View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4888_low_3 (Length: 377)

Name: NF4888_low_3
Description: NF4888
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4888_low_3
NF4888_low_3
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (1-357)||(34233023-34233379)
chr5 (13-357)||(34240808-34241152)
chr5 (13-356)||(41713800-41714143)
chr5 (13-357)||(42122984-42123328)
chr5 (1-356)||(42117237-42117592)
chr5 (3-356)||(42128379-42128732)
chr5 (91-356)||(41572339-41572604)
chr5 (91-356)||(41617978-41618243)
chr5 (27-236)||(41443970-41444179)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-356)||(25523264-25523619)
chr6 (1-255)||(24140436-24140690)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-357)||(11117647-11118003)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (13-357)||(8522607-8522951)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-356)||(12247944-12248299)
chr2 (1-352)||(11994630-11994982)
chr2 (13-155)||(32682158-32682306)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 357
Target Start/End: Original strand, 34233023 - 34233379
Alignment:
Q  1 atgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233023 atgacattggtaaaaattccaataaactttgtaagtattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcac 34233122  T
Q  101 tcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34233123 tcaaagggcttaacctttcacataacagactcactggtcctattcctcaatccatacaaaacttgacaaacttggaatcgttggatctctcgtcaaatat 34233222  T
Q  201 tctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaag 300  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233223 gctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaag 34233322  T
Q  301 caattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggatta 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233323 caattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggatta 34233379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 13 - 357
Target Start/End: Original strand, 34240808 - 34241152
Alignment:
Q  13 aaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcactcaaagggctta 112  Q
    |||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34240808 aaaattccaacaatgtttgtaagtattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcactcaaagggctta 34240907  T
Q  113 acctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatattctcactggtat 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34240908 acctttcacataacagactcactggtcctattcctcaatccatacaaaacttgacaaacttggaatcgttggatctctcgtcaaatatgctcactggtat 34241007  T
Q  213 gattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaattcaataca 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241008 gattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaattcaataca 34241107  T
Q  313 tttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggatta 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241108 tttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggatta 34241152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 13 - 356
Target Start/End: Original strand, 41713800 - 41714143
Alignment:
Q  13 aaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcactcaaagggctta 112  Q
    |||||||||| || ||||| || ||||||||| |||||||| || ||| |||| |  |||||| ||| ||| ||||| ||||| |  |||||||||||||    
T  41713800 aaaattccaaaaatctttgcaagtattgatttttcaagaaataaatttgatggggagattccagatgttattggagagcttcatgatctcaaagggctta 41713899  T
Q  113 acctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatattctcactggtat 212  Q
    |||||||| |||||| ||| |||||||  ||||| ||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||      
T  41713900 acctttcatataacaaactcactggtcacattccccaatccatgggaaacttgataaacttggaatcattggatctctcgtcaaatatgctcactggtcg 41713999  T
Q  213 gattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaattcaataca 312  Q
    |||||||| | | |||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41714000 gattcctgtaaagttaaccaatttggactttcttgaagtcttggatctttctaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcagttcaataca 41714099  T
Q  313 tttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggatt 356  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  41714100 tttacaaatgattcctatgaaggaaacttggggttatgtggatt 41714143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 13 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 42123328 - 42122984
Alignment:
Q  13 aaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcactcaaagggctta 112  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||||||| | ||||||||||| ||| | ||||  |||||||||| ||| ||| | || || ||||||| ||||||||    
T  42123328 aaaattccaaaaaagtttgtaagtattgatatgtcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaatgctattggaaagctacatgcactcatagggctta 42123229  T
Q  113 acctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatattctcactggtat 212  Q
