View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4879_low_3 (Length: 333)

Name: NF4879_low_3
Description: NF4879
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4879_low_3
NF4879_low_3
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-316)||(4711385-4711700)
chr7 (3-313)||(4845316-4845638)
chr7 (7-313)||(4653969-4654287)
chr7 (7-313)||(4696482-4696812)
chr7 (3-296)||(4637326-4637628)
chr7 (7-312)||(4864395-4864715)
chr7 (1-296)||(4673170-4673477)
chr7 (3-297)||(4783152-4783461)
chr7 (3-297)||(4815581-4815890)
chr7 (142-316)||(4663310-4663484)
chr7 (55-298)||(4644216-4644471)
chr7 (55-117)||(4631451-4631513)
chr7 (134-252)||(4667550-4667668)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (40-94)||(18925280-18925334)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 312; Significance: 1e-176; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 1 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 4711700 - 4711385
Alignment:
1 atttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttgaatgc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4711700 atttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttgaatgc 4711601  T
101 aatattctttggtgattttttccttctcataataagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagagaaaagagcattggaggg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4711600 aatattctttggtgattttttccttctcataataagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagagaaaagagcattggaggg 4711501  T
201 atcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaataaaaacaggggtgttagttatgctagaaaatgagtatgtgaaatttgagagagagata 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4711500 atcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaataaaaacaggggtgttagtgatgctagaaaatgagtatgtgaaatttgagagagagata 4711401  T
301 cgcgcggttgtgagtg 316  Q
    ||||||||||||||||    
4711400 cgcgcggttgtgagtg 4711385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 3 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 4845638 - 4845316
Alignment:
3 ttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttgaatgcaa 102  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||  | |  ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||    
4845638 ttcgattccgttaacgaaagcataaaaaggattcaattcgtttatgttgttcggaaagaaagttatgtttagcttcccatttggtttgatctgaatgcaa 4845539  T
103 tattctttggtgattttttccttctcataat------------aagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagagaaaagag 190  Q
    ||||||||||| |||||||||  ||| | ||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
4845538 tattctttggtaattttttccacctcgtcatgaagccaaagtgaagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttacttcgacagagaaaagag 4845439  T
191 cattggagggatcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaataaaaacaggggtgttagttatgctagaaaatgagtatgtgaaatttga 290  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||  |||||||||||||||||||||||||||||    
4845438 cattggagggatcaaagttctggtatgaagttgggtaaaaatgaaggcgaataaaaacaggggaactaggaatgctagaaaatgagtatgtgaaatttga 4845339  T
291 gagagagatacgcgcggttgtga 313  Q
    || ||||||| ||||||||||||    
4845338 gaaagagatatgcgcggttgtga 4845316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 7 - 313
Target Start/End: Original strand, 4653969 - 4654287
Alignment:
7 attccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttgaatgcaatatt 106  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| || ||| ||||||||||    
4653969 attccattaatgaaagcataataaggatttgaatggtttgtgttgttgggaatgaaagttatgtttagcttcttattcggttggacttggatgcaatatt 4654068  T
107 ctttggtgattttttccttctcataat------------aagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagagaaaagagcatt 194  Q
    ||||||||||| |||||   |||| ||            ||||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||||    
4654069 ctttggtgattgtttccccatcatcatgaatccaaagtgaaggattgaagtttttaagaagtgtaagtttgttgtttacttcaacagagaaaagtgcatt 4654168  T
195 ggagggatcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaataaaaacaggggtgttagttatgctagaaaatgagtatgtgaaatttgagaga 294  Q
     ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||   |||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
4654169 tgagggttcaaatttttgatacgaagtagggtaaaaatgaaggcggttaaaaacaggggaagtagtgatgttagaaaatgagtatgtgaaatatgagaga 4654268  T
295 gagatacgcgcggttgtga 313  Q
    |||||||| ||||||||||    
4654269 gagatacgtgcggttgtga 4654287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 7 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 4696812 - 4696482
Alignment:
7 attccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttgaatgcaatatt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
4696812 attccgttaatgaaagcataataaggatttgactggtttatgttgctgggaatgaaagttatgtttaacttctcatttggtttggtttgaatgcaatatt 4696713  T
107 ctttggtgattttttccttctcataat------------aagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagagaaaagagcatt 194  Q
    |||||||||||||||| |  |||| ||            ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
4696712 ctttggtgattttttcgtcatcatgatagaaccaaagagaagggttgaagtttttaagaagggtaacgttgttgtttactttaacagagaaaagtgcatt 4696613  T
