View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4923-Insertion-2 (Length: 702)

Name: NF4923-Insertion-2
Description: NF4923
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4923-Insertion-2
NF4923-Insertion-2
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (8-702)||(120476-121183)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (8-702)||(21816790-21817498)
chr6 (241-702)||(22273407-22273880)
[»] chr1 (21 HSPs)
chr1 (192-702)||(13596135-13596657)
chr1 (236-702)||(13677296-13677774)
chr1 (236-702)||(13552400-13552878)
chr1 (226-702)||(20377588-20378076)
chr1 (225-702)||(15895733-15896222)
chr1 (247-697)||(20510532-20510994)
chr1 (334-702)||(13516924-13517292)
chr1 (241-672)||(19189190-19189633)
chr1 (242-702)||(16453771-16454240)
chr1 (242-702)||(16462928-16463397)
chr1 (236-702)||(20486105-20486583)
chr1 (359-702)||(16491985-16492328)
chr1 (8-148)||(13596672-13596812)
chr1 (8-112)||(15895420-15895524)
chr1 (8-112)||(13553089-13553181)
chr1 (8-112)||(13677986-13678078)
chr1 (644-702)||(13653019-13653077)
chr1 (145-208)||(15895599-15895664)
chr1 (236-320)||(16491872-16491956)
chr1 (241-320)||(13517318-13517397)
chr1 (8-48)||(16458674-16458714)
[»] scaffold0006 (11 HSPs)
scaffold0006 (236-702)||(174878-175356)
scaffold0006 (236-702)||(190286-190764)
scaffold0006 (8-321)||(210835-211148)
scaffold0006 (247-695)||(113712-114172)
scaffold0006 (481-702)||(210610-210831)
scaffold0006 (192-472)||(3650-3942)
scaffold0006 (8-148)||(3957-4097)
scaffold0006 (592-702)||(118480-118590)
scaffold0006 (8-112)||(175568-175660)
scaffold0006 (8-112)||(190976-191068)
scaffold0006 (644-702)||(142780-142838)
[»] scaffold0069 (2 HSPs)
scaffold0069 (244-702)||(42214-42684)
scaffold0069 (226-702)||(47890-48378)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (243-702)||(38052515-38052986)
chr2 (241-702)||(30702565-30703035)
chr2 (225-702)||(38054695-38055184)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (359-702)||(20805914-20806257)
chr8 (322-702)||(20769000-20769380)
chr8 (322-702)||(20778794-20779174)
chr8 (247-702)||(20834702-20835169)
chr8 (236-702)||(20771851-20772329)
chr8 (236-702)||(20781645-20782123)
chr8 (322-702)||(20849650-20850031)
chr8 (322-702)||(20841556-20841937)
chr8 (236-320)||(20768902-20768986)
chr8 (236-320)||(20778696-20778780)
chr8 (256-320)||(20841478-20841542)
chr8 (256-320)||(20849572-20849636)
[»] scaffold0460 (2 HSPs)
scaffold0460 (236-702)||(11659-12137)
scaffold0460 (236-702)||(7094-7572)
[»] scaffold0068 (2 HSPs)
scaffold0068 (322-548)||(32466-32692)
scaffold0068 (588-702)||(34281-34395)


Alignment Details
Target: scaffold0012 (Bit Score: 449; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 449; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 121183 - 120476
Alignment:
Q  8 ttctttacatatatatttaagcttgtgcagctgccataattccagctctctgagccccgggctaaattgaggtgtactctcaacacttgtaagtacctcc 107  Q
    |||||| |||||||||  ||||||   ||| | |||||||| || |||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  121183 ttctttgcatatatatcgaagcttagccaggtaccataatttcaactctctgatcgc-gggctaaattgaggtgtactctcaacacttgtaagtacctcc 121085  T
Q  108 tgcaagtagaatattatcagcttttgaaacaatcaagttgtgctaagtagaatattatcaca--aaattatcaatgaataacacttaaccaacgtaatag 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  121084 tgcaagtagaatattatcagcttttgaaacaatcaagttgtgctaagtagaatattatcacataaaattatcaatgaagaacacttaaccaacgtaatag 120985  T
Q  206 acaagcttttgaaaaatattatatttgacactactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaact 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  120984 acaagcttttgaaaaatattatatttgacactactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgtagagatattgtgctcaacatttttggaact 120885  T
Q  306 ttcttggtgtttcaat------------aatagctctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaacccca 393  Q
    ||||||||||||||||            |||| ||||||  ||||||||| | |||| || || | |||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  120884 ttcttggtgtttcaatggctctgccttaaataactctattcttggacatttaaacaaattaatttctttcaatgatttgcattgaagagaatggacccca 120785  T
Q  394 acaaagaatgccttaaatttggtcaagtattcaagtttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaa 493  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| |  | ||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||    
T  120784 acaaagaatgccttaagtctggtcaaattataaagttcaatggaagttcaatgaggaaacacaaatttaactatctcatctgttccttcttcctttgcaa 120685  T
Q  494 caatttcatcaatcccacagttacttattcgaagactttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattc 593  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||   |||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||    
T  120684 caatttcttcaatcccacagttacttacatgaagtctttgaagttgcatcatatctctagcaactgagagtggaaagaggcttatcaagctttcacattc 120585  T
Q  594 cacaacagatacatcacttaaattttgaaacctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttc 693  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  120584 cacaacagatacatcacttaaattttgaaacctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggtagattgaatagttctaatttc 120485  T
Q  694 ttcaattga 702  Q
    |||||||||    
T  120484 ttcaattga 120476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 409; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 21817498 - 21816790
Alignment:
Q  8 ttctttacatatatatttaagcttgtgcagctgccataattccagctctctgagccccgggctaaattgaggtgtactctcaacacttgtaagtacctcc 107  Q
    |||||| |||||||||  ||||||   ||| | |||||||| || |||||| || | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21817498 ttctttgcatatatatcgaagcttagccaggtaccataatttcaactctctaagtcgcgggctaatttgagttgtactctcaacacttgtaagtacctcc 21817399  T
Q  108 tgcaagtagaatattatcagcttttgaaacaatcaagttgtgctaagtagaatattatcaca--aaattatcaatgaataacacttaaccaacgtaatag 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  21817398 tgcaagtagaatattatcagcttttgaaacaatcaagttgtgctaagtagaatattagcacataaaattatcaatgaataacactcaatcaacgtaatag 21817299  T
Q  206 acaagcttttgaaaaatattatatttgacactactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaact 305  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||    
T  21817298 acaagcttttgaaaaatatgatatttgacactactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgagcacatcatttctggaact 21817199  T
Q  306 ttcttggtgtttcaat------------aatagctctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaacccca 393  Q
    ||||| |||| ||||             |||||| |||| |||||||||  | |||| || ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21817198 ttctttgtgtctcaaagactctgccttaaatagcactatttttggacatcgaaacaagttgattgttttcaatgatttacattgaagagaatgaacccca 21817099  T
Q  394 acaaagaatgccttaaatttggtcaagtattcaagtttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaa 493  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |  | |||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |    
T  21817098 acaaagaatgccttaagtttggtcaaatcataaagtttaatggatgttaaatgaagaaacacaaatttaaccatctcatctggtccttcttccttggcca 21816999  T
Q  494 caatttcatcaatcccacagttacttattcgaagactttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattc 593  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |    
T  21816998 caatttcttcaatcccacatttacttacttgaagactttgaagttgcttcatatctctagcaactgagagtggaaagaggctcatcaagcttttgcatcc 21816899  T
Q  594 cacaacagatacatcacttaaattttgaaacctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttc 693  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  21816898 cacaacagaaacatcacttaaattttcaaacctcagtgtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattagatagttttaatttc 21816799  T
Q  694 ttcaattga 702  Q
    || ||||||    
T  21816798 tttaattga 21816790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 241 - 702
Target Start/End: Original strand, 22273407 - 22273880
Alignment:
Q  241 cttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaat------------aatagct 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||| ||||| |    ||||||| |||||||||             || ||||    
T  22273407 cttacctcttcaatcacaaaaagaggttgatattttgaaatattgagctcatcatttctaatgctttcttcgtgtttcaaaggttctgccttaaaaagct 22273506  T
Q  329 ctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagtattcaag 428  Q
    |||||||||||||| || | |  |  ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || | |||    
T  22273507 ctatatttggacatgcaaagagatcgatcgttttcaatgatttacattgaagagaatggaccccaacaaagaatgccttaagtttggtcaaataattaag 22273606  T
Q  429 tttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattcgaaga 528  Q
    | | ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |  || || || ||||||| |||||||    
T  22273607 tgtgatggatgttaaatgaggaaacacaaatttaactatctcatctgttccatcttccttggcaacaatttcttggatgccgcatttacttactcgaaga 22273706  T
Q  529 ctttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaacctca 628  Q
    ||||||| ||   ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22273707 ctttgaattttcatcatatcactagccactgagagtggaaagaggcttatcaagcttctgcatcccacaacagatacatcatttaaattttgaaacctca 22273806  T
Q  629 tagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
     ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | |||||||    
T  22273807 cagtgttatgtggatcctccttccatacatgcttcagttttggaagattagatagttttaatttttgcaattga 22273880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 192 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 13596657 - 13596135
Alignment:
Q  192 aaccaacgtaatagacaagcttttgaaaaatattatatttgacactactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctca 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||  || ||    
T  13596657 aaccaacgtaatagacaagcttttgtaaaatatgacatttgacactactcttacctcttcaatcacaaaaagaggttgatacgttgagatattaagcaca 13596558  T
Q  292 acatttttggaactttcttggtgtttcaat------------aatagctctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaa 379  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||             |||||||||||  |||||||| |  ||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  13596557 tcatttttggaactttcttggtgtctcaaaggctctgccttaaatagctctattgttggacatgcgaacaacttgatcgttttcaatgatttacattgaa 13596458  T
Q  380 gagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagtattcaagtttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttcc 479  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13596457 gagaatgaaccccaacaaagaatgccttaagtttggtcaagtacttaaggttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttcc 13596358  T
Q  480 ttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattcgaagactttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaac 579  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |    
T  13596357 ttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttacttgaagactttgaagttgcatcatatctctagccactgagagcggaaagaggcttatc 13596258  T
Q  580 aagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaacctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattgg 679  Q
    ||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13596257 aagctatggcatcccacaacagatacatcacttaaattttcaaacttcatagtgtaatgtggatcctttttccatacatgcttcagttttggaagattag 13596158  T
Q  680 atagttctaatttcttcaattga 702  Q
    |||||| ||||||||||||||||    
T  13596157 atagttttaatttcttcaattga 13596135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 236 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 13677774 - 13677296
Alignment:
Q  236 ctactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaat------------aa 323  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||            ||    
T  13677774 ctactcttacctcttcaaacacaaaaagaggttgataagttgagatattttgctcaacatttttggaactttcttggagtttcaatggctctgccttaaa 13677675  T
Q  324 tagctctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagtat 423  Q
    |||||||||  ||||||||| | ||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |      
T  13677674 tagctctattcttggacatttaaacaacttgatggttttcaatgatttacattgaagagaatggaccccaacaaagaatgctttaagtttggtcaaatta 13677575  T
Q  424 tcaagtttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattc 523  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||       
T  13677574 tcaagttcaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctggtccttcttccttgacaacaatttcttcaatcccacagttacttacaa 13677475  T
Q  524 gaagactttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaa 623  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13677474 gaagactttgaagttgcatcatatctctagccactgagagtggaaagaggcttatcaagcttttgcaatccgcaacagatacaacacttaaattttgaaa 13677375  T
Q  624 cctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13677374 cctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttttaatttcttcaattga 13677296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 236 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 13552878 - 13552400
Alignment:
Q  236 ctactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaat------------aa 323  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||             ||    
T  13552878 ctactcttacctcttcaaacacaaaaagaggttgataagttgagatattgtgctcaacatttctggaactctcttggtgtctcaaaggctctgccttaaa 13552779  T
Q  324 tagctctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagtat 423  Q
    ||||||||| |||||||||  | |||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  13552778 tagctctatttttggacatcgaaacaagttgatcgttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaagtttggtcaagtac 13552679  T
Q  424 tcaagtttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattc 523  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| | |||||||| | ||||||||| | ||||| |     
T  13552678 ttaaggttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatatgtttcttcttccttggccacaatttcttgaatcccacactgacttactt 13552579  T
Q  524 gaagactttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaa 623  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  13552578 gaagactttgaagttgcatcatatctctagccactgagagcggaaagaggcttatcaagctattgcatcccacaacagatacatcacttaaattttcaaa 13552479  T
Q  624 cctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  13552478 cttcatagtgtaatgtggatcctttttccatacatgcttcagttttggaagattagatagttttaatttcttcaattga 13552400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 226 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 20378076 - 20377588
Alignment:
Q  226 atatttgacactactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaat---- 321  Q
    |||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| ||||         
T  20378076 atatttaacgctacacttacctcttcaatctcaaaaagaggttgatatgttgagatattgagcacatcatttctggaactttcttggtgtctcaaagtct 20377977  T
Q  322 --------aatagctctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaattt 413  Q
            ||||||||||| ||||||||| || |||| |  ||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||    
T  20377976 ctgccttaaatagctctatttttggacatccaaacaaatgaattgttttcaatgatttgcattgaagagaatggaccccaacaaagaatgccttcagttt 20377877  T
Q  414 ggtcaagtattcaagtttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacag 513  Q
    |||||| || | |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || |||| ||||| | |||||||||     
T  20377876 ggtcaaataatgaagtttaatgaatgtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctggtccatcttccctggcaacgatttcttgaatcccacat 20377777  T
Q  514 ttacttattcgaagactttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcactta 613  Q
    ||| ||| | ||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||| |||||||||||||    
T  20377776 ttaattacttgaagattttgaagttgcatcacatctctagctactgaaagtggaaagaggcttatcaagctattgcatcccacaacggatacatcactta 20377677  T
Q  614 aattttgaaacctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||    
T  20377676 aattttgaaacctcatagtgttatgtggatcctccttccatacatgcctcagttttggaagattagatagttttaatttcttcagttga 20377588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 225 - 702
Target Start/End: Original strand, 15895733 - 15896222
Alignment:
Q  225 tatatttgacactactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaat--- 321  Q
    |||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| || |||||||||||||| ||||        
T  15895733 tatatttgacgctacccttacttcttcgatcacaaaaagaggttgatatgttgagatattttgctcatcatttctgaaactttcttggtgtctcaaagtt 15895832  T
Q  322 ---------aatagctctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatt 412  Q
             ||||||||||| || |||||| || ||||  | ||  |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| | ||    
T  15895833 tctgccttaaatagctctattttcggacatccagacaagatgattgttttcaatgatttacattgaagggaatggaccccgacaaagaatgccttcagtt 15895932  T
Q  413 tggtcaagtattcaagtttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccaca 512  Q
     ||||||  | |||||| ||||||| || ||||||||||||| ||||| ||| ||||||||  ||||||| |||| | |||||||||| | |||| ||||    
T  15895933 gggtcaaacaatcaagtgtaatggatgttaaatgaggaaacataaattgaactatctcatcaattccttcctcctcggcaacaatttcttgaatctcaca 15896032  T
Q  513 gttacttattcgaagactttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcactt 612  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||  |||    
