View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4927_low_3 (Length: 407)

Name: NF4927_low_3
Description: NF4927
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4927_low_3
NF4927_low_3
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (12-320)||(23351354-23351663)
chr3 (12-318)||(23385692-23385999)
chr3 (12-371)||(23439256-23439617)
chr3 (12-318)||(23404063-23404370)
chr3 (47-369)||(23471827-23472150)
chr3 (12-368)||(23462682-23463034)
chr3 (14-280)||(23498408-23498675)
chr3 (16-268)||(23446661-23446913)
chr3 (15-280)||(23477960-23478226)
chr3 (13-268)||(23453434-23453685)
chr3 (287-334)||(23498713-23498760)
chr3 (40-87)||(36001906-36001953)
[»] scaffold0201 (1 HSPs)
scaffold0201 (12-309)||(10827-11125)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (45-98)||(12897546-12897599)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 12 - 320
Target Start/End: Original strand, 23351354 - 23351663
Alignment:
Q  12 atgaacaaccaccgagtaaaaggttacaaagatattttgaatgaatgttggttttaaggctttcaatctttatgcaacctcttaaatctagaaatgtaag 111  Q
    ||||||| |||||||||  ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||    
T  23351354 atgaacagccaccgagtttaagtttacaaagagattttgaatgaatgttggttttaaggctttcaatctttatgcaatcttctaaatctagaaatataag 23351453  T
Q  112 tagagggagagaaaagatggatggatggagctgatgcaggctttcacattgacggagatgtactctttcaagatttctagcccttgataagtctgggatc 211  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  23351454 tcgagggagagaaaagatggatggatggagctgacgcaggctttcacattgacagagatatactctttcaagatttgtagccctagataagtctgggatc 23351553  T
Q  212 tcaatcagatctttggagcattcaagcgaaagtagttttatattcacaagattctgt-tcaagaaataaacaagcatgagtgttgattaaaagagaaaca 310  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||  || |  | ||| ||||||||||||||||   |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  23351554 tcaatcagatctttggaggattgaagcataattgatcttagattcacaagattctgtaataagaaataaacatgcatgagttttgattaaaagagaaaca 23351653  T
Q  311 aaacctagct 320  Q
    ||||||||||    
T  23351654 aaacctagct 23351663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 12 - 318
Target Start/End: Original strand, 23385692 - 23385999
Alignment:
Q  12 atgaacaaccaccgagtaaaaggttacaaagatattttgaatgaatgttggttttaaggctttcaatctttatgcaacctcttaaatctagaaatgtaag 111  Q
    |||||||||||  |||||||||   ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||     
T  23385692 atgaacaaccattgagtaaaagtacacagagagattttgaatgaatgttggatttaaggctttcaatctttatgcaacctcttaaatctagatatataat 23385791  T
Q  112 tagagggagagaaaagatggatggatggagctgatgcaggctttcacattgacggagatgtactctttcaagatttctagcccttgataagtctgggatc 211  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    |||||||| ||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  23385792 tcgagggagagaaaagatggatggatggagctgacgcaggctttcacattccgagagatgtattctgtcaagatttatagccctagataagtctgggatc 23385891  T
Q  212 tcaatcagatctttggagcattcaagcgaaagtagttttatattcacaagattctgt-tcaagaaataaacaagcatgagtgttgattaaaagagaaaca 310  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||| ||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  23385892 tcaatcagatctttggaggattcaagccaaagtactcttagattcacaagattctgtaacaagaaataaacatccatgagtgttgattaaaagagaaaca 23385991  T
Q  311 aaacctag 318  Q
    ||||||||    
T  23385992 aaacctag 23385999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 12 - 371
Target Start/End: Original strand, 23439256 - 23439617
Alignment:
Q  12 atgaacaaccaccgagtaaaaggttacaaagatattttgaatgaatgttggttttaaggctttcaatctttatgcaacctcttaaatctagaaatgtaag 111  Q
    ||||||||||| | ||||| || | || |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23439256 atgaacaaccatccagtaagagttcacgaagagattttgaatgaatgttcgttttaaggctttcaatagtaatgcaacctcctaaatctagaaatgtaag 23439355  T
