View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4919-Insertion-2 (Length: 1020)

Name: NF4919-Insertion-2
Description: NF4919
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4919-Insertion-2
NF4919-Insertion-2
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (7-934)||(51755824-51756756)
chr1 (39-498)||(51855030-51855479)
chr1 (56-342)||(51762604-51762883)
chr1 (39-349)||(51858689-51859000)
chr1 (707-817)||(51860661-51860771)
chr1 (398-508)||(51762499-51762609)
chr1 (714-817)||(51850221-51850324)
chr1 (600-666)||(51762371-51762437)
chr1 (368-416)||(51381019-51381067)
chr1 (104-158)||(51221064-51221118)
chr1 (736-827)||(51820693-51820785)
chr1 (59-161)||(51381300-51381403)
chr1 (521-585)||(51380355-51380420)
chr1 (786-840)||(49809005-49809060)
chr1 (554-585)||(51762464-51762495)
chr1 (220-266)||(51377913-51377959)
chr1 (366-416)||(51783317-51783367)
chr1 (376-414)||(51838272-51838310)
chr1 (392-441)||(51220752-51220801)
chr1 (732-769)||(51376348-51376385)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (7-441)||(4743412-4743851)
chr6 (7-441)||(4182568-4183007)
[»] scaffold0710 (2 HSPs)
scaffold0710 (707-817)||(4620-4730)
scaffold0710 (376-414)||(2349-2387)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 820; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 820; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 934
Target Start/End: Complemental strand, 51756756 - 51755824
Alignment:
Q  7 aaattgttaagcgttcctcagatgggagatcattatatctataccaaaccattatatatttctgaggatgaccaagtgctaatgtattttgtgaagaggg 106  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  51756756 aaattgttaagtgttcctcaaatgggagatcattatatctataccaaaccattatatatttctgaggatgaccaagtgctgatgtattttgtgaagaggg 51756657  T
Q  107 gaaa-tttagtttggctttctatgattccataaatgatacttttaagattcctgaagcccaaaacaacattcatgatctgatgatacctgaagtttgcat 205  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51756656 gaaaatttagtttggctttctatgattccataaatgatacttttaagattcctgaagcccaaaacaacattcatgatctgatgatacctgaagtttgcat 51756557  T
Q  206 tccagaagtccactttgagagtttgatatcacctttatctcagtattaggatttagatgttgtgctatgtgaacttatggtcttgttatttgatttatgc 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51756556 tccagaagtccactttgagagtttgatatcacctttatctcagtattaggatttagatgttgtgcaatgtgaacttatggtcttgttatttgatttatgc 51756457  T
Q  306 tttttctggttaccaatgacgttacgggttattgttaatttatgatgtgagaaatatgaggcttgagaaattgctatgttattttcatttatttgttagt 405  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51756456 tttttctggttaccaatgacattacgggttattgttaatttatgatgtgagaaatatgaggcttgagaaattgctatgttattttcatttatttgttagt 51756357  T
Q  406 tagagttgttgattttgtcatcgtgcattacatttttatatgtttaacaatccttcaaatcttccatcatagattataaatttcatttaatattctcaat 505  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51756356 tagagttgttgattttgtcatcatgcattacatttttatatgtttaacaatccttcaaatcttccatcatagattataaatttcatttaatattctcaat 51756257  T
Q  506 tttgttaacaatccttcaattttgttttctacatcattggttggattctgcattctgctgcagtgtttgactcacaattatgttatcgttggcctcaaac 605  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51756256 tttattaacaatccttcaattttgttttctacatcattggttggattctgcattctgctgcagtgtttgactcacaattatgttatcgttggcctcaaac 51756157  T
Q  606 aagctttattcaatttcaaagatgaaatatttaaaggtggatatgacaaaaaatgaagtcattgcaagtattaattctaggttccaagatatatcctatt 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  51756156 aagctttattcaatttcaaagatgaaatatttaaaggtggatatgacaaaaaatgaagtcattgcaagtattaattctaggttccaag--atatcctatt 51756059  T
Q  706 ctggtttagctttgacacttgtttccttgttgtatctaatggagccattgttcaaagtgataggaaagaatgttgtggttgctgtcatgactgtggttgt 805  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51756058 ctggtttagttttgacacttgtttccttgttgtatcttatggagccattgttcaaagtgatgggaaagaatgttgtggttgctgtcatgactgtggttgt 51755959  T
