View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4904-Insertion-1 (Length: 895)
Name: NF4904-Insertion-1
Description: NF4904
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4904-Insertion-1 |
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| [»] chr4 (4 HSPs) |
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| [»] scaffold0581 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 822; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 822; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 895
Target Start/End: Original strand, 25616247 - 25617136
Alignment:
| Q |
6 |
caagaatggcttagagaaaccatgcttcaagaaaaagcaagaagctgttgcagccccaattgtggccaagagaaagaggggtagaccaagaagaaatcct |
105 |
Q |
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| T |
25616247 |
caagaatggcttagagaaaccatgcttcaagaaaaagcaagaagtcgttgcagccccaattgtggccaagagaaagaggggtagaccaagaagaaatcct |
25616346 |
T |
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| Q |
106 |
gctggtgtagaggaagaaaaggaagaagctgcaccaacaattgtggctaagacaaagatggtacaaagaaaatatccctcgagagtatgcgttagnnnnn |
205 |
Q |
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| T |
25616347 |
gctggtgtagaggaagaaaaggaagaagctgcaccaacaattgtggctaagacaaagatggtacaaagaaaatatccctcgagagtatgtgttagaaaag |
25616446 |
T |
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| Q |
206 |
nnngggcagagactttagctacaattgtgacaaagaagggtataccaaggaaaaatcctgctcctctttctgttattttagtagactgatataacaaata |
305 |
Q |
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| T |
25616447 |
aaaaggcagagacgttagctacaattgtgacaaagaagggtataccaagaaaaaatcctgctcctctttctgttattttagtagactgatataacaaata |
25616546 |
T |
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| Q |
306 |
tatgttatctgttatatatatgctcagattgaaatagatactgaaattaattaagagtatgtttaagaacaatccatgtatcggagttaatcatcaggat |
405 |
Q |
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| T |
25616547 |
tatgttatctgttatatatatgctcagattgaaatagatactgaaattaattaagagtatgtttaagaacaatccatgtatcggagttagttatcaggat |
25616646 |
T |
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| Q |
406 |
ttatgtagctgttatgattgatgatgctttagtggttgcatggtatgtgaatgatactgcattagacatcaaagtagatggtaccgggttttctaattgt |
505 |
Q |
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| T |
25616647 |
ttatgtagctgttatgattgatgatgctttagtggttgcatggtatgtgaatgatactgcattagacatcaaagtagatggtaccgggttttctaattgt |
25616746 |
T |
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| Q |
506 |
ttctggatttcattggtaaaattccaattagttaatagatataaatgagtttattgcacgaatgcttccaaaaacctaaaactatctctcggcaaggcct |
605 |
Q |
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| T |
25616747 |
ttctggatttcattggtgaaattccaattagttaatagatataaatgagtttattgcacgaatgcttccaaaaacctaaaactatctctcggcaaggcct |
25616846 |
T |
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| Q |
606 |
aacaatgatattatttatcttatcaacatgattataatcccaaataagctttaacaatactataactctctatggagtgtttgatcatacttgaatactc |
705 |
Q |
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| T |
25616847 |
aacaatgatattatttatcttatcaacatgattataatcccaaataagctttaacaatactataactctctatggagtgtttgatcatacttgaatactc |
25616946 |
T |
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| Q |
706 |
tattgtagtgtgggtagtaaaatggtttctgatctataaaatcatcatcattgtcacttttacagtatgatttgtgtccaaaatgaggttgataagatca |
805 |
Q |
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| T |
25616947 |
tattgtagtgtgggtagtaaaatggtttctgatctataaaatcatcatcattgtcacttttacagtatgatttgtgtccaaaatgaggttgataagatca |
25617046 |
T |
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| Q |
806 |
taacatcttttttgcacctcacacatttgaacctagcttaagcatagcaagtgagtcaaatacattgctttcatccgtcttttgcatcga |
895 |
Q |
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| T |
25617047 |
taacatcttttttgcacctcacacatttgaacctagcttaagcatagcaagtgagtcaaatacattgcttttatccgttttttgcatcga |
25617136 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 310 - 458
