View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4924_low_2 (Length: 317)

Name: NF4924_low_2
Description: NF4924
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4924_low_2
NF4924_low_2
[»] chr6 (15 HSPs)
chr6 (20-307)||(28894883-28895171)
chr6 (18-307)||(15579284-15579573)
chr6 (20-307)||(35027536-35027818)
chr6 (18-299)||(33679598-33679880)
chr6 (27-307)||(12746253-12746521)
chr6 (61-307)||(11296449-11296695)
chr6 (19-108)||(7560769-7560858)
chr6 (187-286)||(7560591-7560690)
chr6 (187-286)||(2330896-2330995)
chr6 (187-286)||(2330233-2330332)
chr6 (187-284)||(31123033-31123130)
chr6 (21-77)||(17696025-17696081)
chr6 (240-286)||(17696245-17696291)
chr6 (24-77)||(31122869-31122922)
chr6 (21-77)||(2330066-2330121)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (20-307)||(56089717-56090005)
chr4 (18-307)||(26703893-26704183)
chr4 (19-307)||(19928330-19928619)
chr4 (18-307)||(13978559-13978849)
chr4 (18-307)||(15850599-15850889)
chr4 (187-286)||(23652884-23652983)
chr4 (187-223)||(14701511-14701547)
chr4 (241-286)||(11560470-11560515)
chr4 (187-223)||(3719973-3720009)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (23-307)||(33321326-33321611)
chr5 (18-307)||(2500410-2500699)
chr5 (20-307)||(33920571-33920857)
chr5 (20-302)||(26337411-26337693)
chr5 (19-307)||(35432878-35433165)
chr5 (20-307)||(9690189-9690478)
chr5 (187-286)||(25184989-25185088)
chr5 (177-289)||(36330329-36330443)
chr5 (187-285)||(4732249-4732346)
chr5 (166-215)||(16090911-16090961)
chr5 (21-77)||(4732446-4732501)
[»] scaffold0273 (1 HSPs)
scaffold0273 (20-307)||(20088-20376)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (18-307)||(4249811-4250101)
chr3 (18-307)||(28326867-28327159)
chr3 (18-307)||(28330192-28330484)
chr3 (191-307)||(3305449-3305565)
chr3 (234-307)||(27054514-27054587)
chr3 (187-277)||(20536999-20537089)
chr3 (134-220)||(18551219-18551305)
chr3 (187-286)||(6173765-6173864)
chr3 (24-103)||(20537175-20537252)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (24-306)||(3541570-3541853)
chr7 (20-306)||(26152580-26152866)
chr7 (19-307)||(38430822-38431109)
chr7 (18-307)||(44018195-44018486)
chr7 (44-307)||(43548645-43548909)
chr7 (20-307)||(6963714-6964003)
chr7 (83-307)||(12803666-12803891)
chr7 (160-289)||(28578318-28578449)
chr7 (187-286)||(748458-748556)
chr7 (245-286)||(20100305-20100346)
chr7 (187-223)||(2349079-2349115)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (18-303)||(50197322-50197608)
chr1 (24-307)||(18391825-18392109)
chr1 (24-307)||(34553086-34553375)
chr1 (18-307)||(23441687-23441978)
chr1 (18-307)||(33897749-33898041)
chr1 (18-259)||(6195265-6195508)
chr1 (187-286)||(17903202-17903301)
chr1 (168-219)||(13795432-13795484)
chr1 (187-286)||(28917977-28918076)
[»] scaffold0083 (2 HSPs)
scaffold0083 (20-307)||(52548-52834)
scaffold0083 (19-307)||(28749-29037)
[»] scaffold0911 (1 HSPs)
scaffold0911 (20-307)||(3993-4280)
[»] scaffold0043 (1 HSPs)
scaffold0043 (57-307)||(13056-13307)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (18-307)||(5827453-5827742)
chr8 (19-305)||(13331515-13331803)
chr8 (44-304)||(9466582-9466841)
chr8 (19-304)||(39660362-39660651)
chr8 (141-223)||(24903960-24904043)
chr8 (245-286)||(22653923-22653964)
chr8 (187-223)||(17013509-17013545)
chr8 (187-223)||(17543656-17543692)
chr8 (21-77)||(27864178-27864233)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (18-307)||(40678175-40678467)
chr2 (18-307)||(38316449-38316741)
chr2 (20-220)||(30994216-30994417)
chr2 (18-261)||(9748056-9748289)
chr2 (189-286)||(18011556-18011652)
chr2 (187-218)||(24385654-24385685)
[»] scaffold0401 (1 HSPs)
scaffold0401 (19-302)||(3686-3969)
[»] scaffold0637 (5 HSPs)
scaffold0637 (18-307)||(1686-1975)
scaffold0637 (18-220)||(876-1078)
scaffold0637 (18-250)||(1416-1648)
scaffold0637 (22-250)||(1150-1378)
scaffold0637 (22-220)||(610-808)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (168-282)||(468871-468987)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 15)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 20 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 28895171 - 28894883
Alignment:
Q  20 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg-t 118  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| |    
T  28895171 aatcgtgccacgatggacgcgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccaaaagcttagggt 28895072  T
Q  119 gcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgt 218  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28895071 gcgattttggagacctaaacatagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgt 28894972  T
Q  219 tcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    ||  |  ||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  28894971 tctattatttctatgtatttaattgtttagttatgtgtatctaaactcttagattgattaagccataagatgaatctttgtgatctgtg 28894883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 18 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 15579573 - 15579284
Alignment:
Q  18 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg 117  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||| ||||| ||||||| || ||||||    
T  15579573 caaatcgtaccacgatggtctcgtaacgtggcacgatggtgggcttt-ctgaaaccctaattttgtgtctataaaatccagaagcgaccataagcttagg 15579475  T
Q  118 -tgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtat 216  Q
     |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15579474 gtgcgattttggagacctaaatagagcatagacggcaccaggaaaccgcagaacacgcagtagatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtat 15579375  T
Q  217 gttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  15579374 gttcactattttctatgtatttgattgttttgttatgagtagctaaactcttagattaattaagctatgagataaatctttgcgatctgtg 15579284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 20 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 35027818 - 35027536
Alignment:
Q  20 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggtg 119  Q
    |||| ||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| || ||     |    
T  35027818 aatcttgccacgatggacgtgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccagaagct-----g 35027724  T
Q  120 cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgtt 219  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35027723 cgattttggagacctaaacagagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacgcagtggatctcacccatctcatagttggttctggtttatgtatgtt 35027624  T
Q  220 cactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    | ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35027623 cgctattttctatgtgtttgattgtttagttatgagtagctaagctcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 35027536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 18 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 33679880 - 33679598
Alignment:
Q  18 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttag- 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| |||| || |||||     
T  33679880 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaactctaattctttgtctataaaagtcagatgcaaccagaagcttagt 33679781  T
Q  117 gtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtat 216  Q
     ||||||||| |||||||||||| |||||||||  |||||||||  || |||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33679780 atgcgattttagagacctaaacagagcatagacaacaccaggaagttgaagaacacgtaatggatctcacccaactaatagttggttctgatttatgtat 33679681  T
Q  217 gttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgt 299  Q
    |||   |  ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33679680 gttatattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgt 33679598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 27 - 307
Target Start/End: Original strand, 12746253 - 12746521
Alignment:
Q  27 ccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggtgcgatttt 126  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||             |||    
T  12746253 ccacgatggacgcgaaatgtggcacgatggtggaattttctgaaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccagaaa------------ttt 12746340  T
Q  127 ggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactatt 226  Q
    ||||||||||| | |||||||||| ||||||||| | | |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12746341 ggagacctaaatagagcatagacgacaccaggaagccgaagaacacgcattggatttcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcactatt 12746440  T
