View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4874-Insertion-1 (Length: 1138)

Name: NF4874-Insertion-1
Description: NF4874
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4874-Insertion-1
NF4874-Insertion-1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (6-1138)||(1701630-1702769)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (10-237)||(181207-181434)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (124-602)||(5400484-5400962)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (124-602)||(3541459-3541937)
chr4 (195-325)||(31098805-31098935)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (214-536)||(26592278-26592600)
chr1 (796-854)||(26591960-26592018)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 896; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 896; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 1138
Target Start/End: Original strand, 1701630 - 1702769
Alignment:
Q  6 cacctgctctgcctccccttctatatggcatgctcgtttcgggcatccctctttcagagttcttgcactaatgatgtctagttgtggcagttttaggaac 105  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||     
T  1701630 cacctgctccgcctccccttctttatggcatgctcgtttcggtcatccctctttcagagttcttgcacaaatgatgtctacttgtggcaattttaggaat 1701729  T
Q  106 ttagaaaatnnnnnnnttcattgtaattcttgtcatattaataaaagtcataagcttcctttttcagtttcttctatcaaaaccgtagctcctcttgaac 205  Q
    |||||||||       |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  1701730 ttagaaaataaaaaatttcattgtaattcttgccatattaataaaagtcataagcttcctttttctgtttcttctatcaaaaccacagctcctcttgaac 1701829  T
Q  206 tgttattttctgatgtttggggaccttctcctatcacttcagttaatggttacaaatattatcttgtgtttgttgatcattttactcaatattcttggat 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1701830 tgttattttctgatgtttggggaccctctcctatcacttcagttcatggttacaaatattatcttgtgtttgttgatcattttactcgatattcttggat 1701929  T
Q  306 ttatctgttaaaaagtaaaactgatgttgttactatatttccaaattttcattcaaaagttgaaactatgttttcatacaaaattaaatccctctacacc 405  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1701930 ttatccgttaaaaagtaaaactgatgttgttactatatttccaaattttcattcaaaagttgaaactatgttttcatacaaagttaaatccctctacacc 1702029  T
Q  406 gatggtggcactgaatacataaaactcaagccatatcttaactctcatggtatatctcacgatatcagcccaccgtacactcccgaacatattggtattg 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1702030 gatggtggcactgaatacataaaactcaagccatatcttaactctcatggtatatctcactatatcagcccaccgtacactcccgaacatattggtattg 1702129  T
Q  506 cagaacgcaaacatcgtcatatagtagaaacatcgctcaccctcatgtctcactctcatgttccacaaaaattctggtgttatgccttccaaatggcggt 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1702130 cagaacgcaaacatcgtcatatagtagaaacatcgctcaccctcatgtctcactctcatgttccacaaaaattctggtgttatgccttccaaatggcggt 1702229  T
Q  606 gtatttaataaatcgcatgacaacaacacatcttaaaaacaaatgtcctaatgaaattctgtttggttccactcctaattatcttaatcttggagtcttt 705  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1702230 gtatttaataaatcgcatgccaacaacacatcttaaaaacaaatgtcctcatgaaattctgtttggttccactcctaattatcttaatcttcgagtcttt 1702329  T
Q  706 ggatatctgtgctacccatggcttcgaccatactctcaaaataagttatccaatcgaagcatgccatgtgttttctttggctattctacacaacatcatg 805  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1702330 ggatgtctgtgctacccatggcttcgaccatactctcaaaataagttatccaatcgaagcatgccatgtgttttctttggctactctacacaacatcatg 1702429  T
Q  806 cctaccaatgttatcacccacccactcaaaagttgtatctctcaagacacgtcacctttcatgagtcactcttt-caattttattgaatctttatgcctc 904  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  1702430 cctaccaatgttatcacccacccactcaaaagttgtatctctcaagacacgtcacctttcatgagtcactctttccatttttattgaatctttatgcctc 1702529  T
Q  905 gtccacgtcttctattttaaattcaaactcaaacactaac-agcactttccttctcatcatcctcttattattc-acaccttagccatcctattattcct 1002  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  1702530 gtccacgtcttctattttaaattcaaactcaaacactagcaaacactttccttctcatcatcctcttattattcaacaccttaaccatcctattattcct 1702629  T
