(50988345-50988633)
chr1 (423-646)||(22521682-22521905)
chr1 (425-749)||(22521260-22521584)
chr1 (595-763)||(22520984-22521151)
chr1 (550-621)||(11159851-11159922)
chr1 (427-499)||(22522218-22522290)
chr1 (627-762)||(22522000-22522132)
chr1 (617-670)||(22520500-22520553)
chr1 (337-374)||(37398732-37398769)
chr1 (427-471)||(20202362-20202406)
chr1 (575-676)||(30219134-30219232)
chr1 (404-470)||(22520665-22520731)
[»] scaffold0517 (2 HSPs)
scaffold0517 (400-785)||(9343-9729)
scaffold0517 (339-633)||(9056-9352)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (392-749)||(29588946-29589305)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (423-780)||(18754029-18754387)
chr6 (508-633)||(9452115-9452240)
chr6 (575-763)||(18754466-18754652)
chr6 (423-493)||(5324004-5324074)
chr6 (423-466)||(18753895-18753939)
chr6 (426-469)||(30693273-30693316)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (420-633)||(44840766-44840981)
chr8 (337-374)||(44841016-44841053)
chr8 (721-762)||(44841064-44841104)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 352; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 337 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 26060570 - 26060124
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattcta 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  26060570 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttagaaaaaattggttttgctaaaatgttcctgttgtttatgatgtcacctcacttcaattcta 26060471  T
Q  437 taatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaatacacgggataaattatcattgac 536  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26060470 taatgatattgaaccctcataaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagaaaaaaataaaatacacgggataaattatcattgac 26060371  T
Q  537 taagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattcta 636  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26060370 taagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattcta 26060271  T
Q  637 caacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgac 736  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26060270 caacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaaatgcatcggataagtggtcattgac 26060171  T
Q  737 taaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  26060170 taaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagataagctgtcgctaac 26060124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 337 - 785
Target Start/End: Original strand, 4357595 - 4358041
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattcta 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||| ||||    
T  4357595 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttagaaaaaattggttttgctaaaatgttcctgttgtttatgatgtcacctcacttcaactcta 4357694  T
Q  437 taatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaatacacgggataaattatcattgac 536  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4357695 taatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgtacgggagaaacgaacattgactaaactttcagaaaaaaataaaatacacgggataaattatcattgac 4357794  T
Q  537 taagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattcta 636  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4357795 taagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgtttatgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaatttaattcta 4357894  T
Q  637 caacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgac 736  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4357895 caacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacagaataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaaatgcatcggataagtggtcattgac 4357994  T
Q  737 taaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  4357995 taaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagataagctgtcgctaac 4358041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 337 - 785
Target Start/End: Original strand, 21633544 - 21633980
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattcta 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        |||||||| ||||||||||           | |||| |||||||||||||||||    
T  21633544 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttataaaaaattggttttgctaaaatgtt-----------tcatgtcacctcacttcaattcta 21633632  T
Q  437 taatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaa-tacacgggataaattatcattga 535  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||        |||| |||||||||||||||||||||||    
T  21633633 taatgatattgaaccctcataaactaaaatgcacgggagaaacaaacattgactaaactttcagaagaaaaaaaaaatacacgggataaattatcattga 21633732  T
Q  536 ctaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattct 635  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21633733 ctaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattct 21633832  T
Q  636 acaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattga 735  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21633833 acaacaatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaaatgcatcggataagtggtcattga 21633932  T
Q  736 ctaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  21633933 ctaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagataagctgtcgctaac 21633980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 339 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 26060133 - 26059686
Alignment:
Q  339 tgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctata 438  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||        ||||| || ||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||| ||||||||    
T  26060133 tgtcgctaactaaacaaactatgataaccgatatttataaaaaattggtcttgctaaaatgttcctgttgtttataatgtcacctcacttcgattctata 26060034  T
Q  439 atgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnn---taaaatacacgggataaattatcattga 535  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||          |||||||||||||||||||||||| |||    
T  26060033 atgatattgacccctcataaactaaaatgcacgggataaatgaacattgactaaactttgagaaaaataaaataaaatacacgggataaattatcaatga 26059934  T
Q  536 ctaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattct 635  Q
    |||| |||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26059933 ctaaactaaccttgatttacacaataagttgtcctttataaaaactgttcctgctaaaacatttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattct 26059834  T
Q  636 acaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattga 735  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26059833 acaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaaatgcatcggataagtggtcattga 26059734  T
Q  736 ctaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  26059733 ctaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagacaagttgtcgctaac 26059686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 392 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 26060952 - 26060559
Alignment:
Q  392 ctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgacta 491  Q
    |||||| ||||||| ||||||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  26060952 ctaaaacgttcatgctatttataatatcacctcacttcaaatctataatgatattgaaccctcataaactaatatgcacgggataaatgaacattgacta 26060853  T
Q  492 aactttcagnnnnnnn--taaaatacacgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgt 589  Q
    |||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||| ||||| ||     
T  26060852 aactttcagaaaataaaataaaatacacgggataaattatcattgactaaactaaccttgatttacacaataagttgtcctttataaaaactgttcatgc 26060753  T
Q  590 taaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaa 689  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26060752 taaaacatttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgcacaggataaacagagattgaa 26060653  T
Q  690 taaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgactaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  26060652 taaaatttcgtagaaaactgaaatgcatcggataagtggtcattgactaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagagaagttgtcgctaac 26060559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 339 - 785
Target Start/End: Original strand, 4358032 - 4358479
Alignment:
Q  339 tgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctata 438  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||        ||||| || ||||||||||| | || ||||| |||| |||||||||| ||||||||    
T  4358032 tgtcgctaactaaacaaactatgataaccgatatttataaaaaattggtcttgctaaaatgttcctattgtttataatgtcacctcacttcgattctata 4358131  T
Q  439 atgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnn---taaaatacacgggataaattatcattga 535  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||          |||||||||||||||||||||||| |||    
T  4358132 atgatattgacccctcataaactaaaatgcacgggataaacgaacattgactaaactttgagaaaaataaaataaaatacacgggataaattatcaatga 4358231  T
Q  536 ctaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattct 635  Q
    |||| |||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4358232 ctaaactaaccttgatttacacaataagttgtcctttataaaaactgttcctgctaaaacatttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattct 4358331  T
Q  636 acaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattga 735  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4358332 acaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggttaaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaaatgcatcggataagtggtcattga 4358431  T
Q  736 ctaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  4358432 ctaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagacaagttgtcgctaac 4358479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 392 - 785
Target Start/End: Original strand, 4357213 - 4357606
Alignment:
Q  392 ctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgacta 491  Q
    |||||| ||||||| ||||||| || | || ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  4357213 ctaaaacgttcatgctatttataatatcacatcacttcaaatctataatgatattgaaccctcataaactaatatgcatgggataaatgaacattgacta 4357312  T
Q  492 aactttcagnnnnnnn--taaaatacacgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgt 589  Q
    |||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||| ||||| ||     
T  4357313 aactttcagaaaataaaataaaatacacgggataaattatcattgactaaactaaccttgatttacacaataagttgtcctttataaaaactgttcatgc 4357412  T
Q  590 taaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaa 689  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4357413 taaaacatttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgcacaggataaacagagattgaa 4357512  T
Q  690 taaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgactaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||||    
T  4357513 taaaatttcgtagaaaactgaaatgcatcggataagtggtcattgactaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacaagagaagttgtcgctaac 4357606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 10 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 43714571 - 43714344
Alignment:
