View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4872_high_8 (Length: 328)

Name: NF4872_high_8
Description: NF4872
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4872_high_8
NF4872_high_8
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (1-317)||(186563-186879)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (1-317)||(5828449-5828765)
chr7 (1-317)||(21069956-21070272)
chr7 (1-315)||(7036731-7037045)
chr7 (1-317)||(9001039-9001355)
chr7 (1-315)||(12785872-12786186)
chr7 (1-317)||(22843813-22844128)
chr7 (1-315)||(12781042-12781356)
chr7 (1-115)||(42232210-42232324)
chr7 (200-313)||(42232097-42232210)
chr7 (152-197)||(18939139-18939184)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (1-317)||(24268964-24269280)
chr2 (2-317)||(27509383-27509698)
chr2 (2-313)||(17683724-17684035)
chr2 (1-317)||(24245834-24246150)
chr2 (2-315)||(27192500-27192813)
chr2 (2-315)||(27842314-27842627)
chr2 (1-317)||(21395379-21395695)
chr2 (1-315)||(28666066-28666380)
chr2 (1-315)||(37824900-37825214)
chr2 (1-315)||(41920067-41920381)
chr2 (149-313)||(35609698-35609862)
chr2 (9-112)||(35609867-35609970)
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (1-317)||(25542687-25543003)
chr5 (1-317)||(14192706-14193022)
chr5 (1-317)||(17871532-17871847)
chr5 (1-317)||(39883192-39883508)
chr5 (1-315)||(37372947-37373261)
chr5 (1-315)||(8428468-8428782)
chr5 (1-315)||(27881095-27881409)
chr5 (3-314)||(3689989-3690300)
chr5 (3-314)||(3876487-3876798)
chr5 (1-317)||(37261324-37261628)
chr5 (1-115)||(30346523-30346637)
chr5 (200-317)||(24629954-24630071)
chr5 (1-115)||(10025189-10025303)
chr5 (200-317)||(10025072-10025189)
chr5 (200-317)||(30346637-30346754)
chr5 (28-115)||(24629867-24629954)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (1-315)||(2453011-2453325)
chr1 (1-317)||(16042034-16042350)
chr1 (2-315)||(2329180-2329490)
chr1 (1-313)||(36207228-36207540)
chr1 (1-317)||(18148697-18149013)
chr1 (1-315)||(37390046-37390360)
chr1 (1-315)||(6310888-6311202)
chr1 (3-314)||(48775231-48775542)
chr1 (1-206)||(48233498-48233703)
chr1 (149-317)||(48238519-48238687)
chr1 (200-317)||(52500678-52500795)
chr1 (28-115)||(52500795-52500882)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (1-317)||(1860686-1861002)
chr4 (1-317)||(49710182-49710497)
chr4 (1-315)||(35855918-35856232)
chr4 (1-315)||(38518107-38518421)
chr4 (1-315)||(49786722-49787036)
chr4 (1-241)||(13337320-13337560)
chr4 (5-153)||(618122-618270)
chr4 (1-115)||(55559017-55559131)
chr4 (200-317)||(55559131-55559248)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (1-315)||(2202073-2202387)
chr6 (1-317)||(30881336-30881651)
chr6 (2-317)||(10187553-10187868)
chr6 (2-317)||(15333652-15333967)
chr6 (8-315)||(18344136-18344443)
chr6 (26-315)||(29639947-29640236)
chr6 (26-315)||(31510118-31510407)
chr6 (192-317)||(12517397-12517522)
chr6 (4-80)||(12517520-12517596)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (1-317)||(21113638-21113954)
chr8 (1-317)||(25218459-25218775)
chr8 (1-315)||(7821849-7822163)
chr8 (1-315)||(30307188-30307502)
chr8 (1-315)||(25208941-25209240)
chr8 (113-317)||(31978533-31978737)
[»] scaffold1139 (1 HSPs)
scaffold1139 (11-313)||(1013-1315)
[»] scaffold0073 (3 HSPs)
scaffold0073 (1-317)||(31942-32257)
scaffold0073 (113-317)||(19466-19670)
scaffold0073 (1-74)||(3-76)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (2-317)||(5155-5469)
[»] scaffold0550 (1 HSPs)
scaffold0550 (1-317)||(466-782)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (1-313)||(10110613-10110925)
chr3 (1-316)||(13530049-13530364)
chr3 (9-309)||(10968684-10968983)
chr3 (1-315)||(32782-33096)
chr3 (1-313)||(10000420-10000732)
chr3 (1-315)||(50410183-50410493)
chr3 (1-301)||(10237580-10237879)
chr3 (61-313)||(52918079-52918330)
chr3 (3-314)||(11368659-11368962)
chr3 (3-314)||(11362270-11362584)
chr3 (1-317)||(10038649-10038955)
chr3 (152-313)||(46913084-46913245)
chr3 (180-317)||(47692978-47693115)
[»] scaffold0262 (1 HSPs)
scaffold0262 (2-317)||(19015-19329)
[»] scaffold0356 (1 HSPs)
scaffold0356 (1-317)||(17770-18079)
[»] scaffold0090 (1 HSPs)
scaffold0090 (1-315)||(48830-49144)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (3-314)||(182823-183134)
scaffold0003 (3-314)||(165542-165856)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (1-317)||(321230-321546)
[»] scaffold0025 (1 HSPs)
scaffold0025 (121-317)||(16693-16889)
[»] scaffold0107 (1 HSPs)
scaffold0107 (1-145)||(39937-40081)
[»] scaffold0118 (2 HSPs)
scaffold0118 (1-115)||(28613-28727)
scaffold0118 (200-317)||(28727-28844)
[»] scaffold0888 (1 HSPs)
scaffold0888 (229-313)||(24-108)
[»] scaffold1424 (1 HSPs)
scaffold1424 (271-313)||(1661-1703)


Alignment Details
Target: scaffold0017 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 186879 - 186563
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  186879 gtacttgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 186780  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  186779 aaattcctgaagatttgctcatatcgtacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 186680  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  186679 atttttccaataaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagctgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 186580  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    |||||||||||||||||    
T  186579 ttaagctctgattctgt 186563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 5828449 - 5828765
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5828449 gtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacggcaacaacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 5828548  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5828549 aaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatcttttgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgct 5828648  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5828649 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgactcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 5828748  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    |||||||||||||||||    
T  5828749 ttaagctctgattctgt 5828765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 21069956 - 21070272
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21069956 gtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttgacaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgtttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 21070055  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||    
T  21070056 aaattcctgaagatttgctcatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtaacctgct 21070155  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  21070156 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcctggtgaagagaaagagtat 21070255  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    |||||||||||||||||    
T  21070256 ttaagctctgattctgt 21070272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 7037045 - 7036731
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  7037045 gtacctgcagagcaagaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 7036946  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  7036945 aaattcctgaagattcgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 7036846  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  7036845 acttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 7036746  T
Q  301 ttaagctctgattct 315  Q
    |||| ||||||||||    
T  7036745 ttaacctctgattct 7036731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 9001039 - 9001355
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9001039 gtacctgcatagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggatacggcaacgatgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 9001138  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    |||||| |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||  ||    
T  9001139 aaattcttgaagatttgttgatatcggacacaacaaatccgttgatgtctcttatagactttgtttatcccgatctgattgataaccttggtgaccaact 9001238  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | ||||| |||||||||||||||||||    
T  9001239 atttttccaagaaaggggaatactcgcactaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtat 9001338  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    |||||||||||||||||    
T  9001339 ttaagctctgattctgt 9001355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Original strand, 12785872 - 12786186
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  12785872 gtacctacagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 12785971  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  12785972 aaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 12786071  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| || ||| || || | ||||| |||||||||||||||||||    
T  12786072 atttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtat 12786171  T
Q  301 ttaagctctgattct 315  Q
    |||| ||||||||||    
T  12786172 ttaacctctgattct 12786186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 22844128 - 22843813
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | || |||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  22844128 gtacctgtagagcaggaataaattgctaattttggcaattggatactcttaattagagaaggcaacgtcgcttcggatgaga-tggtgaaatgaaggtag 22844030  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  22844029 aaattcttgaagatttgctcatatctgacacaacaaatctgttgatgtcacttatagacattgtgtatctcgatttaaatgataaccttggtgacctgct 22843930  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22843929 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattctgttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 22843830  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    ||||| |||| ||||||    
T  22843829 ttaagttctgtttctgt 22843813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Original strand, 12781042 - 12781356
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  12781042 gtacctgtagagcaagaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacgacaatgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 12781141  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  12781142 aaattcctgaagatttgctgatataagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 12781241  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  12781242 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 12781341  T
