View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4920-Insertion-1 (Length: 995)

Name: NF4920-Insertion-1
Description: NF4920
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4920-Insertion-1
NF4920-Insertion-1
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (8-989)||(48592740-48593714)
chr1 (190-989)||(48597531-48598325)
chr1 (8-137)||(48602435-48602564)
chr1 (145-176)||(48597488-48597519)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (258-926)||(23230593-23231270)
chr4 (258-884)||(23222890-23223525)
chr4 (8-157)||(23231443-23231592)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 847; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 847; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 989
Target Start/End: Original strand, 48592740 - 48593714
Alignment:
Q  8 agatggtggtggtgagaatggtgaagaagagagactgaaagattttcttgacattttgctagatgtctacagtgagaaagaccgtgaagtcaactttact 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  48592740 agatggtggtggtgagaatggtgaagaagagagactgaaagattttcttgacattttgctagatgtctacagtgagaaaaactgtgaagtcaactttact 48592839  T
Q  108 agaaatcatatcaaatcattaatattggtatgtatataacttctcctcatactttttatgtaattataaaagnnnnnnnnnnaccctagtaagttataaa 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||    
T  48592840 agaaatcatatcaaatcattaatattggtacgtatataacttctcctcatactttttatgtaattataat--tttttttttgaccctagtaagttataaa 48592937  T
Q  208 acattgttggattattgttattaaattatttcttcaaaaaataataaatgtcaggattactttacggcagcaaccgacactactgccatctccgtggaat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48592938 acattgttggattattgttattaaattatttcttcaaaaaataataaatgtcaggattactttacggcagcaaccgacactactgccatctccgtggaat 48593037  T
Q  308 ggacaatatcagaactgtttaacaatccaagggtgctgaaaaaagcacaagaggaggtggatatagttactagaaaggaaagacttgtgtgtgaagaaga 407  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48593038 gggcaatatcagaactgtttaacaatccaagggtgctgaaaaaagcacaagaggaggtggatatagttactagaaaggaaagacttgtgtgtgaagaaga 48593137  T
Q  408 cggtccaaaccttccttatatacatgctatcataaaagaaacaatgaggcttcatcccccgataccgatgattatgaggaagggaatggaagattgtgtg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48593138 cggtccaaaccttccttatatacatgctatcataaaagaaacaatgaggcttcatcccccgataccgatgattatgaggaagggaatggaagattgtgtg 48593237  T
Q  508 gttgatggtaacatgattccgaaaggctcaatggtttgtgtaaacatttgggctatggcaagggacccaaagatatgggaaaacccattagagtttagac 607  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  48593238 gttgatggtaacatgattctgaaaggctcaatggtttgtgtaaacatttgggctatggcaagggacccaaagatatgggaaaacccattagagtttaggc 48593337  T
Q  608 cagaaaggtttttagaaaacaaagatattgacatgaaagggcaccagtttgagttgttgccatttggttctggaaggagaggttgtcctggtatgccttt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48593338 cagaaaggtttttagaaaacaaagatattgacatgaaagggcaccagtttgagttgttgccatttggttctggaaggagaggttgtcctggtatgccttt 48593437  T
Q  708 ggccctacgtcaattacccactgtaattggtgctttggtacaatgctttgagtggaagatgcttgattcggaatgtaagattttagatcaaggcnnnnnn 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||          
T  48593438 ggccctacgtcaattacccactgtaattggtgctttggtacaatgctttgagtggaagatgcttgattcggaatgtaagatcttagatcaaggcaaaaaa 48593537  T
Q  808 nttgatatggatgaacggcctggattgactgctcctagggccaatgatcttatttgtattccagttgcaagattgaacccccttacatttcttcaacttt 907  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48593538 attgatatggatgaacggcctggattgactgctcctagggccaatgatcttatttgtattccagttgcaagattgaacccccttacatttcttcaacttt 48593637  T
Q  908 aataaaagggaatttgtgataaattaagtagtgcaattgttgtttatgtctttcctctattccacatcttaagcccttgctc 989  Q
    | |||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||    
T  48593638 agtaaaagggaatttgtgata----aagtagtgcaattgttgtttatgtcttt-ctctattcacaatcttaagcccttgctc 48593714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 722; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 190 - 989
Target Start/End: Original strand, 48597531 - 48598325
Alignment:
Q  190 accctagtaagttataaaacattgttggattattgttattaaattatttcttcaaaaaataataaatgtcaggattactttacggcagcaaccgacacta 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48597531 accctagtaagttataaaacattgttggattattgttattaaattatttcttcaaaaaataataaatgtcaggattactttacggcagcaaccgacacta 48597630  T
