View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF4902-Insertion-1 (Length: 684)
Name: NF4902-Insertion-1
Description: NF4902
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4902-Insertion-1 |
 | |
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| [»] scaffold0608 (2 HSPs) |
| |
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| [»] chr1 (4 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0608 (Bit Score: 610; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0608
Description:
Target: scaffold0608; HSP #1
Raw Score: 610; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 3062 - 2384
Alignment:
| Q |
7 |
agctagggcaaataaccactgttgttatctcttcatcaacaatggccaaagaagtgcttctcaccaatgacaaattcttgtcaaataggactgttccaca |
106 |
Q |
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| T |
3062 |
agctagggcaaataaccactgttgttatctcttcatcaacaatggccaaacaagttcttctcaccaatgacaaattcttgtcaaataggactgttccaca |
2963 |
T |
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| Q |
107 |
atctgtgtcagttctcaaccatgaccaatatagtcttgcattcacacccatttcacctctttggaaggaattgagaaaaatatgcaacactcaattactt |
206 |
Q |
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| T |
2962 |
atctgtgtcagttctcaaccatgaccaatatagtcttgcattcacacccatttcacctctttggaaggaattgagaaaaatatgcaacactcaattactt |
2863 |
T |
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| Q |
207 |
tctcacaagagtcttgatgctagtcaagatgttaggcgaatgaaaattcaacaacttcttagtgatattcatcaaagcagccaaattggtgaatcaatag |
306 |
Q |
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| T |
2862 |
tctcataagagtcttgatgctagtcaagatgttaggcgcatgaaaattcgacaacttcttagtgatattcatcaaagcagtcaaattggtgaagcaatag |
2763 |
T |
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| Q |
307 |
acattggaacaatagtgttcaagactaccatcaatttattatcaaacactattttctctgtagatttgattcaatctaatggtgcagctggagagtttaa |
406 |
Q |
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| T |
2762 |
acattggaacaatagtgttcaagactaccatcaatttattatcaaacactattttctctgtagatttgattcaatctaatggtgcagctggagagtttaa |
2663 |
T |
|
| Q |
407 |
ggatttggcgaccgatattacaaaacttgcaggaacaccaaatgtggcaga-nnnnnnncctgtattgaagatgcttgatccacaaggcctaaaaagaag |
505 |
Q |
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| T |
2662 |
ggatttggcgacggatattacaaaacttgcaggaacaccaaatgtggcagattttttttcctgtattgaagatgcttgatccacaaggcctaaaaagaag |
2563 |
T |
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| Q |
506 |
acaaacaaaaaatgtaacaaaagtgttggacatctttggagacttgattaatcaacgtttggagaagagggaatgcacaagtgtagacacatgcaaagac |
605 |
Q |
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| T |
2562 |
acaaacaaaaaatgtaacaaaagtgttggacatctttggagacttgattaatcaacgtttggagaagagggaatgcacaagggtagacacatgcaaagac |
2463 |
T |
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| Q |
606 |
atgctagatgccatgctcaacatttctaaggataatgagtttatggacaaaaatatgatccaacatctatcacttgtaa |
684 |
Q |
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| T |
2462 |
atgctagatgccatgctcaatatttctaaggataatgagtttatggacaaaaatatgatccaacatctatcacttgtaa |
2384 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0608; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 291 - 684
Target Start/End: Original strand, 7578 - 7973
Alignment:
| Q |
291 |
attggtgaatcaatagacattggaacaatagtgttcaagactaccatcaatttattatcaaacactattttctctgtagatttgattcaatctaatggtg |
390 |
Q |
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| T |
7578 |
