View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4913-Insertion-3 (Length: 817)

Name: NF4913-Insertion-3
Description: NF4913
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4913-Insertion-3
NF4913-Insertion-3
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (8-817)||(23017801-23018610)
chr3 (36-771)||(23033451-23034179)
chr3 (8-749)||(23039660-23040401)
chr3 (8-749)||(23146535-23147276)
chr3 (8-749)||(23036783-23037524)
chr3 (28-491)||(23025144-23025607)
chr3 (8-509)||(23141123-23141624)
chr3 (18-528)||(23149714-23150224)
chr3 (39-156)||(22939479-22939596)
chr3 (3-233)||(22987316-22987547)
chr3 (39-233)||(22914072-22914266)
chr3 (39-233)||(22933825-22934019)
chr3 (656-749)||(23149496-23149589)
chr3 (188-233)||(22947584-22947629)
chr3 (712-749)||(23140886-23140923)
[»] scaffold0554 (1 HSPs)
scaffold0554 (8-749)||(5162-5900)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (8-771)||(21780526-21781291)
chr6 (15-156)||(14307571-14307712)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (15-156)||(23611458-23611599)
[»] scaffold0059 (1 HSPs)
scaffold0059 (17-74)||(63442-63499)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (17-74)||(12611309-12611366)
chr1 (480-548)||(15885142-15885210)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 778; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 778; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 817
Target Start/End: Complemental strand, 23018610 - 23017801
Alignment:
Q  8 aaccccatagaaaattaagtgacttggccaaaaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggagaagtttctactattgtcatttcatcagctgagtt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23018610 aaccccatagaaaattaagtgacttggccaaaaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggagaagtttctactattgtcatttcatcagctgagtt 23018511  T
Q  108 tgcaaaggaggttatgaaaacccatgatattcactttgcaacaaggcctaaagtcctagctttcgatataatgtcttacaattcgacaagtatctctttt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  23018510 tgcaaaggaggttatgaaaacccatgatattcactttgcaacaaggcctaaagtcctagctatcgatataatgtcttacaattccacaagtatctctttt 23018411  T
Q  208 tctccttatggtgattattggagacaggcacgtaaaatttgcacattggagcttttaagcctaaaaagagtcaactcataccaaccgattagagaagagg 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23018410 tctccttatggtgattattggagacaggcacgtaaaatttgcacattggagcttttaagcctaaaaagggtcaactcataccaaccgattagagaagagg 23018311  T
Q  308 ttttctccaatcttatcaagtcgattgcttcagagaatggatcaccaatcaacttcactgaagctgtactttcttcgatatacacaattgtttcaagggc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23018310 ttttctccaatcttatcaagtcgattgcttcagagaatggatcgccaatcaacttcactgaagctgtactttcttcgatatacacaattgtttcaagggc 23018211  T
Q  408 tgcctttggcaataaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcagtggtaaaagaatctgtaaagattgcagcaggttttgacttgggtgatttgtttcct 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  23018210 tgcctttggcaataaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcagtggtaaaagaatctgtaaagattgcagcaggttttgacttgggagattcgtttcct 23018111  T
Q  508 tcttctaaatggcttcaatatgttaccggtttgaggcctaagattgagaaatttcatcaacaaaccgatgagatatttgagaacatcattgatgaacata 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23018110 tcttctaaatggcttcaatatgttaccggtttgaggcctaagattgagaaatttcatcaacaaaccgatgagatattagagaacatcattgatgaacata 23018011  T
Q  608 aaagggtaaagtacacaaaagtcaaaggtgatcaaggtgaggtagcagaagatctggtagacattctcttaaaatatgaggatggtagtgaccaagattt 707  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23018010 aaagggaaaagtacacaaaagtcaaaggtgatcaaggtgaggtagcagaagatctggtagacattctcttaaaatatgaggatggtagtgaccaagattt 23017911  T
Q  708 ctcattaacaaaagacaatatcaaggccataatcttggtaagtagtaacctcttccaaatacttatttactattgtaaaatttaaatgaaatctttgaag 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23017910 ctcattaacaaaagacaatatcaaggccataatcttggtaagtagtaacctcttccaaatacttatttactattgtaaaatttaaatgaaatctttgaag 23017811  T
Q  808 ctgtgaaata 817  Q
    ||||||||||    
T  23017810 ctgtgaaata 23017801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 771
Target Start/End: Complemental strand, 23034179 - 23033451
Alignment:
Q  36 caaaaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggagaagtttctactattgtcatttcatcagctgagtttgcaaaggaggttatgaaaacccatgat 135  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||| | |||||| |||||||||||||||    
