View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4911-Insertion-3 (Length: 501)

Name: NF4911-Insertion-3
Description: NF4911
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4911-Insertion-3
NF4911-Insertion-3
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (39-447)||(2799126-2799534)
chr3 (43-447)||(2770829-2771233)
chr3 (43-447)||(2792083-2792487)
chr3 (51-368)||(2750772-2751089)
chr3 (47-447)||(2760987-2761387)
chr3 (53-312)||(2820339-2820598)
chr3 (69-384)||(2836631-2836946)
chr3 (452-501)||(2799588-2799637)
chr3 (69-264)||(5414680-5414875)
chr3 (452-501)||(2771287-2771336)
chr3 (159-424)||(2853801-2854066)
chr3 (114-391)||(2809107-2809384)
chr3 (452-501)||(2792541-2792590)
chr3 (7-35)||(2799065-2799093)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (47-447)||(4117-4517)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (74-425)||(11115753-11116102)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 447
Target Start/End: Original strand, 2799126 - 2799534
Alignment:
Q  39 actttatatcatccccaccccaacttcagtggctacatttgaaaggtagactacagaagttgcccgattggattgcaaaacttgagtgtcttgttaaggt 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2799126 actttatatcatccccaccccaacttcagcggctacatttgaaaggtagactacagaagttgcccgattggattgcaaaacttgagtgtctcgttaaggt 2799225  T
Q  139 aaagctgagcttttctatgttgaaatatgatccattgcagtcactgcaaaacttaccgaatcttctcaatctctgtttgtgggacaattgctatgatggt 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2799226 aaagctgagcttttctatgttgaaatatgatccattgcagtcactgcaaaacttaccgaatcttctcaatctctgtttgtgggacaattgctatgatggt 2799325  T
Q  239 gaaatttttcattttcgaaatggagggtttctaaaattgaacacactgaacctccgacacttgaatagaataaattccatcattattgagaatggaactt 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2799326 gaaatttttcattttcgaaatggagggtttctaaaattgaacacactgaaccttcgacacttgaatagaataaattccatcattattgagaatggaactt 2799425  T
Q  339 tgctatctcttgaacatcttacactggaaaaaatcccccagctgaaagaggtagccattggcataaagcacatgcataaactcaaagatatttacttcac 438  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2799426 tgctatctcttgaacatcttacactggaaaaaatcccccagctgaaggaggtacccattggcataaagcacatgcataaactcaaagatatttacttcac 2799525  T
Q  439 tgatatgcc 447  Q
    |||||||||    
T  2799526 tgatatgcc 2799534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 43 - 447
Target Start/End: Original strand, 2770829 - 2771233
Alignment:
Q  43 tatatcatccccaccccaacttcagtggctacatttgaaaggtagactacagaagttgcccgattggattgcaaaacttgagtgtcttgttaaggtaaag 142  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| |||||||||||||      
T  2770829 tatatcatccccaccccaacttctgcggctacatttgaaagctagactacagaagttgcctgattggattccagaacttgagtgccttgttaaggtaaga 2770928  T
Q  143 ctgagcttttctatgttgaaatatgatccattgcagtcactgcaaaacttaccgaatcttctcaatctctgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaa 242  Q
    ||||| ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||  | | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2770929 ctgagtttttctatgttgaaagataatccactgcagtcactgaaaaacatgccgaatctggtgagtctttgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaa 2771028  T
Q  243 tttttcattttcgaaatggagggtttctaaaattgaacacactgaacctccgacacttgaatagaataaattccatcattattgagaatggaactttgct 342  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||   |||||||| | | || |||||  |||||||  |||||| ||||||    
T  2771029 tttttcattttcaaaatggagggtttctaaaattgatgacactgaatctccgttgcttgaataaagttaactccattgttattgaccatggaaatttgct 2771128  T
Q  343 atctcttgaacatcttacactggaaaaaatcccccagctgaaagaggtagccattggcataaagcacatgcataaactcaaagatatttacttcactgat 442  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| || ||||||| || | |||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  2771129 ctctcttgaacatcttacactggaaaaaatcccccaactgaaggaggtaccctttggcatcaaactcatgcataaactcaaagatattcacatcactgat 2771228  T