Target Start/End: Original strand, 25611124 - 25611271
Alignment:
| Q |
310 |
ttatctgttatatatatgctcagattgaaatagatactgaaattaattaagagtatgtttaagaacaatccatgtatcggagttaatcatcaggatttat |
409 |
Q |
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| T |
25611124 |
ttatctgttatatatatgatcagattgaaatagatactgagattaattaa-agtatgcttaacaacaatccatatattggagttagttattaggatttat |
25611222 |
T |
|
| Q |
410 |
gtagctgttatgattgatgatgctttagtggttgcatggtatgtgaatg |
458 |
Q |
| |
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|
| T |
25611223 |
gtagctgttatgattgatgttgtttttatggttgcattgtatgtgaatg |
25611271 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 729 - 804
Target Start/End: Original strand, 13299015 - 13299090
Alignment:
| Q |
729 |
ggtttctgatctataaaatcatcatcattgtcacttttacagtatgatttgtgtccaaaatgaggttgataagatc |
804 |
Q |
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| T |
13299015 |
ggtttctgatctttaaaatcaccatcgctgtcacttttgcagtatgctttgtgcccacaaagagcttgataagatc |
13299090 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 716 - 844
Target Start/End: Original strand, 13261127 - 13261254
Alignment:
| Q |
716 |
tgggtagtaaaatggtttctgatctataaaatcatcatcattgtcacttttacagtatgatttgtgtccaaaatgaggttgataagatcataacatcttt |
815 |
Q |
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| T |
13261127 |
tgggcagtgaaaaggtttctgatctattaaatcaccatcattgtctcttttgcagtatactctgtgcccaccaagagcttgataagatcggaacat-ttt |
13261225 |
T |
|
| Q |
816 |
tttgcacctcacacatttgaacctagctt |
844 |
Q |
| |
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| ||||||| |||| |||||||| |||| |
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| T |
13261226 |
tccgcacctctcacagttgaacctggctt |
13261254 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0581 (Bit Score: 542; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0581
Description:
Target: scaffold0581; HSP #1
Raw Score: 542; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 318 - 895
Target Start/End: Complemental strand, 6356 - 5779
Alignment:
| Q |
318 |
tatatatatgctcagattgaaatagatactgaaattaattaagagtatgtttaagaacaatccatgtatcggagttaatcatcaggatttatgtagctgt |
417 |
Q |
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|
| T |
6356 |
tatatatatgctcagattgaaatagatactgaaattaattaagagtatgtttaagaacaatccatgtatcggagttaattatcaggatttatgcagctgt |
6257 |
T |
|
| Q |
418 |
tatgattgatgatgctttagtggttgcatggtatgtgaatgatactgcattagacatcaaagtagatggtaccgggttttctaattgtttctggatttca |
517 |
Q |
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| T |
6256 |
tatgattgatgatgctttagtggttacatggtatgtgaatgatactgcattagacatcaaagtagatggtaccgggtttactaattgtttctggatttca |
6157 |
T |
|
| Q |
518 |
ttggtaaaattccaattagttaatagatataaatgagtttattgcacgaatgcttccaaaaacctaaaactatctctcggcaaggcctaacaatgatatt |
617 |
Q |
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| T |
6156 |
ttggtgaaattccaattagttaatagatataaatgagtttattgcacgaatgcttccaaaaacctaaaactatctctcggcaaggcctaacaatgatatt |
6057 |
T |
|
| Q |
618 |
atttatcttatcaacatgattataatcccaaataagctttaacaatactataactctctatggagtgtttgatcatacttgaatactctattgtagtgtg |
717 |
Q |
| |
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| T |
6056 |
atttatcttatcaacatgattataatcccaaataagctttaacaatactataactctctatggagtgtttgatcatacttgaatactctattgtagtgtg |
5957 |
T |
|
| Q |
718 |
ggtagtaaaatggtttctgatctataaaatcatcatcattgtcacttttacagtatgatttgtgtccaaaatgaggttgataagatcataacatcttttt |
817 |
Q |
| |
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| T |
5956 |
ggtagtaaaatggtttctgatctataaaatcatcattattgtcacttttacagtatgatttgtgtccaaaatgaggttgataagatcataacatcttttt |
5857 |
T |
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| Q |
818 |
tgcacctcacacatttgaacctagcttaagcatagcaagtgagtcaaatacattgctttcatccgtcttttgcatcga |
895 |
Q |
| |
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| T |
5856 |
tgcacctcacacatttgaacctagcttaagcatagcaagtgagtcaaatacattgcttttatctgttttttgcatcga |
5779 |
T |
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