View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4913_high_1 (Length: 503)

Name: NF4913_high_1
Description: NF4913
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4913_high_1
NF4913_high_1
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (68-490)||(16892596-16893017)
chr3 (316-469)||(51524602-51524756)
chr3 (343-404)||(31163384-31163446)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (18-483)||(12580012-12580478)
chr4 (317-462)||(37049760-37049906)
chr4 (317-462)||(19852211-19852351)
chr4 (352-436)||(16832422-16832507)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (40-490)||(26449714-26450150)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (258-490)||(50903662-50903888)
chr1 (341-488)||(49492061-49492209)
chr1 (317-459)||(13062188-13062331)
chr1 (325-469)||(17114960-17115105)
chr1 (319-394)||(41035295-41035371)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (317-469)||(8831468-8831621)
chr8 (316-469)||(27787018-27787172)
chr8 (325-461)||(399973-400110)
chr8 (317-454)||(28225977-28226115)
chr8 (341-462)||(29368877-29368999)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (317-462)||(10989751-10989894)
chr6 (317-462)||(25167603-25167749)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (316-412)||(30179897-30179994)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 68 - 490
Target Start/End: Original strand, 16892596 - 16893017
Alignment:
Q  68 ctcttttagaggttgttgaggtagtgtctttttctcgtgacaaggcacatacttctattgaagaaaggccctcaaaggttgtggatccggttactctgtt 167  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  16892596 ctctcttagaggttgttgaggtagtgtctttttctcgtgacaaggcacatacttctattgaagaaaggccctcaaaggttgcggatccggttactctctt 16892695  T
Q  168 acattgggctaattctccagttctcacccctttggctttgcctagcagttctgttccgaggtttcctgtagagccaggtgattgtgctcatattgcagct 267  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16892696 acgttgggctaattctccagttctcgcccctttggctttgcctagcagttctgttctgaggtttcctgtagagccaggtgattgtgctcatattgcagct 16892795  T
Q  268 attgatgctagtgtcaaagttactcttgacaacaccacctctcatccatctatgccacaacctgtaactacctactatgatagtttgacaagtgacaagc 367  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16892796 attgatgctagtgtcaaagttactcttgacaacaccacctctcatccatctatgccacagcctgtaactacctactatgatagtttgacaagtgacaagc 16892895  T
Q  368 tccc-tcaaaccaaaatttggttcatgcctccaaaccctctctccattctactgcaacccttaagagtgtacaaattctctccaaattctggggggctga 466  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16892896 tcccttcaaaccaaaatttggttcatgcctccaaacc--ctctccattctactgcagcccttaagagtgtgcaaattatctccaaattctggggggctga 16892993  T
Q  467 agttgaggaagaggacaatgatga 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  16892994 agttgaggaagaggacaatgatga 16893017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 316 - 469
Target Start/End: Original strand, 51524602 - 51524756
Alignment:
Q  316 tctatgccacaacctgtaactacctactatgatagtttgacaagtgacaagctccct-caaaccaaaatttggttcatgcctccaaaccctctctccatt 414  Q
    |||||||| || ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  51524602 tctatgccgcagcctgtaactacccgctatgatagtttgacaagtgacaagctcccttcaagccaaatcttggttcatgtttccaaaccctctctccatt 51524701  T
Q  415 ctactgcaacccttaagagtgtacaaattctctccaaattctggggggctgaagt 469  Q
    || | ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||    
T  51524702 ctgccgcagcccttaagagtgtgcaaattctttccaaattttggggggatgaagt 51524756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 343 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 31163446 - 31163384
Alignment:
Q  343 tatgatagtttgacaagtgacaagctccc-tcaaaccaaaatttggttcatgcctccaaaccc 404  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| ||| || ||||||    
T  31163446 tatgctagtttgacaagtgacaagctcccttcaaaccaaaccttggttcctgcttctaaaccc 31163384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 12580478 - 12580012
Alignment:
Q  18 aaatgtctcatctgagtcgcaaaatgttgtctctaaagctgccattgtctctcttttagaggttgttgaggtagtgtctttttctcgtgacaaggcacat 117  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12580478 aaatgtctcatttgactcgcaaaatgttgtctctgaagctgctattgtctctcctttagaggttgttgaggtagtgtctttttctcgtgacaaggcacat 12580379  T
Q  118 acttctattgaagaaaggccctcaaaggttgtggatccggttactctgttacattgggctaattctccagttctcacccctttggctttgcctagcagtt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12580378 acttctattgaagaaaggccctcaaaggttgtggatccggttactctgttacgtttggctaatactccagttctcacccctttggctttgcctagcagtt 12580279  T
Q  218 ctgttccgaggtttcctgtagagccaggtgattgtgctcatattgcagctattgatgctagtgtcaaagttactcttgacaacaccacctctcatccatc 317  Q
    ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12580278 ctgttctaaggtttcctgcagagccaggtgattgtgttcatattgcagctattgatgctagtgtcaaagttactcttgacaacaccgcctctcatccatc 12580179  T
Q  318 tatgccacaacctgtaactacctactatgatagtttgacaagtgacaagctccc-tcaaaccaaaatttggttcatgcctccaaaccctctctccattct 416  Q
    |||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12580178 tatgccgcagcctataactacctactatgatagtttgacaagtgacaagctcccttcaaaccaaaatttggttcatgccttcaaaccctctctccattct 12580079  T
Q  417 actgcaacccttaagagtgtacaaattctctccaaattctggggggctgaagttgaggaagaggaca 483  Q
     ||||| | |||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12580078 gctgcagcgcttaggagtgtgcaaattctctttaaattctggggggctgaagttgaggaagaggaca 12580012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 317 - 462
Target Start/End: Original strand, 37049760 - 37049906
Alignment:
Q  317 ctatgccacaacctgtaactacctactatgatagtttgacaagtgacaagctccc-tcaaaccaaaatttggttcatgcctccaaaccctctctccattc 415  Q
    ||||||| |||||| |||||||   ||||| ||||||||||  |||||||||||| |||| |||||  ||||||| ||| |||||| ||||  | |||||    
T  37049760 ctatgcctcaacctataactactagctatgctagtttgacacctgacaagctcccttcaagccaaatcttggttcctgcttccaaatcctcctttcattc 37049859  T
Q  416 tactgcaacccttaagagtgtacaaattctctccaaattctgggggg 462  Q
    | ||||  |||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  37049860 tgctgctgccctaaagagtgtgcaaattctttccaaattttgggggg 37049906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 317 - 462
Target Start/End: Original strand, 19852211 - 19852351
Alignment:
Q  317 ctatgccacaacctgtaactacctactatgatagtttgacaagtgacaagctccct-caaaccaaaatttggttcatgcctccaaaccctctctccattc 415  Q
    ||||||| |||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||| |||| ||| |||||      ||| |   | |||| |||||||||||||    
T  19852211 ctatgcctcaacctgtaactaccagttatgctagtttgacaagtgacaagcacccttcaagccaaa------ttcctattttcaaatcctctctccattc 19852304  T
Q  416 tactgcaacccttaagagtgtacaaattctctccaaattctgggggg 462  Q
    | ||||| |||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  19852305 tgctgcagccctaaagagtgtgcaaattctttccaaattttgggggg 19852351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 352 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 16832507 - 16832422
Alignment:
Q  352 ttgacaagtgacaagctccc-tcaaaccaaaatttggttcatgcctccaaaccctctctccattctactgcaacccttaagagtgt 436  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||| |||| ||| ||| | ||||  | ||||||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  16832507 ttgacaagtgacaagctcccttcaagccaaactttgattcttgctttcaaattcgctctccattctgctgcagccctaaagagtgt 16832422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 40 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 26450150 - 26449714
