View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4884-Insertion-2 (Length: 1006)

Name: NF4884-Insertion-2
Description: NF4884
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4884-Insertion-2
NF4884-Insertion-2
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (8-1006)||(21703529-21704531)
chr3 (8-1006)||(21714985-21715983)
chr3 (432-1001)||(21622456-21623023)
chr3 (432-1001)||(21644170-21644737)
chr3 (694-875)||(21596735-21596916)
chr3 (100-623)||(21115072-21115595)
chr3 (168-377)||(21643966-21644175)
chr3 (122-662)||(21122521-21123061)
chr3 (168-377)||(21622252-21622461)
chr3 (110-143)||(21622221-21622254)
chr3 (110-143)||(21643935-21643968)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (112-636)||(23010257-23010781)
chr8 (733-857)||(23010039-23010160)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 901; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 901; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1006
Target Start/End: Original strand, 21703529 - 21704531
Alignment:
Q  8 ttccaggcattcaataccagc---cctccgaaaattttacatacttccaatctacaaaggaggcatacaatcagctgttggagttactacgtgacgattg 104  Q
    ||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21703529 ttccaggcattcaataccagtactcctccgaaaattttacatgcttccaatctacaaaggtggcatacaatcagctgttggagttactacgtgacgattg 21703628  T
Q  105 catccatatgataggagtgtatggaatgggtggatgtgggaaaacaactcttgtaactgaagttggtaagaaggctgaggaatcaaatatgttcgataag 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21703629 catccatatgataggagtgtatggaatgggtggatgtgggaaaacaactcttgcaactgaagttggtaagaaggctgaggaatcaaatatgttcgataag 21703728  T
Q  205 gttatcttaatcacagtgtctcaaactccaaacgttggaaaaattcaagaaaaaatggcagctttgttaaacttgaaactcagtgaagaagaggaagacg 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21703729 gttatcttaatcacagtgtctcaaactccaaacgttagaaaaattcaaggaaaaatggcagctttgttaaacttgaaactcagtgaagaagatgaagacg 21703828  T
Q  305 aaagagcacaacggttgtggttgagtctgaaagnnnnnnnn-cgaattcttgtcatagtagacgatttgtggaaaaagtttaatttgacgagtataggga 403  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21703829 aaagagcacaacgtttgtggttgagtctgaaagaaaaaaaaacgaattcttgtcatagtagacgatttgtggaaaaagtttaatctgacgagtataggga 21703928  T
Q  404 ttcgcatagacagtgttaacaagggagcatggaaaatccttgtaaccactcgtaatcggcaagtatgcacttcaatgaactgtcaaaaaatgattaatct 503  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21703929 ttcgcatagatagtgttaataagggagcatggaaaatccttgtaaccactcgtaatcggcaagtatgcacttcaatgaactgtcaaaaaattattaatct 21704028  T
Q  504 ggggctcttatctgaaaatgaatcttggactttgttccaaaagcatgcagatattactgatgaattctctaaatcattgggtggtgtgccacatgaactc 603  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21704029 ggggctcttatctgaaaacgaatcttggactttgttccaaaagcatgcagatattactgatgaattctctaaatcattgggtggtgtgccacatgaactc 21704128  T
Q  604 tgcaataaatgtaaaggactgcctctagcaattgtaactgtggcgtcttccttaaaagggaaacacaaaagtgagtgggatgttgcactatataagttga 703  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21704129 tgcaataaatgtaaaggactgcctctagcaattgtaactgtggcgtcttccttaaaagggaaacacaaaagtgagtgggatgttgcactatataagttga 21704228  T