Q  1003 tcaccttctccctcaaattcaaactcatcacttat-cctacacttcttattctccctcactacacgtactc--actttattctcctcaaatttctca--g 1097  Q
     ||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||       
T  1702630 ccaccttctcctcaaaattcaaactcatcacttatccctacacctctta-tctcccccactacacgtactccaacttta-tctcctcaaatttctcaagt 1702727  T
Q  1098 tcccact-actcttccacgagaatcacttact-gaactgcatc 1138  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  1702728 tcccactaactcttccacgag-atcacttactggaactgcatc 1702769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 195; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 10 - 237
Target Start/End: Original strand, 181207 - 181434
Alignment:
Q  10 tgctctgcctccccttctatatggcatgctcgtttcgggcatccctctttcagagttcttgcactaatgatgtctagttgtggcagttttaggaacttag 109  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  181207 tgctctgcctcaccttctatatggcatgctcgtttcgggcatccctctttcagagttcttgcactaatgatgtctagttgtggcaattttaggaacttag 181306  T
Q  110 aaaatnnnnnnnttcattgtaattcttgtcatattaataaaagtcataagcttcctttttcagtttcttctatcaaaaccgtagctcctcttgaactgtt 209  Q
    |||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  181307 aaaataaaaaatttcattgtaattcttgtcatattaataaaagtcataagcttcctttttcagtttcttctatcaaaaccgcagctcctcttgaactgtt 181406  T
Q  210 attttctgatgtttggggaccttctcct 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  181407 attttctgatgtttggggaccttctcct 181434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 75; Significance: 6e-34; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 124 - 602
Target Start/End: Original strand, 5400484 - 5400962
Alignment:
Q  124 cattgtaattcttgtcatattaataaaagtcataagcttcctttttcagtttcttctatcaaaaccgtagctcctcttgaactgttattttctgatgttt 223  Q
    ||||||||||| ||   |||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||| ||  ||||  |  ||||  |||||||  | || ||||||||||    
T  5400484 cattgtaattcctgctctattaataaaagtcataaacttcctttttctatatcttcaatacaaactttctctccatttgaactcattttctctgatgttt 5400583  T
Q  224 ggggaccttctcctatcacttcagttaatggttacaaatattatcttgtgtttgttgatcattttactcaatattcttggatttatctgttaaaaagtaa 323  Q
    ||||||| || ||||| || ||  ||||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||||| ||||  ||  | ||||||||||   | ||||  ||    
T  5400584 ggggaccatcccctataacgtccattaatggttacaggtattatcttgtctttgttgaccatttcactcgctacacgtggatttatccacttaaaaacaa 5400683  T
Q  324 aactgatgttgttactatatttccaaattttcattcaaaagttgaaactatgttttcatacaaaattaaatccctctacaccgatggtggcactgaatac 423  Q
    ||||||||| | ||  ||||||||  | |||||||| ||| ||||||   | || ||  ||||| | |||||  | ||||| |||||||| |||||||||    
T  5400684 aactgatgtagctatcatatttcctcaatttcattctaaaattgaaaactttttctcccacaaagtcaaatctatttacactgatggtggaactgaatac 5400783  T
Q  424 ataaaactcaagccatatcttaactctcatggtatatctcacgatatcagcccaccgtacactcccgaacatattggtattgcagaacgcaaacatcgtc 523  Q
     | ||||||||||||||| | ||  | ||||| ||||| ||  | || |||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| || |    
T  5400784 tttaaactcaagccatatttcaatacacatggaatatcccattacattagcccaccttatactcctgaacacattggcattgctgaacgcaaacaccgcc 5400883  T
Q  524 atatagtagaaacatcgctcaccctcatgtctcactctcatgttccacaaaaattctggtgttatgccttccaaatggc 602  Q
    |||||||||||||  | ||||| ||  | |||||||||  ||| || |||| ||||||||||||||| || ||||||||    
T  5400884 atatagtagaaactgctctcacacttctctctcactcttctgtacctcaaacattctggtgttatgcttttcaaatggc 5400962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 75; Significance: 6e-34; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 124 - 602
Target Start/End: Original strand, 3541459 - 3541937
Alignment:
Q  124 cattgtaattcttgtcatattaataaaagtcataagcttcctttttcagtttcttctatcaaaaccgtagctcctcttgaactgttattttctgatgttt 223  Q
    ||||||||||| ||   |||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||| ||  ||||  |  ||||  |||||||  | || ||||||||||    
T  3541459 cattgtaattcctgctctattaataaaagtcataaacttcctttttctatatcttcaatacaaactttctctccatttgaactcattttctctgatgttt 3541558  T