Q  301 ttaagctctgattct 315  Q
    |||| ||||||||||    
T  12781342 ttaacctctgattct 12781356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 42232324 - 42232210
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  42232324 gtacctgcagagtagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacggcaacaacggttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 42232225  T
Q  101 aaattcctgaagatt 115  Q
    |||||||||||||||    
T  42232224 aaattcctgaagatt 42232210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 200 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 42232210 - 42232097
Alignment:
Q  200 tatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagta 299  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42232210 tatttttccaagaaaggggaatactctcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 42232111  T
Q  300 tttaagctctgatt 313  Q
    ||||| ||||||||    
T  42232110 tttaaactctgatt 42232097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 152 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 18939184 - 18939139
Alignment:
Q  152 ttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgaccc 197  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  18939184 ttataaactttgtgtatcccgatttgaatgataactttggtaaccc 18939139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 24268964 - 24269280
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24268964 gtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacggcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 24269063  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24269064 aaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgct 24269163  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24269164 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 24269263  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    |||| ||||||||||||    
T  24269264 ttaaactctgattctgt 24269280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 2 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 27509698 - 27509383
Alignment:
Q  2 tacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27509698 tacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtagatactctcaattggagacagcaacgacgcttcagatgagaatggtgagatgaaggtaga 27509599  T
Q  102 aattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 201  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27509598 aattcctaaagatttgctcatgtcggacacaacaaattcgttgatatcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacctgcta 27509499  T
Q  202 tttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatt 301  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27509498 tttttccaagaaaggggaatactcgcatcaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatt 27509399  T
Q  302 taagctctgattctgt 317  Q
    ||||||||||||||||    
T  27509398 taagctctgattctgt 27509383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 2 - 313
Target Start/End: Original strand, 17683724 - 17684035
Alignment:
Q  2 tacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 101  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17683724 tacctgtagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtaaaatgaaggtaga 17683823  T
Q  102 aattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 201  Q
    |||||||||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17683824 aattcctgaatattcgctcatattggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 17683923  T
Q  202 tttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatt 301  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  17683924 tttttccaagaaaggggaatactcgctccaacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatt 17684023  T
Q  302 taagctctgatt 313  Q
    |||||| |||||    
T  17684024 taagctatgatt 17684035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 24246150 - 24245834
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| || |||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  24246150 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatgttggcatgtggattctctcaattggagacggcaacgacgctttggatgagaatggtgaaatgaaggtag 24246051  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24246050 aaattcctaaagatttgctcataacggacacaacaaatccgtggatgtcacttatagaccttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 24245951  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24245950 attttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 24245851  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    ||||| |||||||||||    
T  24245850 ttaagatctgattctgt 24245834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 2 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 27192813 - 27192500
Alignment:
Q  2 tacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 101  Q
    |||||| ||||||||||||||||  |||||||| | |||| ||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27192813 tacctgtagagcaggaagaaattcataattttgacaagtggatactctcaactggtgacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 27192714  T
Q  102 aattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 201  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27192713 aattcctaaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgaccctcta 27192614  T
Q  202 tttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatt 301  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || || | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  27192613 tttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtatt 27192514  T
Q  302 taagctctgattct 315  Q
    ||||||||||||||    
T  27192513 taagctctgattct 27192500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 2 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 27842627 - 27842314
Alignment:
Q  2 tacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 101  Q
    |||||| ||||||||||||||||  |||||||| | |||| ||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27842627 tacctgtagagcaggaagaaattcataattttgacaagtggatactctcaactggtgacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 27842528  T
Q  102 aattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 201  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27842527 aattcctaaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgaccctcta 27842428  T
Q  202 tttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatt 301  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || || | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  27842427 tttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtatt 27842328  T
Q  302 taagctctgattct 315  Q
    ||||||||||||||    
T  27842327 taagctctgattct 27842314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 21395695 - 21395379
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21395695 gtacctgcagatcaggaagaaattgctaatttcggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 21395596  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  21395595 aaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcgcttatagactttgtatatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 21395496  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  21395495 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 21395396  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    |||||||||||||||||    
T  21395395 ttaagctctgattctgt 21395379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Original strand, 28666066 - 28666380
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  28666066 gtacctacagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 28666165  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  28666166 aaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 28666265  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| || ||| || || | ||||| |||||||||||||||||||    
T  28666266 atttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtat 28666365  T
Q  301 ttaagctctgattct 315  Q
    |||| ||||||||||    
T  28666366 ttaacctctgattct 28666380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Original strand, 37824900 - 37825214
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  37824900 gtacctacagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 37824999  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||  ||    
T  37825000 aaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctaaatgataaccttggtgaccaact 37825099  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| || ||| || || | ||||| |||||||||||||||||||    
T  37825100 atttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtat 37825199  T
Q  301 ttaagctctgattct 315  Q
    |||| ||||||||||    
T  37825200 ttaacctctgattct 37825214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Original strand, 41920067 - 41920381
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  41920067 gtacctgtagagcaggaagaaattgataatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 41920166  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  41920167 aaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 41920266  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| || ||||| |||||| || ||| || ||   ||||||||||||||| |||||||||    
T  41920267 atttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattaagcatgttaacgaatttatgatgtcgttgattccaggtgaagataaagagtat 41920366  T
Q  301 ttaagctctgattct 315  Q
    |||| ||||||||||    
T  41920367 ttaacctctgattct 41920381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 149 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 35609862 - 35609698
Alignment:
Q  149 cacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttga 248  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35609862 cacttatagactttgtgtattccgatttgaatgataacattggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttga 35609763  T
Q  249 gcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgatt 313  Q
    | || |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35609762 gtatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgatt 35609698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 9 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 35609970 - 35609867
Alignment:
Q  9 agagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcct 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35609970 agagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgaagtttcggatcagaatggtgaaatgaaggtagaaatttct 35609871  T
Q  109 gaag 112  Q
