View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4872-Insertion-1 (Length: 784)

Name: NF4872-Insertion-1
Description: NF4872
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4872-Insertion-1
NF4872-Insertion-1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (7-768)||(38174625-38175389)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 554; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 554; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 768
Target Start/End: Complemental strand, 38175389 - 38174625
Alignment:
Q  7 acaaaatgcatataaaaagtaagataaatattgaatgaaaaagggataagatggcaaaatttgtt--gtgtttgattgatgtgtgtcatttactttatac 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  38175389 acaaaatgcatataaaaagtaagataaatattgaatgaaaaagggataagatagcaaaatttgttttgtgtttgattgatgtgt--catttactttatac 38175292  T
Q  105 ataatatgtatttatatgcaaaactatttctactctcctaaacgacatggccctacaacttatcatccttttctcattattaactccaagtatgtaatct 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38175291 ataatatgtatttatatgcaaaactatttctactctcctaaacgacatggccctacaacttatcattcttttctcattattaactccaagtatgtaatct 38175192  T
Q  205 taagacctcttgcttcttttgaaacacaaatatgatctaagctaacccaacaaatcttatttacctctatcccacccacctcccccacaaaaattatctt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38175191 taagacctcttgcttcttttgaaacacaaatatgatctaagctaacccaacaaatcttatttacctctatcccacccacctcccccacaaaaattatctt 38175092  T
Q  305 tgaatagatatcatcttacttataatcttttaggggctatgtatagaatgaaaagaa----aacaaacaaaatatatagtgagagaattgattgaactta 400  Q
    | |||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    || ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  38175091 taaatagatatcatcttagttataaccttttaggggctttgtatagaatgaaaagaaaaacaaaaaaaaaaaaatatagtgagagaattgattgaattta 38174992  T
Q  401 attcatcaatact---ccaccaatatatacttcatttgattacatttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagtagtttttaagtttattgaataagtaa 497  Q
    |||||||||||||   ||||||||||||| ||||| || ||||||||||                    ||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  38174991 attcatcaatactccaccaccaatatatatttcatctggttacatttat-----aagtaaaaaaaaaaaaatatagtttttaagtttattgaataagtaa 38174897  T
Q  498 tggaattgaactataaatatgattatatgcattaattatttaatgaagctataaaattgtgtttgatgtgacatgaaggagtacaaatgtttacctttcc 597  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38174896 tgtaatcgaactataaatatgattatatacattaattatttaatgaagctacaaaattgtgtttgatgtgacatgaaggagtacaaatgtttacctttcc 38174797  T
Q  598 gattagctaatttgttcatcatcgaatcaataacaagtttccatgtttcgtatttcacatgacaaaaatgaagatgcagctgccacatattcatcaggtt 697  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38174796 tattagctaatttgttcatcatcgaatcaataaaaagtttccatatttcgtatttcacatgacaaaaatgaagatgcagctgccacatattcatcaggtt 38174697  T
Q  698 gattaaatgc-gaaatgcgctactctgatgaaaattcagtcagatttctataacactcagctgccacaattt 768  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38174696 gattaaatgcaaaaatgcgctactctgatgaaaattcagtcagatttctataacactcagctgccacaattt 38174625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University