View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4925_high_15 (Length: 301)

Name: NF4925_high_15
Description: NF4925
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4925_high_15
NF4925_high_15
[»] chr6 (15 HSPs)
chr6 (3-290)||(28894883-28895171)
chr6 (1-290)||(15579284-15579573)
chr6 (3-290)||(35027536-35027818)
chr6 (1-282)||(33679598-33679880)
chr6 (10-290)||(12746253-12746521)
chr6 (44-290)||(11296449-11296695)
chr6 (2-91)||(7560769-7560858)
chr6 (170-269)||(7560591-7560690)
chr6 (170-269)||(2330896-2330995)
chr6 (170-269)||(2330233-2330332)
chr6 (170-267)||(31123033-31123130)
chr6 (4-60)||(17696025-17696081)
chr6 (223-269)||(17696245-17696291)
chr6 (7-60)||(31122869-31122922)
chr6 (4-60)||(2330066-2330121)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (3-290)||(56089717-56090005)
chr4 (1-290)||(26703893-26704183)
chr4 (2-290)||(19928330-19928619)
chr4 (1-290)||(13978559-13978849)
chr4 (1-290)||(15850599-15850889)
chr4 (170-269)||(23652884-23652983)
chr4 (170-206)||(14701511-14701547)
chr4 (224-269)||(11560470-11560515)
chr4 (170-206)||(3719973-3720009)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (6-290)||(33321326-33321611)
chr5 (1-290)||(2500410-2500699)
chr5 (3-285)||(26337411-26337693)
chr5 (3-290)||(33920571-33920857)
chr5 (2-290)||(35432878-35433165)
chr5 (3-290)||(9690189-9690478)
chr5 (170-269)||(25184989-25185088)
chr5 (160-203)||(36330329-36330373)
chr5 (170-268)||(4732249-4732346)
chr5 (149-198)||(16090911-16090961)
chr5 (4-60)||(4732446-4732501)
[»] scaffold0273 (1 HSPs)
scaffold0273 (3-290)||(20088-20376)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (1-290)||(4249811-4250101)
chr3 (1-290)||(28326867-28327159)
chr3 (1-290)||(28330192-28330484)
chr3 (174-290)||(3305449-3305565)
chr3 (223-290)||(27054520-27054587)
chr3 (170-260)||(20536999-20537089)
chr3 (117-203)||(18551219-18551305)
chr3 (170-269)||(6173765-6173864)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (3-289)||(26152580-26152866)
chr7 (7-289)||(3541570-3541853)
chr7 (2-290)||(38430822-38431109)
chr7 (1-290)||(44018195-44018486)
chr7 (27-290)||(43548645-43548909)
chr7 (3-290)||(6963714-6964003)
chr7 (66-290)||(12803666-12803891)
chr7 (143-272)||(28578318-28578449)
chr7 (170-269)||(748458-748556)
chr7 (228-269)||(20100305-20100346)
chr7 (170-206)||(2349079-2349115)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (1-286)||(50197322-50197608)
chr1 (7-290)||(34553086-34553375)
chr1 (7-290)||(18391825-18392109)
chr1 (1-290)||(23441687-23441978)
chr1 (1-290)||(33897749-33898041)
chr1 (1-242)||(6195265-6195508)
chr1 (170-269)||(17903202-17903301)
chr1 (151-202)||(13795432-13795484)
chr1 (170-269)||(28917977-28918076)
[»] scaffold0911 (1 HSPs)
scaffold0911 (3-290)||(3993-4280)
[»] scaffold0083 (2 HSPs)
scaffold0083 (3-290)||(52548-52834)
scaffold0083 (2-290)||(28749-29037)
[»] scaffold0043 (1 HSPs)
scaffold0043 (40-290)||(13056-13307)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (1-290)||(5827453-5827742)
chr8 (2-288)||(13331515-13331803)
chr8 (27-287)||(9466582-9466841)
chr8 (2-287)||(39660362-39660651)
chr8 (124-206)||(24903960-24904043)
chr8 (228-269)||(22653923-22653964)
chr8 (170-206)||(17013509-17013545)
chr8 (170-206)||(17543656-17543692)
chr8 (4-60)||(27864178-27864233)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (1-290)||(40678175-40678467)
chr2 (1-290)||(38316449-38316741)
chr2 (3-203)||(30994216-30994417)
chr2 (1-244)||(9748056-9748289)
chr2 (172-269)||(18011556-18011652)
chr2 (170-201)||(24385654-24385685)
[»] scaffold0401 (1 HSPs)
scaffold0401 (2-285)||(3686-3969)
[»] scaffold0637 (5 HSPs)
scaffold0637 (1-290)||(1686-1975)
scaffold0637 (1-203)||(876-1078)
scaffold0637 (1-203)||(1416-1618)
scaffold0637 (5-203)||(610-808)
scaffold0637 (5-203)||(1150-1348)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (151-202)||(468935-468987)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 15)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 3 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 28895171 - 28894883
Alignment:
Q  3 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg-t 101  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| |||||| |    
T  28895171 aatcgtgccacgatggacgcgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccaaaagcttagggt 28895072  T
Q  102 gtgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgt 201  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28895071 gcgattttggagacctaaacatagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgt 28894972  T
Q  202 tcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    ||  |  ||||||| ||| | |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  28894971 tctattatttctatgtatttaattgtttagttatgtgtatctaaactcttagattgattaagccataagatgaatctttgtgatctgtg 28894883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 15579573 - 15579284
Alignment:
Q  1 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg 100  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||  ||||| ||||||| || ||||||    
T  15579573 caaatcgtaccacgatggtctcgtaacgtggcacgatggtgggcttt-ctgaaaccctaattttgtgtctataaaatccagaagcgaccataagcttagg 15579475  T
Q  101 -tgtgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtat 199  Q
     || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15579474 gtgcgattttggagacctaaatagagcatagacggcaccaggaaaccgcagaacacgcagtagatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtat 15579375  T
Q  200 gttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    |||||||||||||||| ||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  15579374 gttcactattttctatgtatttgattgttttgttatgagtagctaaactcttagattaattaagctatgagataaatctttgcgatctgtg 15579284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 3 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 35027818 - 35027536
Alignment:
Q  3 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttaggtg 102  Q
    |||| ||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||| || ||     |    
T  35027818 aatcttgccacgatggacgtgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccagaagct-----g 35027724  T
Q  103 tgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgtt 202  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35027723 cgattttggagacctaaacagagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacgcagtggatctcacccatctcatagttggttctggtttatgtatgtt 35027624  T
Q  203 cactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    | ||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35027623 cgctattttctatgtgtttgattgtttagttatgagtagctaagctcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 35027536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 33679880 - 33679598
Alignment:
Q  1 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttag- 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||| |||| || |||||     
T  33679880 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaactctaattctttgtctataaaagtcagatgcaaccagaagcttagt 33679781  T
Q  100 gtgtgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtat 199  Q
     || |||||| |||||||||||| |||||||||  |||||||||  || |||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33679780 atgcgattttagagacctaaacagagcatagacaacaccaggaagttgaagaacacgtaatggatctcacccaactaatagttggttctgatttatgtat 33679681  T
Q  200 gttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgt 282  Q
    |||   |  ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33679680 gttatattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgt 33679598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 10 - 290
Target Start/End: Original strand, 12746253 - 12746521
Alignment:
Q  10 ccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttaggtgtgatttt 109  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||| ||             |||    
T  12746253 ccacgatggacgcgaaatgtggcacgatggtggaattttctgaaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccagaaa------------ttt 12746340  T
Q  110 ggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactatt 209  Q
    ||||||||||| | |||||||||| ||||||||| | | |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12746341 ggagacctaaatagagcatagacgacaccaggaagccgaagaacacgcattggatttcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcactatt 12746440  T