    ||||    
T  35609870 gaag 35609867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 25542687 - 25543003
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25542687 gtacctgcaaagcagaaagaaattgctaactttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 25542786  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25542787 aaattcctgaagattttctcatatcggacacaacaaatatgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 25542886  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25542887 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 25542986  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    |||||||||||||||||    
T  25542987 ttaagctctgattctgt 25543003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 14192706 - 14193022
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||| |||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  14192706 gtacctgtagagtaggaagaaattgctaattttgacaagtggatactctcaattggagacggcaacgaagtttcggatcagaatggtgaaatgaaggtag 14192805  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14192806 aaatttctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgatccgct 14192905  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14192906 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttaattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 14193005  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    |||||||||||||||||    
T  14193006 ttaagctctgattctgt 14193022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 17871532 - 17871847
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||||| |||| |||| ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  17871532 gtacctgcagagcaggaataaattgctaattttggcaaatggatactctcaattagagaaggcaacggcgcttcggatgaga-tggtgaaatgaaggtag 17871630  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17871631 aaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagacattgtgtatctcgatttaaatgataaccttggtgacccgct 17871730  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17871731 atttttccaagaaagggaaatactcgcaccaacgcttgattctgttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 17871830  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    |||||||||| ||||||    
T  17871831 ttaagctctggttctgt 17871847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 39883508 - 39883192
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  39883508 gtacatgcagagcatgaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 39883409  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    | |||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||    
T  39883408 atattcctaaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgcccagct 39883309  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    ||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || ||   ||||||| |||||||||||||||||    
T  39883308 attttgccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgttgattccaagtgaagagaaagagtat 39883209  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    |||||||||||||||||    
T  39883208 ttaagctctgattctgt 39883192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 37373261 - 37372947
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  37373261 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 37373162  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  37373161 aaattcctgaagatttgctgatatcagacataacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 37373062  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  || ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37373061 atttttcgaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaaccaatttatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 37372962  T
Q  301 ttaagctctgattct 315  Q
    |||||||||||||||    
T  37372961 ttaagctctgattct 37372947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Original strand, 8428468 - 8428782
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  8428468 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 8428567  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  8428568 aaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 8428667  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  8428668 atttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 8428767  T
Q  301 ttaagctctgattct 315  Q
    |||| ||||||||||    
T  8428768 ttaacctctgattct 8428782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 27881409 - 27881095
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  27881409 gtacatgcagagcaggtagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcggatgacaatggtgaaataaaggtag 27881310  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  27881309 aaactcctgaagatttgctgatatcggacccaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 27881210  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || ||| || || | ||||||| |||||||||||||||||    
T  27881209 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagctgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaagtgaagagaaagagtat 27881110  T
Q  301 ttaagctctgattct 315  Q
    |||||||||||||||    
T  27881109 ttaagctctgattct 27881095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 3 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 3690300 - 3689989
Alignment:
Q  3 acctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaa 102  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  3690300 acctgcagagcaggaagaaactgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacacttcgaatgagaatggtgaaatgaaggtagaa 3690201  T
Q  103 attcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctat 202  Q
    |||||  ||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| || |    
T  3690200 attcccaaagatttgctcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatggactttgtatatcccgatttgaatgataacattggtgacccactct 3690101  T
Q  203 ttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtattt 302  Q
    |||| ||| ||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| || |||  ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  3690100 tttttcaagaaaagtgaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaagtggagagaaagagtattt 3690001  T
Q  303 aagctctgattc 314  Q
    ||||||||||||    
T  3690000 aagctctgattc 3689989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 3 - 314
Target Start/End: Original strand, 3876487 - 3876798
Alignment:
Q  3 acctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaa 102  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  3876487 acctgcagagcaggaagaaactgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcgaatgagaatggtgaaatgaaggtagaa 3876586  T
Q  103 attcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctat 202  Q
    |||||  ||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| || |    
T  3876587 attcccaaagatttgctcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatggactttgtatatcccgatttgaatgataacattggggacccactct 3876686  T
Q  203 ttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtattt 302  Q
    |||| ||| ||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| || |||  ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  3876687 tttttcaagaaaagtgaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaagtggagagaaagagtattt 3876786  T
Q  303 aagctctgattc 314  Q
    ||||||||||||    
T  3876787 aagctctgattc 3876798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 37261628 - 37261324
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||     
T  37261628 gtacgtgcagagcaagaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggatgagaatggtgaaacgaaggtat 37261529  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||| | ||||||||||| |||| | |||||||||  ||||||||| |          |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |    
T  37261528 aaatttccgaagatttgcttatattggacacaacaa--ccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttaatgacccgtt 37261441  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||| ||| ||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| || |||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  37261440 attttttcaagaaaggggaatacttgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtat 37261341  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    |||||||||||||||||    
T  37261340 ttaagctctgattctgt 37261324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 115
Target Start/End: Original strand, 30346523 - 30346637
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30346523 gtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacggcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 30346622  T
Q  101 aaattcctgaagatt 115  Q
    |||||||||||||||    
T  30346623 aaattcctgaagatt 30346637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 200 - 317
Target Start/End: Original strand, 24629954 - 24630071
Alignment:
Q  200 tatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagta 299  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24629954 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 24630053  T
Q  300 tttaagctctgattctgt 317  Q
    ||||| ||||||||||||    
T  24630054 tttaaactctgattctgt 24630071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 10025303 - 10025189
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10025303 gtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattagagacggtaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 10025204  T
Q  101 aaattcctgaagatt 115  Q
    |||||||| ||||||    
T  10025203 aaattcctaaagatt 10025189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 200 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 10025189 - 10025072
Alignment:
Q  200 tatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagta 299  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| || |||  ||||||| ||||||||||||||||    
T  10025189 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcattgattccaagtgaagagaaagagta 10025090  T
Q  300 tttaagctctgattctgt 317  Q
    ||||| ||||||||||||    
T  10025089 tttaaactctgattctgt 10025072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 200 - 317
Target Start/End: Original strand, 30346637 - 30346754
Alignment:
Q  200 tatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagta 299  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| ||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30346637 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattaagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 30346736  T
