View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4865_low_1 (Length: 630)

Name: NF4865_low_1
Description: NF4865
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4865_low_1
NF4865_low_1
[»] chr5 (23 HSPs)
chr5 (13-614)||(3299487-3300088)
chr5 (13-614)||(3392380-3392981)
chr5 (178-518)||(1163333-1163676)
chr5 (165-518)||(40418404-40418758)
chr5 (178-423)||(1850063-1850293)
chr5 (13-143)||(1849919-1850049)
chr5 (165-518)||(39879941-39880297)
chr5 (165-518)||(38987826-38988180)
chr5 (13-143)||(1163690-1163817)
chr5 (13-146)||(39879768-39879898)
chr5 (13-146)||(40418237-40418367)
chr5 (13-146)||(38987659-38987789)
chr5 (13-146)||(39726372-39726502)
chr5 (165-518)||(39726545-39726906)
chr5 (13-146)||(39168800-39168930)
chr5 (13-146)||(39399813-39399943)
chr5 (166-293)||(39168974-39169101)
chr5 (550-619)||(1163219-1163288)
chr5 (514-604)||(1850346-1850444)
chr5 (516-597)||(39880327-39880405)
chr5 (516-597)||(40418782-40418860)
chr5 (239-281)||(39400042-39400084)
chr5 (544-597)||(38988229-38988282)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (165-298)||(25912122-25912252)
chr4 (13-146)||(25912292-25912422)
chr4 (74-140)||(44444772-44444838)
chr4 (374-518)||(44444395-44444543)
chr4 (378-473)||(25911951-25912046)
chr4 (228-288)||(44444614-44444674)
chr4 (561-597)||(25911785-25911821)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 594; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 594; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 614
Target Start/End: Original strand, 3299487 - 3300088
Alignment:
Q  13 aatatcgtttagctgatgccatggttgctcgtgtgaaagatattggaaataataatcacacaacttttcaaatcaagactcatcttggtcgtattttaaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3299487 aatatcgtttagctgatgccatggttgctcgtgtgaaagatattggaaataataatcacacaacttttcaaatcaagactcatcttggtcgtattttaaa 3299586  T
Q  113 acccggtgaccatgctcttggttatgacctgtcttctggaggagtagatacaaaccttcctgctgccattttgatcaccaagattagttatgcccaagag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  3299587 acccggtgaccatgctcttggttatgacctgtcttctggaggagtagatacaaaccttcctgctgccattttgatcaccaaaattagttatgccgaagag 3299686  T
Q  213 gagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttaaaagatctacaacaagacactaaactcctcttcgaccgaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3299687 gagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttaaaagatctacaacaagacactaaactcctcttcgaccgaa 3299786  T
Q  313 gagcaatctaccgaaatcgaaccaactgccatccatttgacacaaccatcaaatccccctttagaagacctttttatccattggaggatttgcttgatgg 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3299787 gagcaatctaccgaaatcgaaccaactgccatccatttgacacaaccatcaaatccccctttagaagacctttttatccattggaggatttgcttgatgg 3299886  T
Q  413 atgatccacttacaagcttaaacaaacatcacttctattgatgttttgttacttccaataaccaaaacaaggaagatgcttttcatttattagctttttt 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3299887 atgatccacttacaagcttaaacaaacatcacttctattgatgttttgttacttccaataaccaaaacaaggaagatgcttttcatttattagctttttt 3299986  T
Q  513 ctatttattccgataacaagaacaactagttcttttcacttactctgttgcaatttgcaatttctgtttgatatttatgtttattagaacaagttatgtg 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3299987 ctatttattccgataacaagaacaactagttcttttcacttactctgttgcaatttgcaatttctgtttgatatttatgtttattagaacaagttatgtg 3300086  T
Q  613 tg 614  Q
    ||    
T  3300087 tg 3300088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 594; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 614
Target Start/End: Original strand, 3392380 - 3392981
Alignment:
Q  13 aatatcgtttagctgatgccatggttgctcgtgtgaaagatattggaaataataatcacacaacttttcaaatcaagactcatcttggtcgtattttaaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3392380 aatatcgtttagctgatgccatggttgctcgtgtgaaagatattggaaataataatcacacaacttttcaaatcaagactcatcttggtcgtattttaaa 3392479  T
Q  113 acccggtgaccatgctcttggttatgacctgtcttctggaggagtagatacaaaccttcctgctgccattttgatcaccaagattagttatgcccaagag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  3392480 acccggtgaccatgctcttggttatgacctgtcttctggaggagtagatacaaaccttcctgctgccattttgatcaccaaaattagttatgccgaagag 3392579  T