Alignment:
Q  40 aatgttgtctctaaagctgccattgtctctcttttagaggttgttgaggtagtgtctttttctcgtgacaaggcacatacttctattgaagaaaggccct 139  Q
    ||||||||| || ||| ||  |||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| | ||||| |||||||||||||||    
T  26450150 aatgttgtccctgaagttgttattgtctcccctttagaggttgttgaggtagtgtctatttctcgtgacgatgcacctgcttctgttgaagaaaggccct 26450051  T
Q  140 caaaggttgtggatccggttactctgttacattgggctaattctccagttctcacccctttggctttgcctagcagttctgttccgaggtttcctgtaga 239  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||               |||    
T  26450050 caaaggatgtggatccggttactctgttacattgggctaatactccagtactcaccccttcggctttgcctagcagttctgt---------------aga 26449966  T
Q  240 gccaggtgattgtgctcatattgcagctattgatgctagtgtcaaagttactcttgacaacaccacctctcatccatctatgccacaacctgtaactacc 339  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || ||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  26449965 gccaggtgattgtgctcatactgcagctattgatgctagtgtcaaggttactcttgacaacaacacttcccatccatttatgccgcaacctgtaactacc 26449866  T
Q  340 tactatgatagtttgacaagtgacaagctccc-tcaaaccaaaatttggttcatgcctccaaaccctctctccattctactgcaacccttaagagtgtac 438  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| |    
T  26449865 tactatgatagtttgacaagtgacaagctcccttcaaaccaaaacttggttcctacctccaaaccctctctccattttgctgcagcccttaagagtgtgc 26449766  T
Q  439 aaattctctccaaattctggggggctgaagttgaggaagaggacaatgatga 490  Q
    | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  26449765 agattctctccaaattttggggggatgaagttgaggaagaggacaataatga 26449714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 103; Significance: 5e-51; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 258 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 50903888 - 50903662
Alignment:
Q  258 tattgcagctattgatgctagtgtcaaagttactcttgacaacaccacctctcatccatctatgccacaacctgtaactacctactatgatagtttgaca 357  Q
    |||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||| ||||||||   ||| ||||||||||| | || ||||||||||||  ||||||     |||||    
T  50903888 tattgcagctatcgatattagtgtcaaggttactcttaacaacacc---tcttatccatctatgtcgcagcctgtaactacccgctatgac----tgaca 50903796  T
Q  358 agtgacaagctccct-caaaccaaaatttggttcatgcctccaaaccctctctccattctactgcaacccttaagagtgtacaaattctctccaaattct 456  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||  ||||||||||||| |    
T  50903795 agtgacaagctcccttcaaaccaaaaattggttctggcctctaaaccctctctccattctgctgcagcccttaagagtgtgcaggttctctccaaatttt 50903696  T
Q  457 ggggggctgaagttgaggaagaggacaatgatga 490  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  50903695 ggggggatgaagttgaggaagaggacaatgatga 50903662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 341 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 49492209 - 49492061
Alignment:
Q  341 actatgatagtttgacaagtgacaagctccctc-aaaccaaaatttggttcatgcctccaaaccctctctccattctactgcaacccttaagagtgtaca 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| || ||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||||| |||||  |    
T  49492209 actatgatagtttgacaagtgacaagctccctccaaaacaaaacttggctcctgcctccaaaccctctctcaattctgttgcagcccttaaaagtgtgta 49492110  T
Q  440 aattctctccaaattctggggggctgaagttgaggaagaggacaatgat 488  Q
     |||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  49492109 gattctctccaaattttggggggatgaagttaaggaagaggacaatgat 49492061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 317 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 13062331 - 13062188