Q  10 catcgtttgtcggtgccgtctcaaacccttttgtcatatgtcaattcagaagtgtgataaagaatttaatttcaataagtagcggatgaatcaaaattat 109  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43714571 catcgtttgtcggtgccgtc-caaacccttttgtcatatgtcaattcagaagtgtgataaagaatttaatttcaataagtagcggatgaatcgaaattat 43714473  T
Q  110 tttaatcagcttgaaatcaattccgtcggcaaagggcggtggtttagtggttgtggctgccattggaggagaagatatgatattacagtaaaagggaata 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43714472 tttaatcagcttgaaatcaattccggcggcaaagggcggtggtttagtggttgtggctgccattggaggagaagatatgatattacagtaaaagggaata 43714373  T
Q  210 caaacgtgattgaagaaagagaaaatagc 238  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43714372 caaacgtgattgaagaaagagaaaatagc 43714344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 339 - 785
Target Start/End: Original strand, 21633971 - 21634418
Alignment:
Q  339 tgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctata 438  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||        ||||| || ||||||||||  |||| ||||| |||| |||||||||| ||||||||    
T  21633971 tgtcgctaactaaacaaactatgataaccgatatttataaaaaattggtcttactaaaatgttactgttgtttataatgtcacctcacttcgattctata 21634070  T
Q  439 atgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnn---taaaatacacgggataaattatcattga 535  Q
    || ||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||| ||          |||| |||||| |||||||||||| |||    
T  21634071 ataatattgacccctcataaactaaaatgcacgcgataaatgaacattgactaaactttgagaaaaataaaataaagtacacgagataaattatcaatga 21634170  T
Q  536 ctaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattct 635  Q
    |||| |||||||| |||||| | | |||||||||| |||||||| |||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21634171 ctaaactaaccttgatttacgcaataagttgtcctttataaaaactgttactgctaaaacatttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattct 21634270  T
Q  636 acaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattga 735  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  21634271 acaacgatattgaacacttattaactaaaatgctcaggataaacagagattaaataaaatttcgtagataactaaaatgcatcggataagtggtcattga 21634370  T
Q  736 ctaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||    
T  21634371 ctaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagacaagttgtcactaac 21634418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 508 - 785
Target Start/End: Original strand, 21633280 - 21633555
Alignment:
Q  508 taaaatacacgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatt 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | ||| |||||| |||||||  ||||| || |||||| |||||||||||    
T  21633280 taaaatacacgggataaattatcattgactaaactaaccttgatttacacaataagctgtcctttataaaatctgttcatgctaaaacatttaaactatt 21633379  T
Q  608 tataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataat 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  21633380 tataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagaaaac 21633479  T
Q  708 tgaaatgcatcggataagtggccattgactaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  21633480 tgaaatgcatcggataagtggtcattgactaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagacaagttgtcgctaac 21633555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 337 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 26059697 - 26059412
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattcta 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        |||||||| ||||||||||           | |||| |||||||||||||||||    
T  26059697 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttataaaaaattggttttgctaaaatgtt-----------tcatgtcacctcacttcaattcta 26059609  T
Q  437 taatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaatacacgggataaattatcattgac 536  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||        |||||||||  |||| |||||||||||     
T  26059608 taatgatattgaaccctcataaactaaaatgcacgggataaatgaacattgactaatctttcagaaaaaaaaaaaatacacaagatatattatcattgag 26059509  T
Q  537 taagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaatt 633  Q
    ||| ||||| || |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26059508 taaactaactttgatttacacaacaagttgtcctttataaaaattgttcatgctaaaacatttaaactatttataatatcatcacctcaattcaatt 26059412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 123; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 337 - 633
Target Start/End: Original strand, 4358468 - 4358754
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattcta 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        |||||||| ||||||||||           | ||||||||||||||||||||||    
T  4358468 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttataaaatattggttttgctaaaatgtt-----------tcatgttacctcacttcaattcta 4358556  T
Q  437 taatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaa-tacacgggataaattatcattga 535  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||  ||||||        |||| |||||  |||| |||||||||||    
T  4358557 taatgatattgaaccctcataaactaaaatgcacgggataaatgaacattgactaatatttcagaaggaaaaaaaaatacacaagatatattatcattga 4358656  T
Q  536 ctaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaatt 633  Q
    |||| ||||| || |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4358657 ctaaactaactttgatttacacaacaagttgtcctttataaaaattgttcatgctaaaacatttaaactatttataatatcatcacctcaattcaatt 4358754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 415 - 633
Target Start/End: Original strand, 21634474 - 21634696
Alignment:
Q  415 atgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaa-- 512  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||       |||||      
T  21634474 atgtcacctcacttcaattctataatgatattgaaccctagtgaactaaaatgcatgggataaatgaacattgactaatctttcagaaaaaaataaaaaa 21634573  T
Q  513 --tacacgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttat 610  Q
      |||||  |||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| || |||||| |||||||| |||||    
T  21634574 aatacacaagatatattatcattgactaaactaactttgatttacacaacaagttgtcctttataataattgttcatgctaaaacatttaaactgtttat 21634673  T
Q  611 aacatcatcacctcaattcaatt 633  Q
    || |||||||||||| |||||||    
T  21634674 aatatcatcacctcagttcaatt 21634696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 392 - 500
Target Start/End: Original strand, 21632779 - 21632887
Alignment:
Q  392 ctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgacta 491  Q
    |||||| ||||||| ||||||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  21632779 ctaaaacgttcatgctatttataatatcacctcacttcaaatctataatgatattgaaccctcataaactaatatgcacgggataaatgaacattgacta 21632878  T
Q  492 aactttcag 500  Q
    |||||||||    
T  21632879 aactttcag 21632887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 408 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 36523411 - 36523345
Alignment:
Q  408 atttatgatgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacggga 474  Q
    ||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||    
T  36523411 atttatgatatcatctcacttcaattctataatgatattgaactctcataaactaaaacgcacggga 36523345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 575 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 36523679 - 36523587
Alignment:
Q  575 aaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatg 667  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||| || |||  |||  ||||||||||||| ||  ||||| | |||||||||||| |||||    
T  36523679 aaaaattgttcctcctaaaacgtttaaactatttagaatatctccactccaattcaattctaaaattatattcagcacttatcaactaaaatg 36523587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 337 - 374
Target Start/End: Original strand, 21634407 - 21634444
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatattt 374  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21634407 gttgtcactaactaaactaactttgataaacgatattt 21634444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 337 - 785
Target Start/End: Original strand, 34996908 - 34997353
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattcta 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  34996908 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttagaaaaaattggttttgctaaaatgttcctgttgtttatgatgtcacctcacttcaattcta 34997007  T
Q  437 taatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaatacacgggataaattatcattgac 536  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34997008 taatgatattgaaccctcataaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagaaaaaa-taaaatacacgggataaattatcattgac 34997106  T
Q  537 taagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattcta 636  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34997107 taagctaaccttcatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacttttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattcta 34997206  T
Q  637 caacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgac 736  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  34997207 caacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattaaataaaatttcgtagataactgaaatgcatcggataagtggtcattgac 34997306  T
Q  737 taaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  34997307 taaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagataagctgtcgctaac 34997353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 337 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 20400762 - 20400315
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaact-aactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattct 435  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||        |||||||| |||||| |||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  20400762 gttgtcgctgactaaacttaactttgataaacaatatttagaaaaaattggttttgctaaaacgttcctgttgtttatgatgtcacctcacttcaattct 20400663  T
Q  436 ataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaatacacgggataaattatcattga 535  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20400662 ataatgatattgaaccctcataaagtaaaatgcacgggagaaacgaacatttactaaactttcagaaaaaaataaaatacacgggataaattatcattga 20400563  T
Q  536 ctaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattct 635  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20400562 ctaagctaacctttatttacacgataagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattct 20400463  T
Q  636 acaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattga 735  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20400462 acaatgatattgaacacttatcaacttaaatgcacatgataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaaatgcatcggataagtggtcattga 20400363  T
Q  736 ctaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  20400362 ctaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagacaagttgtcgctaac 20400315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 392 - 785
Target Start/End: Original strand, 34996525 - 34996919
Alignment:
Q  392 ctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgacta 491  Q
    |||||| ||||||| ||||||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  34996525 ctaaaacgttcatgctatttataatatcacctcacttcaaatctataatgatattgaaccctcataaactaatatgcacgggataaatgaacattgacta 34996624  T
