View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4891-Insertion-19 (Length: 378)

Name: NF4891-Insertion-19
Description: NF4891
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4891-Insertion-19
NF4891-Insertion-19
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (8-378)||(16232328-16232701)
chr2 (11-375)||(34690990-34691349)
chr2 (11-375)||(34713402-34713761)
chr2 (236-373)||(33861221-33861361)
chr2 (70-142)||(33861059-33861131)
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (60-375)||(45993253-45993567)
chr1 (50-368)||(38137628-38137945)
chr1 (60-375)||(43045204-43045518)
chr1 (60-375)||(43045657-43045971)
chr1 (60-375)||(43066436-43066750)
chr1 (60-375)||(43084085-43084399)
chr1 (51-375)||(45983473-45983790)
chr1 (183-372)||(7890808-7890993)
chr1 (60-375)||(3300941-3301254)
chr1 (183-374)||(7888541-7888728)
chr1 (116-377)||(51291885-51292141)
chr1 (183-371)||(40034465-40034647)
chr1 (183-372)||(43076553-43076737)
chr1 (60-135)||(40034689-40034767)
chr1 (11-39)||(45983813-45983841)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (71-375)||(4231691-4231991)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (183-373)||(4620026-4620212)
chr8 (183-375)||(1846728-1846916)
chr8 (238-372)||(4787274-4787408)
chr8 (229-377)||(4297851-4297999)
chr8 (60-135)||(4787457-4787535)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (183-368)||(16349475-16349656)
chr5 (48-135)||(16349337-16349427)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (244-375)||(7528851-7528982)
chr6 (75-368)||(7519487-7519776)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 352; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 378
Target Start/End: Original strand, 16232328 - 16232701
Alignment:
8 tattacttatataaatgaattataaaaataataatcagatgctgaaaatgtcaataccttgttgcag---cagatcatttgcctcacaccaagagtgtac 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||    
16232328 tattacttatataaatgaattataaaaataataatcagatgctgaaaatgtcaataccttgttgcagcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgtac 16232427  T
105 gcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgcaaactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcgg 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16232428 gcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgcaaaccgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcgg 16232527  T
205 aggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaa 304  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16232528 aggtcccgatgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaa 16232627  T
305 tgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcatc 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16232628 tgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcatc 16232701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 11 - 375
Target Start/End: Original strand, 34690990 - 34691349
Alignment:
11 tacttatataaatgaattataaaaataataatcagatgctgaaaa-tgtcaataccttgttgcagcag---atcatttgcctcacaccaagagtgtacgc 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||| | | ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| | ||    
34690990 tacttatataaatgaattataaaaataat---caaatgctgaaaaatataaataccttgttgcagcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgaaggc 34691086  T
107 aagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgcaaactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggag 206  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    |||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||    
34691087 aagaagagcatgttcccaggtctgaccattcttagaccaaccagctcgcaaacctctagtagtcgaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggag 34691186  T
207 gtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatg 306  Q
    |||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||    
34691187 gtcccggtgatcatgttcttaat----gaaatccctgtgtccgggagcatcaatgagagtgaagcagtacttggttgtctcaaacttgcata--gaaatg 34691280  T
307 tcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgc 375  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34691281 tcaattgtgatacctctttcacgctcagcgttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgc 34691349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 11 - 375
Target Start/End: Original strand, 34713402 - 34713761
Alignment:
11 tacttatataaatgaattataaaaataataatcagatgctgaaaa-tgtcaataccttgttgcagcag---atcatttgcctcacaccaagagtgtacgc 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||| | | ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| | ||    
34713402 tacttatataaatgaattataaaaataat---caaatgctgaaaaatataaataccttgttgcagcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgaaggc 34713498  T
107 aagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgcaaactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggag 206  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    |||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||    
34713499 aagaagagcatgttcccaggtctgaccattcttagaccaaccagctcgcaaacctctagtagtcgaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggag 34713598  T
207 gtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatg 306  Q
    |||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||    
34713599 gtcccggtgatcatgttcttaat----gaaatccctgtgtccgggagcatcaatgagagtgaagcagtacttggttgtctcaaacttgcata--gaaatg 34713692  T
307 tcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgc 375  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34713693 tcaattgtgatacctctttcacgctcagcgttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgc 34713761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 236 - 373