Q  300 tttaagctctgattctgt 317  Q
    ||||| ||||||||||||    
T  30346737 tttaaactctgattctgt 30346754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 28 - 115
Target Start/End: Original strand, 24629867 - 24629954
Alignment:
Q  28 aattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 115  Q
    ||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24629867 aatttcggcaagtggatactctgaattggagacgacaacaacgcttcggatgagaatggttaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 24629954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Original strand, 2453011 - 2453325
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2453011 gtacctgcagagcatgaagaaattgctaattttgacaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcaaatgagaatggtgaaatgaaggtag 2453110  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2453111 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgaattccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 2453210  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  2453211 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgctttattgagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactaattccaggtgaagagaaagagtat 2453310  T
Q  301 ttaagctctgattct 315  Q
    ||| |||||||||||    
T  2453311 ttaggctctgattct 2453325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 16042350 - 16042034
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16042350 gtacatgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 16042251  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| || |||    
T  16042250 aaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcgcttatagactttgtgtatcccaatctgaatgataaccttggtgcccagct 16042151  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    ||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | ||||||| |||||||||||||||||    
T  16042150 attttgccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaagtgaagagaaagagtat 16042051  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    |||||||||||||||||    
T  16042050 ttaagctctgattctgt 16042034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 2 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 2329490 - 2329180
Alignment:
Q  2 tacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  2329490 tacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattagagacggcaacgacgcttcggatgagaatggtaaaatgaaggtaga 2329391  T
Q  102 aattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 201  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  2329390 aattcctgaagattttctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagac---gtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgatccacta 2329294  T
Q  202 tttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatt 301  Q
    ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2329293 ttttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagtcgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatt 2329194  T
Q  302 taagctctgattct 315  Q
    ||||||||||||||    
T  2329193 taagctctgattct 2329180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 36207540 - 36207228
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  36207540 gtacctgcaaagcaggaagaaattgataattttggcaagtggatactctcaattgaagacggcaacgacgcttcggatgagaatggtgaattgaaggtag 36207441  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36207440 aaattcctgatgattttctcatatccgacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 36207341  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||| ||| ||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36207340 attttttcaagaaaggggaatactcgccccaacaattgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 36207241  T
Q  301 ttaagctctgatt 313  Q
    ||||||| |||||    
T  36207240 ttaagctttgatt 36207228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 18149013 - 18148697
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||  |||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  18149013 gtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacggcaataacgcttcgaaggagaatggtgaaatgaaggtag 18148914  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    |||||  ||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18148913 aaatttatgaagattttctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatcgactttgtgtatctcaatttgaatgataaccttggtgacccgct 18148814  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18148813 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcatttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 18148714  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    ||||||||| |||||||    
T  18148713 ttaagctcttattctgt 18148697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Original strand, 37390046 - 37390360
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||| ||||||||||||||| || ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  37390046 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatattctcaattggagacggcaaagatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 37390145  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  37390146 aaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 37390245  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  37390246 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 37390345  T
Q  301 ttaagctctgattct 315  Q
    |||| ||||||||||    
T  37390346 ttaacctctgattct 37390360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Original strand, 6310888 - 6311202
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| |||  ||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  6310888 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatagtctccattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 6310987  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  6310988 aaattcctgaagattcgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 6311087  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  6311088 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 6311187  T
Q  301 ttaagctctgattct 315  Q
    |||| ||||||||||    
T  6311188 ttaacctctgattct 6311202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 3 - 314
Target Start/End: Original strand, 48775231 - 48775542
Alignment:
Q  3 acctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaa 102  Q
    |||| |||||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  48775231 acctacagagcagaaagaaactgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcgaatgagaatggtgaaatgaaggtagaa 48775330  T
Q  103 attcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctat 202  Q
    ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||| | |||||| |||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| |    
T  48775331 attcccgaagatttgctcatatccgacacaacaaattctttgatgtcactaatacactttgtatatcccgattagaatgataacattggtgacctgctct 48775430  T
Q  203 ttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtattt 302  Q
    |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| || | |  |||||||||||||||||||||||||||    
T  48775431 ttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtaaatgattccaggtgaagagaaagagtattt 48775530  T
Q  303 aagctctgattc 314  Q
    ||||||||||||    
T  48775531 aagctctgattc 48775542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 48233703 - 48233498
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||||| || | |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  48233703 gtacctgcagagcaggaagaaattcctaattttgacaagtgaatactctcaacttgagacgacaacgacgcttcagatgagaatggggaaatgaaggtag 48233604  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  48233603 aaattcctgaagatttactcatatcgaacacaacaaatccgctgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggcgaccctct 48233504  T
Q  201 attttt 206  Q
    ||||||    
T  48233503 attttt 48233498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 149 - 317
Target Start/End: Original strand, 48238519 - 48238687
Alignment:
Q  149 cacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttga 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  48238519 cacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggcgaccctctatttttccaagaaagaggaatactcgcaccaacgcttgattcagttga 48238618  T
Q  249 gcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgt 317  Q
    |||| |||||| |||||| || || | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48238619 gcatgttaacgaatatatgatgtcgctgattccaggcgaagagaaagagtatttaagctctgattctgt 48238687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 200 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 52500795 - 52500678
Alignment:
Q  200 tatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagta 299  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  52500795 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 52500696  T
Q  300 tttaagctctgattctgt 317  Q
    ||||| ||||||||||||    
T  52500695 tttaaactctgattctgt 52500678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 28 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 52500882 - 52500795
Alignment:
Q  28 aattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 115  Q
    ||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  52500882 aatttcggcaagtggatactctgaattggagacgacaacaacgcttcggatgagaatggttaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 52500795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 233; Significance: 1e-129; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 1861002 - 1860686
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1861002 gtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacgacaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 1860903  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1860902 aaattcctaaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgct 1860803  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||  ||||||||||||||||||    
T  1860802 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattctgggtgaagagaaagagtat 1860703  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    |||||||||||||||||    
T  1860702 ttaagctctgattctgt 1860686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 49710497 - 49710182