Q  492 aactttcagnnnnnnnta---aaatacacgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctg 588  Q
    |||||||||        |   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||| ||||| ||    
T  34996625 aactttcagaaaataaaataaaaatacacgggataaattatcattgactaaactaaccttgatttacacaataagttgtcctttataaaaactgttcatg 34996724  T
Q  589 ttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattga 688  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  34996725 ctaaaacatttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactagaatgcacaggataaacagagattga 34996824  T
Q  689 ataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgactaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  34996825 ataaaatttcgtagaaaactgaaatgcatcggataagtggtcattggctaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagagaagttgtcgctaac 34996919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 392 - 782
Target Start/End: Complemental strand, 20401144 - 20400754
Alignment:
Q  392 ctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgacta 491  Q
    |||||| ||||||| ||||||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||    
T  20401144 ctaaaacgttcatgctatttataatatcacctcacttcaaatctataatgatattgaaccctcataaactaatatgcacgggataaatgaacattcacta 20401045  T
Q  492 aactttcagnnnnnnn--taaaatacacgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgt 589  Q
    |||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| | || ||||||| |||||||| ||||| ||     
T  20401044 aactttcagaaaataaaataaaatacacgggataaattatcattgactaaactatccttgatttacacaataaattgtcctttataaaaactgttcatgc 20400945  T
Q  590 taaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaa 689  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||    
T  20400944 taaaacatttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatacacaggataaatagagattgaa 20400845  T
Q  690 taaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgactaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgct 782  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  20400844 taaaatttcgtagaaaactgaaatgcatcggataagtggtcattgactaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagagaagttgtcgct 20400754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 508 - 785
Target Start/End: Original strand, 17842854 - 17843129
Alignment:
Q  508 taaaatacacgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatt 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17842854 taaaatacacgggataaattatcattgactaaactaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatt 17842953  T
Q  608 tataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataat 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  17842954 tataacatcatcacctcaattcaattttacaatgatattaaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaatacaatttcgtagataac 17843053  T
Q  708 tgaaatgcatcggataagtggccattgactaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    |||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  17843054 tgaaatacatcggataagtggtcattaactaaaatttc-aaaagtaaaataaatg-cacgagacaagttgtcgctaac 17843129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 339 - 785
Target Start/End: Original strand, 34997344 - 34997792
Alignment:
Q  339 tgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctata 438  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||        |||||  | |||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||| |||||||     
T  34997344 tgtcgctaactaaacaaactatgataaccgatatttataaaaaattggtcatgctaaaatgttcatgttgtttataatgtcacctcacttcgattctatg 34997443  T
Q  439 atgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaa----aatacacgggataaattatcattg 534  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||| ||        ||    |||||||| |||||||||||| ||    
T  34997444 atgatattgacccctcataaactaaaatgcacggaataaatgaacattgactaaactttgagaaaaataaaatcaaaatacacgtgataaattatcaatg 34997543  T
Q  535 actaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattc 634  Q
    ||||| |||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||| ||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34997544 actaaactaaccttgatttacacaataagttgtcctttataaaaactgttcatgctaaaacatttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattc 34997643  T
Q  635 tacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattg 734  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||| |||||    
T  34997644 tacaacgatattggacacttatcaactaaaatgctcaggataaacagagattgaataaaatttcgttaataactgaaatggatcggataagtggtcattg 34997743  T
Q  735 actaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  34997744 attaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagataagttgtcgctaac 34997792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 337 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 20400326 - 20400041
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattcta 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        |||||||| ||||||||||           | |||| |||||||||||||||||    
T  20400326 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttataaaaaattggttttgctaaaatgtt-----------tcatgtcacctcacttcaattcta 20400238  T
Q  437 taatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaatacacgggataaattatcattgac 536  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||        |||||||||  |||| |||||||||||     
T  20400237 taatgatattgaaccctcataaactaaaatgcacgggataaatgaacattgactaatctttcagaagaaaaaaaaatacacaagatatattatcattgag 20400138  T
Q  537 taagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaatt 633  Q
    ||| ||||| || |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||| || |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20400137 taaactaactttgatttacacaacaagttgtcctttataaaaattattcatgctaaaacatttaaactatttataatatcatcacctcaattcaatt 20400041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 337 - 633
Target Start/End: Original strand, 34997781 - 34998066
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattcta 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        |||||||| ||||||||||           | |||| |||||||||||||||||    
T  34997781 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttataaaaaattggttttgctaaaatgtt-----------tcatgtcacctcacttcaattcta 34997869  T
Q  437 taatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaatacacgggataaattatcattgac 536  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||        |||||||||  |||| ||||||||||||    
T  34997870 taatgatattgaaccctcataaactaaaatgcacgggataaatgaacattgactaatctttcagaaagaaaaaaaatacacaagatatattatcattgac 34997969  T
Q  537 taagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaatt 633  Q
    ||| ||||| || |||||||| |||||||||||| |||||||||||||  || |||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34997970 taaactaactttgatttacacaacaagttgtcctttataaaaattgtttatgctaaaatatttaaactatttataatatcatcacctcaattcaatt 34998066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 415 - 633
Target Start/End: Original strand, 17843185 - 17843402
Alignment:
Q  415 atgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaata 514  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||        ||||||    
T  17843185 atgtcacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcataaactaaaatacacgggataaatgaacattgactaatctttcagaagaaaa-aaaata 17843283  T
Q  515 cacgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataaca 614  Q
    |||  |||| ||||||||||||||| || || || |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| |    
T  17843284 cacaagatatattatcattgactaaacttactttgatttacacaacaagttgtcctttataaaaattgttcatgctaaaacatttaaactatttataata 17843383  T
Q  615 tcatcacctcaattcaatt 633  Q
    |||||||||||||||||||    
T  17843384 tcatcacctcaattcaatt 17843402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 426 - 474
Target Start/End: Original strand, 13549967 - 13550015
Alignment:
Q  426 cttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacggga 474  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13549967 cttcaattctaaaatgatattgaaccctcataaactaaaatgcacggga 13550015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 337 - 374
Target Start/End: Original strand, 17843118 - 17843155
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatattt 374  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17843118 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatattt 17843155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 333; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 337 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 46365335 - 46364888
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattcta 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  46365335 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttagaaaaaattggttttgctaaaatgttcctgttgtttatgatgtcacctcacttcaattcta 46365236  T
Q  437 taatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaa-tacacgggataaattatcattga 535  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||        |||| |||||||||||||||||||||||    
T  46365235 taatgatattgaaccctcataaactaaaatgcacgggagaaacgaacatttactaaactttcagaaagaaaaaaaaatacacgggataaattatcattga 46365136  T
Q  536 ctaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattct 635  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46365135 ctaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattct 46365036  T
Q  636 acaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattga 735  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  46365035 acaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaattttgtagataactgaaatgcatcggataagtggtcattga 46364936  T
Q  736 ctaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  46364935 ctaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagataagctgtcgctaac 46364888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 339 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 46364897 - 46364450
Alignment:
Q  339 tgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctata 438  Q
    ||||||||||||||| |||  |||||||| ||||||        ||||| || ||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||| ||||||||    
T  46364897 tgtcgctaactaaacaaaccatgataaacgatatttataaaaaattggtcttgctaaaatgttcctgttgtttataatgtcacctcacttcgattctata 46364798  T
Q  439 atgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnn---taaaatacacgggataaattatcattga 535  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||          |||||||||||||||||||||||| |||    
T  46364797 atgatattgacccctcataaactaaaatgcacgggataaatgaacattgactaaactttgagaaaaataaaataaaatacacgggataaattatcaatga 46364698  T
Q  536 ctaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattct 635  Q
    |||| |||||||| |||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46364697 ctaaactaaccttgatttacacaataagttgtcctttataaaaattgttcctgctaaaacatttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattct 46364598  T