T  15896033 cttacttactcgaagactttgaagttgcatcatatctctacccactgagagtggaaagaggcttatcaagctttcacattccacaacagatacatagctt 15896132  T
Q  613 aaattttgaaacctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  15896133 aaattttgaaacctcatagtgtaatgtgggtcctccttccatacatgtttcagttttggaagattagatagttttaatttcttcaattga 15896222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 247 - 697
Target Start/End: Original strand, 20510532 - 20510994
Alignment:
Q  247 tcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaat------------aatagctctatat 334  Q
    |||||| |||||||||| | || |||||| ||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| ||||             ||||||| ||| |    
T  20510532 tcttcattcacaaaaagcggttcatatgtcgagatattgagcacatcatttctggaactttcttggtgtctcaaagtctctaccttaaatagctttattt 20510631  T
Q  335 ttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagtattcaagtttaat 434  Q
    |||||||| || |||| || ||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| |  | |||||||||    
T  20510632 ttggacatccaaacaaattgattgttttcaatgatttgcattgaagagaatggaccccaacaaagaatgccttcagtttggtcaaattatgaagtttaat 20510731  T
Q  435 ggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattcgaagactttga 534  Q
    | | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| | ||||||||| ||| ||| | |||||||||||    
T  20510732 gaatgtcaaatgaggaaacacaaaattaaccatctcatctggtccatcttccttggcaacaatttcttgaatcccacatttaattacttgaagactttga 20510831  T
Q  535 agttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaacctcatagtgt 634  Q
    |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20510832 agttgcatcatatctctagctactgaaagtggaaagaggcttatcaagctattgcataccacaacgtatacatcacttaaattttgaaaccccatagtgt 20510931  T
Q  635 aatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttca 697  Q
     |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  20510932 tatgtggatcctccttccatacatgcctcagttttggaagattagatagttttaatttcttca 20510994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 334 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 13517292 - 13516924
Alignment:
Q  334 tttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagtattcaagtttaa 433  Q
    ||||||||| || |||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||| | ||||||| |||    
T  13517292 tttggacatccaaacaaatcgatctttttcaatgatttacattgaagagaatggaccccaacaaagaatgccttaagttttggcaaatgttcaagtataa 13517193  T
Q  434 tggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattcgaagactttg 533  Q
    |||| || || || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |  || ||||| ||||||| ||||||||||||    
T  13517192 tggatgttaattgtggaaacacaaatttaactatctcttctgttccatcttccttggcaacaatttcttggatgccacatttacttactcgaagactttg 13517093  T
Q  534 aagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaacctcatagtg 633  Q
    ||||||   |||| || || | |||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13517092 aagttgcaacatacctttaaccactgagagtggaaagaggtttatcaagtttttgcatcccaccacagatacatcacttaaattttgaaaccgcatagtg 13516993  T
Q  634 taatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||    
T  13516992 taatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattagatagttttaatttcttcagttga 13516924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 241 - 672
Target Start/End: Original strand, 19189190 - 19189633
Alignment:
Q  241 cttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaat------------aatagct 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| || || ||||| |||||||||| |||||| ||||             |||||||    
T  19189190 cttacctcttcaatcacaaaaagaggttgatacgttgagatattgagcacatcatttctggaactttcatggtgtctcaaagcctctgacttaaatagct 19189289  T
Q  329 ctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagtattcaag 428  Q
    |||| |||||||||||  |||| |  ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||| | ||||||    
T  19189290 ctatttttggacattcgaacaaatcgatcgttttcaatgatttacattgaagagaatggaccccaacaaagaatgccttaagttttggcaaatgttcaag 19189389  T
Q  429 tttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattcgaaga 528  Q
    | ||||||| || || || |||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |  || ||||| ||||||| |||||||    
T  19189390 tataatggatgttaactgtggaaacaataatttaaccatctcatctggtccttcttccttggcaacaatttcttggatgccacatttacttactcgaaga 19189489  T
Q  529 ctttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaacctca 628  Q
    |||||||||||   |||| || |||| |||||||||||||||||| ||| |||| |||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19189490 ctttgaagttgcaacatacctttagccactgagagtggaaagaggtttatcaagttttcacattcctcaacagatacatcacttaaattttgaaacctca 19189589  T
Q  629 tagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttgga 672  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  19189590 tagtgttatgtggatcctccttccatacatgcctcagttttgga 19189633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 242 - 702
Target Start/End: Original strand, 16453771 - 16454240
Alignment:
Q  242 ttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaat---------aatagctctat 332  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| || || || || ||||||||||||||||| | |           |||||||||||    
T  16453771 ttacctcttcaatcacaaaaagaggttgatacgttgagatattgagcacatcacttctggaactttcttggtgtcttagctctgtcttaaatagctctat 16453870  T
Q  333 atttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagtattcaagttta 432  Q
     ||||||||| || |||| |  ||  ||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |  || |  ||   ||||||| ||    
T  16453871 ttttggacatccaaacaagtaaattgttttcaacgatttacattgaagtgaatgaacaccaacaaagaatgccttcagcttaggtaaaagttcaagtcta 16453970  T
Q  433 atggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattcgaagacttt 532  Q
    ||| | || ||||||| ||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16453971 atgaatgttaaatgagaaaacacaaagtttactatctcatttgttccttcttccttggcaacaatttcttcaatcccacagttacttactcgaagacttt 16454070  T
Q  533 gaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaacctcatagt 632  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| ||| |||||||  || | ||| ||| |||||||| |||| || || ||||||||||||||||||||||||||    
T  16454071 gaagttgcatcatatctctagctactgtgagcggaaagatactaatcaaacttgtgcattcctcaactgacacttcacttaaattttgaaacctcatagt 16454170  T
Q  633 gtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||    
T  16454171 gtcatgtggatcctccttccatacatgcttcagttttggaacattagatagttttagtttcttcaattga 16454240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 242 - 702
Target Start/End: Original strand, 16462928 - 16463397
Alignment:
Q  242 ttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaat---------aatagctctat 332  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| || || || || ||||||||||||||||| | |           |||||||||||    
T  16462928 ttacctcttcaatcacaaaaagaggttgatacgttgagatattgagcacatcacttctggaactttcttggtgtcttagctctgtcttaaatagctctat 16463027  T
Q  333 atttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagtattcaagttta 432  Q
     ||||||||| || |||| |  ||  ||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |  || |  ||   ||||||| ||    
T  16463028 ttttggacatccaaacaagtaaattgttttcaacgatttacattgaagtgaatgaacaccaacaaagaatgccttcagcttaggtaaaagttcaagtcta 16463127  T
Q  433 atggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattcgaagacttt 532  Q
    ||| | || ||||||| ||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16463128 atgaatgttaaatgagaaaacacaaagtttactatctcatttgttccttcttccttggcaacaatttcttcaatcccacagttacttactcgaagacttt 16463227  T
Q  533 gaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaacctcatagt 632  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| ||| |||||||  || | ||| ||| |||||||| |||| || || ||||||||||||||||||||||||||    
T  16463228 gaagttgcatcatatctctagctactgtgagcggaaagatactaatcaaacttgtgcattcctcaactgacacttcacttaaattttgaaacctcatagt 16463327  T
Q  633 gtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||    
T  16463328 gtcatgtggatcctccttccatacatgcttcagttttggaacattagatagttttagtttcttcaattga 16463397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 236 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 20486583 - 20486105
Alignment:
Q  236 ctactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaat------------aa 323  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||||  |||| | |||| || | ||||             ||    
T  20486583 ctactcttacctcttcaagcacaaaaagaggttgagatgttgagatattgagctcatcatttacggaattctctttgtatctcaaaggctctgccttaaa 20486484  T
