View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4890-Insertion-13 (Length: 603)

Name: NF4890-Insertion-13
Description: NF4890
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4890-Insertion-13
NF4890-Insertion-13
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (8-400)||(34241148-34241538)
chr5 (8-376)||(34233375-34233743)
chr5 (8-375)||(42122614-42122988)
chr5 (16-355)||(42116871-42117232)
chr5 (60-333)||(42128052-42128331)
chr5 (445-603)||(34241583-34241741)
chr5 (8-316)||(41618240-41618549)
chr5 (8-338)||(41572601-41572929)
chr5 (73-375)||(41714170-41714465)
chr5 (445-495)||(34234338-34234388)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (13-375)||(11994988-11995353)
chr2 (8-340)||(12247609-12247947)
chr2 (113-227)||(32682381-32682495)
chr2 (8-197)||(9423314-9423506)
chr2 (281-343)||(32682495-32682557)
chr2 (54-89)||(32682349-32682384)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-352)||(11117294-11117651)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-240)||(8522379-8522611)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (8-270)||(25523616-25523881)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (315-352)||(30021068-30021105)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 358; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 400
Target Start/End: Original strand, 34241148 - 34241538
Alignment:
Q  8 gattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagt 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34241148 gattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttggatggaaaccagt 34241247  T
Q  108 ggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggt 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241248 ggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggccttggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggt 34241347  T
Q  208 catcctaagagaagagtgaataggagaacaagagtgaggagaaacaatggtccaaccatgaataagatggtgcaaatgtcatagttttattattctggtt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241348 catcctaagagaagagtgaataggagaacataagtgaggagaaacaatggtccaaccatgaatcagatggtgcaaatgtcatagttttattattctggtt 34241447  T
Q  308 attttctctattgtgtgttagtttttactttctgtttaaaataagttttgatgtgagtgtgacaatctatcgactcattcttatttgatctag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241448 attttctctattgtgtgttagtttttac--tctgtttaaaataagttttgatgtgagtttgacaatctatcgactcattcttatttgatctag 34241538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 376
Target Start/End: Original strand, 34233375 - 34233743
Alignment:
Q  8 gattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagt 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34233375 gattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttggatggaaaccagt 34233474  T
Q  108 ggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggt 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233475 ggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggccttggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggt 34233574  T
Q  208 catcctaagagaagagtgaataggagaacaagagtgaggagaaacaatggtccaaccatgaataagatggtgcaaatgtcatagttttattattctggtt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233575 catcctaagagaagagtgaataggagaacataagtgaggagaaacaatggtccaaccatgaatcagatggtgcaaatgtcatagttttattattctggtt 34233674  T
Q  308 attttctctat--tgtgtgttagtttttactttctgtttaaaataagttttgatgtgagtgtgacaatcta 376  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  34233675 attttctctattgtgtgtgttagtttttac--tctgtttaaaataagttttggtgtgagtgtaacaatcta 34233743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 8 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 42122988 - 42122614
Alignment:
Q  8 gattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagt 107  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||    
T  42122988 gattacccttgtcaaaaaaatgtggacctgaacaacattctccaccttcagccaagaactcttggagtgaagagaaatttagatttggatggaaaccagt 42122889  T
Q  108 ggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggt 207  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  42122888 ggcgattggatatggatgtggatttgtgattggaatatgcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggt 42122789  T
Q  208 catcctaagagaagagtgaataggagaacaagagtgaggagaaacaatggtccaaccat------gaataagatggtgcaaatgtcatagttttattatt 301  Q
    |  ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||     ||||| |||||||      |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  42122788 ccgcctaagagaagagtgacaaggagaacaagagtgaggagggcacatggttcaaccatgaatcagaatcagatggtgcaaatgtcatagttttattgtt 42122689  T
Q  302 ctggttattttctctattgtgtgttag-tttttactttctgtttaaaataagttttga-tgtgagtgtgacaatct 375  Q
     | |||| ||| ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||||    
T  42122688 gtagttactttatctgttgtgtgttggttttttactttctgtttaaaataa-tcttgattttgagtgtgacaatct 42122614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 16 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 42117232 - 42116871
Alignment:
Q  16 ttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaacaac---ttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaa 112  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||    