Q  443 atgcc 447  Q
    |||||    
T  2771229 atgcc 2771233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 43 - 447
Target Start/End: Original strand, 2792083 - 2792487
Alignment:
Q  43 tatatcatccccaccccaacttcagtggctacatttgaaaggtagactacagaagttgcccgattggattgcaaaacttgagtgtcttgttaaggtaaag 142  Q
    |||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| || |||||||||| |||||||||||||      
T  2792083 tatatcatcccctccccaacttctgcggctacatttgaaagctagactacaaaagttgcctgattggattccagaacttgagtgccttgttaaggtaaga 2792182  T
Q  143 ctgagcttttctatgttgaaatatgatccattgcagtcactgcaaaacttaccgaatcttctcaatctctgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaa 242  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||  | | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2792183 ctgagtttttctatgttgaactatgatccactgcagtcactcaaaaacttgccgaatctggttagtctttgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaa 2792282  T
Q  243 tttttcattttcgaaatggagggtttctaaaattgaacacactgaacctccgacacttgaatagaataaattccatcattattgagaatggaactttgct 342  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||  ||||||||||||||   |||| ||| | |||| ||  |  ||||||| |||||||| |||||    
T  2792283 tttttcattttcaaaatggagggtttcttaaactgatgacactgaacctccgttgcttgtataaagtaaactcggttgttattgacaatggaaccttgct 2792382  T
Q  343 atctcttgaacatcttacactggaaaaaatcccccagctgaaagaggtagccattggcataaagcacatgcataaactcaaagatatttacttcactgat 442  Q
     ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||  |||||| || | |||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  2792383 ctctctcgaacatcttactctggaaaaaatcccccaactgaaggcggtaccctctggcatcaaactcatgcataaactcaaagatattcacgtcactgat 2792482  T
Q  443 atgcc 447  Q
    |||||    
T  2792483 atgcc 2792487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 51 - 368
Target Start/End: Original strand, 2750772 - 2751089
Alignment:
Q  51 ccccaccccaacttcagtggctacatttgaaaggtagactacagaagttgcccgattggattgcaaaacttgagtgtcttgttaaggtaaagctgagctt 150  Q
    |||||||  |||||||  |||| |||||||||| ||||||| ||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||| || |    ||| ||||    
T  2750772 ccccaccaaaacttcaacggctccatttgaaagctagactagagaagtttcctgattggattccaaaatttgagtgtcttgttcagatttgtctg-gctt 2750870  T
Q  151 t-tctatgttgaaatatgatccattgcagtcactgcaaaacttaccgaatcttctcaatctctgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaatttttca 249  Q
    | || | | ||||| ||||||| |||||||||||| |||| || || |||||||| || |||  ||||| ||| |||  || ||||||||||||||| ||    
T  2750871 tatccaagctgaaagatgatccgttgcagtcactgaaaaatttgccaaatcttctgaagctcaatttgttggagaatgcctttgatggtgaaattttgca 2750970  T
Q  250 ttttcgaaatggagggtttctaaaattgaacacactgaacctccgacacttgaatagaataaattccatcattattgagaatggaactttgctatctctt 349  Q
    ||||| ||||||||| |||| || ||||||   |||||  ||| | ||||||||||||  |||||| ||| |||| ||||| ||| ||||||| ||||||    
T  2750971 ttttcaaaatggaggatttcaaatattgaaagaactgattctcagtcacttgaatagaccaaattctatccttatagagaaaggagctttgctctctctt 2751070  T
Q  350 gaacatcttacactggaaa 368  Q
    ||| |||||| | ||||||    
T  2751071 gaaaatcttaaattggaaa 2751089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 47 - 447
Target Start/End: Original strand, 2760987 - 2761387
Alignment:
Q  47 tcatccccaccccaacttcagtggctacatttgaaaggtagactacagaagttgcccgattggattgcaaaacttgagtgtcttgttaaggtaaagctga 146  Q
    ||||| || ||||||||||||  ||| |||||||||| || |||| | |  ||||| || |||||| |||||||||||| ||||||| || ||||| ||     
T  2760987 tcatctccgccccaacttcaggcgcttcatttgaaagctaaactagatacattgcctgaatggattccaaaacttgagtatcttgttgagataaagttg- 2761085  T
Q  147 gcttt-tctatgttgaaatatgatccattgcagtcactgcaaaacttaccgaatcttctcaatctctgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaattt 245  Q