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  49710497 gtacctgcagaacagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggacacggcaacgatgcttcggatgaaaatggtgaaatgaaggtag 49710398  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  49710397 aaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatcc-ttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagct 49710299  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  49710298 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 49710199  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    |||||||||||||||||    
T  49710198 ttaagctctgattctgt 49710182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 35856232 - 35855918
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  35856232 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 35856133  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  35856132 aaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 35856033  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  35856032 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 35855933  T
Q  301 ttaagctctgattct 315  Q
    |||| ||||||||||    
T  35855932 ttaacctctgattct 35855918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 38518421 - 38518107
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||  | ||| |||||||||||||||||||    
T  38518421 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgctttgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 38518322  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||  ||    
T  38518321 aaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctaaatgataaccttggtgaccaact 38518222  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  38518221 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 38518122  T
Q  301 ttaagctctgattct 315  Q
    |||||||||||||||    
T  38518121 ttaagctctgattct 38518107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Original strand, 49786722 - 49787036
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  49786722 gtacctacagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 49786821  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  49786822 aaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 49786921  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  49786922 atttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatattaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 49787021  T
Q  301 ttaagctctgattct 315  Q
    |||| ||||||||||    
T  49787022 ttaacctctgattct 49787036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 13337560 - 13337320
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  13337560 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacgacaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 13337461  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    |||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  13337460 aaattcatgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgtttatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgaccaact 13337361  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgatt 241  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  13337360 atttttccaagaaaggggaatactcgcatcaacgcttgatt 13337320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 5 - 153
Target Start/End: Original strand, 618122 - 618270
Alignment:
Q  5 ctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaat 104  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  | |||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  618122 ctgcagagcaggaagaaattcctaattttaacaagtgaatactctcaattggagacgacaacgaagcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaat 618221  T
Q  105 tcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccactt 153  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  618222 tcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttcatgtcactt 618270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 115
Target Start/End: Original strand, 55559017 - 55559131
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55559017 gtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacggcaacaacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 55559116  T
Q  101 aaattcctgaagatt 115  Q
    |||||||||||||||    
T  55559117 aaattcctgaagatt 55559131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 200 - 317
Target Start/End: Original strand, 55559131 - 55559248
Alignment:
Q  200 tatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagta 299  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  55559131 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 55559230  T
Q  300 tttaagctctgattctgt 317  Q
    ||||| ||||||||||||    
T  55559231 tttaaactctgattctgt 55559248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Original strand, 2202073 - 2202387
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  2202073 gtacttgcagagcatgaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagaaggcaacgacgcttcaaatgagaatggtgaaatgaatgtag 2202172  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2202173 aaattcccgaagatttgctcatatcgaacacaataaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 2202272  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2202273 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttaattcagtagaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 2202372  T
Q  301 ttaagctctgattct 315  Q
    |||||||||||||||    
T  2202373 ttaagctctgattct 2202387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 30881651 - 30881336
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||||| |||| |||| ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  30881651 gtacctgcagagcaggaataaattgctaattttggcaaatggatactctcaattagagaaggcaacggcgcttcggatgaga-tggtgaaatgaaggtag 30881553  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30881552 aaattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagacattgtgtatctcgatttaaatgataaccttggtgacccgct 30881453  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30881452 atttttccaagaaagggaaatactcgcaccaacgcttgattctgttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 30881353  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    |||||||||| ||||||    
T  30881352 ttaagctctggttctgt 30881336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 2 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 10187868 - 10187553
Alignment:
Q  2 tacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 101  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||| || |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  10187868 tacctgtagagcaggaagaaattgctaattttcgcacgtggatgctctcaattggagacggcaacgacgcttcggatgagaatggtaaaatgaaggtaga 10187769  T
Q  102 aattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 201  Q
    |||||||||| |||||||||||| | |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10187768 aattcctgaatatttgctcatattggacacaaaaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 10187669  T
Q  202 tttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatt 301  Q
    ||||||||| ||| ||| |||||||| ||||| ||||||||| |||||||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10187668 tttttccaagaaaagggaatactcgctccaacacttgattcaattgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatt 10187569  T
Q  302 taagctctgattctgt 317  Q
    |||||| |||||||||    
T  10187568 taagctatgattctgt 10187553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 2 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 15333967 - 15333652
Alignment:
Q  2 tacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 101  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  15333967 tacctgcagagcaagaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggatgagaatagtgaaatgaaggtaga 15333868  T
Q  102 aattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 201  Q
    |||||||||||||||| | |||||| ||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  15333867 aattcctgaagatttgttgatatcgtacgtaacaaatccgttgatgtcactaatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagcta 15333768  T
Q  202 tttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatt 301  Q
    ||||||||| ||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | ||||||||||||||||||||||||||    
T  15333767 tttttccaacaaatgggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatt 15333668  T
Q  302 taagctctgattctgt 317  Q
    || |||||||||||||    
T  15333667 taggctctgattctgt 15333652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 8 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 18344443 - 18344136
Alignment:
Q  8 cagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcc 107  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18344443 cagagcaggaagaaattcctaattttgacaagtgaatactctcaattggagacgacaacgaagcttcagatgagaatagtgaaatgaaggtagaaattcc 18344344  T
Q  108 tgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttc 207  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  18344343 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttcatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgaccatctatttttc 18344244  T
Q  208 caataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 307  Q
    ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||| || || | ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18344243 caagaaaggggaatacttgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttgacgaatatatgatgtcgctgattccaggcgaagagaaagagtatttaagct 18344144  T
Q  308 ctgattct 315  Q
     |||||||    
T  18344143 ttgattct 18344136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 26 - 315
Target Start/End: Original strand, 29639947 - 29640236
Alignment:
Q  26 ctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 125  Q
    |||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29639947 ctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatc 29640046  T
Q  126 gaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaataaaggggcatactc 225  Q
     | ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||| ||||||    
T  29640047 aaccacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcctgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactc 29640146  T
Q  226 gcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattct 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  29640147 gcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacctctaattct 29640236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 26 - 315
Target Start/End: Original strand, 31510118 - 31510407
Alignment:
Q  26 ctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 125  Q