Q  112 tagagggagagaaaagatggatggatggagctgatgcaggctttcacattgacggagatgtactctttcaagatttctagcccttgataagtctgggatc 211  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||  | ||||| |||||||| ||||||| |||||||| ||||||    
T  23439356 tcgagggagagaaaagatggatggatggagctgacgcaagctttcacattgacagagagatgctcttccaagatttgtagccctagataagtcggggatc 23439455  T
Q  212 tcaatcagatctttggagcattcaagcgaaagtagttttata-ttcacaagattctgt-tcaagaaataaacaagcatgagtgttgattaaaagagaaac 309  Q
    |||||||||||||||||| | | |||  | | |    ||| | || ||||||||||||  ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  23439456 tcaatcagatctttggagtaattaaggcagattgtgattagattttacaagattctgtaacaagaaataaacatgcataagtgttgattaaaagagaaac 23439555  T
Q  310 aaaacctagctaagcataaatagaggaatgccatcctagctctgctgcaattttgtgaatag 371  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  23439556 aaaacctagttaagaataaatagaggcatgtcatcctagctctgctacaattttgtgaatag 23439617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 12 - 318
Target Start/End: Original strand, 23404063 - 23404370
Alignment:
Q  12 atgaacaaccaccgagtaaaaggttacaaagatattttgaatgaatgttggttttaaggctttcaatctttatgcaacctcttaaatctagaaatgtaag 111  Q
    |||||||||||  |||||| || | ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||| ||  |||    
T  23404063 atgaacaaccattgagtaagagttgacaaagagattttgaatgaatgtttgttttaaggctttcaatacttatgcaacctcttaagtctagatattgaag 23404162  T
Q  112 tagagggagagaaaagatggatggatggagctgatgcaggctttcacattgacggagatgtactctttcaagatttctagcccttgataagtctgggatc 211  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||    |||| ||||  |  |||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  23404163 ttgagggagagaaaagatggatggatggagttgacgcaagctttcacattccgagagaagtacaatagcaagatttgtagccctagataagtctgggatc 23404262  T
Q  212 tcaatcagatctttggagcattcaagcgaaagtagttttatattcacaagattctgt-tcaagaaataaacaagcatgagtgttgattaaaagagaaaca 310  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||  | ||| ||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  23404263 tcaatcagatctttggaggattcaagccaaagtgttcttagattcacaagattctgtaacaagaaataaacatccatgagtgttgattaaaagagaaaca 23404362  T
Q  311 aaacctag 318  Q
    ||||||||    
T  23404363 aaacctag 23404370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 47 - 369
Target Start/End: Original strand, 23471827 - 23472150
Alignment:
Q  47 tttgaatgaatgttggttttaaggctttcaatctttatgcaacctcttaaatctagaaatgtaagtagagggagagaaaagatggatggatggagctgat 146  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |   ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||     
T  23471827 tttgaatgaatattggttttaaggctttcgatctttatgcaacctcctaaatctagtacaataagtcgagggagagaaaagatgtatggatggagatgac 23471926  T
Q  147 gcaggctttcacattgacggagatgtactctttcaagatttctagcccttgataagtctgggatctcaatcagatctttggagcattcaagcgaaagtag 246  Q
    ||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | |||   || |      
T  23471927 gcaggctttcacatttatagagatgtactttttcaagatttgtagccctagataagtttgggatctcaatcagatctttggagtaattaaggctaaatgt 23472026  T
Q  247 ttttatattcacaagattctgt-tcaagaaataaacaagcatgagtgttgattaaaagagaaacaaaacctagctaagcataaatagaggaatgccatcc 345  Q
      ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| | ||||||| |    
T  23472027 gattagattcacaagattctgtaacaagaaataaacatgcattagtgtcgattaaaagagaaacaaaacctagttaagaataaacagaagcatgccatac 23472126  T
Q  346 tagctctgctgcaattttgtgaat 369  Q
    || |||||||||| ||||||||||    
T  23472127 taactctgctgcatttttgtgaat 23472150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 12 - 368
Target Start/End: Original strand, 23462682 - 23463034
Alignment:
Q  12 atgaacaaccaccgagtaaaaggttacaaagatattttgaatgaatgttggttttaaggctttcaatctttatgcaacctcttaaatctagaaatgtaag 111  Q
    |||||||||||  |||||| || | || |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||| ||  |||    
T  23462682 atgaacaaccattgagtaagagttgacgaagagattttgaatgaatgtttgttttaaggctttcaatacttatgcaacctcttaagtctagatattgaag 23462781  T