Q  704 ggaattcagcggaattcgatgatcacgatgaaggagtgagagatgctttaagttgtcttgaactaagctatacatatttacaaaacaaggaagcagagtt 803  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21704229 ggaattcagcggaattcgatgatcacgatgaaggagtgagagatgctttaagttgtcttgaactaagctatacatatttacaaaacaaggaagcagagtt 21704328  T
Q  804 gctctttttgatgtgttctatgtttccagaagattacaacatatcaatagaagatttaatcatatatgcaattggactgggtgtgggaggaagacatcca 903  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21704329 gctctttttgatgtgttctatgtttccagaagattacaacatatcaatagaagatttaatcatatatgcaattggactgggtgtgggaggaagacatcca 21704428  T
Q  904 ctgaagatatcaaggattttgattcaagttgccatagacaaacttgtagaatcttgtttgctgatgcctgctgaagacatgaaatgtgtgaagatgcatg 1003  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21704429 ctgaagatatcaaggattttgattcaagttgccatagacaaacttgtagaatcttgtttgctgatgcctgctgaagacatggaatgtgtgaagatgcatg 21704528  T
Q  1004 act 1006  Q
    |||    
T  21704529 act 21704531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 515; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1006
Target Start/End: Complemental strand, 21715983 - 21714985
Alignment:
Q  8 ttccaggcattcaataccagccctccgaaaattttacatacttccaatctacaaaggaggcatacaatcagctgttggagttactacgtgacgattgcat 107  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||    
T  21715983 ttccaggcattcaataccagtcgtccgagaattttacttacttccaatcaacaaaagcggcttacaatcagctcttggagttactaaatgatgattgcat 21715884  T
Q  108 ccatatgataggagtgtatggaatgggtggatgtgggaaaacaactcttgtaactgaagttggtaagaaggctgaggaatcaaatatgttcgataaggtt 207  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  21715883 ctatatgataggtgtgtatggaatgggtggatgtgggaaaacaacacttgtaaccgaagtcggtaagaaggctcaggaatcaaatatgttcgataaggta 21715784  T
Q  208 atcttaatcacagtgtctcaaactccaaacgttggaaaaattcaagaaaaaatggcagctttgttaaacttgaaactcagtgaagaagaggaagacgaaa 307  Q
    || |  ||||||||||||||||||| |||  || || | ||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||  ||||||   ||||| | ||    
T  21715783 atatctatcacagtgtctcaaactcaaaatattagagacattcaaggaaaaatggcagacatgttaaacttgaaactcaaggaagaaagcgaagagggaa 21715684  T
Q  308 gagcacaacggttgtggttgagtctgaaagnnnnnnnncgaattcttgtcatagtagacgatttgtggaaaaagtttaatttgacgagtatagggattcg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||        ||||||||||| ||| | || ||||| |||||| |||||||||||| || |||||||||||     
T  21715683 gagcacaacggttgtggttgagtttgaaagaaaataaacgaattcttgttataattgatgatttatggaaagagtttaatttgatgaatatagggattca 21715584  T
Q  408 catagacagtgttaacaagggagcatggaaaatccttgtaaccactcgtaatcggcaagtatgcacttcaatgaactgtcaaaaaatgattaatctgggg 507  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| |  ||| | |||| |    
T  21715583 catagacaatgttaacaagggcgcatggaaaatccttgtaaccactcgtaatcagcaagtatgcactttaatggactgtcaaaagaatattcacctggcg 21715484  T
Q  508 ctcttatctgaaaatgaatcttggactttgttccaaaagcatgcagatattactgatgaattctctaaatcattgggtggtgtgccacatgaactctgca 607  Q
    ||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||  | || || || ||| ||| |||||||||||  |||||||||     
T  21715483 ctcttatctaaagatgaatcctggactttgttccaaaagcatgcaaagattactgacaagttttccaagtcaatggatggtgtgccacgagaactctgcg 21715384  T