T  23034179 caaacaatatggatccttgatgcatcttcaacttggagaggtttctactattgtcatttcatccactgagtttgctagggaggtgatgaaaacccatgat 23034080  T
Q  136 attcactttgcaacaaggcctaaagtcctagctttcgatataatgtcttacaattcgacaagtatctctttttctccttatggtgattattggagacagg 235  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||   || |||||||||||||| || |||| |||  |||||||||| |||||| ||||||||||||||     
T  23034079 attcactttgcaacaaggcctcaaatcctagctacagaaataatgtcttacaactccacaaatatagctttttctccgtatggtaattattggagacagt 23033980  T
Q  236 cacgtaaaatttgcacattggagcttttaagcctaaaaagagtcaactcataccaaccgattagagaagaggttttctccaatcttatcaagtcgattgc 335  Q
     ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||    
T  23033979 tacgaaaaatctgcacattggagcttttaagccttaaaagggtcaactcgtaccaaccaatacgagaagaggttttctccaatcttgtcaaaacgattgc 23033880  T
Q  336 ttcagagaatggatcaccaatcaacttcactgaagctgtactttcttcgatatacacaattgtttcaagggctgcctttggcaataaatgcaaagaccaa 435  Q
    |||  |||||||||||||  ||||| | |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||    
T  23033879 ttcgcagaatggatcacccttcaaccttactgaagctgtaatttcttcaatatacacaattgtttcaagggccgcctttggcaatgaatgcagagaccaa 23033780  T
Q  436 gaaaaatttatatcagtggtaaaagaatctgtaaagattgcagcaggttttgacttgggtgatttgtttccttcttctaaatggcttcaatatgttaccg 535  Q
    |||||||||||||| ||||||||| || |  |||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  23033779 gaaaaatttatatcggtggtaaaacaaacactaaagattgcaggaggttttaacttgggagatttgtttccttcttctaaatggcttcaacatgttactg 23033680  T
Q  536 gtttgaggcctaagattgagaaatttcatcaacaaaccgatgagatatttgagaacatcattgatgaacataaaagggtaaagtacacaaaagtcaaagg 635  Q
    || | ||||||||| ||||||| ||||||| |||||  |||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||| || |||||||||||| | |         
T  23033679 gtattaggcctaagcttgagaagtttcatcgacaaaatgatgagatgtttgaaaacatcatcgatgagcataaaaaggcaaagtacacaaacgcc----- 23033585  T
Q  636 tgatcaaggtgaggtagcagaagatctggtagacattctcttaaaatatgaggatggtagtgaccaagatttctcattaacaaaagacaatatcaaggcc 735  Q
        |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||     
T  23033584 ----caaggtaaggtagtagaagatctggtagacattctcttaaaatatgaggatggtagtgaccaagatttcttcttaacaaaagacaatatcaaggct 23033489  T
Q  736 ataatcttggtaa--gtagtaacctcttccaaatactt 771  Q
    |||||||||||||  ||| ||| |||||||||||||||    
T  23033488 ataatcttggtaagcgtaataaactcttccaaatactt 23033451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 8 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 23040401 - 23039660
Alignment:
Q  8 aaccccatagaaaattaagtgacttggccaaaaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggagaagtttctactattgtcatttcatcagctgagtt 107  Q
    |||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||  | ||||     
T  23040401 aaccccatcgaaaactaagagacttggccaaaaaatatggacccctgatgcatcttcaacttggagaggtttctgctatggtcatttcatcgcccgagtg 23040302  T
Q  108 tgcaaaggaggttatgaaaacccatgatattcactttgcaacaaggcctaaagtcctagctttcgatataatgtcttacaattcgacaagtatctctttt 207  Q
    |||    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||   || ||||||||||||||||| |||| |||  |||||    
T  23040301 tgctggcgaggtaatgaaaacccatgatattcactttgcatcaaggcctcaaatcctggctacagaaataatgtcttacaattctacaaatatagctttt 23040202  T
Q  208 tctccttatggtgattattggagacaggcacgtaaaatttgcacattggagcttttaagcctaaaaagagtcaactcataccaaccgattagagaagagg 307  Q
     |||| |||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| |    
T  23040201 gctccgtatggtaattattggagacagctacggaaaatttgcacattggagcttttgagcctaaaaagggttaactcatatcaaccaattagagaagaag 23040102  T
Q  308 ttttctccaatcttatcaagtcgattgcttcagagaatggatcaccaatcaacttcactgaagctgtactttcttcgatatacacaattgtttcaagggc 407  Q
    | || ||||||||| |||| | ||||||||||  | | |||   ||||||||| | ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23040101 tgttttccaatcttgtcaaatggattgcttcacgggacggaattccaatcaacattactgaagctgtacgttcttcaatatacacaattgtttcaagggc 23040002  T
Q  408 tgcctttggcaataaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcagtggtaaaagaatctgtaaagattgcagcaggttttgacttgggtgatttgtttcct 507  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||| |  |||||||||||||| |||||||||||     
T  23040001 tgcctttggcaatgaatgcaaggaccaagacaaatttatatcagtggtaaaacaatcaataaaggttgccgggggttttgacttgggagatttgtttccc 23039902  T
