View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4868-Insertion-11 (Length: 756)

Name: NF4868-Insertion-11
Description: NF4868
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4868-Insertion-11
NF4868-Insertion-11
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (209-670)||(10459610-10460072)
chr5 (208-670)||(25408894-25409357)
chr5 (209-649)||(8008796-8009235)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (208-670)||(356125-356588)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (208-626)||(46562009-46562427)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (7-198)||(45349308-45349499)
chr1 (320-670)||(23027273-23027623)
chr1 (329-493)||(10213797-10213961)
chr1 (709-756)||(45349240-45349287)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (360-670)||(12699064-12699371)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (320-624)||(16974409-16974713)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (360-670)||(48777697-48778007)
chr7 (209-363)||(44185873-44186023)
chr7 (355-392)||(13767614-13767651)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 355; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 209 - 670
Target Start/End: Original strand, 10459610 - 10460072
Alignment:
Q  209 cacaagctaagataagatatattaataacgccgacaatacaccctgcataaggcgtgcaaagagtggattaccgnnnnnnnnn-ttataagtacaaagtg 307  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |          ||||||||||||||||    
T  10459610 cacaagctaaaatgagatatattaataacgtcgacaatacaccctgcacaaggcgtgcaaagagtggattactggaaaaaaaaattataagtacaaagtg 10459709  T
Q  308 cctgaacataaacaccagcctaccaaaaatcaaaataattcaaagaggaacacccatacaaagaagcggatgtgtccaccaatcaacccagctataacta 407  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  10459710 cctgaacacaaacaccaccctaccaaaaatcaaaataattcaaagaggaacactcatacaaagaagcggatatgtccaccaatcaacccaactataacta 10459809  T
Q  408 caagatttacacttggctttcatccataaaaatgaatagcgcttaactttgtcaagtaaaccgtgaatatcggaaggctcgttttgnnnnnnncatatgt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||       |||||||    
T  10459810 caagatttacacttggctttcatccataaaaatgaatagcgcttaactttgtcaagtaaaccgtgaatatcggaatgctcgttttgaaaaaaacatatgt 10459909  T
Q  508 tccgattcttccaaataacccaaacacaagaataccagataccttgcaagaaagcatgagtacatctagggagtcccgccatataacaaaaatgtatgtg 607  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10459910 tccgattcttccaaataatccaaacacaagaataccagataccttgcaagaaagcatgagtacatctagggagtcccgccatataacaaaaatgtatgtg 10460009  T
Q  608 gtgatcgcgtaactcaaagggatgcaccaaatacaaacctaaccacgaacaaacagaatacca 670  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10460010 gtgatcgcgtaactcaaagggatgcaccagatacaaacctaaccacgaacaaacagaatacca 10460072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 208 - 670
Target Start/End: Original strand, 25408894 - 25409357
Alignment:
Q  208 gcacaagctaagataagatatattaataacgccgacaatacaccctgcataaggcgtgcaaagagtggattaccgnnnnnnnnnttataagtacaaagtg 307  Q
    ||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||         ||||||| ||||||||    
T  25408894 gcacaaggtaaaatgagatatattaataacgccgacaatacaccctgcacaaggcgtgcaaagagtggattaccgaaaaaaaa-ttataagaacaaagtg 25408992  T
Q  308 cctgaacataaacaccagcctaccaaaaatcaaaataattcaaagaggaacacccatacaaagaagcggatgtgtccaccaatcaacccagctataacta 407  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  25408993 cctgaacacaaacaccaccctaccaaaaatcaaaataattcaaagaggaatacccatacaaagaagcggatgtgtccaccaatcaacccagctattacta 25409092  T
Q  408 caagatttacacttggctttcatccataaaaatgaatagcgcttaactttgtcaagtaaaccgtgaatatcggaaggctcgttttgnnnnnnncatatgt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||| |||    