Q  608 ataaatgtaaaggactgcctctagcaattgtaactgtggcgtcttccttaaaagggaaacacaaaagtgagtgggatgttgcactatataagttgaggaa 707  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  21715383 ataaatgtaagggactgcccctagctattgtaactatggcgtcttgcttaaaaggaaagcataaaagtgagtgggatgttgcactacataagatgaggaa 21715284  T
Q  708 ttcagcggaattcgatgatcacgatgaaggagtgagagatgctttaagttgtcttgaactaagctatacatatttacaaaacaaggaagcagagttgctc 807  Q
    |||| | | ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21715283 ttcatcagcatttgatgatcacgatgaaggagtgagaaatgctttgagttgtcttgaactaagctataaatatttacaaaacaaggaagcagagttgctc 21715184  T
Q  808 tttttgatgtgttctatgtttccagaagattacaacatatcaatagaagatttaatcatatatgcaattggactgggtgtgggaggaagacatccactga 907  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||||    
T  21715183 tttttgttgtgttctatgtttccagaagattgcaacatatcaatcgatgatttaatcctatatgcaataggactaggtgtgggaggaagatctccactga 21715084  T
Q  908 agatatcaaggattttgattcaagttgccatagacaaacttgtagaatcttgtttgctgatgcctgctgaagacatgaaatgtgtgaagatgcatgact 1006  Q
    || ||||||||| |||| ||||||| | |||| |||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  21715083 agttatcaaggagtttggttcaagtcggcataaacaagcttttagaatcatgtttgctgatgccggctaaagacatgcaatgcgtgaagatgcatgact 21714985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 432 - 1001
Target Start/End: Original strand, 21622456 - 21623023
Alignment:
Q  432 atggaaaatccttgtaaccactcgtaatcggcaagtatgcacttcaatgaactgtcaaaaaatgattaatctggggctcttatctgaaaatgaatcttgg 531  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |  ||| |||| | ||| |||||| || ||||||| |||    
T  21622456 atggaatatccttgtaaccactcgtaatcagcaagtatgcacttcaatggactgtcaaaagaatattcatctagagcttttatctaaagatgaatcctgg 21622555  T
Q  532 actttgttccaaaagcatgcagatattactgatgaattctctaaatcattgggtggtgtgccacatgaactctgcaataaatgtaaaggactgcctctag 631  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||  | || || || ||| ||| |||| ||||||  ||||||||| |||||||||| |||||| | ||||    
T  21622556 actttgttccaaaagcatgcaaagattactgacaagttttccaagtcaatggatggtttgccacgagaactctgcgataaatgtaagggactggccctag 21622655  T
Q  632 caattgtaactgtggcgtcttccttaaaagggaaacacaaaagtgagtgggatgttgcactatataagttgaggaattcagcggaattcgatgatcacga 731  Q
    | ||||||||| ||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||| |||||||||||    
T  21622656 ctattgtaactatggcgtcttgcttaaaaggaaagcataaaagtgagtgggatgttgcactacataagatgaggaattcatcggcatttgatgatcacga 21622755  T
Q  732 tgaaggagtgagagatgctttaagttgtcttgaactaagctatacatatttacaaaacaaggaagcagagttgctctttttgatgtgttctatgtttcca 831  Q
     |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  21622756 cgaaggagtgagaaatgctttgagttgtcttgaactaagctataaatatttacaaaacaaggaagcagagttgctctttttgttgtgttctatatttcca 21622855  T
Q  832 gaagattacaacatatcaatagaagatttaatcatatatgcaattggactgggtgtgggaggaagacatccactgaagatatcaaggattttgattcaag 931  Q
    ||||||| ||||||||| |  || ||||||||| |||||||||| ||||| |  || |||||||||  |||||||||| ||||||||| |||| ||||||    
T  21622856 gaagattgcaacatatcgaccgatgatttaatcctatatgcaataggactag--gttggaggaagatctccactgaagttatcaaggagtttggttcaag 21622953  T