Q  324 tagctctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagtat 423  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| || |  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||    ||| | |    
T  20486483 tagctctatttttggacatccatagaagtggatcgttttcaatgatttacagtgaagagaatgaaccccaacatagaatgcctcaagttcttgcaaattt 20486384  T
Q  424 tcaagtttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattc 523  Q
    | |||| ||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| | ||| ||||| | ||||| |     
T  20486383 tgaagtgtaatggatgttaaatgctgaaacacaaatttaaccatctcatttgttccttcttccttgccaacaatttcttgaataccacactgacttactt 20486284  T
Q  524 gaagactttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaa 623  Q
     |||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||  |||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||    
T  20486283 taagactttgaagttgcatcatatctctagccactgagagcggaaagaggcttgtcaagctttcacattcctcaacagatatatcaattaaattttcaaa 20486184  T
Q  624 cctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  20486183 cctaatagtgtaatgtggatcatccttccatacatgcttcagatttggaagattagatagttttaatttcttcaattga 20486105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 359 - 702
Target Start/End: Original strand, 16491985 - 16492328
Alignment:
Q  359 ttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagtattcaagtttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaa 458  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||  || | ||||||| ||||||| || ||||||| |||||||||    
T  16491985 ttttcagtgacttacattgaagagaatgtacaccaacaaagaatgccttaagtttgggtaaatgttcaagtctaatggatgttaaatgagaaaacacaaa 16492084  T
Q  459 tttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattcgaagactttgaagttgtttcatatctctagctact 558  Q
     |  || |||||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||| ||| | | ||||| | |||||  ||||||| || |||||||||  ||||||    
T  16492085 ctgtactatctcatctgttccttcttcattggcgacaatttcttcaattccagaatcacttactagaagatcttgaagtagtatcatatctcgtgctact 16492184  T
Q  559 gagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaacctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacat 658  Q
    ||| | ||||||  ||||| ||||||| || ||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||  ||||||||  || ||||||||||    
T  16492185 gagtgcggaaagttgcttatcaagcttctgtattcctcaaccgatacttcatttaaattttgaaacctcattgtgctatgtggattttccttccatacat 16492284  T
Q  659 gcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  16492285 gcttcagttttggaagattagatagttttaatttcttcaattga 16492328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 8 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 13596812 - 13596672
Alignment:
Q  8 ttctttacatatatatttaagcttgtgcagctgccataattccagctctctgagccccgggctaaattgaggtgtactctcaacacttgtaagtacctcc 107  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  13596812 ttctttgcatatatatttaagcttgggcaggtcccataagtccaactctctgagccccggggtaaattgagttgtactctttacacttgtaagtacctcc 13596713  T
Q  108 tgcaagtagaatattatcagcttttgaaacaatcaagttgt 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13596712 tgcaagtagaatattatcagcttttgaaacaatcaagttgt 13596672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 8 - 112
Target Start/End: Original strand, 15895420 - 15895524
Alignment:
Q  8 ttctttacatatatatttaagcttgtgcagctgccataattccagctctctgagccccgggctaaattgaggtgtactctcaacacttgtaagtacctcc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||| |||| | |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15895420 ttctttacatatatatttaagcttgtgcaactgccataatttcaattctttgagtcgcgggctaaatcgaggtgtactctccacacttgtaagtacctcc 15895519  T
Q  108 tgcaa 112  Q
    |||||    
T  15895520 tgcaa 15895524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 8 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 13553181 - 13553089
Alignment:
Q  8 ttctttacatatatatttaagcttgtgcagctgccataattccagctctctgagccccgggctaaattgaggtgtactctcaacacttgtaagtacctcc 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||            ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  13553181 ttctttacatatatatttaagcttgtgcagctgccataattccaactctctg------------aattgaggtgtactctccacacttgtaagtagctcc 13553094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 8 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 13678078 - 13677986
Alignment:
Q  8 ttctttacatatatatttaagcttgtgcagctgccataattccagctctctgagccccgggctaaattgaggtgtactctcaacacttgtaagtacctcc 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||            ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  13678078 ttctttacatatatatttaagcttgtgcagctgcaataattccaactctctg------------aattgaggtgtactctccacacttgtaagtagctcc 13677991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 644 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 13653077 - 13653019
Alignment:
Q  644 cctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || || |||||||||||||    
T  13653077 cctctttccatacatgcttcagttttggaagattagatatttttagtttcttcaattga 13653019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 145 - 208
Target Start/End: Original strand, 15895599 - 15895664
Alignment:
Q  145 ttgtgctaagtagaatattatcaca--aaattatcaatgaataacacttaaccaacgtaatagaca 208  Q
    ||||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||||||    
T  15895599 ttgtgttaagtagaatattatcacataaaactatcaatcaataacaatcaaccaacgtaatagaca 15895664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 236 - 320
Target Start/End: Original strand, 16491872 - 16491956
Alignment:
Q  236 ctactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaa 320  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| |||||| |||||  ||||  | |||||||||| ||| ||||    
T  16491872 ctacccttacctcgtcaatcacaaaaagaggttgatacgttgaaatattgagctcattatttcggaaactttcttgttgtctcaa 16491956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 241 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 13517397 - 13517318
Alignment:
Q  241 cttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaa 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||   | ||||||| ||||| || || | || |||||||||||| ||||    
T  13517397 cttacctcttcaatcacaaaaagaggttgatattcagggatattgagctcatcaattcttgagctttcttggtgtctcaa 13517318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 8 - 48
Target Start/End: Original strand, 16458674 - 16458714
Alignment:
Q  8 ttctttacatatatatttaagcttgtgcagctgccataatt 48  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  16458674 ttctttgcatatatattgaagcttgtgcaactgccataatt 16458714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 310; Significance: 1e-174; HSPs: 11)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 236 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 175356 - 174878
Alignment:
Q  236 ctactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaat------------aa 323  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||            ||    
T  175356 ctactcttacctcttcaaacacaaaaagaggttgataagttgagatattttgctcaacatttttggaactttcttggagtttcaatggctctgccttaaa 175257  T
Q  324 tagctctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagtat 423  Q
    |||||||||  ||||||||| | ||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |      
T  175256 tagctctattcttggacatttaaacaacttgatggttttcaatgatttacattgaagagaatggaccccaacaaagaatgctttaagtttggtcaaatta 175157  T
Q  424 tcaagtttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattc 523  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||       
T  175156 tcaagttcaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctggtccttcttccttgacaacaatttcttcaatcccacagttacttacaa 175057  T
Q  524 gaagactttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaa 623  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  175056 gaagactttgaagttgcatcatatctctagccactgagagtggaaagaggcttatcaagcttttgcaatccgcaacagatacaacacttaaattttgaaa 174957  T
Q  624 cctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  174956 cctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttttaatttcttcaattga 174878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 236 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 190764 - 190286
Alignment:
Q  236 ctactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaat------------aa 323  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||            ||    
T  190764 ctactcttacctcttcaaacacaaaaagaggttgataagttgagatattttgctcaacatttttggaactttcttggagtttcaatggctctgccttaaa 190665  T
Q  324 tagctctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagtat 423  Q
