View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4886-Insertion-3 (Length: 693)

Name: NF4886-Insertion-3
Description: NF4886
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4886-Insertion-3
NF4886-Insertion-3
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (7-693)||(3598640-3599333)
chr7 (7-485)||(22005621-22006105)
chr7 (7-485)||(7892397-7892881)
chr7 (235-328)||(13604171-13604262)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (7-485)||(14995079-14995563)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (7-485)||(41860472-41860956)
chr4 (7-485)||(52681374-52681858)
chr4 (230-467)||(30576448-30576688)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (7-485)||(32673913-32674397)
chr5 (68-294)||(22636691-22636925)
chr5 (603-693)||(4356289-4356379)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (7-485)||(13906903-13907387)
chr2 (7-485)||(26454548-26455032)
chr2 (7-485)||(40604385-40604869)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (36-485)||(3590269-3590726)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (7-485)||(18200389-18200874)
chr3 (7-485)||(26950161-26950645)
chr3 (7-465)||(36092421-36092886)
chr3 (235-322)||(12807577-12807663)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (7-485)||(35595549-35596035)
chr1 (7-485)||(2045848-2046332)
chr1 (601-693)||(45221475-45221567)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 444; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 444; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 3599333 - 3598640
Alignment:
Q  7 aattgtttcattctaatttaannnnnnngtgtttatataaaagcattgttattttgttaacattgagaagaaaaatcaaatgtatttttaactgctcctc 106  Q
    |||||||||||||||||||||       ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  3599333 aattgtttcattctaatttaattttt--gtgtttatatagaagcattgttattgtgttaacattgagaagaaaaatcaaatggatttttagctgatcctc 3599236  T
Q  107 ctcttatttatgactagggttaaccacacatctttctttccatgcaattcccctctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttag------ta-aaa 199  Q
    ||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||      || |||    
T  3599235 ctcttatctgtgactaaggttaaccacacatctttctttacattcaattcc--tctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttaggcttcttacaaa 3599138  T
Q  200 atcaaagtgattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatttcggggttggaataagagtaggagcattt 299  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  3599137 atcaaagtaattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgtagttcaggaattttcaaatt-cggggttggaataagagtgggagcattt 3599039  T
Q  300 gtttagtttgatttttggttatttgta-----atgaatttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctcnnnnnnngtttattata------at 388  Q
    |||||||||||||||||||||||||||     |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| |||||      ||    
T  3599038 gtttagtttgatttttggttatttgtatttcgatgactttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctctttttttgtttgttatattctagat 3598939  T
Q  389 ctagaacgaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgattaaaactgatgtgactgtgtctacc 488  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3598938 ctagaaggaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcgatgataatttatacggtggtggttgattaaa-ctgatgtgactgtgtctacc 3598840  T
Q  489 ctctctatattgtgtgttgatcgagattgctgaagacaaaaacaaggcttgctgcaggtttagaaacacaaattgcggaaagccttaataattattgtcc 588  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||    
T  3598839 ctctctatattgtgtgttgatcgagattgctgaagaaaaaaa-aaggcttgctgcagctttagaaacacaaattgcagatggccttaataattattgtcc 3598741  T
Q  589 taaattattaatccttttctagagattttaggatgctctaaggaggattggatacttggttagttactcttctcttttgaatagtttattttcatgagtt 688  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3598740 taaattattaatccttttctagagattttaggatgctctaaggaggattggatacttg----gttactcttctcttttgaatagtttattttcatgagtt 3598645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 7 - 485
Target Start/End: Original strand, 22005621 - 22006105
Alignment:
Q  7 aattgtttcattctaatttaannnnnnngtgtttatataaaagcattgttattttgttaacattgagaagaaaaatcaaatgtatttttaactgctcctc 106  Q
    |||||||||||||||||||||       ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  22005621 aattgtttcattctaatttaattttt--gtgtttatatagaagcattgttattgtgttaacattgagaagaaaaatcaaatggatttttacctgctcctc 22005718  T
Q  107 ctcttatttatgactagggttaaccacacatctttctttccatgcaattcccctctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttag------ta-aaa 199  Q
    ||||| | | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||      || |||    
T  22005719 ctcttttctgtgactaaggttaaccacacatctttctttccattcaattcc--tctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttaggcttcttacaaa 22005816  T
Q  200 atcaaagtgattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatttcggggttggaataagagtaggagcattt 299  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  22005817 atcaaagtaattgttatatgattggtgtggggtttggttttttgattttgcagttcaggaattttcaaatt-cggggttgaaataagagtaggagcattt 22005915  T
