View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4894-Insertion-1 (Length: 881)

Name: NF4894-Insertion-1
Description: NF4894
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4894-Insertion-1
NF4894-Insertion-1
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (10-649)||(33974106-33974744)
chr8 (10-649)||(33991025-33991663)
chr8 (10-629)||(33951525-33952143)
chr8 (128-478)||(33941128-33941478)
chr8 (716-881)||(33951039-33951205)
chr8 (716-881)||(33973634-33973800)
chr8 (716-875)||(33990530-33990689)
chr8 (199-474)||(33912393-33912668)
chr8 (771-881)||(33911804-33911914)
[»] scaffold0391 (2 HSPs)
scaffold0391 (59-486)||(11325-11752)
scaffold0391 (776-866)||(10570-10660)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (266-510)||(8278516-8278766)
chr7 (724-842)||(8278802-8278920)
chr7 (301-427)||(2764118-2764246)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 455; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 455; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 33974744 - 33974106
Alignment:
Q  10 tctgaagtgtgtcgatgctacataatagataacactcatatgtaagaaagtaagaacaagtaccttttctacaagatttttgtagataatatctgaacta 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  33974744 tctgaagtgtgtcgatgctacataatagataacgctcatatgtaagaaagtaagaacaagtaccttttctacaagatttttgtcgataatatctgaactg 33974645  T
Q  110 nnnnnnnccatttgagcatagtgatggaaaagcgttactgcgtcttcatgagcaagaggttttaaaatacatgttgtgctaaacatcggaaatgcaaccc 209  Q
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  33974644 tttttttccatttgagcatagtgatggaaaagcgttactgcgtcttcatgagcaagaggttttaagatacatgttgtgctaaacctcggaaatgcaaccc 33974545  T
Q  210 ttgaagtcaccagaattttgaaatctgtcatctggaattgaagtttctcaacaagagattctgaggttggccaaacatcatccagaaccaacaatagtgg 309  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33974544 ttgaagtcaccagaattttgaaacctgtcatctggaattgaagtttctcaacaagagattctgagcttggccaaacatcatccagaaccaacaatagtgg 33974445  T
Q  310 acttccgtcaactttcttcaacaaaagtcctaacttattgacagcatcttcatcactttgaaactcaggcactggatattcacaatgttcaattattctc 409  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |  |||||||    
T  33974444 acttccctcaactttcttcaacaaaagtcctaacttattgactgcatcttcatcactttgaaactcaggcactgaatatccacaatgttgatgtattctc 33974345  T
Q  410 tctacaatagtcttcaacatgggtgtttttgagaaggtgagaactataatgttttccttgaatttacctgttaaaaccaaagacagtttgtcagacaaaa 509  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  33974344 tctacaatagtcttcagcatgggtgtttttgagaaggtgacaaatataatgttttccttgaatttacctagtaaaaccaaagacagattgtaagacaaaa 33974245  T
Q  510 attaattaatgtcctgtacatttaacatgcacaactaaatgaacagttaacagaaaagaaaattaatcaatccaattcaaaggaaaatgcttctttaata 609  Q
    |  | |||||||| | ||||||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  33974244 a-aagttaatgtcttttacatttaatatgctcaactaaatgaacacttgacagaaaagaaagttaattaatctaattcaaagaaaaatgcttctttaata 33974146  T
Q  610 tcttaaatcagcatttgcagttaatataagatgcctacaa 649  Q
    | |||||||| |||||||||   ||| |||||||||||||    
T  33974145 tgttaaatcaacatttgcagaggatagaagatgcctacaa 33974106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 33991663 - 33991025
Alignment:
Q  10 tctgaagtgtgtcgatgctacataatagataacactcatatgtaagaaagtaagaacaagtaccttttctacaagatttttgtagataatatctgaacta 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33991663 tctgaagtgtgtcgatgctacataatagataacgctcatatgcaagaaagtaagaacaagtaccttttcgacaagatttttgtcgataatatctgaacta 33991564  T