    |||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| | ||| | ||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||    
T  31510118 ctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgtttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaatttcttaagatttgctgatatc 31510217  T
Q  126 gaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaataaaggggcatactc 225  Q
     | ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||||| ||||||    
T  31510218 aaccacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcctaatctgaatgataaccttggtgaccaactattttttcaagaaaggggaatactc 31510317  T
Q  226 gcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattct 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  31510318 gcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacctctaattct 31510407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 192 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 12517522 - 12517397
Alignment:
Q  192 tgacccgctatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagag 291  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | ||||||||||||||||    
T  12517522 tgaccagctatttttccaagaaaggggaatatttgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagag 12517423  T
Q  292 aaagagtatttaagctctgattctgt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  12517422 aaagagtatttaagctctgattctgt 12517397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 4 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 12517596 - 12517520
Alignment:
Q  4 cctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatga 80  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||    
T  12517596 cctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacgacaacgacacttcggatga 12517520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 21113638 - 21113954
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21113638 gtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacggcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 21113737  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21113738 aaattcctgaagatttgcttatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcttgatttgaatgataaccttggtgacccgct 21113837  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21113838 atttttccaaaaaaggggaatacttgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 21113937  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    |||| ||||||||||||    
T  21113938 ttaaactctgattctgt 21113954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 25218459 - 25218775
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  25218459 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 25218558  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  25218559 aaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 25218658  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  25218659 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 25218758  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    |||||||||||||||||    
T  25218759 ttaagctctgattctgt 25218775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 7822163 - 7821849
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||| |  |||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  7822163 gtacctgtagagcaggaagaaattgcgaatttttgtaagtggatactctcaattggagacgacaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 7822064  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  7822063 aaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtattccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 7821964  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||| ||||||||||||||||||||    
T  7821963 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgatttcaggtgaagagaaagagtat 7821864  T
Q  301 ttaagctctgattct 315  Q
    |||||||||||||||    
T  7821863 ttaagctctgattct 7821849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 30307502 - 30307188
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||  ||||||| ||||||||||| |||||| ||||| | ||| |||||||||||||| ||||    
T  30307502 gtacctgcagagtgggaagaaattgctaatttttgcaagtagatactctcaattggagacgacaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaatgtag 30307403  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  ||    
T  30307402 aaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaacgataaccttggtgaccaact 30307303  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  30307302 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 30307203  T
Q  301 ttaagctctgattct 315  Q
    |||||||| ||||||    
T  30307202 ttaagctccgattct 30307188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Original strand, 25208941 - 25209240
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||| || |||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  25208941 gtacctgcagagcaggacgaaattactaatttttgcaagtggatactctcaattggagacgacaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 25209040  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||               |||||||||||||||||||  ||    
T  25209041 aaattcctgaagatttgctgatgtcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagacttt---------------aatgataaccttggtgaccaact 25209125  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||    
T  25209126 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtat 25209225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 113 - 317
Target Start/End: Original strand, 31978533 - 31978737
Alignment:
Q  113 atttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaata 212  Q
    ||||||| ||||||  ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  31978533 atttgctgatatcgggcacaacaaatctgttgatgtcacttataaactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttccaaga 31978632  T
Q  213 aaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgat 312  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||  || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31978633 aaggggaatactcgcatcaacgcttgattcagttgagcatgtcaacaaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgat 31978732  T
Q  313 tctgt 317  Q
    |||||    
T  31978733 tctgt 31978737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1139 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 1)
Name: scaffold1139
Description:

Target: scaffold1139; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 11 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 1315 - 1013
Alignment:
Q  11 agcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctga 110  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1315 agcaggaagaaatttctaattttggcaagtggatactctcaattggagacgacaacgactcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctga 1216  T
Q  111 agatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaa 210  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1215 agatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaa 1116  T
Q  211 taaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctg 310  Q
     ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1115 gaaaggggaatactcgcaccaacgcttaattcagtcgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaagtgaagagaaagagtatttaagctctg 1016  T
Q  311 att 313  Q
    |||    
T  1015 att 1013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 3)
Name: scaffold0073
Description:

Target: scaffold0073; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 32257 - 31942
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32257 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggatacggcaacgatgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 32158  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  32157 aaattcctgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagct 32058  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || |  | |||||||||||||||||||||||||    
T  32057 atttttccaagaaagggg-atacttgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgttgctgattccaggtgaagagaaagagtat 31959  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    |||| ||||||||||||    
T  31958 ttaaactctgattctgt 31942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 113 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 19670 - 19466
Alignment:
Q  113 atttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaata 212  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  19670 atttgctgatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttataaactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttccaaga 19571  T
Q  213 aaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgat 312  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||  || ||| || || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19570 aaggggaatactcgcatcaacgcttgattcagttgagcatgtcaacaaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgat 19471  T
Q  313 tctgt 317  Q
    |||||    
T  19470 tctgt 19466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 76 - 3
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttc 74  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  76 gtacctgcagagcaagaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttc 3  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 2 - 317
Target Start/End: Original strand, 5155 - 5469
Alignment:
Q  2 tacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 101  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5155 tacctgcaaagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgacttggagacgacaacagcgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 5254  T
Q  102 aattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5255 aattcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatctattgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 5354  T
Q  202 tttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatt 301  Q
     |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  5355 -ttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgatttcaggtgaagagaaagagtatt 5453  T
Q  302 taagctctgattctgt 317  Q
    ||||||||||||||||    
T  5454 taagctctgattctgt 5469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0550 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 1)
Name: scaffold0550
Description:

Target: scaffold0550; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 466 - 782