Q  112 tagagggagagaaaagatggatggatggagctgatgcaggctttcacattgacggagatgtactctttcaagatttctagcccttgataagtctgggatc 211  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||    |||| ||||     |||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  23462782 ttgagggagagaaaagatggatggatggagttgacgcaagctttcacattccgagagaagtacaacaacaagatttgtagccctagataagtctgggatc 23462881  T
Q  212 tcaatcagatctttggagcattcaagcgaaagtagttttatattcacaagattctgt-tcaagaaataaacaagcatgagtgttgattaaaagagaaaca 310  Q
    |||||||||||||||||| ||  |||| |||||  | ||| ||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  23462882 tcaatcagatctttggaggatcgaagccaaagtgttcttagattcacaagattctgtaacaagaaataaacatccatgagtgttgattaaaagagaaaca 23462981  T
Q  311 aaacctagctaagcataaatagaggaatgccatcctagctctgctgcaattttgtgaa 368  Q
    |||||||| ||| |||||  |||| ||   |||||||||||||||||||||| |||||    
T  23462982 aaacctagttaaacataa--agagaaa---catcctagctctgctgcaatttagtgaa 23463034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 14 - 280
Target Start/End: Original strand, 23498408 - 23498675
Alignment:
Q  14 gaacaaccaccgagtaaaaggttacaaagatattttgaatgaatgttggttttaaggctttcaatctttatgcaacctcttaaatctagaaatgtaagta 113  Q
    ||||||||| ||||||| || | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||      
T  23498408 gaacaaccatcgagtaagagttcacaaagagattttgaatgaatgttggttttaaggctttcaatctttttgcaacctcgtaaatctagatatctaagat 23498507  T
Q  114 gagggagagaaaagatggatggatggagctgatgcaggctttcacattgacggagatgtactctttcaagatttctagcccttgataagtctgggatctc 213  Q
     ||||||||||||||| || | ||||||||||  ||||||||||||||||   |||| |||||| | ||||||| ||||| | |||||||||||||||||    
T  23498508 cagggagagaaaagatcgaagaatggagctgacccaggctttcacattgaaaaagatatactctatgaagatttgtagccttagataagtctgggatctc 23498607  T
Q  214 aatcagatctttggagcattcaagcgaaagtagttttatattcacaagattctgt-tcaagaaataaa 280  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| ||||||  |||| ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  23498608 aatcagatttttggaggattcaagccaaagtatgtttagattcacaagattctgtaacaagaaataaa 23498675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 16 - 268
Target Start/End: Original strand, 23446661 - 23446913
Alignment:
Q  16 acaaccaccgagtaaaaggttacaaagatattttgaatgaatgttggttttaaggctttcaatctttatgcaacctcttaaatctagaaatgtaagtaga 115  Q
    ||||||| ||||||| || | || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||||||| || ||||   |    
T  23446661 acaaccatcgagtaagagttcacgaagagattttgaatgaatgttggttttaaggctttcaatctttttgcagtctcgtaaatctagatatctaagatca 23446760  T
Q  116 gggagagaaaagatggatggatggagctgatgcaggctttcacattgacggagatgtactctttcaagatttctagcccttgataagtctgggatctcaa 215  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||   |||| |||||| | ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  23446761 gggagagaaaagatggaaggatggagctgacccaggctttcacattgaaaaagatatactctatgaagatttgtagccttagataagtctgggatctcaa 23446860  T
Q  216 tcagatctttggagcattcaagcgaaagtagttttatattcacaagattctgt 268  Q
    |||||| ||||||| |||||||| ||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  23446861 tcagatttttggaggattcaagccaaagtatgtttagattcacaagattctgt 23446913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 15 - 280
Target Start/End: Original strand, 23477960 - 23478226
Alignment:
Q  15 aacaaccaccgagtaaaaggttacaaagatattttgaatgaatgttggttttaaggctttcaatctttatgcaacctcttaaatctagaaatgtaagtag 114  Q
    |||||||| | ||||| || | || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||       
T  23477960 aacaaccatcaagtaagagttcacgaagagattttgaatgaatgttggttttaaggctttcaatctttttgcaacctcgtaaatctagatatctaagatc 23478059  T
Q  115 agggagagaaaagatggatggatggagctgatgcaggctttcacattgacggagatgtactctttcaagatttctagcccttgataagtctgggatctca 214  Q
    ||||||||||||||| || | ||||||||||  ||||||||||||||||   |||| |||||| | ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||    