Q  300 gtttagtttgatttttggttatttgtaat-----gaatttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctcnnnnnnngtttattataatctagaa 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| ||||| |||||||    
T  22005916 gtttagtttgatttttggttatttgtaatccgatgactttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctctttttttgtttgttatattctagaa 22006015  T
Q  395 cgaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgattaaaactgatgtgactgtgtct 485  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  22006016 ggaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgatt-atactgatgtgactgtgtct 22006105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 282; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 7 - 485
Target Start/End: Original strand, 7892397 - 7892881
Alignment:
Q  7 aattgtttcattctaatttaannnnnnngtgtttatataaaagcattgttattttgttaacattgagaagaaaaatcaaatgtatttttaactgctcctc 106  Q
    |||||||||||||||||||||       ||||||||||| || ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  7892397 aattgtttcattctaatttaattttt--gtgtttatatagaaacattgttgttgtgttaacattgagaagaaaaatcaaatggatttttagctgctcctc 7892494  T
Q  107 ctcttatttatgactagggttaaccacacatctttctttccatgcaattcccctctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttag------ta-aaa 199  Q
    ||||| | | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||      || |||    
T  7892495 ctcttttctgtgactaaggttaaccacacatctttctttccattcaattcc--tctattgtacaaaatagcttgcaacagctttttaggcttcttacaaa 7892592  T
Q  200 atcaaagtgattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatttcggggttggaataagagtaggagcattt 299  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||    
T  7892593 atcaaagtaattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatt-cggggttgaaataagagtatgagcattt 7892691  T
Q  300 gtttagtttgatttttggttatttgtaat-----gaatttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctcnnnnnnngtttattataatctagaa 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||     || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||       |||| ||||| |||||||    
T  7892692 gtttagtttgatttttggttatttgtaatccgatgactttttgaattggattgctatctaatttattatcatctctttttttgtttgttatattctagaa 7892791  T
Q  395 cgaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgattaaaactgatgtgactgtgtct 485  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  7892792 ggaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgatt-atactgatgtgactgtgtct 7892881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 235 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 13604262 - 13604171
Alignment:
Q  235 ggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatttcggggttggaataagagtaggagcatttgtttagtttgatttttggttatttgtaat 328  Q
    |||||||||||||| || || | |||||||||||||  ||||||   |||||||||  | |||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  13604262 ggtttgttgattttacattt-atgaattttcaaatta-ggggttaagataagagtaataacatttgtttaatttgatttttggttattcgtaat 13604171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 7 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 14995563 - 14995079
Alignment:
Q  7 aattgtttcattctaatttaannnnnnngtgtttatataaaagcattgttattttgttaacattgagaagaaaaatcaaatgtatttttaactgctcctc 106  Q
    |||||||||||||||||||||       ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  14995563 aattgtttcattctaatttaattttt--gtgtttatatagaagcattgttattgtgttaacattgagaagaaaaatcaaatggatttttagctgctcctc 14995466  T
Q  107 ctcttatttatgactagggttaaccacacatctttctttccatgcaattcccctctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttag------ta-aaa 199  Q
    ||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||      || |||    
T  14995465 ctcttttttgtgactaaggttaaccacacatctttctttccattcaattcc--tctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttaggcttcttacaaa 14995368  T
Q  200 atcaaagtgattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatttcggggttggaataagagtaggagcattt 299  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14995367 atcaaagtaattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaa-ttcggggttggaataagagtaggagcattt 14995269  T
Q  300 gtttagtttgatttttggttatttgta-----atgaatttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctcnnnnnnngtttattataatctagaa 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||     |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| ||||| |||||||    
T  14995268 gtttagtttgatttttggttatttgtaatccgatgactgtttgaattgcattgctatctaatttattatcatctctttttttgtttgttatattctagaa 14995169  T
Q  395 cgaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgattaaaactgatgtgactgtgtct 485  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14995168 ggaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgtggtgataatttatacggtggtggttgatt-aaactgatgtgactgtgtct 14995079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 7 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 41860956 - 41860472