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  466 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcggatgagaatgatgaaatgaaggtag 565  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  566 aaattcctgaagatttgctgatatcagacacaacaaacccgttgatgtcacttataaactttgtgtatcccgatctaaatgataaccttggtgaccagct 665  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || ||| || || | ||||||||||||| |||||||||||    
T  666 atttttccaataaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaatgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaaaagaaagagtat 765  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    |||| ||||||||||||    
T  766 ttaacctctgattctgt 782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 10110925 - 10110613
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  10110925 gtacctacagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactatgaattggagacggcaacaacgcttcggaggagaatggtgaaatgaaggtag 10110826  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10110825 aaattcctgaagatttgctcatatcagacgcaacaaatctgttgatgtcacttacagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgct 10110726  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10110725 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 10110626  T
Q  301 ttaagctctgatt 313  Q
    ||||||| |||||    
T  10110625 ttaagctttgatt 10110613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 13530364 - 13530049
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  13530364 gtacctgtagagcaggaataaattgctaattttggcaagtatatactctcaattggagacggcaacgacgcatcaggtgagaatggtgaaatgaaggtag 13530265  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||  ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13530264 aaattctagaagatttggtcatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 13530165  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||| |||||| || |||| || ||||||||||||||||||||||    
T  13530164 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttcattcagttgagcattttaacgaatatatgatgtcactgagtccaggtgaagagaaagagtat 13530065  T
Q  301 ttaagctctgattctg 316  Q
    |||||||||| |||||    
T  13530064 ttaagctctggttctg 13530049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 9 - 309
Target Start/End: Original strand, 10968684 - 10968983
Alignment:
Q  9 agagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcct 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10968684 agagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggacactctcaattggagatggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaatttct 10968783  T
Q  109 gaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttcc 208  Q
    || |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||     
T  10968784 ga-gatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaacttcgtgacctgctatttttct 10968882  T
Q  209 aataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctc 308  Q
    ||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10968883 aagcaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagtttagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctc 10968982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 33096 - 32782
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||| ||||||||||| | ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  33096 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattagagacggcaacaatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 32997  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  32996 aaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatggactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 32897  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | ||||||| |||||||||||||||||    
T  32896 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaagtgaagagaaagagtat 32797  T
Q  301 ttaagctctgattct 315  Q
    |||| ||||||||||    
T  32796 ttaacctctgattct 32782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 10000732 - 10000420
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  10000732 gtacctgcagagtagaaagaaattgttaattttggcaagtggatactatgaattggagacggcaacaacgcttcggaggagaatggtgaaatgaaggtag 10000633  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |  ||||||||| ||||||  |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10000632 aaattcctgaagatttgctcatatcagatgcaacaaatctgttgatatcacttacagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgct 10000533  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10000532 atttttccaagaaagaggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 10000433  T
Q  301 ttaagctctgatt 313  Q
    ||||||| |||||    
T  10000432 ttaagctttgatt 10000420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 50410493 - 50410183
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||        
T  50410493 gtacctgtagagcaggaataaattgctaattttggcaagtggatactctcaattagagacggtaacgacgctttggatgagaatggtgaaatgaag---- 50410398  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  50410397 aaattcctgaagattttctcatatcggacacaacaaatccgctgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggcgacccact 50410298  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  50410297 attttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagtcgagcatgttaacaaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 50410198  T
Q  301 ttaagctctgattct 315  Q
    |||||||||||||||    
T  50410197 ttaagctctgattct 50410183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 10237879 - 10237580
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| || | |||||||||||| | |||||    
T  10237879 gtacctgctgagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacggcaacaacgcttcggagg-gaatggtgaaataacggtag 10237781  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  || ||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10237780 aaattcctgaagaattgctcatatcagacgcaacaaatctgttgatgtcacttacagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgct 10237681  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || | || |||||||||||||||||||||||||    
T  10237680 attttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgttactgattccaggtgaagagaaagagtat 10237581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 61 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 52918330 - 52918079
Alignment:
Q  61 ggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagact 160  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   || || |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  52918330 ggcaacgacgcttcggatgggaatggtgaaatgaaggtagaaattcctga-gatttgccgttaccggacacaacaaatctgttgatgccacttatagact 52918232  T
Q  161 ttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgc 260  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  52918231 tcgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgactcgctatttttccaagaaaggggaatacccgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacga 52918132  T
Q  261 atatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgatt 313  Q
    |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52918131 atatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgatt 52918079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 3 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 11368962 - 11368659
Alignment:
Q  3 acctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaa 102  Q
    |||||||||| ||||||||| || |||||||||| |||| |||| || ||||||||| | ||||||         |||||||||||||||||| ||||||    
T  11368962 acctgcagagaaggaagaaactgataattttggcaagtggataccctcaattggagaggacaacga---------tgagaatggtgaaatgaatgtagaa 11368872  T
Q  103 attcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct-a 201  Q
    ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||      
T  11368871 attcccgaagatttgctcatatccgacacaacaaatccgttgatgtcactcatagactttgtatatcccgatttgaatgataacattggtgacccgctct 11368772  T
Q  202 tttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatt 301  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| || |||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  11368771 tttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaggtgaagagaaagagtatt 11368672  T
Q  302 taagctctgattc 314  Q
    |||||||||||||    
T  11368671 taagctctgattc 11368659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 3 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 11362584 - 11362270
Alignment:
Q  3 acctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcata--ctcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| |||| |||  |||| ||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||  |    
T  11362584 acctgcagagcaagaataaactgctaattttggcaagtggatatactctcaattggagacgacaacgacgcttcgaatgagaatggtgaaatgaaggggg 11362485  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||  | ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||    
T  11362484 aaattcccgaagatttactcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatagactttgtatatcccgatttaaatgataacattggtgacccact 11362385  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaaga-gta 299  Q
    |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| || |||  |||||||||||||||||||||  |     
T  11362384 atttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaggtgaagagaaagatttt 11362285  T
Q  300 tttaagctctgattc 314  Q
    |||||||||||||||    
T  11362284 tttaagctctgattc 11362270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 10038955 - 10038649
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||     
T  10038955 gtacgtgcagagcaagaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattgaagacggcaacgacgctttagatgagaatggtgaaacgaaggtat 10038856  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    |||||   ||||||||||| |||||  |||||||||||| ||||||| |          |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10038855 aaattttcgaagatttgcttatatcagacacaacaaatctgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgct 10038766  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||| || |||| ||||||||||||||||||| | |||    
T  10038765 atttttccaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcaattgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatattat 10038666  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    ||||||||| |||||||    
T  10038665 ttaagctctcattctgt 10038649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 152 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 46913245 - 46913084
Alignment:
Q  152 ttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagca 251  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46913245 ttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataactttggcgacccgctatttttccaagaaaggagaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagca 46913146  T