Q  210 ttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    |||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  12746441 ttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttaaattgattaagccatgagatggatctttgtgatctgtg 12746521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 44 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 11296695 - 11296449
Alignment:
Q  44 cttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttaggtgtgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaa 143  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||| |||| | |||| || |||| |   | | ||||||||||||||||||||| | |||||||||  |||||||||    
T  11296695 cttttctgaaaccctaattttgtgtctataaaagtcagaagcaaccagagattaaagtgtgattttggagacctaaatagagcatagacaacaccaggaa 11296596  T
Q  144 actgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagct 243  Q
     ||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||| ||| |  ||||||||||||||||||||    
T  11296595 gctgaagaacacactgtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttctattatttctatgtatttggttgtttagttatgagtagct 11296496  T
Q  244 aaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  11296495 aaactcttaaattgattaagccatgtgatgaatctttgtgatctgtg 11296449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 2 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 7560858 - 7560769
Alignment:
Q  2 aaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaa 91  Q
    |||||||||||| | |||||| |||| ||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  7560858 aaatcgtgccacaaaggtctcaaaacttggcacgatgatgagcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgcggccaa 7560769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 170 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 7560690 - 7560591
Alignment:
Q  170 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 269  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || |  || | | | ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | ||||||    
T  7560690 ccaactcatagttggttcggatttatgtatgtttactcttgtaaatgtttatgattgtttagttatgagtagctaatctcttaggttgattgaaccatga 7560591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 170 - 269
Target Start/End: Original strand, 2330896 - 2330995
Alignment:
Q  170 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 269  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| || | |||   | | || |||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2330896 ccaactcatagttagttcggatttatgtatgtttactcttgtttatgcttatgatcgttttgatatgagtagctaaactcttagattgattgagccatga 2330995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 170 - 269
Target Start/End: Original strand, 2330233 - 2330332
Alignment:
Q  170 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 269  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||| || | |||   | | || |||| | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2330233 ccaactcatagttggttcgaatttatgtatgtttactcttgtttatgcttatgatcgttttgatatgagtatctaaactcttagattgattgagccatga 2330332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 170 - 267
Target Start/End: Original strand, 31123033 - 31123130
Alignment:
Q  170 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccat 267  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||  || || | |||   | | ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||    
T  31123033 ccaactcatagttggtccggatttatgtatgttttctcttgtttatgcttatgattgtttagttatcagtagttaaactcttagtttgattgagccat 31123130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 4 - 60
Target Start/End: Original strand, 17696025 - 17696081
Alignment:
Q  4 atcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaa 60  Q
    ||||||||||||| |  ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  17696025 atcgtgccacgattggatcgtaacgtggcacgatgatgggcttttctgaaaccctaa 17696081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 223 - 269
Target Start/End: Original strand, 17696245 - 17696291
Alignment:
Q  223 attgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 269  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||    
T  17696245 attgtttagctatgagtagctaagctcttagtttgattgagccatga 17696291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 60
Target Start/End: Original strand, 31122869 - 31122922
Alignment:
Q  7 gtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaa 60  Q
    |||||||||| |  ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  31122869 gtgccacgattggatcgtaacgtggcacgatgatgggcttttctgaaaccctaa 31122922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 4 - 60
Target Start/End: Original strand, 2330066 - 2330121
Alignment:
Q  4 atcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaa 60  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  2330066 atcgtgccacgattgtcccgtaacgtggcacgatgatgggc-tttctgaaaccctaa 2330121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 3 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 56090005 - 56089717
Alignment:
Q  3 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg-t 101  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| | |||||||||||| || |||||| |    
T  56090005 aatcgtgccacgatggacgcgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaaccctaattctttatctataaaagtcagatgcgaccagaagcttagggt 56089906  T
Q  102 gtgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgt 201  Q
    | |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  56089905 gcgattttagagacctaaacagagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgt 56089806  T
Q  202 tcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    || ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  56089805 tcgctattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgaaatgaatctttgtgatctgtg 56089717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 26704183 - 26703893
Alignment:
Q  1 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttag- 99  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||| ||||||| || | ||||||||||| ||||| ||| |     
T  26704183 caaatcgtgccatgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgagattttctgaaaccttaattttttgtctatagaagccagatgcgatcaaaagctttgt 26704084  T
Q  100 gtgtgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtat 199  Q
    |||  ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26704083 gtgcaattttagagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtat 26703984  T
Q  200 gttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    |||||||||||||||| ||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26703983 gttcactattttctatgtatttgattgtttggttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 26703893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 2 - 290
Target Start/End: Original strand, 19928330 - 19928619
Alignment:
Q  2 aaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatctta--g 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || || ||||  |    
T  19928330 aaatcgtgccacgatggtatcgaaacgtggcacgatgatgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgcgatcagaagcttaagg 19928429  T
Q  100 gtgtgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtat 199  Q
    | | ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19928430 gggcgattttggagaccaaaacagagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacacggtggatctcacacaactcatagttggttctggtttatgtat 19928529  T
Q  200 gttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    |||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||    
T  19928530 gttcgctattttctatgtat-tgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagtaatgagatgaatctttgtgatctgtg 19928619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Original strand, 13978559 - 13978849
Alignment:
Q  1 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg 100  Q
    ||||| |||||||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| || || ||  || ||    
T  13978559 caaattgtgccacgatggttacgaaacgtggcatgatggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgtgatcagaagttttgg 13978658  T
Q  101 tgtg--attttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgta 198  Q
     | |  |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13978659 ggagcgattttggagacctaaatagagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacacggtggatctcacccaactcatagttggttctggtttatgta 13978758  T
Q  199 tgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    ||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  13978759 tgttcgctattttctatgtat-tgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaaaccatgagatgaatctttgtgatctgtg 13978849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Original strand, 15850599 - 15850889
Alignment:
Q  1 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||   ||||||||||||||||| | ||||| |||| | |||| || |||| |   | |||    
T  15850599 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacatggcaagatggtggc--tttctgaaaccctaattttgtgtctataaaagtcagaagcaaccagagattaagg 15850696  T
Q  101 ---tgtgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgt 197  Q
       ||||||||||||||||| || | |||||||||  ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15850697 gggtgtgattttggagacctcaatagagcatagacaacaccaggaagctgaagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatatatgt 15850796  T
Q  198 atgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    ||||||  |  ||||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15850797 atgttctattatttctatgtatttgattgtttagttataagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 15850889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 170 - 269
Target Start/End: Original strand, 23652884 - 23652983
Alignment:
Q  170 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 269  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||  || |  | |||   | | |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||    
T  23652884 ccaactcatagttggtccggatttatgtatgttttctctagtttatgcttatgattgtttagttatgagtatctaaactcttagtttgattgagccatga 23652983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 170 - 206
Target Start/End: Original strand, 14701511 - 14701547
Alignment:
Q  170 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcact 206  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14701511 ccaactcatagttggttcggatttatgtatgttcact 14701547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 224 - 269
Target Start/End: Original strand, 11560470 - 11560515
Alignment:
Q  224 ttgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 269  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |||||    
T  11560470 ttgtttagttatgagtagctaaactcttggtttgattgagacatga 11560515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 170 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 3720009 - 3719973
Alignment:
Q  170 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcact 206  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  3720009 ccaactcatagttggtccggatttatgtatgttcact 3719973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 6 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 33321611 - 33321326
Alignment:
Q  6 cgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg-tgtg 104  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||| |||||||| |||||| || |    
T  33321611 cgtgccacgatggacgcgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgtgaccaaaagcttagggtgcg 33321512  T
Q  105 attttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttca 204  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33321511 attttggagacctaaacatagcatagacagcaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttct 33321412  T
Q  205 ctattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
     |  ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  33321411 attatttctatgtatttaattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagtcatgagatgaatctttgtgatctgtg 33321326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 7e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 2500699 - 2500410
Alignment:
Q  1 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||| || ||| ||||||| || ||| ||    
T  2500699 caaatcatgccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggcttt-ctgaaaccctaattttgtgtctataaaagcgagaagcgaccagaagcttggg 2500601  T
Q  101 -tgtgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtat 199  Q
     || ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2500600 gtgcgattttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttgtgatttatgtat 2500501  T
Q  200 gttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    ||||  |  ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  2500500 gttctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatttttgtgatctgtg 2500410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 3 - 285
Target Start/End: Original strand, 26337411 - 26337693
Alignment:
Q  3 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttaggtg 102  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||| || |||||||||| |||| ||||||||||||||| |||| | |||||||||||| || |||||| |    
T  26337411 aatcgtgccacgatggacgcgaaacgtggcacgatgatgggcttttcagaaatcctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccagaagcttagggg 26337510  T
Q  103 tgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgtt 202  Q
     ||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||| | | | |||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26337511 agattttggagacctaaatagagcatagacgacaccaggaagccgaataacacgcattcgatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgtt 26337610  T
Q  203 cactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgat 285  Q
    ||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||    
T  26337611 cactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagacgagtctttgtgat 26337693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 3 - 290
Target Start/End: Original strand, 33920571 - 33920857
Alignment:
Q  3 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttaggtg 102  Q
    |||||||||| ||||| | ||||||| |||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| |||| ||||||||| || |||||| |    
T  33920571 aatcgtgccatgatggacgcgaaacgcggcacgatggtgggcttttctaaaactctaattctttgtctataaaagccaaatgcgaccagaagcttagg-g 33920669  T
Q  103 tgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgtt 202  Q
      |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33920670 caattttggagacctaaacagagcatagacgtcaccaggaagctgaagaacacgtggtggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgtt 33920769  T
Q  203 cactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    || |||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  33920770 cattattttctatgtatttgattgtttagttattagtagctaaactcttagatcgattaagtcatgagatgaatctttgtgatctgtg 33920857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 2 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 35433165 - 35432878
Alignment:
Q  2 aaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatctta-gg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||| || || |||| ||    
T  35433165 aaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtggacttttctgaaaccctaattcgttgtctataaaagccagatgcgatcagaagcttatgg 35433066  T
Q  101 tgtgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatg 200  Q
    |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |   ||| |||  ||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35433065 ttcgattttggagacctaaacagagcatagacggcaccagaaagcctaagagcacatagtagatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatg 35432966  T
Q  201 ttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
      ||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  35432965 -ccacta-tttctatgtatttgattgtttagttatgagtaaataaactcttagattgattaagccatgggatgaatctttgtgatctgtg 35432878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 9e-73
Query Start/End: Original strand, 3 - 290
Target Start/End: Original strand, 9690189 - 9690478
Alignment:
Q  3 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttaggtg 102  Q
    |||||||| ||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | || |||||| || || |||  |||    
T  9690189 aatcgtgctacgatggacgtgaaacgtggcacgatggtgggcttttctcaaaccctaattctttgtctataaaagtcatatgcgatcagaagctttagtg 9690288  T
Q  103 tg--attttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatg 200  Q
    ||  |||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||| | | ||| |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9690289 tgcgattttggagacctaaacatagcatagacgatactaggaagccgaagagcacgcattggatctcacaaaactcatagttggttctggtttatgtatg 9690388  T
Q  201 ttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    || |||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  9690389 tttactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactattagattgattgagccatgagatgaatctttgtgatttgtg 9690478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 170 - 269
Target Start/End: Original strand, 25184989 - 25185088
Alignment:
Q  170 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 269  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| || | |||   | | ||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||    