Alignment:
Q  7 aattgtttcattctaatttaannnnnnngtgtttatataaaagcattgttattttgttaacattgagaagaaaaatcaaatgtatttttaactgctcctc 106  Q
    |||||||||||||||||||||       ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  41860956 aattgtttcattctaatttaattttt--gtgtttatatagaagcattgttattgtgttaacattgagaagaaaaatcaaatggatttttagctgctcctc 41860859  T
Q  107 ctcttatttatgactagggttaaccacacatctttctttccatgcaattcccctctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttag------ta-aaa 199  Q
    ||||| | | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||      || |||    
T  41860858 ctcttttctgtgactaaggttaaccacacatctttctttccattcaattcc--tctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttaggcttcttacaaa 41860761  T
Q  200 atcaaagtgattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatttcggggttggaataagagtaggagcattt 299  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  41860760 atcaaagtaattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatt-cggggttggaataagagtaggagcattt 41860662  T
Q  300 gtttagtttgatttttggttatttgtaat-----gaatttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctcnnnnnnngtttattataatctagaa 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| ||||| |||||||    
T  41860661 gtttagtttgatttttggttatttgtaatccgatgactttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctctttttttgtttgttatattctagaa 41860562  T
Q  395 cgaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgattaaaactgatgtgactgtgtct 485  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  41860561 ggaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgatt-atactgatgtgactgtgtct 41860472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 7 - 485
Target Start/End: Original strand, 52681374 - 52681858
Alignment:
Q  7 aattgtttcattctaatttaannnnnnngtgtttatataaaagcattgttattttgttaacattgagaagaaaaatcaaatgtatttttaactgctcctc 106  Q
    |||||||||||||||||||||       ||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  52681374 aattgtttcattctaatttaattttt--gtgtttatatagaaacattgttattgtgttaacattgagaagaaaaatcaaatggatttttagctgctcctc 52681471  T
Q  107 ctcttatttatgactagggttaaccacacatctttctttccatgcaattcccctctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttag------ta-aaa 199  Q
    ||||| | | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||      || |||    
T  52681472 ctcttttctgtgactaaggttaaccacacatctttctttccattcaattcc--tctattgtacaaaatagcttgcaacagctttttaggcttcttacaaa 52681569  T
Q  200 atcaaagtgattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatttcggggttggaataagagtaggagcattt 299  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||    
T  52681570 atcaaagtaattgttatataattggtgtggggtttagtttgttgattttgcaattcaggaattttcaaatt-cggggttgaaataagagtatgagcattt 52681668  T
Q  300 gtttagtttgatttttggttatttgtaat-----gaatttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctcnnnnnnngtttattataatctagaa 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||     || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||       |||| ||||| |||||||    
T  52681669 gtttagtttgatttttggttatttgtaatccgatgactttttgaattggattgctatctaatttattatcatctctttttttgtttgttatattctagaa 52681768  T
Q  395 cgaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgattaaaactgatgtgactgtgtct 485  Q
     ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  52681769 ggagatttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgatt-atactgatgtgactgtgtct 52681858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 230 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 30576688 - 30576448
Alignment:
Q  230 ggtttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatttcggggttggaataagagtaggagcatttgtttagtttgatttttggttatttgtaat- 328  Q
    ||||||||||||| ||||||||||  || ||||| |||| |  | |||||||||||||| | |||| |||||||| || ||||||| ||||||||||||     
T  30576688 ggtttggtttgttcattttgcagtagagaaatttccaaaatg-gcggttggaataagagcaagagcttttgtttaattggattttttgttatttgtaatt 30576590  T
Q  329 ----gaatttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctcnnnnnnngtttattataatctagaacgaggtttatgcggtggtggtt-------g 417  Q
        || |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||        |||  |||  ||||||||||||||||||||| |||||||            
T  30576589 cgacgagtttttgaatttcattgttatctaatttattaccatctc--------ttttatattttctagaacgaggtttatgcggcggtggttttcgtaac 30576498  T
Q  418 ttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgattaaa 467  Q
    ||||||||||||||  ||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||    
T  30576497 ttgcaagaaggcccctgcgctgatgatttatatggtggtggttgaataaa 30576448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 7 - 485
Target Start/End: Original strand, 32673913 - 32674397
Alignment:
Q  7 aattgtttcattctaatttaannnnnnngtgtttatataaaagcattgttattttgttaacattgagaagaaaaatcaaatgtatttttaactgctcctc 106  Q
