View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4895_low_1 (Length: 498)

Name: NF4895_low_1
Description: NF4895
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4895_low_1
NF4895_low_1
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (18-470)||(4711756-4712208)
chr7 (32-470)||(4845710-4846148)
chr7 (26-453)||(4666917-4667344)
chr7 (45-388)||(4630971-4631311)
chr7 (18-430)||(4696874-4697283)
chr7 (84-476)||(4653476-4653865)
chr7 (40-430)||(4636859-4637246)
chr7 (126-433)||(4662990-4663294)
chr7 (35-469)||(4815965-4816396)
chr7 (33-491)||(4783534-4783989)
chr7 (18-427)||(4863927-4864333)
chr7 (47-291)||(4643848-4644089)
chr7 (18-298)||(4672837-4673114)
chr7 (337-487)||(4647471-4647619)
chr7 (318-430)||(4643673-4643785)
chr7 (315-433)||(4672675-4672793)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (84-470)||(18925492-18925875)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 445; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 470
Target Start/End: Original strand, 4711756 - 4712208
Alignment:
Q  18 ttgaaatcacttgactttgacaacacggaataccaaattcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711756 ttgaaatcacttgactttgacaacacggaataccaaattcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccac 4711855  T
Q  118 caaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711856 caaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtga 4711955  T
Q  218 tcatccaaactatttaaacaattccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattat 317  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711956 tcatccaaactatttaaacaataccattcccaattacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattat 4712055  T
Q  318 aatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagag 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712056 aatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagag 4712155  T
Q  418 tttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatt 470  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712156 tttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatt 4712208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 32 - 470
Target Start/End: Original strand, 4845710 - 4846148
Alignment:
Q  32 ctttgacaacacggaataccaaattcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagataca 131  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| ||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||   | ||||||    
T  4845710 ctttgacaacagagaatacgaaattcgtaatgataaagctttggagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgataca 4845809  T
Q  132 ggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatt 231  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  4845810 ggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccacttagtgtatcaagtttttatggaagtgatcatctaaactatt 4845909  T
Q  232 taaacaattccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaa 331  Q
    |||||||| | ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4845910 taaacaatactattccaaattacactgcaccagaagctgtatacttaactgcaagaagttatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttggaa 4846009  T
Q  332 tttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatattt 431  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4846010 tttcgaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttaccaagaataaaggtgatagagtttttcagatattt 4846109  T
Q  432 atcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatt 470  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  4846110 atcaatgatattttggctgaactatatgctgatgtgatt 4846148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 26 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 4667344 - 4666917
Alignment:
Q  26 acttgactttgacaacacggaataccaaattcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaa 125  Q
    |||||||||||||| ||  |||||||| |||| |||| |||||||| |||| | ||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||     |     
T  4667344 acttgactttgacagcaatgaataccatattcctaacaacaaagctatggagacggtttatagagtcagcgttggtgaaagtcaagttccacctggtgac 4667245  T
Q  126 gatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaa 225  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||||  |||||| |  || ||||  |||||||||||    
T  4667244 gatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagttattttggacctgatcatccaa 4667145  T
Q  226 actatttaaacaattccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaac 325  Q
    |||||||| | ||| | ||||| || |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  | |||| |||||||||| ||    
T  4667144 actatttacaaaatactattccaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttatggaatggatgccaaagagaattataatgtgac 4667045  T
Q  326 ttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcag 425  Q
     |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  4667044 atggaattttaaagttgattctatttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgagtttgattggcatatcaagaatccaggtgatagagtttttcag 4666945  T
Q  426 atatttatcaatgatattttggctgaac 453  Q
    || |||||  |||||||| |||||||||    
T  4666944 atttttatagatgatattatggctgaac 4666917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 45 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 4631311 - 4630971
Alignment:
Q  45 gaataccaaattcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgta 144  Q