Q  110 nnnnnnnccatttgagcatagtgatggaaaagcgttactgcgtcttcatgagcaagaggttttaaaatacatgttgtgctaaacatcggaaatgcaaccc 209  Q
           |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||| |||||    
T  33991563 tttttttccatctgagcatagtgatggaaaagcgttactgcatcttcatgagcaagaggttttaagatacatgttgtcctaaaccttggaaatgaaaccc 33991464  T
Q  210 ttgaagtcaccagaattttgaaatctgtcatctggaattgaagtttctcaacaagagattctgaggttggccaaacatcatccagaaccaacaatagtgg 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33991463 ttgaagtcaccagaattttgaaatctgatatctcgaattgaagtttcttaacaagagattctgaggttggccaaacatcatccagaaccaacaatagtgg 33991364  T
Q  310 acttccgtcaactttcttcaacaaaagtcctaacttattgacagcatcttcatcactttgaaactcaggcactggatattcacaatgttcaattattctc 409  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  33991363 acttccctcaactttcttcaacaaaagttctaacttattgacagcatcttcatcactttgaaactcaggcactggatatccgcaatgttcaattattctc 33991264  T
Q  410 tctacaatagtcttcaacatgggtgtttttgagaaggtgagaactataatgttttccttgaatttacctgttaaaaccaaagacagtttgtcagacaaaa 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  33991263 tctacaatagtcttcaacatgggtgtttttgagaaggtgacaaatataatgttttccttgaatttacctagtaaaaccaaagacagattgtaagacaaaa 33991164  T
Q  510 attaattaatgtcctgtacatttaacatgcacaactaaatgaacagttaacagaaaagaaaattaatcaatccaattcaaaggaaaatgcttctttaata 609  Q
    | || ||||| || | |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||  ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  33991163 a-tagttaatctcttttacatttaacatgctcaactaaatgaacacttgacagaaaagaaggttaattaatctaattcaaagaaaaatgcttctttaata 33991065  T
Q  610 tcttaaatcagcatttgcagttaatataagatgcctacaa 649  Q
    | |||||||| |||||||||  |||| |||||||||||||    
T  33991064 tgttaaatcaacatttgcagagaatagaagatgcctacaa 33991025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 33952143 - 33951525
Alignment:
Q  10 tctgaagtgtgtcgatgctacataatagataacactcatatgtaagaaagtaagaacaagtaccttttctacaagatttttgtagataatatctgaacta 109  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  33952143 tctgaagcgtgtcaatgctacataatagataacgctcatatgttagaaagtaagaacaagtaccttttcgacaagatttttgttgatgatatctgaacta 33952044  T
Q  110 nnnnnnnccatttgagcatagtgatggaaaagcgttactgcgtcttcatgagcaagaggttttaaaatacatgttgtgctaaacatcggaaatgcaaccc 209  Q
           |||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| |    
T  33952043 tttttttccatctgagcataatgatggaaaagcgtcactgcttcttcatgagcaagaggttttaagatacatgttgtgctaaaccttggaaatgcaactc 33951944  T
Q  210 ttgaagtcaccagaattttgaaatctgtcatctggaattgaagtttctcaacaagagattctgaggttggccaaacatcatccagaaccaacaatagtgg 309  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33951943 ttgaggtcaccagaattttgaaatctgatatctggaattgaattttctcaacaaggggctctgagattggccaaacatcatccagaaccaacaatagtgg 33951844  T
Q  310 acttccgtcaactttcttcaacaaaagtcctaacttattgacagcatcttcatcactttgaaactcaggcactggatattcacaatgttcaattattctc 409  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  |||||||    
T  33951843 acttccctcaactttcttcaacagaagtcctaacctattgacagcatcttcatcactttgaaactcaggcactggatatccacaatgttgatgtattctc 33951744  T
Q  410 tctacaatagtcttcaacatgggtgtttttgagaaggtgagaactataatgttttccttgaatttacctgttaaaaccaaagacagtttgtcagacaaaa 509  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| |||| |||    
T  33951743 tctacaatagtcttcagcatgggtgtttttgagaaggtgacaaatataatgttttccttgaatttacctagtaaaaccaaagacagattgtaagac-aaa 33951645  T
Q  510 attaattaatgtcctgtacatttaacatgcacaactaaatgaacagttaacagaaaagaaaattaatcaatccaattcaaaggaaaatgcttctttaata 609  Q