Q  508 tcttctaaatggcttcaatatgttaccggtttgaggcctaagattgagaaatttcatcaacaaaccgatgagatatttgagaacatcattgatgaacata 607  Q
    ||  |||||||| | ||   |||||| ||| ||||||||||| ||||||  ||||||| |||||| ||| ||||||| || ||||||||  |||| ||||    
T  23039901 tcagctaaatggttacagcttgttactggtatgaggcctaagcttgagaggtttcatcgacaaactgatcagatattagaaaacatcatcaatgagcata 23039802  T
Q  608 aaagggtaaagtacacaaaagtcaaaggtgatcaaggtgaggtagcagaagatctggtagacattctcttaaaatatgaggatggtagtgaccaagattt 707  Q
    ||  || |||||||||||||| ||||| |||||||||| | |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||  |||| || ||    
T  23039801 aagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtaaagtagaagaagatctcgtagacgttctcttaaaatatgaggacggtagcaaccaggagtt 23039702  T
Q  708 ctcattaacaaaagacaatatcaaggccataatcttggtaag 749  Q
      | ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  23039701 taccttaacaaaaaacaatatcaaggccataatcctggtaag 23039660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 8 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 23147276 - 23146535
Alignment:
Q  8 aaccccatagaaaattaagtgacttggccaaaaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggagaagtttctactattgtcatttcatcagctgagtt 107  Q
    ||||||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||  | ||||     
T  23147276 aaccccatcaaaaattaagagacttggcgaaaaaatatggaccagtgatgcatcttcaacttggagaggtttctgctatggtcatttcatcccccgagtg 23147177  T
Q  108 tgcaaaggaggttatgaaaacccatgatattcactttgcaacaaggcctaaagtcctagctttcgatataatgtcttacaattcgacaagtatctctttt 207  Q
    ||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |||| |||   || ||||||||||||||||| ||||||||  |||||    
T  23147176 tgctagtgaggtgatgaaaacccatgatattcacttttcatcaaggcctcaaatcctggctacagaaataatgtcttacaattccacaagtatagctttt 23147077  T
Q  208 tctccttatggtgattattggagacaggcacgtaaaatttgcacattggagcttttaagcctaaaaagagtcaactcataccaaccgattagagaagagg 307  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||  ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  23147076 gctccttatggtaattattggagacagctacggaaaatctgcacactggagcttttaagcctaaaaagggtcaactcataccaaccaattagagaagaag 23146977  T
Q  308 ttttctccaatcttatcaagtcgattgcttcagagaatggatcaccaatcaacttcactgaagctgtactttcttcgatatacacaattgtttcaagggc 407  Q
    | || | |||||||  ||| | |||||| ||| ||   |||   ||||||||| | ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  23146976 tgtttttcaatcttgccaaatggattgcctcacaggtcggaattccaatcaacattactgaagctgtacgttcgtcaatatacacaattgtttcgagggc 23146877  T
Q  408 tgcctttggcaataaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcagtggtaaaagaatctgtaaagattgcagcaggttttgacttgggtgatttgtttcct 507  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||||||     
T  23146876 tgcttttggcaatgaatgcaaagaccaagataaatttatatcagtggtaaaacaatcaataaaggttgcagggggttttgacttgggagatttgtttccc 23146777  T
Q  508 tcttctaaatggcttcaatatgttaccggtttgaggcctaagattgagaaatttcatcaacaaaccgatgagatatttgagaacatcattgatgaacata 607  Q
    ||  |||||||| | ||   |||||| ||| ||||||||||| ||||||  ||||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||  |||| ||||    
T  23146776 tcagctaaatggttacagcttgttactggtatgaggcctaagcttgagaggtttcatcgacaaactgatcagatatttgaaaacatcatcaatgagcata 23146677  T
Q  608 aaagggtaaagtacacaaaagtcaaaggtgatcaaggtgaggtagcagaagatctggtagacattctcttaaaatatgaggatggtagtgaccaagattt 707  Q
    ||  || |||||||||||||| ||||| |||||||||| | |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||  |||| || ||    
T  23146676 aagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtaaagtagaagaagatctgatagacgttctcttaaaatatgaggacggtagcaaccaggagtt 23146577  T
Q  708 ctcattaacaaaagacaatatcaaggccataatcttggtaag 749  Q
      | ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  23146576 taccttaacaaaaaacaatatcaaggccataatcctggtaag 23146535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 8 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 23037524 - 23036783
Alignment:
Q  8 aaccccatagaaaattaagtgacttggccaaaaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggagaagtttctactattgtcatttcatcagctgagtt 107  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||| | ||||     
T  23037524 aaccccataggaaattaagagacttggccaaaaaatatggaccagtgatgcatcttcaacttggagaggtttctaatatggtcatttcgtcacccgagtg 23037425  T
