View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4919-Insertion-1 (Length: 1110)

Name: NF4919-Insertion-1
Description: NF4919
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4919-Insertion-1
NF4919-Insertion-1
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (145-1005)||(195288-196151)
chr5 (8-116)||(201466-201574)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 701; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 701; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 145 - 1005
Target Start/End: Complemental strand, 196151 - 195288
Alignment:
Q  145 gatagttatttcactgaactgttggggaagtcagttactcagctctggactgactacaaaactaagtatatggcagtggcaccaactaactagaacggtt 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  196151 gatagttatttcactgaactgttggggaagtcagttactcagctctggactgactacaaaactaagtatatggcagtggcaccaactaactagaatggtt 196052  T
Q  245 aattggttaataaagagataatgcattgggatagttaataaccgtgcatgccattaaggttttacatttggtttctatattttaatttcatgttatgtca 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196051 aattggttaataaagagataatgcattgggatagttaataaccgtgcatgccattaaggttttacatttggtttctatattttaatttcatgttatgtca 195952  T
Q  345 ttcagctcacttattgtaaaactacttatcattttgtaacaatttgtttttgccaagtggattataatcttagatggagaaactatcttttaaataatgt 444  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  195951 ttcagctcacttcttgtaaaactacttatcattttgtaacaatttgtttttgccaagtgaattataatcttagatggagaaactatcttttaaataatgt 195852  T
Q  445 ttgaattttaacaaacacttatgagaactaatttaacatcattgactcatacttcaatcaatttaagatataacttgttccgaannnnnnnatttaagga 544  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||    
T  195851 ttgaattttaacaagcacttatgagaactaatttaacatcattgattcatacttcaatcaatttaagatataacttgttccgaatttttttatttaagga 195752  T
Q  545 aaatatgacgaatagcagcgacattaaccattacgaatagcatcaatttaagatatggagtattgattatgtagcatctttaccaaaacgtgcttagttt 644  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  | |  |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  195751 aaatatgacgaatagcagcgacattaaccattacga--agcatca--tga--ataattattattgattatgtagcatctttaccaaaacgtgcttagttt 195658  T
Q  645 cttaaaaatatacttgctttgtaaaatggaagaaccttatttacatcagatacataaccaggtgtgaatgtgattcttaatttgcggaccagcctaaaca 744  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  195657 cttaaaaatatacttgctttgtaaaatggaagaaccttatttacatcagatacataaccaggtgtgaatgtgattcttaatttgcggaccagcctaaaca 195558  T
Q  745 aaatattttgttatatttttgttggtcattcttattctttatttctagacacacaagtacatgtaaaatatagc-aagctcaatacaatacaagctgtca 843  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  195557 aaatattttgttatatttttgttggtcattcttattctttatttctagacacacaagtacatgtaaaatatagcaaagctcaatacaatacaagttgtca 195458  T
Q  844 agaaagctttggtcataacttgaacgtccctagcaaaatcagccgttaactagtttgatcgaagtc-atcgcatgcttttgct-ctcatttcgatgcttc 941  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  195457 agaaagctttggtcataacttgaacgtccctagcaaaatcagccgttaactagtttgatcgaagtcaatcgcatgcttttgctcctcatttcgatgcttc 195358  T
Q  942 tcttccttatttcatcgac-aatgattc-ata-tgc-gtgtga--gaccaccatctctaatagcagcttc 1005  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  195357 tcttccttatttcatcgacaaatgattcaatattgcggtgtgaagaaccaccatctctaatagcagcttc 195288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 8 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 201574 - 201466
Alignment:
Q  8 ataacatggtttaaagttatgttcactcaattgattgatgtcatgcacctagcaactccttattctttgctgcttaatttgatatgaactaattaattcc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  201574 ataacatggtttaaagttatgttcactcaattgattgatgtcatgcacctagcaactccttattctttgctgcttaatttgatatgaactaattaattcc 201475  T
Q  108 tcctatata 116  Q
    |||||||||    
T  201474 tcctatata 201466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University