Target Start/End: Original strand, 33861221 - 33861361
Alignment:
236 aatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagc 335  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||  ||| | | ||||| | |||||||||| || | ||| |||| |||||| | |||||||||||||||||||||    
33861221 aatccctgtgtccaggggcatcaatgacagtgtaccggtactggtttgtctcaaaattacgcatagaaacgtcaatggagatacctctttcacgctcagc 33861320  T
336 cttgagcttgtcaagcaccca---agcatacttgaatgaac 373  Q
    || |||||||||||| |||||   |||||||||||||||||    
33861321 ctcgagcttgtcaagaacccaattagcatacttgaatgaac 33861361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 70 - 142
Target Start/End: Original strand, 33861059 - 33861131
Alignment:
70 tgcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttaga 142  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||||| | || || || |||||||| | ||||||||||| ||||||    
33861059 tgcagcagatcatttgaggcacaccaagagtgcaggcgagaagggcatgttcacgggtctgaccatgcttaga 33861131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 140; Significance: 3e-73; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 60 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 45993567 - 45993253
Alignment:
60 aataccttgttgcagca---gatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgca 156  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||  |||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |  |||||||||||||| ||   ||| ||||  |    
45993567 aataccttgttgcagcaacagatcatttgattcacaccaagagtgaaggcaagaagagcatgttcacgagtctgaccatcctttgaaataccggcttcaa 45993468  T
157 aactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcat 256  Q
    |||   ||||||||||||  ||||  ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||| |||||    
45993467 aaccacgagtagtggaatcaatgatgagaacagcacaatcagcttgggacgtcccggtgatcatgttcttaat----gaaatccctgtgtccggaggcat 45993372  T
257 caatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcaccca 356  Q
    ||||||  ||||| | ||||||| |||||||||||||  |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
45993371 caatgacagtgcagctgtacttgtttgtctcaaacttcgacaaagaactgtcaattgtgatacctctttcacgctcagtcttgagcttgtcaagcaccca 45993272  T
357 agcatacttgaatgaacgc 375  Q
    |||||||||||||||||||    
45993271 agcatacttgaatgaacgc 45993253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 50 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 38137945 - 38137628
Alignment:
50 tgaaaatgtcaataccttgttgcagcag---atcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaa 146  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||   |||||||| | ||||||||||  | | ||||| |||||||||||  |||||||||| |||| |||  ||    
38137945 tgaaaatataaataccttgttgcagcagcagatcatttggcgcacaccaagaacgaatgcaagaagagcatgttcagaggtctgaccttcctgagaataa 38137846  T
147 ccagcttgcaaactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgt 246  Q
    |||||||  |||||   ||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||    |||||||||||||    
38137845 ccagcttcaaaactaccagttgtggaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggacgtcccggtaatcatgttcttaat----gaaatccctgtgt 38137750  T
247 ccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgt 346  Q
    ||||||||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||  |||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
38137749 ccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggtagtctcaaactttgacagagaaatgtcaatagtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgt 38137650  T
347 caagcacccaagcatacttgaa 368  Q
    | ||||||||||||||||||||    
38137649 cgagcacccaagcatacttgaa 38137628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 60 - 375
Target Start/End: Original strand, 43045204 - 43045518
Alignment:
60 aataccttgttgca---gcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgca 156  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||   ||| ||||  |    
43045204 aataccttgttgcaacagcagatcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaa 43045303  T
157 aactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcat 256  Q
    |||    |||||||||||  ||||  ||||| ||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||    
43045304 aaccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaa----tgaaatccctgtgtccgggggcat 43045399  T
257 caatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcaccca 356  Q
    | ||||  |||||  |||||||||||||||||||||| || |  | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
43045400 cgatgacagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaaggaccca 43045499  T
357 agcatacttgaatgaacgc 375  Q
     ||||||||||||||||||    
43045500 ggcatacttgaatgaacgc 43045518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 60 - 375
Target Start/End: Original strand, 43045657 - 43045971
Alignment:
60 aataccttgttgca---gcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgca 156  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||   ||| ||||  |    
43045657 aataccttgttgcaacagcagatcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaa 43045756  T
157 aactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcat 256  Q
    |||    |||||||||||  ||||  ||||| ||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||    
43045757 aaccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaa----tgaaatccctgtgtccgggggcat 43045852  T
257 caatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcaccca 356  Q
    | ||||  |||||  |||||||||||||||||||||| || |  | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