attggtgaagcaatagatattggaacaatagtgttcaagactaccatcaatttattatcaaacactattttctctgtagatttgattcaatctaatggtg |
7677 |
T |
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| Q |
391 |
cagctggagagtttaaggatttggcgaccgatattacaaaacttgcaggaacaccaaatgtggcagannnnnnn-cctgtattgaagatgcttgatccac |
489 |
Q |
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| T |
7678 |
cagctggagagtttaaggatttggcgaccgatattaccaaacttgcaggaacaccaaatgtggcagattttttttcctgtattgaatatgcttgatccac |
7777 |
T |
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| Q |
490 |
aaggcctaaaaagaagacaaacaaaaaat-gtaacaaaagtgttggacatctttggagacttgattaatcaacgtttggagaagagggaatgcacaagtg |
588 |
Q |
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| T |
7778 |
aaggcctaaaaagaagacaaacaaaaaatagtaagaaaagtgttagacatctttgaagacttgattaatcaacgtttgaagatgagggaaggcacatgtg |
7877 |
T |
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| Q |
589 |
tagacacatgcaaagacatgctagatgccatgctcaacatttctaaggataatgagtttatggacaaaaatatgatccaacatctatcacttgtaa |
684 |
Q |
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| T |
7878 |
tagacacatgcaaagacatgttagatgccatgctcaacatttctaagttgaatgagtttatggacaaaaatatgatacaccatctatcacttgtaa |
7973 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 573; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 573; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 11107623 - 11106946
Alignment:
| Q |
7 |
agctagggcaaataaccactgttgttatctcttcatcaacaatggccaaagaagtgcttctcaccaatgacaaattcttgtcaaataggactgttccaca |
106 |
Q |
| |
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|
|
| T |
11107623 |
agctagggcaaataaccactgttgttatctcttcatcaacaatggccaaacaagttcttctcaccaatgacaaattcttgtcaaataggactgttccaca |
11107524 |
T |
|
| Q |
107 |
atctgtgtcagttctcaaccatgaccaatatagtcttgcattcacacccatttcacctctttggaaggaattgagaaaaatatgcaacactcaattactt |
206 |
Q |
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| T |
11107523 |
atctgtgtcagttctcaaccatgaccaatatagtcttgcattcacacccatttcacctctttggaaggaattgagaaaaatatgcaacactcaattactt |
11107424 |
T |
|
| Q |
207 |
tctcacaagagtcttgatgctagtcaagatgttaggcgaatgaaaattcaacaacttcttagtgatattcatcaaagcagccaaattggtgaatcaatag |
306 |
Q |
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| T |
11107423 |
tctcataagagtcttgatgctagtcaagatgttaggcgcatgaaaattcgacaacttcttagtgatattcatcaaagcagtcaaattggtgaagcaatag |
11107324 |
T |
|
| Q |
307 |
acattggaacaatagtgttcaagactaccatcaatttattatcaaacactattttctctgtagatttgattcaatctaatggtgcagctggagagtttaa |
406 |
Q |
| |
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| T |
11107323 |
acattggaacaatagtgttcaagactaccatcaatttattatcaaacactattttctctgtagatttgattcaatctaatggtgcagctggagagtttaa |
11107224 |
T |
|
| Q |
407 |
ggatttggcgaccgatattacaaaacttgcaggaacaccaaatgtggcagannnnnnncctgtattgaagatgcttgatccacaaggcctaaaaagaaga |
506 |
Q |
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| T |
11107223 |
ggatttggcgaccgatattacaaaacttgcaggaacaccaaatgtggcagatttttttcctgtattgaatatgcttgatccacaaggcctaaaaagaaga |
11107124 |
T |
|
| Q |
507 |
caaacaaaaaatgtaacaaaagtgttggacatctttggagacttgattaatcaacgtttggagaagagggaatgcacaagtgtagacacatgcaaagaca |
606 |
Q |
| |
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| T |
11107123 |
caaacaaaaaatgtaagaaaagtgttagacatctttgaagacttgattaatcaacgtttgaagatgagggaaggcacatgtgtagacacatgcaaagaca |
11107024 |
T |
|
| Q |
607 |
tgctagatgccatgctcaacatttctaaggataatgagtttatggacaaaaatatgatccaacatctatcacttgtaa |