    |||||||||||||||||||||       ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  32673913 aattgtttcattctaatttaattttt--gtgtttatatagaagcattgttattgtgttaacattgagaagaaaaatcaaatggatttttagctgctcctc 32674010  T
Q  107 ctcttatttatgactagggttaaccacacatctttctttccatgcaattcccctctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttag------ta-aaa 199  Q
    ||||| | | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||      || |||    
T  32674011 ctcttttctgtgactaaggttaaccacacatctttctttccattcaattcc--tctattgtacaaaataacttgcaatagctttttaggcttcttacaaa 32674108  T
Q  200 atcaaagtgattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatttcggggttggaataagagtaggagcattt 299  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32674109 atcaaagtaattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcaattcaggaattttcaaatt-cggggttggaataagagtaggagcattt 32674207  T
Q  300 gtttagtttgatttttggttatttgtaat-----gaatttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctcnnnnnnngtttattataatctagaa 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| ||||| |||||||    
T  32674208 gtttagtttgatttttggttatttgtaatccgatgactttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctctttttttgtttgttatattctagaa 32674307  T
Q  395 cgaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgattaaaactgatgtgactgtgtct 485  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  32674308 ggaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgatt-atactgatgtgactgtgtct 32674397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 68 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 22636925 - 22636691
Alignment:
Q  68 attgagaagaaaaatcaaatgtatttttaactgctcctcctcttatttatgactagggttaaccacacatctttctttccatgcaattcccctctattgt 167  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||  ||||||||||||| |   |||||| |||||||| || |||||||||||| | |||||  ||||| ||||    
T  22636925 attgagaagagaaatcaaatggatttttagttgctcctcctcttctccgtgactaaggttaaccgcatatctttctttccgttcaatt--cctcttttgt 22636828  T
Q  168 acaaaatagcttgcaatagctttttag------ta-aaaatcaaagtgattgtt----atatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttca 256  Q
     ||||||||||||||||||||||||||      || ||||||||||| ||||||    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  22636827 tcaaaatagcttgcaatagctttttaggcttcttacaaaatcaaagtaattgttgttcatatgattggtgtggggttttgtttgttgattttgcagttta 22636728  T
Q  257 ggaattttcaaatttcggggttggaataagagtaggag 294  Q
     || |||||||| || | |||||||| |||||||||||    
T  22636727 tgagttttcaaa-ttggtggttggaaaaagagtaggag 22636691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 603 - 693
Target Start/End: Original strand, 4356289 - 4356379
Alignment:
Q  603 ttttctagagattttaggatgctctaaggaggattggatacttggttagttactcttctcttttgaatagtttattttcatgagttgttag 693  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  4356289 ttttctagagattttagcatgctctaagaaggatcggatacttggttagttactcttctcttttgaattgtttattttcaggagttgttag 4356379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 7 - 485
Target Start/End: Original strand, 13906903 - 13907387
Alignment:
Q  7 aattgtttcattctaatttaannnnnnngtgtttatataaaagcattgttattttgttaacattgagaagaaaaatcaaatgtatttttaactgctcctc 106  Q
    |||||||||||||||||||||       ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13906903 aattgtttcattctaatttaattttt--gtgtttatatagaagcattgttattgtgttaacattgagaagaaaaatcaaatgtatttttacctgctcctc 13907000  T
Q  107 ctcttatttatgactagggttaaccacacatctttctttccatgcaattcccctctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttag------ta-aaa 199  Q
    ||||| | | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||      || |||    
T  13907001 ctcttttctgtgactaaggttaaccacacatctttctttccattcaattcc--tctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttaggcttcttacaaa 13907098  T
Q  200 atcaaagtgattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatttcggggttggaataagagtaggagcattt 299  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  13907099 atcaaagtaattgttatatgattggtgtggggtttggttttttgattttgcagttcaggaattttcaaatt-cggggttgaaataagagtaggagcattt 13907197  T
Q  300 gtttagtttgatttttggttatttgtaat-----gaatttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctcnnnnnnngtttattataatctagaa 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| ||||| |||||||    
T  13907198 gtttagtttgatttttggttatttgtaatccgatgactttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctctttttttgtttgttatattctagaa 13907297  T
Q  395 cgaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgattaaaactgatgtgactgtgtct 485  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||    
T  13907298 ggaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgatt-atactgatgtgaatgtgtct 13907387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 7 - 485
Target Start/End: Original strand, 26454548 - 26455032
Alignment:
Q  7 aattgtttcattctaatttaannnnnnngtgtttatataaaagcattgttattttgttaacattgagaagaaaaatcaaatgtatttttaactgctcctc 106  Q
