View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4869_low_1 (Length: 794)

Name: NF4869_low_1
Description: NF4869
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4869_low_1
NF4869_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-784)||(22339378-22340161)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 744; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 744; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 784
Target Start/End: Original strand, 22339378 - 22340161
Alignment:
Q  1 agtttcttgttgggtaagttagttcagaagggtgaagggagggtagcggttatggtttttgatcagattgtggggactgggattgtgccggatgtttata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22339378 agtttcttgttgggtaagttagttcagaagggtgaagggagggtagcggttatggtttttgatcagattgtggggactgggattgtgccggatgtttata 22339477  T
Q  101 tgtgtagtattgttgtcaacgcgcattgtcaggttgggagggtggatgttgctatggaggttttggagaagatggtgaaggaggggttggagccgaatgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22339478 tgtgtagtattgttgtcaacgcgcattgtcaggttgggagggtggatgttgctatggaggttttggagaagatggtgaaggaggggttggagccgaatgt 22339577  T
Q  201 tgtaacttacaatggtttggttaatgggtatgttggtcgaggtgattctgaaggagttgagagggtgttgaggttgatgtctgagagaggggtttcgagg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22339578 tgtaacttacaatggtttggttaatgggtatgttggtcgaggtgattttgaaggagttgagagggtgttgaggttgatgtctgagagaggggtttcgagg 22339677  T
Q  301 aatgtggttacttgtacgatgttgatgagggggtattgtaagaaggggaagatggatgaggcggagaagttgcttcgggaagtggaggaggatgagttgt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22339678 aatgtggttacttgtacgatgttgatgagggggtattgtaagaaggggaagatggatgaggcggagaagttgcttcgggaagtggaggaggatgagttgt 22339777  T
Q  401 tagttgttgatgagcgtgtttatggtgtgttggtggatgggtattgtcaaatggggagaatggaggatgctgttaggattcgagatgagatgttgagggt 500  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22339778 tggttgttgatgagcgtgtttatggtgtgttggtggatgggtattgtcaaatggggagaatggaggatgctgttaggattcgagatgagatgttgagggt 22339877  T
Q  501 tgggttgaagatgaatatggttatttgtaacacattgattaagggatattgtaagctcggtcaggtttgtgaagcggagcgagtgtttgttgggatggtg 600  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  22339878 tgggttgaaggtgaatatggttatttgtaacacgttgattaagggatattgtaagcttggtcaggtttgtgaagctgagcgagtgtttgtggggatggtg 22339977  T
Q  601 ggttggaatttgaggccagattgttatagctataatacacttttggatggatactgcagagaagggaaagtgagcaaggcttttatgctttgcgaggaga 700  Q
    | ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22339978 gattggaatttgaagccggattgttatagctataatacacttttggatggatactgcagagaagggaaagtgagcaaggcttttatgctttgcgaggaga 22340077  T
Q  701 tgttaggagacgggattactccaacagttgtgacgtataatactgttatcaagggattggttgatgtgggttcctatgatgatg 784  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22340078 tgttaggagacgggattactccaacagttgtgacgtataatactgttatcaagggattggttgatgtgggttcctatgatgatg 22340161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University