View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4890-Insertion-1 (Length: 1030)

Name: NF4890-Insertion-1
Description: NF4890
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4890-Insertion-1
NF4890-Insertion-1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (8-1018)||(42086177-42087183)
chr2 (703-740)||(24462261-24462298)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 940; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 940; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1018
Target Start/End: Original strand, 42086177 - 42087183
Alignment:
Q  8 ctaaagagcttggtgtttttcatgttgtttttagtggtgctagtggtcatggtttagcttgttattattctctttggatgaatcttccgcacagattcac 107  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42086177 ctaaagaacttggtgtttttcatgttgtttttagtggtgctagtggttatggtttagcttgttattattctctttggatgaatcttccgcacagattcac 42086276  T
Q  108 agactctgatgaatttcctttaagtgattttccagaagcacgtttgattcaaagaaatcaattgccaaacaatatctcacaagctgatggatttgatgat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42086277 agactctgatgaatttcctttaagtgattttccagaagcacgtttgattcaaagaaatcaattgccaaacaatatctcacaagctgatggatttgatgat 42086376  T
Q  208 tggtcgatttttcaaaggaagaataatctctgtgattgggtcaactcagatggtattattttcaactcagtttcagattttgactctgttgggctcaact 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42086377 tggtcgatttttcaaaggaagaataatctctgtgattgggtcaactcagatggtattattttcaactcagtttcagattttgactctgttgggctcaact 42086476  T
Q  308 acttcaccaggaaattcaatattccggtttggtcgattggacccgttgttctgtcaaccggttcacgaggtaaagtaggtggaataaaccctaaagtttg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42086477 acttcaccaggaaattcaatattccggtttggtcgattggacccgttgttctgtcaaccggttcacgaggtaaagtaggtggaataaaccctaaagtttg 42086576  T
Q  408 tgaagaatggcttgatacaaaaccttcaaattcggtgttatttgtttgttttggatcgatgaacacaatttctgctacacagatgatgcaacttggaacg 507  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42086577 taaagaatggcttgatacaaaaccttcaaattcggtgttatttgtttgttttggatcgatgaacacaatttctgctacacagatgatgcaacttggaacg 42086676  T
Q  508 gcgttggaaaaaagtggaaagaatttcatctgggtagtgaggccaccaataggttttgatataaactcagagtttaaatatgaagagtggttaccattag 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42086677 gcgttggaaaaaagtggaaagaatttcatctgggtagtgaggccaccaataggttttgatataaactcagagtttaaatatgaagagtggttaccattag 42086776  T
Q  608 ggtttatggagaagattgtggaaacaaagagaggtataatagtaaatgattgggcaccacaagttgagatattatcacatggatcagcttctgcgttttt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  42086777 ggtttatggagaagattgtggaaacaaagagaggtataatagtaaatgattgggcaccacaagttgagatattgtcacatggatcagtttctgcgttttt 42086876  T
Q  708 gagtcattgtggttggaactcagtgttggaatcattgagtcatggtgtacctattcttgggtggccgatggcggcggagcagttttttaattgtaagctg 807  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42086877 gagtcattgtggttggaactcggtgttggaatcattgagtcatggtgtacctattcttgggtggccgatggcggcggagcagttttttaattgtaagctg 42086976  T
Q  808 ttggaagaagagatgggtgtttgtgttgaggttgctagaggaaagagttgtgaagtgaagtatgaagatattgttgagaaaattgagttggttatgggtg 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42086977 ttggaagaagagatgggtgtttgtgttgaggttgctagaggaaagagttgtgaagtgaagtatgaagatattgttgagaaaattgagttggttatgggtg 42087076  T
Q  908 agagtagtgagagtggggtgaagattagaagagaatgcttgt-agattaaggatatgataagggaatgctggtgaaagaatggagaagaagatggaggtt 1006  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  42087077 agagtagtgagagtggggtgaagattag-agagaatgcttgtaagattaaggatatgataa-ggaatgct-gtgaaag-atggagaagaagatgga-gtt 42087171  T
Q  1007 aaagggtcatct 1018  Q
    ||||||||||||    
T  42087172 aaagggtcatct 42087183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 703 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 24462298 - 24462261
Alignment:
Q  703 tttttgagtcattgtggttggaactcagtgttggaatc 740  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24462298 tttttgactcattgtggatggaactcagtgttggaatc 24462261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University