    |||||||||  ||||||||| | ||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |      
T  190664 tagctctattcttggacatttaaacaacttgatggttttcaatgatttacattgaagagaatggaccccaacaaagaatgctttaagtttggtcaaatta 190565  T
Q  424 tcaagtttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattc 523  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||       
T  190564 tcaagttcaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctggtccttcttccttgacaacaatttcttcaatcccacagttacttacaa 190465  T
Q  524 gaagactttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaa 623  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  190464 gaagactttgaagttgcatcatatctctagccactgagagtggaaagaggcttatcaagcttttgcaatccgcaacagatacaacacttaaattttgaaa 190365  T
Q  624 cctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  190364 cctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttttaatttcttcaattga 190286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #3
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 8 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 211148 - 210835
Alignment:
Q  8 ttctttacatatatatttaagcttgtgcagctgccataattccagctctctgagccccgggctaaattgaggtgtactctcaacacttgtaagtacctcc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| |||||| || | ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  211148 ttctttacatatatatttaagcttgggcagctcccataagtccaactctcttagtcgcggactaaattgaggtgcactctcaacacttgtaagtacctcc 211049  T
Q  108 tgcaagtagaatattatcagcttttgaaacaatcaagttgtgctaagtagaatattatcacaaaattatcaatgaataacacttaaccaacgtaatagac 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  211048 tgcaagtagaatattatcagcttttgaaacaatcaagttgtgctaagtagaatattatcacaaaattatcaatgaataacacttaaccaacgtaatagac 210949  T
Q  208 aagcttttgaaaaatattatatttgacactactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaacttt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  210948 aagcttttgaaaaatattatatttgacactactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaacttt 210849  T
Q  308 cttggtgtttcaat 321  Q
    ||||||||||||||    
T  210848 cttggtgtttcaat 210835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #4
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 247 - 695
Target Start/End: Complemental strand, 114172 - 113712
Alignment:
Q  247 tcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaat------------aatagctctatat 334  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| ||||             ||||||||||| |    
T  114172 tcttcattcacaaaaagaggttgatatgttgagatattgagcacatcatttctggaactttcttggtgtctcaaagtctctgccttaaatagctctattt 114073  T
Q  335 ttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagtattcaagtttaat 434  Q
    |||||||| || |||| || ||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |  | |||||||||    
T  114072 ttggacatccaaacaaattaattgttttcaatgatttgcattgaagagaatggaccccaacaaagaatgccttaagtttggtcaaattattaagtttaat 113973  T
Q  435 ggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattcgaagactttga 534  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| ||| ||| | |||||||||||    
T  113972 gaatgtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttggcaacaatttcttgaatcccacatttaattacttgaagactttga 113873  T
Q  535 agttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaacctcatagtgt 634  Q
    |||||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  113872 agttgcatcaaatctctagctactgaaagtggaaagaggcttatcaagctattgcatcccacaacggatacatcacttaaattttgaaacctcatagtgt 113773  T
Q  635 aatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttctt 695  Q
     |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  113772 tatgtggatcctccttccatacatgcctcagttttggaagattagatagttttaatttctt 113712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #5
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 481 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 210831 - 210610
Alignment:
Q  481 tcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattcgaagactttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaaca 580  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||    
T  210831 tcttcctttgcaacaatttcttcaatcccacagttacttacatgaagactttgaagttgcatcatatctctagccactgagaatggaaagaggcttatca 210732  T
Q  581 agcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaacctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattgga 680  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  210731 agctattgcatcccacaacagatacatcacttaaattttgaaacctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattgaa 210632  T
Q  681 tagttctaatttcttcaattga 702  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  210631 tagttctaatttcttcaattga 210610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #6
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 192 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 3942 - 3650
Alignment:
Q  192 aaccaacgtaatagacaagcttttgaaaaatattatatttgacactactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctca 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||  || ||    
T  3942 aaccaacgtaatagacaagcttttgtaaaatatgacatttgacactactcttacctcttcaatcacaaaaagaggttgatacgttgagatattaagcaca 3843  T
Q  292 acatttttggaactttcttggtgtttcaat------------aatagctctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaa 379  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||             |||||||||||  |||||||| |  ||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  3842 tcatttttggaactttcttggtgtctcaaaggctctgccttaaatagctctattgttggacatgcgaacaacttgatcgttttcaatgatttacattgaa 3743  T
Q  380 gagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagtattcaagtttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcat 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3742 gagaatgaaccccaacaaagaatgccttaagtttggtcaagtacttaaggttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcat 3650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 8 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 4097 - 3957
Alignment:
Q  8 ttctttacatatatatttaagcttgtgcagctgccataattccagctctctgagccccgggctaaattgaggtgtactctcaacacttgtaagtacctcc 107  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  4097 ttctttgcatatatatttaagcttgggcaggtcccataagtccaactctctgagccccggggtaaattgagttgtactctttacacttgtaagtacctcc 3998  T
Q  108 tgcaagtagaatattatcagcttttgaaacaatcaagttgt 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3997 tgcaagtagaatattatcagcttttgaaacaatcaagttgt 3957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 592 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 118590 - 118480
Alignment:
Q  592 tccacaacagatacatcacttaaattttgaaacctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatt 691  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  118590 tccacaacagatacatcacttaaattttcaaacctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgtttcagttttggaagattgaatagttttaatt 118491  T
Q  692 tcttcaattga 702  Q
    | |||||||||    
T  118490 ttttcaattga 118480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 8 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 175660 - 175568
Alignment:
Q  8 ttctttacatatatatttaagcttgtgcagctgccataattccagctctctgagccccgggctaaattgaggtgtactctcaacacttgtaagtacctcc 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||            ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  175660 ttctttacatatatatttaagcttgtgcagctgcaataattccaactctctg------------aattgaggtgtactctccacacttgtaagtagctcc 175573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 8 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 191068 - 190976
Alignment:
Q  8 ttctttacatatatatttaagcttgtgcagctgccataattccagctctctgagccccgggctaaattgaggtgtactctcaacacttgtaagtacctcc 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||            ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  191068 ttctttacatatatatttaagcttgtgcagctgcaataattccaactctctg------------aattgaggtgtactctccacacttgtaagtagctcc 190981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 644 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 142838 - 142780
Alignment:
Q  644 cctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || || |||||||||||||    
T  142838 cctctttccatacatgcttcagttttggaagattagatatttttagtttcttcaattga 142780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069 (Bit Score: 258; Significance: 1e-143; HSPs: 2)
Name: scaffold0069
Description:

Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 244 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 42684 - 42214