T  42117232 ttgtcaaagatttgtggacctgaacatcattctccaatttcagccaacaacagcttttgcagtgaagagaaatttggatttggatggaaagcagtggcaa 42117133  T
Q  113 ttggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcc 212  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  42117132 ttggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattggatattttatgtttttaattggaaagcctagatggattgtgatgatatttggtggtcagcc 42117033  T
Q  213 taagagaagagtgaataggagaacaagagtgaggagaaacaatggtccaaccat------------------gaataagatggtgcaaatgtcatagttt 294  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||| |||| || ||| ||||| |||||||                  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  42117032 taagagaagagtgaaaagaagaacaagaatgagaaggaaccatggtacaaccatgaatcagaatcagaatcagaatcagatggtgcaaatgtcatagttt 42116933  T
Q  295 tattattctggttattttctctattgtgtgttag-tttttactttctgtttaaaataagttt 355  Q
    |||| || | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||    
T  42116932 tattgttgttgttattttctctattgtgtgttagttttttactttcttcttaaaataagttt 42116871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 60 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 42128331 - 42128052
Alignment:
Q  60 caacaacttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattat 159  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42128331 caacaactcttggagtgaagagaaatttagatttggatggaaaccagtggcgattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattggatattat 42128232  T
Q  160 atgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaagagtgaggagaaacaatggtc 259  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||     |||||     
T  42128231 atgtttttaattgaaaagtctagatggcttgttatgatatttggtggtcagcctaagagaagagtgacaaggagaacaagagtgaggagggcacatggtt 42128132  T
Q  260 caaccat------gaataagatggtgcaaatgtcatagttttattattctggttattttctctattgtgtgttagttttt 333  Q
    |||||||      |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  42128131 caaccatgaatcagaatcagatggtgcaaatgtcatagttttattgttctagttattttctctattgtgtattagttttt 42128052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 445 - 603
Target Start/End: Original strand, 34241583 - 34241741
Alignment:
Q  445 catctaatttaatcagtacaaaattgagttttacaagtacacaaactgaaatgcccagaaagtccaacactagcaggcagcagcatgagcatttcattca 544  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241583 catctaatttaatcagtacaaaattgagttttacaagtacacaaactgaaatgcccagaaagtccaacactagcaggcagcagcatgagcatttcattca 34241682  T
Q  545 tgttttggatttcccaggatgaaaatggagttagagtttttgattctgtgttattatac 603  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241683 tgttttggattttccaggatgaaaatggagttagagtttttgattctgtgttattatac 34241741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 8 - 316
Target Start/End: Original strand, 41618240 - 41618549
Alignment:
Q  8 gattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagt 107  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | | || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  41618240 gatttcccttgtcaaagaaatgtgaacctgaacaacattctccgcttccacccaacaacctttggagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagt 41618339  T
Q  108 ggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggt 207  Q
    ||| ||||| |||||||||||| | ||  ||||||||||| |||||| || | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| |||    
T  41618340 ggctattggatatggatgtggaatggttattggaataggccttggatgttttgtgttgttaattggaaagcctagatggcttgtgatgatggttggaggt 41618439  T
Q  208 catcctaagagaagagtgaataggagaacaagagtgaggagaaacaatggtccaaccatgaataagatggtgcaaatgtcatag-ttttattattctggt 306  Q
    || ||||||  ||||||||  ||||| ||||||||||||||||   ||||  ||||||||||| |||| ||||| |||| |||| ||||||| ||||| |    
T  41618440 caacctaagcaaagagtgacaaggagcacaagagtgaggagaactcatggctcaaccatgaattagatagtgcagatgtgatagtttttattgttctgat 41618539  T
Q  307 tattttctct 316  Q
    ||||||||||    
T  41618540 tattttctct 41618549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 8 - 338
Target Start/End: Original strand, 41572601 - 41572929
Alignment:
Q  8 gattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagt 107  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | | || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  41572601 gatttcccttgtcaaagaaatgtgaacctgaacaacattctccgcttccacccaacaacctttggagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagt 41572700  T
Q  108 ggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggt 207  Q
    ||| ||||| |||||||||||| | ||  ||||||||||| |||||| || | |||| ||||  ||||||||||||||| ||||||||||  |||| |||    
T  41572701 ggctattggatatggatgtggaatggttattggaataggccttggatgttttgtgttgttaaccggaaagcctagatggcttgtgatgatggttggaggt 41572800  T
Q  208 catcctaagagaagagtgaataggagaacaagagtgaggagaaacaatggtccaaccatgaataagatggtgcaaatgtcatagttttattattctggtt 307  Q
    || ||||||  |||||| |  ||||| | ||||||||||||||   ||||  ||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||    
T  41572801 caacctaagcaaagagttacaaggaggataagagtgaggagaattcatggctcaaccatgaattagatggtgcagatgtgatagttttattgttctgatt 41572900  T
Q  308 attttctctattgtgtgttagtttttacttt 338  Q
    ||||||||  || ||||||||||||| ||||    