Q  636 acaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattga 735  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  46364597 acaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacatagattgaataaaatttcgtagataactgaaatgcatcggataagtggtcattga 46364498  T
Q  736 ctaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  46364497 ctaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagacaagttgtcgctaac 46364450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 392 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 46365717 - 46365324
Alignment:
Q  392 ctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgacta 491  Q
    |||||| ||||||| ||||||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  46365717 ctaaaacgttcatgctatttataatatcacctcacttcaaatctataatgatattgaaccctcataaactaatatgcacgggataaatgaacattgacta 46365618  T
Q  492 aactttcagnnnnnnn--taaaatacacgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgt 589  Q
    |||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||| ||||| ||     
T  46365617 aactttcagaaaataaaataaaatacacgggataaattatcattgactaaactaaccttgatttacacaataagttgtcctttataaaaactgttcatgc 46365518  T
Q  590 taaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaa 689  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  46365517 taaaacatttaaactatttataacatcatcatctcaattcaattctccaacgatattgaacacttatcaactaaaatgcacaggataaacagagattgaa 46365418  T
Q  690 taaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgactaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  46365417 taaaatttcgtagaaaactgaaatgcatcagataagtggtcattgactaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagagaagttgtcgctaac 46365324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 337 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 46364461 - 46364175
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattcta 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        |||||||| ||||||||||           | |||| ||||| |||||||||||    
T  46364461 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttataaaaaattggttttgctaaaatgtt-----------tcatgtcacctcgcttcaattcta 46364373  T
Q  437 taatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaa-tacacgggataaattatcattga 535  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||        |||| |||||  |||| |||||||||||    
T  46364372 taatgatattgaaccctgataaattaaaatgcacgggataaatgaacattgactaatctttcagaagaagaaaaaaatacacaagatatattatcattga 46364273  T
Q  536 ctaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaatt 633  Q
     ||| ||||| ||  ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  46364272 gtaaactaactttggtttacacaacaagttgtcctttataaaaattgttcatgctaaaacatttaaactatttataatatcatcacctcaatttaatt 46364175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 409 - 548
Target Start/End: Original strand, 44885611 - 44885750
Alignment:
Q  409 tttatgatgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnnt 508  Q
    ||||| |||| ||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||| ||| || || |||||||||||| |        |    
T  44885611 tttataatgtcaccacacttcaattatataatgatattcaaccctcataaaataacatgcacgggataaatgagcactgactaaacttttataaataaat 44885710  T
Q  509 aaaatacacgggataaattatcattgactaagctaacctt 548  Q
     ||||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  44885711 caaatacatgggataagttatcattgacgaaactaacctt 44885750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 332; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 337 - 785
Target Start/End: Original strand, 37086374 - 37086820
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattcta 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  37086374 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttagaaaaaattggttttgctaaaatgttcttgttgtttatgatgtcacctcacttcaattcta 37086473  T
Q  437 taatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaatacacgggataaattatcattgac 536  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37086474 taatgatattgaaccctcataaactaaaatgcacgagagaaacgaacattgactaaactttcagaaaaaaataaaatacacgggataaattatcattgac 37086573  T
Q  537 taagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattcta 636  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37086574 taagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgtttctgttaaaacgtttaaagtatttataacatcatcacctcaattcaattcta 37086673  T
Q  637 caacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgac 736  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||    
T  37086674 caacgataatgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaaatgcattggataagtggtcattgac 37086773  T
Q  737 taaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  37086774 taaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagataagctgtcgctaac 37086820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 337 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 36032892 - 36032447
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattcta 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||| |||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||    
T  36032892 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttagaaaaaattggttttgctaaaatgttcatgttgtttatgatgccacctcactttaattcta 36032793  T
Q  437 taatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaatacacgggataaattatcattgac 536  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36032792 taatgatattgaaccctcataaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagaaaaaaataaaatacacgggataaattatcattgac 36032693  T
Q  537 taagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattcta 636  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  36032692 taagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttc-tgttaaaatgtttaaactatttataacatcaccacctcaattcgattcta 36032594  T
Q  637 caacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgac 736  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  36032593 caacgatattgcacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaaatgcatcagataagtggtcattgac 36032494  T
Q  737 taaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  36032493 taaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagataagctgtcgctaac 36032447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 339 - 785
Target Start/End: Original strand, 37086811 - 37087258
Alignment:
Q  339 tgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctata 438  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||        ||||| || |||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||| ||||||||    
T  37086811 tgtcgctaactaaacaaactatgataaccgatatttataaaaaattggtcttgctaaaatgttcatgttgtttataatgtcacctcacttcgattctata 37086910  T
Q  439 atgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnn---taaaatacacgggataaattatcattga 535  Q
    |||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| ||          ||||||||| |||||||||||||| |||    
T  37086911 atgatactgacccctcataaactaaaatgcacaggataaatgaacattgactaaactttgagaaaaataaaataaaatacatgggataaattatcaatga 37087010  T
Q  536 ctaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattct 635  Q
    |||| ||||| || |||| ||| | |||||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37087011 ctaaactaacattgatttgcacaataagttgtcctttataaaaactgttcctgctaaaacatttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattct 37087110  T
Q  636 acaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattga 735  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37087111 acaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcgggataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaaatgcatcggataagtggtcattga 37087210  T
Q  736 ctaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  37087211 ctaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagataagttgtcgctaac 37087258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 339 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 36032456 - 36032009
Alignment:
Q  339 tgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctata 438  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||        ||||| || ||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||  ||||||||    
T  36032456 tgtcgctaactaaacaaactatgataaccgatatttataaaaaattggtcttgctaaaatgttcctgttgtttataatgtcacctcactttgattctata 36032357  T
Q  439 atgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnn---taaaatacacgggataaattatcattga 535  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||          ||||||||| |||||||||||||| |||    
T  36032356 atgatattgacccctcataaactaaaatgcacgggataaatgaacattgactaaactttgagaaaaataaaataaaatacaagggataaattatcaatga 36032257  T
Q  536 ctaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattct 635  Q
    |||| |||||||| |||||||| | | |||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36032256 ctaaactaaccttgatttacacaataggttgtcctttataaaaactgttcctgctaaaacatttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattct 36032157  T
Q  636 acaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattga 735  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  36032156 acaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaagataaacagagattgaataaaatttcatagataactgaaatgcatcggataagtggtcattga 36032057  T
Q  736 ctaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  36032056 ctaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagacaagttgtcgctaac 36032009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 392 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 36033274 - 36032881
Alignment:
Q  392 ctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgacta 491  Q
    |||||| ||||||| ||||||| |  | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||  |||||||||||    
T  36033274 ctaaaacgttcatgctatttataacatcacctcacttcaaatctataatgatattgaaccctcataaactaatatgcacgggataaataaacattgacta 36033175  T
Q  492 aactttcagnnnnnnn--taaaatacacgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgt 589  Q
    |||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||| ||||| ||     
T  36033174 aactttcagaaaataaaataaaatacacgggataaattatcattgactaaactaaccttgatttacacaataagttgtcctttataaaaactgttcatgc 36033075  T
Q  590 taaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaa 689  Q
    |||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  36033074 taaaatatttaaattatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacactgatcaactaaaatgcacaggataaacagagattgaa 36032975  T
Q  690 taaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgactaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    |||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  36032974 taaaatttcgcagaaaactgaaatgcatcggataagtggtcattaactaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagagaagttgtcgctaac 36032881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 392 - 785
Target Start/End: Original strand, 37085992 - 37086385
Alignment:
Q  392 ctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgacta 491  Q
