View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4928-Insertion-2 (Length: 739)

Name: NF4928-Insertion-2
Description: NF4928
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4928-Insertion-2
NF4928-Insertion-2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-737)||(44542499-44543224)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 673; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 673; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 737
Target Start/End: Original strand, 44542499 - 44543224
Alignment:
Q  7 aacaactgcaacaattgacacaagttaacgatgtaatgaaattttatgtaattgaacatgacaaaaggaaggacataattattaataaaagaatgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44542499 aacaactgcaacaattgacacaagttaacgatgtaatgaaattttatgtaattgaacatgacaaaaggaaggacataattattaataaaagaatgtttta 44542598  T
Q  107 aatcgctgtctgcaaccgcaatcacggcgtaaaggtttgcagcataactgcaatggcgatcataactgcaattacgaccgcaatttaaaaagatacacat 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44542599 aatcgctgtctgcaaccgcaatcacggcataaaggtttgcagcataactgcaatggcgatcataactgcaattacgaccgcaatttaaaaagatacacat 44542698  T
Q  207 ttaccaatcaactatgtgtgatatgtgtatattaattaattgttatatcatacgatgtggcatcctcctcaagttgggatgttgaattttgaagagagtc 306  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  44542699 ttactaatcaactatgtgtgatatgtgtatattaattaattgttatatcatacgatgtggcatcctcctcaagttgggatgttgaattttgaagagagtg 44542798  T
Q  307 tttatcgtgagccaataataattgttggtggtgagactgaggatggatgatgggttttttcttatgttgtttgcttccaaaagaagtcacagccatgaaa 406  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44542799 tttatcgtcagccaataataattgttggtggtgag------gatggatgatgggttttttcttatgttgtttgcttccaaaagaagtcacagccatgaaa 44542892  T
Q  407 cctgcaatggccaatgctccaccgaacacaagaagtcccgtaattccaccttcaccaccaataattatacttcctaaagaagtgtgtattttcttctttc 506  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44542893 cctgcaatagccaatgctccaccgaacacaagaagtcccgtaattccaccttcaccaccaatagttatacttcctaaagaagtgtgtattttcttctttc 44542992  T
Q  507 catgtttgtttgttgtcttttcatcctccatcatcctttgtcaattgaagcaaagccaagagatgaagtttatttattatcttacaaatataatagaagg 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44542993 catgtttgtttgttgtcttttcatcctccatcatcctttgtcaattgaagcaaagccaagagatgaagtttatttattatcttacaaatataatagaagg 44543092  T
Q  607 agtgatatcatgcatgcagagtgagacagaatcgggcttcttcgttttgttcggattcatcacttgg-accttcaccagcttcccacatgttaagaatgg 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44543093 agtgatatcatgcatgcagagtgagacagaatcgggcttcttcgttttgttcggattcatcacttggaaccttcaccagcttcccacatgttaagaatgg 44543192  T
Q  706 gagacacgtgtttgaatattgcccatcatttg 737  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  44543193 gagacacgtgtttgaatattgcccatgatttg 44543224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University