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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4919_low_1 (Length: 880)
Name: NF4919_low_1
Description: NF4919
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4919_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 742; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 742; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 874
Target Start/End: Complemental strand, 29208222 - 29207360
Alignment:
| Q |
18 |
attttacaatgttgttagacaaagagaagtcattgaagatgattctcatgcacttgttttgttctatttcatggttcatcttaagattgaagttatggaa |
117 |
Q |
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| T |
29208222 |
attttacaatgttgttggacaaagagaagtcaataaagatgattctcatgcacttgttttgttctatttcatggttcatcttaagattgaagttatggaa |
29208123 |
T |
|
| Q |
118 |
ttgtcaaaagtagcatccttaatgatagtaaatgaaatgagatgaatgggaggtgtttcttaagcaacaaaacagcttgcatacttca----ctagatag |
213 |
Q |
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| T |
29208122 |
ttgtcaaaagtagcatccttaatgatagtaaatgaaatgagatgaatgggaggtgtttcttaagcaacaaaacatcttgcatacttcactagctagatag |
29208023 |
T |
|
| Q |
214 |
tgatacaacctttgttttgaaataagcacaattatatatgtatgaaacaaagttgcattgccaccttgtgcttttaataacacatatatgtgaaatgata |
313 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
29208022 |
tgatacaacctttgttttgaaataagcacaattatatatgtatgaaac-aagttgcattgtcaccttgtgcttttaataacacatatatgtgaaatgata |
29207924 |
T |
|
| Q |
314 |
atttacatatataaaaataataaatcagcacaagcacacaaatgtgtgacgaatcataattgacataatataaaagtatatatattttagaaaagcatgc |
413 |
Q |
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|
|
| T |
29207923 |
atttacatatataaaaataataaatcagcacaagcacacaaatgtgtgacgaatcataattgacataatataaa-----gtatattttagaaaagcatgc |
29207829 |
T |
|
| Q |
414 |
atacgac----atatgtgatatattgaaagtacaactaacctaacaaagtttatccatgcaactttctacttgtcatcgtttctttaaatcacaattgcc |
509 |
Q |
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| T |
29207828 |
atacgacatatatatgtgatatattgaaagtacaactaacctaacaaagtttatccatgcaactttctacttgtcatcatttctttaaatcacaattgcc |
29207729 |
T |
|
| Q |
510 |
taaactacacatatctctttaaactttgttaaaagtattatgctacaaatgatagatatattgaaccactagttggtaagtgttgatttgcttctatata |
609 |
Q |
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| T |
29207728 |
taaactacacatatctctttaaactttgttaaaagtattatgctacaaatgatagatatattgaaccactatttggtaagtgttgatttgcttctatata |
29207629 |
T |
|
| Q |
610 |
tagaaagacaaattcctattttcaaataattttgaaaaaggtggtcttgatatgtcatactttagatagttgttataggcatccacacttaattttgcac |
709 |
Q |
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| T |
29207628 |
tagaaagacaaattcctatttataaataattttgaaaaaggtggtcttgatatgtcatactttagatagttgttataggcatccacgcttaattttgcac |
29207529 |
T |
|
| Q |
710 |
tcaa----atatttcttttaagttggttagacatgatatatattattggaccacaattatttagatcaagtgcattaccaacaacactatatcacataat |
805 |
Q |
| |
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| T |
29207528 |
tcaaatatatatttcttttaagttggttagacctgatatatattattggaccacaattatttagatcaagtgcattaccaacaacactatatcacataat |
29207429 |
T |
|
| Q |
806 |
tagcactttttgcctcttttactattattactattataatataataatgctttaataatcctttctctg |
874 |
Q |
| |
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|
| T |
29207428 |
tagcactttttgcctcttttactattattactattataatataataatgctttaataatcctttctctg |
29207360 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 249 - 331
Target Start/End: Original strand, 38378289 - 38378369
Alignment:
| Q |
249 |
atatgtatgaaacaaagttgcattgccaccttgtgcttttaataacacatatatgtgaaatgataatttacatatataaaaat |
331 |
Q |
| |
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| T |
38378289 |
atatgtatggagcgaagttgcattgccactttgtgcctctaat--cacacatatgagaaatgataagttacatgtataaaaat |
38378369 |
T |
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