    ||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||| ||   | ||||| ||||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||||||| | |    
T  42123228 acctttcccataacagactcaatggtcctattccccaatcaattggatacttgtcaaacttggaatggttggatctctcatcaaatatgctcactgatgt 42123129  T
Q  213 gattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaattcaataca 312  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  |  |||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  42123128 gattcctgcagaactaaccaatttgggctttcttgaagtcttagatatttcaaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcagttcaataca 42123029  T
Q  313 tttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggatta 357  Q
    |||||||||||||| ||| |||| || |  |||||||||||||||    
T  42123028 tttacaaatgattcctatgaaggaaattcagggttatgtggatta 42122984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 42117592 - 42117237
Alignment:
Q  1 atgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcac 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||  |  ||||||| ||||||||| |||| |||||| ||| | ||||  |||||||||| ||| ||||| || || ||||    
T  42117592 atgacattggtgaaaattccaaacatttttgtaattattgatttgtcaaaaaacaaatttgagggagagattccaaatgctattggagacctccatgcac 42117493  T
Q  101 tcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatat 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||  |||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42117492 tcaaagggcttaacctttcccataacagactcaccggtcatattcccaaatccatgggaaacttgtcaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatat 42117393  T
Q  201 tctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaag 300  Q
     || || |||||||| ||||||||||||||||||||  ||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    |    
T  42117392 gcttaccggtatgatccctgcagaattaaccaatttagactttcttcaagtcttgaatctttccaataaccatctagtgggaaaaatacctcaagagccg 42117293  T
Q  301 caattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggatt 356  Q
    || ||| |||||||| |||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||    
T  42117292 cacttcgatacatttccaaatgattcctacaaaggaaacttgggtttatgtggatt 42117237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 3 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 42128732 - 42128379
Alignment:
Q  3 gacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcactc 102  Q
    ||||||||| ||||||||||  | |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| | ||||  |||||||||||| | || || ||||| |||||     
T  42128732 gacattggtgaaaattccaaatatctttgtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggagatattccaaatgattttggtgagcttcatgcacta 42128633  T
Q  103 aaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatattc 202  Q
    | ||| || |||||||| ||||||| ||| | ||| ||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||| | |    
T  42128632 ataggactcaacctttcccataacaaactcattggccctattccaaaatccatgggaaacttgacaaacttggaatggttggatctctcatcaaatgtgc 42128533  T
Q  203 tcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaagca 302  Q
    |||||| | |||||||||||||||||| |||||||     |||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||    
T  42128532 tcactgatgtgattcctgcagaattaagcaatttgggttttcttgaagtcttagatctttcaaataaccatctagtgggagaaatacctcaaggaccgca 42128433  T
Q  303 attcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggatt 356  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  42128432 attcaatacatttacaaatgattcctatgaaggaaacttggggttatgtggatt 42128379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 91 - 356
Target Start/End: Original strand, 41572339 - 41572604
Alignment:
Q  91 cttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctct 190  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| |||||||||||||||| |    
T  41572339 cttcactcactcaaagggcttaacctttcccataacagactcaccggtcctattcctcaatccgtaggaaacttgtcaaacatggaatcattggatcttt 41572438  T
Q  191 cgtcaaatattctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataaccatcttgtgggagaaatacc 290  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||||| ||||||||| |||| ||||| || ||| ||| ||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  41572439 cgtcaaatatactcactggtgtaattccttcagaattaatcaatctgaacggtattggagtattgaatctttctcataaccatctagtgggagaaatacc 41572538  T
Q  291 tcaaggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggatt 356  Q
    ||||||||| || |||||||||||| | ||||| || ||| |||| |||||||| ||||| |||||    
T  41572539 tcaaggaaaacagttcaatacattttccaatgactcatatgaaggaaacttgggattatgcggatt 41572604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 91 - 356
Target Start/End: Original strand, 41617978 - 41618243
Alignment:
Q  91 cttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctct 190  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| |||||||||||||||| |    
T  41617978 cttcactcactcaaagggcttaacctttcccataacagactcaccggtcctattcctcaatccgtaggaaacttgtcaaacatggaatcattggatcttt 41618077  T