    |||||||||||||||||||||       ||||||||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  26454548 aattgtttcattctaatttaattttt--gtgtttatatagaaacattgttattgtgttaacattgacaagaaaaatcaaatggatttttagctgctcctc 26454645  T
Q  107 ctcttatttatgactagggttaaccacacatctttctttccatgcaattcccctctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttag------ta-aaa 199  Q
    ||||| | | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||      || |||    
T  26454646 ctcttttctgtgactaaggttaaccacacatctttctttccattcaattcc--tctattgtacaaaatagcttgcaacagctttttaggcttcttacaaa 26454743  T
Q  200 atcaaagtgattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatttcggggttggaataagagtaggagcattt 299  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||    
T  26454744 atcaaagtaattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatt-cggggttgaaataagagtatgagcattt 26454842  T
Q  300 gtttagtttgatttttggttatttgtaat-----gaatttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctcnnnnnnngtttattataatctagaa 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| ||||| |||||||    
T  26454843 gtttagtttgatttttggttatttgtaatccgatgactttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctctttttttgtttgttatattctagaa 26454942  T
Q  395 cgaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgattaaaactgatgtgactgtgtct 485  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  26454943 ggaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgatt-atactgatgtgactgtgtct 26455032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 7 - 485
Target Start/End: Original strand, 40604385 - 40604869
Alignment:
Q  7 aattgtttcattctaatttaannnnnnngtgtttatataaaagcattgttattttgttaacattgagaagaaaaatcaaatgtatttttaactgctcctc 106  Q
    |||||||||||||||||||||       ||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  40604385 aattgtttcattctaatttaattttt--gtgtttatatagaaacattgttattgtgttaacattgagaagaaaaatcaaatggatttttagctgctcctc 40604482  T
Q  107 ctcttatttatgactagggttaaccacacatctttctttccatgcaattcccctctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttag------ta-aaa 199  Q
    ||||| | | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| | ||||||||      || |||    
T  40604483 ctcttttctgtgactaaggttaaccacacatctttctttccattcaattcc--tctattgtacaaaatagcttgcaacaactttttaggcttcttacaaa 40604580  T
Q  200 atcaaagtgattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatttcggggttggaataagagtaggagcattt 299  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||    
T  40604581 atcaaagtaattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttcagaaattttcaaatt-cggggttgaaataagagtatgagcattt 40604679  T
Q  300 gtttagtttgatttttggttatttgtaat-----gaatttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctcnnnnnnngtttattataatctagaa 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||     || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||       |||| ||||| |||||||    
T  40604680 gtttagtttgatttttggttatttgtaatccgatgactttttgaattggattgctatctaatttattatcatctctttttttgtttgttatattctagaa 40604779  T
Q  395 cgaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgattaaaactgatgtgactgtgtct 485  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  40604780 ggaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgatt-atactgatgtgactgtgtct 40604869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 36 - 485
Target Start/End: Original strand, 3590269 - 3590726
Alignment:
Q  36 tgtttatataaaagcattgttattttgttaacattgagaagaaaaatcaaatgtatttttaactgctcctcctcttatttatgactagggttaaccacac 135  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | | |||||| ||||||||||||    
T  3590269 tgtttatatagaagcattgttattgtgttaacattgagaagaaaaatcaaatggatttttagctgctcctcctcttttatgtgactaaggttaaccacac 3590368  T
Q  136 atctttctttccatgcaattcccctctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttag------ta-aaaatcaaagtgattgttatatgattggtgtg 228  Q
    |||||||| || || |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||      || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3590369 atctttctctctattcaattcc--tctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttagacttcttacaaaatcaaagtaattgttatatgattggtgtg 3590466  T
Q  229 gggtttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatttcggggttggaataagagtaggagcatttgtttagtttgatttttggttatttgtaat 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3590467 gggtttggtttgttgattttgcagttcagcaattttcaaatt-cggggttggaataagagtaggagcatttgtttagtttgatttttggttatttgtaat 3590565  T
Q  329 -----gaatttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctcnnnnnnngtttattataatctagaacgaggtttatgcggtggtggttgttgcaa 423  Q
         || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3590566 ccgatgactttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctctttttttgtttgttatattctagaaggaggtttatgcggtggtggttgttgcaa 3590665  T
Q  424 gaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgattaaaactgatgtgactgtgtct 485  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3590666 gaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgatt-aaactgatgtgactgtgtct 3590726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 7 - 485