Alignment:
Q  244 acctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaat------------aatagctcta 331  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || || ||||||||||||||||||||||| ||||             ||||||||||    
T  42684 acctcttcaatcacaaaaagaggttgatatgttgagatattaagcacatcatttttggaactttcttggtgtctcaaaggctctgccttaaatagctcta 42585  T
Q  332 tatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagtattcaagttt 431  Q
    |  ||||||||    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||    
T  42584 ttgttggacatgtgaacaacttgatcgttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaagtttggtcaagtactcaaggtt 42485  T
Q  432 aatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattcgaagactt 531  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||| | ||||||||| | ||||| | ||||||||    
T  42484 aatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatatgttccttcttccttggccacaatttcttgaatcccacactgacttacttgaagactt 42385  T
Q  532 tgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaacctcatag 631  Q
    ||||||||  ||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42384 tgaagttgcatcatatcgctagccactgagaacggaaagaggcttatcaagctattgcatcccacaacagatacatcacttaaattttgaaacctcatag 42285  T
Q  632 tgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| ||||    
T  42284 tgttatgtggatcctccttccatacatgcctcagttttgaaagattagatagttttaatttcttcagttga 42214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 226 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 48378 - 47890
Alignment:
Q  226 atatttgacactactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaat---- 321  Q
    |||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| ||||         
T  48378 atatttaacgctacacttacctcttcaatctcaaaaagaggttgatatgttgagatattgagcacatcatttctggaactttcttggtgtctcaaagtct 48279  T
Q  322 --------aatagctctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaattt 413  Q
            ||||||||||| ||||||||| || |||| |  ||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||    
T  48278 ctgccttaaatagctctatttttggacatccaaacaaatgaattgttttcaatgatttgcattgaagagaatggaccccaacaaagaatgcctttagttt 48179  T
Q  414 ggtcaagtattcaagtttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacag 513  Q
    |||||| |  | |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || |||| ||||| | |||||||||     
T  48178 ggtcaaattattaagtttaatgaatgtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctggtccatcttccctggcaacgatttcttgaatcccacat 48079  T
Q  514 ttacttattcgaagactttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcactta 613  Q
    ||| ||| | ||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||| |||||||||||||    
T  48078 ttaattacttgaagattttgaagttgcatcacatctctagctactgaaagtggaaagaggcttatcaagctattgcatcccacaacggatacatcactta 47979  T
Q  614 aattttgaaacctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||    
T  47978 aattttgaaacctcatagtgttatgtggatcctccttccatacatgcctcagttttggaagattagatagttttaatttcttcagttga 47890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 243 - 702
Target Start/End: Original strand, 38052515 - 38052986
Alignment:
Q  243 tacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaat------------aatagctct 330  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||   || ||||||  |||| ||||| |||| |||||||||||||||||             |||||||||    
T  38052515 tacctcttcaatcacaaaaaggggttgatattgagatatattgacctcatcatttgtggagctttcttggtgtttcaaaggttctgccttaaatagctct 38052614  T
Q  331 atatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagtattcaagtt 430  Q
    || ||||||||| |  ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| | | |||||    
T  38052615 atttttggacatccgaacaacttgatcattttcaatgatttacattgaagagaatgaactccaacaaagaatgccttaagtttggtcaagaaattaagtt 38052714  T
Q  431 taatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattcgaagact 530  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||     
T  38052715 caatggatgtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatttcatctgttccttcttccttggcaacaatttcttcaatcccacagttactgactagaagaca 38052814  T
Q  531 ttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaacctcata 630  Q
    |||||||||  |||||||| |||| | |||||||||||||||||||| |||| | |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38052815 ttgaagttgcatcatatctttagccagtgagagtggaaagaggcttatcaagttctcacatcccacaacagatacatcacttaaattttgaaacctcata 38052914  T
Q  631 gtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  38052915 gtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattagatagttttaatttcttcaattga 38052986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 241 - 702
Target Start/End: Original strand, 30702565 - 30703035
Alignment:
Q  241 cttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaat------------aatagct 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| |||||  ||  ||||||||| || ||||             |||||||    
T  30702565 cttacctcttcaatcacaaaaagaggttgatattttgagatattgagctcatcatttcaggtgctttcttggagtctcaaaggttctgctttaaatagct 30702664  T
Q  329 ctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagtattcaag 428  Q
    ||||||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  30702665 ctatatttggacatgaaaacaactttatcgttttcaatgatttacattgaagagaatggaccccaagaaaaaatgccttaagtttgggcaaatattcaag 30702764  T
Q  429 tttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattcgaaga 528  Q
      | | ||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||   |||| |||||||||| | ||||||||| ||||||  | |||||    
T  30702765 cgtgagggatgttaaacgaggaaacacaaatttaactatctctttcgttccttc---cttggcaacaatttcttgaatcccacaattacttgcttgaaga 30702861  T
Q  529 ctttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaacctca 628  Q
    |||||||||||  ||||||||||||  || ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30702862 ctttgaagttgcatcatatctctagaaaccgagagtggaaagaagcttatcaagcttttgcattccgcaacagatacatcacttaaattttgaaacctca 30702961  T
Q  629 tagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  30702962 tagggtaatgtggatcctctttcgatacatgcttcagttttggaagattagatagttttaatttcttcaattga 30703035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 225 - 702
Target Start/End: Original strand, 38054695 - 38055184
Alignment:
Q  225 tatatttgacactactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaat--- 321  Q
    ||||||| || |||| | |||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| | || |||||||| ||| ||||        
T  38054695 tatatttaacgctacccatacctcttcaatcacaaagagaggttgatattttgagatattgagctcatcatttcttgagctttcttgttgtctcaaaggt 38054794  T
Q  322 ---------aatagctctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatt 412  Q
             ||||| |||||  ||||||||    ||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||    
T  38054795 tcttccttaaatagatctattcttggacatctgaacaacttgattgttttcaaagatttacattgaagagaatgagccccaacaaagaatgtcttaagtt 38054894  T
Q  413 tggtcaagtattcaagtttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccaca 512  Q
    ||| ||| | ||||||| | ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||| |||||| |||| ||||| | |||||||||    
T  38054895 tgggcaaatcttcaagtgtgatggatgttaaatgaggaaacacaaacttaactatctcacatgttccttcgtccttggcaacgatttcttgaatcccaca 38054994  T
Q  513 gttacttattcgaagactttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcactt 612  Q
    |||||||| |   ||||||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||  ||||||  |||| |||||||| ||    
T  38054995 gttacttactttcagactttgaagttgcattatatctctagccactgagagtggaaagaggcttatcaaactttcacattccttaacatatacatcattt 38055094  T
Q  613 aaattttgaaacctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  38055095 atattttgaaacctcatagtgtaatgtggatcctccttccatacatgcttcaattttggaagattagatagttttaatttcttcaattga 38055184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 248; Significance: 1e-137; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 359 - 702
Target Start/End: Original strand, 20805914 - 20806257
Alignment:
Q  359 ttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagtattcaagtttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaa 458  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20805914 ttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaagtttggtcaagtactcaaggttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaa 20806013  T
Q  459 tttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattcgaagactttgaagttgtttcatatctctagctact 558  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| | || ||||| | ||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||    