Q  227 ttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  12746441 ttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttaaattgattaagccatgagatggatctttgtgatctgtg 12746521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 61 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 11296695 - 11296449
Alignment:
Q  61 cttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaa 160  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||| || |||| |   | | ||| ||||||||||||||||| | |||||||||  |||||||||    
T  11296695 cttttctgaaaccctaattttgtgtctataaaagtcagaagcaaccagagattaaagtgtgattttggagacctaaatagagcatagacaacaccaggaa 11296596  T
Q  161 actgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagct 260  Q
     ||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  11296595 gctgaagaacacactgtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttctattatttctatgtatttggttgtttagttatgagtagct 11296496  T
Q  261 aaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  11296495 aaactcttaaattgattaagccatgtgatgaatctttgtgatctgtg 11296449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 7560858 - 7560769
Alignment:
Q  19 aaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaa 108  Q
    |||||||||||| | |||||| |||| ||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  7560858 aaatcgtgccacaaaggtctcaaaacttggcacgatgatgagcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgcggccaa 7560769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 187 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 7560690 - 7560591
Alignment:
Q  187 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 286  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || |  || | | | ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | ||||||    
T  7560690 ccaactcatagttggttcggatttatgtatgtttactcttgtaaatgtttatgattgtttagttatgagtagctaatctcttaggttgattgaaccatga 7560591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 187 - 286
Target Start/End: Original strand, 2330896 - 2330995
Alignment:
Q  187 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 286  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| || | |||   | | || |||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2330896 ccaactcatagttagttcggatttatgtatgtttactcttgtttatgcttatgatcgttttgatatgagtagctaaactcttagattgattgagccatga 2330995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 187 - 286
Target Start/End: Original strand, 2330233 - 2330332
Alignment:
Q  187 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 286  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||| || | |||   | | || |||| | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2330233 ccaactcatagttggttcgaatttatgtatgtttactcttgtttatgcttatgatcgttttgatatgagtatctaaactcttagattgattgagccatga 2330332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 187 - 284
Target Start/End: Original strand, 31123033 - 31123130
Alignment:
Q  187 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccat 284  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||  || || | |||   | | ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||    
T  31123033 ccaactcatagttggtccggatttatgtatgttttctcttgtttatgcttatgattgtttagttatcagtagttaaactcttagtttgattgagccat 31123130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 77
Target Start/End: Original strand, 17696025 - 17696081
Alignment:
Q  21 atcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaa 77  Q
    ||||||||||||| |  ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  17696025 atcgtgccacgattggatcgtaacgtggcacgatgatgggcttttctgaaaccctaa 17696081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 240 - 286
Target Start/End: Original strand, 17696245 - 17696291
Alignment:
Q  240 attgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 286  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||    
T  17696245 attgtttagctatgagtagctaagctcttagtttgattgagccatga 17696291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 24 - 77
Target Start/End: Original strand, 31122869 - 31122922
Alignment:
Q  24 gtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaa 77  Q
    |||||||||| |  ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  31122869 gtgccacgattggatcgtaacgtggcacgatgatgggcttttctgaaaccctaa 31122922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 21 - 77
Target Start/End: Original strand, 2330066 - 2330121
Alignment:
Q  21 atcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaa 77  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  2330066 atcgtgccacgattgtcccgtaacgtggcacgatgatgggc-tttctgaaaccctaa 2330121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 20 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 56090005 - 56089717
Alignment:
Q  20 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg-t 118  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||| || |||||| |    
T  56090005 aatcgtgccacgatggacgcgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaaccctaattctttatctataaaagtcagatgcgaccagaagcttagggt 56089906  T
Q  119 gcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgt 218  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  56089905 gcgattttagagacctaaacagagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgt 56089806  T
Q  219 tcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  56089805 tcgctattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgaaatgaatctttgtgatctgtg 56089717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 18 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 26704183 - 26703893
Alignment:
Q  18 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttag- 116  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||||||| ||||| ||| |     
T  26704183 caaatcgtgccatgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgagattttctgaaaccttaattttttgtctatagaagccagatgcgatcaaaagctttgt 26704084  T
Q  117 gtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtat 216  Q
    |||| ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26704083 gtgcaattttagagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtat 26703984  T
Q  217 gttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26703983 gttcactattttctatgtatttgattgtttggttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 26703893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 19 - 307
Target Start/End: Original strand, 19928330 - 19928619
Alignment:
Q  19 aaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatctta--g 116  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || ||||  |    
T  19928330 aaatcgtgccacgatggtatcgaaacgtggcacgatgatgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgcgatcagaagcttaagg 19928429  T
Q  117 gtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtat 216  Q
    | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19928430 gggcgattttggagaccaaaacagagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacacggtggatctcacacaactcatagttggttctggtttatgtat 19928529  T
Q  217 gttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    |||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||    
T  19928530 gttcgctattttctatgta-ttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagtaatgagatgaatctttgtgatctgtg 19928619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 18 - 307
Target Start/End: Original strand, 13978559 - 13978849
Alignment:
Q  18 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg 117  Q
    ||||| |||||||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || || ||  || ||    
T  13978559 caaattgtgccacgatggttacgaaacgtggcatgatggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgtgatcagaagttttgg 13978658  T
Q  118 tg--cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgta 215  Q
     |  |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13978659 ggagcgattttggagacctaaatagagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacacggtggatctcacccaactcatagttggttctggtttatgta 13978758  T
Q  216 tgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    ||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  13978759 tgttcgctattttctatgta-ttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaaaccatgagatgaatctttgtgatctgtg 13978849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 18 - 307
Target Start/End: Original strand, 15850599 - 15850889
Alignment:
Q  18 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||   ||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||| || |||| |   | |||    
T  15850599 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacatggcaagatggtggc--tttctgaaaccctaattttgtgtctataaaagtcagaagcaaccagagattaagg 15850696  T