T  25409093 caagatttacacttggctttcatccataaaaatgaatagcgcttaactttgtcaagtaaaccgtgaatatcggaaggctcgttttgaaaaaaacatttgt 25409192  T
Q  508 tccgattcttccaaataacccaaacacaagaataccagataccttgcaagaaagcatgagtacatctagggagtcccgccatataacaaaaatgtatgtg 607  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25409193 tctgattcttccaaataacccaaacacaagaataccagataccttgcaagaaagcatgagtacatctaggaagtcccgccatataacagaaatgtatgtg 25409292  T
Q  608 gtgatcgcgtaa--ctcaaagggatgcaccaaatacaaacctaaccacgaacaaacagaatacca 670  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25409293 gtgatcgcgtaactctcaaagggatgcaccaaatacaaacctaaccacgaacaaacagaatacca 25409357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 209 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 8009235 - 8008796
Alignment:
Q  209 cacaagctaagataagatatattaataacgccgacaatacaccctgcataaggcgtgcaaagagtggattaccgnnnnnnnnnttataagtacaaagtgc 308  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||         ||||||||||||||| |    
T  8009235 cacaagctaaaatgagatatattaataacgccgacaatacaccctgcacaaggtgtgcacagagtggattaccggaaaaaaa-ttataagtacaaagtac 8009137  T
Q  309 ctgaacataaacaccagcctaccaaaaatcaaaataattcaaagaggaacacccatacaaagaagcggatgtgtccaccaatcaacccagctataactac 408  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8009136 ctgaacacaaacaccaccctaccaaaaaacaaaataattcaaagaggaacacccatacaaagaagcggatgtgtccaccaatcaacccagctataactac 8009037  T
Q  409 aagatttacacttggctttcatccataaaaatgaatagcgcttaactttgtcaagtaaaccgtgaatatcggaaggctcgttttgnnnnnnncatatgtt 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||    
T  8009036 aagatttacacttggctttcatccataaaaatgaatagcgcttaactttgtcaagtaaaccgtgaatatcggaaggctcgttttgaaaaaaacatatgtt 8008937  T
Q  509 ccgattcttccaaataacccaaacacaagaataccagataccttgcaagaaagcatgagtacatctagggagtcccgccatataacaaaaatgtatgtgg 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8008936 ccgattcttccaaataacccaaacacaagaataccagataccttgcaagaaagcatgaatacatttagggagtcccgccatataacaaaaatgtatgtgg 8008837  T
Q  609 tgatcgcgtaactcaaagggatgcaccaaatacaaacctaa 649  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8008836 tgatcgcgtaactcaaagggatgcaccaaatacaaacctaa 8008796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 180; Significance: 8e-97; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 208 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 356588 - 356125
Alignment:
Q  208 gcacaagctaagataagatatattaataacgccgacaata-caccctgcataaggcgtgcaaagagtggattaccgnnnnnnnnnttataagtacaaagt 306  Q
    |||| |||||| || | |||||||||||||| || | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||         ||| |||||||||||    
T  356588 gcacgagctaaaatgatatatattaataacgtcggctataacaccctgcacaaggcgtgcaaagagtggaataccggaaaatat-ttacaagtacaaagt 356490  T
Q  307 gcctgaacataaacaccagcctaccaaaaatcaaaataattcaaagaggaacacccatacaaagaagcggatgtgtccaccaatcaacccagctataact 406  Q
    |||  ||||||  ||||| ||||||| || ||| ||||||||||||| | || |||||||||||||| || || ||||||||||||  ||||||| ||||    
T  356489 gcccaaacataggcaccaccctaccacaattcacaataattcaaagaaggacccccatacaaagaagtgggtgagtccaccaatcataccagctaaaact 356390  T
Q  407 acaagatttacacttggctttcatccataaaaa-tgaatagcgcttaactttgtcaagtaaaccgtgaatatcggaaggctcgttttgnnnnnnncatat 505  Q
    ||||||||||   ||  |||||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||       ||| |    
T  356389 acaagatttaagttttactttcatccaaaaaaaatgaataacgcttaacattgtcaagtaaaccgtgagaatcgaaaggctcgttttggaaaatgcattt 356290  T
Q  506 gttccgattcttccaaataacccaaacacaagaataccagataccttgcaagaaagcatgagtacatctagggagtcccgccatataacaaaaatgtatg 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| || ||||  | |||||||||  |||| ||||| |||    