Q  806 tgtcatggag-ttactgtaggtaagcaattctcattgacatattactatcatg-ttttagatcacagcctcattggctttgtagcactataag-tggtaa 902  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  51755958 tgtcatggagtttactgtaggtaagcaattctctttgacatattactatcatgtttttagatcacagcctcattggctttgtagcgctataagttggtaa 51755859  T
Q  903 tgattt-gcaa-cttc-ttttcatgaaagcttgaa 934  Q
    |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  51755858 tgatttggcaatcttctttttcatgaaagcttgaa 51755824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 39 - 498
Target Start/End: Original strand, 51855030 - 51855479
Alignment:
Q  39 ttatatctataccaaaccattatatatttctgaggatgaccaagtgctaatgtattttgtgaaga-ggggaaatttagtttggctttctatgattccata 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||| | |||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||     
T  51855030 ttatatctataccaaaccattatatatatctgaagatgaccaagtgctgacgtattttttcaagatggggaagtttagtttggctgtctatgattccatc 51855129  T
Q  138 aatgatacttttaagattcctgaagcccaaaacaacattcatgatctgatgatacctgaagtttgcattccagaagtccactttgagagtttgatatcac 237  Q
     |||||||||| |||||||||| |   |||||||| || ||||||||  |   ||| ||||  | | |||||||| || ||||||| |||||||||||||    
T  51855130 catgatactttgaagattcctgcaattcaaaacaatatccatgatctcgt---accagaagcctaccttccagaaatctactttgaaagtttgatatcac 51855226  T
Q  238 ctttatctcagtattaggatttagatgttgtgctatgtgaacttatggtcttgttatttgatttatgctttttctggttaccaatgacgttacgggttat 337  Q
     ||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||| | ||||||||     
T  51855227 atttttctcaggattaggatgtagatgttgtgctatgtgaacttatgatcttgttatttattttatgctggttctggttaccaatgacttcacgggttac 51855326  T
Q  338 tgttaatttatgatgtgagaaatatgaggcttgagaaattgctatgttattttcatttatttgttagttagagttgttgattttgtcatcgtgcattaca 437  Q
    |||| ||||||| |||  | |||||| ||||||||||| ||||| |||||||  ||||  || ||||||||||       ||||||||||||||||||||    
T  51855327 tgttgatttatggtgtatggaatatgcggcttgagaaactgctacgttatttcaattttcttattagttagag-------ttttgtcatcgtgcattaca 51855419  T
Q  438 tttttatatgtttaacaatccttcaaatcttccatcatagattataaatttcatttaatat 498  Q
     ||||||||  ||||||||| || ||||||||||   |||||||||||||||  |||||||    
T  51855420 -ttttatatagttaacaatcatttaaatcttccactctagattataaatttctcttaatat 51855479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 56 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 51762883 - 51762604
Alignment:
Q  56 cattatatatttctgaggatgaccaagtgctaatgtattttgtgaaga-ggggaaatttagtttggctttctatgattccataaatgatacttttaagat 154  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| || |||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  51762883 cattatatatatctgaagatgaccaagtgctgatgtatattctgaagatggggaaatttagtttggttgtctatggttccataaatgatacttttaagat 51762784  T
Q  155 tcctgaagcccaaaacaacattcatgatctgatgatacctgaagtttgcattccagaagtccactttgagagtttgatatcacctttatctcagtattag 254  Q
    |||| ||   ||||||||||||||||||| | |||||||   | | |||||||  |||||| || |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||    
T  51762783 tcctaaaattcaaaacaacattcatgatccgttgataccattattctgcattctggaagtctacgttgagagtttgatatcacctttttttcaatattag 51762684  T
Q  255 gatttagatgttgtgctatgtgaacttatggtcttgttatttgatttatgctttttctggttaccaatgacgttacgggttattgtta 342  Q
    ||| |||||| ||||||||||||        ||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  51762683 gatgtagatgctgtgctatgtga--------tcttgttatttaatacatgctttttctggtttccaatgactttacgggttattgtta 51762604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 39 - 349
Target Start/End: Original strand, 51858689 - 51859000
Alignment:
Q  39 ttatatctataccaaaccattatatatttctgaggatgaccaagtgctaatgtattttgtgaagag-gggaaatttagtttggctttctatgattccata 137  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||| || | |||| || |||||| | ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||     
T  51858689 ttatatctataccaaagtattatatatatctgaagatggcctaatgctgatatattttttcaagagagggaaatttaggttggctgtctatgattccatt 51858788  T
Q  138 aatgatacttttaagattcctgaagcccaaaacaacattcatgatctgatgatacctgaagtttgcattccagaagtccactttgagagtttgatatcac 237  Q