T  25184989 ccaactcatagttggtccggatttatgtatgtttactcttgtttatgcttatgattgtttagttatgagtggttaaactcttagtttgattgagccatga 25185088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 160 - 203
Target Start/End: Original strand, 36330329 - 36330373
Alignment:
Q  160 tggatctcac-ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttc 203  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36330329 tggatctcacaccaactcatagttggttctgatttatgtatgttc 36330373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 170 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 4732346 - 4732249
Alignment:
Q  170 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatg 268  Q
    |||||||||||||| | | |||||||||||||||||| || | |||   | | |||||| || ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  4732346 ccaactcatagttgatccggatttatgtatgttcactcttatttatgcttataattgtt-agctatgagtagctaaactcttagtttgattgagccatg 4732249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 149 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 16090961 - 16090911
Alignment:
Q  149 agaacacgcagtggatct-cacccaactcatagttggttctgatttatgta 198  Q
    |||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16090961 agaacaagtagtggatcttcaaccaactcatagttggttctgatttatgta 16090911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 4 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 4732501 - 4732446
Alignment:
Q  4 atcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaa 60  Q
    ||||||||||||| |  ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  4732501 atcgtgccacgattggatcgtaacgtggcacgatggtgggc-tttctgaaaccctaa 4732446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0273 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: scaffold0273
Description:

Target: scaffold0273; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 3 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 20376 - 20088
Alignment:
Q  3 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg-t 101  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||| || | |||| |    
T  20376 aatcgtgccacgatggacgcgaaacgtggcacgatggtggacttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccagaagcctagggt 20277  T
Q  102 gtgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgt 201  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20276 gcgattttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctgaagaacatgcagtggatctcacccaactcatagttggttctggtttatgtatgt 20177  T
Q  202 tcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    ||  |||||||||| ||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20176 tcgatattttctatgtatttgattttttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 20088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 181; Significance: 8e-98; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 8e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Original strand, 4249811 - 4250101
Alignment:
Q  1 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || || ||||||    
T  4249811 caaatcgttccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgcgatcagaagcttagg 4249910  T
Q  101 tgtga--ttttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgta 198  Q
     | ||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  4249911 -gggattttttggagacctaaacatagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgta 4250009  T
Q  199 tgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    || ||||||||||||||  || | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  4250010 tgctcactattttctatgcatttgattgtgtagttatgagtagctaaactcttagattgattaagtcatgagatgaatctttgtgatctgtg 4250101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Original strand, 28326867 - 28327159
Alignment:
Q  1 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || | |||||| |  ||    |||    
T  28326867 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgattttgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagcaaaatgcgatcggaaggagagg 28326966  T
Q  101 tgtg--attttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgca-gaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgt 197  Q
     | |  |||||||||||  ||||| |||||||| | ||||||||| ||  | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  28326967 ggggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaaaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgt 28327066  T
Q  198 atgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    |||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28327067 atgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 28327159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Original strand, 28330192 - 28330484
Alignment:
Q  1 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || | |||||| |  ||    |||    
T  28330192 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgattttgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagcaaaatgcgatcggaaggagagg 28330291  T
Q  101 tgtg--attttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgca-gaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgt 197  Q
     | |  |||||||||||  ||||| |||||||| | ||||||||| ||  | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  28330292 ggggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaaaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgt 28330391  T
Q  198 atgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    |||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28330392 atgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 28330484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 174 - 290
Target Start/End: Original strand, 3305449 - 3305565
Alignment:
Q  174 ctcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagata 273  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  3305449 ctcatagttggttctggtttatgtatgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactcttagattgattaagccatgagatg 3305548  T
Q  274 aatctttgtgatctgtg 290  Q
    |||||||||||||||||    
T  3305549 aatctttgtgatctgtg 3305565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 223 - 290
Target Start/End: Original strand, 27054520 - 27054587
Alignment:
Q  223 attgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27054520 attgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 27054587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 170 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 20537089 - 20536999
Alignment:
Q  170 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgatt 260  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| || ||||| | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20537089 ccaactcatagttggtccagatttatgtatgtttactcttgtctatgtttataattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgatt 20536999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 117 - 203
Target Start/End: Original strand, 18551219 - 18551305
Alignment:
Q  117 taaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttc 203  Q
    |||||| |||||||||| |||||| || ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||  ||||||||||||||    
T  18551219 taaacagagcatagacgacaccagaaagctgaagaacacgcagtggatatcacccaactcatagctgtttcaaatttatgtatgttc 18551305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 170 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 6173864 - 6173765
Alignment:
Q  170 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 269  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || | ||| | | | || ||  ||  |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  6173864 ccaactcatagttggtccagatttatgtatgttcactcttatttatgtttataatcgtaaagccatgagtagctaaactcttggtatgattaagccatga 6173765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 173; Significance: 5e-93; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 3 - 289
Target Start/End: Original strand, 26152580 - 26152866
Alignment:
Q  3 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttaggtg 102  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||| || |||||| |    
T  26152580 aatcgtgccacgatggacgcgaaacgtggcacgatggtgggcttttctggaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccagaagcttagg-g 26152678  T
Q  103 tgatttt-ggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgt 201  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  26152679 tgaatttcggagacctaaacaaagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggtattgatttatgtatgt 26152778  T
Q  202 tc-actattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgt 289  Q