Q  213 gagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttaaaagatctacaacaagacactaaactcctcttcgaccgaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3392580 gagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttaaaagatctacaacaagacactaaactcctcttcgaccgaa 3392679  T
Q  313 gagcaatctaccgaaatcgaaccaactgccatccatttgacacaaccatcaaatccccctttagaagacctttttatccattggaggatttgcttgatgg 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3392680 gagcaatctaccgaaatcgaaccaactgccatccatttgacacaaccatcaaatccccctttagaagacctttttatccattggaggatttgcttgatgg 3392779  T
Q  413 atgatccacttacaagcttaaacaaacatcacttctattgatgttttgttacttccaataaccaaaacaaggaagatgcttttcatttattagctttttt 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3392780 atgatccacttacaagcttaaacaaacatcacttctattgatgttttgttacttccaataaccaaaacaaggaagatgcttttcatttattagctttttt 3392879  T
Q  513 ctatttattccgataacaagaacaactagttcttttcacttactctgttgcaatttgcaatttctgtttgatatttatgtttattagaacaagttatgtg 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3392880 ctatttattccgataacaagaacaactagttcttttcacttactctgttgcaatttgcaatttctgtttgatatttatgtttattagaacaagttatgtg 3392979  T
Q  613 tg 614  Q
    ||    
T  3392980 tg 3392981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 178 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 1163676 - 1163333
Alignment:
Q  178 ccattttgatcaccaagattagttatgcccaagaggagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttaaaaga 277  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1163676 ccattttgattaccaagattagttttgctaaagaggagaatggtagagttgttcctgttcaggataagtgggaatctggttatcaactcttcttaaaaga 1163577  T
Q  278 tctacaacaagacactaaactcctcttcgaccgaagagcaatctaccgaaatcgaaccaactgccatccatttgacacaaccatcaaatccccctttaga 377  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || | ||  | ||| ||||||||||       
T  1163576 tctacaacaagaccctaaactcctcttcgaccaaagagcaatctaccgaaatccaacctactgccatccatctggcccactcttcagatcccccttttat 1163477  T
Q  378 agacctttttatccattggaggatttgcttgatg---gatgatccacttacaagcttaaacaaacatcacttctattgatgttttgttacttccaataac 474  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1163476 agacctttttttccattggaggatttgcttgatggatgatgatctacttacaagcttaaacaaacatcacttctattgatgttttgttacttccaataac 1163377  T
Q  475 caaaacaaggaagatgcttttcatttattagcttttttctattt 518  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1163376 aaaaacaaggaagatgcttttcatttattagcttttttatattt 1163333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 165 - 518
Target Start/End: Original strand, 40418404 - 40418758
Alignment:
Q  165 aaccttcctgctgccattttgatcaccaagattagttatgcccaagaggagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaac 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  40418404 aaccttcctgctgccattttgatcaccaagattagttatgccgaagag---aatggtagagttgttgctcttcatgataagtgggaatctgattatcaac 40418500  T
Q  265 tcttcttaaaagatctacaacaagacactaaactcctcttcgaccgaagagcaatctaccgaaatcgaaccaactgccatccatttgacacaaccatc-a 363  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||  ||||||| ||| ||||||  || |  ||| |||     || ||      
T  40418501 tcttcttcaatgatctacaacaagacactaaactcctcttcaacgtaagagcagcctaccgagatcaaaccaaaagctacacatatgatgggcccttcgt 40418600  T
Q  364 aatccccctttagaagacctttttatccattggaggatttgcttgatggatgatccacttacaagcttaaacaaacatcacttctattgatgttttgtta 463  Q
    ||||||||  ||  |||||||||  |||||||||||| |||||||| |||||||| | |||| |||||||||||| ||||||| | || ||||||||||     
T  40418601 aatccccc-ctaccagaccttttgttccattggaggacttgcttgacggatgatctagttactagcttaaacaaaaatcacttttgttaatgttttgttt 40418699  T
Q  464 cttccaataac--caaaa--caaggaagatgcttttcatttattagcttttttctattt 518  Q
     ||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  40418700 gttccaataacaacaaaaatcaaggaagatgcttttcatttattaggttctttctattt 40418758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 178 - 423
Target Start/End: Original strand, 1850063 - 1850293
Alignment:
Q  178 ccattttgatcaccaagattagttatgcccaagaggagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttaaaaga 277  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1850063 ccattttgattaccaagattagttttgctaaagaggagaatggtagagttattcctgttcaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttaaaaga 1850162  T