Q  118 ---tgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgt 214  Q
       || |||||||||||||| || | |||||||||  ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15850697 gggtgtgattttggagacctcaatagagcatagacaacaccaggaagctgaagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatatatgt 15850796  T
Q  215 atgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    ||||||  |  ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15850797 atgttctattatttctatgtatttgattgtttagttataagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 15850889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 187 - 286
Target Start/End: Original strand, 23652884 - 23652983
Alignment:
Q  187 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 286  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||  || |  | |||   | | |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||    
T  23652884 ccaactcatagttggtccggatttatgtatgttttctctagtttatgcttatgattgtttagttatgagtatctaaactcttagtttgattgagccatga 23652983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 187 - 223
Target Start/End: Original strand, 14701511 - 14701547
Alignment:
Q  187 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcact 223  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14701511 ccaactcatagttggttcggatttatgtatgttcact 14701547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 241 - 286
Target Start/End: Original strand, 11560470 - 11560515
Alignment:
Q  241 ttgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 286  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |||||    
T  11560470 ttgtttagttatgagtagctaaactcttggtttgattgagacatga 11560515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 187 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 3720009 - 3719973
Alignment:
Q  187 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcact 223  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  3720009 ccaactcatagttggtccggatttatgtatgttcact 3719973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 23 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 33321611 - 33321326
Alignment:
Q  23 cgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg-tgcg 121  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||| |||||| ||||    
T  33321611 cgtgccacgatggacgcgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgtgaccaaaagcttagggtgcg 33321512  T
Q  122 attttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttca 221  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33321511 attttggagacctaaacatagcatagacagcaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttct 33321412  T
Q  222 ctattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
     |  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  33321411 attatttctatgtatttaattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagtcatgagatgaatctttgtgatctgtg 33321326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 18 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 2500699 - 2500410
Alignment:
Q  18 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg 117  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||| ||| ||||||| || ||| ||    
T  2500699 caaatcatgccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggcttt-ctgaaaccctaattttgtgtctataaaagcgagaagcgaccagaagcttggg 2500601  T
Q  118 -tgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtat 216  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2500600 gtgcgattttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttgtgatttatgtat 2500501  T
Q  217 gttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    ||||  |  ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  2500500 gttctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatttttgtgatctgtg 2500410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 20 - 307
Target Start/End: Original strand, 33920571 - 33920857
Alignment:
Q  20 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggtg 119  Q
    |||||||||| ||||| | ||||||| |||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| || |||||| |    
T  33920571 aatcgtgccatgatggacgcgaaacgcggcacgatggtgggcttttctaaaactctaattctttgtctataaaagccaaatgcgaccagaagcttagg-g 33920669  T
Q  120 cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgtt 219  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33920670 caattttggagacctaaacagagcatagacgtcaccaggaagctgaagaacacgtggtggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgtt 33920769  T
Q  220 cactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    || |||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  33920770 cattattttctatgtatttgattgtttagttattagtagctaaactcttagatcgattaagtcatgagatgaatctttgtgatctgtg 33920857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 20 - 302
Target Start/End: Original strand, 26337411 - 26337693
Alignment:
Q  20 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggtg 119  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||| || |||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||| |    
T  26337411 aatcgtgccacgatggacgcgaaacgtggcacgatgatgggcttttcagaaatcctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccagaagcttagggg 26337510  T
Q  120 cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgtt 219  Q
     ||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||| | | | |||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26337511 agattttggagacctaaatagagcatagacgacaccaggaagccgaataacacgcattcgatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgtt 26337610  T
Q  220 cactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgat 302  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||    
T  26337611 cactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagacgagtctttgtgat 26337693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 19 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 35433165 - 35432878
Alignment:
Q  19 aaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatctta-gg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| || || |||| ||    
T  35433165 aaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtggacttttctgaaaccctaattcgttgtctataaaagccagatgcgatcagaagcttatgg 35433066  T
Q  118 tgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatg 217  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |   ||| |||  ||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35433065 ttcgattttggagacctaaacagagcatagacggcaccagaaagcctaagagcacatagtagatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatg 35432966  T
Q  218 ttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
      ||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  35432965 -ccacta-tttctatgtatttgattgtttagttatgagtaaataaactcttagattgattaagccatgggatgaatctttgtgatctgtg 35432878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 20 - 307
Target Start/End: Original strand, 9690189 - 9690478
Alignment:
Q  20 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatctt-ag-g 117  Q
    |||||||| ||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || |||||| || || ||| || |    
T  9690189 aatcgtgctacgatggacgtgaaacgtggcacgatggtgggcttttctcaaaccctaattctttgtctataaaagtcatatgcgatcagaagctttagtg 9690288  T
Q  118 tgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatg 217  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||| | | ||| |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9690289 tgcgattttggagacctaaacatagcatagacgatactaggaagccgaagagcacgcattggatctcacaaaactcatagttggttctggtttatgtatg 9690388  T
Q  218 ttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    || |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  9690389 tttactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactattagattgattgagccatgagatgaatctttgtgatttgtg 9690478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 187 - 286
Target Start/End: Original strand, 25184989 - 25185088
Alignment:
Q  187 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 286  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| || | |||   | | ||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||    
T  25184989 ccaactcatagttggtccggatttatgtatgtttactcttgtttatgcttatgattgtttagttatgagtggttaaactcttagtttgattgagccatga 25185088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 177 - 289
Target Start/End: Original strand, 36330329 - 36330443
Alignment:
Q  177 tggatctcac-ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattg-tttagttatgagtagctaaactcttagattg 274  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||| |  || |||| ||| ||||||||||||| | || |||||||     
