View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4870-Insertion-1 (Length: 1140)

Name: NF4870-Insertion-1
Description: NF4870
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4870-Insertion-1
NF4870-Insertion-1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-980)||(35506671-35507653)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 762; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 762; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 980
Target Start/End: Complemental strand, 35507653 - 35506671
Alignment:
Q  8 aagaaaggagagagagcaacaaaactagaaaacttaagg-aaattgaaatcatctgacaaaaattggactattcaggttccgactttagcaaatttggtt 106  Q
    ||||||||||| | || | ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35507653 aagaaaggagaaaaagtagcaacactagaaaacttaagggaaattgaaatcatctgactaagattggactattcaggttccgactttagcaaatttggtt 35507554  T
Q  107 caaaacatgaattgtctgatcttcatttgaagactctgattgactgactaactaacatagtaactgtgttttacctcagttttcgaaggaccattgaaat 206  Q
    |||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  35507553 caaaacatgaatcgtctgatcttcatccaaagactctgattaactgaataactaacataatgaccatgttttacctcagttttggaaggaccattgaaat 35507454  T
Q  207 catctaggagcaaaaactggaagatatcatcaagggcgattttcctttctctatgttgatcaacatgaaccgtttcctgttgtgtccttctcagttgcca 306  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  35507453 catctaggaacaaaaaccggaagatatcatcaagggcgattttcctttctctatgttgatcaacatgaaccgtttcctgttgtgtccttctcagctgcaa 35507354  T
Q  307 aaccttgtcaacaattttctccgtatccaataacgtgaaattctcctcgccttgatgctccacaagaaaccgatgtaattgctcggttgacatgtatgat 406  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35507353 aatcttatcaacaattttctccgtatccaataacgtgaaattctcctcgccttgatgctccacaagaaaccggtgtaattgctcggttgacatgtatgat 35507254  T
Q  407 ccacctccggcaaactcagaaaaaatctccctgaggtcttcaggtggaaccagctcagtcaccttatactttttgataaagaacaagactcttttgtact 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35507253 ccacctccggcaaactcagaaaaaatctccctgaggtcttcaggtggaaccagctcagtcaccttatactttttgataaagaacaagactcttttgtact 35507154  T
Q  507 tgttgtatgttaccatcttatttcccatgtttttcctctcagtgttcctcaaaagctttccacacacaaagtttaatcaccaaaacatgcacttatataa 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35507153 tgttgtatgttaccatcttatttcccatgtttttcctctcagtgttcctcaaaagctttccacacacaaagtttaatcaccaaaacatgcacttatataa 35507054  T
Q  607 tgcatgatcaactagtagaaaatcaagaagcttcttctatgcagaatctctttctcactatgctaactaccatgcnnnnnnnngtttctatcttcaaaaa 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||    
T  35507053 tgcatgatcaactagtagaaaatcaagaagcttcttctatgcagaatctctttctcactatgctaactaccatgc-tttttttgtttctatcttcaaaaa 35506955  T
Q  707 taaaatatctgtgttcaatcatctttatgtaaatcaacataactaacaattatatccattaacatagtgagaa------tagtatctaatgctgtgatta 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||    
T  35506954 taaaatatctgtgttcaatcatctttatgtaaatcaacataactaacaattatatccattaacatagtgagaatagtattagtatctaatgctgtgatta 35506855  T
Q  801 gctttcacataatgcaacaatatattatacagaaaagcattgaaacactgacttaaaaaataagacaaagactcaaaagttcaagtgcatgtatgttttt 900  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35506854 gctttcacataatgcaaccatatattatacagaaaagcattgaaacactgacttaaaaaataagacaaagactcaaaagttcaagtgcatgtatgttttt 35506755  T
Q  901 tgagagtattagtatacgcacatgnnnnnnnnncttca--gtatatattta-tactacacacag-tacacatgtatcatatgat 980  Q
    ||||||||||||||||||||||||         |||||   |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35506754 tgagagtattagtatacgcacatgtttttttttcttcaagttatatatttattactacacacagttacacatgtatcatatgat 35506671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University