Alignment:
Q  317 ctatgccacaacctgtaactacctactatgatagtttgacaagtgacaagctccc-tcaaaccaaaatttggttcatgcctccaaaccctctctccattc 415  Q
    ||||||| |||||| ||||||||  ||||| || |||||||  |||||||||||| |||| |||||  ||||||| ||| |||||| ||||  |||||||    
T  13062331 ctatgccgcaacctataactaccagctatgctaatttgacagttgacaagctcccttcaagccaaatcttggttcttgcttccaaatcctccttccattc 13062232  T
Q  416 tactgcaacccttaagagtgtacaaattctctccaaattctggg 459  Q
    | ||||| || | |||||||| || ||||| |||||||| ||||    
T  13062231 tgctgcagccttaaagagtgtgcagattctttccaaattttggg 13062188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 325 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 17115105 - 17114960
Alignment:
Q  325 caacctgtaactacctactatgatagtttgacaagtgacaagctc-cctcaaaccaaaatttggttcatgcctccaaaccctctctccattctactgcaa 423  Q
    |||| ||||||| ||  ||||| ||||||||||| |||||||||| | |||| |||||  ||||||||||  |||||||||||||||  || |  |||||    
T  17115105 caacttgtaactgccagctatgctagtttgacaaatgacaagctctcttcaagccaaatcttggttcatggttccaaaccctctctctgttatgttgcaa 17115006  T
Q  424 cccttaagagtgtacaaattctctccaaattctggggggctgaagt 469  Q
    | |||||||||||  | ||||| |||||||| || |||| ||||||    
T  17115005 ctcttaagagtgtgtagattctttccaaattttgaggggatgaagt 17114960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 319 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 41035371 - 41035295
Alignment:
Q  319 atgccacaacctgtaactacctactatgatagtttgacaagtgacaagctccc-tcaaaccaaaatttggttcatgc 394  Q
    ||||| || ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||  |||||||||||    
T  41035371 atgccgcagcctataactacccgctatgatagtttgacaagtgacaaactcccttcaagccaaatattggttcatgc 41035295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 66; Significance: 6e-29; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 317 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 8831621 - 8831468
Alignment:
Q  317 ctatgccacaacctgtaactacctactatgatagtttgacaagtgacaagctccct-caaaccaaaatttggttcatgcctccaaaccctctctccattc 415  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  ||| ||  | | |||||| |||||||||||||    
T  8831621 ctatgcctcaacctgtaactaccaactatgctagtttgacaagtgacaagctcccttcaagccaaatcttgatttctacttccaaatcctctctccattc 8831522  T
Q  416 tactgcaacccttaagagtgtacaaattctctccaaattctggggggctgaagt 469  Q
    | ||||| |||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||||| ||||||    
T  8831521 tgctgcagccctaaagagtgtgcagattctttccaaattttggggggatgaagt 8831468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 316 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 27787172 - 27787018
Alignment:
Q  316 tctatgccacaacctgtaactacctactatgatagtttgacaagtgacaagctccc-tcaaaccaaaatttggttcatgcctccaaaccctctctccatt 414  Q
    |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||  ||| ||||||  | |||||| ||||||||||    
T  27787172 tctatgccgcagcctgtaactacctgctatgatagtttgacaagtgacaagctcccttcatgccaaatcttgtttcatgttttcaaaccgtctctccatt 27787073  T
Q  415 ctactgcaacccttaagagtgtacaaattctctccaaattctggggggctgaagt 469  Q
    || | ||| ||||||||||||| || ||||| |||||||| || |||| ||||||    
T  27787072 ctgcagcagcccttaagagtgtgcagattctttccaaattttgaggggatgaagt 27787018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 325 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 400110 - 399973
Alignment:
Q  325 caacctgtaactacctactatgatagtttgacaagtgacaagctccct-caaaccaaaatttggttcatgcctccaaaccctctctccattctactgcaa 423  Q
    ||||||||||  |||  ||||| |||||||||||| |||| ||| ||| ||| ||||| |||||||| | | |||||| || ||||||||||||||| ||    