    |  | |||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||  ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  33951644 agaagttaatgtcttttacatttaacatgctcaactaaatgaacacttgacagaaaagaaggttaattaatctaattcaaagaaaaatgcttctttaata 33951545  T
Q  610 tcttaaatcagcatttgcag 629  Q
    | |||||||  |||||||||    
T  33951544 tgttaaatcgtcatttgcag 33951525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 128 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 33941478 - 33941128
Alignment:
Q  128 tagtgatggaaaagcgttactgcgtcttcatgagcaagaggttttaaaatacatgttgtgctaaacatcggaaatgcaacccttgaagtcaccagaattt 227  Q
    |||||| ||||||| ||||| |  ||||| ||||||||||| ||||  ||| ||||| ||  |||  | | |||||||||||||||||| |||| |||||    
T  33941478 tagtgacggaaaagggttaccgaatcttcttgagcaagaggctttaggataaatgttttgtcaaatctagaaaatgcaacccttgaagtgaccaaaattt 33941379  T
Q  228 tgaaatctgtcatctggaattgaagtttctcaacaagagattctgaggttggccaaacatcatccagaaccaacaatagtggacttccgtcaactttctt 327  Q
    |  ||||||  ||||| |||| || |||||| || ||   ||||||    |||||||| |||||||| || ||||||| ||||||||| |||| |||| |    
T  33941378 tataatctgatatctgaaatttaaatttctcgactaggtcttctgatccgggccaaacgtcatccaggactaacaatattggacttccctcaattttcct 33941279  T
Q  328 caacaaaagtcctaacttattgacagcatcttcatcactttgaaactcaggcactggatattcacaatgttcaattattctctctacaatagtcttcaac 427  Q
    || ||||||||| ||   ||| || |||||||||||||||||  |||||||||| |||||| | |||||||||| || ||||||||||||| |||||| |    
T  33941278 cagcaaaagtcccaatccatttaccgcatcttcatcactttggtactcaggcaccggatatccgcaatgttcaaataatctctctacaataatcttcagc 33941179  T
Q  428 atgggtgtttttgagaaggtgagaactataatgttttccttgaatttacct 478  Q
    |||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||    
T  33941178 atgggtgtttttgagaaggttacaaatataatgttttccttgaatttacct 33941128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 716 - 881
Target Start/End: Complemental strand, 33951205 - 33951039
Alignment:
Q  716 tgattctgtctaacacaccgctaattcaaacatgctttagaga-gccaaagaggatttatgacttacccttaactcgttcatcccaacaaagctttgtag 814  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| | ||| | | |||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  33951205 tgattctgtctaacacactgctaatccaaacatgcatgagataaggcaaaaaggatttatgacttaccattaacttcttcatcccaacaaagctttgtag 33951106  T
Q  815 ccaaagtggttttccccaatcctcctaaaccagttaagacaagtgtggagctaccacccctcagaag 881  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33951105 ccagagtggttttccccaatcctcctaaaccagtcaacacaagtgtggagctaccacccctcagaag 33951039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 716 - 881
Target Start/End: Complemental strand, 33973800 - 33973634
Alignment:
Q  716 tgattctgtctaacacaccgctaattcaaacatgctttagaga-gccaaagaggatttatgacttacccttaactcgttcatcccaacaaagctttgtag 814  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| | ||| | | |||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  33973800 tgattctgtctaacacactgctaatccaaacatgcatgagataaggcaaaaaggatttatgacttaccattaacttcttcatcccaacaaagctttgtag 33973701  T
Q  815 ccaaagtggttttccccaatcctcctaaaccagttaagacaagtgtggagctaccacccctcagaag 881  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33973700 ccagagtggttttccccaatcctcctaaaccagtcaacacaagtgtggagctaccacccctcagaag 33973634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 716 - 875
Target Start/End: Complemental strand, 33990689 - 33990530
Alignment:
Q  716 tgattctgtctaacacaccgctaattcaaacatgctttagagagccaaagaggatttatgacttacccttaactcgttcatcccaacaaagctttgtagc 815  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  || |||||||||||||||||||||    
T  33990689 tgattatgtctaacacaccgctaatccaaacatgcatgagagagccaaagaggatttatgacttaccattaacttcttgatcccaacaaagctttgtagc 33990590  T
Q  816 caaagtggttttccccaatcctcctaaaccagttaagacaagtgtggagctaccacccct 875  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || || || ||||| |||||||||||| ||||    
T  33990589 caaagtggttttccctaatcctcctaagcccgtcaacacaagggtggagctaccatccct 33990530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 199 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 33912668 - 33912393
Alignment:
Q  199 aaatgcaacccttgaagtcaccagaattttgaaatctgtcatctggaattgaagtttctcaacaagagattctgaggttggccaaacatcatccagaacc 298  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||  ||||||  |||||||||| || |||||| || ||   |||||||   ||||||||||||||||| ||     
T  33912668 aaatgcaacccttgaagtgaccaaaattttataatctgatatctggaatttaaatttctcgactaggtcttctgagccgggccaaacatcatccaggact 33912569  T
Q  299 aacaatagtggacttccgtcaactttcttcaacaaaagtcctaacttattgacagcatcttcatcactttgaaactcaggcactggatattcacaatgtt 398  Q
    ||||||| ||||||||| |||| |||| |||  |||  ||| |    ||| || || ||||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||| |||||    
T  33912568 aacaatattggacttccctcaattttcctcagtaaatttcccattccattaactgcttcttcgtcactttgatactcaggcaccggatatccaccatgtt 33912469  T
Q  399 caattattctctctacaatagtcttcaacatgggtgtttttgagaaggtgagaactataatgttttccttgaattt 474  Q
    ||| || ||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||    
T  33912468 caaatagtctctgtaccataatcttcaacatgggtgtttttgagaaggttacaaatataatgttttccttgaattt 33912393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 771 - 881
Target Start/End: Complemental strand, 33911914 - 33911804
Alignment:
Q  771 ttatgacttacccttaactcgttcatcccaacaaagctttgtagccaaagtggttttccccaatcctcctaaaccagttaagacaagtgtggagctacca 870  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| || | ||| || || ||||||    
T  33911914 ttatgacttacccttaacttgttgatccaaacacagctttgtagccaaagtggtttttcccattccacctaaaccagtcaacaaaagagtagatctacca 33911815  T
Q  871 cccctcagaag 881  Q
     |||| |||||    
T  33911814 tccctgagaag 33911804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0391 (Bit Score: 195; Significance: 1e-105; HSPs: 2)
Name: scaffold0391
Description:

Target: scaffold0391; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 59 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 11752 - 11325
Alignment:
Q  59 gtaagaacaagtaccttttctacaagatttttgtagataatatctgaactannnnnnnccatttgagcatagtgatggaaaagcgttactgcgtcttcat 158  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||||         |||| | |||||||||   ||||||  ||  ||| ||||| |    
T  11752 gtaagaacaagtaccttttccacaagatctttgttgatagtatctgaaccgtttttctccatctcagcatagtggcagaaaagtattgatgcatcttcct 11653  T
Q  159 gagcaagaggttttaaaatacatgttgtgctaaacatcggaaatgcaacccttgaagtcaccagaattttgaaatctgtcatctggaattgaagtttctc 258  Q
    || |||||| |||||| ||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11652 gaacaagagattttaagatacatgttgtgctaagtcttggaaatgcaacccttgaagtcaccagaattttgaaatctgacatctggaattgaagtttctc 11553  T
Q  259 aacaagagattctgaggttggccaaacatcatccagaaccaacaatagtggacttccgtcaactttcttcaacaaaagtcctaacttattgacagcatct 358  Q
    |||||  | ||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||| | ||  ||| ||||||||||    