    |||||||| |||| |||| |||||||| ||||||  || ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| |    
T  4631311 gaataccagattcttaacaacaaagctatggaaacagtttatagagtcaacgctggtgaaaatcaagttccaccaaattatgatacaggtatgtttcgca 4631212  T
Q  145 attgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaattccat 244  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||  |||||||||| |  || ||||    |||||| |||||||||||||||| ||||    
T  4631211 attgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccacttagtgtatcaagttattttggac---atcatctaaactatttaaacaataccat 4631115  T
Q  245 tcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgat 344  Q
    | | || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||||    
T  4631114 ttcaaattacactgcaccagaagctgtttacttaactgcgagaagttatggaatggatgcaacaaaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgat 4631015  T
Q  345 tctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttga 388  Q
    |||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4631014 tcttcttttacttatatggtaagattacatttttgtgagtttga 4630971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 18 - 430
Target Start/End: Original strand, 4696874 - 4697283
Alignment:
Q  18 ttgaaatcacttgactttgacaacacggaataccaaattcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccac 117  Q
    |||| |||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||| || || | ||| ||||||||||| || |||   |||||||||||||    
T  4696874 ttgatatcacttgacttagacaacagggactaccaagttcttaacgacaaagcgttagagacggtttatagagtcaatgtgggtggcaatcaagttccac 4696973  T
Q  118 caaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtga 217  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||||  |||||| || || |  |    |    
T  4696974 caaaccaagatactggtatgtttcgtaactgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaac---a 4697070  T
Q  218 tcatccaaactatttaaacaattccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattat 317  Q
    |||||  ||||||  ||||||  ||||||  || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||| |||||| |||||||||||      
T  4697071 tcatcttaactatgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagctgtgtacttaactgcaagaagtcgtggattggatgagacagaggatttc 4697170  T
Q  318 aatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagag 417  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||    
T  4697171 aatgtaacttggaatttcgaagttgatgttggttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgagtttgatcagcatatcaaaaatataggtgatagag 4697270  T
Q  418 tttttcagatatt 430  Q
    | ||||| |||||    
T  4697271 tctttcaaatatt 4697283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 84 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 4653865 - 4653476
Alignment:
Q  84 tatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaat 183  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| |  |||| ||||| |||| | || ||| |||    
T  4653865 tatagtgtcaacgttggtgaaaatcaagttccaccaaacctagatactggtttgtttcgtaattgggataacgattatcctcgttacttagagaaacaat 4653766  T
Q  184 atccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaattccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgc 283  Q
    |||||| ||||||||||| || || || ||   ||||||  ||||||  ||||||| | ||||| || ||||  |||||||||||||||||| | |||||    
T  4653765 atccactaagtgtatcaagtgattttgtaa---atcatctcaactataaaaacaatacaattccaaattacatcgcaccagaagctgtatacctaactgc 4653669  T
Q  284 aagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgag 383  Q
     ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || |  |||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  4653668 gagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttatatggtcaggttacatttttgtgaa 4653569  T
Q  384 tttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgg 476  Q
    ||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| | |||||||||| | | |||||||||||| |||||    
T  4653568 tttgattggcgtatcaaggataaaggtgatagagttttccagatatttatacatgatttcttggctgaaccaaatgctgatgtgatttcatgg 4653476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 40 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 4637246 - 4636859
Alignment:
Q  40 acacggaataccaaattcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtt 139  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||    
T  4637246 acacggaataccgaattcataaagacaaagctttggagatggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaagtgatgatacaggtatgtt 4637147  T
Q  140 tcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaat 239  Q
    ||| ||||||| || |||||||||||||||| |||| ||||| || |||   |||||||||| ||  | |  |    || | | ||  |||  |||||||    
T  4637146 tcgcaattggggcaatgattttcctctttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacac---ataacctaacatataaaaacaat 4637050  T
Q  240 tccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaag 339  Q
      |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||| ||  |||    
T  4637049 gtcattccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggaatgtatgagacaaaggattataatgtaacttggaactttgaag 4636950  T
Q  340 ttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatt 430  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  4636949 ttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaactataaaggtgatagagtctttcagatatt 4636859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 126 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 4663294 - 4662990
Alignment:
Q  126 gatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaa 225  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| | ||||| ||||| |||| |||| | ||||||||||||||||||||||| || || ||||   ||||||| ||    
T  4663294 gatacaggtatgtttcgttattgggaaaatgattctcctcgttacttggagatagaatatccacaaagtgtatcaagtgattttgga---gatcatctaa 4663198  T
Q  226 actatttaaacaattccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaac 325  Q
    |||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  4663197 actatttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaaactgtatacttaactgcaagaaattatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaac 4663098  T
Q  326 ttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcag 425  Q
    |||||||||  | |||||||||  |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||  ||||||||||||||| | ||||||    
T  4663097 ttggaattttgaggttgattcttcttttacatacatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatatcataaataaaggtgatagaatgtttcag 4662998  T
Q  426 atatttat 433  Q
    || |||||    
T  4662997 atttttat 4662990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 35 - 469
Target Start/End: Original strand, 4815965 - 4816396
Alignment:
Q  35 tgacaacacggaataccaaattcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggt 134  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  4815965 tgacaacacggaataccaagttcttaacaacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggc 4816064  T
Q  135 atgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaa 234  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||| ||||| || |||   |||||||||| ||  | |  |    || | | ||  |||  ||    
T  4816065 atgtttcgtaattgggacaatgattctcctcgttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacac---ataacctaacatataaaa 4816161  T
Q  235 acaattccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaattt 334  Q
    |||||  |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  4816162 acaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaactt 4816261  T
Q  335 caaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatc 434  Q
      |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |  | ||||||||| |||||||||| || ||     
T  4816262 tgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttcata 4816361  T
Q  435 aatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgat 469  Q
     |||||| |||||||||||  |  |||||||||||    
T  4816362 gatgatagtttggctgaactttttgctgatgtgat 4816396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 33 - 491
Target Start/End: Original strand, 4783534 - 4783989
Alignment:
Q  33 tttgacaacacggaataccaaattcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacag 132  Q
    |||||||||||||| || ||| ||| |||| |||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4783534 tttgacaacacggattatcaagttcttaactacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacag 4783633  T
Q  133 gtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactattt 232  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||| ||||| || |||   |||||||||| ||  | |  |    || | | ||  |||      
T  4783634 gcatgtttcgtaattgggacaatgattctcctcgttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacac---ataacctaacatataa 4783730  T
Q  233 aaacaattccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 332  Q
    |||||||  |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||     
T  4783731 aaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaac 4783830  T
Q  333 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatattta 432  Q
    ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |  | ||||||||| |||||||||| || |    
T  4783831 tttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttca 4783930  T
Q  433 tcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctggtgctcctttg 491  Q
    |  |||||| ||||||||||||    ||||||||||| |  |||  |||||||||||||    
T  4783931 tagatgatagtttggctgaacatgctgctgatgtgataaggtggagtggtgctcctttg 4783989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 18 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 4864333 - 4863927
Alignment:
Q  18 ttgaaatcacttgactttgacaacacggaataccaaattcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||| |||||||||||| || || | ||| ||||||||||| || ||| ||| |||||||||||    
T  4864333 ttgaaatcacttgactttgacaacacgaactaccaagttcttaacgacaaagcgttagagacggtttatagagtcaatgtcggtgaaagtcaagttccac 4864234  T
Q  118 caaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtga 217  Q
    |     | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||||  |||||| || || |  |    |    
T  4864233 cgggtgatgatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaac---a 4864137  T
Q  218 tcatccaaactatttaaacaattccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattat 317  Q
    |||||  ||||||  ||||||  ||||||  || |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||  | |||  |||||||| ||     
T  4864136 tcatcttaactatgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtac 4864037  T
Q  318 aatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagag 417  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |  ||||||||||||||||    
T  4864036 aatgtaacttggaattttgaagttgattctaattttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatataacaaataaaggtgatagag 4863937  T
Q  418 tttttcagat 427  Q
      ||||||||    