684 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |
|
|
| T |
11107023 |
tgttagatgccatgctcaacatttctaagttgaatgagtttatggacaaaaatatgatacaccatctatcacttgtaa |
11106946 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 291 - 684
Target Start/End: Original strand, 11112142 - 11112537
Alignment:
| Q |
291 |
attggtgaatcaatagacattggaacaatagtgttcaagactaccatcaatttattatcaaacactattttctctgtagatttgattcaatctaatggtg |
390 |
Q |
| |
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||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11112142 |
attggtgaagcaatagatattggaacaatagtgttcaagactaccatcaatttattatcaaacactattttctctgtagatttgattcaatctaatggtg |
11112241 |
T |
|
| Q |
391 |
cagctggagagtttaaggatttggcgaccgatattacaaaacttgcaggaacaccaaatgtggcagannnnnnncct-gtattgaagatgcttgatccac |
489 |
Q |
| |
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|
|
| T |
11112242 |
cagctggagagtttaaggatttggcgacggatattacaaaacttgcaggaacaccaaatgtggcagatttttttccttgtattgaagatgcttgatccac |
11112341 |
T |
|
| Q |
490 |
aaggcctaaaaagaagacaaa-caaaaaatgtaacaaaagtgttggacatctttggagacttgattaatcaacgtttggagaagagggaatgcacaagtg |
588 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
11112342 |
aaggcctaaaaagaagacaaaacaaaaaatgtaacaaaagtgttggacatctttggagacttgattaatcaacgtttggagaagagggaatgcacaaggg |
11112441 |
T |
|
| Q |
589 |
tagacacatgcaaagacatgctagatgccatgctcaacatttctaaggataatgagtttatggacaaaaatatgatccaacatctatcacttgtaa |
684 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11112442 |
tagacacatgcaaagacatgctagatgccatgctcaatatttctaaggataatgagtttatggacaaaaatatgatccaacatctatcacttgtaa |
11112537 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 684
Target Start/End: Original strand, 46926443 - 46927112
Alignment:
| Q |
15 |
caaataaccactgttgttatctcttcatcaacaatggccaaagaagtgcttctcaccaatgacaaattcttgtcaaataggactgttccacaatctgtgt |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||| ||||| || || || ||||||||||| ||||||||||| || | | || ||| |||||| |
|
|
| T |
46926443 |
caaataaccactattgttatctcctcagcaacaatggctaaagaggttctcctaaccaatgacaagttcttgtcaaagagaaacatacctcaaactgtgt |
46926542 |
T |
|
| Q |
115 |
cagttctcaaccatgaccaatatagtcttgcattcacacccatttcacctctttggaaggaattgagaaaaatatgcaacactcaattactttctcacaa |
214 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46926543 |
cagttctcaaccatgagcagtatagtcttgctttcatgcccatttcaccactttggaaggaattgagaaaaatatgcaacactcaattactttctcacaa |
46926642 |
T |
|
| Q |
215 |
gagtcttgatgctagtcaagatgttaggcgaatgaaaattcaacaacttcttagtgatattcatcaaagcagccaaattggtgaatcaatagacattgga |
314 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
46926643 |
gagtcttgatgccagccaagacgttaggcgtaaaaaaattcaacagcttctcaatgatatccatcaaagcagtaaaattggtgaagctattgacattgga |
46926742 |
T |
|
| Q |
315 |
acaatagtgttcaagactaccatcaatttattatcaaacactattttctctgtagatttgattcaatctaatggtgcagctggagagtttaaggatttgg |
414 |
Q |
| |
|
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|
| T |
46926743 |
acaatagtgttcaagactaccataaatttactatcaaacaccattttctctatggatttgattcactcaaatggtgcagcaggagaatttaaggatgtgg |
46926842 |
T |
|
| Q |
415 |
cgaccgatattacaaaacttgcaggaacaccaaatgtggcagannnnnnncctgtattgaagatgcttgatccacaaggcctaaaaagaagacaaacaaa |
514 |
Q |
| |
|
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| T |
46926843 |
tgacgaatataaccaaacttgctggaacaccaaatgtggctgatttttttcctgtattgaagttgcttgacccacaaggcctaaaaagaagacaaacaaa |
46926942 |
T |
|
| Q |
515 |
