View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4928-Insertion-15 (Length: 940)
Name: NF4928-Insertion-15
Description: NF4928
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4928-Insertion-15 |
 | |
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| [»] chr2 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 649; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 649; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 748
Target Start/End: Original strand, 9417477 - 9418200
Alignment:
| Q |
27 |
aacaaaatacataagatattaaaattcctctacaacgtgttatactaatcacatcttttattggttttccaggacaaagacattcaatgtcagcacgagt |
126 |
Q |
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| T |
9417477 |
aacaaaatacataagatattaaaattcctctacaacgtgtaatactaaccacatcttttattggttttccaggacaaagacattcaatgtcagcacgagt |
9417576 |
T |
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| Q |
127 |
tgcaaccatattatgagtggtcatcaatggttcactgaaaaatagagtacaacaggttagctactannnnnnnaccataacaataagtgaatgtacttaa |
226 |
Q |
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| T |
9417577 |
tgcaaccatattatgagtggtcatcaatggttcactgaaaaatagagtacaacaggttagctactatttttttaccataacaataagtgaatgtacttaa |
9417676 |
T |
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| Q |
227 |
agtaagaacaatactctgcatcctgatctggatgaaacacatatgcacaaacttgaacttctaaaggactcaagtgcatttctggggtaggcttaaacct |
326 |
Q |
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| T |
9417677 |
agtaagaacaatactctgcatcctgatctggatgaaacacatatgcacaaacttgaacttctaaaggactcaagtgcatttctggggtaggcttaaacct |
9417776 |
T |
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| Q |
327 |
ccacttaattccctacnnnnnnnnn--ggttaataacttcaaaaataatgttataggacagaacataataatcaaaatatctatatatttatattgagtg |
424 |
Q |
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| T |
9417777 |
ccacttaattccctacaaaaaaaaaaaggttaataacttcaaaaataatgttataggacagaacataataatcaaaatatctatatatttatattgagtg |
9417876 |
T |
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| Q |
425 |
atattggtaataacccttgggagagtgagattcatgactcttggaatgaatgggcgcacttcgttgacccttgtctttcctctcccaactggactgggac |
524 |
Q |
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| T |
9417877 |
atattggtaataacccttgggagagtgagattcatgactcttggaatgaatgggcgcacttcgttgacccttgtctttcctctcccaactggactgggac |
9417976 |
T |
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| Q |
525 |
gtggttgcaaatatggattggtaacaggtatctttgatctgtgagatggactttgaaataactttttagttatcccagtcaatacagcactaccaatagg |
624 |
Q |
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| T |
9417977 |
gtggttgcaaatatggattggtaacaggtatctttgatctgtgagatggactttgaaataactttttagttatcccagtcaatacagcactaccaatagg |
9418076 |
T |
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| Q |
625 |
ctacaaggtttataaaaaattgttagttaaacatatcacttttcaagtaagaaaaaacatgttaaaattattattacctctgagttggatgaccttctaa |
724 |
Q |
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| T |
9418077 |
ctacaaggtttataaaaaattgttagttaaacatgtcacttttcaattaagaaaaaacatgttaaaattattattacctctgagttggatgaccttctaa |
9418176 |
T |
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| Q |
725 |
agttgctcttccaaagcatcatag |
748 |
Q |
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| T |
9418177 |
agttgctcttccaaagcatcatag |
9418200 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 500; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 500; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 940
Target Start/End: Original strand, 17812958 - 17813854
Alignment:
| Q |
27 |
aacaaaatacataagatattaaaattcctctacaacgtgttatactaatcacatcttttattggttttccaggacaaagacattcaatgtcagcacgagt |
126 |
Q |
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| T |
17812958 |
aacaaaatacataagatattaaagttcctctgcaacat-ttacagtaaccacatcttttattggtttttcaggacaaagacattcaatgtcagcacgagt |
17813056 |
T |
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| Q |
127 |
tgcaaccatattatgagtggtcatcaatggttcactgaaaaatagagtacaacaggttagctactannnnnnnaccataacaataagtgaatgtacttaa |
226 |
Q |
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| T |
17813057 |
tgcagtcatattatgagtgctcatcaatggttcactaacaaatagagtataacaggtcagctattatttttt-acaatagcaataagtgaatgtacttaa |
17813155 |
T |
|
| Q |
227 |
agtaagaacaatactctgcatcctgatctggatgaaacacatatgcacaaacttgaacttctaaaggactcaagtgcatttctggggtaggcttaaacct |
326 |
Q |
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| T |
17813156 |
agtaagaacaatactctgcatcctgatctggatgaaacacatatgcacaaacttggacttctaaaggacttaactgcatttctggggtaggcttaaacct |
17813255 |
T |
|
| Q |
327 |
ccacttaattccctacnnnnnnnnnggttaat-aacttcaaaaataatgttataggacagaacataataatcaaaatatctatatatttatattgagtga |
425 |
Q |
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|
| T |
17813256 |
ccacttaatgccctacaaaaaaa--ggttaattaacttaaaaaataacgttataggacaaaacgtaataatcaaaatatctatatatttataatgaatga |
17813353 |
T |
|
| Q |
426 |
tattggtaataacccttgggagagtgagattcatgactcttggaatgaatgggcgcacttcgttgacccttgtctttcctctcccaactggactgggacg |
525 |
Q |
| |
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|