T  11552 aacaaaggtttctgagttcggccaaacgtcatctagaaccaacaatagtggacttccctcaaattttttcagcaaaagttccaatctatggacagcatct 11453  T
Q  359 tcatcactttgaaactcaggcactggatattcacaatgttcaattattctctctacaatagtcttcaacatgggtgtttttgagaaggtgagaactataa 458  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || |||||    
T  11452 tcatctctttgaaattcaggccctggatatccacaatgttcaaatagtctctctacaatagtcttcaacatgggtgttttcgataaggtgacaaatataa 11353  T
Q  459 tgttttccttgaatttacctgttaaaac 486  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||    
T  11352 tattttccttgaattttcctgttaaaac 11325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0391; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 776 - 866
Target Start/End: Complemental strand, 10660 - 10570
Alignment:
Q  776 acttacccttaactcgttcatcccaacaaagctttgtagccaaagtggttttccccaatcctcctaaaccagttaagacaagtgtggagct 866  Q
    |||||||||| | | |||||||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||| || |||||    
T  10660 acttacccttgatttgttcatcccaacaaagattggtagccagagtggtttttcccaaccctcccaaaccagtcaacacaagggttgagct 10570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 134; Significance: 3e-69; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 266 - 510
Target Start/End: Original strand, 8278516 - 8278766
Alignment:
Q  266 gattctgaggttggccaaacatcatccagaaccaacaatagtggacttccgtcaactttcttcaacaaaagtcctaacttattgacagc--atcttcatc 363  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||| |  |||||||||    
T  8278516 gattctgagcttggccaaacatcatccagaaccaacaatagtggacttccctcaactttcttgaacagaagtcctaacctattgacaccatatcttcatc 8278615  T
Q  364 actttgaaactcaggcactggatattcacaatgttca-attattctctctacaatagtcttcaacatgggtgtttttgagaaggtgagaact---ataat 459  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||   |||  |||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| || |   |||||    
T  8278616 actttgaaactcaggcactggatatccacagtgttcatcatatcttctctacaatagtcttcaacgtgggcatttttgagaaggtgacaaatataataat 8278715  T
Q  460 gttttccttgaatttacctgttaaaaccaaagacagtttgtcagacaaaaa 510  Q
    ||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8278716 gttttccatggatttacctagtaaaaccaaagacagtttgtcagacaaaaa 8278766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 724 - 842
Target Start/End: Original strand, 8278802 - 8278920
Alignment:
Q  724 tctaacacaccgctaattcaaacatgctttagagagccaaagaggatttatgacttacccttaactcgttcatcccaacaaagctttgtagccaaagtgg 823  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8278802 tctaacacactgctaatccaaacatgcatgagagagccaaagaggatttatcacttacccttaacttgttcatcccaacaaagctttgtagccaaagtgg 8278901  T
Q  824 ttttccccaatcctcctaa 842  Q
    |||||||||||||||||||    
T  8278902 ttttccccaatcctcctaa 8278920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 301 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 2764246 - 2764118
Alignment:
Q  301 caatagtggacttccgtcaactttcttcaacaaaagtcctaacttattgacagcatcttcatcactttgaaactca--ggcactggatattcacaatgtt 398  Q
    ||||| || |||||| |||| ||||||||  |||||||| ||  |||| || |||||||||| |||| |||||  |  || ||| ||||| |||||||||    
T  2764246 caatattgtacttccctcaattttcttcagaaaaagtccaaatctattaactgcatcttcattacttggaaacatataggaactcgatatccacaatgtt 2764147  T
Q  399 caattattctctctacaatagtcttcaac 427  Q
    ||| || ||||||||||||| ||||||||    
T  2764146 caaatagtctctctacaataatcttcaac 2764118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University