    ||||| |||   |||||| |||||||| ||||||||||  ||||||| || |||||  | ||  || || | ||||||||   |||||||||||||||||    
T  2761086 gctttatcttacttgaaaaatgatccactgcagtcacttaaaaacttgccaaatctgttgaagttcggtctatgggacaacgcctatgatggtgaaattt 2761185  T
Q  246 ttcattttcgaaatggagggtttctaaaattgaacacactgaacctccgacacttgaatagaataaattccatcattattgagaatggaactttgctatc 345  Q
    | ||||||| || ||||||||||||||| ||||| | |||||||||| | | |||||||||  ||||||| ||| |||| ||  | ||||||||| | ||    
T  2761186 tgcattttcaaattggagggtttctaaagttgaagagactgaacctcaggcgcttgaatagggtaaattctatccttatagacgaaggaactttgatctc 2761285  T
Q  346 tcttgaacatcttacactggaaaaaatcccccagctgaaagaggtagccattggcataaagcacatgcataaactcaaagatatttacttcactgatatg 445  Q
    ||||||| |||| |   |||| | |||||||||||| || |||||  ||   ||||| | |  | || ||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  2761286 tcttgaatatctgaacatggacagaatcccccagctaaaggaggtgccctcaggcatcaggtccttggataaactcaaagatattaacttcactgaaatg 2761385  T
Q  446 cc 447  Q
    ||    
T  2761386 cc 2761387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 53 - 312
Target Start/End: Original strand, 2820339 - 2820598
Alignment:
Q  53 ccaccccaacttcagtggctacatttgaaaggtagactacagaagttgcccgattggattgcaaaacttgagtgtcttgttaaggtaaagctgagcttt- 151  Q
    |||| |||||||||| |||| ||||||||||  ||| || | |  ||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||  || | |||||| |||||     
T  2820339 ccacaccaacttcagcggcttcatttgaaagccagattagatacattgcctgattggattccaaaacttgagtctcttgtggagatcaagctg-gcttta 2820437  T
Q  152 tctatgttgaaatatgatccattgcagtcactgcaaaacttaccgaatcttctcaatctctgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaatttttcatt 251  Q
    |||| ||||||| |||||||| |||| || ||| ||||||| ||||| || || ||  |  || | |||||| ||  ||| |||||||||||||| ||||    
T  2820438 tctaagttgaaaaatgatccactgcaatctctgaaaaacttgccgaacctgctgaagtttggtctatgggacgatgcctacgatggtgaaattttgcatt 2820537  T
Q  252 ttcgaaatggagggtttctaaaattgaacacactgaacctccgacacttgaatagaataaa 312  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| | | |||||||||| ||||    
T  2820538 ttcgaattggagggtttctaaaattgaagagactgaacctcagtcgcttgaatagagtaaa 2820598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 69 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 2836946 - 2836631
Alignment:
Q  69 ggctacatttgaaaggtagactacagaagttgcccgattggattgcaaaacttgagtgtcttgttaaggtaaagctgagcttt-tctatgttgaaatatg 167  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| || | ||||||||| |||||||| || |||||||| ||||| || | | ||||| |||    
T  2836946 ggcttcatttgaaagctagactacagaagttgcctaattgggtttccaaacttgagggtcttgttgagataaagctg-gctttatccaagctgaaagatg 2836848  T
Q  168 atccattgcagtcactgcaaaacttaccgaatcttctcaatctctgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaatttttcattttcgaaatggagggtt 267  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||| || ||| | || || |||| | |  || | |||  ||| || ||||||||||| ||||||  ||||| ||||||    
T  2836847 atccaatgcagtcactgaaaaacttgccaaatttgctgaagctctctgttgggcataatacctacgagggtgaaattttccattttgaaaatgaagggtt 2836748  T
Q  268 tctaaaattgaacacactgaacctccgacacttgaatagaataaattccatcattattgagaatggaactttgctatctcttgaacatcttacactggaa 367  Q
    || |||||||||   ||||   ||||| ||| |||||||| ||||||  ||| |||| ||||| ||| ||||| | |||||||| ||| | | | |||||    
T  2836747 tcaaaaattgaaagaactggttctccgtcacgtgaatagactaaatttgatccttatagagaaaggagctttgatttctcttgagcatataatattggaa 2836648  T
Q  368 aaaatcccccagctgaa 384  Q
    || ||||| || |||||    
T  2836647 aagatccctcaactgaa 2836631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 452 - 501
Target Start/End: Original strand, 2799588 - 2799637
Alignment:
Q  452 tcaagcatgttcctcttgtattcattcgtcactggtatggcccaaactta 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2799588 tcaagcatgttcctcttgtattcattcgtcactggtatggcccaaactta 2799637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 69 - 264
Target Start/End: Original strand, 5414680 - 5414875
Alignment:
Q  69 ggctacatttgaaaggtagactacagaagttgcccgattggattgcaaaacttgagtgtcttgttaaggtaaagctgagcttttctatgttgaaatatga 168  Q
    |||| |||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||  |||| ||||||||| || ||| | ||   || || | | ||| | ||||    
T  5414680 ggcttcatttgaaagctagactagagaagttgcctgattggatttcaaagtttgaatgtcttgttcagataatgatggcgttatccaagctgacagatga 5414779  T
Q  169 tccattgcagtcactgcaaaacttaccgaatcttctcaatctctgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaatttttcattttcgaaatggagg 264  Q
    |||  |||  |||||| |||||||||| |||||||| || |||  ||||| ||| |||  ||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  5414780 tcctatgccatcactgaaaaacttaccaaatcttctgaagctcaatttgttggagaatgcctatgatggtgaatttttgcattttcaaaatggagg 5414875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 452 - 501
Target Start/End: Original strand, 2771287 - 2771336
Alignment:
Q  452 tcaagcatgttcctcttgtattcattcgtcactggtatggcccaaactta 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  2771287 tcaagcatgttcctcttgtattcattcgtcactcgcatggcccaaactta 2771336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 159 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 2854066 - 2853801
Alignment:
Q  159 tgaaatatgatccattgcagtcactgcaaaacttaccgaatcttctcaatctctgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaatttttcattttcgaaa 258  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||  ||||||| || ||| | || || || | | |||||||| ||   || |||||||||||||| ||||||| |||    
T  2854066 tgaaagatgatccaatgcagtcactaaaaaacttgccaaatttactgaagctatctgtgtgggacgatgcttacgatggtgaaattttgcattttcaaaa 2853967  T
Q  259 tggagggtttctaaaattgaacacactgaacctccgacacttgaatagaataaattccatcattattgagaatggaactttgctatctcttgaacatctt 358  Q
    |||||| |||| |||||||||   |||||  ||| |  |||||||||||  |||||| ||  |||| ||||| ||| ||||| | ||||||||  || |     
T  2853966 tggaggatttcaaaaattgaaagaactgattctcagttacttgaatagaccaaattctattcttatagagaaaggagctttgatttctcttgagtatata 2853867  T
Q  359 acactggaaaaaatcccccagctgaaagaggtagccattggcataaagcacatgcataaactcaaa 424  Q
    | | ||||||| |||| ||| ||||| |||||| ||  |||||| || ||| || |||||||||||    
T  2853866 agattggaaaagatcctccaactgaaggaggtaccctctggcatcaaacacttggataaactcaaa 2853801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 114 - 391
Target Start/End: Original strand, 2809107 - 2809384
Alignment:
Q  114 caaaacttgagtgtcttgttaaggtaaagctgagcttt-tctatgttgaaatatgatccattgcagtcactgcaaaacttaccgaatcttctcaatctct 212  Q
    ||||||| |||| ||||||| || |||||||| ||||| |||  ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||| ||  || |  | ||  ||     
T  2809107 caaaactggagtatcttgttgagataaagctg-gctttatctcagttgaaaaatgatccattacagtcactgaaaaacttgccatatttgttgaaattcg 2809205  T
Q  213 gtttgtgggacaattgctatgatggtgaaatttttcattttcgaaatggagggtttctaaaattgaacacactgaacctccgacacttgaatagaataaa 312  Q
    || | ||||||||   |||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||||| |||||||||  | |||  | ||| | | |||||||||| || |    
T  2809206 gtctatgggacaacgcctatgatggtgaaattttacattttcagaatggcgggtttttaaaattgaggaaactagatctcagtcgcttgaatagagtaca 2809305  T
Q  313 ttccatcattattgagaatggaactttgctatctcttgaacatcttacactggaaaaaatcccccagctgaaagaggta 391  Q
    | |  || |||| ||  | ||||||||| | ||||||||| |||||||  |||| | ||| ||||||||||| ||||||    
T  2809306 tactgtccttatagacgaaggaactttgatctctcttgaatatcttaccatggacagaataccccagctgaaggaggta 2809384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 452 - 501
Target Start/End: Original strand, 2792541 - 2792590