| T |
17813354 |
tattggtaataacccttgggataatgagattaatgactcttggaatgaatgggcgcacttcgttgacccttgtctttcctctcccaaataaactgcaacg |
17813453 |
T |
|
| Q |
526 |
tggttgcaaatatggattggtaacaggtatctttgatctgtgagatggactttgaaataactttttagttatcccagtcaatacagcactaccaataggc |
625 |
Q |
| |
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| T |
17813454 |
tggttgcatatatggattggtaacaggtatccttgatatgtgagatggactttgaaataactttttagttatcccagtcaatccagtactgccaataggc |
17813553 |
T |
|
| Q |
626 |
tacaaggtttataaaaaattgttagttaaacatatcacttttcaagtaagaaaaaacatgttaaaattattattacctctgagttggatgaccttctaaa |
725 |
Q |
| |
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| T |
17813554 |
tacaaggattat-aaagatcgttaattaaacatatcacttttcaagtaagaaaaaacacgttaaaataattattacctctgagttggatgaccttat-aa |
17813651 |
T |
|
| Q |
726 |
gttgctcttccaaagcatcatagcagaagtgttgtccttaacacctgatttttcacctgtggtccactcttttgggagaggtggtttcatttcaaacata |
825 |
Q |
| |
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| T |
17813652 |
gttgctcttgcaaaacatcatagcaaaatcgttgtccttaa------------cacctgtgttccactcttttaggagagttggtttcattccaaatata |
17813739 |
T |
|
| Q |
826 |
gtgttgttatacattccattcattgctgacctatgcattttctttccttttgtgtcatcatcactgtcagacacatccacaataacattgttaaagtcat |
925 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
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|
| T |
17813740 |
atgttgccatacattccattcaacactgacctatgcactttcttttcttttgtgtcattatcattgtcagacacatccacaataacattgttaaggtcat |
17813839 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 492; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 492; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 70 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 12004037 - 12003378
Alignment:
| Q |
70 |
actaatcacatcttttattggttttccaggacaaagacattcaatgtcagcacgagttgcaaccatattatgagtggtcatcaatggttcactgaaaaat |
169 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12004037 |
actaaccacatcttttattggttttctaggacaaagacattcaatgtcaacacgagttgcaaccatattatgagtggtcatcaatggttcactgaaaaat |
12003938 |
T |
|
| Q |
170 |
agagtacaacaggttagctactannnnnnnaccataacaataagtgaatgtacttaaagtaagaacaatactctgcatcctgatctggatgaaacacata |
269 |
Q |
| |
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|
| T |
12003937 |
agagtataacaggttagctactatttttttaccataacaataagtgaatgtacttaaagtaagaacaatactctgcatcctgatctagatgaaacacata |
12003838 |
T |
|
| Q |
270 |
tgcacaaacttgaacttctaaaggactcaagtgcatttctggggtaggcttaaacctccacttaattccctacnnnnnnnnnggttaat-aacttcaaaa |
368 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||| |||||||||| |
|
|
| T |
12003837 |
tgcacaaacttg---------------------catttctggggtaggcttaaaccttcacttaatgccctacaaaaaaaa--gttaattaacttcaaaa |
12003761 |
T |
|
| Q |
369 |
ataatgttataggacagaacataataatcaaaatatctatatatttatattgagtgatattggtaataacccttgggagagtgagattcatgactcttgg |
468 |
Q |
| |
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|
| T |
12003760 |
ataacgttataggacagaacataataatcaaaatatctatatatttatattgagtgatattgataataacccttggtagagtgagattcatgactcttgg |
12003661 |
T |
|
| Q |
469 |
aatgaatgggcgcacttcgttgacccttgtctttcctctcccaactggactgggacgtggttgcaaatatggattggtaacaggtatctttgatctgtga |
568 |
Q |
| |
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| T |
12003660 |
aatgaatgggcgcacttcgttgacccttgtctttcctctcccaactggactgggacgtggttgcaaatatggattggtaacatgtatctttgatctgtga |
12003561 |
T |
|
| Q |
569 |
gatggactttgaaataactttttagttatcccagtcaatacagcactaccaataggctacaaggtttataaaaaattgttagttaaacatatcacttttc |
668 |
Q |
| |
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| T |
12003560 |
gatggactttgaaataactttttagttatcctagtcaatacagcactaccaataggctacaaggtttataaaaaattgttagttaaacatatcacttttc |
12003461 |
T |
|
| Q |
669 |
aagtaagaaaaaacatgttaaaattattattacctctgagttggatgaccttctaaagttgctcttccaaagcatcatagcaga |
752 |
Q |
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| T |
12003460 |
aagtaagaaaaaacatgtt-aaattattattacctctgagttggatgaccttctaaagttgctcttgcaaagcatcatagcaga |
12003378 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 745 - 940
Target Start/End: Complemental strand, 12002139 - 12001944
Alignment:
| Q |
745 |
atagcagaagtgttgtccttaacacctgatttttcacctgtggtccactcttttgggagaggtggtttcatttcaaacatagtgttgttatacattccat |
844 |
Q |
| |
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|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| |
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| T |
12002139 |
atagcaaaagtgttgtccttaacacctgatttttcacctgtggtccactcttttaggagaggtggtttcattccaaatatagtgttattatacattccat |
12002040 |
T |
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| Q |
845 |
tcattgctgacctatgcattttctttccttttgtgtcatcatcactgtcagacacatccacaataacattgttaaagtcatcaatgatttctgttg |
940 |
Q |
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| T |
12002039 |
tcatcactgacctatgcactttctttccttttgtgtcatcatcaccgtcagacacatccacaataacattgttaaagtcatcaatgatttttgttg |
12001944 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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