View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4863-Insertion-5 (Length: 735)

Name: NF4863-Insertion-5
Description: NF4863
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4863-Insertion-5
NF4863-Insertion-5
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (211-735)||(6495205-6495729)
chr7 (9-218)||(6491762-6491981)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (211-713)||(31729976-31730480)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 445; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 211 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 6495729 - 6495205
Alignment:
Q  211 tattcacacctcaaatctaagacactcaattctttcgtcaacttttgaatttttaactttgtttcctcatacacctttttattccaccaatcatcttaat 310  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  6495729 tattcacacctcaaatctaagacattcaattccttcatcaacttttgaatttttaactttgtttcctcatacaccttcttattccaccaatcttcttaat 6495630  T
Q  311 tgtaacgaatgaaaagtggccaatgatctgactcttctttcaatagaactcatattgtaaaattttatcaagtatcaagccactattctgaaaccaacac 410  Q
    |||||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6495629 tgtaaccaatgaaaagcggtcaatgatctgactcatctttgaatagaacccatattgtaaaattttatcaagtatcaagccactattctgaaaccaacac 6495530  T
Q  411 tctatctagtttactcactgtgacaccatttcgatgtgcttagacaaaatgcctcccaagaagaggtaggtcaataaatttcatataagccaagaactga 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6495529 tctatctagtttactcactgtgacaccatttcgatgtgcttagacaaaatgcctcccaagaagaggtaggtcaataaattccatataagccaagaactga 6495430  T
Q  511 ttgaaccactatatataatgttaagctatgttgggttccctgattcaaacctcttcgctcatcaaagttagtaactaaattaaaatctcccatcgtatac 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  6495429 ttgaaccactatatataatgttaagctatgttggattccctaattcaaacctcttcgctcatcaaagttagtaactaaattaaaatctcccatcgtacac 6495330  T
Q  611 cattgttctccaccaaatcctcttctaaacattaaaatacaatcacataacctacgttttgattataggtcacacaaagcataaatgtcaacaacaatta 710  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6495329 cattgttctccaccaaatcctcttcttaacattaaaatacaatcacataacctacgttttgcttataggtcacacaaagcataaatgtcaacaataatta 6495230  T
Q  711 tgttctgcggccaaattcacacaca 735  Q
    | ||| |||||||||||||||||||    
T  6495229 tattccgcggccaaattcacacaca 6495205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 9 - 218
Target Start/End: Original strand, 6491762 - 6491981
Alignment:
Q  9 aaattagtcgattcttgaatcggattcaataatacaatacatttttgaatcatttattcactctcaaaagaaattgaaagaatctttatatgtctaaaat 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6491762 aaattagtcgattcttgaatcggattcaataatacaatacatttttgaatcatttattcactctccaaagaaattgaaagaatctttatatgtctaaaat 6491861  T
Q  109 atccatcattacggattagattatgaacaatattaaagcattgagtatata----------------aatctctttacttatatttgttcaacactcata 192  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||      ||||||||||||||||||                |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6491862 atccatcattacgaattagattatgaa------taaagcattgagtatataaatctctttaaaaagtaatctctttacttatatttgttcaacactcata 6491955  T
Q  193 ttttatctactacttctttattcaca 218  Q
    |||||||||||||||||||| |||||    
T  6491956 ttttatctactacttctttactcaca 6491981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 211 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 31730480 - 31729976
Alignment:
Q  211 tattcacacctcaaatctaagacactcaattctttcgtcaacttttgaatttttaactttgtttcctcatacacctttttattccaccaatcatcttaat 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||   |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  31730480 tattcacacctcaaatctaagacacg--attccttcatcaatttttgaatttttaactttgtttcctcatacaccttcttattccaccaatcttcttaat 31730383  T
Q  311 tgtaacgaatgaaaagtggccaatgatctgactcttctttcaatagaactcatattgtaaaattttatcaagtatcaagccactattctgaaaccaacac 410  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31730382 tgtaacgaatgaaaagtggtcaatgatctgactcatctttcaatagaatccatattgtaaaattttatcaagtatcaagccactattctgaaaccaacac 31730283  T
Q  411 tctatctagtttactcactgtgacaccatttcgatgtgcttagacaaaatgcctcccaagaagaggtaggtcaataaatttcatataagccaagaactga 510  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31730282 tctatctagtctactcattgtgacaccatttcgatgtgcttagacagaatgcctcccaagaagaggcaggtcaataaattccatataagccaagaactga 31730183  T
Q  511 ttgaaccactatatataat-----gttaagctatgttgggttccctgattcaaacctcttcgctcatcaaagttagtaactaaattaaaatctcccatcg 605  Q
    |||||||||||||||| ||     ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31730182 ttgaaccactatatatgatatgatgttaagctatgttggattccc-gattcaaacctcttcgctcatcaaagttagtaactaaattaaaatctcccatcg 31730084  T
Q  606 tataccattgttctccaccaaatcctcttctaaacattaaaatacaatcacataacctacgttttgattataggtcacacaaagcataaatgtcaacaac 705  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31730083 tacaccactgttctccaccaaatcctcttctaaacattaaaatacaatcaaataacctacgttttgcttataggtcacacaaagcataaatgtcaacaac 31729984  T
Q  706 aattatgt 713  Q
    ||||||||    
T  31729983 aattatgt 31729976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University