Q  278 tctacaacaagacactaaactcctcttcgaccgaagagcaatctaccgaaatcgaaccaactgccatccatttgacacaaccatcaaatccccctttaga 377  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||               ||||||||| ||||||||||||||||| || | || |||||| |||||| ||||||    
T  1850163 tttacaacaagaccctaaactcctcttcg---------------accgaaatccaaccaactgccatccatctggcccacccatcagatccccttttaga 1850247  T
Q  378 agacctttttatccattggaggatttgcttgatggatgatccactt 423  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1850248 agacctttttatccattggaggatttgcttgatggatgatctactt 1850293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 13 - 143
Target Start/End: Original strand, 1849919 - 1850049
Alignment:
Q  13 aatatcgtttagctgatgccatggttgctcgtgtgaaagatattggaaataataatcacacaacttttcaaatcaagactcatcttggtcgtattttaaa 112  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  1849919 aatatcgtttagctaatgccatagttgctcgtgtgaaagatattggaaataataatcacacaacttttcaaatcaggactcatcttagtcgtattttaaa 1850018  T
Q  113 acccggtgaccatgctcttggttatgacctg 143  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1850019 acctggtgaccatgctcttggttatgacctg 1850049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 165 - 518
Target Start/End: Original strand, 39879941 - 39880297
Alignment:
Q  165 aaccttcctgctgccattttgatcaccaagattagttatgcccaagaggagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaac 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |   ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  39879941 aaccttcctgctgccattttgatcagcaagattagttatgccgaagtg---aatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaac 39880037  T
Q  265 tcttcttaaaagatctacaacaagacactaaactcctcttcgaccgaagagcaatctaccgaaatcgaaccaactgccatccatttgacacaaccatca- 363  Q
    ||||||| || |||||||||||| ||||||||||| |||||  |  |||||||  ||||||| ||| ||||||  || |  ||| |||     || |||     
T  39880038 tcttcttcaatgatctacaacaaaacactaaactcatcttcagcgtaagagcagcctaccgagatcaaaccaaaagctacacatatgatgggcccttcag 39880137  T
Q  364 aatccccctttagaagacctttttatccattggaggatttgcttgatggatgatccacttacaagcttaaacaaacatcacttctattgatgttttgtta 463  Q
    ||||||||  ||  |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| | |||| |||||||||||| ||||||| | |||||||||| ||     
T  39880138 aatccccc-ctaccagacctttttttccattggaggacttgcttgacggatgatctagttactagcttaaacaaaaatcacttttgttgatgtttt-ttt 39880235  T
Q  464 cttccaataacca-------aaacaaggaagatgcttttcatttattagcttttttctattt 518  Q
     |||||||||  |       || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  39880236 gttccaataataacaacaacaatcaaggaagatgcttttcatttattaggttctttctattt 39880297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 165 - 518
Target Start/End: Original strand, 38987826 - 38988180
Alignment:
Q  165 aaccttcctgctgccattttgatcaccaagattagttatgcccaagaggagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaac 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |   ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  38987826 aaccttcctgctgccattttgatcagcaagattagttatgccgaagtg---aatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaac 38987922  T
Q  265 tcttcttaaaagatctacaacaagacactaaactcctcttcgaccgaagagcaatctaccgaaatcgaaccaactgccatccatttgacacaaccatcaa 364  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| || |||| |||||| |   || ||||  ||||||||||| || ||||  | |  ||| ||||    || ||      
T  38987923 tcttcttcaatgatctacaacaagaccctcaactactcttcaagataacagcagcctaccgaaatccaaacaaccactacacatatgacgggcccttcgt 38988022  T
Q  365 atccccctttagaagacctttttatccattggaggatttgcttgatggatgatccacttacaagcttaaacaaacatcacttctattgatgttttgttac 464  Q
    |  ||||  ||  ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| | | || |||||||||||| ||||||| | |||||||||||||      
T  38988023 agacccccctaccagaccttttgatccattggaggacttgcttgacggatgatctagtcactagcttaaacaaaaatcacttttgttgatgttttgtttg 38988122  T
Q  465 ttccaataacca----aaacaaggaagatgcttttcatttattagcttttttctattt 518  Q
    |||||||||| |    || |||||||| |||| |||||||||||| || |||||||||    
T  38988123 ttccaataacaacaacaatcaaggaagctgctcttcatttattaggttctttctattt 38988180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 13 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 1163817 - 1163690
Alignment:
Q  13 aatatcgtttagctgatgccatggttgctcgtgtgaaagatattggaaataataatcacacaacttttcaaatcaagactcatcttggtcgtattttaaa 112  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1163817 aatatcgtttagctaatgccatagttgctcgtgtcaaagatattggaaataataatcacac---ttttcaaatcaggactcatcttggtcgtattttaaa 1163721  T
Q  113 acccggtgaccatgctcttggttatgacctg 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1163720 acccggtgaccatgctcttggttatgacctg 1163690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 13 - 146
Target Start/End: Original strand, 39879768 - 39879898
Alignment:
Q  13 aatatcgtttagctgatgccatggttgctcgtgtgaaagatattggaaataataatcacacaacttttcaaatcaagactcatcttggtcgtattttaaa 112  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| |   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  39879768 aatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatga---cacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtattttaaa 39879864  T
Q  113 acccggtgaccatgctcttggttatgacctgtct 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39879865 acccggtgaccatgctcttggttatgacctgtct 39879898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 13 - 146
Target Start/End: Original strand, 40418237 - 40418367
Alignment:
Q  13 aatatcgtttagctgatgccatggttgctcgtgtgaaagatattggaaataataatcacacaacttttcaaatcaagactcatcttggtcgtattttaaa 112  Q
    ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  40418237 aatattgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatattggaaataatga---cacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtattttaaa 40418333  T
Q  113 acccggtgaccatgctcttggttatgacctgtct 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40418334 acccggtgaccatgctcttggttatgacctgtct 40418367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 13 - 146
Target Start/End: Original strand, 38987659 - 38987789
Alignment:
Q  13 aatatcgtttagctgatgccatggttgctcgtgtgaaagatattggaaataataatcacacaacttttcaaatcaagactcatcttggtcgtattttaaa 112  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| |   ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  38987659 aatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatga---cacaacttttcaaatcaggactcatctcggtcgtatcttaaa 38987755  T
Q  113 acccggtgaccatgctcttggttatgacctgtct 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38987756 acccggtgaccatgctcttggttatgacctgtct 38987789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 13 - 146
Target Start/End: Original strand, 39726372 - 39726502
Alignment:
Q  13 aatatcgtttagctgatgccatggttgctcgtgtgaaagatattggaaataataatcacacaacttttcaaatcaagactcatcttggtcgtattttaaa 112  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| |   ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  39726372 aatatcgtttagctgatgctgtggttgctcgtgtgaaagatactggaaataatga---cacaacttttcaaatcaggactcatctcggtcgtatcttaaa 39726468  T
Q  113 acccggtgaccatgctcttggttatgacctgtct 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39726469 acccggtgaccatgctcttggttatgacctgtct 39726502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 165 - 518
Target Start/End: Original strand, 39726545 - 39726906
Alignment:
Q  165 aaccttcctgctgccattttgatcaccaagattagttatgcccaagaggagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaac 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |   ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  39726545 aaccttcctgctgccattttgatcagcaagattagttatgccgaagtg---aatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaac 39726641  T
Q  265 tcttcttaaaagatctacaacaagacactaaactcctcttcgaccgaagagcaatctaccgaaatcgaaccaactgccatccatttgacacaaccatcaa 364  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| || |||| |||||| |   || ||||  ||||||||||| || ||||  | |  ||| ||||    || ||      
T  39726642 tcttcttcaatgatctacaacaagaccctcaactactcttcaagataacagcaccctaccgaaatccaaacaaccactacacatatgacgggcccttcgt 39726741  T
Q  365 atccccctttagaagacctttttatccattggaggatttgcttgatggatgat----ccacttacaagcttaaacaaacatcacttctattgatgttttg 460  Q
    |  ||||  ||  ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||    | | |||| |||||||||||| ||||| | | |||||||||||    
