View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4867-Insertion-2 (Length: 936)
Name: NF4867-Insertion-2
Description: NF4867
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4867-Insertion-2 |
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| [»] chr7 (3 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 817; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 817; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 936
Target Start/End: Complemental strand, 27815220 - 27814288
Alignment:
| Q |
8 |
gcatccaaacatgattctaaatcaaaatgtctccaaaacatgattctaaatcagacaactgcaaacaataaaatgtcaccaaacatgattctaaatcaaa |
107 |
Q |
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| T |
27815220 |
gcatccaaacatgattctaaatcaaaatgtctccaaaacatgattctaaatcagacaa-tgcaaacaataaaatgtctccaaacatgattctaaatcaaa |
27815122 |
T |
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| Q |
108 |
atgagcaaatgtttataataagctccatgcattctttaacccagttttcttggactaactaatgcgaaagagaccttatctcatcatcacgccaaatatc |
207 |
Q |
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| T |
27815121 |
atgagcaaatgtttataataagatcaatgcattctttaacccatttttctaggactaactaatgcgaaagagaccttatctcatcatcacgccaaatatc |
27815022 |
T |
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| Q |
208 |
ttccaaggtcccatgtggcattcttcttggatttctcgcaaacggagtcttgcaccaaaggcatgttctaatttgacaagtgataagcttgcatgggtta |
307 |
Q |
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| T |
27815021 |
ttccaaggtcccatgtggcattcttcttggatttctcgcaaatggagtcttgcaccaaaggcatgttctaatttgacaagtgataagcttgcatgagtta |
27814922 |
T |
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| Q |
308 |
ttgacacgacttagcacatcatcaaccgagtattgttgaagttcatcatccaatttatccacaataagactatggcttaaatttaccacctccaaatgtt |
407 |
Q |
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| T |
27814921 |
ttgacacgactttgcacatcatcaaccgagtattgttgaagttcatcatccaatttatccacaataagactatggcttaaatttaccacctccaaatgtt |
27814822 |
T |
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| Q |
408 |
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507 |
Q |
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| T |
27814821 |
ccaagttattaagtacatgacataaacctcccatgttaactgtcatgtttcgaatactcaaaacctttaaatttggagtgtagttaaccaatgccctagc |
27814722 |
T |
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| Q |
508 |
ttcatattgttcaaaacgacatgtgatctttaagctaatgatgttcgtgcagtattttctaaccgcgtcaaaaaagttaatatgatgaaccactgaggta |
607 |
Q |
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| T |
27814721 |
ttcatattgttcaaaacgacatgtgatctttaagctaatgatgtccatgcagtattttctaaccgcgtcaaaaaagttaatatgatgaaccactgaggta |
27814622 |
T |
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| Q |
608 |
attgtaatggactcaaggcctctccatgatctcattgcagtttctattccattttttgatatgtcgccagatacgggaaaaactaaccttctgagatttg |
707 |
Q |
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| T |
27814621 |
attgtaatggactcaaggcctctccatgatctcattgcagtttctattccattttttgatatgtcgccagatacgggaaaaactaaccttttgagatttg |
27814522 |
T |
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| Q |
708 |
gagtcctgcacattaaagaacacatatactttaacatcatataaaacaagtagttttggtttagaaggtctggaataagtttagatcgatgattagtttt |
807 |
Q |
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| T |
27814521 |
gagtcctgcacattaaagaacacatatactttaacatcatataaaacaagtagttttggtttagaaggtctggaataaatttagatcgatgattagtttt |
27814422 |
T |
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| Q |
808 |
tcaaaatcacaatgcattattgtaattttgac--aaactatattttata-tttgaagtatcaa--agagagagatagatggaaataatgttggactagg- |
901 |
Q |
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| T |
27814421 |
tcaaaatcacaatgtattattgtaattttgacaaaaactatattttatactttgaagtatcaaagagagagagatagatggaaataatgttggactagga |
27814322 |
T |
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| Q |
902 |
aactcggggtatcatcgctttagggtttaggaaat |
936 |
Q |
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| T |
27814321 |
aactcgggatatcat-gctttaggttttaggaaat |
27814288 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 60 - 842
Target Start/End: Complemental strand, 27807430 - 27806637
Alignment:
| Q |
60 |
agacaactgcaaacaataaaatgtcaccaaacatgattctaaatcaaaatgagcaaatgtttataataagctccatgcattctttaacccagttttcttg |