Q  932 ttgccatagacaaacttgtagaatcttgtttgctgatgcctgctgaagacatgaaatgtgtgaagatgca 1001  Q
      | |||| |||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||| || |||||||||||||    
T  21622954 acggcataaacaagcttttagaatcatgtttgctgatgccggctaaagacatgcaacgtgtgaagatgca 21623023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 432 - 1001
Target Start/End: Original strand, 21644170 - 21644737
Alignment:
Q  432 atggaaaatccttgtaaccactcgtaatcggcaagtatgcacttcaatgaactgtcaaaaaatgattaatctggggctcttatctgaaaatgaatcttgg 531  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |  ||| |||| | ||| |||||| || ||||||| |||    
T  21644170 atggaatatccttgtaaccactcgtaatcagcaagtatgcacttcaatggactgtcaaaagaatattcatctagagcttttatctaaagatgaatcctgg 21644269  T
Q  532 actttgttccaaaagcatgcagatattactgatgaattctctaaatcattgggtggtgtgccacatgaactctgcaataaatgtaaaggactgcctctag 631  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||  | || || || ||| ||| |||| ||||||  ||||||||| |||||||||| |||||| | ||||    
T  21644270 actttgttccaaaagcatgcaaagattactgacaagttttccaagtcaatggatggtttgccacgagaactctgcgataaatgtaagggactggccctag 21644369  T
Q  632 caattgtaactgtggcgtcttccttaaaagggaaacacaaaagtgagtgggatgttgcactatataagttgaggaattcagcggaattcgatgatcacga 731  Q
    | ||||||||| ||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||| |||||||||||    
T  21644370 ctattgtaactatggcgtcttgcttaaaaggaaagcataaaagtgagtgggatgttgcactacataagatgaggaattcatcggcatttgatgatcacga 21644469  T
Q  732 tgaaggagtgagagatgctttaagttgtcttgaactaagctatacatatttacaaaacaaggaagcagagttgctctttttgatgtgttctatgtttcca 831  Q
     |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  21644470 cgaaggagtgagaaatgctttgagttgtcttgaactaagctataaatatttacaaaacaaggaagcagagttgctctttttgttgtgttctatatttcca 21644569  T
Q  832 gaagattacaacatatcaatagaagatttaatcatatatgcaattggactgggtgtgggaggaagacatccactgaagatatcaaggattttgattcaag 931  Q
    ||||||| ||||||||| |  || ||||||||| |||||||||| ||||| |  || |||||||||  |||||||||| ||||||||| |||| ||||||    
T  21644570 gaagattgcaacatatcgaccgatgatttaatcctatatgcaataggactag--gttggaggaagatctccactgaagttatcaaggagtttggttcaag 21644667  T
Q  932 ttgccatagacaaacttgtagaatcttgtttgctgatgcctgctgaagacatgaaatgtgtgaagatgca 1001  Q
      | |||| |||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||| || |||||||||||||    
T  21644668 acggcataaacaagcttttagaatcatgtttgctgatgccggctaaagacatgcaacgtgtgaagatgca 21644737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 694 - 875
Target Start/End: Original strand, 21596735 - 21596916
Alignment:
Q  694 tataagttgaggaattcagcggaattcgatgatcacgatgaaggagtgagagatgctttaagttgtcttgaactaagctatacatatttacaaaacaagg 793  Q
    |||||| ||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21596735 tataagatgaggaattcatcggcatttgatgatcacgatgaaggagtgagaaatgctttgagttgtcttgaactaagctataaatatttacaaaacaagg 21596834  T
Q  794 aagcagagttgctctttttgatgtgttctatgtttccagaagattacaacatatcaatagaagatttaatcatatatgcaat 875  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  || ||||||||||||||| ||||    
T  21596835 aagcagagttgctctttttgttgtgttctatgtttccagaagattgcaacatatcgaccgacgatttaatcatatatccaat 21596916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 100 - 623
