View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4904-Insertion-2 (Length: 684)

Name: NF4904-Insertion-2
Description: NF4904
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4904-Insertion-2
NF4904-Insertion-2
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (8-684)||(30302630-30303302)
chr7 (8-684)||(30289946-30290613)
chr7 (95-684)||(30313584-30314171)
chr7 (8-684)||(30297441-30298118)
chr7 (95-420)||(30285077-30285399)
chr7 (548-684)||(30285513-30285649)
chr7 (25-61)||(30313510-30313546)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (229-408)||(46808707-46808886)
chr1 (549-635)||(46809021-46809107)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 578; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 578; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 684
Target Start/End: Original strand, 30302630 - 30303302
Alignment:
Q  8 catatagataccatttctatagttataaatagtaccctttgatctcaatactcactcatctctcatcatataaagtgaaaataattcaaatcattatggc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30302630 catatagataccatttctatagttataaatagtaccctttgatctcaatactcactcatctctcatcatataaagtgaaaataattcaaatcattatggc 30302729  T
Q  108 aatcaaagctccatttcaacttttcatgctgctgggaannnnnnncctagcctcagtttgtgtctcttctaaagacgatcaacacgatcaagagaaccct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30302730 aatcaaagctccatttcaacttttcatgctgctgggaatttttttcctagcctcagtttgtgtctcttctaaagacgatcaacacgatcaagagaaccct 30302829  T
Q  208 tttttctttaatgctaaccgtttccaaactctttttgaaaacgaaaatggtcacattcgtctccttcaaaggttcgacaaacgttcaaaaatatttgaga 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30302830 tttttctttaatgctaaccgtttccaaactctttttgaaaatgaaaatggtcacattcgtctccttcaaaggttcgacaaacgttcaaaaatatttgaga 30302929  T
Q  308 atctccaaaactatcgacttttggaatatcactccaaaccccacaccctctttcttccacaacacaatgatgcggactttatccttgcagtccttagtgg 407  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  30302930 atctccaaaactatcgccttttggaataccactccaaacctcacactctctttcttccacaacacaatgatgctgacttcatccttgcagtccttagtgg 30303029  T
Q  408 taattaatcatttatcaatttattaccttacaagttagtttcgtagttttatttgtatggatatataaaatagcatttcttatcttacaagttagtttgg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| |    
T  30303030 taattaatcatttatcaatttattaccttacaagttagtttcgtagttttatttgtat---tata-aaaatataatttcttatcttacaagttagttttg 30303125  T
Q  508 taataataagtttaaaataatatttaactttaattgtaatttgcagggaaagccatactcacggtgttgaacccaaacaatagaaactccttcaaccttg 607  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30303126 taaaaataagtttaaaataatatttaactttaattttaatttgcagggaaagccatactcacggtgttgaacccaaacaatagaaactccttcaaccttg 30303225  T
Q  608 aacgtggtgataccatcaaactccctgctggcagcattgcttatttagctaaccgagatgacaaccaggaccttaga 684  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30303226 aacgtggtgataccatcaaactccctgccggcagcattgcttatttggctaaccgagatgacaaccaggaccttaga 30303302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 433; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 684
Target Start/End: Original strand, 30289946 - 30290613
Alignment:
Q  8 catatagataccatttctatagttataaatagtaccctttgatctcaatactcactcatctctcatcatat-aaagtgaaaataattcaaatcattatgg 106  Q
    ||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30289946 catatagctaccatttctaaagctataaatagtaccctttcatctcaatactcactcatctctcatcatatcaaagtgaaaataattcaaatcattatgg 30290045  T
Q  107 caatcaaagctccatttcaacttttcatgctgctgggaannnnnnncctagcctcagtttgtgtctcttctaaagacgatcaacacgatcaagagaaccc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||    ||||||||||||||    
T  30290046 caatcaaagctccatttcaacttttgatgctgctgggaatttttttcctagcctcagtttgtgtctcttctagatccgatcat---gatcaagagaaccc 30290142  T
Q  207 ttttttctttaatgctaaccgtttccaaactctttttgaaaacgaaaatggtcacattcgtctccttcaaaggttcgacaaacgttcaaaaatatttgag 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||     
T  30290143 ttttttctttaatgctaaccgtttccaaactctttttgaaaacgaaaatggtcacattcgtctccttcaaagattcgacaaacgctccaaaatatttgaa 30290242  T
Q  307 aatctccaaaactatcgacttttggaatatcactccaaaccccacaccctctttcttccacaacacaatgatgcggactttatccttgcagtccttagtg 406  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  30290243 aatctccaaaactaccgtcttttggaatatcactccaaacctcacaccctctttcttccacaacacaatgatgctgactttatccttgcagtgcttagtg 30290342  T