    |||||| ||||||| ||||||| || | || ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  37085992 ctaaaacgttcatgctatttataatatcacttcacttcaaatctataatgatattgaaccctcataaactaatatgcacgggataaatgaacattgacta 37086091  T
Q  492 aactttcagnnnnnnn--taaaatacacgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgt 589  Q
    |||||||||         ||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| | ||||| |||| |||||||| ||||| ||     
T  37086092 aactttcagaaaataaaataaaatatacaggataaattatcattgactaaactaacattgatttacacaataagttatcctttataaaaactgttcatgc 37086191  T
Q  590 taaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaa 689  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37086192 taaaacatttaaactatttataacatcatcacctcaattccattctacagcgatattgaacacttatcaactaaaatgcacaggataaacagagattgaa 37086291  T
Q  690 taaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgactaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  37086292 taaaatttcgtagaaaactgaaatgcatcggataagtggtcattgactaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagagaagttgtcgctaac 37086385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 598 - 785
Target Start/End: Original strand, 18122190 - 18122375
Alignment:
Q  598 ttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaattt 697  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  18122190 ttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggttaaacagagattgaataaaattt 18122289  T
Q  698 cgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgactaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  18122290 cgtagataactgaaatgcatcggataagtggtcattgactaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagacaagttgtcgctaac 18122375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 337 - 633
Target Start/End: Original strand, 18122364 - 18122650
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattcta 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        |||||||| ||||||||||           | ||||||||||||||||||||||    
T  18122364 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttataaaatattggttttgctaaaatgtt-----------tcatgttacctcacttcaattcta 18122452  T
Q  437 taatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaa-tacacgggataaattatcattga 535  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||  ||||||        |||| |||||  |||| |||||||||||    
T  18122453 taatgatattgaaccctcataaactaaaatgcacgggataaatgaacattgactaatatttcagaaggaaaaaaaaatacacaagatatattatcattga 18122552  T
Q  536 ctaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaatt 633  Q
    |||| ||||| || |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18122553 ctaaactaactttgatttacacaacaagttgtcctttataaaaattgttcatgctaaaacatttaaactatttataatatcatcacctcaattcaatt 18122650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 337 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 36032020 - 36031732
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattcta 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        |||||||| ||||||||||           | |||| |||||||||||||||||    
T  36032020 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttataaaaaattggttttgctaaaatgtt-----------tcatgtcacctcacttcaattcta 36031932  T
Q  437 taatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnn---taaaatacacgggataaattatcatt 533  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||          ||||||||||  |||| |||||||||    
T  36031931 taatgatattgaaccctcataaactaaaatccacgggataaatgaacattgactaatctttcagaaaaataaaataaaatacacaagatatattatcatt 36031832  T
Q  534 gactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaatt 633  Q
    |||||| ||||| || |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  36031831 gactaaactaactttgatttacacaacaagttgtcctttataaaaattgttcatgctaaaacatttaaactgtttataatatcatcacctcaattcaatt 36031732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 415 - 633
Target Start/End: Original strand, 37087307 - 37087528
Alignment:
Q  415 atgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaa-- 512  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||        ||||      
T  37087307 atgtcacctcacttcaattctataatgatattgaacccttataaactaaaatgcacgggataaatgaacattgactaatctttcagaaaagaaaaaaaaa 37087406  T
Q  513 -tacacgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttata 611  Q
     |||||  |||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||    
T  37087407 atacacaagatatattatcattgactaaactaactttgatttacacaacaagttgtcctttataaaaattgttcatgctaaaacatttaaactatttata 37087506  T
Q  612 acatcatcacctcaattcaatt 633  Q
    | ||||||||||||||||||||    
T  37087507 atatcatcacctcaattcaatt 37087528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 337 - 374
Target Start/End: Original strand, 37087247 - 37087284
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatattt 374  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37087247 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatattt 37087284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 30)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 339 - 785
Target Start/End: Original strand, 37397861 - 37398305
Alignment:
Q  339 tgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctata 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||| ||||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37397861 tgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttagaaaaaattggttttgctaaaatattcctgttgtttatgatgtcacctcacttcaattctata 37397960  T
Q  439 atgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaatacacgggataaattatcattgacta 538  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37397961 atgatattgaaccctcataaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagaaaaaaataaaatacacgagataaattatcattgacta 37398060  T
Q  539 agctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctaca 638  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37398061 aactaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctaca 37398160  T
Q  639 acgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgacta 738  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37398161 acgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaagataaacagagattgaattaaatttcgtagataactgaaatgcatcggataagtggtcattgacta 37398260  T
Q  739 aaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  37398261 aaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagataagctgtcgctaac 37398305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 337 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 4291996 - 4291550
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattcta 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  4291996 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttagaaaaaattggttttgctaaaatgttcctgttgtttatgatgtcacctcacttcaattcta 4291897  T
Q  437 taatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaatacacgggataaattatcattgac 536  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4291896 taatgatattgaaccctcataaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagaaaaaaataaaatatacgggataaattatcattgac 4291797  T
Q  537 taagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattcta 636  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4291796 taagctaacatttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcttgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattcta 4291697  T
Q  637 caacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgac 736  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||     
T  4291696 caacgatattgcacacttatcaacttaaatgcacagaataaacatatattgaataaaatttcgtagataactgaaatgcatcggataagtggtcattgag 4291597  T
Q  737 taaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  4291596 taaaatttc-aaaagtaacataaatg-gacgagataagttgtcgctaac 4291550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 415 - 785
Target Start/End: Original strand, 41777682 - 41778050
Alignment:
Q  415 atgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaata 514  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||    
T  41777682 atgtcacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcataaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagaaaaaaataaaata 41777781  T
Q  515 cacgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataaca 614  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41777782 cacgggataaattatcattaactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataaca 41777881  T
Q  615 tcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatg 714  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  41777882 tcatcacctcaattcaattctacaacaatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaaatg 41777981  T
Q  715 catcggataagtggccattgactaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  41777982 catcggataagtggtcattgactaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagataagctgtcgctaac 41778050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 339 - 785
Target Start/End: Original strand, 37398296 - 37398743
Alignment:
Q  339 tgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctata 438  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||        ||||| || ||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||| ||||||||    
T  37398296 tgtcgctaactaaacaaactgtgataaccgatatttataaaaaattggtcttgctaaaatgttcctgttgtttataatgtcacctcacttcgattctata 37398395  T
Q  439 atgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnn---taaaatacacgggataaattatcattga 535  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||          |||||||||||||||||||||||| |||    
T  37398396 atgatattgacccctcataaactaaaatgcacgggataaatgaacattgactaaactttgagaaaaataaaataaaatacacgggataaattatcaatga 37398495  T
Q  536 ctaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattct 635  Q
    |||| |||||||| |||||||| | |||||||||| ||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37398496 ctaaactaaccttgatttacacaataagttgtcctttataaaaacagttcctgctaaaacatttaaactatttataacatcatcacctcgattcaattct 37398595  T
Q  636 acaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattga 735  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37398596 acaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaaatgcatcggataagtggtcattga 37398695  T
Q  736 ctaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  37398696 ctaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagacaagttgtcgctaac 37398743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 337 - 763
Target Start/End: Complemental strand, 4291561 - 4291133
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattcta 436  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||        ||||| || ||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||| ||||||    
T  4291561 gttgtcgctaactaaacaaactatgataatcgatatttataaaaaattggtcttgctaaaatgttcctgttgtttataatgtcacctcacttcgattcta 4291462  T