T  36330329 tggatctcacaccaactcatagttggttctgatttatgtatgttctattatttctatgttattaattgttttggttatgagtagcttagcttttagattc 36330428  T
Q  275 attaagccatgagat 289  Q
    | ||||| |||||||    
T  36330429 actaagcaatgagat 36330443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 187 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 4732346 - 4732249
Alignment:
Q  187 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatg 285  Q
    |||||||||||||| | | |||||||||||||||||| || | |||   | | |||||| || ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  4732346 ccaactcatagttgatccggatttatgtatgttcactcttatttatgcttataattgtt-agctatgagtagctaaactcttagtttgattgagccatg 4732249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 166 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 16090961 - 16090911
Alignment:
Q  166 agaacacgcagtggatct-cacccaactcatagttggttctgatttatgta 215  Q
    |||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16090961 agaacaagtagtggatcttcaaccaactcatagttggttctgatttatgta 16090911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 21 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 4732501 - 4732446
Alignment:
Q  21 atcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaa 77  Q
    ||||||||||||| |  ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  4732501 atcgtgccacgattggatcgtaacgtggcacgatggtgggc-tttctgaaaccctaa 4732446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0273 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 1)
Name: scaffold0273
Description:

Target: scaffold0273; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 20 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 20376 - 20088
Alignment:
Q  20 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg-t 118  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| || | |||| |    
T  20376 aatcgtgccacgatggacgcgaaacgtggcacgatggtggacttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccagaagcctagggt 20277  T
Q  119 gcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgt 218  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20276 gcgattttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctgaagaacatgcagtggatctcacccaactcatagttggttctggtttatgtatgt 20177  T
Q  219 tcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    ||  |||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20176 tcgatattttctatgtatttgattttttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 20088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 18 - 307
Target Start/End: Original strand, 4249811 - 4250101
Alignment:
Q  18 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg 117  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||    
T  4249811 caaatcgttccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgcgatcagaagcttagg 4249910  T
Q  118 tgcga--ttttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgta 215  Q
     | ||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  4249911 -gggattttttggagacctaaacatagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgta 4250009  T
Q  216 tgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    || ||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  4250010 tgctcactattttctatgcatttgattgtgtagttatgagtagctaaactcttagattgattaagtcatgagatgaatctttgtgatctgtg 4250101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 307
Target Start/End: Original strand, 28326867 - 28327159
Alignment:
Q  18 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| |  ||    |||    
T  28326867 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgattttgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagcaaaatgcgatcggaaggagagg 28326966  T
Q  118 tg--cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgca-gaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgt 214  Q
     |  |||||||||||||  ||||| |||||||| | ||||||||| ||  | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  28326967 ggggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaaaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgt 28327066  T
Q  215 atgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28327067 atgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 28327159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 307
Target Start/End: Original strand, 28330192 - 28330484
Alignment:
Q  18 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| |  ||    |||    
T  28330192 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgattttgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagcaaaatgcgatcggaaggagagg 28330291  T
Q  118 tg--cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgca-gaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgt 214  Q
     |  |||||||||||||  ||||| |||||||| | ||||||||| ||  | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  28330292 ggggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaaaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgt 28330391  T
Q  215 atgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28330392 atgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 28330484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 191 - 307
Target Start/End: Original strand, 3305449 - 3305565
Alignment:
Q  191 ctcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagata 290  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  3305449 ctcatagttggttctggtttatgtatgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactcttagattgattaagccatgagatg 3305548  T
Q  291 aatctttgtgatctgtg 307  Q
    |||||||||||||||||    
T  3305549 aatctttgtgatctgtg 3305565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 234 - 307
Target Start/End: Original strand, 27054514 - 27054587
Alignment:
Q  234 tattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27054514 tatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 27054587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 187 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 20537089 - 20536999
Alignment:
Q  187 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgatt 277  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| || ||||| | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20537089 ccaactcatagttggtccagatttatgtatgtttactcttgtctatgtttataattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgatt 20536999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 134 - 220
Target Start/End: Original strand, 18551219 - 18551305
Alignment:
Q  134 taaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttc 220  Q
    |||||| |||||||||| |||||| || ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||  ||||||||||||||    
T  18551219 taaacagagcatagacgacaccagaaagctgaagaacacgcagtggatatcacccaactcatagctgtttcaaatttatgtatgttc 18551305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 187 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 6173864 - 6173765
Alignment:
Q  187 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 286  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || | ||| | | | || ||  ||  |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  6173864 ccaactcatagttggtccagatttatgtatgttcactcttatttatgtttataatcgtaaagccatgagtagctaaactcttggtatgattaagccatga 6173765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 24 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 20537252 - 20537175
Alignment:
Q  24 gtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcg 103  Q
    ||||||||| ||||||||||| || |||| || ||| ||||  ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  20537252 gtgccacga-ggtctcgaaacatgccacgatgatggcctttcatgaaaccctaatt-tttgtctataaaagccagatgcg 20537175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 24 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 3541853 - 3541570
Alignment:
Q  24 gtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg-tgcga 122  Q
    ||||||||||||   |||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||||    
T  3541853 gtgccacgatggaagcgaaacgtggcatgatggtgggcttttctaaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgcgaccagaagcttagggtgcga 3541754  T
Q  123 ttttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcac 222  Q
    ||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| | |||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3541753 tttcggagacctaaatagagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcagcaaacttatagttggttctggtttatgtatgttcac 3541654  T