Q  290 ctgccatctccgtggaatggacaatatcagaactgtttaacaatccaagggtgctgaaaaaagcacaagaggaggtggatatagttactagaaaggaaag 389  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48597631 ctgccatctccgtggaatgggcaatatcagaactgtttaacaatccaagggtgctgaaaaaagcacaagaggaggtggatatagttactagaaaggaaag 48597730  T
Q  390 acttgtgtgtgaagaagacggtccaaaccttccttatatacatgctatcataaaagaaacaatgaggcttcatcccccgataccgatgattatgaggaag 489  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48597731 acttgtgtgtgaagaagacggtccaaaccttccttatatacatgctatcataaaagaaacaatgaggcttcatcccccgataccgatgattatgaggaag 48597830  T
Q  490 ggaatggaagattgtgtggttgatggtaacatgattccgaaaggctcaatggtttgtgtaaacatttgggctatggcaagggacccaaagatatgggaaa 589  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48597831 ggaatggaagattgtgtggttgatggtaacatgattctgaaaggctcaatggtttgtgtaaacatttgggctatggcaagggacccaaagatatgggaaa 48597930  T
Q  590 acccattagagtttagaccagaaaggtttttagaaaacaaagatattgacatgaaagggcaccagtttgagttgttgccatttggttctggaaggagagg 689  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48597931 acccattagagtttaggccagaaaggtttttagaaaacaaagatattgacatgaaagggcaccagtttgagttgttgccatttggttctggaaggagagg 48598030  T
Q  690 ttgtcctggtatgcctttggccctacgtcaattacccactgtaattggtgctttggtacaatgctttgagtggaagatgcttgattcggaatgtaagatt 789  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  48598031 ttgtcctggtatgcctttggccctacgtcaattacccactgtaattggtgctttggtacaatgctttgagtggaagatgcttgattcggaatgtaagatc 48598130  T
Q  790 ttagatcaaggcnnnnnnnttgatatggatgaacggcctggattgactgctcctagggccaatgatcttatttgtattccagttgcaagattgaaccccc 889  Q
    ||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48598131 ttagatcaaggcaaaaaaattgatatggatgaacggcctggattgactgctcctagggccaatgatcttatttgtattccagttgcaagattgaaccccc 48598230  T
Q  890 ttacatttcttcaactttaataaaagggaatttgtgataaattaagtagtgcaattgttgtttatgtctttcctctattccacatcttaagcccttgctc 989  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||    
T  48598231 ttacatttcttcaactttagtaaaagggaatttgtgata----aagtagtgcaattgttgtttatgtcttt-ctctattcacaatcttaagcccttgctc 48598325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 8 - 137
Target Start/End: Original strand, 48602435 - 48602564
Alignment:
Q  8 agatggtggtggtgagaatggtgaagaagagagactgaaagattttcttgacattttgctagatgtctacagtgagaaagaccgtgaagtcaactttact 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48602435 agatggtggtggtgagaatggtgaagaagagagactgaaagattttcttgacattttgctagatgtctacagtgagaaagaccgtgaagtcaactttact 48602534  T
Q  108 agaaatcatatcaaatcattaatattggta 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48602535 agaaatcatatcaaatcattaatattggta 48602564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 145 - 176
Target Start/End: Original strand, 48597488 - 48597519
Alignment:
Q  145 aacttctcctcatactttttatgtaattataa 176  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48597488 aacttctcctcatactttttatgtaattataa 48597519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 309; Significance: 1e-173; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 258 - 926
Target Start/End: Complemental strand, 23231270 - 23230593
Alignment:
Q  258 tcaggattactttacggcagcaaccgacactactgccatctccgtggaatggacaatatcagaactgtttaacaatccaagggtgctgaaaaaagcacaa 357  Q
    |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  23231270 tcaggattacttcacagcagctaccgacactactgccatctcagtcgaatgggcaatatcagaactgtttaacaatccaagggtgttgaaaaaagctcaa 23231171  T
Q  358 gaggaggtggatatagttactagaaaggaaagacttgtgtgtgaagaagacggtccaaaccttccttatatacatgctatcataaaagaaacaatgaggc 457  Q
    |||||||| || | ||||    ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  23231170 gaggaggtagagagagttgtaggaaaggaaagattagtgtgtgaagaagacagtccaaaccttccttatatacatgccatcataaaagaaaccatgaggc 23231071  T
Q  458 ttcatcccccgataccgatgattatgaggaagggaatggaagattgtgtggttgatggtaacatgattccgaaaggctcaatggtttgtgtaaacatttg 557  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  23231070 ttcaccctccgataccgatgattatgaggaaaggaatggaagattgtgttgttgatggtaaaatggttccaaaaggatcaatggtttgtgtgaacatttg 23230971  T
Q  558 ggctatggcaagggacccaaagatatgggaaaacccattagagtttagaccagaaaggtttttagaaaacaaag---------atattgacatgaaaggg 648  Q
    |||||||| ||| |||| |||||||||||||||  ||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||         |||| || |||||||||    
T  23230970 ggctatgggaagagaccaaaagatatgggaaaatgcattagattttaagccagaaaggtttttagaaaacaaagaaggaaacaatatagatatgaaaggg 23230871  T