159 |
Q |
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| T |
27807430 |
agacaaatgcaagcaatagaatgtctccaaacatgattctaattcaaaatgagaaaatgtttataataagatccatgcaatctttaacacattttactat |
27807331 |
T |
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| Q |
160 |
gactaactaatgcgaaagagaccttatctcatcatcacgccaaatatcttccaaggtcccatgtggcattcttcttggatttctcgcaaacggagtcttg |
259 |
Q |
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| T |
27807330 |
gactaactaatgtgaaagagagcttatctcatcttcacgccaaatattttccaaggatccatgtggcattcttcttggatttctcgcaaatggattcttg |
27807231 |
T |
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| Q |
260 |
caccaaaggcatgttctaatttgacaagtgataagcttgcatgggttattgacacgacttagcacatcatcaaccgagtattgttgaagttcatcatcca |
359 |
Q |
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| T |
27807230 |
cacctatggcttgttgttatttgacaagtgataagcttgcatgagatattgacacgacttagcacatcatcaatcgagtataaatgaaacgcaccgtcca |
27807131 |
T |
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| Q |
360 |
atttatccacaataagactatggcttaaatttaccacctccaaatgttccaagttattaattacatgacataaacctcccatgttaactgtcatgtttcg |
459 |
Q |
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| T |
27807130 |
ctttatccacaataagactatggcttaagtttaccacctccaaatgttccaagttattaagcacgtgacataaacctcccatgttaactttcatctttcg |
27807031 |
T |
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| Q |
460 |
aatactcaaaacctttaaatttggagtgtagttaaccaatgccctagcttcatattgttcaaaacgacatgtgatctttaagctaatgatgttcgtgcag |
559 |
Q |
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| T |
27807030 |
aatactcaaaacctttagatttggagtgcatttaaccaatgccctagcttcatattgttcaaaaccacctgtgatctttaagctaacaatgttcttgcag |
27806931 |
T |
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| Q |
560 |
tattttctaaccgcgtcaaaaaagttaatatgatgaaccactgaggtaattgtaatggactcaaggcctctccatgatctcattgcagtttctattccat |
659 |
Q |
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| T |
27806930 |
tattttctgattgcttcaaaaatgttaaaatgatgcacaactgaggtaattgtaatggactgaaggtctctccaagatctcattgcagtttctattccaa |
27806831 |
T |
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| Q |
660 |
tttttgatatgtcgccagatacgggaaaaactaaccttctgagatttggagtcctgcacattaaagaacacatatactttaacatcatataaaacaagta |
759 |
Q |
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| T |
27806830 |
tttttgatatgttgccagatatgggaaacactaaccttttgagatttggagtcctgcacattaaagaagatatatacttt--taacatataaaatgagta |
27806733 |
T |
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| Q |
760 |
gttt-------------tggtttagaaggtctggaataagtttagatcgatgattagtttttcaaaatcacaatgcattattgtaattttgacaaa |
842 |
Q |
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| T |
27806732 |
gtttgcacatgtagaggtggtttagaaggtctagaataagtttagattgagtgtgagtttgtcaaaatcacaatgtattattgtaattttgacaaa |
27806637 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 385 - 724
Target Start/End: Original strand, 28551203 - 28551542
Alignment:
| Q |
385 |
taaatttaccacctccaaatgttccaagttattaattacatgacataaacctcccatgttaactgtcatgtttcgaatactcaaaacctttaaatttgga |
484 |
Q |
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| T |
28551203 |
taaatttaccacatccaaatgttctaagctattaagtacacgacataaagctctatggtttataggcatgtccctaaaactcaagaactttagatttgga |
28551302 |
T |
|
| Q |
485 |
gtgtagttaaccaatgccctagcttcatattgttcaaaacgacatgtgatctttaagctaatgatgttcgtgcagtattttctaaccgcgtcaaaaaagt |
584 |
Q |
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| T |
28551303 |
gtgtatttaaccaaagactcagcttcttcttgtccaaaaaaacatgcgaactttaagctggtgatgtttttgcagtgttttccaatcgcatcaaaaaatt |
28551402 |
T |
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| Q |
585 |
taatatgatgaaccactgaggtaattgtaatggactcaaggcctctccatgatctcattgcagtttctattccattttttgatatgtcgccagatacggg |
684 |
Q |
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| T |
28551403 |
taaaatcatagatacttgtggtaatagtaatggattcaaggcatctccatgatctcattgcgatttctaaaccattttttgatatctcaccggacatagg |
28551502 |
T |
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| Q |
685 |
aaaaactaaccttctgagatttggagtcctgcacattaaa |
724 |
Q |
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| T |
28551503 |
tagcactaaccttttgagatttggagtcctacacattaaa |
28551542 |
T |
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