T  4863936 cctttcagat 4863927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 47 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 4644089 - 4643848
Alignment:
Q  47 ataccaaattcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaat 146  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4644089 ataccaaattcttaatgacaaagctttggagatggtttatagagtcaacgttggtcgaattcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaat 4643990  T
Q  147 tgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaattccattc 246  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||| |||| ||| ||||||| | ||| ||||||| || ||||| |    |||||| |||||||||||| ||| ||||||    
T  4643989 tgggacaatgattatcctcgttacttggagaaacaatatccgctaagcgtatcaaatgattatgaa---catcatctaaactatttaaaaaatgccattc 4643893  T
Q  247 ccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagtt 291  Q
    | || |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||    
T  4643892 caaattacactgcaccagaagctgtttatttaactgcaagaagtt 4643848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 18 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 4673114 - 4672837
Alignment:
Q  18 ttgaaatcacttgactttgacaacacggaataccaaattcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccac 117  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  4673114 ttgaaatcacttgacttagacaacacggaataccaaattcataacgaaaaagctttggaaatggtttatagagtcaacgttggtgaaagtcaagttccac 4673015  T
Q  118 caaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtga 217  Q
    |     | ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |  |||| |||| ||| |||||||||  |||||||||| ||  |||   |   |    
T  4673014 cgggtgacgatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcatggttacttggagaaacaatatccacttagtgtatcaagtgagtat---atgca 4672918  T
Q  218 tcatccaaactatttaaacaattccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaat 298  Q
    |||||  |||| |||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  4672917 tcatctcaactttttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaagctgtttacgtaactgcaagaagttatggaat 4672837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 337 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 4647619 - 4647471
Alignment:
Q  337 aagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaa 436  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||   | ||| ||||||  |||||||| ||||||||| || |||||  |    
T  4647619 aagttgattctggttttacttatatggtaaggttac--ttttgtgagtttgattgacatataaagaattcaggtgatacagtttttcatatgtttataga 4647522  T
Q  437 tgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctggtgctcc 487  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4647521 tgatattttggctgaacattatgctgatgtgattgcatgggctggtgctcc 4647471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 318 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 4643785 - 4643673
Alignment:
Q  318 aatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagag 417  Q
    |||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |  ||||||||||||||||    
T  4643785 aatgtaacttggaattttgaggttgattctggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccggatataacaaataaaggtgatagag 4643686  T
Q  418 tttttcagatatt 430  Q
    | |||||||||||    
T  4643685 tctttcagatatt 4643673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 315 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 4672793 - 4672675
Alignment:
Q  315 tataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgata 414  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||  |||| ||||||||    
T  4672793 tataatgtaacttggaattttgaggttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgacaggcttatcattaatacaggtgata 4672694  T
Q  415 gagtttttcagatatttat 433  Q
    |||  |||||||| |||||    
T  4672693 gagcctttcagatttttat 4672675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 149; Significance: 2e-78; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 84 - 470
Target Start/End: Original strand, 18925492 - 18925875
Alignment:
Q  84 tatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaat 183  Q
    |||||||||| ||||||| | ||||||||||||| ||   | || ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| |||| |||| ||| |||    
T  18925492 tatagagtcagcgttggtgataatcaagttccacgaagtaatgacacaggtatgtttcgttattgggacaacgattttcctcgttacttggagaaacaat 18925591  T
Q  184 atccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaattccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgc 283  Q
    |||||| ||||||||||| || || |  |    || |||  |||||| |||||||| ||||||| || ||||| |||||||||| ||||||||| |||||    
T  18925592 atccactaagtgtatcaaatgattttacac---ataatctcaactatataaacaataccattccaaactacacggcaccagaagttgtatacttaactgc 18925688  T
Q  284 aagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgag 383  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||   ||||||||| ||||||| || |||||||| |||    
T  18925689 aagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttggaattttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcatttttgcgag 18925788  T
Q  384 tttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatt 470  Q
    ||||||  || ||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||||| ||||||||||| | | ||||||||||||    
T  18925789 tttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttcagatttttatagatgataatttggctgaacgaaatgctgatgtgatt 18925875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University