    |||||||| || ||||||||||||   |||||||| || ||||||||| | | |   ||||| | | ||||||||||| || |||| | |||||||||||    
T  51858789 aatgatacattgaagattcctgaaattcaaaacaatatccatgatctggtaaaa---gaagtctaccttccagaagtctacattgaaactttgatatcac 51858885  T
Q  238 ctttatctcagtattaggatttagatgttgtgctatgtgaacttatggtcttgttatttgatttatgctttttctggtt---accaatgacgttacgggt 334  Q
    || | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||   ||||||||| ||||| ||    
T  51858886 ctctttctcagtattaagatgtagatgttgtgctatgtgaacttatgatcttgttatttattttatgcttgttctggttaccaccaatgactttacgagt 51858985  T
Q  335 tattgttaatttatg 349  Q
    ||||||| |||||||    
T  51858986 tattgttgatttatg 51859000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 707 - 817
Target Start/End: Original strand, 51860661 - 51860771
Alignment:
Q  707 tggtttagctttgacacttgtttccttgttgtatctaatggagccattgttcaaagtgataggaaagaatgttgtggttgctgtcatgactgtggttgtt 806  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||     
T  51860661 tggtttagctttgacacttgtttcattgttgtatctaatggaaccattgtacaaagggataggaaaaaatgctgttgttgctgtcatgactgtggttgtg 51860760  T
Q  807 gtcatggagtt 817  Q
    |||||||||||    
T  51860761 gtcatggagtt 51860771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 398 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 51762609 - 51762499
Alignment:
Q  398 ttgttagttagagttgttgattttgtcatcgtgcattacatttttatatgtttaacaatccttcaaatcttccatcatagattataaatttcatttaata 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||||| ||  || |||||||||||| |||| ||    
T  51762609 ttgttagttagagttgttgattttgtcctcgtgcattgcatttttatataattaagaatccttcaaatcttctatactatattataaatttcttttatta 51762510  T
Q  498 ttctcaatttt 508  Q
    |||||||||||    
T  51762509 ttctcaatttt 51762499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 714 - 817
Target Start/End: Original strand, 51850221 - 51850324
Alignment:
Q  714 gctttgacacttgtttccttgttgtatctaatggagccattgttcaaagtgataggaaagaatgttgtggttgctgtcatgactgtggttgttgtcatgg 813  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  | |||| | ||   |||||||||||||||||||| |||||||    
T  51850221 gctttgacacttgtatctttgttgtatctaatggagccattgttcaaagggataggggaaaatgctatgtgggctgtcatgactgtggttgtggtcatgg 51850320  T
Q  814 agtt 817  Q
    ||||    
T  51850321 agtt 51850324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 600 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 51762437 - 51762371
Alignment:
Q  600 tcaaacaagctttattcaatttcaaagatgaaatatttaaaggtggatatgacaaaaaatgaagtca 666  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  51762437 tcaaacaagctttattcaatttcagagatgaaatatttaatggtggatttgacaaaaaatgaagtca 51762371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 368 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 51381067 - 51381019
Alignment:
Q  368 ttgagaaattgctatgttattttcatttatttgttagttagagttgttg 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  51381067 ttgagaaattgctatgttattttcatttatttcttagttagagttgttg 51381019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 104 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 51221118 - 51221064
Alignment:
Q  104 ggggaaatttagtttggctttctatgattccataaatgatacttttaagattcct 158  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  51221118 ggggaaatttagtttggttatctatgattccataaataatacatttaagattcct 51221064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 736 - 827
Target Start/End: Original strand, 51820693 - 51820785
Alignment:
Q  736 tgtatctaatggagccattgttcaaagtgataggaaagaatgttgtggttgctgtcatgactgtggttgttgtcatggagtt-actgtaggta 827  Q
    ||||||||||||| || |||||||||| |||||||   |||| | ||   |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  51820693 tgtatctaatggaacctttgttcaaagggataggatcaaatgctatgtgggctgtcatgactgtggttgtggtcatggagttcactgtaggta 51820785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 59 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 51381403 - 51381300