Q  108 tgcaaaggaggttatgaaaacccatgatattcactttgcaacaaggcctaaagtcctagctttcgatataatgtcttacaattcgacaagtatctctttt 207  Q
    ||| |  ||||| |||||||| ||||||||||||||| || |||||||| || | ||||     || ||||| ||||||||||| ||||||||  |||||    
T  23037424 tgccagcgaggtgatgaaaactcatgatattcacttttcatcaaggcctcaaatactagtaacagaaataatctcttacaattccacaagtatagctttt 23037325  T
Q  208 tctccttatggtgattattggagacaggcacgtaaaatttgcacattggagcttttaagcctaaaaagagtcaactcataccaaccgattagagaagagg 307  Q
     |||| || ||| ||||||||||||||  ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| |    
T  23037324 gctccgtacggtaattattggagacagatacgaaaaatctgcacgttggagcttttaagcctgaaaagggttaactcataccaaccgattagagaagaag 23037225  T
Q  308 ttttctccaatcttatcaagtcgattgcttcagagaatggatcaccaatcaacttcactgaagctgtactttcttcgatatacacaattgtttcaagggc 407  Q
    |  | ||||||||| |||| | |||||||||| |||| ||| | ||||||||  || ||||||||||||||||  | || |||||||||||||| ||| |    
T  23037224 tgctttccaatcttgtcaaatggattgcttcacagaaaggaactccaatcaatatctctgaagctgtactttcaactatgtacacaattgtttcgaggtc 23037125  T
Q  408 tgcctttggcaataaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcagtggtaaaagaatctgtaaagattgcagcaggttttgacttgggtgatttgtttcct 507  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | || |  ||||| ||||||  |||||| ||||||| |||||||||||     
T  23037124 tgcgtttggcaatgaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcattggtaagacaaaccataaaggttgcagggggttttaacttgggagatttgtttccc 23037025  T
Q  508 tcttctaaatggcttcaatatgttaccggtttgaggcctaagattgagaaatttcatcaacaaaccgatgagatatttgagaacatcattgatgaacata 607  Q
    ||  |||||||||| ||   | |||| ||||||||||||||| | ||||   |||||| |||||| ||| ||||||| || ||||||||  |||| ||||    
T  23037024 tcagctaaatggctacagcgtattactggtttgaggcctaagctggagaggattcatcgacaaactgatcagatattagaaaacatcatcaatgagcata 23036925  T
Q  608 aaagggtaaagtacacaaaagtcaaaggtgatcaaggtgaggtagcagaagatctggtagacattctcttaaaatatgaggatggtagtgaccaagattt 707  Q
    ||  || |||||||||||||| ||||| ||||||||||   |||| ||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||| ||  |||||||  |    
T  23036924 aagaggaaaagtacacaaaagccaaagatgatcaaggtagagtagaagaagatctcgtagacgttctcttaaattacgaggatggcagaaaccaagacct 23036825  T
Q  708 ctcattaacaaaagacaatatcaaggccataatcttggtaag 749  Q
     || || |||||| |||||||||||||||||||  |||||||    
T  23036824 ttccttgacaaaaaacaatatcaaggccataataatggtaag 23036783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 28 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 23025607 - 23025144
Alignment:
Q  28 gacttggccaaaaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggagaagtttctactattgtcatttcatcagctgagtttgcaaaggaggttatgaaaa 127  Q
    |||||||| | | |||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||   |||||||||||||||| | || | ||| | |||||| |||||||    
T  23025607 gacttggcaagagaatatggacccttgatgcatctccaacttggagagatttcctttattgtcatttcatcaccagactgtgctagggaggtgatgaaaa 23025508  T
Q  128 cccatgatattcactttgcaacaaggcctaaagtcctagctttcgatataatgtcttacaattcgacaagtatctctttttctccttatggtgattattg 227  Q
    | ||||||||| |||||||||| |||||| ||| |||| |||  ||| ||||  |||||||||| ||| ||||   || ||||||||||||| |||||||    
T  23025507 ctcatgatattaactttgcaaccaggcctcaaggcctatcttcagatttaattgcttacaattccacaggtatagtttcttctccttatggtaattattg 23025408  T
Q  228 gagacaggcacgtaaaatttgcacattggagcttttaagcctaaaaagagtcaactcataccaaccgattagagaagaggttttctccaatcttatcaag 327  Q
    |||||||  | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||| |  |||||||||||| ||||     
T  23025407 gagacagttaagaaaaatttgcacattggagcttttgagcctaaaacgcgtcaactcctaccagccgattagagaagaagagttctccaatcttgtcaaa 23025308  T
Q  328 tcgattgcttcagagaatggatcaccaatcaacttcactgaagctgtactttcttcgatatacacaattgtttcaagggctgcctttggcaataaatgca 427  Q
    | |||||||||  || | |||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||   ||||||||||||| |||| ||    
T  23025307 tggattgcttcgaaggaaggatcacccatcaacctcactcaagctgtactttcttcaatatacactattgtttcaaaatctgcctttggcaagaaattca 23025208  T
Q  428 aagaccaagaaaaatttatatcagtggtaaaaga-atctgtaaagattgcagcaggttttgactt 491  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | |||||| || | |||||||||||||||||||||||||    
T  23025207 aagaccaagaaaaatttatatcagcagaaaaagagatat-taaagattgcagcaggttttgactt 23025144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 8 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 23141624 - 23141123