aaatgtaacaaaagtgttggacatctttggagacttgattaatcaacgtttggagaagagggaatgcacaagtgtagacacatgcaaagacatgctagat |
614 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
46926943 |
aaatgttgggaaattgttagacatctttgaagacttggttaaccaacgtttggaaatgagggaaggcacaagtgtagacaccaataaagacatgttagat |
46927042 |
T |
|
| Q |
615 |
gccatgctcaacatttctaaggataatgagtttatggacaaaaatatgatccaacatctatcacttgtaa |
684 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
46927043 |
gccatgcttaacatttccaaggagaatgagtttatggacaaaaatatgattcaacatctatcacatgtaa |
46927112 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 60 - 683
Target Start/End: Original strand, 46933353 - 46933976
Alignment:
| Q |
60 |
gtgcttctcaccaatgacaaattcttgtcaaataggactgttccacaatctgtgtcagttctcaaccatgaccaatatagtcttgcattcacacccattt |
159 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||| | |||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| |||| ||| || |
|
|
| T |
46933353 |
gtgcttctgaccaatgaccagttcttgtctaatagaaccattccacaatctgtgtcggttctcaaccacgagcattatagtcttgctttcataccagttg |
46933452 |
T |
|
| Q |
160 |
cacctctttggaaggaattgagaaaaatatgcaacactcaattactttctcacaagagtcttgatgctagtcaagatgttaggcgaatgaaaattcaaca |
259 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || | |||||| ||||| |
|
|
| T |
46933453 |
cacctctttggaaggaattgagaaaaatatgcaacactcaattattttctcacaagactcttgatgctagtcaagatgttagacgcaagaaaatgcaaca |
46933552 |
T |
|
| Q |
260 |
acttcttagtgatattcatcaaagcagccaaattggtgaatcaatagacattggaacaatagtgttcaagactaccatcaatttattatcaaacactatt |
359 |
Q |
| |
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||||| | |||||| |||||||||| ||||| |||||| ||||||| || |||||| ||| |||||||| ||||| ||| | || |||||||| ||| |
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|
| T |
46933553 |
gcttctcaatgatatcaatcaaagcagtcaaatcggtgaagcaatagatatcggaacagcagttttcaagaccaccataaatctgttgtcaaacacaatt |
46933652 |
T |
|
| Q |
360 |
ttctctgtagatttgattcaatctaatggtgcagctggagagtttaaggatttggcgaccgatattacaaaacttgcaggaacaccaaatgtggcagann |
459 |
Q |
| |
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|||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||| | || | |||||||||||||| |
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|
| T |
46933653 |
ttctctgtggatttgattcagtctaatggtgaagcaggagagttcaaggacttggtgactaatattacaaaactcgttggctcgccaaatgtggcagatt |
46933752 |
T |
|
| Q |
460 |
nnnnncctgtattgaagatgcttgatccacaaggcctaaaaagaagacaaacaaaaaatgtaacaaaagtgttggacatctttggagacttgattaatca |
559 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| |||| ||||||| |||||||| || ||||||| ||||||| |||| || |
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| T |
46933753 |
tttttcctatattgaagatgcttgacccacaaggcgtaaaaagaaaacaagcaaagaatgtaaggaaagtgttagatatctttgaagacttggttaacca |
46933852 |
T |
|
| Q |
560 |
acgtttggagaagagggaatgcacaagtgtagacacatgcaaagacatgctagatgccatgctcaacatttctaaggataatgagtttatggacaaaaat |
659 |
Q |
| |
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|
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| T |
46933853 |
acgtttgaaggtgagggaagccaacggtgtagacaccaacaaagacatgttagatgccatgctcaacatttccaaagataacgagtttatggacaaaaac |
46933952 |
T |
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| Q |
660 |
atgatccaacatctatcacttgta |
683 |
Q |
| |
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| T |
46933953 |
atgatccaacatctatcacatgta |
46933976 |
T |
|
Back To:
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