Q  252 tattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgatt 313  Q
    | |||||| |||||| || ||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||    
T  46913145 tgttaacgaatatatgatgtcaccaattccaggtgaagaaaaatagtatttaagctttgatt 46913084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 180 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 47693115 - 47692978
Alignment:
Q  180 tgataaccttggtgacccgctatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgatt 279  Q
    |||||||||||||||||| | ||||| |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || || ||||  |||    
T  47693115 tgataaccttggtgacccacaattttcccaagaaaggggaatcctcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatacatgatgtcactaatt 47693016  T
Q  280 ccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47693015 ccaggtgaagagaaagagtatttaacctctgattctgt 47692978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 1)
Name: scaffold0262
Description:

Target: scaffold0262; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 2 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 19329 - 19015
Alignment:
Q  2 tacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtaga 101  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || | ||||| | |||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  19329 tacctgcagagcagaaagaaattgctaattt-ggcaaggggatactttgaattggagacggcaacaacgcttcggatgagaatgatgaaatgaaggtaga 19231  T
Q  102 aattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 201  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19230 aatttctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatatgttgatgtcacttatagactttgtgtatcttgatttgaatgataaccttggtgacccgcta 19131  T
Q  202 tttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatt 301  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19130 tttttccaaaaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatt 19031  T
Q  302 taagctctgattctgt 317  Q
    ||||||||||||||||    
T  19030 taagctctgattctgt 19015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0356 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: scaffold0356
Description:

Target: scaffold0356; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 17770 - 18079
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17770 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttagcaagtggatactctcaattggagacagcaacgaagcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 17869  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17870 aagttcctgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgatccgct 17969  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
           ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17970 -------caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgatttagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtat 18062  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    ||||||| |||||||||    
T  18063 ttaagctttgattctgt 18079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Original strand, 48830 - 49144
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  48830 gtacctacagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtag 48929  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  48930 aaattcctgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 49029  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| || ||| || || | ||||| |||||||||||||||||||    
T  49030 atttttccaagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtat 49129  T
Q  301 ttaagctctgattct 315  Q
    |||| ||||||||||    
T  49130 ttaacctctgattct 49144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 3 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 183134 - 182823
Alignment:
Q  3 acctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaa 102  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  183134 acctgcagagcaggaagaaactgctaattttggcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttcgaatgagaatggtgaaatgaaggtagaa 183035  T
Q  103 attcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctat 202  Q
    ||||| |||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||| || |    
T  183034 attcccgaagatttgctcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatagactttgtatatcccgatttgaatgatatcattggtgacccactct 182935  T
Q  203 ttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtattt 302  Q
    |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| || |||  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  182934 ttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaagtgaagagaaagagtattt 182835  T
Q  303 aagctctgattc 314  Q
    ||||||||||||    
T  182834 aagctctgattc 182823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 3 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 165856 - 165542
Alignment:
Q  3 acctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcata--ctcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| |||| |||  |||| ||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||  |    
T  165856 acctgcagagcaagaataaactgctaattttggcaagtggatatactctcaattggagacgacaacgacgcttcgaatgagaatggtgaaatgaaggggg 165757  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||  | ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||    
T  165756 aaattcccgaagatttactcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatagactttgtatatcccgatttaaatgataacattggtgacccact 165657  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaaga-gta 299  Q
    |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| || |||  |||||||||||||||||||||  |     
T  165656 atttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaggtgaagagaaagatttt 165557  T
Q  300 tttaagctctgattc 314  Q
    |||||||||||||||    
T  165556 tttaagctctgattc 165542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 321230 - 321546
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||| |||| ||||||||||  | ||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  321230 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatattctcaatttgagacggcaattatgcttcggttgataatggtgaaatgaaggtag 321329  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgct 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  321330 aaattcctgaagatttgctgatatcggacaaaacaaatccgttgatgtcacttatagactttttgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaact 321429  T
Q  201 atttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||| || || | |||| ||||||||||||||||||||    
T  321430 atttttccaagaaaggggaatactcgcaccaatgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatatcgctgatttcaggtgaagagaaagagtat 321529  T
Q  301 ttaagctctgattctgt 317  Q
    |||||||||||||||||    
T  321530 ttaagctctgattctgt 321546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025 (Bit Score: 137; Significance: 2e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold0025
Description:

Target: scaffold0025; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 121 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 16889 - 16693
Alignment:
Q  121 atatcgaacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaataaaggggca 220  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  16889 atatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataactttggtgacccgctatttttccaagaaaggggaa 16790  T
Q  221 tactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgt 317  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||| ||| || ||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  16789 tactcgcaccaacgcttaatttagtggagtatgttaacgcatatatgatttcactgattctaggtgaagagaaagagtttttaagctatgattctgt 16693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0107
Description:

Target: scaffold0107; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 40081 - 39937
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  40081 gtacctacagagcaggaagaaattgctaactttggcaagtgaatactctcaattggagatggcaacgatgcttcggatgagaatggtgaaataaaggtag 39982  T
Q  101 aaattcctgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttga 145  Q
    |||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  39981 aaattcttgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttga 39937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 2)
Name: scaffold0118
Description:

Target: scaffold0118; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 115
Target Start/End: Original strand, 28613 - 28727
Alignment:
Q  1 gtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtag 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28613 gtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattgaagacagcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtag 28712  T
Q  101 aaattcctgaagatt 115  Q
    |||||||||||||||    
T  28713 aaattcctgaagatt 28727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 200 - 317
Target Start/End: Original strand, 28727 - 28844
Alignment:
Q  200 tatttttccaataaaggggcatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagta 299  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  28727 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaaaagta 28826  T
Q  300 tttaagctctgattctgt 317  Q
    ||||| ||||||||||||    
T  28827 tttaaactctgattctgt 28844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0888 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0888
Description:

Target: scaffold0888; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 229 - 313
Target Start/End: Original strand, 24 - 108
Alignment:
Q  229 ccaacgcttgattcagttgagcatattaacgcatatataatttcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgatt 313  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||  || |||| |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  24 ccaaggcttgattcagttgagcatgttaacgaatatacgatgtcactgatttcaggtggcgagaaagagtatttaagctctgatt 108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1424 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold1424
Description:

Target: scaffold1424; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 271 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 1703 - 1661
Alignment:
Q  271 tcaccgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgatt 313  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  1703 tcactgattccaggtgaagagaaagcgtatttaaactctgatt 1661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University