Alignment:
Q  452 tcaagcatgttcctcttgtattcattcgtcactggtatggcccaaactta 501  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||| ||||||    
T  2792541 tcaagcatgttcctcttgtattcgttcgtcactcgcatggcccgaactta 2792590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 7 - 35
Target Start/End: Original strand, 2799065 - 2799093
Alignment:
Q  7 atgacacaccttgaaaatctgaatatctc 35  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2799065 atgacacaccttgaaaatctgaatatctc 2799093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 47 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 4517 - 4117
Alignment:
Q  47 tcatccccaccccaacttcagtggctacatttgaaaggtagactacagaagttgcccgattggattgcaaaacttgagtgtcttgttaaggtaaagctga 146  Q
    |||||||||||| |||||||| | || ||||||||||  ||| || ||| ||| || ||||||||| ||||||| |||| |||||||||| ||| | |      
T  4517 tcatccccacccaaacttcagcgacttcatttgaaagccagattagagaggttacctgattggattccaaaactcgagtttcttgttaagataaggttag 4418  T
Q  147 gcttttctatgttgaaatatgatccattgcagtcactgcaaaacttaccgaatcttctcaatctctgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaatttt 246  Q
    | || || | | ||||| | |||||| ||||||||||| ||||||| || |||||  | || |||| |||||||||||||  ||||||||| ||| ||||    
T  4417 gtttatccaagctgaaagacgatccaatgcagtcactgaaaaacttgccaaatctgttgaagctctctttgtgggacaatgcctatgatggcgaagtttt 4318  T
Q  247 tcattttcgaaatggagggtttctaaaattgaacacactgaacctccgacacttgaatagaataaattccatcattattgagaatggaactttgctatct 346  Q
     ||||||| || |||||| |||  ||||||||  |||||||| ||  | | ||||| || | ||||||||||  |||| ||  |||||  |||||| |||    
T  4317 gcattttcaaagtggaggatttaaaaaattgatgacactgaatcttagtcgcttgagtaaagtaaattccattgttatagaccatggatgtttgctttct 4218  T
Q  347 cttgaacatcttacactggaaaaaatcccccagctgaaagaggtagccattggcataaagcacatgcataaactcaaagatatttacttcactgatatgc 446  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||  |||| |||||| ||  |||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||    
T  4217 cttgaacatcttagactggaaataatcccccaattgaaggaggtaccctctggcatcaagcccatgcataacctcaaagacatttacatcactgatatgc 4118  T
Q  447 c 447  Q
    |    
T  4117 c 4117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 46; Significance: 5e-17; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 74 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 11116102 - 11115753
Alignment:
Q  74 catttgaaaggtagactacagaagttgcccgattggattgcaaaacttgagtgtcttgttaaggtaaagctgagcttt-tctatgttgaaatatgatcca 172  Q
    |||||||||| ||||||  | |||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||| || ||| ||| |||||| || | | ||||| ||||||||    
T  11116102 catttgaaagctagacttgataagttgcctgattggattccaaatcttgagtgtattgtttagataaggct-agctttatccaagctgaaagatgatcca 11116004  T
Q  173 ttgcagtcactgcaaaacttaccgaatcttctcaatctctgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaatttttcattttcgaaatggagggtttctaa 272  Q
     ||||||||||| ||||||| || ||||| || || |||  | ||||||| |||  || |||||||||   ||| ||||||| | ||||||| |||| ||    
T  11116003 atgcagtcactgaaaaacttgccaaatctgctgaagctc--tctgtgggagaatgcctgtgatggtgatcatttgcattttcaagatggaggatttcaaa 11115906  T
Q  273 aattgaacacactgaacctccgacacttgaatagaataaattccatcattattgagaatggaactttgctatctcttgaacatcttacactggaaaaaat 372  Q
    ||| |||   |||||  ||  |  |||||||| || | |||   ||| |||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||| | ||||||| ||    
T  11115905 aatggaaataactgattcttagttacttgaatggagtgaatcatatccttatagagaaaggagctttgctctctcttgaacatcttaaattggaaaagat 11115806  T
Q  373 cccccagctgaaagaggtagccattggcataaagcacatgcataaactcaaag 425  Q
    |||||| || || | |||| ||  |||||| || ||| || ||||||||||||    
T  11115805 cccccaactaaaggtggtaccctctggcatcaaacacttggataaactcaaag 11115753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University