    || | |||||| ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26152779 tctattatttt-tatgtatttaattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgt 26152866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 7 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 3541853 - 3541570
Alignment:
Q  7 gtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg-tgtga 105  Q
    ||||||||||||   |||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| || |||||| || ||    
T  3541853 gtgccacgatggaagcgaaacgtggcatgatggtgggcttttctaaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgcgaccagaagcttagggtgcga 3541754  T
Q  106 ttttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcac 205  Q
    ||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| | |||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3541753 tttcggagacctaaatagagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcagcaaacttatagttggttctggtttatgtatgttcac 3541654  T
Q  206 tattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgt 289  Q
    |||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  3541653 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagtcatgagatgaatctttgtgatctgt 3541570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 2 - 290
Target Start/End: Original strand, 38430822 - 38431109
Alignment:
Q  2 aaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttaggt 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||| | || |||||| ||||||| |   |  |||    
T  38430822 aaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggcttt-ctgaaaccctaattttgtgtctattaaagccagaagcgaccagagattagggt 38430920  T
Q  102 gtgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgt 201  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38430921 gcgattttggagacctaaacatagcatagacaacaccaggaagctgaagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttttgatttatgtatgt 38431020  T
Q  202 tcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    ||  |  ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  38431021 tctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatttgtg 38431109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 44018486 - 44018195
Alignment:
Q  1 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || | |||||| || ||    |||    
T  44018486 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgattttgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagcaaaatgcgatcagaaggagagg 44018387  T
Q  101 tgtg--attttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgta 198  Q
     | |  |||||||||||  ||||| |||||||| | ||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  44018386 cgggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgta 44018287  T
Q  199 tgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    ||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44018286 tgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 44018195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 27 - 290
Target Start/End: Original strand, 43548645 - 43548909
Alignment:
Q  27 cgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg-tgtgattttggagacctaaacaaag 125  Q
    |||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | || |||||| || ||  ||||| || ||||||||||||||||||| ||    
T  43548645 cgtgccacgatggtgggcttttcttaaaccctaattctttgtctataaaagtcaaatgcgatcagaagtttagggtgcgattttggagacctaaacatag 43548744  T
Q  126 catagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatatcttatt 225  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |  ||||| | ||| | |||    
T  43548745 catagacggcaccaggaagctgaagaacacgcgatggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgcatgttctattatttctgtgtatttcatt 43548844  T
Q  226 gtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  43548845 gtttagttatgagtagctaaactcttatattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 43548909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 3 - 290
Target Start/End: Original strand, 6963714 - 6964003
Alignment:
Q  3 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaa-ttctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttag-g 100  Q
    |||| ||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| ||||   || |||||| || || ||| | |    
T  6963714 aatcatgccacgatggacgtgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaaccgtaaattctttttctataaaattcatatgcgatcagaagctttgtg 6963813  T
Q  101 tgtgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatg 200  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||  || ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6963814 tgcgattttggagacctaaacagagcatagacaacaccaggaagttgaagagcacgcagtggatctcagccaactcatagttggttctgatttatgtatg 6963913  T
Q  201 ttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    |||  |  ||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6963914 ttctattatttctatgtattcgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 6964003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 9e-70
Query Start/End: Original strand, 66 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 12803891 - 12803666
Alignment:
Q  66 tgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttaggt-gtgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggat 164  Q
    ||||| |||| ||||||||||| || || ||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || ||| |||||| |||||||||    
T  12803891 tgtctataaaagccagatgcgatcagaagcttaggttgcgattttggagacctaaacagagcatagacagcaccagaaagctgaagaacatgcagtggat 12803792  T
Q  165 ctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagc 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12803791 ctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagc 12803692  T
Q  265 catgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||    
T  12803691 catgagatgaatctttgtgatttgtg 12803666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 143 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 28578449 - 28578318
Alignment:
Q  143 aactgcagaacacgcagtggatctcac-ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatatcttattgt-ttagttatgagta 240  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |   || ||| |   | ||||| |||||||||||||    
T  28578449 aactgaagaacatgcagtggatctcacaccaactcattgttggttctgatttatgtatgttcatttaattttatgttgttaattgtcttagttatgagta 28578350  T
Q  241 gctaaactcttagattgattaagccatgagat 272  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  28578349 gctaaacttttagattgattgagccatgagat 28578318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 170 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 748556 - 748458
Alignment:
Q  170 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 269  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || | |||   | | |||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||    
T  748556 ccaactcatagttggtccggatttatgtatgttcactcttgtttatgcttataattg-ttagttatgagtagctaaattcttagtctgattgagccatga 748458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 228 - 269
Target Start/End: Original strand, 20100305 - 20100346
Alignment:
Q  228 ttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 269  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  20100305 ttagctatgagtagctaaactcttagtttgattgagccatga 20100346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 170 - 206
Target Start/End: Original strand, 2349079 - 2349115
Alignment:
Q  170 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcact 206  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  2349079 ccaactcatagttggtccggatttatgtatgttcact 2349115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 163; Significance: 4e-87; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 50197608 - 50197322
Alignment:
Q  1 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttag- 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | || | ||||||||| || || ||||      
T  50197608 caaatcgtgccacgatggtctcgaaatgtggcacgatggtgggcttttttgaaaccctaattctttgtctattaaagtcagatgcgatcagaagcttaaa 50197509  T
Q  100 gtgtgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtat 199  Q
    | | ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  50197508 gagcgattttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctaaagaacacgcggtggatctcacccagctcatagttggttctgatttatgtat 50197409  T
Q  200 gttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatc 286  Q
    ||||  |  ||||||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  50197408 gttctattatttctatgtatttaattgtttagttatgagtaactaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatc 50197322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 7 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 34553375 - 34553086