T  39726742 agacccccctatcagaccttttgatccattggaggacttgcttgacggatgatctagctagttactagcttaaacaaaaatcacctttgttgatgttttg 39726841  T
Q  461 ttacttccaataacca-------aaacaaggaagatgcttttcatttattagcttttttctattt 518  Q
    ||  |||||||||  |       || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  39726842 tttgttccaataataacaacaacaatcaaggaagatgcttttcatttattaggttctttctattt 39726906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 13 - 146
Target Start/End: Original strand, 39168800 - 39168930
Alignment:
Q  13 aatatcgtttagctgatgccatggttgctcgtgtgaaagatattggaaataataatcacacaacttttcaaatcaagactcatcttggtcgtattttaaa 112  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |   |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||    
T  39168800 aatatcggttagctgatgccgtggttgctcgtgtggaagattttggaaataatga---cacaacttttcaaatcaaaactcatctaggtcatattttaaa 39168896  T
Q  113 acccggtgaccatgctcttggttatgacctgtct 146  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  39168897 atccggtgactatgctcttggttatgacttgtct 39168930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 13 - 146
Target Start/End: Original strand, 39399813 - 39399943
Alignment:
Q  13 aatatcgtttagctgatgccatggttgctcgtgtgaaagatattggaaataataatcacacaacttttcaaatcaagactcatcttggtcgtattttaaa 112  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| |   ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  39399813 aataccgtttagctgatgccgtggttgctcgtgtggaaaattttggaaataatga---cacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcatattttaaa 39399909  T
Q  113 acccggtgaccatgctcttggttatgacctgtct 146  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  39399910 atccggtgactatgctcttggttatgacttgtct 39399943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 166 - 293
Target Start/End: Original strand, 39168974 - 39169101
Alignment:
Q  166 accttcctgctgccattttgatcaccaagattagttatgcccaagaggagaatggtaga---gttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatca 262  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||   | || || |||||||||   ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  39168974 accttcctgctgcaattttgattaccaagagtagttatg---atgaagaaaatggtagaattgttgttgttgttgagggtaagtgggaatctgattatca 39169070  T
Q  263 actcttcttaaaagatctacaacaagacact 293  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  39169071 actctttttaaaagatctacaacaagacact 39169101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 550 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 1163288 - 1163219
Alignment:
Q  550 acttactctgttgcaatttgcaatttctgtttgatatttatgtttattagaacaagttatgtgtgatgat 619  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1163288 acttactttgttgcaatttgcaatttctgtttgatatttatgtttattagaacaagttatgtgtgttgat 1163219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 514 - 604
Target Start/End: Original strand, 1850346 - 1850444
Alignment:
Q  514 tatttattccgataacaagaacaacta--------gttcttttcacttactctgttgcaatttgcaatttctgtttgatatttatgtttattagaacaa 604  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||        |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1850346 tatttattccgataacaagaacaaatacttaaaaggttcttttcacttactttgttgcaatttacaatttctgtttgatatttatgtttattagaacaa 1850444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 516 - 597
Target Start/End: Original strand, 39880327 - 39880405
Alignment:
Q  516 tttattccgataacaagaacaactagttcttttcacttactctgttgcaatttgcaatttctgtttgatatttatgtttatt 597  Q
    |||||||| || ||||||||||   || |||||||||||   || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39880327 tttattccaatgacaagaacaa---gtgcttttcacttaggttgctgcagtttgcaatttctgtttgatatttatgtttatt 39880405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 516 - 597
Target Start/End: Original strand, 40418782 - 40418860
Alignment:
Q  516 tttattccgataacaagaacaactagttcttttcacttactctgttgcaatttgcaatttctgtttgatatttatgtttatt 597  Q
    |||||||| || ||||||||||   || |||||||||||   || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40418782 tttattccaatgacaagaacaa---gtgcttttcacttaggttgctgcagtttgcaatttctgtttgatatttatgtttatt 40418860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 239 - 281
Target Start/End: Original strand, 39400042 - 39400084
Alignment:
Q  239 ggataagtgggaatctgattatcaactcttcttaaaagatcta 281  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39400042 ggataagtggcaatctgattatcaactcttcttagaagatcta 39400084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 544 - 597
Target Start/End: Original strand, 38988229 - 38988282
Alignment:
Q  544 cttttcacttactctgttgcaatttgcaatttctgtttgatatttatgtttatt 597  Q
    |||||||||||   || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38988229 cttttcacttaggttgctgcagtttgcaatttctgtttgatatttatgtttatt 38988282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 96; Significance: 9e-47; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 165 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 25912252 - 25912122
Alignment:
Q  165 aaccttcctgctgccattttgatcaccaagattagttatgcccaagaggagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaac 264  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25912252 aaccttcatgctgccattttgatcaccaagattagttatgccgaagag---aatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaac 25912156  T
Q  265 tcttcttaaaagatctacaacaagacactaaact 298  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||| |||||||    
T  25912155 tcttcttaaattatctacagcaagaccctaaact 25912122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 13 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 25912422 - 25912292
Alignment:
Q  13 aatatcgtttagctgatgccatggttgctcgtgtgaaagatattggaaataataatcacacaacttttcaaatcaagactcatcttggtcgtattttaaa 112  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  25912422 aatatcgtttagctgatgatgtggttgctcgtgtgaaagatattggaaataatga---cacaacttttcaaatcaggactcatcttggtcgtattctaaa 25912326  T
Q  113 acccggtgaccatgctcttggttatgacctgtct 146  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25912325 acccgatgaccatgctcttggttatgacctgtct 25912292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 74 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 44444838 - 44444772
Alignment:
Q  74 aacttttcaaatcaagactcatcttggtcgtattttaaaacccggtgaccatgctcttggttatgac 140  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  44444838 aacttttcaaatcaagactcatcttggtcgtattttaaaacctggtgactatgctcttggttatgac 44444772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 374 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 44444543 - 44444395
Alignment:
Q  374 tagaagacctttttatccattggaggatttgcttgatggatgatccacttacaagcttaaacaaacatcacttctattgatgttttgttacttccaataa 473  Q
    ||||||| |||||  |||||| ||||| |||||||| |||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||   ||||||||    
T  44444543 tagaagatcttttgttccattagaggacttgcttgacggatgatctagttacaagcttaaacaaaaatcacttttgttgatgttttgtttactccaataa 44444444  T
Q  474 ccaaaa----caaggaagatgcttttcatttattagcttttttctattt 518  Q
    | ||||    ||||||| |||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  44444443 cgaaaacaatcaaggaatatgcctttcatttattaggttatttctattt 44444395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 378 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 25912046 - 25911951
Alignment:
Q  378 agacctttttatccattggaggatttgcttgatggatgatccacttacaagcttaaacaaacatcacttctattgatgttttgttacttccaataa 473  Q
    |||||||||  |||||||||||| |||||||| |||||||| | |||| |||||||||||| ||||||| | |||||||||||||  |||||||||    
T  25912046 agaccttttgttccattggaggacttgcttgacggatgatctagttactagcttaaacaaaaatcacttttgttgatgttttgtttgttccaataa 25911951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 228 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 44444674 - 44444614
Alignment:
Q  228 gttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttaaaagatctacaacaag 288  Q
    |||| |||||||||||| | ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  44444674 gttgttgttcaggataaattggaatctgattataaacttttcttaaaatatctaaaacaag 44444614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 561 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 25911821 - 25911785
Alignment:
Q  561 tgcaatttgcaatttctgtttgatatttatgtttatt 597  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25911821 tgcagtttgcaatttctgtttgatacttatgtttatt 25911785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University