T  356289 gttccgattcttccaaataacccaaacgcaagaataccaaataccttgcagaaaagcatgagtgcacctagaaattcccgccatgaaacagaaatgcatg 356190  T
Q  606 tggtgatcgcgtaactcaaagggatgcaccaaatacaaacctaaccacgaacaaacagaatacca 670  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  356189 tggtgatcgcgtaactcaaagtggtgcaccaaatacaaacctaaccacgaacaaacagaatacca 356125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 139; Significance: 2e-72; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 208 - 626
Target Start/End: Original strand, 46562009 - 46562427
Alignment:
Q  208 gcacaagctaagataagatatattaataacgccgacaata-caccctgcataaggcgtgcaaagagtggattaccgnnnnnnnnnttataagtacaaagt 306  Q
    ||||||||||| || | ||||||||||||||||| | ||| |||| |||| ||||||  ||||||||||| |||||         ||| |||||||||||    
T  46562009 gcacaagctaaaatgatatatattaataacgccggctataacaccatgcacaaggcgaacaaagagtggaataccggaaaatat-ttacaagtacaaagt 46562107  T
Q  307 gcctgaacataaacaccagcctaccaaaaatcaaaataattcaaagaggaacacccatacaaagaagcggatgtgtccaccaatcaacccagctataact 406  Q
    |||  |||| |  ||||| ||||||| |||| | ||||||||||||| | || | ||||||||||||||| || ||||||||||||  |||| || ||||    
T  46562108 gcccaaacacatgcaccaccctaccacaaattacaataattcaaagaaggaccctcatacaaagaagcgggtgagtccaccaatcataccagttaaaact 46562207  T
Q  407 acaagatttacacttggctttcatccataaaaatgaatagcgcttaactttgtcaagtaaaccgtgaatatcggaaggctcgttttgnnnnnnncatatg 506  Q
    |||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||| ||||||| |||||       ||| ||    
T  46562208 acaagatttaaattttgctttcatccaaaaaaatgaataacgcttaacattgtcaagtaaaccgtgagaatcgaaaggctcattttgaaaaatgcatttg 46562307  T
Q  507 ttccgattcttccaaataacccaaacacaagaataccagataccttgcaagaaagcatgagtacatctagggagtcccgccatataacaaaaatgtatgt 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||  ||||||||| | |||||||| |||||||||||  |||| || ||  |||    
T  46562308 ttccgattcttccaaataacccaaatgcaagaataccaaataccttgcataaaagcatgactgcatctaggaagtcccgccatgaaacataagtgcttgt 46562407  T
Q  607 ggtgatcgcgtaactcaaag 626  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  46562408 ggtgatcgcgtaactcaaag 46562427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 125; Significance: 5e-64; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 7 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 45349499 - 45349308
Alignment:
Q  7 agtatatactgaattaggatatttaattccggaatttaaaagtctattcggttcataatttcatatactcgtatccgtagtctatagtacgtttta-agg 105  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||    
T  45349499 agtatatactgaattagg-tatttaattccggaatttaaaactctatggggttcataatttcttatactcgtatccgtagtctatagtactttttttagg 45349401  T
Q  106 gtacagtctacgtagcactttactatagaaaataagaaatattttaagaggcaacttatctgtttaataggaaaatacaaaagagactaagta 198  Q
    ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  45349400 gtacaatctacatagtactttactatagaaaataataaatattttaagaggcaacttgtctgtttaataggaaaatacagaagagattaagta 45349308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 8e-60
Query Start/End: Original strand, 320 - 670
Target Start/End: Original strand, 23027273 - 23027623
Alignment:
Q  320 caccagcctaccaaaaatcaaaataattcaaagaggaacacccatacaaagaagcggatgtgtccaccaatcaacccagctataactacaagatttacac 419  Q
    ||||| ||||||| ||| || || ||||||| |  |||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||||  ||||||| |||||||| ||||| |     
T  23027273 caccaccctaccacaaaacacaaaaattcaatggagaacccccatacaaagaagcgggtgattccaccaatcataccagctaaaactacaatatttaaaa 23027372  T
Q  420 ttggctttcatccataaaaatgaatagcgcttaactttgtcaagtaaaccgtgaatatcggaaggctcgttttgnnnnnnncatatgttccgattcttcc 519  Q
    || ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| | ||| || |||  |||| |||||||||||||       | | |||||||||||| ||    
T  23027373 tttgctttcatccaaaaaaatgaataacgcttcacattgtctaataatccttgagaatcgaaaggctcgttttggaaaatgcttttgttccgattctgcc 23027472  T
Q  520 aaataacccaaacacaagaataccagataccttgcaagaaagcatgagtacatctagggagtcccgccatataacaaaaatgtatgtggtgatcgcgtaa 619  Q
    ||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||  ||| ||||||| |||||||| | |||||||||  |||| |||||  |||| ||||| |||||    
T  23027473 aaataacccaagcgcaagaataccaaataccttgcataaaaacatgagtgcatctaggcaatcccgccatgaaacagaaatgcttgtgatgatcacgtaa 23027572  T
Q  620 ctcaaagggatgcaccaaatacaaacctaaccacgaacaaacagaatacca 670  Q
    ||||||| | |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23027573 ctcaaagtggtgcacccaatataaacctaaccacgaacaaacagaatacca 23027623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 329 - 493
Target Start/End: Original strand, 10213797 - 10213961
Alignment:
Q  329 accaaaaatcaaaataattcaaagaggaacacccatacaaagaagcggatgtgtccaccaatcaacccagctataactacaagatttacacttggctttc 428  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| | || ||||||||||||||||| || ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||   || ||||||    
T  10213797 accacaaatcacaataattcaaagaaggactcccatacaaagaagcgggtgagtccaccaatcataccagctaaaactacaagatttaagttttgctttc 10213896  T
Q  429 atccataaaaatgaatagcgcttaactttgtcaagtaaaccgtgaatatcggaaggctcgttttg 493  Q
    ||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||  |||||||||||||    
T  10213897 atccaaaaaaataaataacgcttaacattgtcaagtaaaccgtgagaatcaaaaggctcgttttg 10213961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 709 - 756
Target Start/End: Complemental strand, 45349287 - 45349240
Alignment:
Q  709 gagaaatgttaattaaagttaaattagttatgttggttttcagcattt 756  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  45349287 gagaaatgttaattaaagttaaattagttatgttagttttcagcattt 45349240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 116; Significance: 1e-58; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 360 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 12699371 - 12699064
Alignment:
Q  360 cccatacaaagaagcggatgtgtccaccaatcaacccagctataactacaagatttacacttggctttcatccataaaaatgaatagcgcttaactttgt 459  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||||||  ||||||| | |||||| ||||| | || ||||||||||| ||||||||||   ||||||| ||||    
T  12699371 cccatacaaagaaacgggtgagtccaccaatcatgccagctaaatctacaatatttaaaatttgctttcatccaaaaaaatgaat---gcttaacattgt 12699275  T
Q  460 caagtaaaccgtgaatatcggaaggctcgttttgnnnnnnncatatgttccgattcttccaaataacccaaacacaagaataccagataccttgcaagaa 559  Q
    | ||||||||||||  |||| |||||||||||||       | | |||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||  ||    
T  12699274 ctagtaaaccgtgagaatcgaaaggctcgttttggaaaatgcttttgttccgattctgccaaataacccaagcgcaagaataccaaataccttgcataaa 12699175  T
Q  560 agcatgagtacatctagggagtcccgccatataacaaaaatgtatgtggtgatcgcgtaactcaaagggatgcaccaaatacaaacctaaccacgaacaa 659  Q
    | ||||||| |||||||| |||||||||||  |||| |||||  |||| ||||| |||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  12699174 aacatgagtgcatctaggaagtcccgccatgaaacagaaatgattgtgatgatcacgtagctcaaagtggtgcacccaatacaaacctaaccacaaacaa 12699075  T
Q  660 acagaatacca 670  Q
    |||||||||||    
T  12699074 acagaatacca 12699064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 104; Significance: 2e-51; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 320 - 624
Target Start/End: Original strand, 16974409 - 16974713
Alignment:
Q  320 caccagcctaccaaaaatcaaaataattcaaagaggaacacccatacaaagaagcggatgtgtccaccaatcaacccagctataactacaagatttacac 419  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||||||||  | | || ||||||||||||||||| || ||||||||||||  |||| || |||||||  ||||| |     
T  16974409 caccaccctaccacaaatcacaataattcaataaaggacccccatacaaagaagcgggtgagtccaccaatcataccagttaaaactacagtatttaaaa 16974508  T
Q  420 ttggctttcatccataaaaatgaatagcgcttaactttgtcaagtaaaccgtgaatatcggaaggctcgttttgnnnnnnncatatgttccgattcttcc 519  Q
    || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||  |||| |||||||||||||       ||| |||||||||||| ||    
T  16974509 tttgctttcatccaaaaaaatgaataacgcttaacattgtctagtaaaccgtgagaatcgaaaggctcgttttgaaaaatgcatttgttccgattctgcc 16974608  T
Q  520 aaataacccaaacacaagaataccagataccttgcaagaaagcatgagtacatctagggagtcccgccatataacaaaaatgtatgtggtgatcgcgtaa 619  Q
    ||||||||||| | ||||||||||| || |||||||  ||| ||||||| |||||||| |||||||||||  |||| |||||  |||| |||||  ||||    
T  16974609 aaataacccaagcgcaagaataccaaattccttgcataaaaacatgagtgcatctaggaagtcccgccatgaaacagaaatgcttgtgatgatcatgtaa 16974708  T
Q  620 ctcaa 624  Q
    |||||    
T  16974709 ctcaa 16974713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 98; Significance: 7e-48; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 360 - 670
Target Start/End: Original strand, 48777697 - 48778007
Alignment:
Q  360 cccatacaaagaagcggatgtgtccaccaatcaacccagctataactacaagatttacacttggctttcatccataaaaatgaatagcgcttaactttgt 459  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||  ||||||| |||||||| ||||| | || ||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||||    
T  48777697 cccatacaaagaagcgggtgagtccaccaatcataccagctaaaactacaatatttaaaatttgctttcatccgaaaaaatgaataacgcttaacattgt 48777796  T
Q  460 caagtaaaccgtgaatatcggaaggctcgttttgnnnnnnncatatgttccgattcttccaaataacccaaacacaagaataccagataccttgcaagaa 559  Q
    | | |||||| |||  |||| | | |||||||||       ||| |||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| ||  ||    
T  48777797 ctaataaaccttgagaatcgaacgactcgttttggaaaatacatttgttccgattctgccaaataacccaagcgcaagaataccaaataccttacataaa 48777896  T
Q  560 agcatgagtacatctagggagtcccgccatataacaaaaatgtatgtggtgatcgcgtaactcaaagggatgcaccaaatacaaacctaaccacgaacaa 659  Q
    | ||||||| ||||| || | |||||||||  |||| |||||  |||| ||| | |||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| |||||     
T  48777897 aacatgagtgcatcttggcactcccgccatgaaacagaaatgcttgtgatgagcacgtaactcaaagtggtgcacccaatacaaacctaaccatgaacac 48777996  T
Q  660 acagaatacca 670  Q
    ||| |||||||    
T  48777997 acaaaatacca 48778007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 209 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 44186023 - 44185873
Alignment:
Q  209 cacaagctaagataagatatattaataacgccgacaatacaccctgcataaggcgtgcaaagagtggattaccgnnnnnnnnnttataagtacaaagtgc 308  Q
    |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||           | ||||| ||||| |    
T  44186023 cacaagctaaaatgagatatattaataatgccgacaatacaccctgcacaaggtgtgcaaagagtggattaccggaaaaaa----aaaagtataaagtac 44185928  T
Q  309 ctgaacataaacaccagcctaccaaaaatcaaaataattcaaagaggaacaccca 363  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  44185927 ctgaacacaaacaccaccctaccaaaaaacaaaataattcaaagagaaacaccca 44185873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 355 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 13767651 - 13767614
Alignment:
Q  355 gaacacccatacaaagaagcggatgtgtccaccaatca 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  13767651 gaacacccatacaaagaagcggatgtttccacctatca 13767614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University