Target Start/End: Original strand, 18200389 - 18200874
Alignment:
Q  7 aattgtttcattctaatttaannnnnnngtgtttatataaaagcattgttattttgttaacattgagaagaaaaatcaaatgtatttttaactgctcctc 106  Q
    ||||||||||||||||||||        ||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  18200389 aattgtttcattctaatttattttttttgtgtttatatagaagcattgttattgt-ttaacattgagaagaaaaatcaaatggatttttagctgctcctc 18200487  T
Q  107 ctcttatttatgactagggttaaccacacatctttctttccatgcaattcccctctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttag------ta-aaa 199  Q
    ||||| | | |||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||      || |||    
T  18200488 ctcttttatgtgactaaggttaaccacacatctttctctccattcaattcc--tctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttagacttcttacaaa 18200585  T
Q  200 atcaaagtgattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatttcggggttggaataagagtaggagcattt 299  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  18200586 atcaaagtaattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaattt-ggggttggaataagaataggagcattt 18200684  T
Q  300 gtttagtttgatttttggttatttgtaat-----gaatttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctcnnnnnnngtttattataatctagaa 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| ||||| |||||||    
T  18200685 gtttagtttgatttttggttatttgtaatccgatgactttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctctttttttgtttgttatattctagaa 18200784  T
Q  395 cgaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgattaaaactgatgtgactgtgtct 485  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18200785 ggaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgatt-aaactgatgtgactgtgtct 18200874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 7 - 485
Target Start/End: Original strand, 26950161 - 26950645
Alignment:
Q  7 aattgtttcattctaatttaannnnnnngtgtttatataaaagcattgttattttgttaacattgagaagaaaaatcaaatgtatttttaactgctcctc 106  Q
    |||||||||||||||||||||       ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  26950161 aattgtttcattctaatttaattttt--gtgtttatatagaagcattgttaatgtgttaacattgagaagaaaaatcaaatggatttttagctgctcctc 26950258  T
Q  107 ctcttatttatgactagggttaaccacacatctttctttccatgcaattcccctctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttag------ta-aaa 199  Q
    ||||| | | |||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||      || |||    
T  26950259 ctcttttctgtgactaaggttaaccacacatctttctttgcattcaattcc--tctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttaggcttcttacaaa 26950356  T
Q  200 atcaaagtgattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatttcggggttggaataagagtaggagcattt 299  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26950357 atcaaagtaattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatt-cggggttggaataagagtaggagcattt 26950455  T
Q  300 gtttagtttgatttttggttatttgtaat-----gaatttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctcnnnnnnngtttattataatctagaa 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||     || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||       |||| ||||| |||||||    
T  26950456 gtttagtttgatttttggttatttgtaatccgatgactttttgaattgcattgttatctaatttattatcatctctttttttgtttgttatattctagaa 26950555  T
Q  395 cgaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgattaaaactgatgtgactgtgtct 485  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||    
T  26950556 ggaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgatt-atactgatgtgactatgtct 26950645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 7 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 36092886 - 36092421
Alignment:
Q  7 aattgtttcattctaatttaannnnnnngtgtttatataaaagcattgttattttgttaacattgagaagaaaaatcaaatgtatttttaactgctcctc 106  Q
    |||||||||||||||||||||       ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  36092886 aattgtttcattctaatttaattttt--gtgtttatatagaagcattgttattgtgttaacattgagaagaaaaatcaaatggatttttagctgctcctc 36092789  T
Q  107 ctcttatttatgactagggttaaccacacatctttctttccatgcaattcccctctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttag------ta-aaa 199  Q
    ||||| | | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||      || |||    
T  36092788 ctcttttctgtgactaaggttaaccacacatctttctttccattcaattcc--tctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttaggcttcttacaaa 36092691  T
Q  200 atcaaagtgattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatttcggggttggaataagagtaggagcattt 299  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36092690 atcaaagtaattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttcatgaattttcaaatt-cggggttggaataagagtaggagcattt 36092592  T
Q  300 gtttagtttgatttttggttatttgtaat-----gaatttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctcnnnnnnngtttattataatctagaa 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| ||||| |||||||    