Alignment:
Q  7 gtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttag-gtgtga 105  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||| || ||||| | |       
T  34553375 gtgccacgatggacgcgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaattcagatgcgaccagaagcttagagaggat 34553276  T
Q  106 ttttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcat-----agttggttctgatttatgtatg 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||     ||||||||||| ||||||||||    
T  34553275 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttgagttggttctggtttatgtatg 34553176  T
Q  201 ttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  34553175 ttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagttaaactcttagattgattaagcaatgagatgaatctttgtgatctgtg 34553086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 7 - 290
Target Start/End: Original strand, 18391825 - 18392109
Alignment:
Q  7 gtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttag-gtgtga 105  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || || ||| | ||| ||    
T  18391825 gtgccacgatggacacgaaacgtggcacgatggtgggcttttctaaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgcgatcagaagctttgtgtgcga 18391924  T
Q  106 ttttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcac 205  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  18391925 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttata 18392024  T
Q  206 tattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    |  ||||||| ||| | ||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18392025 ttatttctatgtatttgatgttttagttatgagaagctaaactcttaaattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 18392109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 23441978 - 23441687
Alignment:
Q  1 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || | |||||| || ||    |||    
T  23441978 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgattttgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagcaaaatgcgatcagaaggagagg 23441879  T
Q  101 tgtg--attttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgta 198  Q
     | |  |||||||||||  ||||| |||||||| | ||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  23441878 ggggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgta 23441779  T
Q  199 tgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    ||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  23441778 tgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactcttagattgattaagccatgatatgaatctttgtgatctgtg 23441687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Original strand, 33897749 - 33898041
Alignment:
Q  1 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || | | |||| || ||    ||     
T  33897749 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgattttgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagcaaaaggcgatcagaaggagaga 33897848  T
Q  101 tgtg---attttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgt 197  Q
    || |   |||||||||||  ||||| |||||||| | ||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||    
T  33897849 tggggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaaagaacacgcattggatctcaccaagctcatagttggttctggtttatgt 33897948  T
Q  198 atgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    |||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33897949 atgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 33898041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Original strand, 6195265 - 6195508
Alignment:
Q  1 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaa-atcttag 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| | ||||| |||| | |||| || || | | ||   ||    
T  6195265 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggcttt-ctaaaaccctaattttgtgtctataaaagtcagaagcaactagagattaaag 6195363  T
Q  100 gtgtg--attttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgt 197  Q
    |||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6195364 gtgtgcgattttggagacctaaacagagcatagacggcaccaagaagctgaagaacacgtggtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgt 6195463  T
Q  198 atgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagc 242  Q
    ||||||  |  ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  6195464 atgttctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagc 6195508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 170 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 17903301 - 17903202
Alignment:
Q  170 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 269  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || | |||   | | |||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  17903301 ccaactcatagttggtccggatttatgtatgttcactcttatttatgcttataattgttaagccatgagtagctaaactcttagtttgattgagccatga 17903202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 151 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 13795484 - 13795432
Alignment:
Q  151 aacacgcagtggatctcac-ccaactcatagttggttctgatttatgtatgtt 202  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  13795484 aacacgcagtagatctcacaccaactcatagttggttttgatatatgtatgtt 13795432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 170 - 269
Target Start/End: Original strand, 28917977 - 28918076
Alignment:
Q  170 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 269  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || | |||   | | |||||| ||  |||||||||||||||||||  || ||| ||||||||    
T  28917977 ccaactcatagttggtccggatttatgtatgttcactcttatttatgcttataattgttaagccatgagtagctaaactcttaatttaattgagccatga 28918076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0911 (Bit Score: 156; Significance: 7e-83; HSPs: 1)
Name: scaffold0911
Description:

Target: scaffold0911; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 3 - 290
Target Start/End: Original strand, 3993 - 4280
Alignment:
Q  3 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttaggtg 102  Q
    |||||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||| || || |||  | |    
T  3993 aatcgtgccacgatggacgtgaaacgtggcacgatggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaatccagatgcgatcagaagcttgaggg 4092  T
Q  103 tgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgtt 202  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  4093 gatttttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaagaagctaaagaacacgcagtggatctcgccaaactcatagttggttctggtttatgcatgtt 4192  T
Q  203 cactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    | ||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4193 cgctaatttctatgtatttgattgtttagttatgagacgctaaactcttagatagattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 4280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 153; Significance: 4e-81; HSPs: 2)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 3 - 290
Target Start/End: Original strand, 52548 - 52834
Alignment:
Q  3 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg-t 101  Q
    |||||||||||||||| | | ||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| |||| | || |||||||||||| |||||| |    
T  52548 aatcgtgccacgatggacgcaaaatgtggcacgatggtgggcttt-ctgaaacc-taattctttttctataaaagtcatatgcgaccaaaagcttagggt 52645  T
Q  102 gtgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgt 201  Q
    | |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  52646 gcgattctggagacctaaacagagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcaccaaactcatagttggttcaggtttatgtatgt 52745  T
Q  202 tcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    || ||||||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||    
T  52746 tcgctattttctatttatttgattatttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagacatgagatgtatctttgtgatctgtg 52834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 2 - 290
Target Start/End: Original strand, 28749 - 29037
Alignment:
Q  2 aaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg- 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||| | ||||  ||||| ||||||| || ||| ||     
T  28749 aaatcgtaccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggcttt-ctgaaaccctaattttgtgtttttaaaatccagaagcgaccagaagcttgggg 28847  T
Q  101 tgtgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatg 200  Q
    || |||||||| |||||||  | |||||||||| |||||||||   | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||    
T  28848 tgcgattttggggacctaattagagcatagacgacaccaggaagtcgaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttatggtttatgtatg 28947  T
