View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4868-Insertion-10 (Length: 949)

Name: NF4868-Insertion-10
Description: NF4868
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4868-Insertion-10
NF4868-Insertion-10
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (113-949)||(1876215-1877040)
chr1 (7-85)||(1877065-1877143)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 775; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 775; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 113 - 949
Target Start/End: Complemental strand, 1877040 - 1876215
Alignment:
Q  113 aacactattaataatgatgaatctttttggttttgatatgaatttcaaaagttggaatagcataacatagtgctccatttatgtagtataagttgcaaac 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1877040 aacactattaataatgatgaatctttttggttttgatatgaatttcaaaagttggaatagcataacatagtgctccatttatgtagtataagttgcaaac 1876941  T
Q  213 cttttggaaatagaattattcgagcatacaattattcttcaaattgtattcgaaaaggtgatcacattagctaaaaatggaaagttattccttttgttgt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1876940 cttttggaaatagaattattcgagcatacaattattcttcaaattgtattcgaaaaggtgatcacattagctaaaattggaaagttattccttttgttgt 1876841  T
Q  313 tttaattttcatttcttaagaatgcagtgttacatcatgcatgtaaatgaacatatagattcttataataaagcaagtgaattctcttatacagttagtt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1876840 tttaattttcatttcttaagaatgcagtgttacatcatgcatgtaaatgaacatatagattcttataataaagcaagtgaattctcttatacagttagtt 1876741  T
Q  413 aagtatcacacagacaacaatgtatgcatggcccaggagcaaaagccaacagaattgaaataattcctaccaactgtagacattactaacaaagggaaaa 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1876740 aagtatcacacagacaacaatgtatgcatggcccaggagcaaaagccaacagaattgaaataattcctaccaactgtagacattactaacaaagggaaaa 1876641  T
Q  513 ttgataaataaaacatttccgaatatatcatagttttaaattgcggttgcagatacattgcattagcgtgtttttaatattgcaggacattacaaactaa 612  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1876640 ttgataaatagaacatttccgaatatatcatagttttaaattgcggttgcagatacattgcattagcgtgtttttaatattgcaggacattacaaactaa 1876541  T
Q  613 tgtagttcgcaatttcaatacaaatcaatctttaaaataatacacataaaaaagtagaccaaaatgaaagataagtcgacaacaaactgcactccaattt 712  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1876540 tgtagttcgcaatttcaatacaaatcaatctttaaaataatacacataaaaaagtagaccaaaatgaaagataagtcgacaacaaactgcgctccaattt 1876441  T
Q  713 taattgcattgcaattgcaaagacctcaagaactattatgttattgttgcagccacttttacaatactaaaatagataactaataacaacaaacatttta 812  Q
    ||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1876440 taat-----------tgcaaagacctcaagaactattatgttattgttgcagccacttttacaatactaaaatagataactaataacaacaaacatttta 1876352  T
Q  813 ttgaagacttttcagagctacatttgctaggtacttttatggggatttggcttgtcatcacaaatcccatgcattcatgcaatcaatagagtgtcggtaa 912  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1876351 ttgaagacttttcagagctacatttgctaggtacttttatggggatttggcttgtcatcacaaatcccacacattcatgcaatcaatacagtgtcggtaa 1876252  T
Q  913 ttcagttaggactggacaattttgatttcaagctcaa 949  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1876251 ttcagttaggactggacaattttgatttcaagctcaa 1876215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 7 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 1877143 - 1877065
Alignment:
Q  7 atatatgaattatcatcattttttatacatattctaattcttcttcataatgtgtctatattgtgtagaaataaatggt 85  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1877143 atatatgaattatcatcattttttatacatattctaattcttcttcataatgtgtctatattgtgtagaaataaatggt 1877065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University