T  23478060 agggagagaaaagatagaagaatggagctgacccaggctttcacattgaaaaagatatactctatgaagatttgtagccttagataagtctgggatctca 23478159  T
Q  215 atcagatctttggagcattcaagcgaaagtagttttatattcacaagattctgt-tcaagaaataaa 280  Q
    ||||||| ||||||| |||||||| ||||||  |||| ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  23478160 atcagatttttggaggattcaagccaaagtatgtttagattcacaagattctgtaacaagaaataaa 23478226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 13 - 268
Target Start/End: Original strand, 23453434 - 23453685
Alignment:
Q  13 tgaacaaccaccgagtaaaaggttacaaagatattttgaatgaatgttggttttaaggctttcaatctttatgcaacctcttaaatctagaaatgtaagt 112  Q
    |||||||||| ||||||| || | || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||     
T  23453434 tgaacaaccatcgagtaagagttcacgaagagattttgaatgaatgttggttttaaggctttcaatctttttgcaacctcgtaaatctagatatctaaga 23453533  T
Q  113 agagggagagaaaagatggatggatggagctgatgcaggctttcacattgacggagatgtactctttcaagatttctagcccttgataagtctgggatct 212  Q
      ||||||| | |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||    || |   ||||  | ||||||| || || | ||||||||||||||||    
T  23453534 tcagggagacagaagatggaaggatggagctgacacaggctttcacatt----gaaaaacactccatgaagatttgtatccttagataagtctgggatct 23453629  T
Q  213 caatcagatctttggagcattcaagcgaaagtagttttatattcacaagattctgt 268  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||   ||||  |||| ||||||||||||||||    
T  23453630 caatcagatctttggaggattcaagccggagtatgtttagattcacaagattctgt 23453685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 287 - 334
Target Start/End: Original strand, 23498713 - 23498760
Alignment:
Q  287 tgagtgttgattaaaagagaaacaaaacctagctaagcataaatagag 334  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||    
T  23498713 tgagtgttgattaaaagagaaactaaacctaattaagcataaatagag 23498760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 40 - 87
Target Start/End: Original strand, 36001906 - 36001953
Alignment:
Q  40 aagatattttgaatgaatgttggttttaaggctttcaatctttatgca 87  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  36001906 aagagattttgaatgaatgttggttttcaggcttttaatctttttgca 36001953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0201 (Bit Score: 115; Significance: 3e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0201
Description:

Target: scaffold0201; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 12 - 309
Target Start/End: Original strand, 10827 - 11125
Alignment:
Q  12 atgaacaaccaccgagtaaaaggttacaaagatattttgaatgaatgttggttttaaggctttcaatctttatgcaacctcttaaatctagaaatgtaag 111  Q
    |||||||||||  |||||||||   ||  ||| ||||||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |   |||    
T  10827 atgaacaaccattgagtaaaagtacacggagagattttgaatgaatctcggctttaaggctttcaatatttatgcaacctcgtaaatctagataatcaag 10926  T
Q  112 tagagggagagaaaagatggatggatggagctgatgcaggctttcacattgacggagatgtactctttcaagatttctagcccttgataagtctgggatc 211  Q
    | |||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||  ||||| ||  |||| ||||||| ||||||| |||||||||| || |    
T  10927 tcgagggagagaaaggatggatgtatggagctgacgcaggcttttacattgagtgagatatagactttgaagatttgtagccctggataagtctgagagc 11026  T
Q  212 tcaatcagatctttggagcattcaagcgaaagtagttttatattcacaagattctgt-tcaagaaataaacaagcatgagtgttgattaaaagagaaac 309  Q
    ||||| |||||||| |||  |  ||||||||| | | ||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11027 tcaatgagatctttagagtttggaagcgaaagaactgttagattcacaagatcctgtaacaagaaataaacaagcatgagtgttgattaaaagagaaac 11125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 45 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 12897599 - 12897546
Alignment:
Q  45 attttgaatgaatgttggttttaaggctttcaatctttatgcaacctcttaaat 98  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  12897599 attttgaatgaatgttagttttcaggctttcaatctttttgcaaccttttaaat 12897546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University