Q  223 tattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgt 306  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  3541653 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagtcatgagatgaatctttgtgatctgt 3541570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 20 - 306
Target Start/End: Original strand, 26152580 - 26152866
Alignment:
Q  20 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggtg 119  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| || ||||||      
T  26152580 aatcgtgccacgatggacgcgaaacgtggcacgatggtgggcttttctggaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccagaagcttagggt 26152679  T
Q  120 cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgtt 219  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  26152680 gaatttcggagacctaaacaaagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggtattgatttatgtatgtt 26152779  T
Q  220 c-actattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgt 306  Q
    | | |||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26152780 ctattatttt-tatgtatttaattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgt 26152866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 19 - 307
Target Start/End: Original strand, 38430822 - 38431109
Alignment:
Q  19 aaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggt 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||| | ||||||||| ||||||| |   |  |||    
T  38430822 aaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggcttt-ctgaaaccctaattttgtgtctattaaagccagaagcgaccagagattagggt 38430920  T
Q  119 gcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgt 218  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38430921 gcgattttggagacctaaacatagcatagacaacaccaggaagctgaagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttttgatttatgtatgt 38431020  T
Q  219 tcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    ||  |  ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  38431021 tctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatttgtg 38431109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 18 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 44018486 - 44018195
Alignment:
Q  18 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| || ||    |||    
T  44018486 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgattttgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagcaaaatgcgatcagaaggagagg 44018387  T
Q  118 tg--cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgta 215  Q
     |  |||||||||||||  ||||| |||||||| | ||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  44018386 cgggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgta 44018287  T
Q  216 tgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44018286 tgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 44018195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 44 - 307
Target Start/End: Original strand, 43548645 - 43548909
Alignment:
Q  44 cgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg-tgcgattttggagacctaaacaaag 142  Q
    |||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || |||||| || ||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  43548645 cgtgccacgatggtgggcttttcttaaaccctaattctttgtctataaaagtcaaatgcgatcagaagtttagggtgcgattttggagacctaaacatag 43548744  T
Q  143 catagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttatt 242  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |  ||||| | ||||| |||    
T  43548745 catagacggcaccaggaagctgaagaacacgcgatggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgcatgttctattatttctgtgtatttcatt 43548844  T
Q  243 gtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  43548845 gtttagttatgagtagctaaactcttatattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 43548909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 20 - 307
Target Start/End: Original strand, 6963714 - 6964003
Alignment:
Q  20 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaa-ttctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttag-g 117  Q
    |||| ||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||  || |||||| || || ||| | |    
T  6963714 aatcatgccacgatggacgtgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaaccgtaaattctttttctataaaattcatatgcgatcagaagctttgtg 6963813  T
Q  118 tgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatg 217  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||  || ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6963814 tgcgattttggagacctaaacagagcatagacaacaccaggaagttgaagagcacgcagtggatctcagccaactcatagttggttctgatttatgtatg 6963913  T
Q  218 ttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    |||  |  ||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6963914 ttctattatttctatgtattcgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 6964003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 83 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 12803891 - 12803666
Alignment:
Q  83 tgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggt-gcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggat 181  Q
    ||||| |||||||||||||||| || || ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || ||| |||||| |||||||||    
T  12803891 tgtctataaaagccagatgcgatcagaagcttaggttgcgattttggagacctaaacagagcatagacagcaccagaaagctgaagaacatgcagtggat 12803792  T
Q  182 ctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagc 281  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12803791 ctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagc 12803692  T
Q  282 catgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||    
T  12803691 catgagatgaatctttgtgatttgtg 12803666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 160 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 28578449 - 28578318
Alignment:
Q  160 aactgcagaacacgcagtggatctcac-ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgt-ttagttatgagta 257  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |   || ||| |  || ||||| |||||||||||||    
T  28578449 aactgaagaacatgcagtggatctcacaccaactcattgttggttctgatttatgtatgttcatttaattttatgttgttaattgtcttagttatgagta 28578350  T
Q  258 gctaaactcttagattgattaagccatgagat 289  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  28578349 gctaaacttttagattgattgagccatgagat 28578318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 187 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 748556 - 748458
Alignment:
Q  187 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 286  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || | |||   | | |||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||    
T  748556 ccaactcatagttggtccggatttatgtatgttcactcttgtttatgcttataattg-ttagttatgagtagctaaattcttagtctgattgagccatga 748458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 245 - 286
Target Start/End: Original strand, 20100305 - 20100346
Alignment:
Q  245 ttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 286  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  20100305 ttagctatgagtagctaaactcttagtttgattgagccatga 20100346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 187 - 223
Target Start/End: Original strand, 2349079 - 2349115
Alignment:
Q  187 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcact 223  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  2349079 ccaactcatagttggtccggatttatgtatgttcact 2349115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 175; Significance: 3e-94; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 18 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 50197608 - 50197322
Alignment:
Q  18 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttag- 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| || || ||||      
T  50197608 caaatcgtgccacgatggtctcgaaatgtggcacgatggtgggcttttttgaaaccctaattctttgtctattaaagtcagatgcgatcagaagcttaaa 50197509  T
Q  117 gtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtat 216  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  50197508 gagcgattttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctaaagaacacgcggtggatctcacccagctcatagttggttctgatttatgtat 50197409  T
Q  217 gttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatc 303  Q
    ||||  |  ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  50197408 gttctattatttctatgtatttaattgtttagttatgagtaactaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatc 50197322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 24 - 307
Target Start/End: Original strand, 18391825 - 18392109
Alignment:
Q  24 gtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttag-gtgcga 122  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || ||| | ||||||    