Q  201 ttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28948 ttcactattttctatgtatttgattatttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 29037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0043 (Bit Score: 148; Significance: 4e-78; HSPs: 1)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 40 - 290
Target Start/End: Original strand, 13056 - 13307
Alignment:
Q  40 tgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttag-gtgtgattttggagacctaaacaaagcatagacggcacc 138  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || || ||| | | | ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13056 tgggcttttctaaaaccctaattctttgtctataaaagccagatgcgatcagaagcttggtgggcgatttaggagacctaaacagagcatagacggcacc 13155  T
Q  139 aggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgag 238  Q
    ||||| | | |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||| | ||||||||||||||||    
T  13156 aggaagccgaagaacacgcattggatctcaccaaactcattgttggttctggtttatgtatgttcattattttatatgtatttgattgtttagttatgag 13255  T
Q  239 tagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13256 tagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 13307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Original strand, 5827453 - 5827742
Alignment:
Q  1 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttag- 99  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| |||| | ||| | |||| |||||| ||||||| || ||| |     
T  5827453 caaatcgtgccacaatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggttttt-tgaaaccccaattttgtgtatataaaagccagaagcgaccagaagctttgc 5827551  T
Q  100 gtgtgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtat 199  Q
    | | ||||||| ||||||||| | |||||||||| ||| ||||| | | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||    
T  5827552 gggcgattttgaagacctaaatagagcatagacgacactaggaagccgaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttttggtttatgtat 5827651  T
Q  200 gttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5827652 gttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtggctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 5827742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 9e-73
Query Start/End: Original strand, 2 - 288
Target Start/End: Original strand, 13331515 - 13331803
Alignment:
Q  2 aaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaa-atcttagg 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| | ||||| |||| | |||| || |||| | ||   |||    
T  13331515 aaatcgtgacacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgagcttt-ctgaaaccctaattttgtgtctataaaagtcagaagcaaccagagattaaagg 13331613  T
Q  101 tgtg--attttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgta 198  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  13331614 tgtgcgattttggagacctaaacaaagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagctggttctgatttacgta 13331713  T
Q  199 tgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctg 288  Q
    |||||  |  ||| ||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13331714 tgttctattatttatatgtatttgattgtttagttatgcgtagctaaactcttggattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctg 13331803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 27 - 287
Target Start/End: Original strand, 9466582 - 9466841
Alignment:
Q  27 cgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaa-atcttaggtgtgattttggagacctaaacaaag 125  Q
    |||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||| | ||||| |||| | ||||  |||||| | ||  | |||| ||||||||||||||||||| ||    
T  9466582 cgtgccacgatggtgggatttt-tgaaaccctaattttgtgtctataaaagtcagaaacgaccagagattatgggtgcgattttggagacctaaacagag 9466680  T
Q  126 catagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcactatt-ttctatatatcttat 224  Q
    ||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||| |||||| ||| | ||    
T  9466681 catagacggcaacaggaagctgaagaacacacagtggatctcacccaactcatagttgcttctgatttatgtatgtt--atattattctatgtatttgat 9466778  T
Q  225 tgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9466779 tgtttagttatgagtagctaaactcttaaattgattaagccatgagatgaatctttgtgatct 9466841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 2 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 39660651 - 39660362
Alignment:
Q  2 aaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttaggt 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| |||| |||||||||||||| | ||||  | || |||||| |||| || |   ||||||    
T  39660651 aaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtgacacaatggtggacttt-ctgaaaccctaattttgtgtcaattaaagccagaagcgatcagaga-ttaggt 39660554  T
Q  102 gtg--attttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttat---- 195  Q
    |||  |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||        
T  39660553 gtgcgattttggagacctaaacagagcaaagacggcatcaggaagctgaagaacgcgcggtggatctcacccaactcatagtacgttctgatttatatat 39660454  T
Q  196 gtatgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatct 287  Q
    ||||||||  |  ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||    
T  39660453 gtatgttctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagtcacgagatgaatctttatgatct 39660362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 124 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 24904043 - 24903960
Alignment:
Q  124 agcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcac-ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcact 206  Q
    |||||||| | |||||||| |||| |||||| ||  || ||||||  |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  24904043 agcatagaagacaccaggagactgaagaacaagccctgaatctcataccaactcatagttggtccagatttatgtatgttcact 24903960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 228 - 269
Target Start/End: Original strand, 22653923 - 22653964
Alignment:
Q  228 ttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 269  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  22653923 ttagctatgagtagctaaactcttagtttgattgagccatga 22653964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 170 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 17013545 - 17013509
Alignment:
Q  170 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcact 206  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  17013545 ccaactcatagttggtccggatttatgtatgttcact 17013509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 170 - 206
Target Start/End: Original strand, 17543656 - 17543692
Alignment:
Q  170 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcact 206  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  17543656 ccaactcatagttggtccggatttatgtatgttcact 17543692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 4 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 27864233 - 27864178
Alignment:
Q  4 atcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaa 60  Q
    ||||||||||||| |  ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  27864233 atcgtgccacgattggatcgtaacgtggcacgatggtgggc-tttctgaaaccctaa 27864178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 146; Significance: 6e-77; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 40678467 - 40678175
Alignment:
Q  1 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || | |||||| |  ||    |||    
T  40678467 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgattttgggcttttctgaaaccctaattctttgtctataaaagcaaaatgcgatcggaaggagagg 40678368  T
Q  101 tgtg--attttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgca-gaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgt 197  Q
     | |  |||||||||||  ||||| |||||||| | ||||||||| ||  | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  40678367 ggggcgattttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaaaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgt 40678268  T
Q  198 atgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    |||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  40678267 atgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg 40678175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 38316741 - 38316449
Alignment:
Q  1 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaa-atcttag 99  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| | ||||| |||| | |||| || |||| | ||   ||    
T  38316741 caaatcgtgccatgatggtctcgaaacgtggcacgatggtggacttt-ctgaaaccctaattttgtgtctataaaagtcagaagcaaccagagattaaag 38316643  T
Q  100 gtgtg--attttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgt 197  Q
