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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4874-Insertion-3 (Length: 770)
Name: NF4874-Insertion-3
Description: NF4874
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4874-Insertion-3 |
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| [»] chr3 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 571; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 571; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 26507893 - 26507120
Alignment:
| Q |
7 |
atatactaccttagtcaatccaatagcaaaatatgcattaatgcttactccagtcataaatgccataaaaatgaaggtttcatgcaattattacaacaaa |
106 |
Q |
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| T |
26507893 |
atatactaccttagtcaatccaatagcaaaatatgcattaatgcttactccagtcataaatgctataaaaatgaaggtttcatgcaattattacaacaaa |
26507794 |
T |
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| Q |
107 |
agagtcacacatatggttattagtacatctttattagtaggttctcttactatagctgtgaccattcccttatttggatatcttatgtcacttgttggag |
206 |
Q |
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| T |
26507793 |
agggtcacacatatgattattagtacatctttattagtaggttctcttactatagctgtgaccattcccttatttggatatcttatgtcacttgttggag |
26507694 |
T |
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| Q |
207 |
cattgttaagtgtctcagcttcaatttttgtgccatcaatttgctacttgaagatttcaggatcatacaagagatttgggtgtgaaatggttattaatta |
306 |
Q |
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| T |
26507693 |
cattgttaagtgtctcagcttcaattttagtgccatcaatttgctacttgaagatttcaggatcatacaagagatttgggtgtgaaatggttattaatta |
26507594 |
T |
|
| Q |
307 |
ttcaataattgtaatgggggttgctattgctgtttttggtacttatagatctcttgtagatataattcagaatttgtaagtttctttggatagaaacatt |
406 |
Q |
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|
| T |
26507593 |
ttcaataattgtaatgggggttgctattgctgtttttggtacttatagatctcttgtagatataattcagaatttgtaagtttctttggatagaaacatt |
26507494 |
T |
|
| Q |
407 |
ttcctcctatagagagaatggtgtaatcggaacttaatttgccttgcaaattactttatttcttggttatataaaatactattgttaattagaggtcttg |
506 |
Q |
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| T |
26507493 |
ttcctcctatagagagagtggtgtaatcggaacttaatttgccttgcaaattacttt-tatat---aaaattaaaatacttttgttaattagaggtcttg |
26507398 |
T |
|
| Q |
507 |
ttatggtttgatcatgtttaggagatttgtgttatgacnnnnnnnnnnnnnnnnnggtttgttgagtttgctagggctaaaatgagatgagtcg-----a |
601 |
Q |
| |
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| T |
26507397 |
ttatggtttgatcatgtttaggagatctgtgttatga---gaaaaaaaacagaaaggtttgttgagtttgctagggctaaaatgagctgagtcgaactca |
26507301 |
T |
|
| Q |
602 |
gatactcgataataattagttcagcttgatatgaatcttttcttaactcgatatgtattactcta------------ttgtttcttggtttgattctctt |
689 |
Q |
| |
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|
| T |
26507300 |
catactcgataataattagttcagcttgatatgaatcttttcttaactcgatatgtattaccctattgttcctctgcttgtttcttggtttgattctctt |
26507201 |
T |
|
| Q |
690 |
ccaaatttgtatcatgtacctataccaaaacctacttgtgtggatcattattaatctctggtctagacgattctggttgag |
770 |
Q |
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| T |
26507200 |
ccaaatttgtatcatgtacctataccaaaacctacttgtgtggatcattattaatctgtggtctagacgattctggttgag |
26507120 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 23 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 26478609 - 26478244
Alignment:
| Q |
23 |
aatccaatagcaaaatatgcattaatgcttactccagtcataaatgccataaaaatgaaggtttcatgcaattattacaacaaaagagtcacacatatgg |
122 |
Q |
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| T |
26478609 |
aatccaatagcaaaatatgcattattgcttactccagtcataaatgccataaaaataaaggtttcatgcaactactacaacaaaaggttcacacatatga |
26478510 |
T |
|
| Q |
123 |
ttattagtacatctttattagtaggttctcttactatagctgtgaccattcccttatttggatatcttatgtcacttgttggagcattgttaagtgtctc |
222 |
Q |
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| T |
26478509 |
ttattagtacgtctttgttaataatttctcttattatagcagtggctattcctttatttgcataccttatgtcacttgttggagcattattatgcatctc |
26478410 |
T |
|
| Q |
223 |
agcttcaatttttgtgccatcaatttgctacttgaagatttcaggatcatacaagagatttgggtgtgaaatggttattaattattcaataattgtaatg |
322 |
Q |
| |
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|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| || |
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|
| T |
26478409 |
agcttcaattttagtgccatcaatttgttacttgaagatttcaggtgcatacaagagatttgggtatgaaatggttattaattattcaatcattgtagtg |
26478310 |
T |
|
| Q |
323 |
ggggttgctattgctgtttttggtacttatagatctcttgtagatataattcagaatttgtaagtt |
388 |
Q |
| |
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| T |
26478309 |
ggggttgctattgctatttttggtacctatagatctctggtagatataattcaaaacttgtaagtt |
26478244 |
T |
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