T  18391825 gtgccacgatggacacgaaacgtggcacgatggtgggcttttctaaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgcgatcagaagctttgtgtgcga 18391924  T
Q  123 ttttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcac 222  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  18391925 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttata 18392024  T
Q  223 tattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    |  ||||||| ||||| ||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18392025 ttatttctatgtatttgatgttttagttatgagaagctaaactcttaaattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 18392109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 24 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 34553375 - 34553086
Alignment:
Q  24 gtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttag-gtgcga 122  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| || ||||| | |       
T  34553375 gtgccacgatggacgcgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaattcagatgcgaccagaagcttagagaggat 34553276  T
Q  123 ttttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcat-----agttggttctgatttatgtatg 217  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||     ||||||||||| ||||||||||    
T  34553275 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttgagttggttctggtttatgtatg 34553176  T
Q  218 ttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  34553175 ttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagttaaactcttagattgattaagcaatgagatgaatctttgtgatctgtg 34553086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 18 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 23441978 - 23441687
Alignment:
Q  18 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| || ||    |||    
T  23441978 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgattttgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagcaaaatgcgatcagaaggagagg 23441879  T
Q  118 tg--cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgta 215  Q
     |  |||||||||||||  ||||| |||||||| | ||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  23441878 ggggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgta 23441779  T
Q  216 tgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  23441778 tgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactcttagattgattaagccatgatatgaatctttgtgatctgtg 23441687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 307
Target Start/End: Original strand, 33897749 - 33898041
Alignment:
Q  18 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | |||| || ||    ||     
T  33897749 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgattttgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagcaaaaggcgatcagaaggagaga 33897848  T
Q  118 tg---cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgt 214  Q
    ||   |||||||||||||  ||||| |||||||| | ||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||    
T  33897849 tggggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaaagaacacgcattggatctcaccaagctcatagttggttctggtttatgt 33897948  T
Q  215 atgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33897949 atgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 33898041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 18 - 259
Target Start/End: Original strand, 6195265 - 6195508
Alignment:
Q  18 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaa-atcttag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| | ||||| |||||| |||| || || | | ||   ||    
T  6195265 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggcttt-ctaaaaccctaattttgtgtctataaaagtcagaagcaactagagattaaag 6195363  T
Q  117 gtg--cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgt 214  Q
    |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6195364 gtgtgcgattttggagacctaaacagagcatagacggcaccaagaagctgaagaacacgtggtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgt 6195463  T
Q  215 atgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagc 259  Q
    ||||||  |  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  6195464 atgttctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagc 6195508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 187 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 17903301 - 17903202
Alignment:
Q  187 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 286  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || | |||   | | |||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  17903301 ccaactcatagttggtccggatttatgtatgttcactcttatttatgcttataattgttaagccatgagtagctaaactcttagtttgattgagccatga 17903202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 168 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 13795484 - 13795432
Alignment:
Q  168 aacacgcagtggatctcac-ccaactcatagttggttctgatttatgtatgtt 219  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  13795484 aacacgcagtagatctcacaccaactcatagttggttttgatatatgtatgtt 13795432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 187 - 286
Target Start/End: Original strand, 28917977 - 28918076
Alignment:
Q  187 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 286  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || | |||   | | |||||| ||  |||||||||||||||||||  || ||| ||||||||    
T  28917977 ccaactcatagttggtccggatttatgtatgttcactcttatttatgcttataattgttaagccatgagtagctaaactcttaatttaattgagccatga 28918076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 165; Significance: 3e-88; HSPs: 2)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 20 - 307
Target Start/End: Original strand, 52548 - 52834
Alignment:
Q  20 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg-t 118  Q
    |||||||||||||||| | | ||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| |||||| || |||||||||||| |||||| |    
T  52548 aatcgtgccacgatggacgcaaaatgtggcacgatggtgggcttt-ctgaaacc-taattctttttctataaaagtcatatgcgaccaaaagcttagggt 52645  T
Q  119 gcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgt 218  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  52646 gcgattctggagacctaaacagagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcaccaaactcatagttggttcaggtttatgtatgt 52745  T
Q  219 tcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    || ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||    
T  52746 tcgctattttctatttatttgattatttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagacatgagatgtatctttgtgatctgtg 52834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 19 - 307
Target Start/End: Original strand, 28749 - 29037
Alignment:
Q  19 aaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg- 117  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||| | ||||| ||||| ||||||| || ||| ||     
T  28749 aaatcgtaccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggcttt-ctgaaaccctaattttgtgtttttaaaatccagaagcgaccagaagcttgggg 28847  T
Q  118 tgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatg 217  Q
    ||||||||||| |||||||  | |||||||||| |||||||||   | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||    
T  28848 tgcgattttggggacctaattagagcatagacgacaccaggaagtcgaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttatggtttatgtatg 28947  T
Q  218 ttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28948 ttcactattttctatgtatttgattatttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 29037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0911 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 1)
Name: scaffold0911
Description:

Target: scaffold0911; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 20 - 307
Target Start/End: Original strand, 3993 - 4280
Alignment:
Q  20 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggtg 119  Q
    |||||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || || |||  | |    
T  3993 aatcgtgccacgatggacgtgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaatccagatgcgatcagaagcttgaggg 4092  T
Q  120 cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgtt 219  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  4093 gatttttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaagaagctaaagaacacgcagtggatctcgccaaactcatagttggttctggtttatgcatgtt 4192  T
Q  220 cactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    | ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4193 cgctaatttctatgtatttgattgtttagttatgagacgctaaactcttagatagattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 4280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0043 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 1)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 57 - 307