    |||||  |||||||||||||||||  |||||||||  ||||||||| ||| |||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38316642 gtgtgcgattttggagacctaaactgagcatagacaacaccaggaagctgaagaacatgcagtgcatctcacccaactcattgttggttctgatttatgt 38316543  T
Q  198 atgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttaga-ttgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    ||||||  |  ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  38316542 atgttctattatttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactattagatttgattaagccatgagatgaatctttgtgatatgtg 38316449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 3 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 30994417 - 30994216
Alignment:
Q  3 aatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg-t 101  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||| || |||||| |    
T  30994417 aatcgtgccacgatggacgcgaaacgtgccacgatggtgggattttctgaaaccctaattctttgtctataaaagtcagatgcgaccagaagcttagggt 30994318  T
Q  102 gtgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgt 201  Q
    | ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30994317 gcgattttggagacctaaacttagcataaacggcaccaggaagctaaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgt 30994218  T
Q  202 tc 203  Q
    ||    
T  30994217 tc 30994216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 9748289 - 9748056
Alignment:
Q  1 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||| |||||| ||          |  ||    
T  9748289 caaatcgttccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggcttt-ctgaaaccctaattttgtgtctataaaagccagaagct---------tgggg 9748200  T
Q  101 tgtgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatg 200  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||  || |||||||||  ||||||||||| ||||| |||||| ||||| ||||||||||    
T  9748199 tgcgattttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagttgaagaacacgcgttggatctcaccaaactcctagttgattctggtttatgtatg 9748100  T
Q  201 ttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagcta 244  Q
    |||| |||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||    
T  9748099 ttcattattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagcta 9748056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 172 - 269
Target Start/End: Original strand, 18011556 - 18011652
Alignment:
Q  172 aactcatagttggttctgatttatgtatgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 269  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||| || | |||   | | |||||| || ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  18011556 aactcatagttggtccggatttatgtatgttcactcttatttatgcttataattgtt-agctatgagtagctaaactcttagtttgattgagccatga 18011652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 170 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 24385685 - 24385654
Alignment:
Q  170 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24385685 ccaactcatagttggttctgatttatgtatgt 24385654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0401 (Bit Score: 133; Significance: 4e-69; HSPs: 1)
Name: scaffold0401
Description:

Target: scaffold0401; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 2 - 285
Target Start/End: Original strand, 3686 - 3969
Alignment:
Q  2 aaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatctta-gg 100  Q
    |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||| | || |||||| ||| |||||| |||  ||    
T  3686 aaattgtgccacaatggtcttgaaacgtggcacgatggtgggcttt-ctgaaaccctaattttgtgtctattaaagccagaagcggccaaaagcttgcgg 3784  T
Q  101 tgtgattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatg 200  Q
     | ||||||||||||||||| | ||  |||||| | ||||||| | | |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3785 ggcgattttggagacctaaatagagtgtagacgacgccaggaagccgaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatg 3884  T
Q  201 ttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgat 285  Q
    || |||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||    
T  3885 tttactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattaattaagccatgagaagaatctttgtgat 3969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637 (Bit Score: 125; Significance: 2e-64; HSPs: 5)
Name: scaffold0637
Description:

Target: scaffold0637; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Original strand, 1686 - 1975
Alignment:
Q  1 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||| ||| | || |||||| ||||||| |   |||||    
T  1686 caaatcgtgccatgatggtctcgaaacgtggcacgatggtgggcttta-tgaaaccctaattttttttctatgaaagccagaagcgaccagaga-ttagg 1783  T
Q  101 tgtg--attttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgta 198  Q
    ||||  |||||||||||||||||| |||| |||||  |||||||| ||  |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| |||    
T  1784 tgtgcgattttggagacctaaacagagcagagacgataccaggaagctaaagaacacgcaatggatttcacccaactcataattggttttgatttaagta 1883  T
Q  199 tgttcactattttctatatatcttattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagataaatctttgtgatctgtg 290  Q
    |||||  |  |||||||  || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  1884 tgttctattatttctatgcatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgatgaagccatgagatgaatctttatgatctgtg 1975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Original strand, 876 - 1078
Alignment:
Q  1 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| | ||||| |||| |||||| | |||| | |  |||||    
T  876 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgatggtggg-ttttatgaaaccctaattttgtgtctataaaagccagaagggacc-agagattagg 973  T
Q  101 tgt--gattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgta 198  Q
    |||  ||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  974 tgtgcgattttggagacctaaacagagcatggacgacactaggaagctgaagaacacgcaatggatttcacccaacttatagttggttttgatttatgta 1073  T
Q  199 tgttc 203  Q
    |||||    
T  1074 tgttc 1078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Original strand, 1416 - 1618
Alignment:
Q  1 caaatcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttagg 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| | ||||| |||| |||||| |||||| | |  |||||    
T  1416 caaatcgtgccacgatggtctcaaaacgtggcacgatggtggg-ttttatgaaaccctaattttgtgtctataaaagccagaagcgacc-agagattagg 1513  T
Q  101 tgt--gattttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgta 198  Q
    |||  ||||| | ||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||| |||||| ||||    
T  1514 tgtgcgatttcgaagacctaaaccgagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcaatggatttcacccaacttatagttggttttgatttgtgta 1613  T
Q  199 tgttc 203  Q
    |||||    
T  1614 tgttc 1618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 5 - 203
Target Start/End: Original strand, 610 - 808
Alignment:
Q  5 tcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttaggtgtg 104  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| | ||||| |||| |||||| |  |||| |   |||||||||    
T  610 tcgtgccacgatggtctcaaaacgtggcacgatggtgggcttta-tgaaaccctaattttgtgtctataaaagccagaagaaaccagaga-ttaggtgtg 707  T
Q  105 --attttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgtt 202  Q
      |||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  708 cgattttggagacctaaagagagcataaacgacaccaggaggctgaagaacacgcaatggatttcacccaactcaaagttggttttgatttatgtatgtt 807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 5 - 203
Target Start/End: Original strand, 1150 - 1348
Alignment:
Q  5 tcgtgccacgatggtctcgaaacgtggcacgttggtgggcttttctgaaaccctaattctttgtctgtaaaggccagatgcgaccaaaatcttaggtgtg 104  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||| | ||||| |||| |||||| ||||||| |   |||||||||    
T  1150 tcgtgccacgatggtctcaaaacgtggcacgatggtgggcttta-tgaaaccttaattttgtgtctataaaagccagaagcgaccagaga-ttaggtgtg 1247  T
Q  105 --attttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaggaaactgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgtt 202  Q
      |||||||||||||||| | |||||||||| ||| ||||| ||| |||| ||||| | ||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  1248 cgattttggagacctaaatagagcatagacgacactaggaagctgaagaatacgcaatagatttcacccaactcgtagttggttttgatttatgtatgtt 1347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 151 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 468987 - 468935
Alignment:
Q  151 aacacgcagtggatctcac-ccaactcatagttggttctgatttatgtatgtt 202  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  468987 aacacacagtggatctcacaccaactcatagttggtcctgatttatgtatgtt 468935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University