Alignment:
Q  59 tatatatttctgaggatgaccaagtgctaatgtattttgtgaaga-ggggaaatttagtttggctttctatgattccataaatgatacttttaagattcc 157  Q
    |||||||||| || |||||||||||  | ||| | ||| | |||| ||||||||| ||||||  | |||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  51381403 tatatatttcggaagatgaccaagttttgatgcagtttctaaagatggggaaattcagtttgcttgtctatgattccaaaaatgatactttgaagattcc 51381304  T
Q  158 tgaa 161  Q
    ||||    
T  51381303 tgaa 51381300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 521 - 585
Target Start/End: Complemental strand, 51380420 - 51380355
Alignment:
Q  521 tcaattttgttt-tctacatcattggttggattctgcattctgctgcagtgtttgactcacaatta 585  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| |||||||||    
T  51380420 tcaattttgttagtctatatcattggttggattctgcattttggcgcagtgtttgattcacaatta 51380355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 786 - 840
Target Start/End: Complemental strand, 49809060 - 49809005
Alignment:
Q  786 gctgtcatgactgtggttgttgtcatggagtt-actgtaggtaagcaattctcatt 840  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| || |||||||||    
T  49809060 gctgtcatgactgtggttgtagtcatggagttcactgcaggtatgctattctcatt 49809005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 554 - 585
Target Start/End: Complemental strand, 51762495 - 51762464
Alignment:
Q  554 tgcattctgctgcagtgtttgactcacaatta 585  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51762495 tgcattctgctgcagtgtttgactcacaatta 51762464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 220 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 51377959 - 51377913
Alignment:
Q  220 ttgagagtttgatatcacctttatctcagtattaggatttagatgtt 266  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||    
T  51377959 ttgagagtttgatctcacctttttctcaatattaggatgtagatgtt 51377913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 366 - 416
Target Start/End: Original strand, 51783317 - 51783367
Alignment:
Q  366 gcttgagaaattgctatgttattttcatttatttgttagttagagttgttg 416  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| ||||||    
T  51783317 gcttgtgaaattgctatgttactttaatttatttgttagctagaattgttg 51783367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 376 - 414
Target Start/End: Original strand, 51838272 - 51838310
Alignment:
Q  376 ttgctatgttattttcatttatttgttagttagagttgt 414  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  51838272 ttgctatgtaattttcattgatttgttagttagagttgt 51838310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 392 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 51220801 - 51220752
Alignment:
Q  392 atttatttgttagttagagttgttgattttgtcatcgtgcattacatttt 441  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||    
T  51220801 atttatttgtttgttagagttattggttttgtcatcaagcattacatttt 51220752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 732 - 769
Target Start/End: Complemental strand, 51376385 - 51376348
Alignment:
Q  732 ttgttgtatctaatggagccattgttcaaagtgatagg 769  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  51376385 ttgttgtatctaatggagccattgttcaatgggatagg 51376348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 143; Significance: 1e-74; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 7 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 4743851 - 4743412
Alignment:
Q  7 aaattgttaagcgttcctcagatgggagatcattatatctatacc------aaaccattatatatttctgaggatgaccaagtgctaatgtattttgtga 100  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||  |||||| |||| |      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||    
T  4743851 aaattgttaagtgttcctcaaatgggagatgcttatatatatatcttaactaaaccattatatatttctgagcatgaccaagtgctgatgtattttatga 4743752  T
Q  101 agagg-ggaaatttagtttggctttctatgattccataaatgatacttttaagattcctgaagcccaaaacaacattcatgatctgatgatacctgaagt 199  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||  |||||| || | || ||||  |   ||||     