T  20806014 tttaaccatctcatatgttccttcttccttggccacgatttcttgaatcccacacttacttacttgaagactttgaagttgcatcatatctctagccact 20806113  T
Q  559 gagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaacctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacat 658  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20806114 gagagcggaaagaggcttatcaagctattgcatcccacaacagatacatcacttaaattttcaaacttcatagtgtaatgtggatcctttttccatacat 20806213  T
Q  659 gcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  20806214 gcttcagttttggaagattagatagttttaatttcttcaattga 20806257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 322 - 702
Target Start/End: Original strand, 20769000 - 20769380
Alignment:
Q  322 aatagctctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagt 421  Q
    ||||||||||| |||||||||  | ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||     
T  20769000 aatagctctatttttggacatcgaaacaacttgattgttttcaatgatttacattgaagagaatgacccccatcaaagaatgccttaagtttggtcaagc 20769099  T
Q  422 attcaagtttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttat 521  Q
    | | |||| ||||||| || || || ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| ||||| |     
T  20769100 aatgaagtgtaatggatgttaactgcggaaacacaaatttaactatctcatttgttccttcttccttgccaacaatttcttgaatcccacatttactaac 20769199  T
Q  522 tcgaagactttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttga 621  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  20769200 tcgaagactttgaagctgcttcatatctctagccacagagagtggaaagaggcttatcaagctttcgcaatccccaacagacacatcacttaaattttga 20769299  T
Q  622 aacctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  20769300 aacctcatagtgtaatgtggatccaccttccatacatgcttcagttttggaagattagatagttttaatttcttcaattga 20769380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 322 - 702
Target Start/End: Original strand, 20778794 - 20779174
Alignment:
Q  322 aatagctctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagt 421  Q
    ||||||||||| |||||||||  | ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||     
T  20778794 aatagctctatttttggacatcgaaacaacttgattgttttcaatgatttacattgaagagaatgacccccatcaaagaatgccttaagtttggtcaagc 20778893  T
Q  422 attcaagtttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttat 521  Q
    | | |||| ||||||| || || || ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| ||||| |     
T  20778894 aatgaagtgtaatggatgttaactgcggaaacacaaatttaactatctcatttgttccttcttccttgccaacaatttcttgaatcccacatttactaac 20778993  T
Q  522 tcgaagactttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttga 621  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  20778994 tcgaagactttgaagctgcttcatatctctagccacagagagtggaaagaggcttatcaagctttcgcaatccccaacagacacatcacttaaattttga 20779093  T
Q  622 aacctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  20779094 aacctcatagtgtaatgtggatccaccttccatacatgcttcagttttggaagattagatagttttaatttcttcaattga 20779174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 247 - 702
Target Start/End: Original strand, 20834702 - 20835169
Alignment:
Q  247 tcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaat------------aatagctctatat 334  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| ||||             ||||||||||| |    
T  20834702 tcttcattcacaaaaagaggttgatatgttgagatattgagcacatcatttctggaactttcttggtgtctcaaagtctctgccttaaatagctctattt 20834801  T
Q  335 ttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaa-gtattcaagtttaa 433  Q
    |||||||| || |||| || ||  ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||||    
T  20834802 ttggacatccaaacaaattaattgttttcaatgatttgcatcgaagagaatggaccccaacaaagaatgccttaagtttggtcaaagtatg-aagtttaa 20834900  T
Q  434 tggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattcgaagactttg 533  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | |||| || |||||||||| | ||||||||| ||| ||| | ||||||||||    
T  20834901 tgaatgtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatccggtccatattccctggcaacaatttcttgaatcccacatttaattactagaagactttg 20835000  T
Q  534 aagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaacctcatagtg 633  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20835001 aagttgcatcatatctctagctactgaaagtggaaagaagcttatcaagctattgcatcccacaacggatacatcacttaaattttgaaacctcatagtg 20835100  T
Q  634 taatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    | |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||    
T  20835101 ttatgtggatcctccttccatacatgcctcagttttggaagattagatagttttaatttcttcagttga 20835169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 236 - 702
Target Start/End: Original strand, 20771851 - 20772329
Alignment:
Q  236 ctactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaat------------aa 323  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||             ||    
T  20771851 ctacccttacctcttcaatcacaaaaagaggttgatattttgagatattcagctcatcatttttggagctttcttggtgtctcaaaggttcttccttaaa 20771950  T
Q  324 tagctctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagtat 423  Q
    ||||||||| |||||||||  | ||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||| | |    
T  20771951 tagctctatttttggacatcgaaacaacttgattgttttcaatgatttacattgaagagaatggaccccaacaaagaatgccttaagttttggcaaatgt 20772050  T
Q  424 tcaagtttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattc 523  Q
    | |||| ||||||| || || || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |  || ||||  ||||||| ||    
T  20772051 ttaagtataatggatgttaactgtggaaacacaaatttaactatctcttctgttccatcttccttggcaacaatttcttggatgccacttttacttactc 20772150  T
Q  524 gaagactttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaa 623  Q
    ||||||||||||||||   |||| || |||| |||||||||||||||| | ||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20772151 gaagactttgaagttgcaacatacctttagccactgagagtggaaagatgtttatcaagtttttgcatcccaccacagatacatcacttaaattttgaaa 20772250  T
Q  624 cctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| ||||    
T  20772251 ccgcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattagataattttaatttcttcagttga 20772329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 236 - 702
Target Start/End: Original strand, 20781645 - 20782123
Alignment:
Q  236 ctactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaat------------aa 323  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||             ||    
T  20781645 ctacccttacctcttcaatcacaaaaagaggttgatattttgagatattcagctcatcatttttggagctttcttggtgtctcaaaggttcttccttaaa 20781744  T
Q  324 tagctctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagtat 423  Q
    ||||||||| |||||||||  | ||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||| | |    
T  20781745 tagctctatttttggacatcgaaacaacttgattgttttcaatgatttacattgaagagaatggaccccaacaaagaatgccttaagttttggcaaatgt 20781844  T
Q  424 tcaagtttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattc 523  Q
    | |||| ||||||| || || || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |  || ||||  ||||||| ||    
T  20781845 ttaagtataatggatgttaactgtggaaacacaaatttaactatctcttctgttccatcttccttggcaacaatttcttggatgccacttttacttactc 20781944  T
Q  524 gaagactttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaa 623  Q
    ||||||||||||||||   |||| || |||| |||||||||||||||| | ||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20781945 gaagactttgaagttgcaacatacctttagccactgagagtggaaagatgtttatcaagtttttgcatcccaccacagatacatcacttaaattttgaaa 20782044  T
Q  624 cctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| ||||    
T  20782045 ccgcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattagataattttaatttcttcagttga 20782123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 322 - 702
Target Start/End: Original strand, 20849650 - 20850031
Alignment:
Q  322 aatagctctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagt 421  Q
    ||||||||||| ||||||||| |  |||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||| ||||| ||| |    
T  20849650 aatagctctatttttggacatccgaacaaatttattgttttcaatgatttacattgaagagaatgggccacaacaaagaatgccttaagtttgggcaaat 20849749  T
Q  422 attcaagtttaatggaagtcaaatg-aggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttactta 520  Q
    ||| |||| ||||||| || || || |||||||||||||||||| ||||| | |||| |||| ||||    ||||||||| | |||||||||| ||| ||    
T  20849750 attgaagtataatggatgttaactgcaggaaacacaaatttaactatctcctttgttgcttcctcctctttaacaatttcttgaatcccacagctacgta 20849849  T