Q  407 gtaattaatcatttatcaatttattaccttacaagttagtttcgtagttttatttgtatggatatat-aaaatagcatttcttatcttacaagttagttt 505  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||| |||| || |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  30290343 gtaattaaacatttatcaa-ttattaccttacaagttagtttcgaag-tttagttgtttgtatatataaaaatatcatttcttaccttacaagttagttt 30290440  T
Q  506 ggtaataataagtttaaaataatatttaactttaattgtaatttgcagggaaagccatactcacggtgttgaacccaaacaatagaaactccttcaacct 605  Q
     |||  |||||||||||||| |||||||||||      ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||    
T  30290441 tgtaggaataagtttaaaattatatttaactt------taattcgcagggaaagctatactcactgtgttgaacccgaacgacagaaactccttcaacct 30290534  T
Q  606 tgaacgtggtgataccatcaaactccctgctggcagcattgcttatttagctaaccgagatgacaaccaggaccttaga 684  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  30290535 tgaacgtggtgataccatcaaactccctgccggcagcattgcttatttggctaaccgagctgacaacgaggaccttaga 30290613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 95 - 684
Target Start/End: Original strand, 30313584 - 30314171
Alignment:
Q  95 aaatcattatggcaatcaaagctccatttcaacttttcatgctgctgggaannnnnnncctagcctcagtttgtgtctcttctaaagacgatcaacacga 194  Q
    |||||| |||||||||||||||||| | |  |||||| |||||||| ||||       |||||||||||||||||||||||||| |   ||||||   ||    
T  30313584 aaatcaatatggcaatcaaagctccttcttcacttttgatgctgcttggaactgttttcctagcctcagtttgtgtctcttctagatctgatcaa---ga 30313680  T
Q  195 tcaagagaacccttttttctttaatgctaaccgtttccaaactctttttgaaaacgaaaatggtcacattcgtctccttcaaaggttcgacaaacgttca 294  Q
    ||| |||||||| ||| |||||||  ||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||     
T  30313681 tcaggagaacccctttatctttaactctaacaggtttcaaactctttttgagaacgaaaatggtcacattcggcttctccaaaggtttgacaaacgttcc 30313780  T
Q  295 aaaatatttgagaatctccaaaactatcgacttttggaatatcactccaaaccccacaccctctttcttccacaacacaatgatgcggactttatccttg 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||    
T  30313781 aaaatatttgagaatctccaaaactatcgacttttggaatatcactccaaacctcacaccctctttcttccacaacacaatgatgctgacttcattcttg 30313880  T
Q  395 cagtccttagtggtaattaatcatttatcaatttattaccttacaagttagtttcgtagttttatttgtatggatatat-aaaatagcatttcttatctt 493  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30313881 cagtccttagtggtaattaatcatttatcaatttattaccttacaagttagtttcatagttttatttgtatggatatataaaaatagcatttcttatctt 30313980  T
Q  494 acaagttagtttggtaataataagtttaaaataatatttaactttaattgtaatttgcagggaaagccatactcacggtgttgaacccaaacaatagaaa 593  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30313981 acaagttagtttggtaagaataagtttaaaataatatttaactttaattgtaatttgcagggaaagccatactcacggtgttgaacccaaacaatagaaa 30314080  T
Q  594 ctccttcaaccttgaacgtggtgataccatcaaactccctgctggcagcattgcttatttagctaaccgagatgacaaccaggaccttaga 684  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30314081 ctccttcaaccttgaacgtggtgataccatcaaactccctgctggcagcattgcttatttggctaaccgagatgacaaccaggaccttaga 30314171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 684
Target Start/End: Original strand, 30297441 - 30298118
Alignment:
Q  8 catatagataccatttctatagttataaatagtaccctttgatctcaatactcactcatctc-----tcatcatat-aaagtgaaaataattcaaatcat 101  Q
    ||||||| ||||||||||||   ||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||     ||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  30297441 catatagctaccatttctattcctataaata---ccctttgatctcaatactccctcatctcatctctcatcatagcaaagtgaaaataattcaaatcat 30297537  T
Q  102 tatggcaatcaaagctccatttcaacttttcatgctgctgggaannnnnnncctagcctcagtttgtgtctcttctaaagacgatcaacacgatcaagag 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||       ||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  30297538 tatggcaatcaaagctccatttcaacttttgatgctgctgggaatttttttcctggcctcagtttgtgtatcttctagagatgatcgacacgatcaagag 30297637  T
Q  202 aacccttttttctttaatgctaaccgtttccaaactctttttgaaaacgaaaatggtcacattcgtctccttcaaaggttcgacaaacgttcaaaaatat 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||    
T  30297638 aacccttttttctttaatgctaaccatttccaaactctttttgagaacgaaaatggtcacattcgtctcctccaaaggtttgacaaacgttccaaaatat 30297737  T
Q  302 ttgagaatctccaaaactatcgacttttggaatatcactccaaaccccacaccctctttcttccacaacacaatgatgcggactttatccttgcagtcct 401  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||    
T  30297738 ttgagaatcttcaaaactatcgccttttggaatatcactccaaacctcacactctctttcttccacaacacaatgatgctgacttcatccttgcagtgct 30297837  T