43045853 cgatgacagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaaggaccca 43045952  T
357 agcatacttgaatgaacgc 375  Q
     ||||||||||||||||||    
43045953 ggcatacttgaatgaacgc 43045971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 60 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 43066750 - 43066436
Alignment:
60 aataccttgttgca---gcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgca 156  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||   ||| ||||  |    
43066750 aataccttgttgcaacagcagatcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaa 43066651  T
157 aactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcat 256  Q
    |||    |||||||||||  ||||  ||||| ||||| ||||||| ||| || ||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||    
43066650 aaccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaat----gaaatccctgtgtccgggggcat 43066555  T
257 caatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcaccca 356  Q
    | ||||  |||||  |||||||||||||||||||||| || |  | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
43066554 cgatgacagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaagaaccca 43066455  T
357 agcatacttgaatgaacgc 375  Q
     ||||||||||||||||||    
43066454 ggcatacttgaatgaacgc 43066436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 60 - 375
Target Start/End: Original strand, 43084085 - 43084399
Alignment:
60 aataccttgttgca---gcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgca 156  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||   ||| ||||  |    
43084085 aataccttgttgcaacagcagatcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaa 43084184  T
157 aactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcat 256  Q
    |||    |||||||||||  ||||  ||||| ||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||    
43084185 aaccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaa----tgaaatccctgtgtccgggggcat 43084280  T
257 caatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcaccca 356  Q
    | ||||  |||||  |||||||||||||||||||||| || |  | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
43084281 cgatgacagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaaggaccca 43084380  T
357 agcatacttgaatgaacgc 375  Q
     ||||||||||||||||||    
43084381 ggcatacttgaatgaacgc 43084399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 51 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 45983790 - 45983473
Alignment:
51 gaaaatgtcaataccttgttgcagcag---atcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaac 147  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||   ||||||||  |||||||||||||| | ||||| ||||||||||| | ||||||||||| | ||      |    
45983790 gaaaatataaataccttgttgcagcagcagatcatttgattcacaccaagagtgaaggcaagaagagcatgttcacgggtctgaccattcata------c 45983697  T
148 cagcttgcaaactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtc 247  Q
    | ||||  ||||    |||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||    ||||||||||||||    
45983696 cggcttcaaaaccaccagtagtggaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggacgttccggtgatcatgttcttaat----gaaatccctgtgtc 45983601  T
248 cgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtc 347  Q
    |||||||||||||||  |||||   ||||||| |||||||||||||  ||| || |||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||    
45983600 cgggggcatcaatgacagtgcagttgtacttgtttgtctcaaacttcgacagggtaatgtcaattgtaacacctctttcacgttcagccttgagcttgtc 45983501  T
348 aagcacccaagcatacttgaatgaacgc 375  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
45983500 aagcacccaagcatacttgaatgaacgc 45983473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 183 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 7890993 - 7890808
Alignment:
183 agaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggtt 282  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  || |||||||||||||||||    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | | | ||||||    
7890993 agaacagcacagtcagcttcggacgctccagtgatcatgttcttaat----gaaatccctgtgtccaggggcatcaatgagagtgcagcggaagttggtt 7890898  T
283 gtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaa 372  Q
    ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7890897 gtctcaaacttccacagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaa 7890808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 60 - 375
Target Start/End: Original strand, 3300941 - 3301254
Alignment:
60 aataccttgttgcagcaga--tcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgcaa 157  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||| ||||| | |||||| |||||||| ||   ||| ||||  ||    
3300941 aataccttgttgcagcaaaaatcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaagaagagcgtgttcacgggtctgcccatcctttgatataccggcttcaaa 3301040  T
158 actgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatc 257  Q
    ||     ||||||||||  ||||  ||||||||||| ||||||| ||| || || || |||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||    
3301041 accaccggtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaa----tgaaatccctgtgtccgggggcatc 3301136  T
258 aatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaa 357  Q
    |||||  |||||  ||||||| || ||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||    
3301137 aatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacattcagccttgagcttgtcgagcacccaa 3301236  T
358 gcatacttgaatgaacgc 375  Q
    ||||||||||||||||||    
3301237 gcatacttgaatgaacgc 3301254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 183 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 7888728 - 7888541
Alignment:
183 agaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggtt 282  Q
    ||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||| ||    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||    
7888728 agaacagcacaatcagcttcagacgccccggtgatcatgttcttgat----gaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagcagtagctggtt 7888633  T
283 gtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacg 374  Q
    |||| |||||| || |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
7888632 gtctgaaacttccaaagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagtttgtcaagcacccaagcatacttgaataaacg 7888541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 116 - 377
Target Start/End: Original strand, 51291885 - 51292141
Alignment:
116 atgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgcaaactgagagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtg 215  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||  |||||||||  || | |  ||| |||||||  | ||  |||| | |||||||||||| | | | ||||| |    
51291885 atgttcaccggtctgaccatccttagaataaccagcttcaaacccgccagttgtggaatcaaggatgagaataacacagtcagcttggaacggcccggcg 51291984  T
216 atcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtg 315  Q
    ||||||||||||||    ||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||| | |  |||||||||||||||    
51291985 atcatgttcttaat----gaaattcccatgtccgggggcatcaatgagagtgcaatagtacttgattgt-tcaaacttggatagagaaatgtcaattgtg 51292079  T
316 atacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcat 377  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
51292080 atacctctttcacgctcagccttgaacttgtcaagcacccaagcatacgtgaatgaacgcat 51292141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 183 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 40034647 - 40034465
Alignment:
183 agaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggtt 282  Q
    ||||||||||||||||||  ||| || ||||| | ||||||||| ||    ||||||  ||||||||||||| |||||||| |||||   ||| ||||||    
40034647 agaacagcacagtcagctagggacgtgccggttaacatgttcttgat----gaaatc--tgtgtccgggggcgtcaatgagagtgcagtggtatttggtt 40034554  T
283 gtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatga 371  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
40034553 gtctcaaacttggacatggaaatatcaattgtaacacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagtacccaagcatacttgaatga 40034465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 183 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 43076737 - 43076553
Alignment:
183 agaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggtt 282  Q
    |||| |||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||    ||||| | ||||||| ||| |||||||||    ||| |||| ||| |||    
43076737 agaagagcacaatcagcttgggacgtcccagtgatcatgttcttaat----gaaattcttgtgtcccgggacatcaatgacaacgcagcagttctttgtt 43076642  T
283 gtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaa 372  Q
    ||||||||||| || |  ||||| ||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||    
43076641 gtctcaaacttccagagagaaatctcaatggt-atacctctttcacgttcagccctgagcttgtcaaggatccaggcatacttgactgaa 43076553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 60 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 40034767 - 40034689
Alignment:
60 aataccttgttgca---gcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccat 135  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||  ||||||||||||| || ||||| |||||||||||   |||||||||||    
40034767 aataccttgttgcagcagcagatcatttgattcacaccaagagtataggcaagaagagcatgttcagtggtctgaccat 40034689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 11 - 39
Target Start/End: Complemental strand, 45983841 - 45983813
Alignment:
11 tacttatataaatgaattataaaaataat 39  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
45983841 tacttatataaatgaattataaaaataat 45983813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 128; Significance: 4e-66; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 71 - 375
Target Start/End: Original strand, 4231691 - 4231991
Alignment:
71 gcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgcaaactgagagtagtg 170  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |  |||||||||||||| ||   ||||||||  ||||    ||| |||    
4231691 gcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgagtctgaccatccttggaaataccagcttcaaaaccaccagtggtg 4231790  T
171 gaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaa 270  Q
    ||||  ||||  ||||||||||| ||||||| ||| || || || |||||||||||||    |||||||||||||||| |||||||||||||  |||||     
4231791 gaatcaatgatgagaacagcacaatcagcttgggatgtaccagtaatcatgttcttaa----tgaaatccctgtgtccaggggcatcaatgacagtgcag 4231886  T
271 cagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatg 370  Q
     ||||||| || ||||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
4231887 tagtacttagtggtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagaacccaagcatacttaaatg 4231986  T
371 aacgc 375  Q
    |||||    
4231987 aacgc 4231991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 126; Significance: 7e-65; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 183 - 373
Target Start/End: Original strand, 4620026 - 4620212
Alignment:
183 agaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggtt 282  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
4620026 agaacagcacagtcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaa----tgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggtt 4620121  T
283 gtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaac 373  Q
    |||||||||||| |||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