Q  191 cgtcaaatattctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataaccatcttgtgggagaaatacc 290  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||||| ||||||||| |||| ||||| || ||| ||| ||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  41618078 cgtcaaatatactcactggtgtaattccttcagaattaatcaatctgaacggtattggagtattgaatctttctcataaccatctagtgggagaaatacc 41618177  T
Q  291 tcaaggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggatt 356  Q
    ||||||||| || |||||||||||| | ||||| || ||| |||| |||||||| ||||| |||||    
T  41618178 tcaaggaaaacagttcaatacattttccaatgactcatatgaaggaaacttgggattatgcggatt 41618243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 27 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 41444179 - 41443970
Alignment:
Q  27 ctttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataac 126  Q
    |||||||| ||||||||| ||| ||||||| ||| | ||||  |||||||||| ||| || || ||||| ||| ||| ||| || |||||||| || ||     
T  41444179 ctttgtaagtattgatttttcaggaaacaaatttgaaggagacattccaaatgttattggtgagcttcatgcaatcataggactcaacctttcccacaat 41444080  T
Q  127 agactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatattctcactggtatgattcctgcagaat 226  Q
    | ||| |||||| | |||||||||||| |   ||| |||| |||| | |||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||| |||| |    
T  41444079 aaacttactggtgcgattcctcaatcctttggaaatttgataaacatcgaatcaatggatctctcctcaaatatgctcactggtaggattcctacagagt 41443980  T
Q  227 taaccaattt 236  Q
    ||||||||||    
T  41443979 taaccaattt 41443970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 156; Significance: 8e-83; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 356
Target Start/End: Original strand, 25523264 - 25523619
Alignment:
Q  1 atgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcac 100  Q
    |||| |||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||| | ||||  |||||||||| ||| ||||| ||||| ||||    
T  25523264 atgaaattggtgaaaattccaataaagtttgtatctattgatttttcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaatgctattggagagcttcatgcac 25523363  T
Q  101 tcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatat 200  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||| || |||| ||||||  ||||||||  |||||||||| ||||||||||  ||||||| ||    |||||    
T  25523364 tcaaagggcttaacctttcccacaacagacttaccggtcatattcccaaatccataggaaacttgacatacttggaatctctggatctttccctgaatat 25523463  T
Q  201 tctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaag 300  Q
      | || ||| |||||||||| |||||||||||||| |||  |||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||  |||||||    
T  25523464 gttaaccggtgtgattcctgcggaattaaccaatttaaactttcttgaagtcatgaatctttccaataaccatttggtgggagaaatacctagaggaaag 25523563  T
Q  301 caattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggatt 356  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  25523564 caattcaacacatttacaaatgattcctatgaaggaaacttggggttatgtggatt 25523619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 24140690 - 24140436
Alignment:
Q  1 atgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcac 100  Q
    |||||| |||| |||||||||| ||| ||||||| ||| ||| | ||||||||||| ||| | ||||  |||||||||| ||| ||||| ||||| ||||    
T  24140690 atgacactggtgaaaattccaaaaaagtttgtaagtatcgatatgtcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaatgctatcggagagcttcatgcac 24140591  T
Q  101 tcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatat 200  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||   ||| |||||| |||||||||| ||| |||| || ||||||||    
T  24140590 tcaaagggattaacctttcccataacagacttactggtcatattccccaatccatcggaaagttgacatacttggaatctttgaatctttcatcaaatat 24140491  T
Q  201 tctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttg 255  Q
      | || ||  |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24140490 gttaaccggcgtgattccttcggaattaaccaatatgaacagtcttgaagtcttg 24140436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 153; Significance: 5e-81; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 11118003 - 11117647
Alignment:
Q  1 atgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcac 100  Q
    |||||| |||| |||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||| ||| | ||||  ||| |||||| ||| ||||| ||||| ||||    
T  11118003 atgacactggtgaaaattccaataaagttagtaagtattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggagagattacaaatgctattggagagcttcatgcac 11117904  T
Q  101 tcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatat 200  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||| ||||||  | ||||||  ||||||| || |||||||||| |||||||| || ||||||||    
T  11117903 tcaaagggcttaatctttcccgtaacagacttactggtcatattcccaactccataggaaacttggcatacttggaatctttggatctttcatcaaatat 11117804  T
Q  201 tctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaag 300  Q
      | ||  || ||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11117803 gttaaccagtgtgattcctgcagaattaaccaatttgggctttcttgaagtcttagatatttcaaataaccatctagtgggagaaatacctcaaggaaag 11117704  T
