View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4898-Insertion-4 (Length: 773)

Name: NF4898-Insertion-4
Description: NF4898
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4898-Insertion-4
NF4898-Insertion-4
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (7-773)||(40182784-40183547)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 657; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 657; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 773
Target Start/End: Original strand, 40182784 - 40183547
Alignment:
Q  7 acttgtatcattagctactgcttcttctgca-ccattaatggatggctagacagatagatgtaaccaatttctaaacatcgattcccaaataattgctag 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  40182784 acttgtatcattagctactgcttcttctgcaaccattaatggatggctagacagatagatgtaaccaatttctaaacatcttttcccaaataattgctag 40182883  T
Q  106 gtagatagatgtaatggaaaagatgacaaatttagtagtagtgagtaagcatgacagactcggggttctagatttagcgtatcaccaatcaccattgtgc 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40182884 gtagatagatgtaatggaaaagatgacaaatttagtagtagtgagtaagcatgacagactcagggttctagatttagcgtatcaccaatcaccattgtgc 40182983  T
Q  206 tagttcatgtaatcttcctaaccttctcaaggtttgaaaaacagctcaacatttaaatcaaattaaatatcatgtgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctt 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   |||    
T  40182984 tagttcatgtaatcttcctaaccttctcaaggtttgaaaaacagctcaacatttaaatcaaattaaatatcatgtgtttaataataataataatgtactt 40183083  T
Q  306 gattgatattctatattgctgcttctgtttatataacatatccaccgaaaaagtttacacaatacagaggtagaatacaaggccaaatccaccacattaa 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||    
T  40183084 gattgatattctatattgctgcttctgtttat-taacatatccaccgaaaaagtttacacaatacagaggtagaatacaaggccaaatccac---attaa 40183179  T
Q  406 caataaacgttcaacctacaatttttacatcccaccttaattatttactatacattactcttatgtttaatatgccatcaccatttacagaccacattgt 505  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40183180 caataaacgctcaacctacaatttttacatcccaccttaattatttactatacattactcttatgtttaatatgccatcaccatttacagaccacattgt 40183279  T
Q  506 gcatgtagccctgtactaacaatgtagtttggcatgttgttgagccaatggcaatcctcaaatgaacaataaggtccacccttaggcctctcaacattca 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40183280 gcatgtagccctgtactaacaatgtagtttggcatgttgttgagccaatggcaatcctcaaatgaacaataaggtccacccttaggcatctcaacattca 40183379  T
Q  606 caggcttgatatatttgggtgaccaagcaggggttccatcttcataagaattatgagtcaatcttgttaaacccgaaccatccaacctcacggtgaatat 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  40183380 caggcttgatatatttgggtgaccaagcaggggttccatcttcataagaattatgagtcaatcttgttaaacccgaaccatccaacctcacggtaaatat 40183479  T
Q  706 ttcaccgtaaggttgataatgatgagggttagagattggctccgctgatattcctgcataatctgatg 773  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40183480 ttcaccgtaaggttgataatgatgagggttagagattggctccgctgatattcctgcataatctgatg 40183547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University