Alignment:
Q  8 aaccccatagaaaattaagtgacttggccaaaaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggagaagtttctactattgtcatttcatcagctgagtt 107  Q
    |||| |||| |||| |||| || ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |  ||||| ||||||||| |||| |     
T  23141624 aaccacataaaaaactaagagatttggctagaaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggagagatttccatgattgtaatttcatcacctgattg 23141525  T
Q  108 tgcaaaggaggttatgaaaacccatgatattcactttgcaacaaggcctaaagtcctagctttcgatataatgtcttacaattcgacaagtatctctttt 207  Q
    ||| | |||||| |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||| ||||| ||| | ||   ||      
T  23141524 tgctagggaggtgatgaaaactcatgatattaactttgcaataaggcctaaagtcctagcttcagatttaatttcttataattccacaggcataatttca 23141425  T
Q  208 tctccttatggtgattattggagacaggcacgtaaaatttgcacattggagcttttaagcctaaaaagagtcaactcataccaaccgattagagaagagg 307  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  | | ||||||||  | | ||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||| |    
T  23141424 tctccttatggtaattattggagacagctaagaaaaatttgtgcctcggagcttttgagcctaaaacgcgtcaactcataccagccaattagagaagaag 23141325  T
Q  308 ttttctccaatcttatcaagtcgattgcttcagagaatggatcaccaatcaacttcactgaagctgtactttcttcgatatacacaattgtttcaagggc 407  Q
      |||||||||||| |||| | |||  ||||| |||| |||||| | |||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||   |    
T  23141324 agttctccaatcttgtcaaatggataacttcaaagaaaggatcatccatcaacctcactcaagctgtactttcttcaatatacactattctttcaaaatc 23141225  T
Q  408 tgcctttggcaataaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcagtggtaaaagaatctgtaaagattgcagcaggttttgacttgggtgatttgtttcct 507  Q
    ||| |||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||| |   ||||||||||||||||||||||||| |  || |||||||||    
T  23141224 tgcatttggcaagaagtgcaacgaccaagacaaatttatatcagcagtaaaagagttaataaagattgcagcaggttttgacttagaagacttgtttcct 23141125  T
Q  508 tc 509  Q
    ||    
T  23141124 tc 23141123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 23150224 - 23149714
Alignment:
Q  18 aaaattaagtgacttggccaaaaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggagaagtttctactattgtcatttcatcagctgagtttgcaaaggag 117  Q
    |||| |||| || ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| |   |||| ||||||||| |||| | ||| | ||||    
T  23150224 aaaactaagagatttggctagaaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggacagatttccatggttgtaatttcatcatctgactgtgctagggag 23150125  T
Q  118 gttatgaaaacccatgatattcactttgcaacaaggcctaaagtcctagctttcgatataatgtcttacaattcgacaagtatctctttttctccttatg 217  Q
    || |||||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||  |   |||||||  |  ||||| ||||| ||||| ||| ||||  ||| | || ||| ||    
T  23150124 gtgatgaaaactcatgacattaactttgcaataaggcctccatcgctagcttcggtgataatttcttataattctacaggtatagcttctgcttcttgtg 23150025  T
Q  218 gtgattattggagacaggcacgtaaaatttgcacattggagcttttaagcctaaaaagagtcaactcataccaaccgattagagaagaggttttctccaa 317  Q
    || ||||||||||||||  | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||| || ||||||||||| |   |||| ||    
T  23150024 gtaattattggagacagctaagaaaaatttgcacattggagcttttgagcctaaaacgcgtcaactcttaccagccaattagagaagaagagctctctaa 23149925  T
Q  318 tcttatcaagtcgattgcttcagagaatggatcaccaatcaacttcactgaagctgtactttcttcgatatacacaattgtttcaagggctgcctttggc 417  Q
    |||| |||| | |||||||||  || | |||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||   |||||||| ||||||||||  ||||||||||||    
T  23149924 tcttgtcaaatggattgcttcgaaggaaggatcacccatcaacctcactcaagctgtaatttctataatatacaccattgtttcaaaagctgcctttggc 23149825  T
Q  418 aataaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcagtggtaaaagaatctgtaaagattgcagcaggttttgacttgggtgatttgtttccttcttctaaat 517  Q
    || || | |||||||||||| |||||||||||||  |||||||| |  |||||| | |||||||||||| |||| |  ||||| |||||||||  || ||    
T  23149824 aagaagttcaaagaccaagacaaatttatatcagcagtaaaagagttagtaaaggtggcagcaggttttaacttagcagatttctttccttctattacat 23149725  T
Q  518 ggcttcaatat 528  Q
    |||| ||||||    
T  23149724 ggctgcaatat 23149714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 39 - 156
Target Start/End: Original strand, 22939479 - 22939596
Alignment:
Q  39 aaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggagaagtttctactattgtcatttcatcagctgagtttgcaaaggaggttatgaaaacccatgatatt 138  Q
    |||||||||||| || ||||||||  | |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| | |||||| || || ||||||| ||||||| ||    
T  22939479 aaaatatggaccattaatgcatctaaagcttggagaagtttctactattgtggtttcatcagctgaatatgcaaaagaagtgatgaaaaaccatgatctt 22939578  T
Q  139 cactttgcaacaaggcct 156  Q
      ||||||| ||||||||    
T  22939579 gtctttgcatcaaggcct 22939596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 22987547 - 22987316
Alignment:
Q  3 caacaaaccc-catagaaaattaagtgacttggccaaaaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggagaagtttctactattgtcatttcatcagc 101  Q
    |||||||||| | |||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  | | |   |||||  |||| ||| |    
T  22987547 caacaaacccacctagaaaattaagagatttagcaaaaaaatatggacccttgatgcatctacaacttggtgagatatttttcattgttgtttcctcacc 22987448  T
Q  102 tgagtttgcaaaggaggttatgaaaacccatgatattcactttgcaacaaggcctaaagtcctagctttcgatataatgtcttacaattcgacaagtatc 201  Q
     ||  |||||| ||||||  ||||||| |||||||||   |||||| |||||||| |  | ||||  || || ||| | ||||||||||| |||  |||     
T  22987447 agaagttgcaagggaggtcttgaaaactcatgatattatatttgcatcaaggcctcatcttctagtcttggagatagtatcttacaattcaacagatata 22987348  T
Q  202 tctttttctccttatggtgattattggagaca 233  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22987347 gctttttcaccttatggtgattattggagaca 22987316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 233
Target Start/End: Original strand, 22914072 - 22914266
Alignment:
Q  39 aaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggagaagtttctactattgtcatttcatcagctgagtttgcaaaggaggttatgaaaacccatgatatt 138  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||  | |||||||| || | ||| || || ||  ||||||| |||||| ||    
T  22914072 aaaatatggacccttaatgcatctaaagcttggagaagtttctactattgtggtatcatcagcagaatatgctaaagaagtgttgaaaacacatgatctt 22914171  T
Q  139 cactttgcaacaaggcctaaagtcctagctttcgatataatgtcttacaattcgacaagtatctctttttctccttatggtgattattggagaca 233  Q
      ||||||| ||||||||    ||| |||||   | ||||||  ||| ||||| |   || | |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22914172 gtctttgcatcaaggcctcctatccaagcttcaaagataatgagttataattctattggtttgtctttttcaccttatggtgattattggagaca 22914266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 39 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 22934019 - 22933825
Alignment:
Q  39 aaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggagaagtttctactattgtcatttcatcagctgagtttgcaaaggaggttatgaaaacccatgatatt 138  Q
    |||||||||||| || ||||||||  | |||||||||||||||||||||||  | |||||||| || | ||| || || ||  ||||||| |||||| ||    
T  22934019 aaaatatggacctttaatgcatctaaagcttggagaagtttctactattgtggtatcatcagcagaatatgctaaagaagtgttgaaaacacatgatctt 22933920  T
Q  139 cactttgcaacaaggcctaaagtcctagctttcgatataatgtcttacaattcgacaagtatctctttttctccttatggtgattattggagaca 233  Q
      ||||||| ||||||||    ||| |||||   | ||||||  ||| ||||| |   || | |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22933919 gtctttgcatcaaggcctcctatccaagcttcaaagataatgagttataattctattggtttgtctttttcaccttatggtgattattggagaca 22933825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 656 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 23149589 - 23149496
Alignment:
Q  656 aagatctggtagacattctcttaaaatatgaggatggtagtgaccaagatttctcattaacaaaagacaatatcaaggccataatcttggtaag 749  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||| ||  || | || || |  || || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23149589 aagatctggtagatgttctcataaaatatgaagatggcagcaacaaggaatttttcttgaccaaagacaatatcaaggccataatcttggtaag 23149496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 22947629 - 22947584
Alignment:
Q  188 attcgacaagtatctctttttctccttatggtgattattggagaca 233  Q
    |||| ||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22947629 attcaacaagtatagctttttcaccttatggtgattattggagaca 22947584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 712 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 23140923 - 23140886
Alignment:
Q  712 ttaacaaaagacaatatcaaggccataatcttggtaag 749  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23140923 ttaactaaagacaatatcaaggccataatcctggtaag 23140886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0554 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 1)