Q  301 caattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggatta 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || |  |||||||||||||||    
T  11117703 caattcaatacatttacaaatgattcctatgaaggaaattcagggttatgtggatta 11117647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 13 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 8522951 - 8522607
Alignment:
Q  13 aaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcactcaaagggctta 112  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| | || |  ||||||||   ||| || || ||||| ||| ||| ||||||||    
T  8522951 aaaattccaaacaactttgtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggcgagattccaaagattattggtgagcttcatgcaatcatagggctta 8522852  T
Q  113 acctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatattctcactggtat 212  Q
    ||||||| ||||||||||| || |||| ||||||  ||||||||  |||||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||||  | || | | |    
T  8522851 acctttcccataacagacttacaggtcatattcccaaatccataggaaacttgacatacttggaatctttggatctttcctcaaatatgttaaccgatgt 8522752  T
Q  213 gattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaattcaataca 312  Q
    |||||||   |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8522751 gattcctttggaattaaccaatcttaacagtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagaaatacctcagggaaagcaattcaataca 8522652  T
Q  313 tttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggatta 357  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||    
T  8522651 tttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggatta 8522607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 120; Significance: 3e-61; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 12248299 - 12247944
Alignment:
Q  1 atgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcac 100  Q
    ||||||| ||| ||||||||||  | ||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||| | ||||  |||||||||| ||| |  || ||||| ||||    
T  12248299 atgacatgggttaaaattccaaacatcttagtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaatgttattgatgagcttcaagcac 12248200  T
Q  101 tcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatat 200  Q
    | | ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||    
T  12248199 ttatagggcttaacctttcccataacagactcattggtcctattcccaaatccatgggaaacttgacaaacttggaatggctggatctctcatcaaatat 12248100  T
Q  201 tctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaag 300  Q
     ||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||  |  ||||| ||| || ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||     
T  12248099 gctcactgatgtgattccagcaaaattaaccaatttgggctttcttgcagttttagacttttccaataaccatctagtgggagaaatacctcgaggaaaa 12248000  T
Q  301 caattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggatt 356  Q
    || ||| | |||||| |||||||||| |||  ||| ||||||| ||||||||||||    
T  12247999 cagttcgagacattttcaaatgattcatatgtaggaaacttggagttatgtggatt 12247944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 352
Target Start/End: Original strand, 11994630 - 11994982
Alignment:
Q  1 atgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcac 100  Q
    ||||||| ||| ||||||||||  | ||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||| | ||||  |||||||||| ||| |  || ||||| ||||    
T  11994630 atgacatgggttaaaattccaaacatcttagtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaatgttattgatgagcttcaagcac 11994729  T
Q  101 tcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatat 200  Q
    | | ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||    
T  11994730 ttatagggcttaacctttcccataacagactcattggtcctattcccaaatccatgggaaacttgacaaacttggaatggctggatctctcatcaaatat 11994829  T
Q  201 tctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaag 300  Q
     ||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||  |  ||||| ||| || ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||     
T  11994830 gctcactgatgtgattccagcaaaattaaccaatttgggctttcttgcagttttagacttttccaataaccatctagtgggagaaatacctcgaggaaaa 11994929  T
Q  301 caatt-caatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtg 352  Q
    || || | | |||||| |||||||||| |||  ||| ||||||| ||||||||    
T  11994930 cagttccgagacattttcaaatgattcatatgtaggaaacttggagttatgtg 11994982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 13 - 155
Target Start/End: Original strand, 32682158 - 32682306
Alignment:
Q  13 aaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcac------tcaaag 106  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||  ||| | ||||  |||||||||| ||| || || ||||| ||||      ||| ||    
T  32682158 aaaattccaagaaactttgtaagtattgatttgtcaagaaacagatttgaaggagagattccaaatgctattggggagcttcatgcactcagaatcagag 32682257  T
Q  107 ggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccat 155  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || | || |||||| ||||||||    
T  32682258 ggcttaacctttcccataacagactcaccgatcatattccccaatccat 32682306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University