Q  437 taatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnn---taaaatacacgggataaattatcatt 533  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||          |||||||||||||||||||||||| |    
T  4291461 taatgatattgacccctcataaactaaaatgcacgggataaatgaacattgactaaactttgagaaaaataaaataaaatacacgggataaattatcaat 4291362  T
Q  534 gactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaatt 633  Q
    |||||| |||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4291361 gactaaactaaccttgatttacacaataagttgtcctttataaaaaatgttcctgctaaaacatttaaactatttataacatcatcacctcaattcaatt 4291262  T
Q  634 ctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccatt 733  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||     
T  4291261 ctacaacgatattgaacacttattaactaaaatgctcaagataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaaatgcatcggataagtggtcatg 4291162  T
Q  734 gactaaaatttcaaaaagtaacataaatgc 763  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4291161 gactaaaatttc-aaaagtaacataaatgc 4291133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 337 - 785
Target Start/End: Original strand, 50987907 - 50988356
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattcta 436  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||        |||||  | ||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||| ||||||    
T  50987907 gttgtcgctaactaaacaaactatgataaccgatatttataaaaaattggtcatgctaaaatgttcctgttgtttataatgtcacctcacttcgattcta 50988006  T
Q  437 taatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnn---taaaatacacgggataaattatcatt 533  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||| ||          |||||||||||||||||||||||| |    
T  50988007 taatgatattgacccctcttaaactaaaatgcacgtgataaatgaacattgactaaactttgagaaaaataaaataaaatacacgggataaattatcaat 50988106  T
Q  534 gactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaatt 633  Q
    |||||| ||||| || |||||||| | |||||||||| | |||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50988107 gactaaactaacattgatttacacaataagttgtcctttgtaaaaactgttcctgctaaaacatttaaactatttataacatcatcacctcaattcaatt 50988206  T
Q  634 ctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccatt 733  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  50988207 ctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaagataaacagagattgaataaaatttcgtagataactgaaatgcatcggataagtggtcatt 50988306  T
Q  734 gactaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  50988307 gactaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagacaagttgtcgctaac 50988356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 339 - 785
Target Start/End: Original strand, 41778041 - 41778488
Alignment:
Q  339 tgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctata 438  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||        ||||| || || |||||||| |||| ||||| |||| |||||||||| ||| ||||    
T  41778041 tgtcgctaactaaacaaactatgataaccgatatttataaaaaattggtcttactgaaatgttcctgttgtttataatgtcacctcacttcgattatata 41778140  T
Q  439 atgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaa---aatacacgggataaattatcattga 535  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||        ||   ||||||||||||||||||||| |||    
T  41778141 atgatattgacccctcataaactaaaatgcacgggataaatgaacattgactaaactttgagaaaaatcaaatcaaatacacgggataaattatcaatga 41778240  T
Q  536 ctaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattct 635  Q
    |||| |||||||| |||||| | | |||||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41778241 ctaaactaaccttgatttacgcaataagttgtcctttataaaaactgttcctggtaaaacatttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattct 41778340  T
Q  636 acaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattga 735  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  41778341 acaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacagaggttgaataaaatttcgtagataactgaaatgcatcggataagtggtcattga 41778440  T
Q  736 ctaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  41778441 ctaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagacaagttgtcgctaac 41778488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 392 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 4292378 - 4291985
Alignment:
Q  392 ctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgacta 491  Q
    |||||| ||||||| ||||||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  4292378 ctaaaacgttcatgctatttataatatcacctcacttcaaatctataatgatattgaaccctcataaactaatatgcacgggataaatgaacattgacta 4292279  T
Q  492 aactttcagnnnnnnn--taaaatacacgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgt 589  Q
    |||||| ||         |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| | |||||||||| |||||||| ||||| ||     
T  4292278 aacttttagaaaataaaataaaatacacaggataaattatcattgactaaactaaccttgatttgcacaataagttgtcctttataaaaactgttcatgc 4292179  T
Q  590 taaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaa 689  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4292178 taaaacatttaaattatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttataaactaaaatgcacaggataaacagagattgaa 4292079  T
Q  690 taaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgactaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  4292078 taaaatttcgtagaaaactgaaatgcatcggataagtggtcattgactaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagagaagttgtcgctaac 4291985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 392 - 785
Target Start/End: Original strand, 33208902 - 33209297
Alignment:
Q  392 ctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgacta 491  Q
    |||||| ||||||| ||||||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  33208902 ctaaaacgttcatgctatttataatatcacctcacttcaaatctataatgatattgaaccctcataaactaatatgcacgggataaatgaacattgacta 33209001  T
Q  492 aactttcagnnnnnnn----taaaatacacgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcct 587  Q
    |||||||||           |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||  | |||||||||| |||||||| ||||| |    
T  33209002 aactttcagaaaatataaaataaaatacacgggataaattatcattcactaaactaaccttgatttacagaataagttgtcctttataaaaactgttcat 33209101  T
Q  588 gttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattg 687  Q
    | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  33209102 gctaaaacatttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctaaaacgatattgaacacttatcaactaaaatgcacaggataaacaaagattg 33209201  T
Q  688 aataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgactaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  33209202 aataaaatttcgtagaaaactgaaatgcatcggataagtggtcattgactaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagagaagttgtcgctaac 33209297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 400 - 785
Target Start/End: Original strand, 37397485 - 37397870
Alignment:
Q  400 ttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttca 499  Q
    |||||| ||||||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  37397485 ttcatgctatttataatatcacctcacttcaaatctataatgatattgaaccctcataaattaatatgcacgggataaatgaacattgactaaactttca 37397584  T
Q  500 gnnnnnnn--taaaatacacgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgt 597  Q
    |         |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||||||||  || |||||  |    
T  37397585 gaaaataaaataaaatacacgggataaattatcattgactaaactaaccttgatttacacaataagttgtcctttataaaaattgtttatgctaaaatat 37397684  T
Q  598 ttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaattt 697  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37397685 ttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatctactaaaatgcacaggataaacagagattgaataaaattt 37397784  T
Q  698 cgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgactaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||| ||||||||||    
T  37397785 cgtagaaaactgaaatgcatcggataagtggtcattgactaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagagaaggtgtcgctaac 37397870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 392 - 763
Target Start/End: Original strand, 41777234 - 41777605
Alignment:
Q  392 ctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgacta 491  Q
    |||||| ||||||| ||||||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  41777234 ctaaaacgttcatgctatttataatatcacctcacttcaaatctataatgatattgaaccct--taaactaatatgcacgggataaatgaacattgacta 41777331  T
Q  492 aactttcagnnnnnnn--taaaatacacgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaat-tgttcctg 588  Q
    |||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | |||||||||| ||||||||  ||||| ||    
T  41777332 aactttcagaaaataaaataaaatacacgggataaattatcattgactaaactaaccttgatttacacaataagttgtcctttataaaaaactgttcatg 41777431  T
Q  589 ttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattga 688  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  41777432 ctaaaacatttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgcacatgataaacagagattga 41777531  T
Q  689 ataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgactaaaatttcaaaaagtaacataaatgc 763  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  41777532 ataaaatttcgtagaaaactgaaatgcatcggataagtggtcattgactaaaatttc-aaaagtaacataaatgc 41777605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 392 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 7716201 - 7715807
Alignment:
Q  392 ctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgacta 491  Q
    |||||| ||||||| ||||||| || | || ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  7716201 ctaaaacgttcatgctatttataatatcacatcacttcaaatctataatgatattgaaccctcataaactaatatgcacgggataaatgaacattgacta 7716102  T
Q  492 aactttcagnnnnnnnta---aaatacacgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctg 588  Q
    |||||||||        |   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| | |||||||||| |||||||| ||||| ||    
T  7716101 aactttcagaaaataaaataaaaatacacgggataaattatcattgactaaactaaccttgattcacacaataagttgtcctttataaaaactgttcatg 7716002  T
Q  589 ttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattga 688  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  7716001 ctaaaacatttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaaagatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacagagattga 7715902  T
Q  689 ataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgactaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  7715901 atacaatttcgtagataactgaaatgaatcggataagtggtcattgactaaaatttc-aaaagtagcataaatg-cacgagacaagttgtcgctaac 7715807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 337 - 636
Target Start/End: Original strand, 33209286 - 33209584
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattcta 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||| ||    
T  33209286 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttagaaaaaattggttttgctaaaatgttcctgttgtttatgatgtcacctcacttcaattata 33209385  T