Q  402 tagtggtaattaatcatttatcaatttattaccttacaagttagtttcgtagttttatttgtatggatatat-aaaatagcatttcttatcttacaagtt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  30297838 tagtggtaattaatcatttatcaatttattatcttacaagttagttttgtagttttatttgtttgaatatataaaaatatcatttcttatcttacaagtt 30297937  T
Q  501 agtttggtaataataagtttaaaataatatttaactttaattgtaatttgcagggaaagccatactcacggtgttgaacccaaacaatagaaactccttc 600  Q
    | ||| |||| ||||||||| |   ||   | || ||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  30297938 acttttgtaagaataagtttgattaaa---tgaaatttaactttaatttgcagggaaagccatactcaccgtgttgaacccagacaacagaaactccttc 30298034  T
Q  601 aaccttgaacgtggtgataccatcaaactccctgctggcagcattgcttatttagctaaccgagatgacaaccaggaccttaga 684  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  30298035 aaccttgaacgcggtgatactatcaaactccctgccggcagcattgcttatttggctaaccgagatgacaatgaggatcttaga 30298118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 95 - 420
Target Start/End: Original strand, 30285077 - 30285399
Alignment:
Q  95 aaatcattatggcaatcaaagctccatttcaacttttcatgctgctgggaannnnnnncctagcctcagtttgtgtctcttctaaagacgatcaacacga 194  Q
    |||||| |||||||||||||||||| | |  |||||| |||||||| ||||       |||||||||| ||||||||||||||| |   ||||||   ||    
T  30285077 aaatcaatatggcaatcaaagctccttgttcacttttgatgctgcttggaattgtattcctagcctcaatttgtgtctcttctagatctgatcaa---ga 30285173  T
Q  195 tcaagagaacccttttttctttaatgctaaccgtttccaaactctttttgaaaacgaaaatggtcacattcgtctccttcaaaggttcgacaaacgttca 294  Q
    ||| |||||||| ||| |||||||  ||||| | || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||     
T  30285174 tcaggagaacccctttatctttaactctaacaggtttcaaactctttttgagaatgaaaatggtcacattcgtctcctccaaaggtttgacaaacgttcc 30285273  T
Q  295 aaaatatttgagaatctccaaaactatcgacttttggaatatcactccaaaccccacaccctctttcttccacaacacaatgatgcggactttatccttg 394  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||    
T  30285274 aaaatatttgaaaatcttcaaaactaccgactcttggaatatcactccaaacctcacaccctctttcttccacaacacaatgatgctgacttcattcttg 30285373  T
Q  395 cagtccttagtggtaattaatcattt 420  Q
     |||| ||||||||||||||| ||||    
T  30285374 tagtcgttagtggtaattaattattt 30285399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 548 - 684
Target Start/End: Original strand, 30285513 - 30285649
Alignment:
Q  548 ttgcagggaaagccatactcacggtgttgaacccaaacaatagaaactccttcaaccttgaacgtggtgataccatcaaactccctgctggcagcattgc 647  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | |||     
T  30285513 ttgcagggaaagccatactgacggtgttgaaccccaacaatagaaactccttcaaccttgagcgtggtgataccatcaaactccctgctggaacccttgg 30285612  T
Q  648 ttatttagctaaccgagatgacaaccaggaccttaga 684  Q
    ||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  30285613 ttacttggctaaccgagatgacaacaaggatcttaga 30285649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 61
Target Start/End: Original strand, 30313510 - 30313546
Alignment:
Q  25 tatagttataaatagtaccctttgatctcaatactca 61  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30313510 tatagctataaatagtaccctttgatctcaacactca 30313546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 229 - 408
Target Start/End: Original strand, 46808707 - 46808886
Alignment:
Q  229 ttccaaactctttttgaaaacgaaaatggtcacattcgtctccttcaaaggttcgacaaacgttcaaaaatatttgagaatctccaaaactatcgacttt 328  Q
    |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||  ||||| | ||| |  ||||||| || ||||    
T  46808707 ttccaaacactctttgagaacgaaaatggtcacattcgtctcatccaaaggtttgacaaacgttcaaacttatttcaaaatttaaaaaactaccgtcttt 46808806  T
Q  329 tggaatatcactccaaaccccacaccctctttcttccacaacacaatgatgcggactttatccttgcagtccttagtggt 408  Q
    |||| ||     |||||||||||||| |||| || || || |||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  46808807 tggagtacagagccaaaccccacaccatcttcctcccccaccacactgatgccgactttatccttgtagtcctcagtggt 46808886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 549 - 635
Target Start/End: Original strand, 46809021 - 46809107
Alignment:
Q  549 tgcagggaaagccatactcacggtgttgaacccaaacaatagaaactccttcaaccttgaacgtggtgataccatcaaactccctgc 635  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| ||  | |||||||||||||| || |||||||| |  |||||||| || |||||||||||    
T  46809021 tgcagggaaagccatacttactgtgttaaattccaacaatagaaactcgtttaaccttgagcaaggtgatactattaaactccctgc 46809107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University