Target Start/End: Original strand, 21115072 - 21115595
Alignment:
Q  100 gattgcatccatatgataggagtgtatggaatgggtggatgtgggaaaacaactcttgtaactgaagttggtaagaaggctgaggaatcaaatatgttcg 199  Q
    |||||||||  ||| |||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| |||| | | |||||||| |||||||||||||||| | ||||||| |    
T  21115072 gattgcatctctataataggaatgtatggaatgggtggatgcggaaaaacaacccttgcagcagaagttggcaagaaggctgaggaattagatatgtttg 21115171  T
Q  200 ataaggttatcttaatcacagtgtctcaaactccaaacgttggaaaaattcaagaaaaaatggcagctttgttaaacttgaaactcagtgaagaagagga 299  Q
    |||||||||| | |||||| ||  |||||||||||||  || ||   ||||| | |||| | |||| | |||||||||||||| |    ||||||   ||    
T  21115172 ataaggttatatcaatcactgtcgctcaaactccaaatattagaggcattcagggaaaacttgcagatatgttaaacttgaaattggaggaagaaagtga 21115271  T
Q  300 agacgaaagagcacaacggttgtggttgagtctgaaagnnnnnnnncgaattcttgtcatagtagacgatttgtggaaaaagtttaatttgacgagtata 399  Q
    ||| | |||||||||||| || |||||| || | |||         ||||||||| | ||||| |||||| | |||| | ||||| ||||||  | ||||    
T  21115272 agagggaagagcacaacgtttatggttgtgtttaaaacaaaagaagcgaattcttataatagtggacgatctatggagagagtttcatttgataaatata 21115371  T
Q  400 gggattcgcatagacagtgttaacaagggagcatggaaaatccttgtaaccactcgtaatcggcaagtatgcacttcaatgaactgtcaaaaaatgatta 499  Q
    ||||||| | |||||| ||||||| ||    |||||||  ||||  ||||||||||||||  ||| || || || |||||| |||||||||| | ||||     
T  21115372 gggattctcgtagacaatgttaacgagcacacatggaaggtcctgataaccactcgtaatgagcatgtctgtacatcaatggactgtcaaaagaagattc 21115471  T
Q  500 atctggggctcttatctgaaaatgaatcttggactttgttccaaaagcatgcagatattactgatgaattctctaaatcattgggtggtgtgccacatga 599  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||||| || |||||||||  ||||   |||  ||| |||| ||| || | ||||| |||||||||||  ||    
T  21115472 atttggggctcttgtctgaagatgaatcttggacattattccaaaagtttgcaagaattgatgacgaatactccaagttattggatggtgtgccacggga 21115571  T
Q  600 actctgcaataaatgtaaaggact 623  Q
    | |||||||| | ||||| |||||    
T  21115572 agtctgcaatgagtgtaatggact 21115595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 168 - 377
Target Start/End: Original strand, 21643966 - 21644175
Alignment:
Q  168 tggtaagaaggctgaggaatcaaatatgttcgataaggttatcttaatcacagtgtctcaaactccaaacgttggaaaaattcaagaaaaaatggcagct 267  Q
    |||| |||||||  ||||||||||||||||||| ||||| || |  ||||||| ||||||||||| |||  || || | ||||| | |||||||||||      
T  21643966 tggtgagaaggcctaggaatcaaatatgttcgacaaggtaatatctatcacagcgtctcaaactcaaaatattagagacattcatggaaaaatggcagac 21644065  T
Q  268 ttgttaaacttgaaactcagtgaagaagaggaagacgaaagagcacaacggttgtggttgagtctgaaagnnnnnnnncgaattcttgtcatagtagacg 367  Q
     |||||||||||||||||| |||||||   ||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||        ||||||||||| |||||||| |    
T  21644066 atgttaaacttgaaactcaatgaagaaagcgaagagggaagagcacaacggttgtggttgagtttgacagaaaataaacgaattcttgttatagtagatg 21644165  T
Q  368 atttgtggaa 377  Q
    |||| |||||    
T  21644166 atttatggaa 21644175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 122 - 662
Target Start/End: Original strand, 21122521 - 21123061
Alignment:
Q  122 tgtatggaatgggtggatgtgggaaaacaactcttgtaactgaagttggtaagaaggctgaggaatcaaatatgttcgataaggttatcttaatcacagt 221  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||| | |||||| ||    
T  21122521 tgtacggaatgggtggatgtggaaaaacaacccttgtaacggaagttggcaagaaggctgaggaattggatatgtttgataaggttatatcaatcaccgt 21122620  T
Q  222 gtctcaaactccaaacgttggaaaaattcaagaaaaaatggcagctttgttaaacttgaaactcagtgaagaagaggaagacgaaagagcacaacggttg 321  Q
    | |   |||||||||| || | |  ||||||| | |||| |||| | |||||||||||||| |  | ||||||   ||||| | ||||||||||||  |     
T  21122621 gacaagaactccaaacattaggagcattcaaggacaaattgcagatatgttaaacttgaaattgggggaagaaagtgaagatggaagagcacaacgtcta 21122720  T
Q  322 tggttgagtctgaaagnnnnnnnncgaattcttgtcatagtagacgatttgtggaaaaagtttaatttgacgagtatagggattcgcatagacagtgtta 421  Q
    |||||| || | ||||         ||| |||| | ||||| ||| || | |||| | ||||| |||||| |  || |||||||||| || ||| || ||    
T  21122721 tggttgcgtttaaaagaaatgaagagaactcttataatagttgacaatctatggagagagtttcatttgaaggatacagggattcgcttatacaatgata 21122820  T
Q  422 acaagggagcatggaaaatccttgtaaccactcgtaatcggcaagtatgcacttcaatgaactgtcaaaaaatgattaatctggggctcttatctgaaaa 521  Q
    | |  || |||| |||||||||||||||||| |||| |  | | || || | || |||||| ||||| || |||||| || |||||||||| ||  || |    
T  21122821 atagaggtgcattgaaaatccttgtaaccacacgtattgagaatgtttgtattttaatgaattgtcacaagatgattcatttggggctcttgtccaaaga 21122920  T
Q  522 tgaatcttggactttgttccaaaagcatgcagatattactgatgaattctctaaatcattgggtggtgtgccacatgaactctgcaataaatgtaaagga 621  Q
    |||||| ||||| || |||||||||| |||||  |||  ||| |||||||||   ||||| | |||||| ||||| ||| ||||| || |||| || |||    
T  21122921 tgaatcctggacattcttccaaaagcttgcagtaattgatgacgaattctctgtgtcattagatggtgtaccacaagaaatctgctatgaatgcaaggga 21123020  T
Q  622 ctgcctctagcaattgtaactgtggcgtcttccttaaaagg 662  Q
    || ||  |||||||   |||| || | ||||||||||||||    
T  21123021 cttcccttagcaatcaaaactatgtcttcttccttaaaagg 21123061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 168 - 377
Target Start/End: Original strand, 21622252 - 21622461
Alignment:
Q  168 tggtaagaaggctgaggaatcaaatatgttcgataaggttatcttaatcacagtgtctcaaactccaaacgttggaaaaattcaagaaaaaatggcagct 267  Q
    |||| |||||||  ||||||||||||||||||| ||||| || |  ||||||| ||||||||||| |||  || || | ||||| | |||||||| ||      
T  21622252 tggtgagaaggcctaggaatcaaatatgttcgacaaggtaatatctatcacagcgtctcaaactcaaaatattagagatattcatggaaaaatggtagac 21622351  T
Q  268 ttgttaaacttgaaactcagtgaagaagaggaagacgaaagagcacaacggttgtggttgagtctgaaagnnnnnnnncgaattcttgtcatagtagacg 367  Q
     |||||||||||||||||| |||||||   ||||| | ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||        ||||||||||| |||||||| |    
T  21622352 atgttaaacttgaaactcaatgaagaaagcgaagagggaagagcacaacggttatggttgagtttgacagaaaataaacgaattcttgttatagtagatg 21622451  T
Q  368 atttgtggaa 377  Q
    |||| |||||    
T  21622452 atttatggaa 21622461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 110 - 143
Target Start/End: Original strand, 21622221 - 21622254
Alignment:
Q  110 atatgataggagtgtatggaatgggtggatgtgg 143  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21622221 atatgataggtgtgtatggaatgggtggatgtgg 21622254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 110 - 143
