View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4889-Insertion-4 (Length: 565)

Name: NF4889-Insertion-4
Description: NF4889
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4889-Insertion-4
NF4889-Insertion-4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (13-565)||(54436081-54436636)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 497; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 497; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 54436636 - 54436081
Alignment:
Q  13 ttcttttaagtaatacgtgaattttgaagataaaacatatgtcaattgtcatggtcaacaagaataaattgatttatcgatcaacaagttattccaaatt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54436636 ttcttttaagtaatacgtgaattttgaagacaaaacatatgtcaatcgtcatggtcaacaagaataaattgatttatcgatcaacaagttattccaaatt 54436537  T
Q  113 ctcaaataatttattatctaagttacttgggtcaaaccaaagtttagtgcttcgggttgctagttgatatgaaccagtccaaagttttcaccagtgttta 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54436536 ctcaaataatttattatctaagttacttgggtcaaaccaaagtttagtacttcgggttgctagttgatatgaaccagtccaaagttttcaccagtgttta 54436437  T
Q  213 gactatgatttcttatcttccatgctttcaaatatagtttacaacgacaatctggcatgactgatcggtt-ttttatacttcaaaaggctcgcagcgaag 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  54436436 gactatgatttcttatcttccatgctttcaaatagaatttacaacgacaatctggcatgattgatcggtttttttatacttcaaaaggctcacagcgaag 54436337  T
Q  312 attattttgacaatctgatattgacatggctgttttcttgcttccctttccatcctttttcaaattgaatttcttgttgccaacttaacatattgcttga 411  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54436336 attgttttgacaatctgatattgacatggctgctttcttgcttccctttccatcctttttcaaattgaatttcttgttgccaacttaacatattgcttga 54436237  T
Q  412 tgttattctcatcagttctgctttatggcttggccatttttatgttctaatgttgctcttagaatagtaaacctatgtagtcatggctcacgatt--cac 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||    
T  54436236 tgttattctcatcagttctgctttatggcttggccatttttatgttctaatgttgctcttagaatagtaaacttatgtagtcatggctcacgattcacac 54436137  T
Q  510 atacaaattaatctataataatgctggaagcatatgttgttgctcagttccactcc 565  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54436136 atacaaattaatctataataatgctggaagcatatgttgttgctcagttccactcc 54436081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University