195 gg--aggga----------tcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaataaaaacaggggtgttagttatgctagaaaatgagtatgtg 282  Q
     |  |||||          ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||   |||| ||||||| ||| |||||||||    
4696612 tgaaagggaattagaaggttcaaagtttcggtacgaagtcgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaacaggggaagtagtgatgctaggaaaagagtatgtg 4696513  T
283 aaatttgagagagagatacgcgcggttgtga 313  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||    
4696512 aaatttgagagagagacacgtgcggttgtga 4696482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 3 - 296
Target Start/End: Original strand, 4637326 - 4637628
Alignment:
3 ttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttgaatgcaa 102  Q
    |||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| || |||||| |||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||    
4637326 ttcgatcccgttaataaaagcataacaaggatttgattggtttatgctgttaggaatgaaagttatgtttaacttttcatttggtttgatttgtatgcaa 4637425  T
103 tattctttggtgattttttccttctcataat------------aagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagagaaaagag 190  Q
    |||||||||||||||||||| |  ||| |||            ||||| ||||||||||||||||||||||   || ||| ||||||||||||||||  |    
4637426 tattctttggtgattttttcgtcatcaaaatagagccaaagcaaagggttgaagtttttaagaagggtaag---gtcgttcactttgacagagaaaattg 4637522  T
191 cattggagggatcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaataaaaacaggggtgttagttatgctagaaaatgagtatgtgaaatttga 290  Q
    || |||| || ||||||||||| || || || |||||||||||||| | || |||||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
4637523 cactggaaggttcaaagttttgataagatgtagggtaaaaatgaagacgaagaaaaacagtggaattagtgatgctagaaaatgagtatgtgaaatttga 4637622  T
291 gagaga 296  Q
    ||||||    
4637623 gagaga 4637628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 7 - 312
Target Start/End: Original strand, 4864395 - 4864715
Alignment:
7 attccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtt---tggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttgaatgcaat 103  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
4864395 attccattaatgaaggcataataaggatttgattgatttatattattggccggaatgaaagttatgtttagcttctcatttgatttgatttgaatgcaat 4864494  T
104 attctttggtgattttttcc---ttctcat-aat--------aagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagagaaaagagc 191  Q
    ||||||||||||||||||||   |  |||| |||        ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||  || || ||||  ||    
4864495 attctttggtgattttttccccatcttcatgaatccaaagtgaagggttgaagtttttaagaagggtaattttgttgtttacttcaactgaaaaaaatgc 4864594  T
192 attggagggatcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaataaaaacaggggtgttagttatgctagaaaatgagtatgtgaaatttgag 291  Q
     || || || ||||||||||| || || ||||||||||||||||| | || ||||||||| |   |||| ||| |||||||||| ||||||||| |||||    
4864595 tttcgaaggttcaaagttttgataagatgttgggtaaaaatgaagacgaacaaaaacaggcgaactagtgatggtagaaaatgaatatgtgaaacttgag 4864694  T
292 agagagatacgcgcggttgtg 312  Q
    |||||||||||||||||||||    
4864695 agagagatacgcgcggttgtg 4864715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 296
Target Start/End: Original strand, 4673170 - 4673477
Alignment:
1 atttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttgaatgc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |  |||||| |  || ||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||| || |||||||| || |    
4673170 atttcgattccgttaatgaaagcatatttaacatttgatttgttcatgatgcttggaatgaaatttatgtttagcttctcattgggcttgatttggatac 4673269  T
101 aatattctttggtgattttttccttctcataat------------aagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagagaaaag 188  Q
    || |||||||||||||| ||||||  | || ||            ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||     
4673270 aaaattctttggtgattgtttcctcataatcatgaatccaaaggaaagggttgaagtttttaagaagggtaatattgttgttaactttgatagagaaaat 4673369  T
189 agcattggagggatcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaataaaaacaggggtgttagttatgctagaaaatgagtatgtgaaattt 288  Q
     |||||||||||||||||| |||   || || |||||||||||||||||| || |||||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
4673370 tgcattggagggatcaaagcttttagataaatttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaacagtggaattagtgatgctagaaaatgagtatgtgaaattt 4673469  T
289 gagagaga 296  Q
    ||||||||    
4673470 gagagaga 4673477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 3 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 4783461 - 4783152
Alignment:
3 ttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttgaatgcaa 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||| |  | || ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| ||    
4783461 ttcgattccgttaatgaaagcataactaggaatcaattggtttgtgttgttgggaatgaaagttatgtttagcttctcgtttggtttgatttggatggaa 4783362  T
103 tattctttggtgattttttccttctcataat------------aagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagagaaaagag 190  Q
    |||||||||  ||| |  | ||  |||| ||            ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||| |    