Q  649 caccagtttgagttgttgccatttggttctggaaggagaggttgtcctggtatgcctttggccctacgtcaattacccactgtaattggtgctttggtac 748  Q
    || || | ||||||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||| | || ||||| ||||| ||| | || |||||||| |    
T  23230870 catcactatgagttgctaccatttggttctggaaggagaggctgccctggtatgccgttggccatgcgccaattgcccaccgtagtcggggctttggtgc 23230771  T
Q  749 aatgctttgagtggaagatgcttgattcggaatgtaagattttagatcaaggcnnnnnnnttgatatggatgaacggcctggattgactgctcctagggc 848  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || ||| |||| || ||||||| ||||       | |||||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||    
T  23230770 aatgctttgagtggaaaatgcttgactccgaaggtaaaatattagatcgaggcaaaacaatcgatatggatgaaagacctggattgaccgctcctagagc 23230671  T
Q  849 caatgatcttatttgtattccagttgcaagattgaacccccttacatttcttcaactttaataaaagggaatttgtga 926  Q
    |||||||||||||||||||||  || ||||| |||||||   ||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  23230670 caatgatcttatttgtattccgatttcaagaatgaacccaaatacttttcttcagcttttgtaaaagggaatttgtga 23230593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 258 - 884
Target Start/End: Complemental strand, 23223525 - 23222890
Alignment:
Q  258 tcaggattactttacggcagcaaccgacactactgccatctccgtggaatggacaatatcagaactgtttaacaatccaagggtgctgaaaaaagcacaa 357  Q
    |||||||||||| || ||||| || || || |||||||| ||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  || ||||| |||||||||    
T  23223525 tcaggattacttcacagcagctacagatacaactgccatttcattggaatggacaatagcagaactgttcaacaatccaatagtactgaagaaagcacaa 23223426  T
Q  358 gaggaggtggatatagttactagaaaggaaagacttgtgtgtgaagaagacggtccaaaccttccttatatacatgctatcataaaagaaacaatgaggc 457  Q
    || |||||||| | | | |   | ||||||||||| || ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| || || |||||||||||| ||||||    
T  23223425 gaagaggtggagagaataatagggaaggaaagactagtatgtgaagcagacattccaaaccttccttatatacaagccattataaaagaaacattgaggc 23223326  T
Q  458 ttcatcccccgataccgatgattatgaggaagggaatggaagattgtgtggttgatggtaacatgattccgaaaggctcaatggtttgtgtaaacatttg 557  Q
    |||| || ||  |||||||||||   ||||| ||||   ||||||||||||| ||||| || |||||    ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  23223325 ttcacccaccactaccgatgattgctaggaaaggaacaaaagattgtgtggtcgatgggaaaatgatcaaaaaaggctcaatagtttgtgtgaacatttg 23223226  T
Q  558 ggctatggcaagggacccaaagatatgggaaaacccattagagtttagaccagaaaggtttttagaa-----aacaaa----gatattgacatgaaaggg 648  Q
    |||||| | ||||||| ||||||  ||| |||||||| |||||||||| || |||||||||||||||     || | |    || || || || ||||||    
T  23223225 ggctattggaagggactcaaagacttggaaaaacccactagagtttaggcctgaaaggtttttagaatctggaaaagagagtgagatagatatcaaaggg 23223126  T
Q  649 caccagtttgagttgttgccatttggttctggaaggagaggttgtcctggtatgcctttggccctacgtcaattacccactgtaattggtgctttggtac 748  Q
    ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||| | ||  |||| || ||||| ||||| ||||| ||||    
T  23223125 catgactttgagttgttgccatttggttctggaaggagaggttgcccggggatgcctttggccatgcgcgaattgccgactgtgattggagctttagtac 23223026  T
Q  749 aatgctttgagtggaagatgcttgattcggaatgtaagattttagatcaaggcnnnnnnnttgatatggatgaacggcctggattgactgctcctagggc 848  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||  | ||||||||||||       | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  23223025 aatgctttgagtggaagatgcttgactctgaaggtaaattattagatcaaggcaaaacaatcgatatggatgaacggcctggattgactgctcctagagc 23222926  T
Q  849 caatgatcttatttgtattccagttgcaagattgaa 884  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  23222925 caatgatcttttttgcattccagttgcaagattgaa 23222890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 8 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 23231592 - 23231443
Alignment:
Q  8 agatggtggtggtgagaatggtgaagaagagagactgaaagattttcttgacattttgctagatgtctacagtgagaaagaccgtgaagtcaactttact 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||     |||||||||| ||||||||| ||||||    
T  23231592 agatggtggtggtgagaatggtgaagaagagagactgaaagattttcttgacattttgcttaatgtctttgaggagaaagaccttgaagtcaattttact 23231493  T
Q  108 agaaatcatatcaaatcattaatattggtatgtatataacttctcctcat 157  Q
    |||| ||||||||||||||| || ||||||  |||| | |||||||||||    
T  23231492 agaagtcatatcaaatcattgatcttggtacatatacatcttctcctcat 23231443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University