4620122 gtctcaaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatgaac 4620212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 183 - 375
Target Start/End: Original strand, 1846728 - 1846916
Alignment:
183 agaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggtt 282  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||   | | ||||||    
1846728 agaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaat----gaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggtt 1846823  T
283 gtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgc 375  Q
    ||||||||||| || |  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1846824 gtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgc 1846916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 238 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 4787408 - 4787274
Alignment:
238 tccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagcct 337  Q
    |||||||||||||| ||||||||||  |||||   ||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||  |||||||||||||||| |||    
4787408 tccctgtgtccgggagcatcaatgacagtgcagttgtacttgtttgtctcaaacttggacatagaaatgtcaattgtggcacctctttcacgctcaccct 4787309  T
338 tgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaa 372  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
4787308 tgagtttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaa 4787274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 229 - 377
Target Start/End: Original strand, 4297851 - 4297999
Alignment:
229 ttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcac 328  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||||||||||   ||||   ||||||| |||||||||||||| |||  |||||||||||||||  ||||||||||     
4297851 ttaatgcattccctatgtccgggggcatcaatgacaatgcagttgtacttgtttgtctcaaacttggacagagaaatgtcaattgtggcacctctttcat 4297950  T
329 gctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcat 377  Q
    | ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||    
4297951 ggtcagctttgagtttgtcaagtacccaagcatacttgaacgaaggcat 4297999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 60 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 4787535 - 4787457
Alignment:
60 aataccttgttgca---gcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccat 135  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||| |||| | ||||| |||||||||||   |||||||||||    
4787535 aataccttgttgcagcagcagatcatttgcttcacaccaacagtgaaggcaagaagagcatgttcaagggtctgaccat 4787457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 183 - 368
Target Start/End: Original strand, 16349475 - 16349656
Alignment:
183 agaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggtt 282  Q
    |||| |||||| ||||||| ||| ||||| || |||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||    
16349475 agaagagcacaatcagcttgggatgtcccagtaatcatgttcttaa----tgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgatagtgcagcggtacttggtt 16349570  T
283 gtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaa 368  Q
    |||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||    
16349571 gtctcaaaattcaacatagaattgtcaattgtgatacctctttcgcgctcagccttgagtttgtcaagaacccacgcatacttgaa 16349656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 48 - 135
Target Start/End: Original strand, 16349337 - 16349427
Alignment:
48 gctgaaaatgtcaataccttgttgcag---cagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccat 135  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||   |||||||||||| | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||| | | |||||||||    
16349337 gctgaaaatatgaataccttgttgcagcagcagatcatttgcttgacaccaagagagtaagcatggagagcatgttcacggatctgaccat 16349427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 56; Significance: 4e-23; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 244 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 7528982 - 7528851
Alignment:
244 tgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagct 343  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||  |||||||||| |||||||| || |||| || ||| || || || || |||||||||||||||||||| || |    
7528982 tgtccgggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaaggcaatatcgatggtaattcctctttcacgctcagccttaagtt 7528883  T
344 tgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgc 375  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
7528882 tgtcaagaacccatgcatacttgaatgaacgc 7528851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 75 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 7519776 - 7519487
Alignment:
75 cagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgcaaactgagagtagtggaat 174  Q
    |||||||| ||| |||| ||||||||  | ||||| |||||||| || | |||||| |||||||||||   ||||||||  ||||    ||| ||||| |    
7519776 cagatcatctgcttcactccaagagtaaatgcaagaagagcatgctcacgggtctgtccatccttagagataccagcttcaaaaccaccagtggtggagt 7519677  T
175 tgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccggtgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagt 274  Q
      ||||  || |||||||| ||||| | |||||| || || ||||||||||| ||    |||||| |  |||||||| ||||||||||  |||||  |||    
7519676 caatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgat----gaaatcacgatgtccgggagcatcaatgactgtgcagtagt 7519581  T
275 acttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaa 368  Q
    ||||||| |||||||| || ||||  | ||| ||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||    
7519580 acttggtggtctcaaatttccacaaagcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcgtacttgaa 7519487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University