Q  224 ggggaccttctcctatcacttcagttaatggttacaaatattatcttgtgtttgttgatcattttactcaatattcttggatttatctgttaaaaagtaa 323  Q
    ||||||| || ||||| || ||  | ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||  ||  | ||||||||||   | ||||  ||    
T  3541559 ggggaccatcccctataacgtccatcaatggttacaagtattatcttgtctttgttgaccatttcactcgctacacgtggatttatccacttaaaaacaa 3541658  T
Q  324 aactgatgttgttactatatttccaaattttcattcaaaagttgaaactatgttttcatacaaaattaaatccctctacaccgatggtggcactgaatac 423  Q
    ||||||||| | ||  ||||||||  | |||||||| ||| ||||||   | || ||  ||||| | |||||  | ||||| |||||||| |||||||||    
T  3541659 aactgatgtagctatcatatttcctcaatttcattctaaaattgaaaactttttctcccacaaagtcaaatctatttacactgatggtggaactgaatac 3541758  T
Q  424 ataaaactcaagccatatcttaactctcatggtatatctcacgatatcagcccaccgtacactcccgaacatattggtattgcagaacgcaaacatcgtc 523  Q
     | ||||||||||||||| | ||  | ||||| ||||| ||  | || |||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| || |    
T  3541759 tttaaactcaagccatatttcaatacacatggaatatcccattacattagcccaccttatactcctgaacacattggcattgctgaacgcaaacaccgcc 3541858  T
Q  524 atatagtagaaacatcgctcaccctcatgtctcactctcatgttccacaaaaattctggtgttatgccttccaaatggc 602  Q
    |||||||||||||  | ||||| ||  | |||||||||  ||| || |||| ||||||||||||||| || ||||||||    
T  3541859 atatagtagaaactgctctcacacttctctctcactcttctgtacctcaaacattctggtgttatgcttttcaaatggc 3541937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 195 - 325
Target Start/End: Original strand, 31098805 - 31098935
Alignment:
Q  195 tcctcttgaactgttattttctgatgtttggggaccttctcctatcacttcagttaatggttacaaatattatcttgtgtttgttgatcattttactcaa 294  Q
    ||||||||||||  | ||||||||||||||| |||| ||||| || |   |  | | ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |    
T  31098805 tcctcttgaactcattttttctgatgtttggagaccctctccaattaacactatcagtggatacaaatattatcttgtgttcgttgatcattttactaga 31098904  T
Q  295 tattcttggatttatctgttaaaaagtaaaa 325  Q
    |||   ||||||||||   ||||||||||||    
T  31098905 tataaatggatttatcccctaaaaagtaaaa 31098935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000002; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 214 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 26592600 - 26592278
Alignment:
Q  214 tctgatgtttggggaccttctcctatcacttcagttaatggttacaaatattatcttgtgtttgttgatcattttactcaatattcttggatttatctgt 313  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| || ||  |||||||||| | ||| ||||||||||||||||| || ||||||  |||| | ||||||||||       
T  26592600 tctgatgtttggggaccatcccctataacatccattaatggttatagatactatcttgtgtttgttgaccactttactagatatacatggatttatcctc 26592501  T
Q  314 taaaaagtaaaactgatgttgttactatatttccaaattttcattcaaaagttgaaactatgttttcatacaaaattaaatccctctacaccgatggtgg 413  Q
    | | ||| |||||| |||| ||  | || || ||| | |||||| | ||| |||||| | | || ||  ||||  | |||||  | ||||| ||||||||    
T  26592500 ttagaagcaaaactaatgtagtagccatcttcccacaatttcatactaaaattgaaaatcttttctccaacaaggtaaaatcaatttacacagatggtgg 26592401  T
Q  414 cactgaatacataaaactcaagccatatcttaactctcatggtatatctcacgatatcagcccaccgtacactcccgaacatattggtattgcagaacgc 513  Q
     |||||||| ||  |||||||  | ||| | ||  | ||||| ||||| ||  | || || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  26592400 aactgaatatatctaactcaaatcttatttcaatacacatggaatatcacattacataagtccaccttacactcctgaacatattggcattgcagaacgc 26592301  T
Q  514 aaacatcgtcatatagtagaaac 536  Q
    |||||| | |||||||| |||||    
T  26592300 aaacattgccatatagtcgaaac 26592278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 796 - 854
Target Start/End: Complemental strand, 26592018 - 26591960
Alignment:
Q  796 caacatcatgcctaccaatgttatcacccacccactcaaaagttgtatctctcaagaca 854  Q
    |||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| || |||||||| |||||    
T  26592018 caacatcatgcctaccaatgctaccatcctcccactcaaaaattatatctctccagaca 26591960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University