Target Start/End: Original strand, 13056 - 13307
Alignment:
Q  57 tgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttag-gtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcacc 155  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || ||| | | ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13056 tgggcttttctaaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgcgatcagaagcttggtgggcgatttaggagacctaaacagagcatagacggcacc 13155  T
Q  156 aggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgag 255  Q
    ||||| | | |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||||||||||    
T  13156 aggaagccgaagaacacgcattggatctcaccaaactcattgttggttctggtttatgtatgttcattattttatatgtatttgattgtttagttatgag 13255  T
Q  256 tagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13256 tagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 13307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 159; Significance: 1e-84; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 307
Target Start/End: Original strand, 5827453 - 5827742
Alignment:
Q  18 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttag- 116  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| |||| | ||| | ||||||||||| ||||||| || ||| |     
T  5827453 caaatcgtgccacaatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggttttt-tgaaaccccaattttgtgtatataaaagccagaagcgaccagaagctttgc 5827551  T
Q  117 gtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtat 216  Q
    | ||||||||| ||||||||| | |||||||||| ||| ||||| | | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||    
T  5827552 gggcgattttgaagacctaaatagagcatagacgacactaggaagccgaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttttggtttatgtat 5827651  T
Q  217 gttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5827652 gttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtggctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 5827742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 305
Target Start/End: Original strand, 13331515 - 13331803
Alignment:
Q  19 aaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaa-atcttagg 117  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| | ||||| |||||| |||| || |||| | ||   |||    
T  13331515 aaatcgtgacacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgagcttt-ctgaaaccctaattttgtgtctataaaagtcagaagcaaccagagattaaagg 13331613  T
Q  118 tg--cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgta 215  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  13331614 tgtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagctggttctgatttacgta 13331713  T
Q  216 tgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctg 305  Q
    |||||  |  ||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13331714 tgttctattatttatatgtatttgattgtttagttatgcgtagctaaactcttggattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctg 13331803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 44 - 304
Target Start/End: Original strand, 9466582 - 9466841
Alignment:
Q  44 cgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaa-atcttaggtgcgattttggagacctaaacaaag 142  Q
    |||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||| | ||||| |||||| ||||  |||||| | ||  | |||||||||||||||||||||||| ||    
T  9466582 cgtgccacgatggtgggatttt-tgaaaccctaattttgtgtctataaaagtcagaaacgaccagagattatgggtgcgattttggagacctaaacagag 9466680  T
Q  143 catagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactatt-ttctatatattttat 241  Q
    ||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||| |||||| ||||| ||    
T  9466681 catagacggcaacaggaagctgaagaacacacagtggatctcacccaactcatagttgcttctgatttatgtatgtt--atattattctatgtatttgat 9466778  T
Q  242 tgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9466779 tgtttagttatgagtagctaaactcttaaattgattaagccatgagatgaatctttgtgatct 9466841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 19 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 39660651 - 39660362
Alignment:
Q  19 aaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| |||| |||||||||||||| | ||||  | ||||||||| |||| || |   ||||||    
T  39660651 aaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtgacacaatggtggacttt-ctgaaaccctaattttgtgtcaattaaagccagaagcgatcagaga-ttaggt 39660554  T
Q  119 g--cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttat---- 212  Q
    |  |||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||        
T  39660553 gtgcgattttggagacctaaacagagcaaagacggcatcaggaagctgaagaacgcgcggtggatctcacccaactcatagtacgttctgatttatatat 39660454  T
Q  213 gtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct 304  Q
    ||||||||  |  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||    
T  39660453 gtatgttctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagtcacgagatgaatctttatgatct 39660362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 141 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 24904043 - 24903960
Alignment:
Q  141 agcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcac-ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcact 223  Q
    |||||||| | |||||||| |||| |||||| ||  || ||||||  |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  24904043 agcatagaagacaccaggagactgaagaacaagccctgaatctcataccaactcatagttggtccagatttatgtatgttcact 24903960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 245 - 286
Target Start/End: Original strand, 22653923 - 22653964
Alignment:
Q  245 ttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 286  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  22653923 ttagctatgagtagctaaactcttagtttgattgagccatga 22653964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 187 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 17013545 - 17013509
Alignment:
Q  187 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcact 223  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  17013545 ccaactcatagttggtccggatttatgtatgttcact 17013509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 187 - 223
Target Start/End: Original strand, 17543656 - 17543692
Alignment:
Q  187 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcact 223  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  17543656 ccaactcatagttggtccggatttatgtatgttcact 17543692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 21 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 27864233 - 27864178
Alignment:
Q  21 atcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaa 77  Q
    ||||||||||||| |  ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  27864233 atcgtgccacgattggatcgtaacgtggcacgatggtgggc-tttctgaaaccctaa 27864178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 158; Significance: 5e-84; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 40678467 - 40678175
Alignment:
Q  18 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| |  ||    |||    
T  40678467 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgattttgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagcaaaatgcgatcggaaggagagg 40678368  T
Q  118 tg--cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgca-gaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgt 214  Q
     |  |||||||||||||  ||||| |||||||| | ||||||||| ||  | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  40678367 ggggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaaaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgt 40678268  T
Q  215 atgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  40678267 atgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 40678175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 38316741 - 38316449
Alignment:
Q  18 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaa-atcttag 116  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| | ||||| |||||| |||| || |||| | ||   ||    
T  38316741 caaatcgtgccatgatggtctcgaaacgtggcacgatggtggacttt-ctgaaaccctaattttgtgtctataaaagtcagaagcaaccagagattaaag 38316643  T
Q  117 gtg--cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgt 214  Q
    |||  |||||||||||||||||||  |||||||||  ||||||||| ||| |||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38316642 gtgtgcgattttggagacctaaactgagcatagacaacaccaggaagctgaagaacatgcagtgcatctcacccaactcattgttggttctgatttatgt 38316543  T