Target Start/End: Original strand, 21643935 - 21643968
Alignment:
Q  110 atatgataggagtgtatggaatgggtggatgtgg 143  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21643935 atatgataggtgtgtatggaatgggtggatgtgg 21643968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 86; Significance: 1e-40; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 112 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 23010781 - 23010257
Alignment:
Q  112 atgataggagtgtatggaatgggtggatgtgggaaaacaactcttgtaactgaagttggtaagaaggctgaggaatcaaatatgttcgataaggttatct 211  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||| | ||||||| | || || |||  ||| |    
T  23010781 atgataggagtgtatggaatgggcggaactgggaaaacagctcttgttactgaagttggtaagaaggttgaagcatcaaatgtttttgacaagactatat 23010682  T
Q  212 taatcacagtgtctcaaactccaaacgttggaaaaattcaagaaaaaatggcagctttgttaaacttgaaactcagtgaagaagaggaagacgaaagagc 311  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||  || || | ||||||| |||||| || | | | || ||| ||||| |    ||||||   || || | ||||||    
T  23010681 taattacagtgtctcaaactcccaatattagagatattcaaggaaaaatagctgatgttttgaacatgaaattggaggaagaaagtgatgagggaagagc 23010582  T
Q  312 acaacggttgtggttgagtctgaaagnnnnnnnncgaattcttgtcatagtagacgatttgtggaaaaagtttaatttg-acgagtatagggattcgcat 410  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||        || ||||| || |||||||| ||||| |||| | ||||| ||||| |||| | ||||||||||| |    
T  23010581 acaacgtttgtggttgagtttgaaagaaaagaagcggattctcgtaatagtagatgatttatggagagagtttgatttgaacga-tgtagggattcgctt 23010483  T
Q  411 agacagtgttaacaagggagcatggaaaatccttgtaaccactcgtaatcggcaagtatgcacttcaatgaactgtcaaaaaatgattaatctggggctc 510  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||   |   ||| |||||||||| | |||| |||| || |||    
T  23010482 agacaatgataacaagggtgcatggaagatccttgcaaccactcgtaatcaacatgtatgtgatctgatgcactgtcaaaagaagattcatctaggactc 23010383  T
Q  511 ttatctgaaaatgaatcttggactttgttccaaaagcatgcagatattactgatgaattctctaaatcattgggtggtgtgccacatgaactctgcaata 610  Q
    |||  |||| |||| |||||| ||||||||| ||| |||||| |||||  |||  | ||| | || ||||| | ||||||||||||  || | ||||       
T  23010382 ttagatgaagatgagtcttggtctttgttccgaaaacatgcacatattgatgaaaatttccccaagtcattagatggtgtgccacaaaaagtatgcatgg 23010283  T
Q  611 aatgtaaaggactgcctctagcaatt 636  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  23010282 aatgtaaaggactacctatagcaatt 23010257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 733 - 857
Target Start/End: Complemental strand, 23010160 - 23010039
Alignment:
Q  733 gaaggagtgagagatgctttaagttgtcttgaactaagctatacatatttacaaaacaaggaagcagagttgctctttttgatgtgttctatgtttccag 832  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||   ||||||  |||||| |||  | | ||| |||| || ||||||||||||||||| |    
T  23010160 gaaggagtgggagttgctttaagttgtcttaaactaagctatgattatttatcaaacaaagaa--aaacttg-tcttcttaatgtgttctatgtttcctg 23010064  T
Q  833 aagattacaacatatcaatagaaga 857  Q
    ||||||| || || ||| |||||||    
T  23010063 aagattataaaatctcagtagaaga 23010039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University