Q  521 ttcgaagactttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttg 620  Q
     | ||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  20849850 ctggaagactttgaagttgcatcatatctctagccactgagaatggaaagaggcttatcaagcttttgcaatccacaacagatacatcacttaaattttc 20849949  T
Q  621 aaacctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20849950 aaacctcatagtgtaatatggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttttaatttcttcaattga 20850031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 322 - 702
Target Start/End: Original strand, 20841556 - 20841937
Alignment:
Q  322 aatagctctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagt 421  Q
    ||||||||||| ||||||||| |  |||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||| ||||| ||| |    
T  20841556 aatagctctatttttggacatccgaacaaatttattgttttcaatgatttacattgaagagaatgggccacaacaaagaatgccttaagtttgggcaaat 20841655  T
Q  422 attcaagtttaatggaagtcaaatg-aggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttactta 520  Q
    ||| |||| ||||||| || || || |||||||||||||||||| ||||| | |||| |||| ||||    ||||||||| | |||||||||| ||| ||    
T  20841656 attgaagtataatggatgttaactgcaggaaacacaaatttaactatctcctttgttgcttcctcctctttaacaatttcttgaatcccacagctacgta 20841755  T
Q  521 ttcgaagactttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttg 620  Q
     | ||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  20841756 ctggaagactttgaagttgcatcatatctctagccactgagaatggaaagaggcttatcaagcttttgcaatccacaacagatacatcacttaaattttc 20841855  T
Q  621 aaacctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||    
T  20841856 aaacctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgtttcagttttggaagattgaatagttttaattttttcaattga 20841937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 236 - 320
Target Start/End: Original strand, 20768902 - 20768986
Alignment:
Q  236 ctactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaa 320  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||   ||||||||| ||||| || || | || |||| ||||||| ||||    
T  20768902 ctacacttacctcttcaattacaaaaagaggttgatattgagagatattgagctcatcaattcttgagcttttttggtgtctcaa 20768986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 236 - 320
Target Start/End: Original strand, 20778696 - 20778780
Alignment:
Q  236 ctactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaa 320  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||   ||||||||| ||||| || || | || |||| ||||||| ||||    
T  20778696 ctacacttacctcttcaattacaaaaagaggttgatattgagagatattgagctcatcaattcttgagcttttttggtgtctcaa 20778780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 320
Target Start/End: Original strand, 20841478 - 20841542
Alignment:
Q  256 acaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaa 320  Q
    |||||||||| |||||  |||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  20841478 acaaaaagaggttgattagttgagatattgagatcatcatttttggaagtttctcggtgtctcaa 20841542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 320
Target Start/End: Original strand, 20849572 - 20849636
Alignment:
Q  256 acaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaa 320  Q
    |||||||||| |||||  |||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  20849572 acaaaaagaggttgattagttgagatattgagatcatcatttttggaagtttctcggtgtctcaa 20849636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0460 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 2)
Name: scaffold0460
Description:

Target: scaffold0460; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 236 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 12137 - 11659
Alignment:
Q  236 ctactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaat------------aa 323  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||||  |||| | ||||  | | ||||             ||    
T  12137 ctactcttacctcttcaagcacaaaaagaggttgagatgttgagatattgagctcatcatttacggaattctctttttatctcaaaggctctgccttaaa 12038  T
Q  324 tagctctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagtat 423  Q
    ||||| ||| ||||||||| |||| || || ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||    ||| | |    
T  12037 tagctgtatttttggacatccatagaagttgatcgttttcaatgatttacagtgaagagaatgaaccccaacatagaatgcctcaagttcttgcaaattt 11938  T
Q  424 tcaagtttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattc 523  Q
      |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| | ||||| |     
T  11937 agaagtttaatgaatgtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatttgttccttcttccttgccaacaatttcttgaatcccacactgacttactt 11838  T
Q  524 gaagactttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaa 623  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||  |||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||    
T  11837 gaagactttgaagttgcatcatatctctagccactgagagcggaaagaggcttgtcaagctttcacattcctcaacagatatatcaattaaattttcaaa 11738  T
Q  624 cctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  11737 cctaatagtgtaatgtggatcatccttccatacatgcttcagatttggaagattagatagttttaatttcttcaattga 11659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0460; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 236 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 7572 - 7094
Alignment:
Q  236 ctactcttacctcttcaatcacaaaaagagcttgatatgttgagatattgtgctcaacatttttggaactttcttggtgtttcaat------------aa 323  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||||  |||| | |||| || | ||||             ||    
T  7572 ctactcttacctcttcaagcacaaaaagaggttgagatgttgagatattgagctcatcatttacggaattctctttgtatctcaaaggctctgccttaaa 7473  T
Q  324 tagctctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagtat 423  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| || |  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||    ||| | |    
T  7472 tagctctatttttggacatccatagaagtggatcgttttcaatgatttacagtgaagagaatgaaccccaacatagaatgcctcaagttcttgcaaattt 7373  T
Q  424 tcaagtttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttattc 523  Q
    | |||| ||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| | ||| ||||| | ||||| |     
T  7372 tgaagtgtaatggatgttaaatgctgaaacacaaatttaaccatctcatttgttccttcttccttgccaacaatttcttgaataccacactgacttactt 7273  T
Q  524 gaagactttgaagttgtttcatatctctagctactgagagtggaaagaggcttaacaagcttttgcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaa 623  Q
     |||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||  |||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||    
T  7272 taagactttgaagttgcatcatatctctagccactgagagcggaaagaggcttgtcaagctttcacattcctcaacagatatatcaattaaattttcaaa 7173  T
Q  624 cctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttctaatttcttcaattga 702  Q
    ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  7172 cctaatagtgtaatgtggatcatccttccatacatgcttcagatttggaagattagatagttttaatttcttcaattga 7094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0068 (Bit Score: 131; Significance: 1e-67; HSPs: 2)
Name: scaffold0068
Description:

Target: scaffold0068; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 322 - 548
Target Start/End: Original strand, 32466 - 32692
Alignment:
Q  322 aatagctctatatttggacattcatacaactttatctttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaaatttggtcaagt 421  Q
    |||||||||||  ||||||||    ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  32466 aatagctctattgttggacatgtgaacaacatgatcgttttcaatgatttacattgaagagaatgaaccccaacaaagaatgccttaagtttggtcaagt 32565  T
Q  422 attcaagtttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatctgttccttcttccttgacaacaatttcatcaatcccacagttacttat 521  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||   ||||||||| | |||||     
T  32566 actcaaggttaatggaagtcaaatgaggaaacacaaatttaaccatctcatatgttccttcttccttggccacaatttctagaatcccacactgacttac 32665  T
Q  522 tcgaagactttgaagttgtttcatatc 548  Q
    | ||||||||||||||||  |||||||    
T  32666 ttgaagactttgaagttgcatcatatc 32692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0068; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 588 - 702
Target Start/End: Original strand, 34281 - 34395
Alignment:
Q  588 gcattccacaacagatacatcacttaaattttgaaacctcatagtgtaatgtggatcctctttccatacatgcttcagttttggaagattggatagttct 687  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  34281 gcatcccacaacagatacatcacttaaattttcaaacttcatagtgtaatgtggatcctttttccatacatgcttcagttttggaagattagatagtttt 34380  T
Q  688 aatttcttcaattga 702  Q
    |||||||||||||||    
T  34381 aatttcttcaattga 34395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University