T  36092591 gtttagtttgatttttggttatttgtaatctgatgactttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctctttttttgtttgttatattctagaa 36092492  T
Q  395 cgaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgatta 465  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  36092491 ggaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacagtggtggttgatta 36092421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 235 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 12807663 - 12807577
Alignment:
Q  235 ggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatttcggggttggaataagagtaggagcatttgtttagtttgatttttggttatt 322  Q
    |||||||||||||| ||||| | |||||||||||||  ||||||   |||||||||  | |||||||||| |||||||||||||||||    
T  12807663 ggtttgttgattttacagtttatgaattttcaaatta-ggggttaagataagagtaataacatttgtttaatttgatttttggttatt 12807577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 7 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 35596035 - 35595549
Alignment:
Q  7 aattgtttcattctaatttaannnnnnngtgtttatataaaagcattgttattttgttaacattgagaagaaaaatcaaatgtatttttaactgctcctc 106  Q
    ||||||||||||||||||| |       |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  35596035 aattgtttcattctaattttaattttttgtgtttatgtagaagcattgttattgtgttaacattgagaagaaaaatcaaatggatttttagctgctcctc 35595936  T
Q  107 ctcttatttatgactagggttaaccacacatctttctttccatgcaattcccctctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttag------ta-aaa 199  Q
    ||||| | | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||      || |||    
T  35595935 ctcttttctgtgactaaggttaaccacacatctttctttccattcaattcc--tctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttaggcttcttacaaa 35595838  T
Q  200 atcaaagtgattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatttcggggttggaataagagtaggagcattt 299  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  35595837 atcaaaataattgttatatgattggtgtgggatttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatt-cggggttggaataagagtgggagcattt 35595739  T
Q  300 gtttagtttgatttttggttatttgtaat-----gaatttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctcnnnnnnngtttattataatctagaa 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| ||||| |||||||    
T  35595738 gtttagtttgatttttggttatttgtaatccgttgactttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctccttttttgtttgttatattctagaa 35595639  T
Q  395 cgaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgattaaaactgatgtgactgtgtct 485  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  35595638 ggaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgatt-aaactgatgtgactgtgtct 35595549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 7 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 2046332 - 2045848
Alignment:
Q  7 aattgtttcattctaatttaannnnnnngtgtttatataaaagcattgttattttgttaacattgagaagaaaaatcaaatgtatttttaactgctcctc 106  Q
    |||||||||||||||||||||       ||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  2046332 aattgtttcattctaatttaattttt--gtgtttatatagaaacattgttattgtgttaacattgagaagaaaaatcaaatggatttttagctgctcctc 2046235  T
Q  107 ctcttatttatgactagggttaaccacacatctttctttccatgcaattcccctctattgtacaaaatagcttgcaatagctttttag------ta-aaa 199  Q
    ||||| | | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||      || |||    
T  2046234 ctcttttctgtgactaaggttaaccacacatctttctttccattcaattcc--tctattgtacaaaatagcttgcaacagctttttaggcttcttacaaa 2046137  T
Q  200 atcaaagtgattgttatatgattggtgtggggtttggtttgttgattttgcagttcaggaattttcaaatttcggggttggaataagagtaggagcattt 299  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||    
T  2046136 atcaaagtaattgttatatgattggtgtggggtttggtttgtttattttgcagttcaggaattttcaaatt-cggggttgaaataagagtatgagcattt 2046038  T
Q  300 gtttagtttgatttttggttatttgtaat-----gaatttttgaattgcattgctatctaatttattatcatctcnnnnnnngtttattataatctagaa 394  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||     || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||       |||| ||||| |||||||    
T  2046037 atttagtttgatttttggttatttgtaatccgatgactttttgaattggattgctatctaatttattatcatctctttttttgtttgttatattctagaa 2045938  T
Q  395 cgaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgattaaaactgatgtgactgtgtct 485  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  2045937 ggaggtttatgcggtggtggttgttgcaagaaggccctcgcggtgataatttatacggtggtggttgatt-atactgatgtgactgtgtct 2045848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 601 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 45221567 - 45221475
Alignment:
Q  601 ccttttctagagattttaggatgctctaaggaggattggatacttggttagttactcttctcttttgaatagtttattttcatgagttgttag 693  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  45221567 ccttttccagagattttagcatgctctaagaaggatcagatacttggttagttactcttctcttttgaattgtttattttcatgagtttttag 45221475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University