Q  215 atgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttaga-ttgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    ||||||  |  ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  38316542 atgttctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactattagatttgattaagccatgagatgaatctttgtgatatgtg 38316449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 20 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 30994417 - 30994216
Alignment:
Q  20 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg-t 118  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||| |    
T  30994417 aatcgtgccacgatggacgcgaaacgtgccacgatggtgggattttctgaaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccagaagcttagggt 30994318  T
Q  119 gcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgt 218  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30994317 gcgattttggagacctaaacttagcataaacggcaccaggaagctaaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgt 30994218  T
Q  219 tc 220  Q
    ||    
T  30994217 tc 30994216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 9748289 - 9748056
Alignment:
Q  18 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg 117  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||          |  ||    
T  9748289 caaatcgttccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggcttt-ctgaaaccctaattttgtgtctataaaagccagaagct---------tgggg 9748200  T
Q  118 tgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatg 217  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||  || |||||||||  ||||||||||| ||||| |||||| ||||| ||||||||||    
T  9748199 tgcgattttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagttgaagaacacgcgttggatctcaccaaactcctagttgattctggtttatgtatg 9748100  T
Q  218 ttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagcta 261  Q
    |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9748099 ttcattattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagcta 9748056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 189 - 286
Target Start/End: Original strand, 18011556 - 18011652
Alignment:
Q  189 aactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 286  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||| || | |||   | | |||||| || ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  18011556 aactcatagttggtccggatttatgtatgttcactcttatttatgcttataattgtt-agctatgagtagctaaactcttagtttgattgagccatga 18011652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 187 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 24385685 - 24385654
Alignment:
Q  187 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24385685 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgt 24385654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0401 (Bit Score: 145; Significance: 3e-76; HSPs: 1)
Name: scaffold0401
Description:

Target: scaffold0401; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 302
Target Start/End: Original strand, 3686 - 3969
Alignment:
Q  19 aaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatctta-gg 117  Q
    |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||| | ||||||||| ||| |||||| |||  ||    
T  3686 aaattgtgccacaatggtcttgaaacgtggcacgatggtgggcttt-ctgaaaccctaattttgtgtctattaaagccagaagcggccaaaagcttgcgg 3784  T
Q  118 tgcgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatg 217  Q
     ||||||||||||||||||| | ||  |||||| | ||||||| | | |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3785 ggcgattttggagacctaaatagagtgtagacgacgccaggaagccgaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatg 3884  T
Q  218 ttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgat 302  Q
    || |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||    
T  3885 tttactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattaattaagccatgagaagaatctttgtgat 3969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637 (Bit Score: 133; Significance: 4e-69; HSPs: 5)
Name: scaffold0637
Description:

Target: scaffold0637; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 18 - 307
Target Start/End: Original strand, 1686 - 1975
Alignment:
Q  18 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg 117  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||| ||| | ||||||||| ||||||| |   |||||    
T  1686 caaatcgtgccatgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggcttta-tgaaaccctaattttttttctatgaaagccagaagcgaccagaga-ttagg 1783  T
Q  118 tg--cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgta 215  Q
    ||  |||||||||||||||||||| |||| |||||  |||||||| ||  |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| |||    
T  1784 tgtgcgattttggagacctaaacagagcagagacgataccaggaagctaaagaacacgcaatggatttcacccaactcataattggttttgatttaagta 1883  T
Q  216 tgttcactattttctatatattttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 307  Q
    |||||  |  |||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  1884 tgttctattatttctatgcatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgatgaagccatgagatgaatctttatgatctgtg 1975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 220
Target Start/End: Original strand, 876 - 1078
Alignment:
Q  18 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||| | ||||| |   |||||    
T  876 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtggg-ttttatgaaaccctaattttgtgtctataaaagccagaagggaccagaga-ttagg 973  T
Q  118 tg--cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgta 215  Q
    ||  |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  974 tgtgcgattttggagacctaaacagagcatggacgacactaggaagctgaagaacacgcaatggatttcacccaacttatagttggttttgatttatgta 1073  T
Q  216 tgttc 220  Q
    |||||    
T  1074 tgttc 1078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 250
Target Start/End: Original strand, 1416 - 1648
Alignment:
Q  18 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttagg 117  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||| |   |||||    
T  1416 caaatcgtgccacgatggtctcaaaacgtggcacgatggtggg-ttttatgaaaccctaattttgtgtctataaaagccagaagcgaccagaga-ttagg 1513  T
Q  118 tg--cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgta 215  Q
    ||  |||||| | ||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||| |||||| ||||    
T  1514 tgtgcgatttcgaagacctaaaccgagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcaatggatttcacccaacttatagttggttttgatttgtgta 1613  T
Q  216 tgttcactattttctatatattttattgtttagtt 250  Q
    |||||  |  |||||||  |||| |||||||||||    
T  1614 tgttctattatttctatgcatttgattgtttagtt 1648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 22 - 250
Target Start/End: Original strand, 1150 - 1378
Alignment:
Q  22 tcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggtg-- 119  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||| | ||||| ||||||||||| ||||||| |   |||||||      
T  1150 tcgtgccacgatggtctcaaaacgtggcacgatggtgggcttta-tgaaaccttaattttgtgtctataaaagccagaagcgaccagaga-ttaggtgtg 1247  T
Q  120 cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgtt 219  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||| ||| ||||| ||| |||| ||||| | ||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  1248 cgattttggagacctaaatagagcatagacgacactaggaagctgaagaatacgcaatagatttcacccaactcgtagttggttttgatttatgtatgtt 1347  T
Q  220 cactattttctatatattttattgtttagtt 250  Q
    |  |  |||||||  |||| |||||||||||    
T  1348 ctattatttctatgcatttgattgtttagtt 1378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 22 - 220
Target Start/End: Original strand, 610 - 808
Alignment:
Q  22 tcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaagccagatgcgaccaaaatcttaggtg-- 119  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |  |||| |   |||||||      
T  610 tcgtgccacgatggtctcaaaacgtggcacgatggtgggcttta-tgaaaccctaattttgtgtctataaaagccagaagaaaccagaga-ttaggtgtg 707  T
Q  120 cgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgtt 219  Q
    |||||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  708 cgattttggagacctaaagagagcataaacgacaccaggaggctgaagaacacgcaatggatttcacccaactcaaagttggttttgatttatgtatgtt 807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 168 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 468987 - 468871
Alignment:
Q  168 aacacgcagtggatctcac-ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatattttattgt-ttagttatgagtagctaaact 265  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||   |  || |||| |  || ||||| ||||||| |||||||||| ||    
T  468987 aacacacagtggatctcacaccaactcatagttggtcctgatttatgtatgttttattattcctatgttgttaattgtcttagttaagagtagctaagct 468888  T
Q  266 cttagattgattaagcc 282  Q
     ||||||||||||||||    
T  468887 tttagattgattaagcc 468871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University