Q  437 taatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaatacacgggataaattatcattgac 536  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33209386 taatgatattgaaccctcataaactaaaatgcaaaggagaaacgaacattgactaaactttcagaaaaaa-taaaatacacgggataaattatcattgac 33209484  T
Q  537 taagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattcta 636  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33209485 taagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgtcccagttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattcta 33209584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 527 - 785
Target Start/End: Original strand, 50987662 - 50987918
Alignment:
Q  527 tatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaa 626  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50987662 tatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaatttttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaa 50987761  T
Q  627 ttcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagt 726  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||    
T  50987762 ttcaattctacaacgatattgtacacttatcaacttaaatgcacaagataaacagagattgaataaaatttcgtaaataacttaaatgtatcggataagt 50987861  T
Q  727 ggccattgactaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  50987862 ggtcattgactaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagataagttgtcgctaac 50987918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 113; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 415 - 633
Target Start/End: Original strand, 37398800 - 37399020
Alignment:
Q  415 atgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnn--taaaa 512  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| |||         |||||    
T  37398800 atgtcacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcataaactaaaatgcacgggataaatgaacattgactaatcttccagaaaataaaataaaa 37398899  T
Q  513 tacacgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataa 612  Q
    |||||  | || ||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||    
T  37398900 tacacaagctatattatcattgactaaactaactttgatttacacaacaagttgtcctttataaaaattgttcatgctaaaacatttaaactatttataa 37398999  T
Q  613 catcatcacctcaattcaatt 633  Q
     ||||||||||||||||||||    
T  37399000 tatcatcacctcaattcaatt 37399020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 113; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 337 - 633
Target Start/End: Original strand, 41778477 - 41778766
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattcta 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        |||||||| ||||||||||           | |||| |||||||||||||||||    
T  41778477 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttataaaaaattggttttgctaaaatgtt-----------tcatgtcacctcacttcaattcta 41778565  T
Q  437 taatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaa----tacacgggataaattatcat 532  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||        ||||    |||||  |||| ||||||||    
T  41778566 taatgatattggaccctcataaactaaaatgcatgggataaatgaacattgactaatctttcagaaaaagaaaaaaaaaatacacaagatatattatcat 41778665  T
Q  533 tgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaat 632  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41778666 tgactaaactaacttttatttacacaacaagttgtcctttataaaaattgttcatgctaaaacatttaaactatttataatatcatcacctcaattcaat 41778765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 108; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 337 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 7715818 - 7715527
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattcta 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        |||||||| ||||||||||           | |||| |||||||||||||||||    
T  7715818 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttataaaaaattggttttgctaaaatgtt-----------tcatgtcacctcacttcaattcta 7715730  T
Q  437 taatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaa--tacacgggataaattatcattg 534  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||        ||||  |||||  |||| ||||||||||    
T  7715729 taatgatattgaaccctcataaactaaaatgcacgggataaatgaacattgactaatctttcagaaaagaaaaaaaaatacacaagatatattatcattg 7715630  T
Q  535 a----ctaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattca 630  Q
    |    |||| ||||| || |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7715629 attgactaaactaactttgatttacacaacaagttgtcctttataaaaattgttcatgctaaaacatttaaactatttataatatcatcacctcaattca 7715530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 415 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 4291066 - 4290845
Alignment:
Q  415 atgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnn---taaa 511  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||| |||||||          ||||    
T  4291066 atgtcacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcataaactaaaatccacgagataaatgaacattgactaatctttcagaaaaataaaataaa 4290967  T
Q  512 atacacgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttata 611  Q
    |||| |  |||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||    
T  4290966 atacccaagatatattatcattgactaaactaactttgatttacacaacaagttgtcctttataaaaattgttcatgctaaaacatttaaactatttata 4290867  T
Q  612 acatcatcacctcaattcaatt 633  Q
    | ||||||||||||||||||||    
T  4290866 atatcatcacctcaattcaatt 4290845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 337 - 633
Target Start/End: Original strand, 50988345 - 50988633
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattcta 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        |||||||| ||||||||||           | |||| |||||| ||||||||||    
T  50988345 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatatttataaaaaattggttttgctaaaatgtt-----------tcatgtcacctcatttcaattcta 50988433  T
Q  437 taatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnn---taaaatacacgggataaattatcatt 533  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||          ||||||||||  |||| |||||||||    
T  50988434 taatgatattgaaccctcataaattaaaatccacgggataaatgaacatttactaatctttcagaaaaataaaataaaatacacaagatatattatcatt 50988533  T
Q  534 gactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaatt 633  Q
    |||||| ||||| || |||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  50988534 gactaaactaactttgatttacacaacatgttgtcctttataaaaattgttcatgctaaaacatttaaactatttataatatcatcacctcaattcaatt 50988633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 423 - 646
Target Start/End: Original strand, 22521682 - 22521905
Alignment:
Q  423 tcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaatacacgggat 522  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||  |||||  |||||||||||||| ||||||       | ||| ||||  |||    
T  22521682 tcacttcgattatataatgatattgaaccctgataaactaaaatgcacaagagaagtgaacattgactaaaatttcagaaataaatcaaaaacacatgat 22521781  T
Q  523 aaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacc 622  Q
    || || ||||||||||| ||||| || ||||| || |||||||||| | |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  22521782 aagttgtcattgactaaactaactttgatttaaacaacaagttgtcatttataaaaaatgttcctgctaaaatgtttaaactatttaaaatatcatcacc 22521881  T
Q  623 tcaattcaattctacaacgatatt 646  Q
    |||||||||||||| || ||||||    
T  22521882 tcaattcaattctaaaatgatatt 22521905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 425 - 749
Target Start/End: Original strand, 22521260 - 22521584
Alignment:
Q  425 acttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaatacacgggataa 524  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||| |||||| || ||  ||| |||||||||| ||||||       | |||||||||||||||    
T  22521260 acttcaattctataacgatattgaacccttataatctaaattgcacgagataattgaaaattgactaaaatttcagaaataaatcaaatacacgggataa 22521359  T
Q  525 attatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgta-taaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacct 623  Q
     || ||||||||||| |||||||||||||| | || |||||||| | || |||||||||||| || |||||| |||||||||  || ||  | |||||||    
T  22521360 gttgtcattgactaaactaacctttatttataggataagttgtcatttattaaaaattgttcatgctaaaacttttaaacta-ctaaaatgttatcacct 22521458  T
Q  624 caattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggata 723  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||       |||| ||| ||||||   || |||||||| |||||||||||||| |||||||||| | | |    
T  22521459 caattcaattctacaatgatattgaacacttagtttaaaaaatacacgggataagtggacattgaatacaatttcgtagataactgaaatgcatggtaaa 22521558  T
Q  724 agtggccattgactaaaatttcaaaa 749  Q
    | ||| |||| |||||||||| ||||    
T  22521559 aatgggcattcactaaaattttaaaa 22521584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 595 - 763
Target Start/End: Original strand, 22520984 - 22521151
Alignment:
Q  595 cgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaa 694  Q
    |||||||||| |||| || | ||||||||||||| |||| ||||| || || ||||||||||||||  |||| |||  || ||  ||  |||||||||||    
T  22520984 cgtttaaactttttagaatagcatcacctcaatttaattttacaatgaaatcgaacacttatcaacaaaaatacacgagacaagtaggcattgaataaaa 22521083  T
Q  695 tttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgactaaaatttcaaaaagtaacataaatgc 763  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||  | ||||||||| |||||||    
T  22521084 ttttgtagataattgaaatgcattggaaaagtgggcattgactaaaatagc-aaaagtaacgtaaatgc 22521151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 550 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 11159922 - 11159851
Alignment:
Q  550 atttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcac 621  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  11159922 atttacacaacaagttgtcctttataaaaattgttcatgctaaaacatttaaactatttataatatcatcac 11159851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 427 - 499
Target Start/End: Original strand, 22522218 - 22522290
Alignment:
Q  427 ttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttca 499  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| | |||||||| |||||| || ||||||||||||||    
T  22522218 ttcaattctataatgatattgaactctcataaaataacacgcacgggataaacgagcactgactaaactttca 22522290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 627 - 762
Target Start/End: Original strand, 22522000 - 22522132
Alignment:
Q  627 ttcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagt 726  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| ||   ||||  ||| |||||||||||||  |||||||  | |||||||  ||| ||||    
T  22522000 ttcaattctacaatgttattgaacacttatcaactaaaatgtacgacataagtagacattgaataaaatt--gtagatagattaaatgcacgggagaagt 22522097  T
Q  727 ggccattgactaaaatttcaaaaagtaacataaatg 762  Q
     | ||||||||||||||||  |||||||| ||||||    
T  22522098 aggcattgactaaaatttc-taaagtaacgtaaatg 22522132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 617 - 670
Target Start/End: Original strand, 22520500 - 22520553
Alignment:
Q  617 atcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcac 670  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  22520500 atcacctcaattcaattctaaaatgatattcaatacttatcaactaaaatgcac 22520553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 337 - 374