T  400110 caacctgtaagaaccagctatgctagtttgacaagagacacgctaccttcaagccaaactttggttccttcttccaaatcccctctccattctactggaa 400011  T
Q  424 cccttaagagtgtacaaattctctccaaattctggggg 461  Q
    |||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||||    
T  400010 ccctaaagagtgtccagattctttccaaattttggggg 399973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 317 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 28226115 - 28225977
Alignment:
Q  317 ctatgccacaacctgtaactacctactatgatagtttgacaagtgacaagctccct-caaaccaaaatttggttcatgcctccaaaccctctctccattc 415  Q
    ||||||| |||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| ||||| ||  |||||   ||| || ||| |||||| | |||||||||||    
T  28226115 ctatgccgcaacatgtaactaccaactatgctagtttgacaagtgaaaagatcccttcatgccaaaccatggctcctgcttccaaatcatctctccattc 28226016  T
Q  416 tactgcaacccttaagagtgtacaaattctctccaaatt 454  Q
    | ||||| |||| ||||||||  | ||||| ||||||||    
T  28226015 tgctgcagccctaaagagtgtgtagattctttccaaatt 28225977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 341 - 462
Target Start/End: Original strand, 29368877 - 29368999
Alignment:
Q  341 actatgatagtttgacaagtgacaagctccct-caaaccaaaatttggttcatgcctccaaaccctctctccattctactgcaacccttaagagtgtaca 439  Q
    |||||| ||||||||||  ||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||| |||||| ||||  | |||||| ||||| || | || ||||| ||    
T  29368877 actatgctagtttgacagctgataagctcccttcaagccaaactttggttcatgcttccaaatcctcctttcattctgctgcagccttaaaaagtgtgca 29368976  T
Q  440 aattctctccaaattctgggggg 462  Q
     ||||| |||||||| |||||||    
T  29368977 gattctttccaaattttgggggg 29368999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 317 - 462
Target Start/End: Original strand, 10989751 - 10989894
Alignment:
Q  317 ctatgccacaacctgtaactacctactatgatagtttgacaagtgacaagctccc-tcaaaccaaaatttggttcatgcctccaaaccctctctccattc 415  Q
    ||||||||||||||  ||| ||| |||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| |||||  |||||||   |||    
T  10989751 ctatgccacaacctacaacaaccaactatgctagtttgacaattgacaagctcccttcaaaccaaactttggttcctgcttccaactcctctct---ttc 10989847  T
Q  416 tactgcaacccttaagagtgtacaaattctctccaaattctgggggg 462  Q
       |||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||    
T  10989848 cgttgcagcccttaagagtgtacagattctttccaaattttgggggg 10989894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 317 - 462
Target Start/End: Original strand, 25167603 - 25167749
Alignment:
Q  317 ctatgccacaacctgtaactacctactatgatagtttgacaagtgacaagctccc-tcaaaccaaaatttggttcatgcctccaaaccctctctccattc 415  Q
    ||||||| |||||| |||||||   ||||| ||||||||||  |||||||||||| ||||  ||||  ||||||| ||| |||||| ||||  | |||||    
T  25167603 ctatgcctcaacctataactactagctatgctagtttgacacctgacaagctcccttcaagtcaaatcttggttcctgcttccaaatcctcctttcattc 25167702  T
Q  416 tactgcaacccttaagagtgtacaaattctctccaaattctgggggg 462  Q
    | |||   |||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  25167703 tgctgttgccctaaagagtgtgcaaattctttccaaattttgggggg 25167749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 316 - 412
Target Start/End: Original strand, 30179897 - 30179994
Alignment:
Q  316 tctatgccacaacctgtaactacctactatgatagtttgacaagtgacaagctccc-tcaaaccaaaatttggttcatgcctccaaaccctctctcca 412  Q
    |||||||| |||| ||||||||||  ||||| |||||  ||||||||||||||||| ||||  ||||  ||||||  ||| ||||| |||||||||||    
T  30179897 tctatgccgcaacttgtaactaccagctatgctagttgaacaagtgacaagctcccttcaagacaaatcttggtttctgcttccaatccctctctcca 30179994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University