Name: scaffold0554
Description:

Target: scaffold0554; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 8 - 749
Target Start/End: Original strand, 5162 - 5900
Alignment:
Q  8 aaccccatagaaaattaagtgacttggccaaaaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggagaagtttctactattgtcatttcatcagctgagtt 107  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| | || |     
T  5162 aaccccataggaaattaagtgacttggccaaaaaatatggacccgtgatgcatcttcaacttggagaaatttcaactattgttatttcatcaccagatta 5261  T
Q  108 tgcaaaggaggttatgaaaacccatgatattcactttgcaacaaggcctaaagtcctagctttcgatataatgtcttacaattcgacaagtatctctttt 207  Q
     ||    ||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||| || | |||||| | || |||||| |||||||||| |||| |||   ||||    
T  5262 cgctcgagaggtgatgaaaactcatgatattaacttcgcaacaaggcctcaaattctagctgtagaaataatgacttacaattcaacaaatataattttt 5361  T
Q  208 tctccttatggtgattattggagacaggcacgtaaaatttgcacattggagcttttaagcctaaaaagagtcaactcataccaaccgattagagaagagg 307  Q
     ||||||| ||| |||| |||||||| | | | ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| || |||||||| |    
T  5362 gctccttacggtaattactggagacaagtaagaaaaatatgcacattcgagcttttaagccttaaaagggtcaactcctaccaaccaataagagaagatg 5461  T
Q  308 ttttctccaatcttatcaagtcgattgcttcagagaatggatcaccaatcaacttcactgaagctgtactttcttcgatatacacaattgtttcaagggc 407  Q
    || ||||  ||||| |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||  ||||| || ||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  5462 ttctctctgatcttgtcaaatggattgcttcagagaacggatcaccaatcaatctcacaaaagctttaatttcttcaatatacacaattgtttcgagggc 5561  T
Q  408 tgcctttggcaataaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcagtggtaaaagaatctgtaaagattgcagcaggttttgacttgggtgatttgtttcct 507  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||     
T  5562 agcctttggcaataaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcagtggtaaaacaaacaataaggattgcaggaggttttgacttgggagatttgtttcca 5661  T
Q  508 tcttctaaatggcttcaatatgttaccggtttgaggcctaagattgagaaatttcatcaacaaaccgatgagatatttgagaacatcattgatgaacata 607  Q
    ||| |||||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||| ||||||   |||||| |||||| ||| | ||| |||| ||||||||  |||| ||||    
T  5662 tctgctaaatggctacaacaagttactggtttgaggcctaagcttgagatgcttcatcgacaaactgatcaaatacttgaaaacatcatcaatgagcata 5761  T
Q  608 aaagggtaaagtacacaaaagtcaaaggtgatcaaggtgaggtagcagaagatctggtagacattctcttaaaatatgaggatggtagtgaccaagattt 707  Q
    ||   | ||  |||  |||| | ||||  ||| |||||||   || |||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||||||  || | || ||    
T  5762 aagaagcaagatacggaaaattaaaagaggatgaaggtga---agaagaagatctattagacgttctcttaaaatatgaagatggtagcaacaaggagtt 5858  T
Q  708 ctcattaacaaaagacaatatcaaggccataatcttggtaag 749  Q
     || |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  5859 ttccttaacaaaagacaatatcaaagccattatcatggtaag 5900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 8 - 771
Target Start/End: Complemental strand, 21781291 - 21780526
Alignment:
Q  8 aaccccatagaaaattaagtgacttggccaaaaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggagaagtttctactattgtcatttcatcagctgagtt 107  Q
    ||||| || ||| |||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  | ||||     
T  21781291 aacccaatcgaagattaagagacttggccaaaaaatatggaccagtgatgcatcttcaacttggagaggtttctactattgtcattacatctccggagtg 21781192  T
Q  108 tgcaaaggaggttatgaaaacccatgatattcactttgcaacaaggcctaaagtcctagctttcgatataatgtcttacaattcgacaagtatctctttt 207  Q
    ||| |||||||| ||||||||| |||||||| ||||||   |||||||| |  || || |||  || |||||| |||| |||   |||| |||  | |      
T  21781191 tgctaaggaggtgatgaaaaccaatgatattaactttggttcaaggcctcacctcttatcttcagaaataatgacttataatggcacaaatatagcctgg 21781092  T
Q  208 tctccttatggtgattattggagacaggcacgtaaaatttgcacattggagcttttaagcctaaaaagagtcaactcataccaaccgattagagaagagg 307  Q
    |||||||||||  | || |||| ||||  ||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21781091 tctccttatggcaactactggaaacagctacgaaaaatctgcacattagagcttttaagccttaaaagagtcaactcacaccaaccgattagagaagagg 21780992  T
Q  308 ttttctccaatcttatcaagtcgattgcttcagagaatggatcaccaatcaacttcactgaagctgtactttcttcgatatacacaattgtttcaagggc 407  Q