Target Start/End: Original strand, 37398732 - 37398769
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatattt 374  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37398732 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatattt 37398769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 427 - 471
Target Start/End: Original strand, 20202362 - 20202406
Alignment:
Q  427 ttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacg 471  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  20202362 ttcaattctagaatgatattgaaccctcataaactaaaatacacg 20202406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 575 - 676
Target Start/End: Original strand, 30219134 - 30219232
Alignment:
Q  575 aaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacagga 674  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||    ||||| ||| |||| ||||||||  ||||||||| ||||| |||| |||||||| |||    
T  30219134 aaaaattgttcatgttaaaatgtttatactatttagaa---tatcacttcacttcatttctacaattatattgaactcttattaactaaaatgcacggga 30219230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 404 - 470
Target Start/End: Original strand, 22520665 - 22520731
Alignment:
Q  404 tgttatttatgatgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcac 470  Q
    |||||||||| || | ||| | |||||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||||||    
T  22520665 tgttatttataatatcaccccgcttcaattatataacgatattgaacccccataaactaaaatgcac 22520731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0517 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 2)
Name: scaffold0517
Description:

Target: scaffold0517; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 400 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 9729 - 9343
Alignment:
Q  400 ttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttca 499  Q
    |||||| ||||||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  9729 ttcatgctatttataatatcacctcacttcaaatctataatgatattgaaccctcataaactaatatgcacgggataaatgaacattgactaaactttca 9630  T
Q  500 gnnnnnnn--taaaatacacgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaa-cg 596  Q
    |         |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||||||||  || ||||| ||    
T  9629 gaaaataaaataaaatacacgggataaattatcattgactaaactaaccttgatttacacaataagttgtcctttataaaaattgtttatgctaaaaacg 9530  T
Q  597 tttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatt 696  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9529 tttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaactaaaatgctcaggataaacagagattgaataaaatt 9430  T
Q  697 tcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgactaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcgctaac 785  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  9429 tcgtagataactgaaatgcatcggataagtggtcattgactaaaatttc-aaaagtaacataaatg-cacgagataagctgtcgctaac 9343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0517; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 339 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 9352 - 9056
Alignment:
Q  339 tgtcgctaactaaactaactttgataaacaatatttnnnnnnnnttggttttcctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctata 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||        ||||| || ||||||| ||| |||| ||||| |||| |||||||||| ||||||||    
T  9352 tgtcgctaactaaactaactttgataatcgatatttataaaaaattggtcttgctaaaatattcctgttgtttataatgtcacctcacttcgattctata 9253  T
Q  439 atgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnn--taaaatacacgggataaattatcattgac 536  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9252 atgatattgacccctcataaactaaaatgcacgggataaatgaacattgactaaactttcagaaaataaaataaaatacacgggataaattatcattgac 9153  T
Q  537 taagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaatt 633  Q
    ||| |||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9152 taaactaaccttgatttacacaacaagttgtcctttataaaaattgttcctgctaaaacatttaaactatttataatatcatcacctcaattcaatt 9056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 392 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 29589305 - 29588946
Alignment:
Q  392 ctaaaatgttcatgttatttatgatgttacctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgacta 491  Q
    |||||| ||||||| ||||||| || | | |||||||||| |||||| | ||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  29589305 ctaaaacgttcatgctatttataatatcatctcacttcaaatctatagtcatattgaaccctcataaactaatatgcacgggataaatgaacattgacta 29589206  T
Q  492 aactttcagnnnnnnn---taaaatacacgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctg 588  Q
    |||||| ||          |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||||| | |||||||||| ||||||| | |||||||    
T  29589205 aactttgagaaaaataaaataaaatacacgggataaattatcaatgactaaactaacattgatttacacaataagttgtcctttataaaact-gttcctg 29589107  T
Q  589 ttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattga 688  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  29589106 ctaaaacatttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacaatattgaacacttatcaactaaaatgcacaggataaacagagattga 29589007  T
Q  689 ataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgactaaaatttcaaaa 749  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29589006 ataaaatttcgtagataactgaaatgcatcggataagtggtcattgactaaaatttcaaaa 29588946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 116; Significance: 1e-58; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 423 - 780
Target Start/End: Complemental strand, 18754387 - 18754029
Alignment:
Q  423 tcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttcagnnnnnnntaaaatacacgggat 522  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||       |||||||||||||||    
T  18754387 tcacatcaattctataatgatattgaatcttcgtaaactaaaatgcacgggataaatgaacattgactaaactttcagaaataaataaaatacacgggat 18754288  T
Q  523 aaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcct--gttaaaacgtttaaactatttataacatcatca 620  Q
    || || ||| |||| || | |||||| ||||||| ||||||||||| |  | ||||||| ||  |    || || |||||||||||||| || |||||||    
T  18754287 aagttgtcactgacgaaaccaaccttgatttacaggacaagttgtcattcacaaaaattattttttatctacaatgtttaaactatttagaatatcatca 18754188  T
Q  621 cctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacaggataaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcgg 720  Q
    |||||||| ||| |  ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||  | | ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |    
T  18754187 cctcaatttaatgcatcaatgatattgaacacttatcaatttaaatgcacgagacaagtacatattgaataaaattacgtagataactgaaatgcatctg 18754088  T
Q  721 ataagtggccattgactaaaatttcaaaaagtaacataaatgccccgagataagttgtcg 780  Q
    | || ||| ||||||||||| |||  ||||||||| |||||| | |||||||| ||||||    
T  18754087 aaaaatggtcattgactaaactttttaaaagtaacgtaaatg-cacgagataatttgtcg 18754029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 508 - 633
Target Start/End: Original strand, 9452115 - 9452240
Alignment:
Q  508 taaaatacacgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatt 607  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||| |||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||    
T  9452115 taaaatacacaagatatattatcattgactaaactaactttgatttacacaacaagttctcctttataaaaattgttcatgctaaaacatttaaactatt 9452214  T
Q  608 tataacatcatcacctcaattcaatt 633  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  9452215 tataatatcgtcacctcaattcaatt 9452240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 575 - 763
Target Start/End: Complemental strand, 18754652 - 18754466
Alignment:
Q  575 aaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatcatcacctcaattcaattctacaacgatattgaacacttatcaacttaaatgcacagga 674  Q
    |||| ||||| || ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||  ||    
T  18754652 aaaatttgtttctattaaaacgtttaaactatttagaatatcatcacttcaattcaattctacaatgttattgaatacttatcaactaaaatgcactaga 18754553  T
Q  675 taaacagagattgaataaaatttcgtagataattgaaatgcatcggataagtggccattgactaaaatttcaaaaagtaacataaatgc 763  Q
    ||||  || | |||| ||||||||||| |||| |||||||| | |   || ||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  18754552 taaatggacaatgaacaaaatttcgtatataactgaaatgcgt-gctgaactgggcattgactaaaatttc-aaaagtaacgtaaatgc 18754466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 423 - 493
Target Start/End: Original strand, 5324004 - 5324074
Alignment:
Q  423 tcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaa 493  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||    
T  5324004 tcactttaattctataattatattgaactctcattaactaaaatgcacgggataaatgaacattgtctaaa 5324074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 423 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 18753939 - 18753895
Alignment:
Q  423 tcacttcaattctataatgatattg-aaccctcgtaaactaaaat 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  18753939 tcacttcaattctataatgatattgaaaccctcataaactaaaat 18753895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 426 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 30693316 - 30693273
Alignment:
Q  426 cttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgca 469  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  30693316 cttcaattctaaaatggtattgaaccctcataaactaaaatgca 30693273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 106; Significance: 1e-52; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 420 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 44840981 - 44840766
Alignment:
Q  420 acctcacttcaattctataatgatattgaaccctcgtaaactaaaatgcacgggagaaacgaacattgactaaactttca---gnnnnnnntaaaataca 516  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||   |       |||||||||    
T  44840981 acctcacttcaattttataatgatattgaaccctcataa-ctaaactgcacgggataaatgaacattgactaatctttcaaaagaaaaaaataaaataca 44840883  T
Q  517 cgggataaattatcattgactaagctaacctttatttacacgacaagttgtcctgtataaaaattgttcctgttaaaacgtttaaactatttataacatc 616  Q
    |  |||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  44840882 caagatatattatcattgactaagctaactttgatttacacaacaagttgtcctttataaaaattgttcatgttaaaacatttaaactatttataatatc 44840783  T
Q  617 atcacctcaattcaatt 633  Q
    |||| ||||||||||||    
T  44840782 atcatctcaattcaatt 44840766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 337 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 44841053 - 44841016
Alignment:
Q  337 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacaatattt 374  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  44841053 gttgtcgctaactaaactaactttgataaacgatattt 44841016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 721 - 762
Target Start/End: Complemental strand, 44841104 - 44841064
Alignment:
Q  721 ataagtggccattgactaaaatttcaaaaagtaacataaatg 762  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44841104 ataagtggtcattgactaaaatttc-aaaagtaacataaatg 44841064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University