T  41572901 attttctc--ttctgtgttagtttttccttt 41572929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 73 - 375
Target Start/End: Original strand, 41714170 - 41714465
Alignment:
Q  73 agtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattatatgtttttaattg 172  Q
    |||| |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| || |    
T  41714170 agtgcagagaaatttggatttggatggaaagcagtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattgggtattacatgtttttgatcg 41714269  T
Q  173 gaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaagagtgaggagaaacaatggtccaaccatgaataa 272  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||   ||||||||||| ||||||| | ||||||| |||||||||||      
T  41714270 gaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagagaatagtgacagggagaacaagaatgaggaggaccaatggttcaaccatgaatcg 41714369  T
Q  273 gatggtgcaaatgtcatagttttattattctggttattttctctattgtgtgttagtttttactttctgtttaaaataagttttgatgtgagtgtgacaa 372  Q
     |||||||||||||| ||||||||  ||| || || ||| |||||   | ||||||||    | || ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41714370 aatggtgcaaatgtcgtagttttagaattgtgattttttcctcta--ctttgttagtt----ccttgtgtttaaaataag-tttgatgtgagtgtgacaa 41714462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 445 - 495
Target Start/End: Original strand, 34234338 - 34234388
Alignment:
Q  445 catctaatttaatcagtacaaaattgagttttacaagtacacaaactgaaa 495  Q
    |||||||| | || |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  34234338 catctaatcttattagtacaaaattgagttttgcaagtacacaaacagaaa 34234388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 181; Significance: 2e-97; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 13 - 375
Target Start/End: Original strand, 11994988 - 11995353
Alignment:
Q  13 cccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaacaac---ttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtgg 109  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||   |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  11994988 cccttgtcaaagaagtgcggacctgaacaacgttctccaccttcacccaacaacagcttttcgagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagtgg 11995087  T
Q  110 caattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtca 209  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11995088 caattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcctcggatattgtatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtgatgatatttggtggtca 11995187  T
Q  210 tcctaagagaagagtgaataggagaacaagagtgaggagaaacaatggtccaaccatgaataagatggtgcaaatgtcatagttttatt----attctgg 305  Q
     ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||| |||     |||||||| |||| |||||     || |||    
T  11995188 gcctaaaagaagagtgaaaaggagaacaagagtgagtaggaaccatggtgcaaccatgaatcaga---atcaaatgtcttagtcttattgttgtttgtgg 11995284  T
Q  306 ttattttctctattgtgtgttagtttttactttctgtttaaaataagttttgatgtgagtgtgacaatct 375  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| ||||||| |||||| ||||||||| |||||    
T  11995285 ttattttctctattgtgtgttagtttttaccttgtattttaaataag-tttgatctgagtgtgataatct 11995353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 8 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 12247947 - 12247609
Alignment:
Q  8 gattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttca---gccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaacc 104  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||| |||||||     ||||| ||||||||| || | ||||||||| ||| ||||||||||    
T  12247947 gatttcccttgtcaaagaagtgtggacctgaacaatattctcaaccttcacttaacaacagcttttggagcgacgcgaaatttggatttggatggaaacc 12247848  T
Q  105 agtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggt 204  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12247847 ggtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcctcggatattgtatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtgatgatatttggt 12247748  T
Q  205 ggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaagagtgaggagaaacaatggtccaaccatgaataag------atggtgcaaatgtcatagttttatt 298  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||| ||      ||||||  |||||| |||   | ||    
T  12247747 ggtcagcctaaaagaagagtgaaaaggagaacaagagtgagtaggaaccatggtgcaaccatgaatcagaatcaaatggtggcaatgtcgtag---tctt 12247651  T
Q  299 attctggttattttctctattgtgtgttagtttttactttct 340  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12247650 gttgtggttattttctctattgtgtgttagtttttaccttct 12247609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 113 - 227
Target Start/End: Original strand, 32682381 - 32682495
Alignment:
Q  113 ttggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcc 212  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  32682381 ttggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattggatactttatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtgatgataattggtggtcatcc 32682480  T
Q  213 taagagaagagtgaa 227  Q
    |||||||||||||||    
T  32682481 taagagaagagtgaa 32682495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 8 - 197
Target Start/End: Original strand, 9423314 - 9423506
Alignment:
Q  8 gattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaacaactt---ttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaacc 104  Q
    |||| ||||||| || ||||||||||||  ||| | ||||| || ||||| ||||||| ||   ||| | ||||||||||||||| ||| |||||||| |    
T  9423314 gatttcccttgtaaatgaaatgtggacctaaacgaaattctacaacttcacccaacaaattatattgcaatgaagagaaatttggatttggatggaaatc 9423413  T
Q  105 agtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgat 197  Q
    |||||||||||| |||||||||||| | ||| |||||| |||| |||||| || |||| | |||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  9423414 agtggcaattggatatggatgtggaatggtgcttggaaaaggccttggatgttgtatgctgttaattggaaagcctagatggcctgtgatgat 9423506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 281 - 343
Target Start/End: Original strand, 32682495 - 32682557
Alignment:
Q  281 aaatgtcatagttttattattctggttattttctctattgtgtgttagtttttactttctgtt 343  Q
    |||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32682495 aaatgtcatagtcttattgttgtgcttattttctctattgtgtgttagtttttactttctgtt 32682557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 54 - 89
Target Start/End: Original strand, 32682349 - 32682384
Alignment:
Q  54 ttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttgg 89  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32682349 ttcagccaacaactttcggagtgaagagaaatttgg 32682384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 176; Significance: 2e-94; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 8 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 11117651 - 11117294
Alignment:
Q  8 gattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaacaactttt------ggagtgaagagaaatttggctttagatggaa 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||      ||| ||||||||||||||| ||| |||||||    
T  11117651 gattacccttgtcaaagaaatgtggacctgaacaacattctccaccttcagccaacaactcttcctcttggaatgaagagaaatttggatttggatggaa 11117552  T
Q  102 accagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatattt 201  Q
    | ||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  11117551 agcagtggcaattggatatgcatgtggatttgtgattggaataagcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatattt 11117452  T
Q  202 ggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaagagtgaggagaaacaatggtccaaccat------gaataagatggtgcaaatgtcatagtttt 295  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||     ||||| ||| |||      |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11117451 ggtggtcagcctaagagaagagtgacaaggagaacaagagtgaggagcgcacatggttcaaacatgaatcagaatcagatggtgcaaatgtcatagtttt 11117352  T
Q  296 attattctggttattttctctattgtgtgttag-tttttactttctgtttaaaataag 352  Q
    ||| |  | |||| ||||||  ||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  11117351 attgtcgtagttactttctccgttgggtgttggttttttactttctgtttaaaataag 11117294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 153; Significance: 9e-81; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 9e-81
Query Start/End: Original strand, 8 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 8522611 - 8522379
Alignment:
Q  8 gattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagt 107  Q
    |||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||    
T  8522611 gattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagccaacaacttttgcagtgaagagaagtttgaatttggatggaaaccagt 8522512  T
Q  108 ggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggt 207  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  8522511 ggcaattggatacggatgtggatttgtgattggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggt 8522412  T
Q  208 catcctaagagaagagtgaataggagaacaaga 240  Q
    || |||||||| |||||||| || || ||||||    
T  8522411 cagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaaga 8522379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 132; Significance: 3e-68; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 8 - 270
Target Start/End: Original strand, 25523616 - 25523881
Alignment:
Q  8 gattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaacaa---cttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaacc 104  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||    
T  25523616 gatttcccttgtcaaagagatgtggacttgaacaacattctccaccttcacccaacaaaaacttttggagtgaagagaaatttggatttggatggatacc 25523715  T
Q  105 agtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggt 204  Q
     |||| |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  25523716 ggtggtaattggatatggatgtggatttctgattggaataggcattggatattgtatgtttttagttggaaagcctagatggcttgtgatgatatttggc 25523815  T
Q  205 ggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaagagtgaggagaaacaatggtccaaccatgaat 270  Q
    ||||| ||||||||||  ||||| |  || |||||| ||||||| ||  ||||| || ||||||||    
T  25523816 ggtcagcctaagagaaaggtgaaaaaaaggacaagaatgaggaggaatcatggtacagccatgaat 25523881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 315 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 30021105 - 30021068
Alignment:
Q  315 ctattgtgtgttagtttttactttctgtttaaaataag 352  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  30021105 ctattgtgtgttagtttttaccttctatttaaaataag 30021068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University