    |  ||||||||||| |||  | ||||| |||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||  ||||||  ||||||| |||||||| ||| |    
T  21780991 tgctctccaatcttgtcagatggattgtttcacagaatggatcgccaatcaacctcactcaagctgtaacttcttcagtatacactattgtttcgaggtc 21780892  T
Q  408 tgcctttggcaataaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcagtggtaaaagaatctgtaaagattgcagcaggttttgacttgggtgatttgtttcct 507  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||  ||||  || ||||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  21780891 cgcctttggaaataaatgcaaagaccaagaaaaatttatatcagttataaaacaatcgataaaagtttcagcaggttttaatttgggagatttgtttcct 21780792  T
Q  508 tcttctaaatggcttcaatatgttaccggtttgaggcctaagattgagaaatttcatcaacaaaccgatgagatatttgagaacatcattgatgaacata 607  Q
    ||| |||||||| || || ||||||| || |||||||||||| ||||||  ||||| | |||||| ||| |||||||||| ||||||||  | || ||||    
T  21780791 tctactaaatggattgaacatgttactggattgaggcctaagcttgagagttttcaacgacaaactgatcagatatttgaaaacatcatcaaggaccata 21780692  T
Q  608 aaagggtaaagtacacaaaagtcaaaggtgatcaaggtgaggtagcagaagatctggtagacattctcttaaaatatgaggatggtagtgaccaagattt 707  Q
    ||  || |||| ||||||||   ||||  ||| ||||||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  |||  |||||    
T  21780691 aagaggcaaagcacacaaaaccgaaagaagatgaaggtgaagtagaagaagatctcgtagacgttctcttaaaatatgaggatggtagcaacctggattt 21780592  T
Q  708 ctcattaacaaaagacaatatcaaggccataatcttggtaag--tagtaacctcttccaaatactt 771  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||   | ||| |||||||||||||||    
T  21780591 ttccttaacaaaagacaatatcaaggccataataatggtaagccaattaatctcttccaaatactt 21780526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 15 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 14307712 - 14307571
Alignment:
Q  15 tagaaaattaagtgacttggccaaaaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggagaagtttctactattgtcatttcatcagctgagtttgcaaag 114  Q
    ||||| |||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | | |   ||||| ||||| ||| ||||  |||| |||    
T  14307712 tagaagattaagagatttagccaaaaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggtgagatctttttcattgttatttcttcacctgaagttgctaag 14307613  T
Q  115 gaggttatgaaaacccatgatattcactttgcaacaaggcct 156  Q
    |||||| | ||||| |||||||||  ||||||| ||||||||    
T  14307612 gaggttttaaaaacacatgatattatctttgcatcaaggcct 14307571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 46; Significance: 8e-17; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 15 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 23611599 - 23611458
Alignment:
Q  15 tagaaaattaagtgacttggccaaaaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggagaagtttctactattgtcatttcatcagctgagtttgcaaag 114  Q
    ||||| |||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | | |   ||||| ||||| ||| | ||  ||||||||    
T  23611599 tagaagattaagagatttagccaaaaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggtgagatctttttcattgttatttcttcaccagaagttgcaaag 23611500  T
Q  115 gaggttatgaaaacccatgatattcactttgcaacaaggcct 156  Q
    |||||| | ||||| |||||||||  ||||||| ||||||||    
T  23611499 gaggttttaaaaacacatgatattatctttgcatcaaggcct 23611458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 63499 - 63442
Alignment:
Q  17 gaaaattaagtgacttggccaaaaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggaga 74  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | ||||| |||||||||| || |||||||||||    
T  63499 gaaaattgagtgacttggccaaaacacatggatccttgatgcagctacaacttggaga 63442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 12611366 - 12611309
Alignment:
Q  17 gaaaattaagtgacttggccaaaaaatatggacccttgatgcatcttcaacttggaga 74  Q
    |||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  12611366 gaaaattaagagacttggcgaaaatttatggacccttgatgcacctacaacttggaga 12611309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 480 - 548
Target Start/End: Original strand, 15885142 - 15885210
Alignment:
Q  480 aggttttgacttgggtgatttgtttccttcttctaaatggcttcaatatgttaccggtttgaggcctaa 548  Q
    |||||||||| | |||||  |||||||||| ||||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||    
T  15885142 aggttttgacataggtgaactgtttccttcatctaaatggattcaacttgtttccggtttgaggcctaa 15885210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University