4783361 tattctttgacgatatgattctcatcatgatgaagccaaagtgaagggttgaagtttttaagaagggtaatgttgttgtttacttcaacagagaaaagtg 4783262  T
191 cattggagggatcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaataaaaacaggggtgttag---ttatgctagaaaatgagtatgtgaaatt 287  Q
    |||  ||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| || || |||||   | ||| ||||||||||||||||||||||    
4783261 cataagaggtttcaaaattttgatatgaagttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaatagtggagttagtgatgatgttagaaaatgagtatgtgaaatt 4783162  T
288 tgagagagag 297  Q
    ||||||||||    
4783161 tgagagagag 4783152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 3 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 4815890 - 4815581
Alignment:
3 ttcgattccgttaatgaaagcataataaggatttgaatgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttgaatgcaa 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||| |  | || ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| ||    
4815890 ttcgattccgttaatgaaagcataactaggactcaattggtttgtgttgttgggaatgaaagttatgtttagcttctcgtttggtttgatttggatggaa 4815791  T
103 tattctttggtgattttttccttctcataat------------aagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagagaaaagag 190  Q
    |||||||||  ||| |  | ||  |||| ||            ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||| |    
4815790 tattctttgacgatatgattctcatcatgatgaagccaaagtgaagggttgaagtttttaagaagggtaatgttgttgtttacttcaacagagaaaagtg 4815691  T
191 cattggagggatcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaataaaaacaggggtgttag---ttatgctagaaaatgagtatgtgaaatt 287  Q
    |||  ||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| || || |||||   | ||| ||||||||||||||||||||||    
4815690 cataagaggtttcaaaattttgatatgaagttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaatagtggagttagtgatgatgttagaaaatgagtatgtgaaatt 4815591  T
288 tgagagagag 297  Q
    ||||||||||    
4815590 tgagagagag 4815581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 142 - 316
Target Start/End: Original strand, 4663310 - 4663484
Alignment:
142 aagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagagaaaagagcattggagggatcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaa 241  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  || || |||| |||||||||||||| ||    
4663310 aagtttttaagaagggtaagattgtcgtttagtttgacagagaaaagtgcattggagggttcaaagtttttataagatgttgagtaaaaatgaaggcgaa 4663409  T
242 taaaaacaggggtgttagttatgctagaaaatgagtatgtgaaatttgagagagagatacgcgcggttgtgagtg 316  Q
     ||||||||||    |||  ||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||    
4663410 gaaaaacagggcaactagggatggtaggaaatgagtatgtgaaatttgagagcgagatacgtgcggttttgagtg 4663484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 55 - 298
Target Start/End: Original strand, 4644216 - 4644471
Alignment:
55 ggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttgaatgcaatattctttggtgattttttccttctcataat------------aagggctga 142  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||| |||| || | ||  |||| ||            ||||| |||    
4644216 ggaatgaaagttatgtttagcttctcatttgttttaatttggatgcaatactctttgatgatattattctcatcatgatgaagccaaagtgaagggttga 4644315  T
143 agtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagagaaaagagcattggagggatcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaat 242  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || || |  |||||||||| ||||| ||     
4644316 agttttgaagaagggtgagattgttgtttactttgacagagaaaagtgcatttgagggttcaaaattttgatacgatgcagggtaaaaataaaggcgaag 4644415  T
243 aaaaacaggggtgttagttatgctagaaaatgagtatgtgaaatttgagagagaga 298  Q
    |||||||||||    ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
4644416 aaaaacaggggaaacagtgatgctagaaaatgagtatgtaaaatttgagaaagaga 4644471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 55 - 117
Target Start/End: Original strand, 4631451 - 4631513
Alignment:
55 ggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgatttgaatgcaatattctttggtgatt 117  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||    ||||| |||||||||||||||||||||    
4631451 ggaatgaaagttatgtttagcttctcatttggagcaatttgtatgcaatattctttggtgatt 4631513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 134 - 252
Target Start/End: Original strand, 4667550 - 4667668
Alignment:
134 aagggctgaagtttttaagaagggtaagattgttgtttactttgacagagaaaagagcattggagggatcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatg 233  Q
    ||||||| |||| ||| ||||||||||| ||| |   ||||||||| | ||| ||||| |||||||  ||||||||||| || || ||||||||||||||    
4667550 aagggctaaagtctttgagaagggtaaggttggttcctactttgactgtgaagagagcgttggaggtttcaaagttttgatacgatgttgggtaaaaatg 4667649  T
234 aaggctaataaaaacaggg 252  Q
     |||| || ||||||||||    
4667650 gaggcgaagaaaaacaggg 4667668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 40 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 18925334 - 18925280
Alignment:
40 tgatttatgttgtttggaatgaaagttatgcttagcttctcatttggtttgattt 94  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||| ||||||| ||||    
18925334 tgatttatggtgtttggaatgaaagttatatttaacttctcagttggtttcattt 18925280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University