View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4870_low_3 (Length: 543)

Name: NF4870_low_3
Description: NF4870
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4870_low_3
NF4870_low_3
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (13-523)||(2461175-2461685)
chr5 (13-523)||(2450159-2450669)
chr5 (13-522)||(2445399-2445908)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 495; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 495; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 2461685 - 2461175
Alignment:
Q  13 aatattaggttccactaagaagcgaataaccactaatcgtatgccagggtgttcggccatacgggctccataagcaagagcttcatggtcatcaccaccg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2461685 aatattaggttccactaagaagcgaataaccactaatcgtatgccagggtgttcggccatacgggctccataagcaagagcttcatggtcatcaccaccg 2461586  T
Q  113 ccaaagaaaagcacggcaatgcaataggaaacattacttgcagacacatgacatgaaccaccgagcccacgatcaacaaaaattccaactgagcatggtg 212  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  2461585 ccaaagaaaagcacagcaatgcaataggaaacattacttgcagacacatgacatgaaccaccgagcccacgatcaacaaaaattccaactgagcatgaag 2461486  T
Q  213 catgctcgagtacccttttgttaaccagtcgaaaatcatttcttataatgcctagtgaaccgtctaatctttgttgcttatgaaatggaagaatgatgac 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2461485 catgctcgagtacccttttgttaaccagtcgaaaatcatttcttataatgcctagtgaaccgtctaatctttgttgcttatgaaatggaagaatgatgac 2461386  T
Q  313 tgcggctctctttctatcagcagttgcacaaatgtcttcatgaatgttcgccattgatgaaattgctatcattggccggacacacacttgacttagtttt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2461385 tgcggctctctttctatcagcagttgcacaaatgtcttcatgaatgttcgccattgatgaaattgctatcattggccggacacacacttgacttagtttt 2461286  T
Q  413 tggtaagcctcaaatgccacaataacatggacagaatctccatggcgacctttatcccaaaacggcaacccattttgtcttaccttttgtgccattagta 512  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2461285 tggtaagcctcaaacgccacaataacatggacagaatctccatggcgacctttatcccaaaacggcaacccattttgtcttaccttttgtgccattagta 2461186  T
Q  513 tcgatgaggac 523  Q
    |||||||||||    
T  2461185 tcgatgaggac 2461175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 2450669 - 2450159
Alignment:
Q  13 aatattaggttccactaagaagcgaataaccactaatcgtatgccagggtgttcggccatacgggctccataagcaagagcttcatggtcatcaccaccg 112  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  2450669 aatattaggttccactaagaagtgaataaccactaattgtatgccagggtgttcggccatacgagctccataagcaagagcttcacggtcatcaccacca 2450570  T
Q  113 ccaaagaaaagcacggcaatgcaataggaaacattacttgcagacacatgacatgaaccaccgagcccacgatcaacaaaaattccaactgagcatggtg 212  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2450569 ccaaagaaaagcacagcaatgcaataggaaacgttacttgcagacacatgacatgaaccaccaagcccacgatcaacaaaaattccaactgagcacggtg 2450470  T
Q  213 catgctcgagtacccttttgttaaccagtcgaaaatcatttcttataatgcctagtgaaccgtctaatctttgttgcttatgaaatggaagaatgatgac 312  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2450469 catgctctagtacccttttgttaaccaaacgaaaatcgtttcttataatgtctagtgaaccgtctactctttgttgcttatgaaatggaagaatgatgac 2450370  T
Q  313 tgcggctctctttctatcagcagttgcacaaatgtcttcatgaatgttcgccattgatgaaattgctatcattggccggacacacacttgacttagtttt 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  2450369 tgcggctctctttctatcagcagttgtacagatgtcttcatgaatgttcgccatcgatgaaattgctatcattggccggacaaacacttggcttagtttt 2450270  T
Q  413 tggtaagcctcaaatgccacaataacatggacagaatctccatggcgacctttatcccaaaacggcaacccattttgtcttaccttttgtgccattagta 512  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2450269 tggtaagcctcgaacgccacaataacatggagagaatctccatggcgacctttatcccaaaacggcaacccattttgtcttaccttttgtgccattagta 2450170  T
Q  513 tcgatgaggac 523  Q
    |||||||||||    
T  2450169 tcgatgaggac 2450159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 13 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 2445908 - 2445399
Alignment:
Q  13 aatattaggttccactaagaagcgaataaccactaatcgtatgccagggtgttcggccatacgggctccataagcaagagcttcatggtcatcaccaccg 112  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||     
T  2445908 aatagtagattccactaagaagcgaataatcactaatcttatgccagggtgctcggccgtacgagctccgtaagcaagagcttcacggtcatcaccacca 2445809  T
Q  113 ccaaagaaaagcacggcaatgcaataggaaacattacttgcagacacatgacatgaaccaccgagcccacgatcaacaaaaattccaactgagcatggtg 212  Q
    |||||||||||||| || |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2445808 ccaaagaaaagcacagccacacaataagaaacattacttgcagacacatgacatgtaccaccaagtccgcgatcaacaaaaattccaactgagcatggtg 2445709  T
Q  213 catgctcgagtacccttttgttaaccagtcgaaaatcatttcttataatgcctagtgaaccgtctaatctttgttgcttatgaaatggaagaatgatgac 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||    
T  2445708 catgctcgagtacccttttgttaacaaatcgaaaatcatttcttgtaacgtctagtgaaccatctaatctttgttgcatatggaatgggagaatgatgac 2445609  T
Q  313 tgcggctctctttctatcagcagttgcacaaatgtcttcatgaatgttcgccattgatgaaattgctatcattggccggacacacacttgacttagtttt 412  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||| |||||||| || ||||||| |||||| || ||||| ||||||||||||||     
T  2445608 tgcggctctctttctttcagcggtagcacatatgtcttcgtgaatgttagccattgaggagattgctaccattggacgaacacaaacttgacttagtttc 2445509  T
Q  413 tggtaagcctcaaatgccacaataacatggacagaatctccatggcgacctttatcccaaaacggcaacccattttgtcttaccttttgtgccattagta 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||| |||||| |||||||| |||| |||||| |||||| |||||||||    
T  2445508 tggtaagcctcaaatgccacaataacatggtcagaatctgcacggtgacctttattccaaaatggcaacccgttttttcttactttttgtaccattagta 2445409  T
Q  513 tcgatgagga 522  Q
    ||||||||||    
T  2445408 tcgatgagga 2445399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University