T  4743751 agaggaggaaatttagtttggctgtctatgattccataaatgatacttataagattcctgaaattcaaggcaacatccaagttccgatggaag--gaaga 4743654  T
Q  200 ttgcatt--ccagaagtccactttgagagtttgatatcacctttatctcagtattaggatttagatgttgtgctatgtgaacttatggtcttgttatttg 297  Q
    ||  |||  ||| | ||| || |||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||||     
T  4743653 ttctattttccatacgtctacattgagagtttgatatcacctttttttcaggattaggatgtagatgttgtgctatgtgaaactatgaacttgttattt- 4743555  T
Q  298 atttatgctttttctggttaccaatgacgttacgggttattgttaatttatgatgtgagaaatatgaggcttgagaaattgctatgttattttcatttat 397  Q
    |||||| ||| ||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||| ||||| | || | |||||| ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||    
T  4743554 atttatacttgttctggttaacaatgattttacgagttattgttaaattatggtatgtggaatatgcggcttgagatattgctatgttcttttaatttat 4743455  T
Q  398 ttgttagttagagttgttgattttgtcatcgtgcattacatttt 441  Q
    || || ||||||||||  | ||||||||||||||| ||||||||    
T  4743454 ttattggttagagttg-cggttttgtcatcgtgcactacatttt 4743412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 7 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 4183007 - 4182568
Alignment:
Q  7 aaattgttaagcgttcctcagatgggagatcattatatctatacc------aaaccattatatatttctgaggatgaccaagtgctaatgtattttgtga 100  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||  |||||| |||| |      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||    
T  4183007 aaattgttaagtgttcctcaaatgggagatgcttatatatatatcttaactaaaccattatatatttctgagcatgaccaagtgctgatgtattttatga 4182908  T
Q  101 agagg-ggaaatttagtttggctttctatgattccataaatgatacttttaagattcctgaagcccaaaacaacattcatgatctgatgatacctgaagt 199  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||  |||||| || | || ||||  |   ||||     
T  4182907 agaggaggaaatttagtttggctgtctatgattccataaatgatacttataagattcctgaaattcaaggcaacatccaagttccgatggaag--gaaga 4182810  T
Q  200 ttgcatt--ccagaagtccactttgagagtttgatatcacctttatctcagtattaggatttagatgttgtgctatgtgaacttatggtcttgttatttg 297  Q
    ||  |||  ||| | ||| || |||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||||     
T  4182809 ttctattttccatacgtctacattgagagtttgatatcacctttttttcaggattaggatgtagatgttgtgctatgtgaaactatgaacttgttattt- 4182711  T
Q  298 atttatgctttttctggttaccaatgacgttacgggttattgttaatttatgatgtgagaaatatgaggcttgagaaattgctatgttattttcatttat 397  Q
    |||||| ||| ||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||| ||||| | || | |||||| ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||    
T  4182710 atttatacttgttctggttaacaatgattttacgagttattgttaaattatggtatgtggaatatgcggcttgagatattgctatgttcttttaatttat 4182611  T
Q  398 ttgttagttagagttgttgattttgtcatcgtgcattacatttt 441  Q
    || |  ||||||||||  | ||||||||||||||| || |||||    
T  4182610 ttatgggttagagttg-cggttttgtcatcgtgcactatatttt 4182568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0710 (Bit Score: 79; Significance: 2e-36; HSPs: 2)
Name: scaffold0710
Description:

Target: scaffold0710; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 707 - 817
Target Start/End: Original strand, 4620 - 4730
Alignment:
Q  707 tggtttagctttgacacttgtttccttgttgtatctaatggagccattgttcaaagtgataggaaagaatgttgtggttgctgtcatgactgtggttgtt 806  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||     
T  4620 tggtttagctttgacacttgtttcattgttgtatctaatggaaccattgtacaaagggataggaaaaaatgctgttgttgctgtcatgactgtggttgtg 4719  T
Q  807 gtcatggagtt 817  Q
    |||||||||||    
T  4720 gtcatggagtt 4730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0710; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 376 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 2387 - 2349
Alignment:
Q  376 ttgctatgttattttcatttatttgttagttagagttgt 414  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2387 ttgctatgtaattttcattgatttgttagttagagttgt 2349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University